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raphael |
1 |
/*
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Ceci est une version dérivée de referonosaure.sql dans laquel est postulé que
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3 |
les nom_ret sont un critère tangible.
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4 |
En effet, sauf bug, il n'y a pas de raison qu'un num_nom_retenu soit moins fiable qu'un num_nom.
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5 |
Cependant un taxon peut changer de num_nom_retenu, et auquel cas c'est bien referonosaure.sql
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qu'il faut utiliser.
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7 |
Cependant pour un simple "rafraîchissement" des chaînes de caractères attribuées au noms retenus,
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ce script, referonosaure_fromNomRet.sql, doit suffire.
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Attention, les nom_sel_nn = 0 doivent avoir disparus de cel_obs *AU PRÉALABLE* car le test
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n'est pas effectué.
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cf: maj-cleanup-201307.sql
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*/
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17 |
/* test:
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SELECT c.nom_ret_nn, c.nom_ret, b.nom_sci, b.auteur, c.famille, b.famille, c.nt, b.num_taxonomique
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19 |
FROM cel_obs c, tb_eflore.bdtfx_v1_01 b
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20 |
WHERE (
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21 |
nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
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22 |
AND nom_referentiel = 'bdtfx'
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23 |
AND nom_ret_nn = num_nom
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24 |
AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL)
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25 |
AND (c.famille != b.famille OR c.nom_ret != CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur) OR c.nt != b.num_taxonomique)
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26 |
);
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27 |
= 2 taxons: 75134 et 75468 (changement de nt)
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*/
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30 |
-- l'update BDTFX avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects
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31 |
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b SET
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32 |
c.nom_ret = CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur),
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33 |
c.nt = b.num_taxonomique,
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34 |
c.famille = b.famille
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35 |
WHERE (
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36 |
nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
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37 |
AND nom_referentiel = 'bdtfx'
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38 |
AND nom_ret_nn = num_nom
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39 |
AND (c.mots_cles_texte IS NULL OR c.mots_cles_texte NOT LIKE '%WidgetFlorileges Sauvages%') -- TODO: bug transferts multiples + mobile.js
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40 |
AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL OR c.famille = 'Famille inconnue')
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41 |
);
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42 |
-- 25584
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43 |
SELECT ROW_COUNT() AS "BDTFX upd après correction sur nom_ret_nn + nom_sel_nn";
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44 |
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45 |
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46 |
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47 |
-- l'update BDTXA avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects
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48 |
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a SET
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49 |
c.nom_ret = CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur),
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50 |
c.nt = a.num_tax,
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51 |
c.famille = a.famille
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52 |
WHERE (
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53 |
nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
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54 |
AND nom_referentiel = 'bdtxa'
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55 |
AND nom_ret_nn = num_nom
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56 |
AND (LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille) OR c.famille IS NULL)
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57 |
);
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58 |
-- 2
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59 |
SELECT ROW_COUNT() AS "BDTXA upd après correction sur nom_ret_nn + nom_sel_nn";
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60 |
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61 |
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62 |
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63 |
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64 |
-- l'update ISFAN avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects --
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65 |
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i SET
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66 |
c.nom_ret = CONCAT(i.nom_sci, ' ', i.auteur),
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67 |
c.nt = i.num_taxonomique,
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68 |
c.famille = i.famille
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69 |
WHERE (
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70 |
nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
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71 |
AND nom_referentiel = 'isfan'
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72 |
AND nom_ret_nn = num_nom
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73 |
AND (LOWER(c.famille) = LOWER(i.famille) OR c.famille IS NULL)
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74 |
);
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75 |
-- 2 ou 0
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76 |
SELECT ROW_COUNT() AS "ISFAN upd après correction sur nom_ret_nn + nom_sel_nn";
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77 |
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78 |
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79 |
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80 |
/*
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81 |
Pour observer les différences:
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82 |
wdiff -w '$(tput bold;tput setaf 1)' -x '$(tput sgr0)' -y '$(tput bold;tput setaf 2)' -z '$(tput sgr0)' pre.log post.log | \
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83 |
ansi2html.sh --palette=solarized | \
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84 |
sed '/^[0-9]/{/span/!d}' > diff.html
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85 |
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86 |
# extract les familles ayant changé: sed '/^[0-9]/{/<\/span>$/!d}'
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# lowercase toutes les familles: awk '{ NF=tolower($NF); print }'
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90 |
# filtre sed: changements de famille "normaux"
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/aceraceae.*sapindaceae/d
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92 |
/scrophulariaceae.*plantaginaceae/d
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93 |
/globulariaceae.*plantaginaceae/d
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94 |
/Famille inconnue.*null/d
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95 |
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96 |
# changement "anormaux"
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97 |
/rosaceae.*caprifoliaceae/d
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98 |
/valerianaceae.*caprifoliaceae/d
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99 |
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100 |
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101 |
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102 |
SELECT nom_sel, nom_ret FROM cel_obs GROUP BY nom_sel, nom_ret INTO OUTFILE '/tmp/new.csv' ;
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103 |
SELECT id_observation, nom_sel, nom_sel_nn, nom_ret, nom_ret_nn FROM cel_obs INTO OUTFILE '/tmp/id.csv' ;
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104 |
$ wdiff x y|sed -n "/\x1b/p"|less
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105 |
*/
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