<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Importation d'un fichier ref-tax dans une bdnt
*
* Description : classe permettant de versionner les référentiels selon le manuel technique
* Utilisation : php script.php comparaison -r bdnff -a tout -f fichier.txt
*
//Auteur original :
* @author       Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright	Tela-Botanica 1999-2010
* @link			http://www.tela-botanica.org/wikini/RTaxMethodo/wakka.php?wiki=MaNuel
* @licence		GPL v3 & CeCILL v2
* @version		$Id$
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class Importation extends ScriptCommande {
	
	const SCRIPT_NOM = 'importation';
	const MANUEL_VERSION = '4.3';
	
	private $referentiel = null;
	/*public $parametres = array(
		'-r' => array(true, true, 'referentiel de base'),
		'-f' => array(true, true, 'fichier à comparer'));*/
	private $noms_supprimes = null;
	private $noms_colonnes = array();
	private $rangs_bdnt_taxref = null;
	private $statuts_bdnt_taxref = null;
	private $correspondance_colonnes = array("CD_NOM" => "", "CD_SUP" => "", "CD_REF" => "",
		"RANG" => "rang", "LB_NOM" => "nom_sci", "LB_AUTEUR" => array("auteur","annee"),
		"FR" => "presence",
		"FR-FRA" => "presence_Ga", "FR-COR" => "presence_Co", "REU" => "presence",
		"GUA" => "presence_Guadeloupe", "SMSB" => array("presence_Saint_Martin", "presence_Saint_Barthelemy"), 
		"SM" => "presence_Saint_Martin", "SB" => "presence_Saint_Barthelemy",  "MAR" => "presence_Martinique",
		"GF" => "presence", "MAY" => "presence_Mayotte", "TAAF" => "presence_Taaf",
		"SPM" => "presence_Guadeloupe", "PF" => "presence_Polynesie", "NC" => "presence_Nouvelle_Caledonie",
		"BIBLIO" => "biblio_origine", "BDNGM" => "num_nom", "NUM_NOM" => "num_nom", "NOM_VERN" => "nom_francais");
	
	private $sans_correspondance = array(
			"FG_VALIDITE", "habitat", "WF", "CLI", "EPA",
			"EU", "WLD", "ORACLE",
			"DATE_CREA", "ORIGINE_CREA",
			"NOM_COMPLET", "NOM_COMPLET_HTML",
			"GENRE", "ESPECE", "SOUS_ESPECE", "ANNEE");
	
	/*public function executer() {
		$this->referentiel = $this->getParam('r');
		// Lancement du test demandé
		$fichier = $this->getParam('f');
		if (file_exists($fichier)) {
			$manuel_chemin = Config::get('chemin_appli').DS.'..'.DS.'configurations'.DS;
			$manuel_config_nom = 'referentiel_v'.self::MANUEL_VERSION.'.ini';
			$this->manuel = parse_ini_file($manuel_chemin.$manuel_config_nom);
			$this->creerCorrespondanceRangBdntTaxref();
			$donnees = $this->traiterFichierTaxref($fichier);
			Debug::printr("Fin du traitement du fichier.");
			$this->connecterPDO();
			$this->creerTableTaxref();
			$this->ajouterColonneCDNOM();
			Debug::printr("Fin de la création de la table.");
			$this->ajouterDonneesTaxRef($donnees);
			Debug::printr("Fin de l'insertion des données.");
			$this->creerTableComparaison();
			Debug::printr("Fin de la création de la table comparaison.");
		}
	}*/
	
	public function executer() {
		// Récupération du dernier traitement demandé
		$this->traitementDao = new TraitementDao();
		$this->traitement = $this->traitementDao->getDernierTraitement('tout', self::SCRIPT_NOM);
		if (isset($this->traitement)) {
			$this->referentiel = $this->traitement['referentiel_code']; // Récupération du nom de projet
			$fichier = $this->traitement['script_parametres'];
			if (file_exists($fichier)) {
				Debug::printr('Debute:'.$this->traitementDao->debuterTraitement($this->traitement['id_traitement']));
				// Nettoyage des traitements obsolètes
				$traitements_obsoletes = $this->traitementDao->getTraitementsObsoletes($this->referentiel, self::SCRIPT_NOM);
				if (isset($traitements_obsoletes)) {
					Debug::printr('Supp. obsoletes:'.$this->traitementDao->supprimer($traitements_obsoletes));
				}
				Debug::printr("Début du traitement du fichier.");
				$manuel_chemin = Config::get('chemin_appli').DS.'..'.DS.'configurations'.DS;
				$manuel_config_nom = 'referentiel_v'.self::MANUEL_VERSION.'.ini';
				$this->manuel = parse_ini_file($manuel_chemin.$manuel_config_nom);
				$this->creerCorrespondanceRangBdntTaxref();
				$donnees = $this->traiterFichierTaxref($fichier);
				Debug::printr("Fin du traitement du fichier.");
				$this->connecterPDO();
				$this->creerTableTaxref();
				$this->ajouterColonneCDNOM();
				Debug::printr("Fin de la création de la table.");
				$this->ajouterDonneesTaxRef($donnees);
				Debug::printr("Fin de l'insertion des données.");
				$this->decouperNomSciTaxRef();
				$this->creerTableComparaison();
				Debug::printr("Fin de la création de la table comparaison.");
				Debug::printr('Termine:'.$this->traitementDao->terminerTraitement($this->traitement['id_traitement']));
			} else {
				Debug::printr("Fichier introuvable".$fichier);
				Debug::printr('Termine:'.$this->traitementDao->terminerTraitement($this->traitement['id_traitement']));
			}
		} else {
			Debug::printr("Pas de traitement");
		}
	}
	

// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
	private function creerTableTaxref() {
		$requete = "DROP TABLE IF EXISTS {$this->referentiel}_taxref; ".
			"CREATE TABLE  {$this->referentiel}_taxref AS SELECT * FROM {$this->referentiel};".
			"ALTER TABLE  {$this->referentiel}_taxref ADD PRIMARY KEY (num_nom);";
		$resultat = $this->executerRequeter($requete);
	}
	
	private function ajouterColonneCDNOM() {
		$requete = "ALTER TABLE  {$this->referentiel}_taxref ADD ".
			"`CD_NOM` INT( 15 ) NULL DEFAULT NULL COMMENT 'numéro correspondant dans la base taxref.';";
		$resultat = $this->executerRequeter($requete);
	}
	
	private function ajouterDonneesTaxRef($liste_noms) {
		$i = 0; $j = 0; $requete = "";
		foreach ($liste_noms as $nom) { $i++;
			$requete .= "UPDATE  {$this->referentiel}_taxref SET ".implode(' , ', $nom).
					" WHERE {$nom['num_nom']} ;";//echo $requete;
			if ($i == 1000 || ($j*1000+$i) == count($liste_noms) ) { $j++;
				$resultat = $this->executerRequeter($requete.'commit;');
				if ($resultat == null) {
					$resultat = $this->executerRequeter($requete.'commit;');
				}
				$i = 0; $requete = "";
			}
		}
	}
	
	private function creerTableComparaison() {
		foreach ($this->noms_colonnes as $colonne) {
			if (isset($this->correspondance_colonnes[$colonne]) && $this->correspondance_colonnes[$colonne] != "") {
				$nom_champ = $this->correspondance_colonnes[$colonne];
				if (is_array($nom_champ)) {
					foreach ($nom_champ as $nom) {
						$champs_tax[] = "t.{$nom} AS tax_{$nom}";
						$champs_tax[] = "b.{$nom} AS {$nom}";
						$concat[] = "IF(t.{$nom} != b.{$nom}, '{$nom}, ', '')";
					}
				} else {
					$champs_tax[] = "t.{$nom_champ} AS tax_{$nom_champ}";
					$champs_tax[] = "b.{$nom_champ} AS {$nom_champ}";
					$concat[] = "IF(t.{$nom_champ} != b.{$nom_champ}, '{$nom_champ}, ', '')";
				}
			}
		}
		date_default_timezone_set('Europe/London');
		$requete = "CREATE TABLE  {$this->referentiel}_comparaison_".date("Y_m_d_H_i_s")." AS".
					" SELECT CONCAT(".implode(', ', $concat).") AS difference, ".implode(', ', $champs_tax).
					" FROM {$this->referentiel} b, {$this->referentiel}_taxref t".
					" WHERE b.num_nom = t.num_nom AND (b.nom_sci != t.nom_sci or b.auteur != t.auteur or b.annee != t.annee);";
		//echo $requete;
		$resultat = $this->executerRequeter($requete);
	}
	
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
	private function traiterFichierTaxref($fichier) {
		$donnees = array();
		if (($pointeur = fopen($fichier, "r")) !== FALSE) {
			$this->noms_colonnes = fgetcsv($pointeur, 1000, chr(9));
			$num_nom = 0;//print_r($this->noms_colonnes);
			while (($ligne = fgetcsv($pointeur, 1000, chr(9))) !== FALSE) {
				$nombreChamps = count($ligne);
				$taxref[$ligne[0]] = $ligne;//print_r($ligne);
				for ($c=0; $c < $nombreChamps; $c++) {
					if (isset($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]])) {
						if (is_array($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]])) {
							if ($this->noms_colonnes[$c] == 'LB_AUTEUR') {
								if (preg_match('/(.*), +([0-9]{4})/', utf8_encode($ligne[$c]), $matches) == 1) {
									$nom['auteur'] = 'auteur="'.$matches[1].'"';
									$nom['annee'] = 'annee="'.trim($matches[2]).'"';
								} else {
									$nom['auteur'] = 'auteur="'.utf8_encode($ligne[$c]).'"';
									$nom['annee'] = 'annee=""';
								}
							} else {
								foreach ($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]] as $a=>$nom_colonne) {
									$nom[$nom_colonne] = $nom_colonne.'="'.$ligne[$c].'"';
								}
							}
						} elseif ($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]] == "") {
							$nom[$this->noms_colonnes[$c]] = $ligne[$c];
						} else {
							if ($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]] == "rang") {
								$rang = $this->rangs_bdnt_taxref[$ligne[$c]];
								// à remettre si on décide de prendre les rangs taxref
								//$nom[$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]]] = 
									//$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]].'="'.$this->rangs_bdnt_taxref[$ligne[$c]].'"';
							} elseif ($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]] == "num_nom") {
								$num_nom = $ligne[$c];
								$nom[$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]]] = 
									$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]].'="'.$ligne[$c].'"';
							} elseif ($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]] == "nom_sci") {
								$nom_sci = $ligne[$c];
								$nom[$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]]] =
									$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]].'="'.trim($ligne[$c]).'"';
							} else  {
								$nom[$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]]] = 
									$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]].'="'.trim(utf8_encode($ligne[$c])).'"';
							}
						}
					}
				}
				$nom['exclure_taxref'] = 'exclure_taxref="0"';
				$donnees[$num_nom] = $nom;
				$correspondance_taxref_bdnt[$nom['CD_NOM']] = $num_nom;
			}
			fclose($pointeur);
			$donnees = $this->changerNumerotation($donnees, $correspondance_taxref_bdnt, $taxref);
		}
		return $donnees;
	}
	
	private function changerNumerotation($donnees, $correspondance, $taxref) {
		$i=0;$j=0;$k=0;
		foreach ($donnees as $num_nom=>$infos) {
			if (isset($correspondance[$infos['CD_SUP']])) {
				$donnees[$num_nom]['num_tax_sup'] = "num_tax_sup=".$correspondance[$infos['CD_SUP']];
				$i++;
			} elseif ($infos['CD_SUP'] != '') {
				$donnees[$num_nom]['num_tax_sup'] = "num_tax_sup=''";
				//$sup[$infos['CD_NOM']] = $taxref[$infos['CD_NOM']];
				$sup[$infos['CD_SUP']] = $infos['CD_SUP'];
			}
			unset($donnees[$num_nom]['CD_SUP']);
			if (isset($correspondance[$infos['CD_REF']])) {
				$donnees[$num_nom]['num_nom_retenu'] = "num_nom_retenu=".$correspondance[$infos['CD_REF']];
				$j++;
			} elseif ($infos['CD_REF'] != '') {$k++;
				$donnees[$num_nom]['num_nom_retenu'] = "num_nom_retenu=''";
				//$ref[$infos['CD_NOM']] = $taxref[$infos['CD_NOM']];
				$ref[$infos['CD_REF']] = $infos['CD_REF'];
			} else {
				Debug::printr($infos['CD_NOM']."n'a pas de valeur pour CD_REF");
			}
			unset($donnees[$num_nom]['CD_REF']);
			$donnees[$num_nom]['CD_NOM'] = 'CD_NOM='.$donnees[$num_nom]['CD_NOM'];
		}echo "les ".count($sup)." taxons supérieurs manquants :".implode(" ,", $sup)." \nles "."retenus ".implode(" ,", $ref);
		//$this->ecrireFichierCsv($ref, './retenu_absent.csv');
		//$this->ajouterTaxonAbsent($abs);
		//$this->ecrireFichierCsv($sup, './superieur_absent.csv');
		echo "$j correspondance pour nom retenu $i correspondance pour nom sup $k non pas de correspondance retenu";
		return $donnees;
	}
	
	// rechercher dans reftax les numéros absent dans la base
	// modifier les tableaux ref et sup pour modifier $donnees (ajout + modif)
	private function ajouterTaxonAbsent($abs) {
		$requete = "SELECT ".implode(",", $this->noms_colonnes)." FROM taxref_v5 where CD_NOM IN (".implode(",", $abs).")";
		echo $requete;
	}
	
	private function creerCorrespondanceRangBdntTaxref() {
		$rangs = explode(',', $this->manuel['rangs_bdnt_taxref']);
		foreach ($rangs as $rang) {
			list($id_bdnt, $code_taxref) = explode(':', trim($rang));
			$this->rangs_bdnt_taxref[$code_taxref] = $id_bdnt;
		}
	}
	
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
	private function decouperNomSciTaxRef() {
		$requete = "SELECT num_nom, nom_sci, rang, type_epithete FROM {$this->referentiel}_taxref WHERE CD_NOM != ''";
		$resultats = $this->executerRequeter($requete);
		foreach ($resultats as $nom) {
			extract($nom);
			$nomen =array('nom_supra_generique' => 'nom_supra_generique=""', 'genre' => 'genre=""', 
				'epithete_infra_generique' => 'epithete_infra_generique=""', 'epithete_sp' => 'epithete_sp=""', 
				'type_epithete' => 'type_epithete=""', 'epithete_infra_sp' => 'epithete_infra_sp=""', 
				'cultivar_groupe' => 'cultivar_groupe=""', 'cultivar' => 'cultivar=""', 'nom_commercial' => 'nom_commercial=""');
			$parties_noms = explode(' ', $nom_sci);
			if ($rang < 220) {
				$nomen['nom_supra_generique'] = 'nom_supra_generique="'.$nom_sci.'"';
			} elseif ($rang == 220) {
				$nomen['genre'] = 'genre="'.trim($nom_sci).'"';
			} elseif ($rang < 290) {
				$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].'"';
				$nomen['epithete_infra_generique'] = 'epithete_infra_generique="'.$parties_noms[1].'"';
			} else {
				$nomen = array_merge($nomen, $this->decouperEspece($parties_noms));
				$hybride = $this->etreHybride($parties_noms);
				if (isset($parties_noms[2]) && ($hybride === false || $hybride > 2)) {
					$nomen = array_merge($nomen, $this->decouperSousEspece($parties_noms));
				}
			}
			$update = "UPDATE {$this->referentiel}_taxref SET ".implode(' , ', $nomen)." WHERE num_nom = ".$num_nom;
			$resultat = $this->executerRequeter($update);
		}
		return $nomen;
	}
	
	private function decouperSousEspece($parties_noms) {
		if ($this->etreTypeSousEpithete($parties_noms[2]) == true) {
			$nomen['type_epithete'] = 'type_epithete="'.$parties_noms[2].'"';
			$nomen['epithete_infra_sp'] = 'epithete_infra_sp="'.$parties_noms[3].'"';
		} elseif (strpos($parties_noms[2], '(') === 0) {
			$nomen['cultivar_groupe'] = 'cultivar_groupe="'.trim($parties_noms[2], "(").'"';
		} elseif (strpos($parties_noms[2], "'") === 0) {
			$nomen['cultivar'] = 'cultivar="'.trim($parties_noms[2], "'").'"';
		} elseif (ctype_upper($parties_noms[2]) === true) {
			$nomen['nom_commercial'] = 'nom_commercial="'.$parties_noms[2].'"';
		} else {
			$nomen['epithete_infra_sp'] = 'epithete_infra_sp="'.$parties_noms[2].'"';
		}
		return $nomen;
	}
	
	private function etreTypeSousEpithete($chaine) {
		$type = false;
		$types_epithete = array('subsp.', 'infra-sp.', 'var.', 'subvar.', 'f.', 'subf.', 'f. sp.', 'race', 'proles');
		if (in_array(utf8_encode($chaine), $types_epithete)) {
			$type = true;
		}
		return $type;
	}
	
	private function decouperEspece($parties_noms) {
		$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].'"';
		$nomen['epithete_sp'] = 'epithete_sp="'.$parties_noms[1].'"';
		$hybride = $this->etreHybride($parties_noms);
		$chimere = array_search('+', $parties_noms);
		if ($hybride != false || $hybride===0) {
			$nomen = $this->decouperEspeceHybride($hybride, $parties_noms);
		}
		return $nomen;
	}
	
	private function etreHybride($parties_noms) {
		$hybride = array_search('x', $parties_noms);
		return $hybride;
	}
	
	private function decouperEspeceHybride($hybride, $parties_noms) {
		if ($hybride == 0) {
			$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].' '.$parties_noms[1].'"';
			$nomen['epithete_sp'] = 'epithete_sp="'.$parties_noms[2].'"';
		} elseif ($hybride == 1 && count($parties_noms) == 4) {
			$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].' '.$parties_noms[1].' '.$parties_noms[2].'"';
			$nomen['epithete_sp'] = 'epithete_sp="'.$parties_noms[3].'"';
		} elseif ($hybride == 1 && count($parties_noms) == 3) {
			$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].'"';
			$nomen['epithete_sp'] = 'epithete_sp="'.$parties_noms[1].' '.$parties_noms[2].'"';
		} elseif ($hybride == 2) {
			$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].'"';
			$nomen['epithete_sp'] = 'epithete_sp="'.$parties_noms[1].' '.$parties_noms[2].' '.$parties_noms[3].'"';
		}
		return $nomen;
	}
	
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
	private function ecrireFichierCsv(&$contenu, $fichier) {
		$retour = true;
		$fichier = fopen($fichier, "w");
		fputcsv($fichier, $this->noms_colonnes, chr('9'));
		foreach ($contenu as $ligne) {
			if (fputcsv($fichier, $ligne, chr('9')) == false) {
				$e = "Une erreur est survenu lors de l'écriture du fichier : $fichier";
				Debug::printr($e);
				$retour = false;
			}
		}
		$contenu = null;
		return $retour;
	}
	
	
	private function connecterPDO() {
		Config::charger('./configurations/bdd.ini');
		try {
			$dsn = Config::get('bdd_type').':dbname='.Config::get('bdd_nom').';host='.
				Config::get('bdd_hote');
			//$dsn = "mysql:dbname=referentiels;host=localhost";
			$this->bdd = new PDO($dsn, Config::get('bdd_utilisateur'), Config::get('bdd_mot_de_passe'));
		} catch (PDOException $e) {
			print_r($e);
			echo 'La connexion à la base de donnée via PDO a échouée : ' . $e->getMessage();
		}
		// Passe en UTF-8 la connexion à la BDD
		$this->bdd->exec("SET NAMES 'utf8'");
		// Affiche les erreurs détectées par PDO (sinon mode silencieux => aucune erreur affiché)
		$this->bdd->setAttribute(PDO::ATTR_ERRMODE, PDO::ERRMODE_EXCEPTION);
	}
	
	protected function executerRequeter($requete) {
		$infos = null;
		try {
			$infos = $this->bdd->query($requete);
			if ($infos === false) {
				echo $requete;
			}
		} catch (PDOException $e) {
			echo sprintf($e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage(), $e->getCode(), $requete);
		}
		return $infos;
	}
}
?>