/*
 Ceci est une version dérivée de referonosaure.sql dans laquel est postulé que
 les nom_ret sont un critère tangible.
 En effet, sauf bug, il n'y a pas de raison qu'un num_nom_retenu soit moins fiable qu'un num_nom.
 Cependant un taxon peut changer de num_nom_retenu, et auquel cas c'est bien referonosaure.sql
 qu'il faut utiliser.
 Cependant pour un simple "rafraîchissement" des chaînes de caractères attribuées au noms retenus,
 ce script, referonosaure_fromNomRet.sql, doit suffire.


 Attention, les nom_sel_nn = 0 doivent avoir disparus de cel_obs *AU PRÉALABLE* car le test
 n'est pas effectué.
 cf: maj-cleanup-201307.sql
*/


/* test:
   SELECT c.nom_ret_nn, c.nom_ret, b.nom_sci, b.auteur, c.famille, b.famille, c.nt, b.num_taxonomique
   FROM  cel_obs c, tb_eflore.bdtfx_v1_01 b
   WHERE (
        nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
        AND nom_referentiel = 'bdtfx'
        AND nom_ret_nn = num_nom
        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL)
        AND (c.famille != b.famille OR c.nom_ret != CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur) OR c.nt != b.num_taxonomique)
       );
   = 2 taxons: 75134 et 75468 (changement de nt)
*/

-- l'update BDTFX avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b SET
       c.nom_ret = CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur),
       c.nt = b.num_taxonomique,
       c.famille = b.famille
   WHERE (
        nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
        AND nom_referentiel = 'bdtfx'
        AND nom_ret_nn = num_nom
        AND (c.mots_cles_texte IS NULL OR c.mots_cles_texte NOT LIKE '%WidgetFlorileges Sauvages%') -- TODO: bug transferts multiples + mobile.js
        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL OR c.famille = 'Famille inconnue')
       );
-- 25584
SELECT ROW_COUNT() AS "BDTFX upd après correction sur nom_ret_nn + nom_sel_nn";



-- l'update BDTXA avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a SET
       c.nom_ret = CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur),
       c.nt = a.num_tax,
       c.famille = a.famille
   WHERE (
        nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
        AND nom_referentiel = 'bdtxa'
        AND nom_ret_nn = num_nom
        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille) OR c.famille IS NULL)
       );
-- 2
SELECT ROW_COUNT() AS "BDTXA upd après correction sur nom_ret_nn + nom_sel_nn";




-- l'update ISFAN avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects  --
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i SET
       c.nom_ret = CONCAT(i.nom_sci, ' ', i.auteur),
       c.nt = i.num_taxonomique,
       c.famille = i.famille
   WHERE (
        nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
        AND nom_referentiel = 'isfan'
        AND nom_ret_nn = num_nom
        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(i.famille) OR c.famille IS NULL)
       );
-- 2 ou 0
SELECT ROW_COUNT() AS "ISFAN upd après correction sur nom_ret_nn + nom_sel_nn";



/*
Pour observer les différences:
wdiff -w '$(tput bold;tput setaf 1)' -x '$(tput sgr0)' -y '$(tput bold;tput setaf 2)' -z '$(tput sgr0)'  pre.log post.log | \
      ansi2html.sh --palette=solarized | \
      sed '/^[0-9]/{/span/!d}' > diff.html

# extract les familles ayant changé: sed '/^[0-9]/{/<\/span>$/!d}'
# lowercase toutes les familles: awk '{ NF=tolower($NF); print }'


# filtre sed: changements de famille "normaux"
/aceraceae.*sapindaceae/d
/scrophulariaceae.*plantaginaceae/d
/globulariaceae.*plantaginaceae/d
/Famille inconnue.*null/d

# changement "anormaux"
/rosaceae.*caprifoliaceae/d
/valerianaceae.*caprifoliaceae/d



SELECT nom_sel, nom_ret FROM cel_obs GROUP BY nom_sel, nom_ret INTO OUTFILE '/tmp/new.csv' ;
SELECT id_observation, nom_sel, nom_sel_nn, nom_ret, nom_ret_nn FROM cel_obs INTO OUTFILE '/tmp/id.csv' ;
$ wdiff x y|sed -n "/\x1b/p"|less
*/
