* @author Aurélien Peronnet * @copyright 2010 Tela-Botanica * @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL * @version SVN: * @link /doc/jrest/ */ /** * * La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client * ne soit dépendant de la version d'eflore */ class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel { private $url_service_nom = null; private $url_service_taxon = null; private $url_service_chorologie = null; private $masque_recherche = null; private $code_referentiel = 'bdtfx'; public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') { parent::__construct($config); $this->code_referentiel = $code_referentiel; $this->formaterUrlsServices($config); } private function formaterUrlsServices($config) { $this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']); $this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']); $this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs']; } public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) { $liste_genre_espece = array(); $this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *')); $masque = urlencode($this->masque_recherche); $requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au'); if($requete != '') { $requete = json_decode($requete); if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) { foreach ($requete->resultat as $id => $res) { $retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4'; $liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu); } } usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom')); } return $liste_genre_espece; } function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) { if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) { return -1; } elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) { return 1; } else { return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]); } } public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) { $resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom); $retour_infos_complementaires = array(); if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'] != '') { $retour_infos_complementaires=array(($this->supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']))); } return $retour_infos_complementaires; } public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) { $nom_saisi = trim($nom_saisi); // Essai de recherche sur le nom saisi tel quel $liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, true); if(empty($liste_genre_espece)) { // Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur $nom_saisi_sans_auteur = $this->supprimerAuteur($nom_saisi); $liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, true); if(empty($liste_genre_espece)) { // Dernière tentative : essai de recherche étendue $liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, false); } } return $liste_genre_espece; } private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $stricte = true) { $url_recherche = $this->getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte); $resultat = @file_get_contents($url_recherche); $liste_genre_espece = array(); if($resultat != '') { $liste_genre_espece = $this->parserResultatRechercheTaxon($resultat); } return $liste_genre_espece; } private function getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte = true) { $type_recherche = $stricte ? 'stricte' : 'etendue'; return $url_recherche_etendue = $this->url_service_nom.'?masque='.urlencode($nom_saisi).'&recherche='.$type_recherche.'&ns.format=txt&retour.champs=nom_sci,auteur,nom_retenu.id&navigation.limite=1'; } private function supprimerAuteur($nom_saisi) { // Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100% // mais ça marche dans la plupart des cas // à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur // TODO: gérer les hybrides $nameparser = new NameParser(); if($this->estUnHybride($nom_saisi) || $this->estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) { $nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi); $derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x')); $nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2)); } else { $auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi); $nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi); } $nom_saisi_sans_auteur = trim($nom_saisi_sans_auteur); return $nom_saisi_sans_auteur; } private function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) { return strpos($nom_saisi,' x ') !== false; } private function estUnHybride($nom_saisi) { return strpos($nom_saisi,'x ') === 0; } private function parserResultatRechercheTaxon($resultat) { $liste_genre_espece = array(); $resultat = json_decode($resultat); if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat)) { foreach ($resultat->resultat as $id => $res) { $nom_complet = $res->{'nom_sci'}.' '.$res->auteur; $liste_genre_espece[] = array($id,$nom_complet); } } return $liste_genre_espece; } public function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($num_nom) { $infos_formatees = array(); $infos = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom); if(is_object($infos)) { $infos_formatees = $this->formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos); } return $infos_formatees; } public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) { $infos = array(); $url = $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'; $resultat = @file_get_contents($url); if($resultat != '') { $infos = json_decode($resultat); } return $infos; } private function formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos) { $infos = (array)$infos; return $infos_formatees = array( 'Nom_Retenu' => $this->supprimerBiblio($infos['nom_retenu_complet']), 'Num_Nom_Retenu' => $infos['nom_retenu.id'], 'Num_Taxon' => $infos['num_taxonomique'], 'Famille' => $infos['famille'] ); return $infos_formatees; } private function supprimerBiblio($nom) { return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom); } public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) { $nt = null; $url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique'; $resultat = @file_get_contents($url); if($resultat != '') { $infos = json_decode($resultat); $nt = $infos->num_taxonomique; } return $nt; } public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) { $presence_taxon = false; $url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1'; $resultat = @file_get_contents($url); if($resultat != '') { $resultat = json_decode($resultat); if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) { $presence_taxon = true; } } return $presence_taxon; } public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) { $infos = array(); //TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs $url = $this->url_service_taxon."/nt:".$numTax; $resultat = @file_get_contents($url); if($resultat != '') { $infos = json_decode($resultat); } return $infos; } function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) { // texte libre, nom scientifique, // ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999) // ou code taxonomique (format BDNFFnt999999) $identifiant_espece=trim($identifiant_espece); $identifiant_espece=utf8_encode($identifiant_espece); $retour = array(); //TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements); if (isset($elements[1])) { // Numero nomenclatural $infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]); $retour = array("nom_sel" => $infos_taxon['Nom_Retenu'], "en_id_nom" => $elements[1]); } else { // Numero taxonomique ou nom scientifique preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements); if (isset($elements[1])) { // Numero taxonomique $infos_taxon = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]); if(isset($infos_taxon['nom_retenu.libelle']) && isset($infos_taxon['id'])) { $nom = $infos_taxon['nom_retenu.libelle']; $nom .= (isset($infos_taxon['auteur'])) ? ' '.$infos_taxon['auteur'] : ''; $retour = array("nom_sel" => $nom, "en_id_nom" => $infos_taxon['id']); } } else { // Nom scientifique $id_nom = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece); // Recherche du nom associe $retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece); if(is_array($id_nom) && count($id_nom) > 0 && isset($id_nom[0][0]) && isset($id_nom[0][1])) { $nn = $id_nom[0][0]; $retour = array("nom_sel" => $id_nom[0][1], "en_id_nom" => $id_nom[0][0]); } } } return $retour; } } ?>