424 |
jpm |
1 |
<?php
|
|
|
2 |
// commande : /opt/lampp/bin/php cli.php description_sp -a tester -n /home/jennifer/Tela-botanica_projets/Coste/descriptions/html
|
|
|
3 |
class Description {
|
|
|
4 |
|
428 |
jpm |
5 |
const DOSSIER_V0 = '../../../donnees/coste/0.00/';
|
|
|
6 |
const DOSSIER_DSC_HTML = '../../../donnees/coste/descriptions/html/';
|
|
|
7 |
const DOSSIER_DSC_TXT = '../../../donnees/coste/descriptions/txt/';
|
|
|
8 |
const DOSSIER_LOG = 'log/';
|
424 |
jpm |
9 |
|
428 |
jpm |
10 |
private $dossierBase = '';
|
424 |
jpm |
11 |
private $conteneur = null;
|
|
|
12 |
private $outils = null;
|
|
|
13 |
private $messages = null;
|
428 |
jpm |
14 |
private $action = '';
|
|
|
15 |
private $nomFichier = '';
|
|
|
16 |
private $nomDossier = '';
|
|
|
17 |
private $listeFichiers = array();
|
424 |
jpm |
18 |
private $fichierNum = '';
|
428 |
jpm |
19 |
private $fichier = '';
|
|
|
20 |
private $log = '';
|
|
|
21 |
private $correspondance = array();
|
|
|
22 |
private $infosCorrespondanceBase = array(
|
|
|
23 |
'nom_sci' => '',
|
|
|
24 |
'rang' => 290,
|
|
|
25 |
'auteur' => '',
|
430 |
jpm |
26 |
'annee' => '',
|
|
|
27 |
'biblio_coste' => '',
|
428 |
jpm |
28 |
'nom_francais' => '',
|
|
|
29 |
'nom_coste' => '',
|
430 |
jpm |
30 |
'auteur_coste' => '',
|
428 |
jpm |
31 |
'num_nom_coste' => '',
|
430 |
jpm |
32 |
'num_nom_retenu_coste' => '',
|
428 |
jpm |
33 |
'num_tax_sup_coste' => '',
|
|
|
34 |
'tome' => '',
|
|
|
35 |
'page' => '',
|
430 |
jpm |
36 |
'synonymie_coste' => '',
|
428 |
jpm |
37 |
'bdnff_nn' => '',
|
|
|
38 |
'bdnff_nt' => '');
|
424 |
jpm |
39 |
|
|
|
40 |
public function __construct(Conteneur $conteneur) {
|
|
|
41 |
$this->conteneur = $conteneur;
|
|
|
42 |
$this->outils = $conteneur->getOutils();
|
|
|
43 |
$this->messages = $conteneur->getMessages();
|
428 |
jpm |
44 |
$this->dossierBase = dirname(__FILE__).'/';
|
424 |
jpm |
45 |
}
|
|
|
46 |
|
|
|
47 |
public function genererDescriptionTxt() {
|
428 |
jpm |
48 |
$this->chargerFichiers();
|
|
|
49 |
|
|
|
50 |
foreach ($this->listeFichiers as $this->fichierNum => $this->fichier) {
|
|
|
51 |
$this->messages->afficherAvancement("Création des descriptions au format txt");
|
|
|
52 |
$this->genererFichier();
|
|
|
53 |
}
|
|
|
54 |
echo "\n";
|
424 |
jpm |
55 |
}
|
|
|
56 |
|
428 |
jpm |
57 |
public function verifierDescriptionTxt() {
|
|
|
58 |
$this->chargerFichiers();
|
|
|
59 |
|
|
|
60 |
foreach ($this->listeFichiers as $this->fichierNum => $this->fichier) {
|
|
|
61 |
$this->messages->afficherAvancement("Analyse des descriptions");
|
|
|
62 |
$this->verifierFichier();
|
|
|
63 |
}
|
|
|
64 |
echo "\n";
|
|
|
65 |
|
|
|
66 |
$fichierTxt = $this->dossierBase.self::DOSSIER_LOG.'analyse.log';
|
|
|
67 |
file_put_contents($fichierTxt, $this->log);
|
|
|
68 |
}
|
|
|
69 |
|
|
|
70 |
public function genererCorrespondance() {
|
|
|
71 |
$this->chargerFichiers();
|
|
|
72 |
|
|
|
73 |
foreach ($this->listeFichiers as $this->fichierNum => $this->fichier) {
|
|
|
74 |
$this->messages->afficherAvancement("Création du fichier de correspondance");
|
|
|
75 |
$this->extraireInfosCorrespondance();
|
|
|
76 |
}
|
|
|
77 |
echo "\n";
|
|
|
78 |
|
|
|
79 |
$fichierTxt = $this->dossierBase.self::DOSSIER_V0.'index_general_sp.tsv';
|
|
|
80 |
$txtCorrespondance = $this->creerFichierCsvCorrespondance();
|
430 |
jpm |
81 |
file_put_contents($fichierTxt, $txtCorrespondance);
|
|
|
82 |
|
|
|
83 |
$fichierLog = $this->dossierBase.self::DOSSIER_LOG.'synonymes.log';
|
|
|
84 |
file_put_contents($fichierLog, $this->log);
|
428 |
jpm |
85 |
}
|
|
|
86 |
|
|
|
87 |
private function chargerFichiers() {
|
|
|
88 |
$this->nomDossier = $this->dossierBase.self::DOSSIER_DSC_HTML;
|
|
|
89 |
if (file_exists($this->nomDossier) === true) {
|
|
|
90 |
if (is_dir($this->nomDossier)) {
|
|
|
91 |
if ($dossierOuvert = opendir($this->nomDossier)) {
|
|
|
92 |
while (($this->nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) {
|
|
|
93 |
if (! is_dir($this->nomFichier) && preg_match('/e([0-9]{4})\.htm/', $this->nomFichier, $match)) {
|
|
|
94 |
$this->listeFichiers[$match[1]] = $this->nomDossier.'/'.$this->nomFichier;
|
424 |
jpm |
95 |
}
|
|
|
96 |
}
|
|
|
97 |
closedir($dossierOuvert);
|
|
|
98 |
} else {
|
428 |
jpm |
99 |
$this->messages->traiterErreur("Le dossier {$this->nomDossier} n'a pas pu être ouvert.");
|
424 |
jpm |
100 |
}
|
|
|
101 |
} else {
|
428 |
jpm |
102 |
$this->messages->traiterErreur("{$this->nomDossier} n'est pas un dossier.");
|
424 |
jpm |
103 |
}
|
|
|
104 |
} else {
|
428 |
jpm |
105 |
$this->messages->traiterErreur("Le dossier {$this->nomDossier} est introuvable.");
|
424 |
jpm |
106 |
}
|
428 |
jpm |
107 |
|
430 |
jpm |
108 |
arsort($this->listeFichiers);
|
424 |
jpm |
109 |
}
|
|
|
110 |
|
428 |
jpm |
111 |
private function verifierFichier() {
|
|
|
112 |
$donnees = $this->analyserFichier();
|
|
|
113 |
$txt = $donnees['texte'];
|
|
|
114 |
$this->verifierOuvertureFermetureBalise($txt);
|
|
|
115 |
$this->verifierAbscenceEgale($txt);
|
|
|
116 |
$this->verifierNumero($txt);
|
430 |
jpm |
117 |
// TODO : vérifier les noms vernauclaire qui sont abrégés
|
428 |
jpm |
118 |
}
|
|
|
119 |
|
|
|
120 |
private function verifierOuvertureFermetureBalise($txt) {
|
|
|
121 |
$b_ouvert = substr_count($txt, '<B>');
|
|
|
122 |
$b_ferme = substr_count($txt, '</B>');
|
|
|
123 |
if ($b_ouvert != $b_ferme) {
|
|
|
124 |
$this->log .= "{$this->fichierNum} contient $b_ouvert balises B ouvertes et $b_ferme fermées\n";
|
|
|
125 |
}
|
|
|
126 |
$i_ouvert = substr_count($txt, '<I>');
|
|
|
127 |
$i_ferme = substr_count($txt, '</I>');
|
|
|
128 |
if ($i_ouvert != $i_ferme) {
|
|
|
129 |
$this->log .= "{$this->fichierNum} contient $i_ouvert balises I ouvertes et $i_ferme fermées\n";
|
|
|
130 |
}
|
|
|
131 |
}
|
|
|
132 |
|
|
|
133 |
private function verifierAbscenceEgale($txt) {
|
|
|
134 |
if (strripos($txt, '=') === false) {
|
|
|
135 |
$this->log .= "{$this->fichierNum} ne contient pas le séparateur de phénologie (=)\n";
|
|
|
136 |
}
|
|
|
137 |
}
|
|
|
138 |
|
|
|
139 |
private function verifierNumero($txt) {
|
|
|
140 |
if (preg_match('/^<B>[0-9]{1,4}. – /', $txt) == 0) {
|
|
|
141 |
$this->log .= "{$this->fichierNum} ne contient pas un numéro bien formaté\n";
|
|
|
142 |
}
|
|
|
143 |
}
|
|
|
144 |
|
|
|
145 |
private function extraireInfosCorrespondance() {
|
|
|
146 |
$donnees = $this->analyserFichier();
|
|
|
147 |
$infos = $this->infosCorrespondanceBase;
|
|
|
148 |
|
|
|
149 |
$titre = $donnees['titre'];
|
430 |
jpm |
150 |
if (preg_match('/^Coste ([0-9]+) - ((?:(?! - ).)+) - F[0-9]+, (?:(?! - ).)+ - (G[0-9]+), T([123])[.]p([0-9]+)$/', $titre, $match)) {
|
428 |
jpm |
151 |
$infos['num_nom_coste'] = $match[1];
|
|
|
152 |
$infos['nom_sci'] = $match[2];
|
|
|
153 |
$infos['num_tax_sup_coste'] = $match[3];
|
|
|
154 |
$infos['tome'] = $match[4];
|
|
|
155 |
$infos['page'] = $match[5];
|
|
|
156 |
} else {
|
|
|
157 |
$this->messages->traiterErreur("Le titre du fichier {$this->fichierNum} est mal formaté.");
|
|
|
158 |
}
|
|
|
159 |
|
|
|
160 |
$corres = $donnees['correspondance'];
|
430 |
jpm |
161 |
if (preg_match('/^Bdnff ([0-9]+) - (?:(?! - ).)+ - (?:(?! - ).)+ - Tax=([0-9]+)$/', $corres, $match)) {
|
428 |
jpm |
162 |
$infos['bdnff_nn'] = $match[1];
|
|
|
163 |
$infos['bdnff_nt'] = $match[2];
|
|
|
164 |
} else {
|
|
|
165 |
$this->messages->traiterErreur("La correspondance du fichier {$this->fichierNum} est mal formatée.");
|
|
|
166 |
}
|
|
|
167 |
|
|
|
168 |
$txt = $donnees['texte'];
|
|
|
169 |
$txt = $this->corrigerDescription($txt);
|
430 |
jpm |
170 |
if (preg_match('/^<B>[0-9]{1,4}[.] – ([^<]+)<\/B> ([^–]*)– (?:<I>([^<]+)<\/I>[.] – |<I>([^<]+)<\/I>( \([^)]+\))[.] – |[A-Z]|<I>(?:Sous-|Espèce|Turion|Souche|Plante|Feuille|Racine))/u', $txt, $match)) {
|
|
|
171 |
$infos['nom_coste'] = trim($match[1]);
|
|
|
172 |
$infos['auteur_coste'] = trim($match[2]);
|
|
|
173 |
$infos['nom_francais'] = isset($match[3]) ? $match[3] : '';
|
|
|
174 |
$infos['nom_francais'] = isset($match[4]) && isset($match[5]) ? $match[4].$match[5] : $infos['nom_francais'];
|
|
|
175 |
if (strpos($infos['auteur_coste'], '(' ) !== false) {
|
|
|
176 |
if (preg_match('/^([^(]*)\(([^)]+)\)(?:[.]?| ; ((?:(?! – ).)+))$/', $infos['auteur_coste'], $match)) {
|
|
|
177 |
$infos['auteur_coste'] = trim($match[1]);
|
|
|
178 |
$infos['auteur'] = $this->traiterAuteur($infos['auteur_coste']);
|
|
|
179 |
$parentheseContenu = trim($match[2]);
|
|
|
180 |
if (preg_match('/^[0-9]+$/', $parentheseContenu)) {
|
|
|
181 |
$infos['annee'] = $parentheseContenu;
|
|
|
182 |
} else {
|
|
|
183 |
$infos['synonymie_coste'] = $parentheseContenu;
|
|
|
184 |
$infos['biblio_coste'] = isset($match[3]) ? trim($match[3]) : '';
|
|
|
185 |
}
|
|
|
186 |
} else {
|
|
|
187 |
$this->messages->traiterErreur("L'auteur du nom sciencitifique du fichier {$this->fichierNum} est mal formaté.");
|
|
|
188 |
}
|
|
|
189 |
}
|
428 |
jpm |
190 |
} else {
|
|
|
191 |
$this->messages->traiterErreur("La texte du fichier {$this->fichierNum} est mal formaté.");
|
|
|
192 |
}
|
|
|
193 |
|
|
|
194 |
$this->correspondance[] = $infos;
|
430 |
jpm |
195 |
|
|
|
196 |
if ($infos['synonymie_coste'] != '') {
|
|
|
197 |
$this->traiterSynonymie($infos);
|
|
|
198 |
}
|
428 |
jpm |
199 |
}
|
|
|
200 |
|
430 |
jpm |
201 |
private function traiterAuteur($auteurCoste) {
|
|
|
202 |
$auteur = '';
|
|
|
203 |
if ($auteurCoste != '') {
|
|
|
204 |
$auteur = str_replace('et', '&', $auteurCoste);
|
|
|
205 |
}
|
|
|
206 |
return $auteur;
|
|
|
207 |
}
|
|
|
208 |
|
|
|
209 |
private function traiterSynonymie($infos) {
|
|
|
210 |
$synoCoste = $infos['synonymie_coste'];
|
|
|
211 |
$synoCoste = preg_replace('/^et /', '', $synoCoste);
|
|
|
212 |
$synoCoste = preg_replace('/ et ([A-Z]{2,}|[A-Z][.] [A-Z]{2,})/', ' ; $1', $synoCoste);
|
435 |
jpm |
213 |
$synoCoste = preg_replace('/, ((?:(?!non |part[.]|an |G[.] G[.]|part[.]|centr[.])[^,]+))/', ' ;$1', $synoCoste);
|
430 |
jpm |
214 |
|
|
|
215 |
$synonymes = explode(';', $synoCoste);
|
|
|
216 |
|
|
|
217 |
foreach ($synonymes as $syno) {
|
|
|
218 |
$syno = trim($syno);
|
|
|
219 |
$syno = trim($syno, ' ');
|
|
|
220 |
$infosSyno = $this->infosCorrespondanceBase;
|
|
|
221 |
$this->log .= $infos['num_nom_coste']."\t$syno\n";
|
|
|
222 |
$this->correspondance[] = $infosSyno;
|
|
|
223 |
}
|
|
|
224 |
}
|
|
|
225 |
|
428 |
jpm |
226 |
private function creerFichierCsvCorrespondance() {
|
|
|
227 |
$lignes[] = implode("\t", array_keys($this->infosCorrespondanceBase));
|
|
|
228 |
foreach ($this->correspondance as $infos) {
|
|
|
229 |
$lignes[] = implode("\t", $infos);
|
|
|
230 |
}
|
|
|
231 |
|
|
|
232 |
$txt = '';
|
|
|
233 |
$txt = implode("\n", $lignes);
|
|
|
234 |
return $txt;
|
|
|
235 |
}
|
|
|
236 |
|
|
|
237 |
private function genererFichier() {
|
|
|
238 |
$donnees = $this->analyserFichier();
|
|
|
239 |
|
|
|
240 |
$txt = $this->nettoyerDescription($donnees['texte']);
|
|
|
241 |
$txt = $this->corrigerDescription($txt);
|
|
|
242 |
$txt = $this->remplacerHtmlParSyntaxeWiki($txt);
|
|
|
243 |
$fichierTxt = $this->dossierBase.self::DOSSIER_DSC_TXT.$this->fichierNum.'.txt';
|
|
|
244 |
file_put_contents($fichierTxt, $txt);
|
|
|
245 |
|
|
|
246 |
unset($donnees['texte']);
|
|
|
247 |
$txt = implode("\n", $donnees);
|
|
|
248 |
$fichierTxt = $this->dossierBase.self::DOSSIER_DSC_TXT.$this->fichierNum.'.json';
|
424 |
jpm |
249 |
file_put_contents($fichierTxt, $txt);
|
|
|
250 |
}
|
|
|
251 |
|
428 |
jpm |
252 |
private function analyserFichier() {
|
|
|
253 |
$donnees = array('titre' => '', 'texte' => '', 'correspondance' => '');
|
|
|
254 |
if ($fichierOuvert = fopen($this->fichier, 'r')) {
|
424 |
jpm |
255 |
$i = 1;
|
|
|
256 |
while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
|
|
|
257 |
if ($i == 24) {
|
428 |
jpm |
258 |
$donnees['titre'] = $this->supprimerHtml($ligne);
|
430 |
jpm |
259 |
} elseif ($i >= 45 && $i <= 60) {
|
428 |
jpm |
260 |
$donnees['texte'] .= $this->traiterLigneDescription($ligne);
|
430 |
jpm |
261 |
} elseif ($i >= 61 && preg_match('/Bdnff /ui', $ligne)) {
|
428 |
jpm |
262 |
$donnees['correspondance'] = $this->supprimerHtml($ligne);
|
|
|
263 |
}
|
424 |
jpm |
264 |
$i++;
|
|
|
265 |
}
|
|
|
266 |
fclose($fichierOuvert);
|
|
|
267 |
} else {
|
428 |
jpm |
268 |
$this->messages->traiterErreur("Le fichier {$this->fichier} n'a pas pu être ouvert.");
|
424 |
jpm |
269 |
}
|
|
|
270 |
return $donnees;
|
|
|
271 |
}
|
|
|
272 |
|
428 |
jpm |
273 |
private function supprimerHtml($txt) {
|
|
|
274 |
$txt = strip_tags($txt,'<b>,<i>');
|
|
|
275 |
$txt = str_replace('­', '', $txt);
|
|
|
276 |
$txt = str_ireplace(' ', ' ', $txt);
|
|
|
277 |
$txt = trim($txt);
|
|
|
278 |
$txt = preg_replace('/^<\/I>/', '', $txt);
|
|
|
279 |
$txt = html_entity_decode($txt, ENT_NOQUOTES, 'UTF-8');
|
|
|
280 |
return $txt;
|
424 |
jpm |
281 |
}
|
|
|
282 |
|
428 |
jpm |
283 |
private function traiterLigneDescription($txt) {
|
|
|
284 |
$txt = $this->supprimerHtml($txt);
|
|
|
285 |
$txt = $txt."\n";
|
|
|
286 |
return $txt;
|
|
|
287 |
}
|
|
|
288 |
|
|
|
289 |
private function nettoyerDescription($txt) {
|
|
|
290 |
$txt = preg_replace("/\n{2,}+/", "\n", $txt);
|
424 |
jpm |
291 |
$txt = trim($txt);
|
|
|
292 |
return $txt;
|
|
|
293 |
}
|
428 |
jpm |
294 |
|
|
|
295 |
private function corrigerDescription($txt) {
|
|
|
296 |
$txt = preg_replace("/– <I>([^.]+?)[.] – <\/I>/", "– <I>$1</I>. – ", $txt);
|
|
|
297 |
$txt = preg_replace("/– <I>([^.]+?)[.] – ([A-Z])<\/I>/", "– <I>$1</I>. – $2", $txt);
|
|
|
298 |
$txt = preg_replace("/– <I>([^.]+?) – <\/I>/", "– <I>$1</I>. – ", $txt);
|
|
|
299 |
return $txt;
|
|
|
300 |
}
|
|
|
301 |
|
|
|
302 |
private function remplacerHtmlParSyntaxeWiki($txt) {
|
|
|
303 |
$txt = str_replace(array('<B>', '</B>'), '**', $txt);
|
|
|
304 |
$txt = str_replace(array('<I>', '</I>'), '//', $txt);
|
|
|
305 |
return $txt;
|
|
|
306 |
}
|
424 |
jpm |
307 |
}
|
|
|
308 |
?>
|