<?php
//declare(encoding='UTF-8');
/**
 * Exemple de lancement du script : :
 * /opt/lampp/bin/php cli.php apd -a chargerTous
 * 
 * Base de données des Trachéophytes (trachéo...quoi ?? C'est le truc avec le stylo Bic ?)
 * d'Afrique de l'Ouest (et Centrale mais faut pas le dire)
 *
 * @category	php 5.2
 * @package		eFlore/Scripts
 * @author		Mathias CHOUET <mathias@tela-botanica.org>
 * @copyright	Copyright (c) 2014, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
 * @license		http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
 * @license		http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
 */
class Apd extends EfloreScript {

	private $table = null;
	private $tableMeta = null;
	private $pasInsertion = 1000;
	private $departInsertion = 0;

	protected $parametres_autorises = array();

	// Entêtes du nouveau fichier Rtax à produire
	protected $entetesRtax = array("num_nom","num_nom_retenu","num_tax_sup","rang","nom_sci",
		"nom_supra_generique","genre","epithete_infra_generique","epithete_sp",
		"type_epithete","epithete_infra_sp","cultivar_groupe","cultivar","nom_commercial",
		"auteur","annee","biblio_origine","notes","nom_addendum","homonyme","num_type",
		"num_basionyme","synonyme_proparte","synonyme_douteux","synonyme_mal_applique",
		"synonyme_orthographique","orthographe_originelle","hybride_parent_01",
		"hybride_parent_01_notes","hybride_parent_02","hybride_parent_02_notes",
		"nom_francais","presence","statut_origine ","statut_introduction","statut_culture","exclure_taxref");

	public function initialiserProjet($projetNom) {
		parent::initialiserProjet($projetNom);
		$this->table = Config::get("apd");
		$this->tableMeta = Config::get("apdMeta");
	}

	public function executer() {
		try {
			$this->initialiserProjet('apd');

			// Lancement de l'action demandée
			$cmd = $this->getParametre('a');
			switch ($cmd) {
				case 'tout' :
					$ok = $this->productionCsvPourReferentiels();
					if ($ok === true) {
						$this->integrationEFlore();
					}
					break;
				case 'ref' : // partie 1 : "referentiels"
					$this->productionCsvPourReferentiels();
					break;
				case 'eflore' : // partie 2 : "eFlore"
					$this->integrationEFlore();
					break;
				case 'nettoyage' :
					$this->nettoyage();
					break;
				case 'chargerStructureSql' :
					//$this->creerStructure();
					$this->chargerStructureSql();
					break;
				case 'verifierEtGenererCsvRtax' :
					$this->verifierEtGenererCsvRtax();
					break;
				case 'chargerCsvRtax' :
					$this->chargerCsvRtax();
					break;
				case 'changerRangs' :
					$this->changerRangs();
					break;
				case 'completerNumNomRetenu' :
					$this->completerNumNomRetenu();
					break;
				case 'supprimerNumTaxSupPourSynonymes' :
					$this->supprimerNumTaxSupPourSynonymes();
					break;
				case 'subspAutonymes' :
					$this->subspAutonymes();
					break;
				case 'genererNomSupraGenerique' :
					$this->genererNomSupraGenerique();
					break;
				case 'genererEpitheteInfraGenerique' :
					$this->genererEpitheteInfraGenerique();
					break;
				case 'exporterCSVModifie' :
					$this->exporterCSVModifie();
					break;
				case 'genererChpNumTax' :
					$this->genererChpNumTax();
					break;
				case 'genererNomSciHtml' :
					$this->genererChpNomSciHtml();
					break;
				case 'genererChpNomComplet' :
					$this->genererChpNomComplet();
					break;
				case 'genererChpFamille' :
					$this->genererChpFamille();
					break;
				case 'genererChpHierarchie' :
					$this->genererChpHierarchie();
					break;
				default :
					throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
			}
		} catch (Exception $e) {
			$this->traiterErreur($e->getMessage());
		}
	}

	// Lance la première moitié du boulot, et s'arrête lorsque le fichier CSV
	// au format Rtax est rempli avec les données amendées - il est prêt à rentrer dans Rtxß.
	// Retourne true si tout s'est bien passé, false sinon
	protected function productionCsvPourReferentiels() {
		$retour = false;
		$this->nettoyage();
		$this->chargerStructureSql();
		$verifOk = $this->verifierEtGenererCsvRtax();
		if ($verifOk === true) {
			$chgtOk = $this->chargerCsvRtax();
			if ($chgtOk) {
				$this->changerRangs();
				$this->completerNumNomRetenu();
				$this->supprimerNumTaxSupPourSynonymes();
				$this->subspAutonymes();
				$this->genererNomSupraGenerique();
				$this->genererEpitheteInfraGenerique();
				$this->exporterCSVModifie();
				$retour = true;
			}
		}
		return $retour;
	}

	// Lance la seconde moitié du boulot, et s'arrête lorsque le référentiel
	// est inséré dans la base eFlore.
	// Retourne true si tout s'est bien passé, false sinon
	protected function integrationEFlore() {
		$retour = false;
		$this->genererChpNumTax();
		$this->genererChpNomSciHtml();
		$this->genererChpFamille();
		$this->genererChpNomComplet();
		$this->genererChpHierarchie();
		$retour = true;
		return $retour;
	}

	// -------------- partie Rtax -------------

	// Dézingue tout le bousin
	protected function nettoyage() {
		echo "---- suppression des tables\n";
		$req = "DROP TABLE IF EXISTS `" . $this->table . "`";
		$this->getBdd()->requeter($req);
		$req = "DROP TABLE IF EXISTS `" . $this->tableMeta . "`;";
		$this->getBdd()->requeter($req);
	}

	// Analyse le fichier CSV fourni par le CJBG, le vérifie et écrit un CSV minimal au format Rtax
	function verifierEtGenererCsvRtax() {
		$cheminCsvRtax = Config::get('chemins.csvRtax');
		$cheminCsvCjbg = Config::get('chemins.csvCjbg');
		$retour = false;
		echo "---- vérification CSV CJBG [$cheminCsvCjbg] et génération CSV Rtax\n";

		// Correspondances de colonnes pour le remplissage à minima du fichier CSV Rtax
		// Clefs: CJBG
		// Valeurs: Rtax
		$entetesCjbgVersRtax = array(
		    "id_name" => "num_nom",
		    "presence" => "presence",
		    "statut_introduction" => "statut_introduction",
		    "statut_origine" => "statut_origine",
		    "nom_addendum" => "nom_addendum",
		    "BASIONYME" => "num_basyonyme",
		    "NO_RANG" => "rang",
		    "auteur" => "auteur",
		    "ANNEE" => "annee",
		    "type_epithete" => "type_epithete",
		    "SYN_mal_applique" => "synonyme_mal_applique",
		    "nom_sci" => "nom_sci",
		    "num_tax_sup" => "num_tax_sup",
		    "num_nom_retenu" => "num_nom_retenu",
		    "genre" => "genre",
		    "NOTES" => "notes",
		    "epithete_sp" => "epithete_sp",
		    "epithete_infra_sp" => "epithete_infra_sp",
			// champs additionnels
		    "NOM_STANDARD2" => false,
		    "STATUT_SYN" => false, // @TODO convertir
		    "hybride_parents" => false, // toujours "x" => ??
		    "FAM APG3" => false,
		    "auth_genre" => false,
		    "auth_esp" => false
		);

		$analyseOK = true;
		$numLigne = 1;
		$idNames = array();
		// lecture CSV d'origine
		$csv = fopen($cheminCsvCjbg, "r");
		$donneesTransformees = array();
		if ($csv) {
			$entetes = fgetcsv($csv);
			//echo "Entetes: " . print_r($entetes, true) . "\n";
			while(($ligne = fgetcsv($csv)) !== false) {
				$numLigne++;
				$nouvelleLigne = array();
				if (isset($idNames[$ligne[0]])) {
					echo "Entrée dupliquée pour id_name [" . $ligne[0] . "]\n";
					$analyseOK = false;
				} else if (! is_numeric($ligne[0])) {
					echo "Ligne $numLigne : la clef [" . $ligne[0] . "] n'est pas un entier\n";
					$analyseOK = false;
				} else if ($ligne[0] == 0) {
					echo "Ligne $numLigne : la clef [" . $ligne[0] . "] vaut zéro\n";
					$analyseOK = false;
				} else {
					$idNames[$ligne[0]] = $ligne[13]; // stockage du nom retenu
					foreach ($ligne as $idx => $col) {
						$entete = $entetes[$idx];
						$ert = $entetesCjbgVersRtax[$entete];
						if (strpos($col, "\n") > -1) {
							echo "Info: la colonne $ert de la ligne $numLigne contient des retours chariot. Conversion en espaces.\n";
							$col = str_replace("\n", " ", $col);
						}
						$nouvelleLigne[$ert] = $col;
					}
					$donneesTransformees[] = $nouvelleLigne;
				}
			}
		} else {
			echo "Erreur lors de l'ouverture du fichier\n";
		}

		// Vérifications:
		// - existence des num_nom_retenu et num_tax_sup mentionnés
		// - réduction des chaînes de synonymie
		$nnrManquants = array();
		$ntsManquants = array();
		$chaineSyn = array();
		foreach ($donneesTransformees as $ligne) {
			$taxSup = $ligne['num_tax_sup'];
			$nomRet = $ligne['num_nom_retenu'];
			$numNom = $ligne['num_nom'];
			// Si un nom est retenu, son taxon supérieur doit être mentionné et exister
			if (($numNom == $nomRet) && $taxSup && (! isset($idNames[$taxSup])) && (! isset($ntsManquants[$taxSup]))) {
				$ntsManquants[$taxSup] = true;
			}
			// Si un nom retenu est mentionné, il doit exister et être un nom retenu
			if ($nomRet) {
				if (isset($idNames[$nomRet])) {
					/*$nrnr = $idNames[$nomRet];
					echo "Test pour nn $numNom, nr $nomRet, " . $nrnr . "\n";
					if ($nomRet && $nrnr != $nomRet) {
						if (! isset($chaineSyn[$nomRet])) {
							$chaineSyn[$nomRet] = true;
						}
					}*/
				} else {
					if (! isset($nnrManquants[$nomRet])) {
						$nnrManquants[$nomRet] = true;
					}
				}
			}
		}
		if (count($nnrManquants) > 0) {
			echo count($nnrManquants) . " Nom(s) retenu(s) absent(s):\n";
			echo "(" . implode(",", array_keys($nnrManquants)) . ")\n";
		}
		if (count($ntsManquants) > 0) {
			echo count($ntsManquants) . " Taxon(s) supérieur(s) absent(s):\n";
			echo "(" . implode(",", array_keys($ntsManquants)) . ")\n";
		}
		/*if (count($chaineSyn) > 0) {
			echo count($chaineSyn) . " Synonymes ne sont pas des noms retenus:\n";
			//echo "(" . implode(",", array_keys($chaineSyn)) . ")\n";
		}*/

		if ($analyseOK === true) {
			// Production CSV de destination
			$csvDestination = '';
			$csvDestination .= implode($this->entetesRtax, ',') . "\n";
			$tailleLigne = count($this->entetesRtax);
			foreach ($donneesTransformees as $dt) {
				//$ligne = array();
				$ligneCsv = '';
				$i = 0;
				foreach ($this->entetesRtax as $e) {
					/*if (isset($dt[$e])) {
						$ligne[] = $dt[$e];
					} else {
						$ligne[] = '';
					}*/
					if (isset($dt[$e]) && ($dt[$e] !== '')) {
						$ligneCsv .= '"' . $dt[$e] . '"';
					}
					if ($i < $tailleLigne) {
						$ligneCsv .= ',';
					}
					$i++;
				}
				$ligneCsv .= "\n";
				//$ligneCsv = '"' . implode($ligne, '","') . '"' . "\n"; // met des double guillemets sur les champs vides et /i
				$csvDestination .= $ligneCsv;
			}
			// @TODO créer le répertoire dans /tmp et donner les droits 777
			file_put_contents($cheminCsvRtax, $csvDestination);
			$retour = true;
		} else {
			echo "L'analyse a mis en évidence des erreurs. Interruption.\n";
		}

		return $retour;
	}

	// Charge le CSV minimal au format TexRaf
	protected function chargerCsvRtax() {
		$cheminCsvRtax = Config::get('chemins.csvRtax');
		echo "---- chargement du fichier CSV Rtax [$cheminCsvRtax]\n";
		$req = "LOAD DATA INFILE '" . $cheminCsvRtax . "' INTO TABLE " . $this->table
			. " FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '\"' LINES TERMINATED BY '\n' IGNORE 1 LINES";
		$retour = $this->getBdd()->requeter($req);
		return $retour;
	}

	// Convertit les rangs du format chaispasquoi au format RexTaf
	protected function changerRangs() {
		echo "---- conversion des rangs\n";
		$rangs = array(
			"0" => "10",
			"1" => "20",
			"2" => "50",
			"3" => "53",
			"4" => "80",
			"5" => "140",
			"6" => "180",
			"7" => "190",
			"8" => "200",
			"9" => "220",
			"10" => "230",
			"11" => "240",
			"12" => "250",
			"13" => "260",
			"14" => "280",
			"15" => "290",
			"16" => "320",
			"17" => "340",
			"18" => "350",
			"19" => "360",
			"20" => "370",
			"26" => "440"
		);
		foreach ($rangs as $src => $dest) {
			echo "rang $src => rang $dest\n";
			$req = "UPDATE " . $this->table . " SET rang=$dest WHERE rang=$src;";
			$this->getBdd()->requeter($req);
		}
	}

	// Copie num_nom dans num_nom_retenu lorsque ce dernier est vide
	protected function completerNumNomRetenu() {
		echo "---- complétion des num_nom_retenu\n";
		$req = "UPDATE " . $this->table . " SET num_nom_retenu = num_nom WHERE num_nom_retenu='';";
		$this->getBdd()->requeter($req);
	}

	// Supprime le num_tax_sup pour les synonymes
	// et le met à 1 s'il est égal au num_nom
	protected function supprimerNumTaxSupPourSynonymes() {
		echo "---- suppression de num_tax_sup pour les synonymes et mise à 1 si égal à num_nom\n";
		$req = "UPDATE " . $this->table . " SET num_tax_sup = '' WHERE num_nom != num_nom_retenu;";
		$this->getBdd()->requeter($req);
		$req = "UPDATE " . $this->table . " SET num_tax_sup = 1 WHERE num_nom = num_tax_sup;";
		$this->getBdd()->requeter($req);
	}

	// Pour chaque subsp. autonyme, inscrit l'epithete_infra_sp
	protected function subspAutonymes() {
		echo "---- inscription de l'épithète infraspécifique des subsp. autonymes\n";
		$req = "SELECT num_nom, nom_sci, epithete_infra_sp FROM " . $this->table . " WHERE nom_sci LIKE '%subsp.%'";
		$res = $this->getBdd()->recupererTous($req);

		$nbres = count($res);
		$cpt = 0;
		$ok = 0;
		$ids = array();
		foreach ($res as $subsp) {
			$ns = $subsp['nom_sci'];
			$pos = strpos($ns, 'subsp.');
			$gsp = substr($ns, 0, $pos - 1);
			$sp = substr($gsp, strrpos($gsp, ' ') + 1);
			$sub = substr($ns, $pos + 8);
			if ($sub == $sp) {
				$cpt++;
				// @TODO
				// 1) récupérer l'auteur
				// 2) intégrer l'auteur avant "subsp." dans le nom_sci
				//echo "[$sp] || [$sub] || [" . $subsp['epithete_infra_sp'] . "]\n";
				if ($sub == $subsp['epithete_infra_sp']) {
					$ok++;
				} else {
					$reqMod = "UPDATE " . $this->table . " SET epithete_infra_sp='"
						. $sub . "' WHERE num_nom=" . $subsp['num_nom'];
					$this->getBdd()->requeter($reqMod);
				}
			}
		}
		echo "subsp.: $nbres\n";
		echo "Autonymes: $cpt dont $ok déjà inscrites\n";
	}

	// Copie le nom scientifique dans le nom supra générique pour les taxons de rang
	// supérieur au genre
	protected function genererNomSupraGenerique() {
		echo "---- complétion des noms supragénériques\n";
		$req = "UPDATE " . $this->table . " SET nom_supra_generique = nom_sci WHERE rang < 220";
		$res = $this->getBdd()->requeter($req);
	}

	// Copie le nom scientifique dans l'épithète infra générique pour les taxons de rang
	// entre genre et espèce
	protected function genererEpitheteInfraGenerique() {
		echo "---- complétion des épithètes infragénériques\n";
		$req = "UPDATE " . $this->table . " SET epithete_infra_generique = nom_sci WHERE rang > 220 AND rang < 290";
		$res = $this->getBdd()->requeter($req);
	}

	protected function exporterCSVModifie() {
		$cheminFichierCsvRtaxModifie = Config::get('chemins.csvRtaxModifie');
		echo "---- export du CSV Rtax modifié [$cheminFichierCsvRtaxModifie]\n";
		if (file_exists($cheminFichierCsvRtaxModifie)) {
			unlink($cheminFichierCsvRtaxModifie);
		}
		$req = "SELECT '" . implode("','", $this->entetesRtax) . "'"
			. " UNION ALL "
			. " SELECT * FROM " . $this->table . " INTO OUTFILE '" . $cheminFichierCsvRtaxModifie . "'"
			. " FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '\"' LINES TERMINATED BY '\n'";
		$res = $this->getBdd()->requeter($req);
		// Remplacement des cases vides par '' aulieu de '""' (peut faire foirer l'import par la suite)
		exec("sed -i 's/\"\"//g' " . $cheminFichierCsvRtaxModifie);
	}

	// -------------- partie eFlore ------------- copiée depuis le script Bdtfx

	private function genererChpNomSciHtml() {
		echo "---- génération des noms scientifiques en HTML \n";
		$this->preparerTablePrChpNomSciHtml();
		$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
		$nbreTotal = $this->recupererNbTotalTuples();
		$erreurs = array();
		$this->departInsertion = 0;
		while ($this->departInsertion < $nbreTotal) {
			$resultat = $this->recupererTuplesPrChpNomSciHtml();
	
			try {
				$nomsSciEnHtml = $generateur->generer($resultat);
			} catch (Exception $e) {
				$erreurs[] = $e->getMessage();
			}
	
			$this->remplirChpNomSciHtm($nomsSciEnHtml);
			$this->departInsertion += $this->pasInsertion;
			$this->afficherAvancement("Insertion des noms scientifique au format HTML dans la base par paquet de {$this->pasInsertion} en cours");
		}
		echo "\n";

		if (count($erreurs) > 0) {
			echo 'Erreurs lors de la génération HTML des noms scientifiques:\n' . print_r($erreurs, true) . "\n";
		}
	}

	private function preparerTablePrChpNomSciHtml() {
		echo "---- ajout de la colonne nom_sci_html \n";
		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_sci_html' ";
		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
		if ($resultat === false) {
			$requete = 	"ALTER TABLE {$this->table} ".
				'ADD nom_sci_html VARCHAR( 500 ) '.
				'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
			$this->getBdd()->requeter($requete);
		}
	}

	private function recupererNbTotalTuples(){
		$requete = "SELECT count(*) AS nb FROM {$this->table} ";
		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
		return $resultat['nb'];
	}

	private function recupererTuplesPrChpNomSciHtml() {
		$requete = 'SELECT 	num_nom, rang, nom_sci, nom_supra_generique, genre, epithete_infra_generique, '.
			'	epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp,cultivar_groupe, '.
			'	nom_commercial, cultivar '.
			"FROM {$this->table} ".
			"LIMIT {$this->departInsertion},{$this->pasInsertion} ";
		$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
		return $resultat;
	}

	private function remplirChpNomSciHtm($nomsSciHtm) {
		foreach ($nomsSciHtm as $id => $html) {
			$html = $this->getBdd()->proteger($html);
			$requete = "UPDATE {$this->table} SET nom_sci_html = $html WHERE num_nom = $id ";
			$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
			if ($resultat === false) {
				throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
			}
		}
	}

	// Attention c'est over-lent !
	private function genererChpNumTax() {
		$this->preparerTablePrChpNumTax();
		$erreurs = array();
		$this->departInsertion = 0;
		$dernier_num_tax = 0;
		
		$requete = 'SELECT num_nom '.
					'FROM '.$this->table.' '.
					'WHERE num_nom = num_nom_retenu AND num_nom_retenu != 0 '.
					'ORDER by num_nom_retenu ASC ';

		$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
		foreach ($resultat as $taxon) {
			$dernier_num_tax++;
			$requete_maj = 'UPDATE '.$this->table.' '.
							'SET num_taxonomique = '.$dernier_num_tax.' '.
							'WHERE num_nom_retenu = '.$taxon['num_nom'];
			$this->getBdd()->requeter($requete_maj);
			$this->pasInsertion++;
			$this->afficherAvancement("Insertion des num tax, ".count($resultat)." num tax a traiter");
		}
		echo "\n";
		if (count($erreurs) > 0) {
			echo 'Erreurs lors de la génération des numéros taxonomiques' . print_r($erreurs, true) . "\n";
		}
	}
	
	private function preparerTablePrChpNumTax() {
		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'num_taxonomique' ";
		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
		if ($resultat === false) {
			$requete = 	"ALTER TABLE {$this->table} ".
						'ADD num_taxonomique INT( 9 ) ';
			$this->getBdd()->requeter($requete);
		}
	}

	private function genererChpNomComplet() {
		$this->preparerTablePrChpNomComplet();
		$this->remplirChpNomComplet();
	}
	
	private function preparerTablePrChpNomComplet() {
		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_complet' ";
		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
		if ($resultat === false) {
			$requete = 	"ALTER TABLE {$this->table} ".
					'ADD nom_complet VARCHAR( 500 ) '.
					'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
			$this->getBdd()->requeter($requete);
		}
	}
	
	private function remplirChpNomComplet() {
		echo "---- Attribution du champ nom complet au taxons :\n";
		$requete = "UPDATE {$this->table} SET nom_complet = CONCAT(nom_sci,' ',auteur)";
		$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
		if ($resultat === false) {
			echo "Erreur de génération du champ nom complet\n";
		} else {
			echo "OK\n";
		}
	}

	private function genererChpFamille() {
		$this->preparerTablePrChpFamille();
		$resultats = $this->recupererTuplesPrChpFamille();
		$noms = array();
		$introuvables = array();
		$introuvablesSyno = array();
		foreach ($resultats as $id => $nom) {
			$nn = $nom['num_nom'];
			$nnr = $nom['num_nom_retenu'];
			$nts = $nom['num_tax_sup'];
			$rg = $nom['rang'];
			if ($nnr != '') {
				if ($rg == '180') {
					$noms[$nn] = $nom['nom_sci'];
				} else {
					if ($nn == $nnr) {// nom retenu
						if (isset($noms[$nts])) {
							$noms[$nn] = $noms[$nts];
						} else {
							$introuvables[] = $nn;
						}
					} else {// nom synonyme
						if (isset($noms[$nnr])) {
							$noms[$nn] = $noms[$nnr];
						} else {
							$introuvablesSyno[] = $nom;
						}
					}
				}
			}
			unset($resultats[$id]);
			$this->afficherAvancement("Attribution de leur famille aux noms en cours");
		}
		echo "\n";

		foreach ($introuvablesSyno as $id => $nom) {
			$nn = $nom['num_nom'];
			$nnr = $nom['num_nom_retenu'];
			if (isset($noms[$nnr])) {
				$noms[$nn] = $noms[$nnr];
			} else {
				$introuvables[] = $nn;
			}
			unset($introuvablesSyno[$id]);
			$this->afficherAvancement("Attribution de leur famille aux synonymes en cours");
		}
		echo "\n";

		if (count($introuvables) > 0) {
			echo count($introuvables) . ' familles sont introuvables : ' . implode(',', $introuvables) . "\n";
		}
		$this->remplirChpFamille($noms);
	}

	private function preparerTablePrChpFamille() {
		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'famille' ";
		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
		if ($resultat === false) {
			$requete = 	"ALTER TABLE {$this->table} ".
				'ADD famille VARCHAR(255) '.
				'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
			$this->getBdd()->requeter($requete);
		}
	}

	private function recupererTuplesPrChpFamille() {
		$requete = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '.
			"FROM {$this->table} ".
			"WHERE rang >= 180 ".
			"ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC ";
		$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
		return $resultat;
	}

	private function remplirChpFamille($noms) {
		foreach ($noms as $id => $famille) {
			$famille = $this->getBdd()->proteger($famille);
			$requete = "UPDATE {$this->table} SET famille = $famille WHERE num_nom = $id ";
			$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
			if ($resultat === false) {
				throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
			}
			$this->afficherAvancement("Insertion des noms de famille dans la base en cours");
		}
		echo "\n";
	}
	
	private function genererChpHierarchie() {
		$this->preparerTablePrChpHierarchie();
		$table = Config::get('tables.isfan');
	
		$requete = "UPDATE {$this->table} SET hierarchie = NULL ";
		$mise_a_jour = $this->getBdd()->requeter($requete);
	
		$requete_hierarchie = "SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup FROM " . $this->table . " ORDER BY rang DESC";
	
		$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete_hierarchie);
		$num_nom_a_num_sup = array();
		foreach($resultat as &$taxon) {
			$num_nom_a_num_sup[$taxon['num_nom']] = $taxon['num_tax_sup'];
		}
		$chemin_taxo = "";
		foreach($resultat as &$taxon) {
			$chemin_taxo = $this->traiterHierarchieNumTaxSup($taxon['num_nom_retenu'], $num_nom_a_num_sup).'-';
			$requete = "UPDATE {$this->table} SET hierarchie = ".$this->getBdd()->proteger($chemin_taxo)." WHERE num_nom = ".$taxon['num_nom']." ";
			$mise_a_jour = $this->getBdd()->requeter($requete);
			$this->afficherAvancement("Insertion de la hierarchie taxonomique en cours");
		}
		echo "\n";
	}
	
	private function traiterHierarchieNumTaxSup($num_nom_retenu, &$num_nom_a_num_sup) {
		$chaine_hierarchie = "";
		if(isset($num_nom_a_num_sup[$num_nom_retenu])) {
			$num_tax_sup = $num_nom_a_num_sup[$num_nom_retenu];
			$chaine_hierarchie = '-'.$num_tax_sup;
			if($num_tax_sup != 0 && $num_tax_sup != '') {
				$chaine_hierarchie = $this->traiterHierarchieNumTaxSup($num_tax_sup, $num_nom_a_num_sup).$chaine_hierarchie;
			}
		}
		return $chaine_hierarchie;
	}
	
	private function preparerTablePrChpHierarchie() {
		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'hierarchie' ";
		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
		if ($resultat === false) {
			$requete = 	"ALTER TABLE {$this->table} ".
						'ADD hierarchie VARCHAR(1000) '.
						'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
			$this->getBdd()->requeter($requete);
		}
	}
}
?>