| 752 |
raphael |
1 |
/*
|
|
|
2 |
Objectif: prendre les observations dont nom_sel_nn est défini
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|
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3 |
(et donc dans laquelles les informations générées sont correctes)
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4 |
et mettre à jour ces dernières à partir de la dernière version du référentiel
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| 890 |
raphael |
5 |
(bdtfx, bdtxa et isfan).
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6 |
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7 |
Pour éviter un maximum de faux-positifs, nous vérifions aussi que la famille
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8 |
est conservée (même dans certains cas celle-ci a légitimement changé) et que
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9 |
la première partie du nom_sel correspond toujours à la première partie du nouveau nom_sci
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10 |
qui serait attribué.
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| 752 |
raphael |
11 |
*/
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12 |
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13 |
--- la requête ---
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14 |
/*
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15 |
-- SELECT id_observation, b.num_nom, CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_taxonomique, b.famille
|
|
|
16 |
SELECT id_observation, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille
|
| 828 |
raphael |
17 |
FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b
|
| 752 |
raphael |
18 |
WHERE (
|
| 890 |
raphael |
19 |
nom_sel_nn IS NOT NULL
|
| 752 |
raphael |
20 |
AND nom_referentiel like 'bdtfx%'
|
|
|
21 |
AND nom_sel_nn = num_nom
|
|
|
22 |
)
|
|
|
23 |
ORDER BY id_observation asc;
|
|
|
24 |
*/
|
|
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25 |
|
|
|
26 |
--- l'update ---
|
| 828 |
raphael |
27 |
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b SET
|
| 752 |
raphael |
28 |
c.nom_ret = CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur),
|
|
|
29 |
c.nom_ret_nn = b.num_nom,
|
|
|
30 |
c.nt = b.num_taxonomique,
|
|
|
31 |
c.famille = b.famille
|
|
|
32 |
WHERE (
|
| 890 |
raphael |
33 |
nom_sel_nn IS NOT NULL
|
|
|
34 |
AND nom_referentiel = 'bdtfx'
|
| 752 |
raphael |
35 |
AND nom_sel_nn = num_nom
|
| 760 |
raphael |
36 |
AND LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille)
|
|
|
37 |
AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(b.nom_sci, ' ', 1)
|
| 752 |
raphael |
38 |
);
|
| 760 |
raphael |
39 |
-- 31739 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
|
|
|
40 |
-- 31524 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
|
| 754 |
raphael |
41 |
|
| 760 |
raphael |
42 |
|
| 828 |
raphael |
43 |
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a SET
|
| 754 |
raphael |
44 |
c.nom_ret = CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur),
|
|
|
45 |
c.nom_ret_nn = a.num_nom,
|
|
|
46 |
c.nt = a.num_tax,
|
|
|
47 |
c.famille = a.famille
|
|
|
48 |
WHERE (
|
| 890 |
raphael |
49 |
nom_sel_nn IS NOT NULL
|
|
|
50 |
AND nom_referentiel = 'bdtxa'
|
| 754 |
raphael |
51 |
AND nom_sel_nn = num_nom
|
| 760 |
raphael |
52 |
AND LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille)
|
|
|
53 |
AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(a.nom_sci, ' ', 1)
|
| 754 |
raphael |
54 |
);
|
| 760 |
raphael |
55 |
-- 49 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
|
|
|
56 |
-- 47 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
|
|
|
57 |
|
| 890 |
raphael |
58 |
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i SET
|
|
|
59 |
c.nom_ret = CONCAT(i.nom_sci, ' ', i.auteur),
|
|
|
60 |
c.nom_ret_nn = i.num_nom,
|
|
|
61 |
c.nt = i.num_taxonomique,
|
|
|
62 |
c.famille = i.famille
|
| 760 |
raphael |
63 |
WHERE (
|
| 890 |
raphael |
64 |
nom_sel_nn IS NOT NULL
|
|
|
65 |
AND nom_referentiel = 'isfan'
|
| 760 |
raphael |
66 |
AND nom_sel_nn = num_nom
|
|
|
67 |
);
|
|
|
68 |
|
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69 |
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70 |
/*
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71 |
Pour observer les différences:
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72 |
wdiff -w '$(tput bold;tput setaf 1)' -x '$(tput sgr0)' -y '$(tput bold;tput setaf 2)' -z '$(tput sgr0)' pre.log post.log | \
|
|
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73 |
ansi2html.sh --palette=solarized | \
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74 |
sed '/^[0-9]/{/span/!d}' > diff.html
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75 |
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76 |
# extract les familles ayant changé: sed '/^[0-9]/{/<\/span>$/!d}'
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77 |
# lowercase toutes les familles: awk '{ NF=tolower($NF); print }'
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78 |
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79 |
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80 |
# filtre sed: changements de famille "normaux"
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81 |
/aceraceae.*sapindaceae/d
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82 |
/scrophulariaceae.*plantaginaceae/d
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83 |
/globulariaceae.*plantaginaceae/d
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84 |
/Famille inconnue.*null/d
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85 |
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86 |
# changement "anormaux"
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87 |
/rosaceae.*caprifoliaceae/d
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88 |
/valerianaceae.*caprifoliaceae/d
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89 |
*/
|