<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Traitement des fichiers de la banque de données SOPHY pour insertion
*
* Description : classe permettant d'insérer les flores nécessaires à l'étude des données issues de SOPHY.
* Avant d'utiliser cette classe nettoyer les fichiers pour ne garder que les lignes à insérer.
* Utilisation : php script.php insertionFlore -a test
*
* @category		PHP 5.3
* @package		phytosocio
//Auteur original :
* @author		Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @copyright	Copyright (c) 2009, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license		http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL-v3
* @license		http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL-v2
* @version		$Id$
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class Insertionflore extends Script {
	
	protected $dao;
	protected $dossier;
	protected $flore;
	protected $parametres_autorises = array(
		'-n' => array(true, true, 'Nom du fichier ou du dossier à traiter'));
	
	public function executer() {
		include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/FloreDao.php';
		Config::charger(dirname(__FILE__).'/sophy.ini'); 
		$this->dossier = Config::get('dossierDonneesSophy').'FLORE/';
		$this->dao = new FloreDao();
		// Récupération de paramètres
		// Lancement de l'action demandée
		$cmd = $this->getParametre('a');
		switch ($cmd) {
			case 'florenbi' : // fournier
				$this->executerFlorenbi();
				break;
			case 'bdnff' : // bdnff
				$this->executerBdnff();
				break;
			case 'listepla' : // fournier/bdnff
				$this->executerListePla();
				break;
			case 'floeur' : // flora europea
				$this->executerFloeur();
				break;					
			case 'bryo' : // bryophyte
				$this->executerBryo();
				break;									
			case 'syntri' : //syntri : numéro complémentaire
				$this->executerSyntri();
				break;
			case 'ciff' : // CIFF CIFF/BDNFF
				$this->executerCiff();
				break;	
			case 'donneebb' : // Num_nom num_tax bdnff
				$this->executerDonneebb();
				break;		
			case 'codefr' : // CODEFR94
				$this->executerCodefr();
				break;					
			default :
				$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
		}
    }

// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+    
// Traitement du fichier flore florenbi qui contient tous codes, numéro et nom fournier
// /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertionflore -a florenbi -n ./../donnees/sophy/2010-12-02/FLORE/FLORENBI
	private function executerFlorenbi() {
		$nomFichier = $this->dossier.'FLORENBI';
		if (file_exists($nomFichier) === true) {
		    if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
		    	$nom = '';
		    	while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
					if (preg_match('/^\s{2}[\d\s]{4}\s([\d\s]{3}\d)\s{2}([\d\s]\d\.\d\d\.\d)\s[\d\s]{5}[A-Z\s]\s(\d)\s*(.+)$/', $ligne, $champs)) {
						// si le rang taxonomique est inf à 4 (subsp et var)
						if ($champs[3] < 4) {
							$flore[$champs[1]] = $champs[4];
							$nom = trim($champs[4]);
						} else {
							$flore[$champs[1]] = $nom." ".$champs[4];
						}	
					}
		    	}
		    	$info = $this->dao->integrerFlore($flore, 'fournier');
    			$this->traiterErreur($info);
		    }
		    fclose($fichierOuvert);
		} else {
    		$this->traiterErreur("Le fichier {$fichier} n'existe pas.");
    	}	
	}
	
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore florenbi qui contient tous codes, numéro et nom fournier
// /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertionflore -a florenbi -n ./../donnees/sophy/2010-12-02/FLORE/FLORENBI
	private function executerBdnff() {
		$nomFichier = $this->dossier.'bdnffv5.csv';
		if (file_exists($nomFichier) === true) {
			$this->dao->chargerDonnees($nomFichier, 'sophy_bdnff');
		} else {
    		$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
    	}
	}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore listePla qui contient numéro de fournier, nom de fournier, numéro bdnff, nom bdnff
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a listepla -n ./../doc/jeux_test/FLORE/LISTEPLA.csv
	private function executerListePla() {
		// Parcours le fichier .csv et enregistre chaque ligne dans un tableau.
		$nomFichier = $this->dossier.'LISTEPLA.csv';
    	if ($nomFichier && file_exists($nomFichier) ){
    		$extensionFichier = strtolower(strrchr($nomFichier, '.'));
    		if ($extensionFichier === ".csv"){
    			$file = new SplFileObject($nomFichier);
				$file->setFlags(SplFileObject::SKIP_EMPTY);
				$i = 0;
				echo "Traitement de LISTEPLA : ";
				while (!$file->eof()){
					$flore = $this->transformerFournierBdnff($file->fgetcsv());
				    echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++;
				}
				echo "\n";
				//$info = $this->dao->integrerFlore($this->flore['bdnff'], 'bdnff');
    			$info .= $this->dao->integrerFlore($this->flore['correspondance'], 'fournier_bdnff');
    			$this->traiterErreur($info);
    		} else {
    			$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'est pas au format csv.");
    		}
    	} else {
    		$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'existe pas.");
    	}
    }
    
	private function transformerFournierBdnff($ligne_csv){
    	//$this->flore['bdnff'][$ligne_csv[5]] = $ligne_csv[6];
    	$this->flore['correspondance'][$ligne_csv[3]] = $ligne_csv[5];
    }
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+    
// Traitement du fichier flore floeur.bis qui contient numéro et nom de flora europea
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a floeur -n ./../doc/jeux_test/FLORE/FLOEUR.BIS	
	private function executerFloeur() {
		$nomFichier = $this->dossier.'FLOEUR.BIS';
		if (file_exists($nomFichier) === true) {
		    if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
		    	$i = 0;
		    	while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
					if (preg_match('/^\s[\d\s]{9}[\d\sA-Z]\s([\d\s]{4}\d)\s(.{71})[\s\d]{2}/', $ligne, $champs)) {	
						$this->flore[$champs[1]] = trim($champs[2]);
					}	
		    	}
		    	$info = $this->dao->integrerFlore($this->flore, 'flora_europea');
    			$this->traiterErreur($info);
		    }
		    fclose($fichierOuvert);
		} else {
    		$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
    	}	
	}	

// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+    
// Traitement du fichier flore codebry qui contient numéro et nom des bryophytes
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a bryo -n ./../doc/jeux_test/FLORE/codebry.txt	
	private function executerBryo() {
		$nomFichier = $this->dossier.'codebry.txt';
		if (file_exists($nomFichier) === true) {
		    if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
		    	$i = 0;
		    	while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
					if (preg_match('/^\s([\d\s]{4})\s[\d\s][\d\s]{4}\s{2}\d\s*(.*)\s[\d\s]{4}/', $ligne, $champs)) {
						if ($champs[1] != 0) {
							$this->flore[$champs[1]] = trim($champs[2]);
						}
					}
		    	}
		    	$info = $this->dao->integrerFlore($this->flore, 'bryophyte');
    			$this->traiterErreur($info);
		    }
		    fclose($fichierOuvert);
		} else {
    		$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
    	}	
	}		
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+    
// Traitement du fichier flore Syntri qui contient numéro de fournier, numéro syntri, nom syntri
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a syntri -n ./../doc/jeux_test/FLORE/SYNTRI.TXT	
	private function executerSyntri() {
		$nomFichier = $this->dossier.'SYNTRI.TXT';
		if (file_exists($nomFichier) === true) {
		    if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
		    	$i = 0;
		    	while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
					if (preg_match('/^(\d+)\s{2}\d\s([A-Z,\-\'\.()\s]+[A-Z,\-\'\.()])\s+([\d\s]+)$/', trim($ligne), $champs)) {
						$syntri = preg_split('/\s+/', $champs[3]);
						if (count($syntri) == 3) {
							$num = $syntri[1];
						} elseif (count($syntri) == 1){
							$num = $syntri[0];
						}
						if (isset($flore['correspondance'][$num])) {
							$flore['syntri'][$num] = $flore['syntri'][$num].$champs[2];
						} else {
							$flore['correspondance'][$num] = $champs[1];
							$flore['syntri'][$num] = $champs[2];
						}
						$i++;
					}	
		    	}
		    	$info = $this->dao->integrerFlore($flore['syntri'], 'syntri');
		    	$info .= $this->dao->integrerFlore($flore['correspondance'], 'syntri_fournier');
    			$this->traiterErreur($info);
		    }
		    fclose($fichierOuvert);
		} else {
    		$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
    	}	
	}
	
	
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a ciff -n ./../doc/jeux_test/FLORE/ciff.txt	
	private function executerCiff() {
		$nomFichier = $this->dossier.'ciff.txt';
		if (file_exists($nomFichier) === true) {
		    if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
		    	$i = 0;
		    	while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
					if (preg_match('/^(\d*)\t([A-Za-z].*)\t(\d*)\t\d*/', $ligne, $champs)) {
						$flore['ciff'][$champs[1]] = $champs[2];
						if ($champs[3] != '') {
							$flore['correspondance'][$champs[1]] = $champs[3];
						}	
					}
		    	}
		    	$info = $this->dao->integrerFlore($flore['ciff'], 'ciff');
		    	$info .= $this->dao->integrerFlore($flore['correspondance'], 'ciff_bdnff');
    			$this->traiterErreur($info);
		    }
		    fclose($fichierOuvert);
		} else {
    		$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
    	}	
	}	
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+    
// Traitement du fichier flore donneebb.tri qui contient le numero tax t numero nomenclatural de la bdnff
// num_tax||num_nom||num_nom_retenu||?||nom
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a donneebb -n ./../doc/jeux_test/FLORE/donneebb.tri
	private function executerDonneebb() {
		$nomFichier = $this->dossier.'donneebb.tri';
		if (file_exists($nomFichier) === true) {
			if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
				while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
					if (preg_match('/^([\d\s]{4}\d)\|([\d\s]{5})\|([\d\s]{5})\|/', $ligne, $champs)) {
						if (!isset($this->flore[$champs[1]])) {
							$this->flore[$champs[2]]['num_tax'] = $champs[1];
							if (trim($champs[3]) != '') {
								$this->flore[$champs[2]]['num_nom_retenu'] = $champs[3];
							} else {
								$this->flore[$champs[2]]['num_nom_retenu'] = $champs[2];
							}
						}
					}
				}
				$info = $this->dao->ajouterColonnes($this->flore, 'sophy_bdnff');
				$this->traiterErreur($info);
			}
			fclose($fichierOuvert);
		} else {
			$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
		}	
	}	
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+    
// Traitement du fichier flore codefr94 qui contient numéro et nom codefr94
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a ciff -n ./../doc/jeux_test/FLORE/CODEFR94	
	private function executerCodefr() {
		$nomFichier = $this->dossier.'CODEFR94';
		if (file_exists($nomFichier) === true) {
			if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
				$i = 0;
				while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
					if (preg_match('/^([\d\s]{5})[\d\s]{7}(.*)/', $ligne, $champs)) {
						$flore[$champs[1]] = trim($champs[2]);
					}
				}
				$info = $this->dao->integrerFlore($flore, 'codefr94');
				$this->traiterErreur($info);
			}
			fclose($fichierOuvert);
		} else {
			$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
		}
	}
}