* @license GPL v3 * @license CECILL v2 * @copyright 2010 Tela-Botanica * @version $Id$ */ class Referentiel extends Ref { /** * Méthode principale appelée avec une requête de type GET. */ public function getElement($params_url = array()) { // Initialisation des variables $info = array(); // Nour recherchons le type de requête demandé $p = $this->traiterParametresUrl(array('type'), $params_url, false); extract($p); if (!is_null($type)) { $methode = 'getElement'.$type; if (method_exists($this, $methode)) { array_shift($params_url); $info = $this->$methode($params_url); } else { $this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible."; } } else { $this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête."; } // Envoie sur la sortie standard $this->envoyer($info); } /* Méthode pour récupérer les infos sur les référentiels disponibles * Appelée avec les paramêtres d'url suivant : * /RefReferentiel/tout/code_du_referentiel */ public function getElementDispo($params_url) { $requete = 'SHOW TABLES '; $donnees = false; // Récupération des résultats try { $tables = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, 0); if ($tables !== false) { foreach ($tables as $table) { if (preg_match('/^([a-z]+)_meta$/', $table, $match)) { $donnees[] = $match[1]; } } } else { $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat."; } } catch (PDOException $e) { $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()); } return $donnees; } /* Méthode pour récupérer les noms d'un référentiel. * Appelée avec les paramêtres d'url suivant : * /Referentiel/tout/code_du_referentiel?start=0&limit=1000 */ public function getElementTout($params_url) { $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false); extract($p); $donnees = false; if (!is_null($projet)) { $requete = ($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '. "FROM $projet ". 'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'num_nom ASC').' '. "LIMIT $this->start, $this->limit "; $this->debug[] = $requete; // Récupération des résultats try { $donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC); if ($donnees === false) { $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat."; } else { $donnees_tmp = $donnees; $donnees = array(); foreach ($donnees_tmp as &$nom) { $donnees[$nom['num_nom']] = $nom; unset($nom); } } } catch (PDOException $e) { $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()); } } else { $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff)."; } return $donnees; } /* Méthode pour récupérer le nombre de noms présents dans un référentiel. * Appelée avec les paramêtres d'url suivant : * /RefReferentiel/nombre/code_du_referentiel */ public function getElementNombre($params_url) { $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false); extract($p); $nbre = false; if (!is_null($projet)) { $requete = 'SELECT COUNT(*) AS nbre '. "FROM $projet "; // Récupération des résultats try { $nbre = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn(); if ($nbre === false) { $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat."; } } catch (PDOException $e) { $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()); } } else { $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff)."; } return $nbre; } /* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel. * Appelée avec les paramêtres d'url suivant : * /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel */ public function getElementNom($params_url) { $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false); extract($p); $nom = false; if (!is_null($projet)) { $requete = "SELECT titre FROM {$projet}_meta WHERE id_meta = (SELECT MAX(id_meta) FROM {$projet}_meta);"; // Récupération des résultats try { $nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn(); if ($nom === false) { $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat."; } } catch (PDOException $e) { $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()); } } else { $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff)."; } return $nom; } /* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel. * Appelée avec les paramêtres d'url suivant : * /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel */ public function getElementDateMiseAJour($params_url) { $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false); extract($p); $nom = false; if (!is_null($projet)) { $requete = 'SELECT UPDATE_TIME '. 'FROM information_schema.tables '. 'WHERE TABLE_SCHEMA = \'referentiels\' '. 'AND TABLE_NAME = \''.$projet.'\''; // Récupération des résultats try { $nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn(); if ($nom === false) { $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat."; } } catch (PDOException $e) { $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()); } } else { $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff)."; } return $nom; } /* Méthode pour récupérer certains champs et noms pour l'export * Appelée avec les paramètres d'url suivant : * /Recherche/Export/_ * ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, version, champs, filtre * Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur * */ public function getElementExport($param) { // Initialisation des variables $info = array(); $p = $this->traiterParametresUrl(array("ref","version","champs","filtre", "encodage"), $param, false); $ref = $p['ref'].'_v'.$p['version']; $racine_tmp = $this->config['chemins']['chemin_tmp']; $dossier = $racine_tmp.date('Y_m_d').'/'; if(!is_dir($dossier)){ mkdir($dossier); chmod($dossier, 0777); } $fichier = $dossier.$ref."_".time().'.csv'; if (isset($p['champs'])) { $champs = $this->formaterColonnes($p['champs'], $ref); $requete = 'SELECT "'.implode('","', $champs['titre']).'" UNION ALL (SELECT '.implode(', ',$champs['select']). " INTO OUTFILE '".$fichier."' CHARACTER SET utf8 FIELDS TERMINATED BY '\t' OPTIONALLY ENCLOSED BY '' LINES TERMINATED BY '\n' ". " FROM $ref a left join $ref b on b.num_nom=a.num_nom_retenu"; if (isset($p['filtre']) && $p['filtre'] != "*") { $param_filtres = explode(",",$p["filtre"]); $dernier_filtre = array_pop($param_filtres); $filtres = array("nnr"=>"a.num_nom = a.num_nom_retenu", "pre" => "a.presence = 'P'"); if ($dernier_filtre != '' && $dernier_filtre != '*') { if (!isset($filtres[$dernier_filtre])) {// si il s'agit du filtre famille $filtres["fam"] = "a.famille = '".$dernier_filtre."'"; $dernier_filtre = "fam"; } array_push($param_filtres, $dernier_filtre); } $requete .= " WHERE ".implode(" AND ",array_intersect_key($filtres, array_flip($param_filtres))); } $requete .= ")"; // Récupération des résultats try { $donnees = $this->bdd->query($requete); if ($donnees === false) { $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete"; } else { $info = $donnees; } } catch (PDOException $e) { $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete; } } return $fichier; } private function formaterColonnes($colonnes, $ref) { $colonnesOrdonnees = array("nn" => array("a.num_nom", "num_nom", "Numéro nomenclatural"), "nr" => array("a.num_nom_retenu", "num_nom_retenu", "Numéro nomenclatural du nom retenu"), "nt" => array("a.num_taxonomique", "num_taxonomique", "Numéro taxonomique"), "cd" => array("a.cd_nom", "cd_nom", "Numéro INPN"), "rg" => array("a.rang", "rang", "Code rang"), "fam" => array("a.famille", "famille", "Famille (APG III)"), "nsc" => array("concat(a.nom_sci,' ',a.auteur)", "nom_sci", "Nom avec auteur"), "bibc" => array("concat(a.annee,' ',a.biblio_origine)", "annee", "Année et bibliographie"), "nsrc" => array("a.nom_complet", "nom_complet", "Nom retenu avec auteur"), "nf" => array("a.nom_francais", "nom_francais", "Nom français normalisé"), "extax" => array("if (a.exclure_taxref = 1, 0, 1)", "exclure_taxref", "Présent dans Taxref"), "lien" => array("concat('http://www.tela-botanica.org/bdtfx-nn-',a.num_nom)", "num_nom", "Permalien"), "ntsup" => array("a.num_tax_sup", "num_tax_sup", "Numéro nomenclatural rang supérieur"), "pre" => array("a.presence", "presence", "Répartition géographique"), "ns" => array("a.nom_sci", "nom_sci", "Nom sans auteur"), "aut" => array("a.auteur", "auteur", "Auteur"), "ann" => array("a.annee", "annee", "Année publication"), "bib" => array("a.biblio_origine", "biblio_origine", "Bibliographie"), "ntype" => array("a.num_type", "num_type", "Numéro du type"), "nbas" => array("a.num_basionyme", "num_basionyme", "Numéro du basionyme"), "genre" => array("a.genre", "genre", "Genre"), "esp" => array("a.epithete_sp", "epithete_sp", "Epithète espèce"), "eing" => array("a.epithete_infra_generique", "epithete_infra_generique", "Epithète infragénérique"), "te" => array("a.type_epithete", "type_epithete", "Type d'épithète infraspécifique"), "einsp" => array("a.epithete_infra_sp", "epithete_infra_sp", "Epithète infraspécifique"), "hybp01" => array("a.hybride_parent_01", "hybride_parent_01", "Hybride parent 1"), "nomsupgen" => array("a.nom_supra_generique", "nom_supra_generique", "Nom supra générique"), "hybp02" => array("a.hybride_parent_02", "hybride_parent_02", "Hybride parent 2"), "stori" => array("a.statut_origine", "statut_origine", "Statut d'origine"), "stint" => array("a.statut_introduction", "statut_introduction", "Statut d'introduction"), "stcult" => array("a.statut_culture", "statut_culture", "Statut de culture"), "notes" => array("a.notes", "notes", "Remarques"), "nomadd" => array("a.nom_addendum", "nom_addendum", "Commentaires nomenclaturaux"), "nsr" => array("b.nom_sci as nom_sci_retenu", "nom_sci", "Nom retenu sans auteur"), "hom" => array("a.homonyme", "homonyme", "Homonymie"), "syn" => array("CASE a.num_nom_retenu WHEN a.num_nom THEN 'retenu' WHEN '' THEN 'ambigu' ELSE 'synonyme' END AS synonymie", "num_nom_retenu", "Statut du nom" ), "synprop" => array("a.synonyme_proparte", "synonyme_proparte", "Synonyme proprate"), "syndout" => array("a.synonyme_douteux", "synonyme_douteux", "Synonyme douteux"), "synmapp" => array("a.synonyme_mal_applique", "synonyme_mal_applique", "Synonyme mal appliqué"), "synorth" => array("a.synonyme_orthographique", "synonyme_orthographique", "Synonyme orthographique"), "orthori" => array("a.orthographe_originelle", "orthographe_originelle", "Orthographe originelle"), "hybp01n" => array("a.hybride_parent_01_notes", "hybride_parent_01_notes", "Hybride parent 1 notes"), "hybp02n" => array("a.hybride_parent_02_notes", "hybride_parent_02_notes", "Hybride parent 2 notes"), "cultgp" => array("a.cultivar_groupe", "cultivar_groupe", "Groupe de cultivar"), "cult" => array("a.cultivar", "cultivar", "Nom cultivar"), "nomcomm" => array("a.nom_commercial", "nom_commercial", "Nom commercial"), "autres" => array("a.*", "*", "Autres")); $colonnes = explode(",", $colonnes); $requete = "SHOW COLUMNS FROM $ref"; $colonnesTable = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, "Field"); foreach ($colonnes as $colonne) { if ($colonne == "autres") { foreach ($colonnesOrdonnees as $colOrd) { $test[] = $colOrd[1]; } $colonneAutres = array_diff($colonnesTable, $test); $champs['select'] = array_merge($champs['select'], array_map(array($this, 'ajouterIndexTable'), $colonneAutres)); $champs['titre'] = array_merge($champs['titre'], array_map(array($this, 'ajouterAutresTable'), $colonneAutres)); } else { if (array_search($colonnesOrdonnees[$colonne][1], $colonnesTable) !== false) { $champs['select'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][0]; $champs['titre'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][2]; } } } return $champs; } private function ajouterIndexTable($valeur) { return 'a.'.$valeur; } private function ajouterAutresTable($valeur) { return 'Autres : '.$valeur; } /** * Méthode principale appelée avec une requête de type POST. */ public function updateElement($params_url, $params_post) { // Initialisation des variables $info = array(); // Nour recherchons le type de requête demandé extract($this->traiterParametresUrl(array('action'), $params_url, true)); extract($this->traiterParametresPost(array('referentiel'), $params_post, true)); extract($this->traiterParametresPost(array('noms'), $params_post, false)); $referentiel =trim($referentiel, "'"); if (!is_null($referentiel)) {$action =trim($action, "'"); if (!is_null($action)) { $methode = 'updateElement'.$action; if (method_exists($this, $methode)) { //array_shift($param); $info = $this->$methode($referentiel, $noms); } else { $this->messages[] = "Le type de mise à jour demandé '$action' n'est pas disponible."; } } else { $this->messages[] = "Veuillez préciser le type de mise à jour à faire."; // TODO : coder une mise à jour générique dans une méthode updateElementDefaut($id, $params_post); } } else { $this->messages[] = "Veuillez préciser l'id du traitement comme premier paramêtre dans l'url."; } // Envoie sur la sortie standard $this->envoyer($info); } private function getElementTablePrChpFamille($referentiel) { $infos = "";$referentiel = $referentiel[0]; $requete = "SHOW COLUMNS FROM {$referentiel} LIKE 'famille' "; $resultat = $this->bdd->query($requete)->fetch(); if ($resultat === false) { $requete = "ALTER TABLE {$referentiel} ". 'ADD famille VARCHAR(50) '. 'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT "" '; $this->bdd->exec($requete); } $requeteInfos = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '. "FROM {$referentiel} ". "WHERE rang >= 180 ". "ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC "; $infos = $this->bdd->query($requeteInfos)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC); return $infos; } private function updateElementChpFamille($referentiel, $noms) { foreach ($noms as $id => $famille) { $requete = "UPDATE {$referentiel} SET famille = '$famille' WHERE num_nom = $id "; $resultat = $this->bdd->query($requete); if ($resultat === false) { $this->messages[] = "Erreur d'insertion pour le tuple $id"; } } } } ?>