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1425 aurelien 1 
<?php
2462 jpm 2 
// declare(encoding='UTF-8');
1425 aurelien 3 
/**
2462 jpm 4 
 * Classe recherchant des infos sur un taxon.
1926 raphael 5 
 *
2462 jpm 6 
 * Elle appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client ne soit dépendant de la BDD d'eFlore.
2152 jpm 7 
 *
2462 jpm 8 
 * @internal   Mininum PHP version : 5.2
9 
 * @category   CEL
10 
 * @package    Services
11 
 * @subpackage Bibliothèques
12 
 * @version    0.1
13 
 * @author     Mathias CHOUET <mathias@tela-botanica.org>
14 
 * @author     Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
15 
 * @author     Aurelien PERONNET <aurelien@tela-botanica.org>
16 
 * @license    GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
17 
 * @license    CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
18 
 * @copyright  1999-2014 Tela Botanica <accueil@tela-botanica.org>
1425 aurelien 19 
 */
20 
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
1926 raphael 21 
 
22 
	const DEBUG = FALSE;
23 
 
1427 aurelien 24 
	private $url_service_nom = null;
25 
	private $url_service_taxon = null;
26 
	private $url_service_chorologie = null;
2152 jpm 27 
 
1487 aurelien 28 
	private $masque_recherche = null;
1527 aurelien 29 
	private $code_referentiel = 'bdtfx';
1784 raphael 30 
 
31 
	// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()
32 
	// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591
33 
	public $is_notation_spe = FALSE;
34 
 
2462 jpm 35 
	// un cache utilisé pour les requêtes effectuées sur /service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque=
36 
	// qui sont lourdes, et parfois identiques (cf cas de l'import XLS)
37 
	static $cache = array();
1928 raphael 38 
 
1527 aurelien 39 
	public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
40 
		parent::__construct($config);
2462 jpm 41 
		$this->setReferentiel($code_referentiel);
42 
	}
1927 raphael 43 
 
2462 jpm 44 
	public function setReferentiel($code_referentiel = 'bdtfx') {
3227 delphine 45 
		$sousref = array("apdfna" => array("apd", "fna"),
46 
				"apdfta" => array("apd", "fta"),
47 
				"apdfsa" => array("apd", "fsa"),
48 
				"taxref", "vascan");
49 
		if (array_key_exists($code_referentiel, $sousref)) {
50 
			$this->code_referentiel = $sousref[$code_referentiel][0];
51 
			$this->formaterUrlsServicesSousRef($this->config, $sousref[$code_referentiel][1]);
52 
		} else {
53 
			$this->code_referentiel = $code_referentiel;
54 
			$this->formaterUrlsServices($this->config);
55 
		}
1527 aurelien 56 
	}
2152 jpm 57 
 
1527 aurelien 58 
	private function formaterUrlsServices($config) {
59 
		$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
60 
		$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
3227 delphine 61 
		$this->url_service_nom_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom'])."?";
62 
		$this->url_service_taxon_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon'])."?";
1427 aurelien 63 
		$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
1852 raphael 64 
		$this->config = $config;
1425 aurelien 65 
	}
3227 delphine 66 
 
67 
	private function formaterUrlsServicesSousRef($config, $sousref) {
68 
		$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
69 
		$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
70 
		$this->url_service_nom_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom'])."?masque.ref=".$sousref."&";
71 
		$this->url_service_taxon_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon'])."?masque.ref=".$sousref."&";
72 
		$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
73 
		$this->config = $config;
74 
	}
2152 jpm 75 
 
1425 aurelien 76 
	public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
2152 jpm 77 
		$liste_genre_espece = array();
1487 aurelien 78 
		$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
79 
		$masque = urlencode($this->masque_recherche);
3227 delphine 80 
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom_m.'masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
81 
		$urlService = $this->url_service_nom_m.'masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au,an';
2123 mathias 82 
		$requete = @file_get_contents($urlService);
1425 aurelien 83 
		if($requete != '') {
2152 jpm 84 
			$requete = json_decode($requete);
1425 aurelien 85 
			if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
86 
				foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
1427 aurelien 87 
					$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
2243 mathias 88 
					$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu, $res->nom_sci);
1425 aurelien 89 
				}
90 
			}
2152 jpm 91 
			usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
1425 aurelien 92 
		}
93 
		return $liste_genre_espece;
94 
	}
2152 jpm 95 
 
1427 aurelien 96 
	function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
97 
		if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
98 
			return -1;
99 
		} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
100 
			return 1;
101 
		} else {
2243 mathias 102 
			// maintient l'ordre lexicographique - et normalement le genre en premier, en utilisant le nom_sci (sans auteur)
103 
			return strcasecmp($a[3], $b[3]);
104 
			// @WTF levenshtein c'était juste pour garder le genre en premier ?
105 
			//return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
1427 aurelien 106 
		}
1425 aurelien 107 
	}
2152 jpm 108 
 
1425 aurelien 109 
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
110 
		$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
111 
		$retour_infos_complementaires = array();
1780 raphael 112 
		if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
1926 raphael 113 
			$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
114 
		}
2152 jpm 115 
 
1425 aurelien 116 
		return $retour_infos_complementaires;
117 
	}
2152 jpm 118 
 
1425 aurelien 119 
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
1487 aurelien 120 
		$nom_saisi = trim($nom_saisi);
1486 aurelien 121 
		// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
1862 raphael 122 
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'stricte');
123 
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
124 
 
125 
		// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
126 
		if( ($nom_saisi_sans_auteur = self::supprimerAuteur($nom_saisi)) ) { // ne pas faire la requête sur un mot vide
127 
			$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, 'stricte');
1486 aurelien 128 
		}
1862 raphael 129 
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
130 
 
131 
		// avant-dernière tentative : essai de recherche étendue
132 
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'etendue');
133 
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
134 
 
135 
		// dernière tentative: concaténation (nom_sci,auteur) (= nom-retenu généré utilisé comme nom_sci)
136 
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'concat');
2152 jpm 137 
 
1486 aurelien 138 
		return $liste_genre_espece;
139 
	}
2152 jpm 140 
 
1862 raphael 141 
	private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') {
2462 jpm 142 
		$url = sprintf(
143 
			'%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
144 
			$this->url_service_nom,
145 
			urlencode($nom_saisi),
146 
			$mode,
147 
			implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")));
1928 raphael 148 
 
149 
		if(! array_key_exists($url, self::$cache)) {
2462 jpm 150 
			if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $url);
151 
			$res = @json_decode(file_get_contents($url));
152 
			self::$cache[$url] = $res;
153 
		} else {
154 
			$res = self::$cache[$url];
155 
		}
1780 raphael 156 
		if(!$res) return NULL;
157 
		$resultat = (array)$res->resultat;
158 
		return array_pop($resultat);
1486 aurelien 159 
	}
2152 jpm 160 
 
1833 raphael 161 
	static function supprimerAuteur($nom_saisi) {
1486 aurelien 162 
		// TODO: gérer les hybrides
1833 raphael 163 
		if(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
1486 aurelien 164 
			$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
1930 raphael 165 
			$derniere_position_hybride = array_keys($nom_decoupe, 'x');
166 
			$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, end($derniere_position_hybride) + 2));
1486 aurelien 167 
		} else {
1833 raphael 168 
			/* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
2152 jpm 169 
			   mais ça marche dans la plupart des cas
1833 raphael 170 
			   à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur */
171 
			$nameparser = new NameParser();
1486 aurelien 172 
			$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
173 
			$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
174 
		}
175 
 
1833 raphael 176 
		return trim($nom_saisi_sans_auteur);
1486 aurelien 177 
	}
2152 jpm 178 
 
1833 raphael 179 
	static function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
1486 aurelien 180 
		return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
181 
	}
2152 jpm 182 
 
1833 raphael 183 
	static function estUnHybride($nom_saisi) {
1486 aurelien 184 
		return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
185 
	}
2152 jpm 186 
 
1852 raphael 187 
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) {
188 
		if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) {
1926 raphael 189 
			if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " .$this->config['eflore']['api_host'] . '/');
1852 raphael 190 
			return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' .
1926 raphael 191 
			$ref . '/' .
192 
			'noms' . '/' .
193 
			$num_nom .
194 
			'?retour.champs=' . implode(',', array('nom_sci,auteur',
195 
			'id',
196 
			'nom_retenu_complet',
197 
			'nom_retenu.id',
198 
			'num_taxonomique',
199 
			'famille'))));
1852 raphael 200 
		}
201 
		// XXX: compat
1926 raphael 202 
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille');
1780 raphael 203 
		return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
1425 aurelien 204 
	}
1780 raphael 205 
 
206 
	static function supprimerBiblio($nom) {
1805 raphael 207 
		return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom));
1425 aurelien 208 
	}
2152 jpm 209 
 
1425 aurelien 210 
	public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
211 
		$nt = null;
1427 aurelien 212 
		$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
1926 raphael 213 
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
1425 aurelien 214 
		$resultat = @file_get_contents($url);
215 
		if($resultat != '') {
216 
			$infos = json_decode($resultat);
217 
			$nt = $infos->num_taxonomique;
218 
		}
2152 jpm 219 
 
1425 aurelien 220 
		return $nt;
221 
	}
2152 jpm 222 
 
1425 aurelien 223 
	public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
224 
		$presence_taxon = false;
1427 aurelien 225 
		$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
1926 raphael 226 
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
1425 aurelien 227 
		$resultat = @file_get_contents($url);
228 
		if($resultat != '') {
229 
			$resultat = json_decode($resultat);
230 
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
231 
				$presence_taxon = true;
232 
			}
233 
		}
234 
		return $presence_taxon;
235 
	}
2152 jpm 236 
 
237 
	/* texte libre, nom scientifique,
238 
	   ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999)
1784 raphael 239 
	   ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)
1780 raphael 240 
	   TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
1425 aurelien 241 
	function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
1784 raphael 242 
		preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);
243 
		if($elements) {
244 
			$this->is_notation_spe = TRUE;
245 
			list(, $ref, $type, $num) = $elements;
1796 raphael 246 
 
247 
			if($ref != $this->code_referentiel) {
248 
				// TODO: ignorer la colonne référentiel, et utiliser le référentiel donné
249 
				// mais il faut alors avertir le service (d'import/modif) d'utiliser le référentiel
250 
				// passé au nom d'espèce
1852 raphael 251 
				// Seul le effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom() le supporte, car c'est encore
252 
				// un peu complexe à implémenter proprement pour cause d'attributs de classes.
1796 raphael 253 
			}
1784 raphael 254 
			// Numero nomenclatural
255 
			if ($type == 'nn') {
1852 raphael 256 
				$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num, $ref);
1784 raphael 257 
			}
258 
			// Numero taxonomique
259 
			else {
260 
				//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
1926 raphael 261 
				if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_taxon."/nt:".$num);
1784 raphael 262 
				$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));
263 
			}
1796 raphael 264 
			if($obj) $obj->ref = $ref;
1784 raphael 265 
			return $obj;
266 
		}
1746 raphael 267 
 
1780 raphael 268 
		// Nom scientifique
269 
		return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
1425 aurelien 270 
	}
2152 jpm 271 
 
1591 aurelien 272 
	public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
273 
		$retour = array();
1926 raphael 274 
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
1780 raphael 275 
		$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
1591 aurelien 276 
		if($resultat != '') {
277 
			$resultat = json_decode($resultat);
278 
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
279 
				$retour = $resultat->resultat;
280 
			}
281 
		}
282 
		return $retour;
283 
	}
2152 jpm 284 
}