| 1021 |
mathias |
1 |
<?php
|
|
|
2 |
//declare(encoding='UTF-8');
|
|
|
3 |
/**
|
|
|
4 |
* Exemple de lancement du script : :
|
| 1029 |
mathias |
5 |
* /opt/lampp/bin/php cli.php apd -a chargerTous
|
| 1021 |
mathias |
6 |
*
|
|
|
7 |
* Base de données des Trachéophytes (trachéo...quoi ?? C'est le truc avec le stylo Bic ?)
|
|
|
8 |
* d'Afrique de l'Ouest (et Centrale mais faut pas le dire)
|
|
|
9 |
*
|
|
|
10 |
* @category php 5.2
|
|
|
11 |
* @package eFlore/Scripts
|
|
|
12 |
* @author Mathias CHOUET <mathias@tela-botanica.org>
|
|
|
13 |
* @copyright Copyright (c) 2014, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
|
|
|
14 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
|
|
|
15 |
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
|
|
|
16 |
*/
|
| 1029 |
mathias |
17 |
class Apd extends EfloreScript {
|
| 1021 |
mathias |
18 |
|
|
|
19 |
private $table = null;
|
|
|
20 |
private $tableMeta = null;
|
|
|
21 |
private $pasInsertion = 1000;
|
|
|
22 |
private $departInsertion = 0;
|
|
|
23 |
|
|
|
24 |
protected $parametres_autorises = array();
|
|
|
25 |
|
|
|
26 |
// Entêtes du nouveau fichier Rtax à produire
|
|
|
27 |
protected $entetesRtax = array("num_nom","num_nom_retenu","num_tax_sup","rang","nom_sci",
|
|
|
28 |
"nom_supra_generique","genre","epithete_infra_generique","epithete_sp",
|
|
|
29 |
"type_epithete","epithete_infra_sp","cultivar_groupe","cultivar","nom_commercial",
|
|
|
30 |
"auteur","annee","biblio_origine","notes","nom_addendum","homonyme","num_type",
|
|
|
31 |
"num_basionyme","synonyme_proparte","synonyme_douteux","synonyme_mal_applique",
|
|
|
32 |
"synonyme_orthographique","orthographe_originelle","hybride_parent_01",
|
|
|
33 |
"hybride_parent_01_notes","hybride_parent_02","hybride_parent_02_notes",
|
|
|
34 |
"nom_francais","presence","statut_origine ","statut_introduction","statut_culture","exclure_taxref");
|
|
|
35 |
|
|
|
36 |
public function initialiserProjet($projetNom) {
|
|
|
37 |
parent::initialiserProjet($projetNom);
|
| 1029 |
mathias |
38 |
$this->table = Config::get("apd");
|
|
|
39 |
$this->tableMeta = Config::get("apdMeta");
|
| 1021 |
mathias |
40 |
}
|
|
|
41 |
|
|
|
42 |
public function executer() {
|
|
|
43 |
try {
|
| 1029 |
mathias |
44 |
$this->initialiserProjet('apd');
|
| 1021 |
mathias |
45 |
|
|
|
46 |
// Lancement de l'action demandée
|
|
|
47 |
$cmd = $this->getParametre('a');
|
|
|
48 |
switch ($cmd) {
|
|
|
49 |
case 'tout' :
|
|
|
50 |
$ok = $this->productionCsvPourReferentiels();
|
|
|
51 |
if ($ok === true) {
|
|
|
52 |
$this->integrationEFlore();
|
|
|
53 |
}
|
|
|
54 |
break;
|
|
|
55 |
case 'ref' : // partie 1 : "referentiels"
|
|
|
56 |
$this->productionCsvPourReferentiels();
|
|
|
57 |
break;
|
|
|
58 |
case 'eflore' : // partie 2 : "eFlore"
|
|
|
59 |
$this->integrationEFlore();
|
|
|
60 |
break;
|
|
|
61 |
case 'nettoyage' :
|
|
|
62 |
$this->nettoyage();
|
|
|
63 |
break;
|
|
|
64 |
case 'chargerStructureSql' :
|
|
|
65 |
//$this->creerStructure();
|
|
|
66 |
$this->chargerStructureSql();
|
|
|
67 |
break;
|
|
|
68 |
case 'verifierEtGenererCsvRtax' :
|
|
|
69 |
$this->verifierEtGenererCsvRtax();
|
|
|
70 |
break;
|
|
|
71 |
case 'chargerCsvRtax' :
|
|
|
72 |
$this->chargerCsvRtax();
|
|
|
73 |
break;
|
|
|
74 |
case 'changerRangs' :
|
|
|
75 |
$this->changerRangs();
|
|
|
76 |
break;
|
|
|
77 |
case 'completerNumNomRetenu' :
|
|
|
78 |
$this->completerNumNomRetenu();
|
|
|
79 |
break;
|
|
|
80 |
case 'supprimerNumTaxSupPourSynonymes' :
|
|
|
81 |
$this->supprimerNumTaxSupPourSynonymes();
|
|
|
82 |
break;
|
|
|
83 |
case 'subspAutonymes' :
|
|
|
84 |
$this->subspAutonymes();
|
|
|
85 |
break;
|
|
|
86 |
case 'genererNomSupraGenerique' :
|
|
|
87 |
$this->genererNomSupraGenerique();
|
|
|
88 |
break;
|
|
|
89 |
case 'genererEpitheteInfraGenerique' :
|
|
|
90 |
$this->genererEpitheteInfraGenerique();
|
|
|
91 |
break;
|
|
|
92 |
case 'exporterCSVModifie' :
|
|
|
93 |
$this->exporterCSVModifie();
|
|
|
94 |
break;
|
|
|
95 |
case 'genererChpNumTax' :
|
|
|
96 |
$this->genererChpNumTax();
|
|
|
97 |
break;
|
|
|
98 |
case 'genererNomSciHtml' :
|
|
|
99 |
$this->genererChpNomSciHtml();
|
|
|
100 |
break;
|
|
|
101 |
case 'genererChpNomComplet' :
|
|
|
102 |
$this->genererChpNomComplet();
|
|
|
103 |
break;
|
|
|
104 |
case 'genererChpFamille' :
|
|
|
105 |
$this->genererChpFamille();
|
|
|
106 |
break;
|
|
|
107 |
case 'genererChpHierarchie' :
|
|
|
108 |
$this->genererChpHierarchie();
|
|
|
109 |
break;
|
|
|
110 |
default :
|
|
|
111 |
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
|
|
|
112 |
}
|
|
|
113 |
} catch (Exception $e) {
|
|
|
114 |
$this->traiterErreur($e->getMessage());
|
|
|
115 |
}
|
|
|
116 |
}
|
|
|
117 |
|
|
|
118 |
// Lance la première moitié du boulot, et s'arrête lorsque le fichier CSV
|
|
|
119 |
// au format Rtax est rempli avec les données amendées - il est prêt à rentrer dans Rtxß.
|
|
|
120 |
// Retourne true si tout s'est bien passé, false sinon
|
|
|
121 |
protected function productionCsvPourReferentiels() {
|
|
|
122 |
$retour = false;
|
|
|
123 |
$this->nettoyage();
|
|
|
124 |
$this->chargerStructureSql();
|
|
|
125 |
$verifOk = $this->verifierEtGenererCsvRtax();
|
|
|
126 |
if ($verifOk === true) {
|
|
|
127 |
$chgtOk = $this->chargerCsvRtax();
|
|
|
128 |
if ($chgtOk) {
|
|
|
129 |
$this->changerRangs();
|
|
|
130 |
$this->completerNumNomRetenu();
|
|
|
131 |
$this->supprimerNumTaxSupPourSynonymes();
|
|
|
132 |
$this->subspAutonymes();
|
|
|
133 |
$this->genererNomSupraGenerique();
|
|
|
134 |
$this->genererEpitheteInfraGenerique();
|
|
|
135 |
$this->exporterCSVModifie();
|
|
|
136 |
$retour = true;
|
|
|
137 |
}
|
|
|
138 |
}
|
|
|
139 |
return $retour;
|
|
|
140 |
}
|
|
|
141 |
|
|
|
142 |
// Lance la seconde moitié du boulot, et s'arrête lorsque le référentiel
|
|
|
143 |
// est inséré dans la base eFlore.
|
|
|
144 |
// Retourne true si tout s'est bien passé, false sinon
|
|
|
145 |
protected function integrationEFlore() {
|
|
|
146 |
$retour = false;
|
|
|
147 |
$this->genererChpNumTax();
|
|
|
148 |
$this->genererChpNomSciHtml();
|
|
|
149 |
$this->genererChpFamille();
|
|
|
150 |
$this->genererChpNomComplet();
|
|
|
151 |
$this->genererChpHierarchie();
|
|
|
152 |
$retour = true;
|
|
|
153 |
return $retour;
|
|
|
154 |
}
|
|
|
155 |
|
|
|
156 |
// -------------- partie Rtax -------------
|
|
|
157 |
|
|
|
158 |
// Dézingue tout le bousin
|
|
|
159 |
protected function nettoyage() {
|
|
|
160 |
echo "---- suppression des tables\n";
|
|
|
161 |
$req = "DROP TABLE IF EXISTS `" . $this->table . "`";
|
|
|
162 |
$this->getBdd()->requeter($req);
|
|
|
163 |
$req = "DROP TABLE IF EXISTS `" . $this->tableMeta . "`;";
|
|
|
164 |
$this->getBdd()->requeter($req);
|
|
|
165 |
}
|
|
|
166 |
|
|
|
167 |
// Analyse le fichier CSV fourni par le CJBG, le vérifie et écrit un CSV minimal au format Rtax
|
|
|
168 |
function verifierEtGenererCsvRtax() {
|
|
|
169 |
$cheminCsvRtax = Config::get('chemins.csvRtax');
|
|
|
170 |
$cheminCsvCjbg = Config::get('chemins.csvCjbg');
|
|
|
171 |
$retour = false;
|
|
|
172 |
echo "---- vérification CSV CJBG [$cheminCsvCjbg] et génération CSV Rtax\n";
|
|
|
173 |
|
|
|
174 |
// Correspondances de colonnes pour le remplissage à minima du fichier CSV Rtax
|
|
|
175 |
// Clefs: CJBG
|
|
|
176 |
// Valeurs: Rtax
|
|
|
177 |
$entetesCjbgVersRtax = array(
|
|
|
178 |
"id_name" => "num_nom",
|
|
|
179 |
"presence" => "presence",
|
|
|
180 |
"statut_introduction" => "statut_introduction",
|
|
|
181 |
"statut_origine" => "statut_origine",
|
|
|
182 |
"nom_addendum" => "nom_addendum",
|
|
|
183 |
"BASIONYME" => "num_basyonyme",
|
|
|
184 |
"NO_RANG" => "rang",
|
|
|
185 |
"auteur" => "auteur",
|
|
|
186 |
"ANNEE" => "annee",
|
|
|
187 |
"type_epithete" => "type_epithete",
|
|
|
188 |
"SYN_mal_applique" => "synonyme_mal_applique",
|
|
|
189 |
"nom_sci" => "nom_sci",
|
|
|
190 |
"num_tax_sup" => "num_tax_sup",
|
|
|
191 |
"num_nom_retenu" => "num_nom_retenu",
|
|
|
192 |
"genre" => "genre",
|
|
|
193 |
"NOTES" => "notes",
|
|
|
194 |
"epithete_sp" => "epithete_sp",
|
|
|
195 |
"epithete_infra_sp" => "epithete_infra_sp",
|
|
|
196 |
// champs additionnels
|
|
|
197 |
"NOM_STANDARD2" => false,
|
|
|
198 |
"STATUT_SYN" => false, // @TODO convertir
|
|
|
199 |
"hybride_parents" => false, // toujours "x" => ??
|
|
|
200 |
"FAM APG3" => false,
|
|
|
201 |
"auth_genre" => false,
|
|
|
202 |
"auth_esp" => false
|
|
|
203 |
);
|
|
|
204 |
|
|
|
205 |
$analyseOK = true;
|
|
|
206 |
$numLigne = 1;
|
|
|
207 |
$idNames = array();
|
|
|
208 |
// lecture CSV d'origine
|
|
|
209 |
$csv = fopen($cheminCsvCjbg, "r");
|
|
|
210 |
$donneesTransformees = array();
|
|
|
211 |
if ($csv) {
|
|
|
212 |
$entetes = fgetcsv($csv);
|
|
|
213 |
//echo "Entetes: " . print_r($entetes, true) . "\n";
|
|
|
214 |
while(($ligne = fgetcsv($csv)) !== false) {
|
|
|
215 |
$numLigne++;
|
|
|
216 |
$nouvelleLigne = array();
|
|
|
217 |
if (isset($idNames[$ligne[0]])) {
|
|
|
218 |
echo "Entrée dupliquée pour id_name [" . $ligne[0] . "]\n";
|
|
|
219 |
$analyseOK = false;
|
|
|
220 |
} else if (! is_numeric($ligne[0])) {
|
|
|
221 |
echo "Ligne $numLigne : la clef [" . $ligne[0] . "] n'est pas un entier\n";
|
|
|
222 |
$analyseOK = false;
|
|
|
223 |
} else if ($ligne[0] == 0) {
|
|
|
224 |
echo "Ligne $numLigne : la clef [" . $ligne[0] . "] vaut zéro\n";
|
|
|
225 |
$analyseOK = false;
|
|
|
226 |
} else {
|
|
|
227 |
$idNames[$ligne[0]] = $ligne[13]; // stockage du nom retenu
|
|
|
228 |
foreach ($ligne as $idx => $col) {
|
|
|
229 |
$entete = $entetes[$idx];
|
|
|
230 |
$ert = $entetesCjbgVersRtax[$entete];
|
|
|
231 |
if (strpos($col, "\n") > -1) {
|
|
|
232 |
echo "Info: la colonne $ert de la ligne $numLigne contient des retours chariot. Conversion en espaces.\n";
|
|
|
233 |
$col = str_replace("\n", " ", $col);
|
|
|
234 |
}
|
|
|
235 |
$nouvelleLigne[$ert] = $col;
|
|
|
236 |
}
|
|
|
237 |
$donneesTransformees[] = $nouvelleLigne;
|
|
|
238 |
}
|
|
|
239 |
}
|
|
|
240 |
} else {
|
|
|
241 |
echo "Erreur lors de l'ouverture du fichier\n";
|
|
|
242 |
}
|
|
|
243 |
|
|
|
244 |
// Vérifications:
|
|
|
245 |
// - existence des num_nom_retenu et num_tax_sup mentionnés
|
|
|
246 |
// - réduction des chaînes de synonymie
|
|
|
247 |
$nnrManquants = array();
|
|
|
248 |
$ntsManquants = array();
|
|
|
249 |
$chaineSyn = array();
|
|
|
250 |
foreach ($donneesTransformees as $ligne) {
|
|
|
251 |
$taxSup = $ligne['num_tax_sup'];
|
|
|
252 |
$nomRet = $ligne['num_nom_retenu'];
|
|
|
253 |
$numNom = $ligne['num_nom'];
|
|
|
254 |
// Si un nom est retenu, son taxon supérieur doit être mentionné et exister
|
|
|
255 |
if (($numNom == $nomRet) && $taxSup && (! isset($idNames[$taxSup])) && (! isset($ntsManquants[$taxSup]))) {
|
|
|
256 |
$ntsManquants[$taxSup] = true;
|
|
|
257 |
}
|
|
|
258 |
// Si un nom retenu est mentionné, il doit exister et être un nom retenu
|
|
|
259 |
if ($nomRet) {
|
|
|
260 |
if (isset($idNames[$nomRet])) {
|
|
|
261 |
/*$nrnr = $idNames[$nomRet];
|
|
|
262 |
echo "Test pour nn $numNom, nr $nomRet, " . $nrnr . "\n";
|
|
|
263 |
if ($nomRet && $nrnr != $nomRet) {
|
|
|
264 |
if (! isset($chaineSyn[$nomRet])) {
|
|
|
265 |
$chaineSyn[$nomRet] = true;
|
|
|
266 |
}
|
|
|
267 |
}*/
|
|
|
268 |
} else {
|
|
|
269 |
if (! isset($nnrManquants[$nomRet])) {
|
|
|
270 |
$nnrManquants[$nomRet] = true;
|
|
|
271 |
}
|
|
|
272 |
}
|
|
|
273 |
}
|
|
|
274 |
}
|
|
|
275 |
if (count($nnrManquants) > 0) {
|
|
|
276 |
echo count($nnrManquants) . " Nom(s) retenu(s) absent(s):\n";
|
|
|
277 |
echo "(" . implode(",", array_keys($nnrManquants)) . ")\n";
|
|
|
278 |
}
|
|
|
279 |
if (count($ntsManquants) > 0) {
|
|
|
280 |
echo count($ntsManquants) . " Taxon(s) supérieur(s) absent(s):\n";
|
|
|
281 |
echo "(" . implode(",", array_keys($ntsManquants)) . ")\n";
|
|
|
282 |
}
|
|
|
283 |
/*if (count($chaineSyn) > 0) {
|
|
|
284 |
echo count($chaineSyn) . " Synonymes ne sont pas des noms retenus:\n";
|
|
|
285 |
//echo "(" . implode(",", array_keys($chaineSyn)) . ")\n";
|
|
|
286 |
}*/
|
|
|
287 |
|
|
|
288 |
if ($analyseOK === true) {
|
|
|
289 |
// Production CSV de destination
|
|
|
290 |
$csvDestination = '';
|
|
|
291 |
$csvDestination .= implode($this->entetesRtax, ',') . "\n";
|
|
|
292 |
$tailleLigne = count($this->entetesRtax);
|
|
|
293 |
foreach ($donneesTransformees as $dt) {
|
|
|
294 |
//$ligne = array();
|
|
|
295 |
$ligneCsv = '';
|
|
|
296 |
$i = 0;
|
|
|
297 |
foreach ($this->entetesRtax as $e) {
|
|
|
298 |
/*if (isset($dt[$e])) {
|
|
|
299 |
$ligne[] = $dt[$e];
|
|
|
300 |
} else {
|
|
|
301 |
$ligne[] = '';
|
|
|
302 |
}*/
|
|
|
303 |
if (isset($dt[$e]) && ($dt[$e] !== '')) {
|
|
|
304 |
$ligneCsv .= '"' . $dt[$e] . '"';
|
|
|
305 |
}
|
|
|
306 |
if ($i < $tailleLigne) {
|
|
|
307 |
$ligneCsv .= ',';
|
|
|
308 |
}
|
|
|
309 |
$i++;
|
|
|
310 |
}
|
|
|
311 |
$ligneCsv .= "\n";
|
|
|
312 |
//$ligneCsv = '"' . implode($ligne, '","') . '"' . "\n"; // met des double guillemets sur les champs vides et /i
|
|
|
313 |
$csvDestination .= $ligneCsv;
|
|
|
314 |
}
|
| 1022 |
mathias |
315 |
// @TODO créer le répertoire dans /tmp et donner les droits 777
|
| 1021 |
mathias |
316 |
file_put_contents($cheminCsvRtax, $csvDestination);
|
|
|
317 |
$retour = true;
|
|
|
318 |
} else {
|
|
|
319 |
echo "L'analyse a mis en évidence des erreurs. Interruption.\n";
|
|
|
320 |
}
|
|
|
321 |
|
|
|
322 |
return $retour;
|
|
|
323 |
}
|
|
|
324 |
|
|
|
325 |
// Charge le CSV minimal au format TexRaf
|
|
|
326 |
protected function chargerCsvRtax() {
|
|
|
327 |
$cheminCsvRtax = Config::get('chemins.csvRtax');
|
|
|
328 |
echo "---- chargement du fichier CSV Rtax [$cheminCsvRtax]\n";
|
|
|
329 |
$req = "LOAD DATA INFILE '" . $cheminCsvRtax . "' INTO TABLE " . $this->table
|
|
|
330 |
. " FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '\"' LINES TERMINATED BY '\n' IGNORE 1 LINES";
|
|
|
331 |
$retour = $this->getBdd()->requeter($req);
|
|
|
332 |
return $retour;
|
|
|
333 |
}
|
|
|
334 |
|
|
|
335 |
// Convertit les rangs du format chaispasquoi au format RexTaf
|
|
|
336 |
protected function changerRangs() {
|
|
|
337 |
echo "---- conversion des rangs\n";
|
|
|
338 |
$rangs = array(
|
|
|
339 |
"0" => "10",
|
|
|
340 |
"1" => "20",
|
|
|
341 |
"2" => "50",
|
|
|
342 |
"3" => "53",
|
|
|
343 |
"4" => "80",
|
|
|
344 |
"5" => "140",
|
|
|
345 |
"6" => "180",
|
|
|
346 |
"7" => "190",
|
|
|
347 |
"8" => "200",
|
|
|
348 |
"9" => "220",
|
|
|
349 |
"10" => "230",
|
|
|
350 |
"11" => "240",
|
|
|
351 |
"12" => "250",
|
|
|
352 |
"13" => "260",
|
|
|
353 |
"14" => "280",
|
|
|
354 |
"15" => "290",
|
|
|
355 |
"16" => "320",
|
|
|
356 |
"17" => "340",
|
|
|
357 |
"18" => "350",
|
|
|
358 |
"19" => "360",
|
|
|
359 |
"20" => "370",
|
|
|
360 |
"26" => "440"
|
|
|
361 |
);
|
|
|
362 |
foreach ($rangs as $src => $dest) {
|
|
|
363 |
echo "rang $src => rang $dest\n";
|
|
|
364 |
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET rang=$dest WHERE rang=$src;";
|
|
|
365 |
$this->getBdd()->requeter($req);
|
|
|
366 |
}
|
|
|
367 |
}
|
|
|
368 |
|
|
|
369 |
// Copie num_nom dans num_nom_retenu lorsque ce dernier est vide
|
|
|
370 |
protected function completerNumNomRetenu() {
|
|
|
371 |
echo "---- complétion des num_nom_retenu\n";
|
|
|
372 |
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET num_nom_retenu = num_nom WHERE num_nom_retenu='';";
|
|
|
373 |
$this->getBdd()->requeter($req);
|
|
|
374 |
}
|
|
|
375 |
|
|
|
376 |
// Supprime le num_tax_sup pour les synonymes
|
|
|
377 |
// et le met à 1 s'il est égal au num_nom
|
|
|
378 |
protected function supprimerNumTaxSupPourSynonymes() {
|
|
|
379 |
echo "---- suppression de num_tax_sup pour les synonymes et mise à 1 si égal à num_nom\n";
|
|
|
380 |
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET num_tax_sup = '' WHERE num_nom != num_nom_retenu;";
|
|
|
381 |
$this->getBdd()->requeter($req);
|
|
|
382 |
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET num_tax_sup = 1 WHERE num_nom = num_tax_sup;";
|
|
|
383 |
$this->getBdd()->requeter($req);
|
|
|
384 |
}
|
|
|
385 |
|
|
|
386 |
// Pour chaque subsp. autonyme, inscrit l'epithete_infra_sp
|
|
|
387 |
protected function subspAutonymes() {
|
|
|
388 |
echo "---- inscription de l'épithète infraspécifique des subsp. autonymes\n";
|
|
|
389 |
$req = "SELECT num_nom, nom_sci, epithete_infra_sp FROM " . $this->table . " WHERE nom_sci LIKE '%subsp.%'";
|
|
|
390 |
$res = $this->getBdd()->recupererTous($req);
|
|
|
391 |
|
|
|
392 |
$nbres = count($res);
|
|
|
393 |
$cpt = 0;
|
|
|
394 |
$ok = 0;
|
|
|
395 |
$ids = array();
|
|
|
396 |
foreach ($res as $subsp) {
|
|
|
397 |
$ns = $subsp['nom_sci'];
|
|
|
398 |
$pos = strpos($ns, 'subsp.');
|
|
|
399 |
$gsp = substr($ns, 0, $pos - 1);
|
|
|
400 |
$sp = substr($gsp, strrpos($gsp, ' ') + 1);
|
|
|
401 |
$sub = substr($ns, $pos + 8);
|
|
|
402 |
if ($sub == $sp) {
|
|
|
403 |
$cpt++;
|
|
|
404 |
// @TODO
|
|
|
405 |
// 1) récupérer l'auteur
|
|
|
406 |
// 2) intégrer l'auteur avant "subsp." dans le nom_sci
|
|
|
407 |
//echo "[$sp] || [$sub] || [" . $subsp['epithete_infra_sp'] . "]\n";
|
|
|
408 |
if ($sub == $subsp['epithete_infra_sp']) {
|
|
|
409 |
$ok++;
|
|
|
410 |
} else {
|
|
|
411 |
$reqMod = "UPDATE " . $this->table . " SET epithete_infra_sp='"
|
|
|
412 |
. $sub . "' WHERE num_nom=" . $subsp['num_nom'];
|
|
|
413 |
$this->getBdd()->requeter($reqMod);
|
|
|
414 |
}
|
|
|
415 |
}
|
|
|
416 |
}
|
|
|
417 |
echo "subsp.: $nbres\n";
|
|
|
418 |
echo "Autonymes: $cpt dont $ok déjà inscrites\n";
|
|
|
419 |
}
|
|
|
420 |
|
|
|
421 |
// Copie le nom scientifique dans le nom supra générique pour les taxons de rang
|
|
|
422 |
// supérieur au genre
|
|
|
423 |
protected function genererNomSupraGenerique() {
|
|
|
424 |
echo "---- complétion des noms supragénériques\n";
|
|
|
425 |
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET nom_supra_generique = nom_sci WHERE rang < 220";
|
|
|
426 |
$res = $this->getBdd()->requeter($req);
|
|
|
427 |
}
|
|
|
428 |
|
|
|
429 |
// Copie le nom scientifique dans l'épithète infra générique pour les taxons de rang
|
|
|
430 |
// entre genre et espèce
|
|
|
431 |
protected function genererEpitheteInfraGenerique() {
|
|
|
432 |
echo "---- complétion des épithètes infragénériques\n";
|
|
|
433 |
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET epithete_infra_generique = nom_sci WHERE rang > 220 AND rang < 290";
|
|
|
434 |
$res = $this->getBdd()->requeter($req);
|
|
|
435 |
}
|
|
|
436 |
|
|
|
437 |
protected function exporterCSVModifie() {
|
|
|
438 |
$cheminFichierCsvRtaxModifie = Config::get('chemins.csvRtaxModifie');
|
|
|
439 |
echo "---- export du CSV Rtax modifié [$cheminFichierCsvRtaxModifie]\n";
|
|
|
440 |
if (file_exists($cheminFichierCsvRtaxModifie)) {
|
|
|
441 |
unlink($cheminFichierCsvRtaxModifie);
|
|
|
442 |
}
|
|
|
443 |
$req = "SELECT '" . implode("','", $this->entetesRtax) . "'"
|
|
|
444 |
. " UNION ALL "
|
|
|
445 |
. " SELECT * FROM " . $this->table . " INTO OUTFILE '" . $cheminFichierCsvRtaxModifie . "'"
|
|
|
446 |
. " FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '\"' LINES TERMINATED BY '\n'";
|
|
|
447 |
$res = $this->getBdd()->requeter($req);
|
|
|
448 |
// Remplacement des cases vides par '' aulieu de '""' (peut faire foirer l'import par la suite)
|
|
|
449 |
exec("sed -i 's/\"\"//g' " . $cheminFichierCsvRtaxModifie);
|
|
|
450 |
}
|
|
|
451 |
|
|
|
452 |
// -------------- partie eFlore ------------- copiée depuis le script Bdtfx
|
|
|
453 |
|
|
|
454 |
private function genererChpNomSciHtml() {
|
|
|
455 |
echo "---- génération des noms scientifiques en HTML \n";
|
|
|
456 |
$this->preparerTablePrChpNomSciHtml();
|
|
|
457 |
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
|
|
|
458 |
$nbreTotal = $this->recupererNbTotalTuples();
|
|
|
459 |
$erreurs = array();
|
|
|
460 |
$this->departInsertion = 0;
|
|
|
461 |
while ($this->departInsertion < $nbreTotal) {
|
|
|
462 |
$resultat = $this->recupererTuplesPrChpNomSciHtml();
|
|
|
463 |
|
|
|
464 |
try {
|
|
|
465 |
$nomsSciEnHtml = $generateur->generer($resultat);
|
|
|
466 |
} catch (Exception $e) {
|
|
|
467 |
$erreurs[] = $e->getMessage();
|
|
|
468 |
}
|
|
|
469 |
|
|
|
470 |
$this->remplirChpNomSciHtm($nomsSciEnHtml);
|
|
|
471 |
$this->departInsertion += $this->pasInsertion;
|
|
|
472 |
$this->afficherAvancement("Insertion des noms scientifique au format HTML dans la base par paquet de {$this->pasInsertion} en cours");
|
|
|
473 |
}
|
|
|
474 |
echo "\n";
|
|
|
475 |
|
|
|
476 |
if (count($erreurs) > 0) {
|
|
|
477 |
echo 'Erreurs lors de la génération HTML des noms scientifiques:\n' . print_r($erreurs, true) . "\n";
|
|
|
478 |
}
|
|
|
479 |
}
|
|
|
480 |
|
|
|
481 |
private function preparerTablePrChpNomSciHtml() {
|
|
|
482 |
echo "---- ajout de la colonne nom_sci_html \n";
|
|
|
483 |
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_sci_html' ";
|
|
|
484 |
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
|
|
|
485 |
if ($resultat === false) {
|
|
|
486 |
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
|
|
|
487 |
'ADD nom_sci_html VARCHAR( 500 ) '.
|
|
|
488 |
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
|
|
|
489 |
$this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
490 |
}
|
|
|
491 |
}
|
|
|
492 |
|
|
|
493 |
private function recupererNbTotalTuples(){
|
|
|
494 |
$requete = "SELECT count(*) AS nb FROM {$this->table} ";
|
|
|
495 |
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
|
|
|
496 |
return $resultat['nb'];
|
|
|
497 |
}
|
|
|
498 |
|
|
|
499 |
private function recupererTuplesPrChpNomSciHtml() {
|
|
|
500 |
$requete = 'SELECT num_nom, rang, nom_sci, nom_supra_generique, genre, epithete_infra_generique, '.
|
|
|
501 |
' epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp,cultivar_groupe, '.
|
|
|
502 |
' nom_commercial, cultivar '.
|
|
|
503 |
"FROM {$this->table} ".
|
|
|
504 |
"LIMIT {$this->departInsertion},{$this->pasInsertion} ";
|
|
|
505 |
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
|
|
|
506 |
return $resultat;
|
|
|
507 |
}
|
|
|
508 |
|
|
|
509 |
private function remplirChpNomSciHtm($nomsSciHtm) {
|
|
|
510 |
foreach ($nomsSciHtm as $id => $html) {
|
|
|
511 |
$html = $this->getBdd()->proteger($html);
|
|
|
512 |
$requete = "UPDATE {$this->table} SET nom_sci_html = $html WHERE num_nom = $id ";
|
|
|
513 |
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
514 |
if ($resultat === false) {
|
|
|
515 |
throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
|
|
|
516 |
}
|
|
|
517 |
}
|
|
|
518 |
}
|
|
|
519 |
|
|
|
520 |
// Attention c'est over-lent !
|
|
|
521 |
private function genererChpNumTax() {
|
|
|
522 |
$this->preparerTablePrChpNumTax();
|
|
|
523 |
$erreurs = array();
|
|
|
524 |
$this->departInsertion = 0;
|
|
|
525 |
$dernier_num_tax = 0;
|
|
|
526 |
|
|
|
527 |
$requete = 'SELECT num_nom '.
|
|
|
528 |
'FROM '.$this->table.' '.
|
|
|
529 |
'WHERE num_nom = num_nom_retenu AND num_nom_retenu != 0 '.
|
|
|
530 |
'ORDER by num_nom_retenu ASC ';
|
|
|
531 |
|
|
|
532 |
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
|
|
|
533 |
foreach ($resultat as $taxon) {
|
|
|
534 |
$dernier_num_tax++;
|
|
|
535 |
$requete_maj = 'UPDATE '.$this->table.' '.
|
|
|
536 |
'SET num_taxonomique = '.$dernier_num_tax.' '.
|
|
|
537 |
'WHERE num_nom_retenu = '.$taxon['num_nom'];
|
|
|
538 |
$this->getBdd()->requeter($requete_maj);
|
|
|
539 |
$this->pasInsertion++;
|
|
|
540 |
$this->afficherAvancement("Insertion des num tax, ".count($resultat)." num tax a traiter");
|
|
|
541 |
}
|
|
|
542 |
echo "\n";
|
|
|
543 |
if (count($erreurs) > 0) {
|
|
|
544 |
echo 'Erreurs lors de la génération des numéros taxonomiques' . print_r($erreurs, true) . "\n";
|
|
|
545 |
}
|
|
|
546 |
}
|
|
|
547 |
|
|
|
548 |
private function preparerTablePrChpNumTax() {
|
|
|
549 |
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'num_taxonomique' ";
|
|
|
550 |
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
|
|
|
551 |
if ($resultat === false) {
|
|
|
552 |
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
|
|
|
553 |
'ADD num_taxonomique INT( 9 ) ';
|
|
|
554 |
$this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
555 |
}
|
|
|
556 |
}
|
|
|
557 |
|
|
|
558 |
private function genererChpNomComplet() {
|
|
|
559 |
$this->preparerTablePrChpNomComplet();
|
|
|
560 |
$this->remplirChpNomComplet();
|
|
|
561 |
}
|
|
|
562 |
|
|
|
563 |
private function preparerTablePrChpNomComplet() {
|
|
|
564 |
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_complet' ";
|
|
|
565 |
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
|
|
|
566 |
if ($resultat === false) {
|
|
|
567 |
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
|
|
|
568 |
'ADD nom_complet VARCHAR( 500 ) '.
|
|
|
569 |
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
|
|
|
570 |
$this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
571 |
}
|
|
|
572 |
}
|
|
|
573 |
|
|
|
574 |
private function remplirChpNomComplet() {
|
|
|
575 |
echo "---- Attribution du champ nom complet au taxons :\n";
|
|
|
576 |
$requete = "UPDATE {$this->table} SET nom_complet = CONCAT(nom_sci,' ',auteur)";
|
|
|
577 |
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
578 |
if ($resultat === false) {
|
|
|
579 |
echo "Erreur de génération du champ nom complet\n";
|
|
|
580 |
} else {
|
|
|
581 |
echo "OK\n";
|
|
|
582 |
}
|
|
|
583 |
}
|
|
|
584 |
|
|
|
585 |
private function genererChpFamille() {
|
|
|
586 |
$this->preparerTablePrChpFamille();
|
|
|
587 |
$resultats = $this->recupererTuplesPrChpFamille();
|
|
|
588 |
$noms = array();
|
|
|
589 |
$introuvables = array();
|
|
|
590 |
$introuvablesSyno = array();
|
|
|
591 |
foreach ($resultats as $id => $nom) {
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|
592 |
$nn = $nom['num_nom'];
|
|
|
593 |
$nnr = $nom['num_nom_retenu'];
|
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|
594 |
$nts = $nom['num_tax_sup'];
|
|
|
595 |
$rg = $nom['rang'];
|
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596 |
if ($nnr != '') {
|
|
|
597 |
if ($rg == '180') {
|
|
|
598 |
$noms[$nn] = $nom['nom_sci'];
|
|
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599 |
} else {
|
|
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600 |
if ($nn == $nnr) {// nom retenu
|
|
|
601 |
if (isset($noms[$nts])) {
|
|
|
602 |
$noms[$nn] = $noms[$nts];
|
|
|
603 |
} else {
|
|
|
604 |
$introuvables[] = $nn;
|
|
|
605 |
}
|
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606 |
} else {// nom synonyme
|
|
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607 |
if (isset($noms[$nnr])) {
|
|
|
608 |
$noms[$nn] = $noms[$nnr];
|
|
|
609 |
} else {
|
|
|
610 |
$introuvablesSyno[] = $nom;
|
|
|
611 |
}
|
|
|
612 |
}
|
|
|
613 |
}
|
|
|
614 |
}
|
|
|
615 |
unset($resultats[$id]);
|
|
|
616 |
$this->afficherAvancement("Attribution de leur famille aux noms en cours");
|
|
|
617 |
}
|
|
|
618 |
echo "\n";
|
|
|
619 |
|
|
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620 |
foreach ($introuvablesSyno as $id => $nom) {
|
|
|
621 |
$nn = $nom['num_nom'];
|
|
|
622 |
$nnr = $nom['num_nom_retenu'];
|
|
|
623 |
if (isset($noms[$nnr])) {
|
|
|
624 |
$noms[$nn] = $noms[$nnr];
|
|
|
625 |
} else {
|
|
|
626 |
$introuvables[] = $nn;
|
|
|
627 |
}
|
|
|
628 |
unset($introuvablesSyno[$id]);
|
|
|
629 |
$this->afficherAvancement("Attribution de leur famille aux synonymes en cours");
|
|
|
630 |
}
|
|
|
631 |
echo "\n";
|
|
|
632 |
|
|
|
633 |
if (count($introuvables) > 0) {
|
|
|
634 |
echo count($introuvables) . ' familles sont introuvables : ' . implode(',', $introuvables) . "\n";
|
|
|
635 |
}
|
|
|
636 |
$this->remplirChpFamille($noms);
|
|
|
637 |
}
|
|
|
638 |
|
|
|
639 |
private function preparerTablePrChpFamille() {
|
|
|
640 |
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'famille' ";
|
|
|
641 |
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
|
|
|
642 |
if ($resultat === false) {
|
|
|
643 |
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
|
|
|
644 |
'ADD famille VARCHAR(255) '.
|
|
|
645 |
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
|
|
|
646 |
$this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
647 |
}
|
|
|
648 |
}
|
|
|
649 |
|
|
|
650 |
private function recupererTuplesPrChpFamille() {
|
|
|
651 |
$requete = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '.
|
|
|
652 |
"FROM {$this->table} ".
|
|
|
653 |
"WHERE rang >= 180 ".
|
|
|
654 |
"ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC ";
|
|
|
655 |
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
|
|
|
656 |
return $resultat;
|
|
|
657 |
}
|
|
|
658 |
|
|
|
659 |
private function remplirChpFamille($noms) {
|
|
|
660 |
foreach ($noms as $id => $famille) {
|
|
|
661 |
$famille = $this->getBdd()->proteger($famille);
|
|
|
662 |
$requete = "UPDATE {$this->table} SET famille = $famille WHERE num_nom = $id ";
|
|
|
663 |
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
664 |
if ($resultat === false) {
|
|
|
665 |
throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
|
|
|
666 |
}
|
|
|
667 |
$this->afficherAvancement("Insertion des noms de famille dans la base en cours");
|
|
|
668 |
}
|
|
|
669 |
echo "\n";
|
|
|
670 |
}
|
|
|
671 |
|
|
|
672 |
private function genererChpHierarchie() {
|
|
|
673 |
$this->preparerTablePrChpHierarchie();
|
|
|
674 |
$table = Config::get('tables.isfan');
|
|
|
675 |
|
|
|
676 |
$requete = "UPDATE {$this->table} SET hierarchie = NULL ";
|
|
|
677 |
$mise_a_jour = $this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
678 |
|
|
|
679 |
$requete_hierarchie = "SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup FROM " . $this->table . " ORDER BY rang DESC";
|
|
|
680 |
|
|
|
681 |
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete_hierarchie);
|
|
|
682 |
$num_nom_a_num_sup = array();
|
|
|
683 |
foreach($resultat as &$taxon) {
|
|
|
684 |
$num_nom_a_num_sup[$taxon['num_nom']] = $taxon['num_tax_sup'];
|
|
|
685 |
}
|
|
|
686 |
$chemin_taxo = "";
|
|
|
687 |
foreach($resultat as &$taxon) {
|
|
|
688 |
$chemin_taxo = $this->traiterHierarchieNumTaxSup($taxon['num_nom_retenu'], $num_nom_a_num_sup).'-';
|
|
|
689 |
$requete = "UPDATE {$this->table} SET hierarchie = ".$this->getBdd()->proteger($chemin_taxo)." WHERE num_nom = ".$taxon['num_nom']." ";
|
|
|
690 |
$mise_a_jour = $this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
691 |
$this->afficherAvancement("Insertion de la hierarchie taxonomique en cours");
|
|
|
692 |
}
|
|
|
693 |
echo "\n";
|
|
|
694 |
}
|
|
|
695 |
|
|
|
696 |
private function traiterHierarchieNumTaxSup($num_nom_retenu, &$num_nom_a_num_sup) {
|
|
|
697 |
$chaine_hierarchie = "";
|
|
|
698 |
if(isset($num_nom_a_num_sup[$num_nom_retenu])) {
|
|
|
699 |
$num_tax_sup = $num_nom_a_num_sup[$num_nom_retenu];
|
|
|
700 |
$chaine_hierarchie = '-'.$num_tax_sup;
|
|
|
701 |
if($num_tax_sup != 0 && $num_tax_sup != '') {
|
|
|
702 |
$chaine_hierarchie = $this->traiterHierarchieNumTaxSup($num_tax_sup, $num_nom_a_num_sup).$chaine_hierarchie;
|
|
|
703 |
}
|
|
|
704 |
}
|
|
|
705 |
return $chaine_hierarchie;
|
|
|
706 |
}
|
|
|
707 |
|
|
|
708 |
private function preparerTablePrChpHierarchie() {
|
|
|
709 |
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'hierarchie' ";
|
|
|
710 |
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
|
|
|
711 |
if ($resultat === false) {
|
|
|
712 |
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
|
|
|
713 |
'ADD hierarchie VARCHAR(1000) '.
|
|
|
714 |
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
|
|
|
715 |
$this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
716 |
}
|
|
|
717 |
}
|
|
|
718 |
}
|
|
|
719 |
?>
|