* @license GPL v3 * @license CECILL v2 * @version 1.0 * @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org) */ abstract class CommunNomsTaxons extends Commun { /** Tableau de correspondance entre les noms des champs et les codes de l'ontologie.*/ private $relationsChampsCodesOntologie = null; protected $table_retour; //Permet de stocker le tableau de résultat (non encodé en json) protected $resultat_req; // Permet de stocker le résultat de la requete principale. protected $compo_nom = null; //Stocke sous forme de tableau les composant du nom à ajouter au nom scientifique protected $table;// Nom de la table dans laquelle on récupèrera les données dans les requetes SQL protected $total_resultat = null; /** Stocke le service appelé correspondant. Est utilisé principalement lors de l'affichage du href d'un synonyme (ex id=12, basionyme num 25 est un synonyme) dans le service taxon */ protected $service_href = null; protected $erreursParametres = null; protected $sans_nom_sci = array('gen','sp','ssp','fam','au_ss','bib_ss'); private $bib_traitees = array(); private $ontologie = array(); //+------------------------------- PARAMÈTRES ---------------------------------------------------------------+ public function traiterParametres() { $this->definirParametresParDefaut(); $this->verifierParametres(); if (isset($this->parametres) && count($this->parametres) > 0) { foreach ($this->parametres as $param => $val) { switch ($param) { case 'ns.structure' : $this->remplirTableCompositionNom($val); if (in_array($val,$this->sans_nom_sci)){ $this->requete_champ = implode(', ',$this->compo_nom); }else { $this->requete_champ .= ' ,'.implode(', ',$this->compo_nom); } break; case 'navigation.depart' : $this->limite_requete['depart'] = $val; break; case 'navigation.limite' : $this->limite_requete['limite'] = $val; break; } } $this->traiterParametresSpecifiques(); } } protected function definirParametresParDefaut() { if (empty($this->parametres['recherche'])) { $this->parametres['recherche'] = 'stricte'; } if (empty($this->parametres['ns.format'])) { $this->parametres['ns.format'] = 'txt'; } if (empty($this->parametres['retour.format'])) { $this->parametres['retour.format'] = 'max'; } if (empty($this->parametres['ns.structure']) && $this->parametres['retour.format'] != 'oss') { $this->parametres['ns.structure'] = 'au,an,bib,bib_excl'; } } public function verifierParametres() { //$this->verifierParametresAPI(); $this->verifierParametre('recherche', 'stricte|floue|etendue|complete'); $this->verifierParametre('ns.format', 'htm|txt'); $this->verifierParametre('retour.format', 'min|max|oss|perso'); $this->verifierParametreAvecValeurMultipe('ns.structure', 'an|au|bib|ad|gen|sp|ssp|fam|au_ss|bib_ss|bib_excl'); /*if (count($this->erreursParametres) > 0) { $m = 'Erreur dans votre requête : '.implode('
', $this->erreursParametres); $this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m); }*/ } public function verifierParametresAPI() { $parametresApi = $this->recupererTableauConfig('parametresAPI'); while (!is_null($parametre = key($this->parametres))) { if (!in_array($parametre, $parametresApi)) { $this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' n'est pas pris en compte par cette version de l'API."; } next($this->parametres); } } public function verifierParametre($parametre, $valeursPermises) { if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) { $valeur = $this->parametres[$parametre]; $this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises); } } public function verifierParametreAvecValeurMultipe($parametre, $valeursPermises) { if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) { $valeursConcatenees = $this->parametres[$parametre]; $valeurs = explode(',', $valeursConcatenees); foreach ($valeurs as $valeur) { $this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises); } } } private function verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises) { if (!in_array($valeur, explode('|', $valeursPermises))) { $this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' ne peut pas prendre la valeur '$valeur'. Valeurs permises : $valeursPermises"; } } public function traiterParametresCommuns() { } public function ajouterFiltreMasque($nom_champ, $valeur) { $orig_val = $valeur; $valeur = explode(',',$valeur); $conditions = array(); if ($nom_champ == 'annee' || $nom_champ == 'rang') { foreach ($valeur as $val) { $conditions[] = "$nom_champ = ".$this->getBdd()->proteger($val); } } else { if ($this->parametres['recherche'] == 'etendue') { foreach ($valeur as $val) { $val = $this->modifierValeur($val); $conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val); } } elseif ($this->parametres['recherche'] == 'floue') { foreach ($valeur as $val) { $val = $this->getBdd()->proteger($val); $conditions[] = "( SOUNDEX($nom_champ) = SOUNDEX($val))". " OR ( SOUNDEX(REVERSE($nom_champ)) = SOUNDEX(REVERSE($val)))"; } // utile pour la détermination à partir d'un nom retenu (concat(nom_sci,auteur)) lors // d'un import depuis le CEL } elseif ($this->parametres['recherche'] == 'concat' && $nom_champ == 'nom_sci') { $conditions[] = "CONCAT(nom_sci, ' ', auteur) = " . $this->getBdd()->proteger($orig_val); } else { foreach ($valeur as $val) { $conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val); } } } $this->requete_condition[]= '('.implode(' OR ', $conditions ).')'; $this->masque[$nom_champ] = $nom_champ.'='.implode(',',$valeur); } private function modifierValeur($valeur) { $valeur = $this->remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur); $valeur = $this->preparerChainePourRechercheEtendue($valeur); return $valeur; } private function remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur) { $caracteres = array('×', '%D7', '+', '%2B'); $remplacements = array('x ','x ', '+', '+'); $valeur = str_replace($caracteres, $remplacements, $valeur); return $valeur; } private function preparerChainePourRechercheEtendue($valeur) { $valeur = str_replace(' ', '% ', trim($valeur)); $valeur = $valeur.'%'; return $valeur; } //+-------------------------------Fonctions d'analyse des ressources-------------------------------------+ private function etreRessourceId() { $ok = false; if ($this->estUnIdentifiant() && count($this->ressources) == 1) { $ok = true; } return $ok; } public function traiterRessources() { if (isset($this->ressources) && count($this->ressources) > 0) { if ($this->ressources[0] == 'relations') { $this->traiterRessourceIdRelations(); } elseif ($this->estUnIdentifiant()) { //l'identifiant peut etre de type /#id ou /nt:#id $this->traiterRessourcesIdentifiant(); // dans le service noms ou taxons } elseif ($this->ressources[0] == 'stats') { //ressource = noms/stats $this->traiterRessourcesStats(); } else { $e = 'Erreur dans votre requete
Ressources disponibles :
  • /'.$this->service.'/#id (id : L\'identifiant du nom rechercher)
  • /'.$this->service.'/nt:#id (id : Numero du taxon recherche)
  • /'.$this->service.'/stats
  • '; $this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); } } } public function traiterRessourcesStats() { $this->format_reponse = $this->service.'/stats'; $e = "Erreur dans votre requête
    Ressources disponibles : $this->service/stats/[annees|rangs|initiales]"; if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) { switch ($this->ressources[1]) { case 'annees' : $this->traiterRessourceStatsAnnees(); break; case 'rangs' : $this->traiterRessourceStatsRangs(); break; case 'initiales' : $this->traiterRessourceStatsInitiales(); break; default : $this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); break; } } else { $this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); } } /** Vérifie si la première valeur de la table de ressource est un identifiant : * un numerique ou un numéro taxonomique sous la forme nt:xx */ public function estUnIdentifiant() { return (is_numeric($this->ressources[0]) || (strrpos($this->ressources[0],'nt:') !== false && is_numeric(str_replace('nt:','',$this->ressources[0])))); } //+------------------------------------------------------------------------------------------------------+ // Fonction d'analyse des parametres /** Permet de remplir le tableau compo_nom. Il comprendra en fct du paramètre ns.structure les éléments à rajouter * au nom_sci (annee, auteur, biblio ou addendum). */ public function remplirTableCompositionNom($valeur) { $structure_nom = explode(',', $valeur); foreach ($structure_nom as $structure) { $structure = trim($structure); $patterns = array('/^an$/', '/^au$/', '/^bib$/', '/^ad$/', '/^sp$/', '/^gen$/', '/^ssp$/','/^fam$/', '/^au_ss$/','/^bib_ss$/','/^bib_excl$/'); $champs = array('annee', 'auteur', 'biblio_origine', 'nom_addendum', 'epithete_sp', 'genre', 'epithete_infra_sp','famille','auteur', 'biblio_origine','source_biblio_exclure'); // avec str_replace() 'sp' est inclu dans 'ssp', et la conversion pour 'ssp' est mauvaise $this->compo_nom[$structure] = preg_replace($patterns, $champs, $structure); } } public function mettreAuFormat() { if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') { if (strrpos($this->requete_champ, 'nom_sci_html as nom_sci') === false) { $this->requete_champ = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $this->requete_champ); } } } //+------------------------------------------------------------------------------------------------------+ // Fonctions de formatage /** Fonction permettant de creer la table dont le nom est passé en paramètre (champs_api, champs_bdtfx, * correspondance_champs...). Les données de chaque table sont présentes dans le fichier de configuration config.ini * @param String $table : Peut contenir plusieurs nom de table dont on souhaite récupérer les données : table,table,table. */ public function recupererTableSignification($table) { $tables = explode(',', $table); foreach ($tables as $tab) { if ($tab == 'champs_comp') { $champ_bdnff_api = array_keys($this->champs_api); //on recupère le nom des champ ds la bdd $this->champs_comp = array_diff($this->champs_table, $champ_bdnff_api); } elseif ($tab == 'champs_api') { foreach ($this->correspondance_champs as $key => $val) { preg_match('/(hybride[.]parent_0[12](?:[.]notes)?|nom_sci[.][^.]+|[^.]+)(?:[.](id|code))?/', $val, $match); $val = $match[1]; $this->champs_api[$key] = $val; } } else { $this->$tab = $this->recupererTableauConfig($tab); } } } public function formaterEnOss($resultat) { $table_nom = array(); $oss = ''; foreach ($resultat as $tab) { if (isset($tab['nom_sci']) ) { if (!in_array($tab['nom_sci'], $table_nom)) { $table_nom[] = $tab['nom_sci']; $oss[] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab); } }else { $res = $this->ajouterCompositionNom($tab); if($res) { $oss[] = $res; } } } if (isset($this->masque)) $masque = implode('&', $this->masque); else $masque = 'Pas de masque'; $table_retour_oss = array($masque, $oss); return $table_retour_oss; } public function afficherEnteteResultat($url_service) { $arr = array( 'depart' => $this->limite_requete['depart'], 'limite' => $this->limite_requete['limite'], 'total' => $this->total_resultat); if (isset($this->masque)) $arr['masque'] = implode('&', $this->masque); $url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, $url_service); if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') { $arr['href.precedent'] = $url['precedent']; } if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') { $arr['href.suivant'] = $url['suivant']; } return $arr; } public function afficherNomHrefRetenu($tab, $num) { $this->resultat_req = $tab; $this->afficherDonnees('num_nom', $num); if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { // sinon est affiché ds afficherDonnees(num_nom, $val) ci-dessus $this->table_retour['nom_sci'] = $tab['nom_sci']; $this->table_retour['nom_sci_complet'] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab); } if ($tab['num_nom_retenu'] != '') { $retenu = ($tab['num_nom_retenu'] == $num) ? 'true' : 'false'; } else { $retenu = 'absent'; } $this->table_retour['retenu'] = $retenu; // Pourquoi ce unset ? JPM - 28-03-2013 unset($this->table_retour['id']); } //+------------------------------------------------------------------------------------------------------+ // Fonction de formatage pour les services /#id/ public function formaterId($resultat) { $this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp'); $this->resultat_req = $resultat; foreach ($resultat as $cle => $valeur) { if ($valeur != '') { $this->afficherDonnees($cle, $valeur); } } if (isset($this->parametres['retour.champs']) && $this->format_reponse == 'noms/id') { $retour = $this->table_retour; $this->table_retour = array(); $champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']); $this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $retour); } unset($this->table_retour['href']); return $this->table_retour; } public function formaterIdChamp($resultat) { $this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp'); $reponse_id = $this->formaterId($resultat); $this->table_retour = array(); $champs = explode(' ', $this->ressources[1]); $this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id); return $this->table_retour; } protected function ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id) { $champs_a_libeller = array('nom_retenu', 'rang', 'basionyme', 'hybride', 'hybride.parent_01', 'hybride.parent_02', 'presence', 'tax_sup', 'statut_origine', 'statut_culture', 'statut_introduction'); $champs_forces = array('rang'); // même s'ils sont dans "à libeller", on les prend quand même en brut, en plus if (! is_null($champs) && is_array($champs) && count($champs) > 0) { foreach ($champs as $champ) { if ($this->verifierValiditeChamp($champ)) { if (strrpos($champ, '.*') !== false) { $this->afficherPointEtoile($champ, $reponse_id); } elseif (in_array($champ, $champs_a_libeller)) { $this->table_retour[$champ.'.libelle'] = (isset($reponse_id[$champ.'.libelle'])) ? $reponse_id[$champ.'.libelle'] : null; } else { $champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ); $this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null; } // champs bruts en plus, ajouté pour obtenir le rang, mais retourne rang.code avec du kk dedans :-/ if (in_array($champ, $champs_forces)) { $champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ); $this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null; } } } } } public function afficherPointEtoile($champ, $reponse) { preg_match('/^([^.]+\.)\*$/', $champ, $match); if ($match[1] == 'nom_sci') { $this->afficherNomSciPointEpithete($this->resultat_req); } else { foreach ($reponse as $chp => $valeur) { if (strrpos($chp, $match[1]) !== false) { if ($valeur != '') { $this->table_retour[$chp] = $valeur; } else { $this->table_retour[$chp] = null; } } } } } public function decomposerNomChamp($champ) { $decomposition = false; if (preg_match('/^(?:([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+))(?:\.(.+))?$/', $champ, $match)) { $radical_champ = $match[1]; $suffixe = (isset($match[2])) ? $match[2] : ""; $decomposition = array($radical_champ, $suffixe); } return $decomposition; } public function verifierValiditeChamp($champ) { $decomposition = $this->decomposerNomChamp($champ); $validite_ressource = true; if ($decomposition) { list($radical, $suffixe) = $decomposition; $champs_complementaire = array('nom_retenu_complet', 'basionyme_complet'); // on verifie si le nom du champ existe bien if (!$this->estChampApi($radical) && !$this->estChampComplementaire($radical)) { if (!in_array($radical, $champs_complementaire)) { $validite_ressource = false; $e = 'Le champ "'.$radical.'" n\'existe pas dans la base.

    '; $this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); } } elseif ($this->estUnPoint($champ)) { $validite_ressource = $this->verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical); } } return $validite_ressource; } public function estChampApi($radical_champ) { $champ_api_ok = false; if (in_array($radical_champ, $this->champs_api) || in_array($radical_champ, $this->correspondance_champs)) { $champ_api_ok = true; } return $champ_api_ok; } public function estChampComplementaire($radical_champ) { $champ_complementaire_ok = in_array($radical_champ, $this->champs_comp) ? true : false; return $champ_complementaire_ok; } public function verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical_champ) { $validite_ressource = true; if ($this->correspondAUnId($radical_champ) || $radical_champ == 'id') { $this->verificationSuffixesIdentifiant($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource); } elseif ($this->correspondAUnCode($radical_champ)) { $this->verificationSuffixesCodes($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource); } elseif ($radical_champ == 'nom_sci') { if ($suffixe != '*') { $validite_ressource = false; $m = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".
    Les suffixes possibles sont les suivants :
  • *
  • '; $this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m); } } else { $validite_ressource = false; $m = 'Erreur : Le paramètre "'.$radical_champ.'" ne peut pas présenter de suffixe.

    '; $this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m); } return $validite_ressource; } public function verificationSuffixesCodes(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource ) { if (!in_array($suffixe, array('*', 'code', 'href', 'details'))) { $validite_ressource = false; $e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'.
    Les suffixes ' .'possibles sont les suivants :
  • .*
  • .code
  • .href
  • .details
  • '; $this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); } } public function verificationSuffixesIdentifiant(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource) { if ((strrpos($radical_champ, 'parent') !== false && !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details', 'notes'))) || !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details')) && strrpos($radical_champ, 'parent') === false) { $validite_ressource = false; $e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".
    Les suffixes ' .'possibles sont les suivants :
  • .*
  • .id
  • .href
  • .details
  • ' .'
  • .notes (seulement pour les hybride.parent)'; $this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); } } //------------------------------fonction de formatage pour les services /stats/----------------------------------------- public function formaterStatsAnnee($resultat) { foreach ($resultat as $cle_annee) { $annee = ($cle_annee['annee'] != '') ? $cle_annee['annee'] : 'ND'; $nb = $cle_annee['nombre']; $retour_stats_annee[$annee] = $nb; } return $retour_stats_annee; } public function formaterStatsRang($resultat) { foreach ($resultat as $rangs) { if ($rangs['rang'] != 0) { $rang = $rangs['rang']; if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') { $retour_rang[$rang]['rang'] = $this->ajouterSignificationCode('rang',$rang); } $nombre = $rangs['nombre']; $retour_rang[$rang]['nombre'] = $nombre; } } return $retour_rang; } public function formaterStatsInitiales($resultat) { $rang = null; $table_rang = array(); foreach ($resultat as $tuple) { if ($tuple['rang'] != 0) { $this->memoriserRang($table_rang, $tuple, $rang); if ($tuple['lettre'] == 'x ') { $this->ajouterHybrideChimere('hybride', $rang, $tuple); } elseif ($tuple['lettre'] == '+ ') { $this->ajouterHybrideChimere('chimere', $rang, $tuple); } else { $l = substr($tuple['lettre'], 0, 1); if (isset($this->table_retour[$rang][$l])) { $this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] += floatval($tuple['nb']); } else { $this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] = floatval($tuple['nb']); } } } } return $this->table_retour; } public function memoriserRang(&$table_rang, $tuple, &$rang) { if (is_array($table_rang)) { if (!in_array($tuple['rang'], $table_rang)) { $rang = $tuple['rang']; $table_rang[] = $rang; if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') { $rang = $this->ajouterSignificationCode('rang', $rang); } } } } public function ajouterHybrideChimere($groupe, &$rang, &$tuple) { if (isset($this->table_retour[$rang][str_replace('hybride', 'hyb', $groupe)])) { $this->table_retour[$rang][$groupe] += floatval($tuple['nb']); } else { $this->table_retour[$rang][$groupe] = floatval($tuple['nb']); } } //-----------------------------Fonctions d'affichage utiliser dans les fonctions de formatage--------------------------- public function afficherDonnees($champApi, $valeur) { $champBdd = $this->trouverChampBddCorrespondant($champApi); if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { if ($champApi == 'nom_sci') { $valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req); } if ($champApi == 'nom_sci_html') { $valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm'); } $this->table_retour[$champBdd] = $valeur; // on essaye de permettre l'obtention du nom_sci_complet, y compris en retour.format == 'min', // tout en évitant les appels aux ontologies /*if ($this->correspondAUnId($champBdd) || $champBdd == 'id' && $valeur != '0') { preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $champBdd, $match); if(strpos($this->parametres['retour.format'], $match[1]) !== false) $this->afficherSignification($match[1], $valeur); }*/ } else { $this->afficherToutesLesInfos($champBdd, $valeur); } } public function trouverChampBddCorrespondant($champApi) { if (array_key_exists($champApi, $this->champs_api)) { $champBdd = $this->correspondance_champs[$champApi]; } else { $champBdd = $champApi; } return $champBdd; } public function afficherToutesLesInfos($nom_champ_api, $valeur) { if ($this->presentePlusieursId($nom_champ_api, $valeur)) { preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match); $this->afficherInfosPrecises($match[1], 'details', $valeur); $this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur; } elseif (strrpos($nom_champ_api, 'parent') !== false && strrpos($nom_champ_api, 'notes') !== false) { $this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur; } elseif (($this->correspondAUnId($nom_champ_api) || $nom_champ_api == 'id' && $valeur != '0')) { preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match); $this->afficherInfosPrecises($match[1], 'id,signification,href', $valeur); } elseif ($this->correspondAUnCode($nom_champ_api)) { preg_match('/^([^.]+)(?:\.code)?$/', $nom_champ_api, $match); $this->afficherInfosPrecises($match[1], 'code,signification,href', $valeur); } elseif ($nom_champ_api == 'nom_sci_html') { $this->table_retour['nom_sci_html'] = $valeur; $this->table_retour['nom_sci_html_complet'] = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm'); }elseif ($nom_champ_api != 'nom_sci') { $this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur; } } public function presentePlusieursId($ressource, $valeur = null) { if ($valeur) { $presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false && strrpos($valeur, ',') !== false; } else { //pour la vérification du champ, on ignore alors la valeur de la ressource $presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false; } return $presente; } public function afficherInfosPrecises($champ, $suffixe, $valeur) { $suffixes = explode(',', $suffixe); //on initialise au service appelé. Sera potentiellement modifié dans la fonction afficherSignification() $this->service_href = $this->service; foreach ($suffixes as $suffixe) { switch ($suffixe) { case 'id' : $this->table_retour[str_replace('id.id', 'id', $champ.'.id')] = $valeur; break; case 'details' : $this->afficherTableDetails($champ, $valeur); break; case 'signification' : $this->afficherSignification($champ, $valeur); break; case 'href' : $url = $this->creerUrl($champ, $valeur); $this->table_retour[str_replace('id.href', 'href', $champ.'.href')] = $url; break; case 'code' : $this->table_retour[$champ.'.code'] = $this->obtenirCode($champ, $valeur); break; case 'notes' : $this->table_retour[$champ.'.notes'] = $this->resultat_req[str_replace('.', '_', $champ).'_notes']; break; default : break; } } } public function afficherTableDetails($nom_champ_api, $valeur) { $tab_id = explode(',', $valeur); $tab_res = $this->table_retour; $this->table_retour = array(); foreach ($tab_id as $id) { $this->afficherInfosPrecises($nom_champ_api, 'id,signification,href', $id); $tab_res[$nom_champ_api.'.details'][] = $this->table_retour; $this->table_retour = array(); } $this->table_retour = $tab_res; } private function obtenirCode($champ, $valeur) { $code = $this->transformerChampEnCode($champ); return "bdnt.$code:$valeur"; } private function transformerChampEnCode($champ) { if (is_null($this->relationsChampsCodesOntologie)) { $this->relationsChampsCodesOntologie = Outils::recupererTableauConfig('ChampsCodesOntologie'); } $code = $champ; if (array_key_exists($champ, $this->relationsChampsCodesOntologie)) { $code = $this->relationsChampsCodesOntologie[$champ]; } return $code; } public function creerUrl($champ, $valeur) { if ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') { $service = $this->service_href; $url = $this->ajouterHref($service, $valeur); } else { $code = $this->transformerChampEnCode($champ); $url = $this->ajouterHrefAutreProjet('ontologies', "$code:", $valeur, 'bdnt'); } return $url; } public function afficherSignification($champ, $valeur) { if ($champ == 'id' && isset($this->resultat_req['nom_sci']) && $this->resultat_req['num_nom'] == $valeur) { //si le nom_sci du num_nom que l'on veut afficher est déjà dans la table de résultat : $this->table_retour['nom_sci'] = $this->resultat_req['nom_sci']; $this->table_retour['nom_sci_complet'] = $this->resultat_req['nom_sci'] . (($suff = $this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req)) ? ' ' . $suff : ''); } elseif ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') { $nom = $this->recupererNomSci($valeur); if ($nom != array()) { $this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $nom['nom_sci']; $this->table_retour[$champ.'_html'] = $nom['nom_sci_html']; $this->table_retour[$champ.'_complet'] = $nom['nom_sci_complet']; $this->table_retour[$champ.'_html_complet'] = $nom['nom_sci_complet_html']; $this->service_href = $nom['service']; } } elseif ($this->correspondAUnCode($champ)) { $this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $this->ajouterSignificationCode($champ, $valeur); } } /** Permet d'afficher les élements nomenclatural du nom_sci lors de l'appel dans le service noms/id/champ du champ^nom_sci.*/ public function afficherNomSciPointEpithete($resultat) { $tab_nom_sci = array('nom_supra_generique', 'genre', 'epithete_infra_generique', 'epithete_sp', 'type_epithete', 'epithete_infra_sp', 'cultivar_groupe', 'cultivar', 'nom_commercial'); foreach ($tab_nom_sci as $compo_nom) { if (isset($resultat[$compo_nom]) && !empty($resultat[$compo_nom])) { $this->table_retour['nom_sci.'.$compo_nom] = $resultat[$compo_nom]; } } } public function ajouterSignificationCode($champ, $valeur) { if($this->termeOntologieEstEnCache($champ, $valeur)) { $nom_code = $this->obtenirTermeOntologieParCache($champ, $valeur); } else { $code = $this->transformerChampEnCode($champ); if (preg_match('/^([^_-]+)(?:_|-)([^_-]+)$/', $code, $match)) { $code = $match[1].ucfirst($match[2]); } $bdd = Config::get('bdd_table_ontologies'); $requete = sprintf( 'SELECT ba.* FROM %s ba JOIN %s bb ON (ba.id = bb.id AND bb.code = "%s") JOIN %s bc ON (bc.id= bb.classe_id AND bc.code = "%s") LIMIT 0, 100 -- %s:%s', $bdd, $bdd, $valeur, $bdd, $code, __FILE__, __LINE__ ); $res = $this->getBdd()->recuperer($requete); $nom_code = $valeur; if (is_array($res)) { $nom_code = $res['nom']; } $this->mettreEnCacheOntologie($champ, $valeur, $nom_code); } return $nom_code; } public function recupererNomSci($id) { $nom = array(); if ($id != 0) { if ($this->compo_nom == null) { $req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = '.$id; } else { //on ajoute à la requete sql, les champs de ns.structure //print_r($this->compo_nom); $req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, '.implode(', ', $this->compo_nom) .' FROM '.$this->table .' WHERE num_nom = '.$id; } if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') { $req = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $req); } $res = $this->getBdd()->recuperer($req . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__); if ($res) { $nom['nom_sci'] = $res['nom_sci']; $nom['nom_sci_html'] = $res['nom_sci_html']; $nom['nom_sci_complet'] = $res['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res); $nom['nom_sci_complet_html'] = $res['nom_sci_html'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res, 'htm'); $nom['service'] = ($res['num_nom_retenu'] == $id && $this->service == 'taxons') ? 'taxons' : 'noms'; } } return $nom; } /** Permet de retourner une chaine de caractère composée des parametres du nom (ns.structure : annnée, auteur, * bibilio et addendum). A ajouter au nom scientifique */ public function ajouterCompositionNom($tab_res, $format = '') { $format = ($format == '') ? $this->parametres['ns.format'] : $format; $nom = ''; if (isset($this->compo_nom)) { if ($format == 'htm') { $format = array( 'au' => '%s', 'an' => '[%s]', 'an_bib' => '[%s, %s]', 'bib' => '[%s]', 'ad' => '[%s]', 'bib_excl' => ', %s'); } else { $format = array( 'au' => '%s', 'an' => '[%s]', 'an_bib' => '[%s, %s]', 'bib' => '[%s]', 'ad' => '[%s]', 'gen' => '%s', 'sp' => '%s', 'ssp' => '%s', 'fam' => '%s', 'au_ss' => '%s', 'bib_ss' => '%s', 'bib_excl' => ', %s' ); } $compo_nom = array(); foreach ($this->compo_nom as $key => $champ) { if (isset($tab_res[$champ]) && !empty($tab_res[$champ])) { $compo_nom[$key] = $tab_res[$champ]; } } $nom_complet = $this->formerNomComplet($compo_nom, $format); $nom = implode(' ', $nom_complet); } return rtrim($nom, ' '); } public function formerNomComplet($compo_nom, $format) { $nom_complet = array(); extract($compo_nom); if (isset($au)) $nom_complet[] = sprintf($format['au'], $au); if (isset($an)) { if (isset($bib)) { $nom_complet[] = sprintf($format['an_bib'], $an, $bib); } else { $nom_complet[] = sprintf($format['an'], $an); } } elseif (isset($bib)) { $nom_complet[] = sprintf($format['bib'], $bib); } if (isset($bib_excl)) { $nom_complet[] = sprintf($format['bib_excl'], $bib_excl); } if (isset($ad)) $nom_complet[] = sprintf($format['ad'], $ad); if (isset($gen)) $nom_complet[] = sprintf($format['gen'], $gen); if (isset($ssp)) $nom_complet[] = sprintf($format['ssp'], $ssp); if (isset($sp)) $nom_complet[] = sprintf($format['sp'], $sp); if (isset($fam)) $nom_complet[] = sprintf($format['fam'], $fam); if (isset($au_ss)) $nom_complet[] = sprintf($format['au_ss'], $au_ss); if (isset($bib_ss)) { $bibl = $this->tronquerBiblio($bib_ss); //simule un 'select distinct' sur les biblio tronquées if (!isset($this->bib_traitees[$bibl])) { $nom_complet[] = sprintf($format['bib_ss'],$bibl ); $this->bib_traitees[$bibl] = 1; } } return $nom_complet; } public function tronquerBiblio($valeur){ $bib = ''; if(strpos($valeur,',') !== false) { $bib = explode(',',$valeur); } if(strpos($bib[0],';') !== false) { $bib[0] = strstr($bib[0],';'); $bib[0] = str_replace('; ','',$bib[0]); } return $bib[0]; } public function correspondAUnCode($key) { return (strrpos($key, '.code') !== false) || (in_array($key.'.code', $this->correspondance_champs)); } public function correspondAUnId($key) { return (strrpos($key, '.id') !== false) || (in_array($key.'.id', $this->correspondance_champs)); } public function estUnPoint($key) { if (strrpos($key, 'hybride.parent') !== false) { $key = str_replace('hybride.parent', 'hybride_parent', $key); } return (strrpos($key, '.') !== false); } public function recupererMasquePrincipal() { $masque = null; $tab_masque = array( 'masque' => 'nom_sci', 'masque_sg' => 'nom_supra_generique', 'masque_gen' => 'genre', 'masque_sp' => 'epithete_sp', 'masque_ssp' => 'epithete_infra_sp', 'masque_au' => 'auteur', 'masque_an' => 'annee', 'masque_bib' => 'biblio_origine', 'masque_ad' => 'addendum', 'masque_rg' => 'rang'); $liste_masque = array(); if (isset($this->masque['num_nom'])) { $liste_masque[] = $this->masque['num_nom']; } foreach ($tab_masque as $key => $filtre) { if (isset($this->masque[$filtre])) { if (!isset($masque) && !in_array($filtre, array('rang', 'annee'))) { $masque = array($key, $filtre); } $liste_masque[] = $this->masque[$filtre]; } } $this->masque = $liste_masque; return $masque; } private function mettreEnCacheOntologie($categorie, $valeur, $correspondance) { if(!isset($this->ontologie[$categorie])) { $this->ontologie[$categorie] = array(); } if(!isset($this->ontologie[$categorie][$valeur])) { $this->ontologie[$categorie][$valeur] = array(); } $this->ontologie[$categorie][$valeur] = $correspondance; } private function termeOntologieEstEnCache($categorie, $valeur) { return array_key_exists($categorie, $this->ontologie) && array_key_exists($valeur, $this->ontologie[$categorie]); } private function obtenirTermeOntologieParCache($categorie, $valeur) { return $this->ontologie[$categorie][$valeur]; } } ?>