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3 jpm 1 
<?php
2 
/**
3 
* Description :
4 
* Classe Ontologies.php fournit des informations sur ensemble structuré des termes et concepts représentant les éléments
5 
* d'un domaine de connaissances .
6 
* Le but étant de fournir un ensemble minimal d'information comprenant :
7 
* un identifiant (numérique ou alphanumérique sous forme de ChatMot si possible), un nom, une description et
8 
* éventuellement une relation hiérarchique avec un autre terme (=classe).
9 
* Si l'url finit par /ontologies on retourne une liste de termes (seulement les 100 premières par défaut).
10 
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /ontologies?param1=val1&param2=val2&...
11 
*
12 
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, masque.code, masque.nom, masque.description , recherche,
13 
* distinct, retour.format, navigation.depart et navigation.limite.
14 
*
15 
* Encodage en entrée : utf8
16 
* Encodage en sortie : utf8
17 
* @package eflore-projets
18 
* @author Jennifer DHÉ <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
19 
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
20 
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
21 
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
22 
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
23 
* @version 0.1
24 
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
25 
*/
26 
class Ontologies extends Commun {
27 
 
28 
	protected $requete_condition = null; //Représente la partie de la requete SQL ajoutant une condition (WHERE ...)
29 
	/** Permet de stocker la requete formulée: /ontologies | /ontologies/#id | /ontologies/#id/champ | /ontologies/#id/relations */
30 
	protected $format_reponse = 'ontologies';
31 
	/**  Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).
32 
	 * Stocke également les valeurs des paramètres navigation.depart et navigation.limite passés dans la requete*/
33 
	protected $limite_requete = array( 'depart' => 0, 'limite' => 100);
34 
	/** Stocke le nombre total de résultats de la requete principale. Est calculée lors de l'assemblage de la requete */
35 
	protected $total_resultat;
36 
	protected $retour_format = 'max';
37 
 
733 raphael 38 
	// beaucoup plus flexible dans le cas de requêtes SQL complexes
39 
	protected $mesChamps = '';
40 
	protected $mesJoinsEtConditions = '';
41 
 
3 jpm 42 
	public function traiterParametres() {
43 
		if (isset($this->parametres) && !empty($this->parametres)) {
44 
			foreach ($this->parametres as $param => $valeur) {
45 
				switch ($param) {
46 
					case 'masque' 			  :  $this->ajouterLeFiltreMasque('masque', $valeur); 				break;
8 jpm 47 
					case 'masque.code' 		  :  $this->ajouterLeFiltreMasque('code', $valeur); 				break;
48 
					case 'masque.nom' 		  :  $this->ajouterLeFiltreMasque('nom', $valeur); 					break;
49 
					case 'masque.description' :  $this->ajouterLeFiltreMasque('description', $valeur); 			break;
50 
					case 'retour.format' 	  :  $this->retour_format = $valeur;								break;
732 raphael 51 
					case 'retour.champs' 	  :  $this->parametres['retour_champs'] = $valeur;					break;
8 jpm 52 
					case 'navigation.depart'  :  $this->limite_requete['depart'] = $valeur;	  					break;
53 
					case 'navigation.limite'  :  $this->limite_requete['limite'] = $valeur;	  					break;
3 jpm 54 
					case 'recherche' : 																			break;
88 delphine 55 
					case 'version.projet' : 																	break;
3 jpm 56 
					default :
57 
						$e = 'Erreur dans les parametres de recherche de votre requête : </br> Le paramètre " '
58 
							.$param.' " n\'existe pas.';
59 
						$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);						break;
60 
				}
61 
			}
62 
		}
63 
	}
64 
 
65 
	public function ajouterLeFiltreMasque($nom_champ, $valeur) {
66 
		if ($nom_champ == 'code') {
67 
			$this->requete_condition[] = $nom_champ.' = '.$this->getBdd()->proteger($valeur);
68 
		} else {
69 
			if (isset($this->parametres['recherche']) && $this->parametres['recherche'] == 'floue') {
70 
				if ($nom_champ == 'masque') {
71 
					$this->requete_condition[] = '( code = '.$this->getBdd()->proteger($valeur)
72 
						.' OR ( SOUNDEX(nom) = SOUNDEX(\''.$valeur.'\')'
73 
						.' OR SOUNDEX(REVERSE(nom)) = SOUNDEX(REVERSE(\''.$valeur.'\')) '
74 
						.') OR ( SOUNDEX(description) = SOUNDEX(\''.$valeur.'\')'
75 
						.' OR SOUNDEX(REVERSE(description)) = SOUNDEX(REVERSE(\''.$valeur.'\')) ))';
76 
				} else {
77 
					$this->requete_condition[] = '(SOUNDEX('.$nom_champ.') = SOUNDEX(\''.$valeur.'\')'
78 
						.' OR SOUNDEX(REVERSE('.$nom_champ.')) = SOUNDEX(REVERSE(\''.$valeur.'\')))';
79 
				}
80 
			} else {
81 
					if (isset($this->parametres['recherche']) && $this->parametres['recherche'] == 'etendue') {
82 
					$valeur = str_replace(' ','%', $valeur);
83 
					$valeur .= '%';
84 
				}
85 
				if ($nom_champ == 'masque') {
86 
					$this->requete_condition[] = '(code = '.$this->getBdd()->proteger($valeur)
87 
						.' OR nom LIKE '.$this->getBdd()->proteger($valeur)
88 
						.' OR description LIKE '.$this->getBdd()->proteger($valeur).')';
89 
				} else {
90 
					$this->requete_condition[] = $nom_champ.' LIKE '.$this->getBdd()->proteger($valeur);
91 
				}
92 
			}
93 
		}
94 
	}
95 
 
96 
 
97 
	public function traiterRessources() {
98 
		if (isset($this->ressources) && !empty($this->ressources)) {
99 
			if (isset($this->ressources[0]) && !empty($this->ressources[0])) {
100 
				//requete = /ontologies/#id
101 
				$this->traiterRessourceId();
102 
				if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
103 
					//requete = /ontologies/#id/relations
104 
					$this->traiterRessourceRelations();
105 
				}
106 
			}
107 
		}
108 
	}
109 
 
110 
 
111 
	public function traiterRessourceId() {
112 
		$this->requete_condition = array();
113 
		//requete : /ontologies/#id (ex : /ontologies/7)
114 
		if (is_numeric($this->ressources[0])) {
115 
			$this->requete_condition[] = ' id = '.$this->getBdd()->proteger($this->ressources[0]);
116 
			$this->format_reponse .= '/id';
117 
		//requete : /ontologies/#classe:#code (ex : /ontologies/rangTaxo:290)
118 
		} elseif (strrpos($this->ressources[0], ':') !== false) {
733 raphael 119 
			// plusieurs couples #classe:#code séparés par des virgules
120 
			if(strrpos($this->ressources[0], ',') !== false) {
121 
				$this->traiterMultipleRessourceId();
122 
				return;
123 
			}
124 
 
125 
			// ou un unique couple #classe:#code
3 jpm 126 
			$this->format_reponse .= '/id';
127 
			preg_match('/^([^:]+):([^:]+)$/', $this->ressources[0], $match);
128 
			$this->requete_condition[] =
291 aurelien 129 
				' id IN (SELECT id FROM '.$this->table.' WHERE code = '.$this->getBdd()->proteger($match[2])
3 jpm 130 
				.' AND classe_id = (SELECT id FROM '.$this->table.' WHERE code = '.$this->getBdd()->proteger($match[1]).'))';
732 raphael 131 
			// TODO: optimiser, à voir: traiterMultipleRessourceId() ci-dessous
132 
			// SELECT a.*
133 
			// FROM $this->table a
134 
			// LEFT JOIN $this->table b ON a.id = b.id LEFT JOIN $this->table c ON b.classe_id = c.id
135 
			// WHERE b.code = $this->getBdd()->proteger($match[2])
136 
			// AND c.code = $this->getBdd()->proteger($match[1]);
3 jpm 137 
		} else {
138 
			$e = 'Erreur dans les paramètres de recherche de votre requête : </br> Le paramètre " '
139 
				.$this->ressources[0].' " n\'existe pas.';
140 
			$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
141 
		}
142 
	}
143 
 
733 raphael 144 
	// Requète : /ontologies/#classe:#code,[...] (ex : /ontologies/numStatus:2,numStatus:3,genreNombre:10)
145 
	public function traiterMultipleRessourceId() {
146 
		$this->format_reponse .= '/ids'; // noter le "s"
147 
		$this->mesChamps = Array(
148 
			// 'a.*' // pourquoi pas, mais alors des unset() seront nécessaire
149 
			'a.id',
150 
			'a.classe_id AS `classe.id`',
151 
			'a.nom',
152 
			'a.description',
153 
			'a.code',
154 
			'a.complements',
155 
			'c.nom AS classe', // évite très simplement (un très couteux) ajouterClasseCorrespondante()
156 
			'concat(c.code,":", b.code) AS requete'); // permet aux appelants de récupérer la valeur qu'ils recherchent
157 
		$this->mesChamps = implode(', ', $this->mesChamps);
3 jpm 158 
 
733 raphael 159 
		$this->mesJoinsEtConditions =
160 
			// alias de la table première
161 
			" a "
162 
			. " LEFT JOIN {$this->table} b ON a.id = b.id LEFT JOIN {$this->table} c ON b.classe_id = c.id"
163 
			. " WHERE ";
164 
 
165 
		$or_stack = false;
166 
		$tab = explode(',', $this->ressources[0]);
167 
		foreach($tab as $couple) {
168 
			preg_match('/^([^:]+):([^:]+)$/', $couple, $match);
169 
			if($or_stack) {
170 
				// une fois qu'un set de condition et présent,
171 
				// les autres sont `OR`-ed.
172 
				$this->mesJoinsEtConditions .= " OR ";
173 
			}
174 
			$this->mesJoinsEtConditions .=
175 
				sprintf("(b.code = %s AND c.code = %s)",
176 
						$this->getBdd()->proteger($match[2]),
177 
						$this->getBdd()->proteger($match[1]));
178 
			$or_stack = true;
179 
		}
180 
	}
181 
 
3 jpm 182 
	public function traiterRessourceRelations() {
183 
		//requete = /ontologies/#id/relations :
184 
		if ($this->ressources[1] == 'relations') {
185 
			$this->format_reponse .= '/relations';
186 
			$this->requete_condition = array('classe_id = (SELECT classe_id FROM '.$this->table.' WHERE '
187 
										.implode(' AND ', $this->requete_condition).')');
188 
		}
189 
	}
190 
 
191 
	//+--------------------------FONCTION ASSEMBLAGE DE LA REQUETE-------------------------------------------+
192 
 
193 
	public function assemblerLaRequete() {
194 
		$requete = 	' SELECT '.$this->formerRequeteChamp().
195 
						' FROM '.$this->table
196 
							.$this->retournerRequeteCondition()
197 
							.$this->formerRequeteLimite(); //print_r($requete);
198 
		return $requete;
199 
	}
200 
 
201 
	public  function formerRequeteChamp() {
733 raphael 202 
		if($this->mesChamps) return $this->mesChamps;
203 
 
3 jpm 204 
		$champ[] = 'id';
205 
		if ($this->format_reponse == 'ontologies') {
206 
				$champ[] = 'nom, code ';
207 
		}
208 
		if (isset($this->parametres['retour_champs']) || $this->format_reponse == 'ontologies/id/champs') {
209 
			$champs_recherches = explode(',', $this->parametres['retour_champs']);
210 
			$champs_possibles = $this->rechercherChampsPossibles();
211 
			foreach ($champs_recherches as $champ_recherche) {
732 raphael 212 
				if ($this->verifierValiditeChamp($champ_recherche, $champs_possibles)) {
3 jpm 213 
					$champ[] = (preg_match('/classe/', $champ_recherche)) ? 'classe_id' : $champ_recherche;
214 
				}
215 
			}
216 
		}
217 
		if (count($champ) == 1) {
218 
			$champ = array(' * ');
219 
		}
220 
		return implode(', ', $champ);
221 
	}
222 
 
223 
	public function rechercherChampsPossibles() {
224 
		$this->recupererNomChamp($this->table);
225 
		$champs_possibles = $this->champs_table;
226 
		$champs_possibles[] = 'classe.id';
227 
		$champs_possibles[] = 'classe';
228 
		$champs_possibles[] = 'classe.href';
229 
		return $champs_possibles;
230 
	}
231 
 
232 
	public function verifierValiditeChamp($champ, $champs_possibles) {
233 
		$validite = false;
234 
		preg_match('/^([^.]+)(:?\.([^.]+))?$/', $champ, $match);
235 
		if (in_array($match[1], $champs_possibles)) {
236 
			$validite = true;
237 
		} else {
238 
			$champs = implode('</li><li>', $champs_possibles);
239 
			$e = 'Erreur dans votre requête : </br> Le champ "'.$champ
240 
			.'" n\'existe pas. Les champs disponibles sont : <li>'.$champs.'</li>';
241 
			$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
242 
		}
243 
		return $validite;
244 
	}
245 
 
246 
	public  function retournerRequeteCondition() {
733 raphael 247 
		if($this->mesJoinsEtConditions) return $this->mesJoinsEtConditions;
248 
 
3 jpm 249 
		$condition = '';
250 
		if ($this->requete_condition !== null) {
251 
			$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
252 
		}
253 
		return $condition;
254 
	}
255 
 
256 
	public function formerRequeteLimite() {
257 
		$this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat();
258 
		if (in_array($this->format_reponse , array('textes/id', 'textes/id/relations'))) {
259 
			$this->requete_limite = '';
260 
		} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat)) {
261 
			$this->limite_requete['depart'] =
262 
				(($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);
263 
			$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
264 
		} else {
265 
			$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
266 
		}
267 
		return $this->requete_limite;
268 
	}
269 
 
270 
 
271 
	public function recupererTotalResultat() {
272 
		//on récupère le nombre total de résultats de la requete (ex : le nombre d'id contenu dans la liste /ontologies)
273 
		$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '
274 
			.$this->table
275 
			.$this->retournerRequeteCondition();
276 
		$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
277 
		if ($res) {
278 
			$total = $res['nombre'];
279 
		} else {
280 
			$e = 'Données introuvables dans la base';
281 
			$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
282 
			Debug::printr($requete);
283 
		}
284 
		return $total;
285 
	}
286 
 
287 
	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
288 
	public function retournerResultatFormate($resultat) {
289 
		// determine en fct du service appelé (/ontologies | /ontologies/#id | /ontologies/#id/champ |
290 
		// /ontologies/#id/relations) le format du tableau à retourner. Encode en json
291 
		switch ($this->format_reponse) {
292 
			case 'ontologies' 				: $reponse = $this->formaterOntologies($resultat); 			 break;
293 
			case 'ontologies/id' 			: $reponse = $this->formaterOntologiesId($resultat[0]); 	 break;
733 raphael 294 
			case 'ontologies/ids' 			: $reponse = $this->formaterMultipleOntologiesId($resultat);	break;
3 jpm 295 
			case 'ontologies/id/relations' 	: $reponse = $this->formaterOntologiesIdRelations($resultat); break;
296 
			default : break;
297 
		}
298 
		return $reponse;
299 
	}
300 
 
301 
 
302 
	public function formaterOntologies($resultat) {
303 
		$this->ajouterEnteteResultat($resultat);
304 
		$table_retour_json['entete'] = $this->ajouterEnteteResultat($resultat);
305 
		if (isset($this->parametres['masque_code']) || isset($this->parametres['masque'])) {
306 
			$resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres['masque_code'], $resultat, 'code');
307 
		} elseif (isset($this->parametres['masque_nom'])) {
308 
			$resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres['masque_nom'], $resultat, 'nom');
309 
		} elseif (isset($this->parametres['masque_description'])) {
310 
			$resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres['masque_description'], $resultat, 'description');
311 
		}
312 
		//on remplit la table $table_retour_json['resultat']
313 
		foreach ($resultat as $tab) {
314 
			$num = $tab['id'];
315 
			unset($tab['id']);
316 
			foreach ($tab as $param => $valeur) {
317 
				$resultat_json[$num][$param] = $valeur;
318 
			}
319 
			if ($this->retour_format == 'max') $resultat_json[$num]['href'] = $this->ajouterHref('ontologies', $num);
320 
		}
321 
		$table_retour_json['resultat'] = $resultat_json;
322 
		return $table_retour_json;
323 
	}
324 
 
325 
	public function ajouterEnteteResultat($resultat) {
326 
		//on remplit la table $table_retour_json['entete']
327 
		$entete['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
328 
		$entete['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
329 
		$entete['total']  = $this->total_resultat;
330 
		//formuler les urls
331 
		$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, '/ontologies');
332 
		if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') { $entete['href.precedent'] = $url['precedent']; }
333 
		if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') { $entete['href.suivant']   = $url['suivant']; }
334 
		return $entete;
335 
	}
336 
 
768 raphael 337 
	public function __anonyme1($val) { return $val != ''; }
3 jpm 338 
 
339 
	public function formaterOntologiesId($resultat) {
768 raphael 340 
		$table_retour = array_filter($resultat, array($this, '__anonyme1'));
732 raphael 341 
		$this->calculerClassID($table_retour);
3 jpm 342 
		return $table_retour;
343 
	}
344 
 
733 raphael 345 
	public function formaterMultipleOntologiesId($resultats) {
346 
		$result = Array();
347 
		foreach($resultats as $k => $resultat) {
348 
			$id = $resultat['requete'];
768 raphael 349 
			$result[$id] = array_filter($resultat, array($this, '__anonyme1'));
733 raphael 350 
			unset($result[$id]['requete']);
351 
			$this->calculerClassID($result[$id]);
352 
		}
353 
		return $result;
354 
	}
355 
 
732 raphael 356 
	public function calculerClassID(&$resultat) {
357 
		// commenté: pourquoi restreindre le choix des champs au format "max",
358 
		// ça ne semble pas logique...
359 
		// if ($this->retour_format != 'max') return;
360 
 
361 
 		// question: pourquoi ne pas passer les infos relatives aux ontologies 0 ?
362 
		// et que signifie ce commentaire: "pas de parent"
768 raphael 363 
		if (@$resultat['classe_id'] == '0') return;
732 raphael 364 
 
365 
		$valeur = isset($resultat['classe_id']) ? $resultat['classe_id'] : $resultat['classe.id'];
758 raphael 366 
		if(! isset($resultat['classe.id'])) {
732 raphael 367 
			$resultat['classe.id'] = $resultat['classe_id'];
368 
			unset($resultat['classe_id']);
369 
		}
370 
 
371 
		// max-format et pas de champs spécifiques demandés ?
372 
		// Alors on rempli "classe" et "classe.href"
373 
		// Mais ne pas recalculer (surtout la classe) si ce n'est pas nécessaire
374 
		// (c'est le cas si l'on a demandé plusieurs critère [provenons de formaterMultipleOntologiesId()])
758 raphael 375 
		if (! isset($this->parametres['retour_champs'])) {
732 raphael 376 
			if(! isset($resultat['classe'])) {
377 
				$nom_classe = $this->ajouterClasseCorrespondante($valeur);
378 
				if (isset($nom_classe)) $resultat['classe'] = $nom_classe;
3 jpm 379 
			}
732 raphael 380 
			if(! isset($resultat['classe.href'])) {
381 
				$resultat['classe.href'] = $this->ajouterHref('ontologies', $valeur);
382 
			}
383 
			return;
3 jpm 384 
		}
732 raphael 385 
 
386 
		// cas où des champs sont demandés
387 
		$champs = explode(',', $this->parametres['retour_champs']);
388 
		if(in_array('classe', $champs) && ! isset($resultat['classe'])) {
389 
			$this->ajouterClasseCorrespondante($valeur);
390 
		}
391 
 
392 
		if(in_array('classe.id', $champs) && ! isset($resultat['classe.id'])) {
393 
			$resultat['classe.id'] = $valeur;
394 
		}
395 
 
396 
		if(in_array('classe.href', $champs) && ! isset($resultat['classe.href'])) {
397 
			$resultat['classe.href'] = $this->ajouterHref('ontologies', $valeur);
398 
		}
399 
 
400 
		if(in_array('classe.*', $champs) && (! isset($resultat['classe.href']) || ! isset($resultat['classe.id']))) {
401 
			$resultat['classe.id'] = $valeur;
402 
			$resultat['classe.href'] = $this->ajouterHref('ontologies', $valeur);
403 
		}
3 jpm 404 
	}
405 
 
406 
	/** Recherche par interrogation de la base, le nom de la classe à partir de son identifiant (classe.id)  */
407 
	public function ajouterClasseCorrespondante($classe_id) {
408 
		$nom = null;
409 
		if ($classe_id != 0) {
410 
			$nom = '';
411 
			$req = 'SELECT nom FROM '.$this->table.' WHERE id = '.$this->getBdd()->proteger($classe_id);
412 
			$res = $this->getBdd()->recuperer($req);
413 
			if ($res) {
414 
				$nom = $res['nom'];
415 
			} else {
416 
				$e = "Données introuvables dans la table $this->table";
417 
				$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
418 
				Debug::printr($req);
419 
			}
420 
		}
421 
		return $nom;
422 
	}
423 
 
424 
	public function formaterOntologiesIdRelations($resultat) {
425 
		$retour = null;
426 
		if ($resultat != '') {
427 
			$retour['entete'] = $this->ajouterEnteteResultat($resultat);
428 
			//on remplit la table $table_retour_json['resultat']
429 
			foreach ($resultat as $tab) {
430 
				$num = $tab['id'];
431 
				$retour['resultat'][$num]['nom'] = $tab['nom'];
432 
				if ($this->retour_format == 'max') {
433 
					$retour['resultat'][$num]['href'] = $this->ajouterHref('ontologies', $num);
434 
				}
435 
			}
436 
		}
437 
		return $retour;
438 
	}
439 
}
440 
?>