<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
 * Traitement des fichiers de la banque de données SOPHY pour insertion
 *
 * Description : classe permettant d'insérer les tableaux phytosociologiques de la banque de données SOPHY
 * Utilisation : php script.php insertion -a test
 *
 * @category		PHP 5.3
 * @package		phytosocio
 //Auteur original :
 * @author		Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
 * @copyright	Copyright (c) 2009, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
 * @license		http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL-v3
 * @license		http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL-v2
 * @version		$Id$
 */
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class Insertion extends EfloreScript {
	
	protected $tableauTaxon;
	protected $dao;
	protected $observations;
	// Paramêtres autorisées lors de l'appel au script en ligne de commande
	protected $parametres_autorises = array(
		'-n' => array(true, true, 'Nom du fichier ou du dossier à traiter'));

	protected $param_bd_pour_stat = array(
		'sophy_publication' => array(),
		'sophy_tableau' => array('stab_id_publi' => 'nombrePubli'),
		'sophy_releve' => array(
			'sr_id_publi' => 'nombrePubli', 
			'sr_id_publi, sr_id_tableau' => 'nombreTableau', 
			'sr_id_station' => 'nombreStation'),
		'sophy_observation' => array(
			'so_id_publi' => 'nombrePubli', 
			'so_id_publi, so_id_tableau' => 'nombreTableau', 
			'so_id_publi, so_id_tableau, so_id_releve' => 'nombreReleve', 
			'so_id_taxon' => 'nombreTaxon'),
		'sophy_station' => array(),
		'sophy_taxon' => array()
	);

	// Composition classique d'un titre de tableau de stations ou phytosociologiques
	protected $format_titre = array(
		'numPubli' => array(0, 4),
		'numTableau' => array(4, 3),
		'nombreStations' => array(7, 3),
		'titrePubli' => array(11, -1),
		'typeTableau' => array(79, 1)
	);

	// Composition classique d'une station
	protected $format_station = array(
		'numSource' => array(0, 4),
		'posteMeteo' => array(4, 5),
		'nomStation' => array(10, 38),
		'latitude' => array(49, 7),
		'codePays' => array(56, 2),
		'longitude' => array(59, 6),
		'codeDept' => array(66, 2),
		'altitude' => array(69, 4),
		'codeCommune' => array(74, 3),
		'precisionGeographique' => array(78, 1),
		'systemeProjection' => array(79, 1),
		'latitude2' => array(80, 8),
		'longitude2' => array(88, 8)
	);

	// Composition classique d'une ligne de tableau phytosociologique
	protected $format_tableau = array(
	0 => array(
			'numLigne' => array(0, 3),
			'idTaxon' => array(3, 5),
			'strate' => array(8, 1),
			'codeFlore' => array(9, 1),
			'abondance_rem' => array(10, 70)),
	2 => array(
			'numSource' => array(0, 5),
			'posteMeteo' => array(5, 3),
			'numLigne' => array(8, 2),
			'codeFournier1' => array(10, 5),
			'abondance1' => array(15, 1),
			'strate1' => array(16, 1),
			'codeFournier2' => array(17, 5),
			'abondance2' => array(22, 1),
			'strate2' => array(23, 1),
			'codeFournier3' => array(24, 5),
			'abondance3' => array(29, 1),
			'strate3' => array(30, 1),
			'codeFournier4' => array(31, 5),
			'abondance4' => array(36, 1),
			'strate4' => array(37, 1),
			'codeFournier5' => array(38, 5),
			'abondance5' => array(43, 1),
			'strate5' => array(44, 1),
			'codeFournier6' => array(45, 5),
			'abondance6' => array(50, 1),
			'strate6' => array(51, 1),
			'codeFournier7' => array(52, 5),
			'abondance7' => array(57, 1),
			'strate7' => array(58, 1),
			'codeFournier8' => array(59, 5),
			'abondance8' => array(64, 1),
			'strate8' => array(65, 1),
			'codeFournier9' => array(66, 5),
			'abondance9' => array(71, 1),
			'strate9' => array(72, 1),
			'codeFournier10' => array(73, 5),
			'abondance10' => array(78, 1),
			'strate10' => array(79, 1)),
	6 => array(
			'numSource' => array(0, 4),
			'posteMeteo' => array(4, 4),
			'numLigne' => array(8, 2),
			'strate1' => array(10, 1),
			'codeFournier1' => array(11, 4),
			'abondance1' => array(16, 1),
			'strate2' => array(17, 1),
			'codeFournier2' => array(18, 4),
			'abondance2' => array(23, 1),
			'strate3' => array(24, 1),
			'codeFournier3' => array(25, 4),
			'abondance3' => array(30, 1),
			'strate4' => array(31, 1),
			'codeFournier4' => array(32, 4),
			'abondance4' => array(37, 1),
			'strate5' => array(38, 1),
			'codeFournier5' => array(39, 4),
			'abondance5' => array(44, 1),
			'strate6' => array(45, 1),
			'codeFournier6' => array(46, 4),
			'abondance6' => array(51, 1),
			'strate7' => array(52, 1),
			'codeFournier7' => array(53, 4),
			'abondance7' => array(58, 1),
			'strate8' => array(59, 1),
			'codeFournier8' => array(60, 4),
			'abondance8' => array(65, 1),
			'strate9' => array(66, 1),
			'codeFournier9' => array(67, 4),
			'abondance9' => array(72, 1),
			'strate10' => array(73, 1),
			'codeFournier10' => array(74, 4),
			'abondance10' => array(79, 1)),
	7 => array(
			'numReleve' => array(2, 3),
			'posteMeteo' => array(7, 3),
			'codeFournier1' => array(10, 4),
			'abondance1' => array(14, 1),
			'strate1' => array(15, 1),
			'codeFournier2' => array(16, 4),
			'abondance2' => array(20, 1),
			'strate2' => array(21, 1),
			'codeFournier3' => array(22, 4),
			'abondance3' => array(26, 1),
			'strate3' => array(27, 1),
			'codeFournier4' => array(28, 4),
			'abondance4' => array(32, 1),
			'strate4' => array(33, 1),
			'codeFournier5' => array(34, 4),
			'abondance5' => array(38, 1),
			'strate5' => array(39, 1),
			'codeFournier6' => array(40, 4),
			'abondance6' => array(44, 1),
			'strate6' => array(45, 1),
			'codeFournier7' => array(46, 4),
			'abondance7' => array(50, 1),
			'strate7' => array(51, 1),
			'codeFournier8' => array(52, 4),
			'abondance8' => array(56, 1),
			'strate8' => array(57, 1),
			'codeFournier9' => array(58, 4),
			'abondance9' => array(62, 1),
			'strate9' => array(63, 1),
			'codeFournier10' => array(64, 4),
			'abondance10' => array(68, 1),
			'strate10' => array(69, 1),
			'numLigne' => array(71, 2),
			'codeCarte' => array(73, 7))
	);

// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
	public function executer() {
		include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/Dao.php';
		Config::charger(dirname(__FILE__).'/sophy.ini');
		
		$this->dao = new Dao();
		// Récupération de paramétres
		// Lancement de l'action demandée
		$cmd = $this->getParametre('a');
		switch ($cmd) {
			case 'testDossier' :
				$this->executerTestDossier();
				break;
			case 'chargerStructureSql' :
				$this->chargerStructureSql();
				break;
			case 'supprimerTous' :
				$this->supprimerTous();
			case 'biblio' :
				$this->executerBiblio();
				break;
			case 'station' :
				include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/gPoint.php';
				$this->executerStation();
				break;
			case 'stationCodeInsee' :
				$this->executerStationCodeInsee();
				break;
			case 'tableau' :
				include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/TaxonDao.php';
				$this->tableauTaxon = new TaxonDao();
				$this->executerTableau();
				break;
			case 'stats' :
				$this->executerStats();
				break;
			case 'tapir' :
				$info = $this->dao->creerTapir();
				$this->traiterErreur($info);
				break;	
			default :
				$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
		}
	}
	protected function chargerStructureSql() {
		$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSql'));
		$this->executerScripSql($contenuSql);
	}
	
	protected function executerScripSql($sql) {
		$requetes = Outils::extraireRequetes($sql);
		foreach ($requetes as $requete) {
			$this->getBdd()->requeter($requete);
		}
	}
	
	private function supprimerTous() {
		$requete = "DROP TABLE IF EXISTS sophy_abondance, `sophy_bdnff`, `sophy_bryophyte`, `sophy_ciff`, ".
				"`sophy_ciff_fournier`, `sophy_codefr94`, `sophy_flora_europea`, `sophy_fournier`, `sophy_fournier_bdnff`,".
				" `sophy_observation`, `sophy_precision_geo`, `sophy_publication`, `sophy_releve`, `sophy_station`, `sophy_strate`,".
				" `sophy_syntri`, `sophy_syntri_fournier`, `sophy_tableau`, `sophy_taxon`";
		$this->getBdd()->requeter($requete);
	}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
	// vérifie qu'il n'y est pas de fichier en double dans le dossier
	// à faire avant d'insérer un nouveau dossier 
	private function executerTestDossier() {
		$nomDossier = Config::get('dossierDonneesSophy').$this->getParametre('n');
		if (file_exists($nomDossier) === true) {
			if (is_dir($nomDossier)) {
				if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) {
					while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) {
						if ( !is_dir($nomFichier) ) {
							if (preg_match('/^[ST]{1,2}(\d{2}1)(\d{2}0)\.*/', $nomFichier, $match)) {
								// fichier normal type 001 à 010
							} elseif (preg_match('/^([ST]{1,2})(\d{3})(\d{3})\.*/', $nomFichier, $match)) {
								if (($match[1]=='ST' || $match[1]=='T') && ($match[3] - $match[2] == 1)) {
									// fichier normal type 1000 à 1010
								} else {
									$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier risque d'être en double.");
								}
							}
						}
					}
					closedir($dossierOuvert);
				} else {
					$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert.");
				}
			} else {
				$this->traiterErreur("$nomDossier n'est pas un dossier.");
			}
		} else {
			$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable.");
		}
	}

// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
	// Traitement du fichier biblio format csv
	// /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertion -a biblio -n ./../donnees/sophy/BIBLIO.csv
	private function executerBiblio() {
		// Parcours le fichier .csv et enregistre chaque ligne dans un tableau.
		$nomFichier = Config::get('dossierDonneesSophy').'BIBLIO.csv';
		if ($nomFichier && file_exists($nomFichier) ){
			$extensionFichier = strtolower(strrchr($nomFichier, '.'));
			if ($extensionFichier === ".csv"){
				$file = new SplFileObject($nomFichier);
				$file->setFlags(SplFileObject::SKIP_EMPTY);
				$i = 0;
				echo "Traitement de la biblio : ";
				while (!$file->eof()){
					$ligne_csv = $file->fgetcsv();
					if (preg_match('/^\d+$/', $ligne_csv[0])){
						// récupére les colonnes du csv pour les transformer en table publication
						$biblio = $this->transformerBiblio($ligne_csv);
						// integre les publications à la bdd
						$info = $this->dao->integrerBiblio($biblio);
						$this->traiterInfo($info);
					}
					echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++;
				}
				echo "\n";
			} else {
				$this->traiterErreur("Le fichier de références bibliographiques : $nomFichier n'est pas au format csv.");
			}
		} else {
			$this->traiterErreur("Le fichier de références bibliographiques : $nomFichier n'existe pas.");
		}
	}

	private function transformerBiblio($ligne_csv){
		$biblio['id_publi'] = $ligne_csv[0];
		$biblio['auteur'] = $ligne_csv[2].' '.$ligne_csv[3];
		$biblio['date'] = $ligne_csv[4];
		$biblio['titre'] = rtrim($ligne_csv[5].' '.$ligne_csv[6].' '.$ligne_csv[7].' '.$ligne_csv[8].' '.$ligne_csv[9]);
		$biblio['revue'] = rtrim($ligne_csv[10].' '.$ligne_csv[11]);
		$biblio['volume'] = $ligne_csv[12];
		$biblio['tome'] = $ligne_csv[13];
		$biblio['fascicule'] = $ligne_csv[14];
		$biblio['page_debut'] = $ligne_csv[15];
		$biblio['page_fin'] = $ligne_csv[16];
		return $biblio;
	}

// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
	// Traitement des fichiers stations
	// /opt/lampp/bin/php cli.php insertion -a station -n ./../doc/donnees/ST/
	private function executerStation() {
		// transforme les fichiers passés en un tableau 
		//de la forme [nom du fichier][index des tableaux][numéro de ligne]
		$tableaux = $this->ouvrirDossier(Config::get('dossierDonneesSophy').'ST/');
		foreach ($tableaux as $fichier) {
			foreach ($fichier as $tableau) {
				if ($tableau[0] != "") {
					// découpe la première ligne du tableau et insére les données dans la table tableau
					$titre = $this->analyserTitreStation($tableau['0']);
					for ($numReleve = 1; $numReleve < sizeof($tableau); $numReleve++) {
						// découpe les autres lignes, insére les données dans la table station et retourne l'id de la station
						if (trim($tableau[$numReleve]) == '') {
							$id_station = 0;
						} else {
							$id_station = $this->analyserStation($tableau[$numReleve]);
						}
						// insére les données tableau et station dans la table relevé
						$info = $this->dao->integrerReleve($titre, $numReleve, $id_station);
						if ($info != '') {
							$this->traiterErreur($info);
						}
					}
				}
			}
		}
	}

	private function analyserTitreStation($titre) {
		$titreDecoupe = $this->decouperLigne($titre, $this->format_titre);
		$info = $this->dao->integrerTableau($titreDecoupe);
		if ($info != '') {
			$this->traiterErreur($info);
		}
		return $titreDecoupe;
	}

	private function analyserStation($ligne) {
		$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($ligne, $this->format_station);
		$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = null;
		$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = null;
		// vérifie que les zéro du code sont présents
		$ligneDecoupe = $this->analyserCodeDeptComm($ligneDecoupe);
		// transforme les grades paris en degrés décimaux wms
		$ligneDecoupe = $this->analyserCoordGrdParis($ligneDecoupe, $ligne);
		// transforme les degrés sexagécimaux en degrés décimaux
		$ligneDecoupe = $this->analyserCoordDmsWms($ligneDecoupe);
		// transforme les degrés décimaux en UTM
		$ligneDecoupe = $this->transformerCoordWmsUtm($ligneDecoupe);
		$ligneDecoupe['nomStation'] = utf8_encode($ligneDecoupe['nomStation']);
		$retour_requete = $this->dao->integrerStation($ligneDecoupe);
		if ($retour_requete['info'] != '') {
			$this->traiterErreur($retour_requete['info']);
		}
		return $retour_requete['id_station'];
	}
	private function executerStationCodeInsee() {
		$this->dao->creerColonneCodeInseeCalculee();
		$liste_coordonnees = $this->dao->rechercherCoordonneesWgs();
		foreach ($liste_coordonnees as $coordonnees) {
			$code_insee = $this->chercherCodeCommune($coordonnees['latitude'], $coordonnees['longitude']);
			if ($code_insee != "") {
				$this->dao->ajouterCodeInseeCalculee($coordonnees['latitude'], $coordonnees['longitude'], $code_insee);
			}
		}
	}
	
	private function chercherCodeCommune($latitude, $longitude) {
		$code_insee = '';
		if ($this->testerCoordonneesWgsFrance($latitude, $longitude)) {
			$url_service = "www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/osm/nom-commune".
						"?lat={$latitude}&lon={$longitude}";
			$url_service = str_replace(',', '.', $url_service);
			$ch = curl_init($url_service);
			curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
			$reponse = curl_exec($ch);
			$reponse = json_decode($reponse);
			if (isset($reponse->codeINSEE)) {
				$code_insee = $reponse->codeINSEE;
			}
			curl_close($ch);
		}
		return $code_insee;
	}
	
	private function testerCoordonneesWgsFrance($latitude, $longitude) {
		$coord_france = false;
		if ($latitude != '' && $longitude != '') {
			if ($latitude < 51.071667 && $latitude > 41.316667) {
				if ($longitude < 9.513333 && $longitude > -5.140278) {
					$coord_france = true;
				}
			}
		}
		return $coord_france;
	}
	private function analyserCodeDeptComm($ligneDecoupe) {
		if (preg_match('/^\d{2}$/', $ligneDecoupe['codeDept'])) {
		} elseif (preg_match('/^\s{0,1}\d{1,2}\s{0,1}$/',$ligneDecoupe['codeDept'])) {
			$ligneDecoupe['codeDept'] = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeDept']);
		} else {
			$ligneDecoupe['codeDept'] = null;
		}
		if (preg_match('/^\d{3}$/', $ligneDecoupe['codeCommune'])) {
		} elseif (preg_match('/^\s{0,2}\d{1,2,3}\s{0,2}$/', $ligneDecoupe['codeCommune'])) {
			$ligneDecoupe['codeCommune'] = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeCommune']);
		} elseif ($ligneDecoupe['codeDept'] == null) {
			$ligneDecoupe['codeCommune'] = null;
		} else {
			$ligneDecoupe['codeCommune'] = '000';
		}
		return $ligneDecoupe;
	}
	private function analyserCoordGrdParis($ligneDecoupe, $ligne) {
		if (preg_match('/[\s0]0\.000/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {
			$ligneDecoupe['latitude'] = null;
			$ligneDecoupe['longitude'] = null;
		} elseif (preg_match('/\d{1,2}\.\d{2,3}/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {// format souhaité
			$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['latitude']*0.9, 7);
			$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['longitude']*0.9+2.3372291, 7);
		} elseif (preg_match('/(\d{2})[\d\s,](\d{3})/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {//erreur de saisie
			$ligneDecoupe['latitude'] = $match[1].'.'.$match[2];
			$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['latitude']*0.9, 7);
			$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['longitude']*0.9 + 2.3372291, 7);
		} elseif (preg_match('/^[a-zA-Z\s]*[a-zA-Z][a-zA-Z\s]*$/', $ligneDecoupe['latitude'])) {// lat absente + nom long
			$ligneDecoupe['nomStation'] = rtrim(substr($ligne, 10, 48));
			$ligneDecoupe['latitude'] = null;
			$ligneDecoupe['longitude'] = null;
		} elseif (preg_match('/.[AO].123/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {
			$ligneDecoupe['latitude'] = null;
			$ligneDecoupe['longitude'] = null;
		}  elseif ($ligneDecoupe['latitude'] != null) {
			$ligneDecoupe['latitude'] = null;
			$ligneDecoupe['longitude'] = null;
		}
		return $ligneDecoupe;
	}
	private function analyserCoordDmsWms($ligneDecoupe) {
		if (preg_match('/(\d{1,2})\.(\d{2})\.(\d{2})/', $ligneDecoupe['latitude2'], $match)) {
			$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($match[1]+($match[2]/60)+($match[3]/3600), 7);
		}
		if (preg_match('/(-{0,1})(\d{1,2})\.(\d{2})\.(\d{2})/', $ligneDecoupe['longitude2'], $match)) {
			$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($match[2]+($match[3]/60)+($match[4]/3600), 7);
			if ($match[1] == '-') {
				$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = -$ligneDecoupe['longitude_wgs'];
			}
		}
		return $ligneDecoupe;
	}
	private function transformerCoordWmsUtm($ligneDecoupe) {
		$ligneDecoupe['utmNorthing'] = null;
		$ligneDecoupe['utmEasting'] = null;
		$ligneDecoupe['utmZone'] = null;
		if ($ligneDecoupe['longitude_wgs'] != null && $ligneDecoupe['latitude_wgs'] != null) {
			$convertisseur = new gPoint();
			$convertisseur->setLongLat($ligneDecoupe['longitude_wgs'], $ligneDecoupe['latitude_wgs']);
			$convertisseur->convertLLtoTM();
			$ligneDecoupe['utmNorthing'] = round($convertisseur->N(), 2);
			$ligneDecoupe['utmEasting'] = round($convertisseur->E(), 2);
			$ligneDecoupe['utmZone'] = $convertisseur->Z();
			
		}
		return $ligneDecoupe;
	}

// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
	// Traitement des fichiers tableaux
	// /opt/lampp/bin/php cli.php insertion -a tableau -n ./../doc/donnees/T/
	private function executerTableau() {
		$tableaux = $this->ouvrirDossier(Config::get('dossierDonneesSophy').'T/');
		$observations = array();
		foreach ($tableaux as $fichier) {
			foreach ($fichier as $tableau) {
				if ($tableau[0] != "") {
					$this->observations = array();
					$titre = $this->decouperLigne($tableau[0], $this->format_titre);
					$this->analyserTableau($tableau, $titre);
					/*$info = $this->dao->integrerObservation($this->observations, $titre);
					if ($info != '') {
						$this->traiterErreur($info);
					}*/
				}
			}
		} $this->tableauTaxon->integrerTaxons();
	}

	private function analyserTableau($tableau, $titre) {
		if ($titre['typeTableau'] == ' ') {
			$titre['typeTableau'] = 0;
		}
		switch ($titre['typeTableau']) {
			case 0 :
				for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
					$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['0']);
					if (trim($ligneDecoupe['idTaxon']) == '' && trim($ligneDecoupe['abondance_rem']) == '' &&
					preg_match('/^\s+\*N\s*\*\s*$/', $ligneDecoupe['indetermine'])) {
						for ($nombreReleve = 1; $nombreReleve <= $titre['nombreStations']; $nombreReleve ++) {
							$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
							$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
							$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_releve'] = $nombreReleve;
							$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_num_ligne'] = $ligneDecoupe['numLigne'];
							$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_taxon'] = 0;
							$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_strate'] = 0;
							$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_ce_abondance'] = '?';
						}
					} else {
						$this->creerObservType0($titre, $ligneDecoupe, $numeroLigne);
					}
				}
				for ($nombreReleve = 1; $nombreReleve <= $titre['nombreStations']; $nombreReleve ++) {
					$j = false;
					for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
						if (isset($this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve])) {
							$j = true;
						}
					}
					if ($j == false) {
						$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
						$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
						$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_releve'] = $nombreReleve;
						$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_num_ligne'] = 0;
						$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_taxon'] = 0;
						$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_strate'] = 0;
						$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_ce_abondance'] = '?';
					}
				}
				break;
			case 2 :
				$numSource = 0; $numReleve = 0;
				for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
					$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['2']);
					if ($ligneDecoupe['numSource'] != $numSource) {
						// $numSource correspond au numero à la station par l'auteur, 
						// $numReleve correspond à l'id de la station
						$numSource = $ligneDecoupe['numSource'];
						$numReleve ++;
					}
					if (strlen(trim($tableau[$numeroLigne])) < 10) {
						$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
						$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
						$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_releve'] = $numReleve;
						$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_num_ligne'] = 0;
						$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_taxon'] = 0;
						$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_strate'] = 0;
						$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_ce_abondance'] = '?';
					} else {
						$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);
					}
				}
				break;
			case 6 :
				$numSource = 0; $numReleve = 0;
				for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
					$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['6']);
					$num = (preg_match('/[\dA-Z]+\s+[\dA-Z]+/', $ligneDecoupe['numSource'].$ligneDecoupe['posteMeteo'])) 
							? ltrim($ligneDecoupe['numSource']) 
							: $ligneDecoupe['numSource'].$ligneDecoupe['posteMeteo'];
					if ($num !== $numSource) {
						$numSource = $num;
						$numReleve ++;
					}
					$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);
				}
				break;
			case 7 :
				$numSource = 0; $numReleve = 0;
				for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
					$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['7']);
					if (trim($ligneDecoupe['numReleve']) !== $numSource) {
						$numSource = trim($ligneDecoupe['numReleve']);
						$numReleve ++;
					}
					$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);
				}
				break;
			default :
				for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
					$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['0']);
					$this->creerObservType0($titre, $ligneDecoupe);
				}
				break;
		}
		return $ligneDecoupe;
	}
	// crée des observations au format de la table à partir d'un tableau de type standard (0)
	private function creerObservType0($titre, $ligneDecoupe, $numeroLigne) {
		$observation = null;
		// Retourne l'id du taxon dans la bd sophy
		$idTaxon = $this->identifierTaxon($titre['nombreStations'], $ligneDecoupe, $numeroLigne);
		// découpe le champs abondance_rem ou indetermine selon le nombre de relevés 
		$remAbondance = substr(
			($ligneDecoupe['abondance_rem'] != null) ? $ligneDecoupe['abondance_rem'] : $ligneDecoupe['indetermine'],
			0, $titre['nombreStations']);
		// si aucun relevé ne contient d'abondance pour un taxon, ajout d'une abondance ? pour ce taxon	
		if (trim($remAbondance) == '') {
			$remAbondance = '?';
		}
		for ($numReleve = 1; $numReleve <= $titre['nombreStations']; $numReleve++) {
			if ($remAbondance === '?' && $numeroLigne === 1) {
				$abondance = '?';
			} else {
				$abondance = substr($remAbondance, ($numReleve-1), 1);
			}
			if ($abondance != '' && $abondance != ' ') {
				$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
				$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
				$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_releve'] = $numReleve;
				$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_num_ligne'] = $numeroLigne;
				$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_taxon'] = $idTaxon;
				if ($ligneDecoupe['strate'] != null) {
					$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_strate'] = $ligneDecoupe['strate'];
				} else {
					$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_strate'] = 0;
				}
				$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_ce_abondance'] = $abondance;
			}
		}
	}
	// crée des observations au format de la table à partir d'un tableau de type 2, 6 ou 7 (10 plantes en lignes)
	private function creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne) {
		$observation = null;
		for ($i = 1; $i < 11; $i++) {
			// si le numéro de taxon et l'abondance ne sont pas nulls
			if ((($ligneDecoupe['abondance'.$i] == '' || $ligneDecoupe['abondance'.$i] == '0') &&
			(trim($ligneDecoupe['codeFournier'.$i]) == '' || $ligneDecoupe['codeFournier'.$i] == '0'))) {
			} else {
				$positionTaxon = $ligneDecoupe['numLigne']*10 + $i - 10;
				$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
				$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
				$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_releve'] = $numReleve;
				$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_num_ligne'] = $positionTaxon;
				$idTaxon = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeFournier'.$i]); 
				$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_taxon'] = 
					$this->identifierTaxon2($idTaxon, $titre['typeTableau']);	
				if ($ligneDecoupe['strate'.$i] != null) {
					$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_strate'] = $ligneDecoupe['strate'.$i];
				} else {
					$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_strate'] = 0;
				}
				if ($ligneDecoupe['abondance'.$i] == '' || $ligneDecoupe['abondance'.$i] == '0') {
					$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_ce_abondance'] = '?';
				} else {
					$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_ce_abondance'] = $ligneDecoupe['abondance'.$i];
				}
			}
		}
	}
	
	private function identifierTaxon2($idTaxon, $typeTableau) {
		$id = 0;
		if ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 75000) {
			$id = $this->tableauTaxon->getId(75000, 'algues');
		} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 85000) {
			$id = $this->tableauTaxon->getId(85000, 'characees');
		} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 90000) {
			$id = $this->tableauTaxon->getId(90000, 'bryo');
		} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 95000) {
			$id = $this->tableauTaxon->getId(95000, 'lichen');
		} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon >= 90000) {
			$idTaxon -= 90000;
			$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'bryo');
		} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon >= 20000) {
			$idTaxon -= 20000;
			$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'floeur');
		} else {
			if ($typeTableau == 2 && ($idTaxon != '00000' && $idTaxon != '')) {
				$idTaxon = (substr($idTaxon, 0, 2) - 1)*600 +
					(substr($idTaxon, 2, 2) - 11)*10 + (substr($idTaxon, 4, 1) + 1);
			} elseif ($idTaxon != '00000' && $idTaxon != '') {
				$idTaxon = ltrim($idTaxon, "0");
			} else {
				$idTaxon = 0;
			}
			$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'fournier');
		}
		return $id;
	}

	// fonctions nécessaires pour les tableaux de type standard (0) 
	private function identifierTaxon($nombreReleves, $ligneDecoupe, $numeroLigne) {
		// decoupe le champs remarque
		if ($ligneDecoupe['abondance_rem'] != null) {
			$rem = trim(substr($ligneDecoupe['abondance_rem'], (int) ltrim($nombreReleves), strlen($ligneDecoupe['abondance_rem'])));
		} else {
			$rem = substr($ligneDecoupe['indetermine'], (int) ltrim($nombreReleves), strlen($ligneDecoupe['indetermine']));
		}
		$remAnalyse = $this->analyserRemarque($rem, $numeroLigne);
		$id = 0;
		if ($ligneDecoupe['idTaxon'] != null) {
			$idTaxon = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['idTaxon']);
			switch ($idTaxon) { // probleme code dans les 80000 attentes reponses brisse
				case 0 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, 00000); break;
				case 00000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon); break;
				case 20000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'floeur'); break;
				case 75000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'algues'); break;
				case 85000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'characees'); break;
				case 90000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'bryo'); break;
				case 95000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'lichen'); break;
				default :
					if ($idTaxon < 1100) {
						$id = $this->recupererId($remAnalyse, 0);
					}elseif ($idTaxon < 20000) {
						// transformer code fournier en numéro fournier
						$numeroFournier = (substr($idTaxon, 0, 2) - 1)*600 + (substr($idTaxon, 2, 2) - 11)*10 +
						(substr($idTaxon, 4, 1) + 1);
						$id = $this->recupererId($remAnalyse, $numeroFournier, 'fournier'); break;
					} elseif ($idTaxon < 90000) {
						$idTaxon -= 20000;
						$id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'floeur'); break;
					} else {
						$idTaxon -= 90000;
						$id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'bryo'); break;
					}
					break;
			}
		} else {
			$id = $this->recupererId($remAnalyse, 0);
		}
		return $id;
	}

	private function recupererId($remAnalyse, $idTaxon, $flore = 'ind') {
		if ($remAnalyse['presence'] == true) {
			$id = $this->tableauTaxon->getId($remAnalyse['num'], $remAnalyse['flore'], $remAnalyse['nom'],
			$flore, $idTaxon, $remAnalyse['remarques']);
		} else {
			$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, $flore);
		}
		return $id;
	}

	private function analyserRemarque($rem, $numeroLigne) {
		$taxon['presence'] = false;
		if ($rem != '') {
			$taxon['flore'] = 'ind';
			$taxon['num'] = 0;
			$taxon['nom'] = null;
			$taxon['remarques'] = null;
			$remAsterique = preg_split('/\*/', $rem);
			// recuperer le numero et/ou le nom qui sont en remarque
			foreach ($remAsterique as $morceauRem) {
				if ($morceauRem == 'N000000') {
				} elseif (preg_match('/^[A-Z]{1,2}\s{5,6}$/', $morceauRem)) {
				} elseif (preg_match('/^[\s0]*$/', $morceauRem)) {
				} elseif (preg_match('/^([A-Z]{1,2})([0\s]{5,6})$/', $morceauRem)) {
				} elseif (preg_match('/^[\d\s]{5}\d$/', $morceauRem)) {
					$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $morceauRem), '0');
					$taxon['flore'] = 'syntri';
					$taxon['presence'] = true;
				} elseif (preg_match('/^\s*(\d[\d\s]+\d)\s*$/', $morceauRem, $match)) {
					$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $match[1]), '0');
					$taxon['flore'] = 'syntri';
					$taxon['presence'] = true;
				} elseif (preg_match('/^\s*[A-Za-z][a-z\s\.()]+$/', $morceauRem)) {
					$taxon['nom'] = $morceauRem;
					$taxon['presence'] = true;
				} elseif (preg_match('/^\s*("\s*[\s"]*)([A-Za-z][A-Za-z\s\.()]+)$/', $morceauRem, $match)) {
					foreach ($this->observations[$numeroLigne-1] as $obsPrec) {
						$idPrec = $obsPrec['sc_id_taxon'];
					}
					$nombreQuote = substr_count($match[1], '"');
					$nomPrec = preg_split('/\s/', $this->tableauTaxon->getNom($idPrec)); $nom = '';
					if (preg_match('/^(x|var|ssp)/', $match[2])) {
					} elseif ($nombreQuote == 2 || $nombreQuote == 4) {
						$nombreQuote = $nombreQuote/2;
					}
					for ($i = 0; $i < $nombreQuote; $i++) {
						if ($i < count($nomPrec)) {
							$nom .= $nomPrec[$i]." ";
						}
					}
					$taxon['nom'] = $nom.$match[2];
					$taxon['remarques'] = $morceauRem;
					$taxon['presence'] = true;
				} elseif (preg_match('/^([A-Z]{1,2})([\d\s]{4,5}\d)$/', $morceauRem, $match) ||
				preg_match('/^(\s{1,2})([\d\s]{4,5}\d)$/', $morceauRem, $match)) {
					switch (trim($match[1])) {
						case 'S' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;
						case 'CI' : $taxon['flore'] = 'ciff'; break;
						case 'C' : $taxon['flore'] = 'codefr94'; break;
						case 'BD' : $taxon['flore'] = 'bdnff'; break;
						case 'N' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;
						case '' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;
						default : $taxon['flore'] = 'ind'; break;
					}
					$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $match[2]), '0');
					$taxon['presence'] = true;
				} else {
					$morceauRem = trim($morceauRem);
					if ($morceauRem != '' && $morceauRem != null) {
						$taxon['remarques'] = $morceauRem;
						$taxon['presence'] = true;
					}
				}
			}
		}
		return $taxon;
	}

	// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
	// Fonction Statistiques
	private function executerStats() {
		$nombreTotalLignesTable = $this->dao->getNombreLigne($this->param_bd_pour_stat);
		print_r($nombreTotalLignesTable);
	}

	// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
	// Fonction générale  
	private function ouvrirDossier($nomDossier) {
		$tableaux = null;
		if (file_exists($nomDossier) === true) {
			if (is_dir($nomDossier)) {
				if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) {
					while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) {
						if ( !is_dir($nomFichier) ) {
							$nomFichier = $nomDossier.$nomFichier;
							$tableaux[$nomFichier] = $this->ouvrirFichier($nomFichier);
						}
					}
					closedir($dossierOuvert);
				} else {
					$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert.");
				}
			} else {
				$tableaux[$nomDossier] = $this->ouvrirFichier($nomDossier);
			}
		} else {
			$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable.");
		}
		return $tableaux;
	}

	// Prend en entree un fichier et retourne un tableau de Tableau phytosocio ou stations
	private function ouvrirFichier($nomFichier) {
		$tableauxDecoupes = null;
		$clefTableau = 0;
		$clefLigne = 0;
		if (file_exists($nomFichier) === true) {
			if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
				while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
					if (preg_match('/^.*9{10}.*$/', $ligne)) {
						$clefTableau ++ ;
						$clefLigne = 0;
					} else {
						$tableauxDecoupes[$clefTableau][$clefLigne] = rtrim($ligne, " \t");
						$clefLigne ++;
					}
				}
				fclose($fichierOuvert);
			} else {
				$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'a pas pu être ouvert.");
			}
		} else {
			$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier est introuvable.");
		}
		return $tableauxDecoupes;
	}
	
	// utilise les tableaux format_titre ou format_station pour découper les lignes
	private function decouperLigne($ligne, $format) {
		$ligne = rtrim($ligne);
		$taille = strlen($ligne);
		foreach ($format as $param => $position) {
			// si la taille de la ligne est inférieure à la taille du champs que l'on veut récupérer 
			if ($taille < ($position[0]+$position[1])) {
				// on met à null sauf dans certains formats
				$ligneDecoupe[$param] = null;
				if (isset($format['numLigne'])) {
					$ligneDecoupe['indetermine'] = rtrim(substr($ligne, $position[0], $taille));
				}
			} else {
				$ligneDecoupe[$param] = trim(substr($ligne, $position[0], $position[1]));
			}
		}
		return $ligneDecoupe;
	}
}
?>