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448 david 1
<?php
2
// Encodage : UTF-8
3
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
4
/**
5
* Découpage des noms latins
6
*
7
* Description : classe permettant de découper les noms latins.
8
*
9
//Auteur original :
10
* @author       Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
11
* @copyright	Tela-Botanica 1999-2009
12
* @licence		GPL v3 & CeCILL v2
13
* @version		$Id: DecoupageNomLatin.class.php 1873 2009-03-31 10:07:24Z Jean-Pascal MILCENT $
14
*/
15
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
16
class DecoupageNomLatin extends Decoupage {
17
 
18
	private $expression_principale = array();
19
	private $expression_complement = array();
20
 
21
	function DecoupageNomLatin()
22
	{
23
		parent::__construct();
24
 
25
		// Genre et nom supragénérique
26
		$this->expression_principale[1] = "/^((?:$this->hyb |)$this->Gen)(?:( $this->Inf)|)$/u";
27
		// Sp
28
		$this->expression_principale[2] = "/^((?:$this->hyb |)$this->Gen) ((?:($this->hyb) |$this->Dou|)(?:$this->Epi|$this->Dou))(?:((?:,| $this->Ran) $this->Inf)| agg\.|)$/u";
29
		// Rang infragénérique et supraspécifique
30
		$this->expression_principale[3] = '/^('.$this->Gen.') ('.$this->Ran.') ('.$this->Gen.'|.'.$this->Epi.')(?:(, '.$this->Inf.')|)$/u';
31
		// Hybride interspécifique
32
		$this->expression_principale[4] = "/^((?:$this->Gen) $this->Epi (?:($this->Ran) $this->Epi )?x $this->Epi(?: ($this->Ran) $this->Epi)?)$/u";
33
		// Aggrégat
34
		$this->expression_principale[5] = "/^($this->Gen) ($this->Epi) (agg\.)(?:( $this->Inf)|)$/u";//
35
 
36
		// Epithète infra-spécifique
37
		$this->expression_complement[1] = "/^ ($this->Ran) ((?:($this->hyb) |$this->Dou|)(?:$this->Epi|$this->Dou))(?:((?:,| $this->Ran) $this->Inf)|)$/Uu";
38
		// Cultivar
39
		$this->expression_complement[5] = "/^ ($this->Ran_ht) ((?:(?:$this->Epi_cv) ?)+)$/u";
40
 
41
	}
42
 
43
	public function decouper($nom_latin)
44
    {
45
    	$aso_nom_decompo = array(	'nom_genre' => '', 'nom_sp' => '', 'auteur_sp' => '', 'nom_complement' => '',
46
									'type_infrasp' => '', 'nom_infrasp' => '',
47
									'num_nomenc' => '', 'num_taxo' => '', 'rang_taxonomique' => '',
48
									'nom_courant' => '', 'nom_superieur' => '', 'agg' => '');
49
    	$aso_nom_decompo['nom_complet'] = $nom_latin;
50
		while ($nom_latin != '') {
51
			$morceau = array();
52
			if (preg_match($this->expression_principale[4], $nom_latin, $morceau)) {// Formule d'hybridation
53
				// Nous tentons de déterminer le rang de l'hybride
54
				if (isset($morceau[2]) && isset($morceau[3]) && $morceau[2] == $morceau[3]) {
55
					$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->attribuerCodeRang('n-'.$morceau[2]);
56
				} else {
57
					$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 260;// Hybride instersp.
58
				}
59
				$aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = 'x';
60
				$aso_nom_decompo['formule_hybridation'] = $morceau[0];
61
				$nom_latin = '';
62
			} else if (preg_match($this->expression_principale[5], $nom_latin, $morceau)) {// agg.
63
				$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 240;// agg.
64
				$aso_nom_decompo['nom_genre'] = $morceau[1];
65
				$aso_nom_decompo['nom_sp'] = $morceau[2];
66
				$aso_nom_decompo['agg'] = $morceau[3];
67
				$nom_latin = $morceau[4];
68
				$aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $morceau[1];
69
				$aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[2];
70
			} else if (preg_match($this->expression_principale[2], $nom_latin, $morceau)) {// Nom d'sp.
71
				// Nous regardons si nous avons à faire à un hybride
72
				if (preg_match('/^'.$this->hyb.'$/', $morceau[3])) {
73
					$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 260;// hybride intersp.
74
					$aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = strtolower($morceau[3]);
75
				} else if (preg_match('/^'.$this->Epi_nn_hy.'$/', $morceau[2])) {
76
					$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 260;// hybride intersp.
77
					$aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = 'x';
78
				} else {
79
					$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 250;// sp.
80
				}
81
				// Nous atribuons le genre
82
				$aso_nom_decompo['nom_genre'] = $morceau[1];
83
				// Nous regardons si nous avons à faire à une phrase non nommé (ex : sp.1, spp., nsp.)
84
				if (preg_match('/^'.$this->Epi_nn.'$/', $morceau[2])) {
85
					$aso_nom_decompo['phrase_nom_non_nomme'] = $morceau[2];// hybride intersp.
86
					$aso_nom_decompo['nom_sp'] = '';
87
				} else {
88
					$aso_nom_decompo['nom_sp'] = $morceau[2];
89
				}
90
				$nom_latin = $morceau[4];
91
				$aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $morceau[1];
92
				$aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[2];
93
			} else if (preg_match($this->expression_principale[3], $nom_latin, $morceau)) {// Nom infragénérique et supraspécifique
94
				$aso_nom_decompo['nom_genre'] = $morceau[1];
95
				$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->attribuerCodeRang($morceau[2]);
96
				// Nous regardons si nous avons à faire à un groupe
97
				if (preg_match('/^'.$this->Ran_ig_gr.'$/', $morceau[2])) {
98
					$aso_nom_decompo['nom_sp'] = $morceau[3];
99
				} else {
100
					$aso_nom_decompo['nom_infra_genre'] = $morceau[3];
101
				}
102
				$nom_latin = $morceau[4];
103
				$aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $morceau[1];
104
				$aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[3];
105
			} else if (preg_match($this->expression_principale[1], $nom_latin, $morceau)) {// Nom de genre et supragénérique
106
				$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->verifierTerminaisonLatine($nom_latin);
107
				$aso_nom_decompo['nom_suprasp'] = $morceau[1];
108
				$nom_latin = $morceau[2];
109
				$aso_nom_decompo['nom_superieur'] = null;
110
				$aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[1];
111
			} else if (preg_match($this->expression_complement[5], $nom_latin, $morceau)) {// Cultivar
112
				$aso_nom_decompo['rang_cultivar'] = $this->attribuerCodeRang($morceau[1]);
113
				// Nous vérifions si nous avons à faire à un cultivar d'hybride
114
				if ($aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] == 'x' && $aso_nom_decompo['rang_cultivar'] == 460) {
115
					$aso_nom_decompo['rang_cultivar'] = 470;
116
				}
117
				$aso_nom_decompo['cultivar'] = $morceau[2];
118
				$nom_latin = '';
119
			} else if (preg_match($this->expression_complement[1], $nom_latin, $morceau)) {// Nom infrasp.
120
				if (preg_match('/^'.$this->hyb.'$/', $morceau[3])) {
121
					$aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = strtolower($morceau[3]);
122
				}
123
				$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->attribuerCodeRang($morceau[1]);
124
				$aso_nom_decompo['type_infrasp'] = $morceau[1];
125
				$aso_nom_decompo['nom_infrasp'] = $morceau[2];
126
				$nom_latin = $morceau[4];
127
				$aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $aso_nom_decompo['nom_courant'];
128
				$aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[2];
129
			} else {// Erreurs
130
				$aso_nom_decompo['erreur_mark'] = 'erreur';
131
				$aso_nom_decompo['erreur_notes'] = $nom_latin;
132
				$nom_latin = '';
133
			}
134
		}
135
		return $aso_nom_decompo;
136
    }
137
 
138
	public function verifierTerminaisonLatine($nom_latin)
139
	{
140
 
141
		if (preg_match('/^Plantae$/', $nom_latin)) {// Règne
142
			return 10;
143
		} else if (preg_match('/phyta$/', $nom_latin)) {// Embranchement ou Division
144
			return 30;
145
		} else if (preg_match('/phytina$/', $nom_latin)) {// Sous-Embranchement ou Sous-Division
146
			return 40;
147
		} if (preg_match('/opsida$/', $nom_latin)) {// Classe
148
			return 70;
149
		} else if (preg_match('/idae$/', $nom_latin)) {// Sous-Classe
150
			return 80;
151
		} else if (preg_match('/ales$/', $nom_latin)) {// Ordre
152
			return 100;
153
		} else if (preg_match('/ineae$/', $nom_latin)) {// Sous-Ordre
154
			return 110;
155
		} else if (preg_match('/aceae$/', $nom_latin)) {// Famille
156
			return 120;
157
		} else if (preg_match('/oideae$/', $nom_latin)) {// Sous-Famille
158
			return 130;
159
		} else if (preg_match('/eae$/', $nom_latin)) {// Tribu
160
			return 140;
161
		} else if (preg_match('/inae$/', $nom_latin)) {// Sous-Tribu
162
			return 150;
163
		} else if (preg_match('/^[A-Z]/', $nom_latin)) {// Genre
164
			return 160;
165
		} else {
166
			return 1;
167
		}
168
	}
169
 
170
	static function fournirTableauAbreviationRang($type = 'tout')
171
	{
172
		$rang_supra_sp = array('subgen.', 'subg.', 'sect.');// l'abréviation du rang  est suivi par un nom supra spécifique commençant par une majuscule
173
		$rang_supra_gr = array('gr.');// l'abréviation du rang est suivi par un nom ne commençant pas par une majuscule
174
		$rang_supra_agg = array('agg.');// le nom latin est terminé par l'abréviation du rang
175
		$rang_infra_sp = array(	'subsp.', 'n-subsp.', '[subsp.]', '[n-subsp.]',
176
								'var.', 'nvar.', '[var.]',
177
								'prol.', 'proles', 'n-proles.',
178
								'f.', 'fa', 'fa.', 'forma',
179
								'subvar.', 'convar.',
180
								'cv.', 'Cv.',
181
								'n-f.', 'n-fa', 'n-fa.',
182
								'subf.', 'subfa', 'subfa.');
183
		if ($type == 'supra') {
184
			return $rang_supra_sp;
185
		} else if ($type == 'supra-gr') {
186
			return $rang_supra_gr;
187
		} else if ($type == 'supra-agg') {
188
			return $rang_supra_agg;
189
		} else if ($type == 'infra') {
190
			return $rang_infra_sp;
191
		} else if ($type == 'tout') {
192
			return array_merge($rang_supra_sp, $rang_supra_gr, $rang_supra_agg, $rang_infra_sp);
193
		}
194
	}
195
 
196
	static function actualiserCodeRang($code_rang)
197
	{
198
		$aso_rang = array(	'1' => '10', // Règne
199
							'3' => '20', // Sous-Règne
200
							'5' => '30', // Phylum
201
							'7' => '40', // Sub-Phylum
202
							'9' => '50', // division
203
							'15' => '60', // sous-division
204
							'20' => '70', // classe
205
							'25' => '80', // sous-classe
206
							'30' => '100', // ordre
207
							'35' => '110', // sous-ordre
208
							'40' => '120', // famille
209
							'45' => '130', // sous-famille
210
							'50' => '140', // tribu
211
							'55' => '150', // sous-tribu
212
							'60' => '160', // genre
213
							'62' => '170', // genre hybride (nouveau compatibilité flore Réunion)
214
							'65' => '180', // sous-genre
215
							'65' => '190', // section
216
							'75' => '200', // sous-section
217
							'80' => '210', // série
218
							'85' => '220', // sous-série
219
							'90' => '230', // groupe
220
							'95' => '240', // aggrégat
221
							'100' => '250', // espèce
222
							'102' => '260', // espèce hybride intragénérique
223
							'104' => '260', // espèce hybride intergénérique
224
							'110' => '280', // sous-espèce
225
							'112' => '300', // sous-espèce hybride : hybride entre deux sous-espèces d'une espèce non hybride ; exemple : Polypodium vulgare L. nsubsp. mantoniae (Rothm.) Schidlay (Polypodium vulgare L. subsp. vulgare x Polypodium vulgare L. subsp. prionodes (Aschers.) Rothm.).
226
							'113' => '310', // sous-espèce hybride : sous-espèce d'espèce hybride sans spécification du rang parental (subspecies) (voir ICBN, art. H.12.1).
227
							'114' => '300', // sous-espèce hybride : sous-espèce hybride d'espèce hybride (nothosubspecies) (voir ICBN, art. H.12.1) ; exemple : Mentha x piperita L. nsubsp. piperita (Mentha aquatica L. x Mentha spicata L. subsp. glabrata (Lej. et Court.) Lebeau).
228
							'115' => '300', // sous-espèce hybride
229
							'120' => '1', // infra2
230
							'122' => '330', // prole, race : peu employé souvent issu de nom ancien (antérieur au code).
231
							'124' => '340', // prole, race hybride : peu employé souvent issu de nom ancien (antérieur au code).
232
							'132' => '350', // convarietas : si on le conscidère comme un rang intermédiaire entre la sous-espèce et la variété. Voir aussi n°200.
233
							'130' => '1', // infra3 : niveau infra-spécifique de troisième niveau, sans plus de précision.
234
							'140' => '360', // variété
235
							'142' => '380', // variété : hybride entre deux variétés d'une espèce non hybride.
236
							'143' => '390', // variété : variété d'espèce hybride sans spécification du rang parental (varietas) (voir ICBN, art. H.12.1); exemple : Populus x canadensis Moench var. marilandica (Poir.) Rehder.
237
							'144' => '380', // variété : variété hybride d'espèce hybride (nothovarietas) ; exemple : Salix x sepulcralis Simonk. nvar. chrysocoma (Dode) Meikle.
238
							'145' => '380', // variété hybride
239
							'150' => '410', // sous-variété
240
							'160' => '420', // forme
241
							'162' => '430', // forme : hybride entre deux formes d'une espèce non hybride.
242
							'163' => '430', // forme : forme d'espèce hybride sans spécification du rang parental (forma) (voir ICBN, art. H.12.1); exemple : Mentha x piperita L. f. hirsuta Sole.
243
							'164' => '430', // forme : forme hybride d'espèce hybride (nothoforma).
244
							'170' => '440', // sous-forme
245
							'200' => '450', // groupe de cultivar
246
							'210' => '460', // cultivar
247
							'220' => '470', // cultivar d'hybride
248
							'0' => '480' // clade
249
							);
250
		return $aso_rang[$code_rang];
251
	}
252
 
253
	public function attribuerCodeInfra($str_abreviation_type_infra)
254
	{
255
		$aso_code_infra = array('type' => '', 'code' => 0, 'rang' => 2 );
256
 
257
		switch ($str_abreviation_type_infra) {
258
			case 'subgen.' :
259
			case 'subg.' :
260
				$aso_code_infra['rang'] = 180;
261
				break;
262
			case 'sect.' :
263
				$aso_code_infra['rang'] = 190;
264
				break;
265
			case 'gr.' :
266
				$aso_code_infra['rang'] = 230;
267
				break;
268
			case 'subsp.' :
269
				$aso_code_infra['type'] = 'infra1';
270
				$aso_code_infra['code'] = 1;
271
				$aso_code_infra['rang'] = 280;
272
				break;
273
			case 'n-subsp.' :
274
				$aso_code_infra['type'] = 'infra1';
275
				$aso_code_infra['code'] = 2;
276
				$aso_code_infra['rang'] = 300;
277
				break;
278
			case '[subsp.]' :
279
				$aso_code_infra['type'] = 'infra1';
280
				$aso_code_infra['code'] = 3;
281
				$aso_code_infra['rang'] = 290;
282
				break;
283
			case '[n-subsp.]' :
284
				$aso_code_infra['type'] = 'infra1';
285
				$aso_code_infra['code'] = 4;
286
				$aso_code_infra['rang'] = 310;
287
				break;
288
			case 'var.' :
289
				$aso_code_infra['type'] = 'infra2';
290
				$aso_code_infra['code'] = 1;
291
				$aso_code_infra['rang'] = 360;
292
				break;
293
			case '[var.]' :
294
				$aso_code_infra['type'] = 'infra2';
295
				$aso_code_infra['code'] = 2;
296
				$aso_code_infra['rang'] = 370;
297
				break;
298
			case 'n-var.' :
299
				$aso_code_infra['type'] = 'infra2';
300
				$aso_code_infra['code'] = 3;
301
				$aso_code_infra['rang'] = 380;
302
				break;
303
	        case 'nvar.' :
304
	        	$aso_code_infra['type'] = 'infra2';
305
				$aso_code_infra['code'] = 3;
306
				$aso_code_infra['rang'] = 384;
307
				break;
308
	        case '[n-var.]' :
309
	            $aso_code_infra['type'] = 'infra2';
310
	            $aso_code_infra['code'] = 5;
311
	            $aso_code_infra['rang'] = 390;
312
	        	break;
313
	        case 'prol.' :
314
	        case 'proles' :
315
	            $aso_code_infra['type'] = 'infra3';
316
	            $aso_code_infra['code'] = 2;
317
	            $aso_code_infra['rang'] = 330;
318
	        	break;
319
	        case 'n-proles' :
320
	        case 'n-proles.' :
321
	            $aso_code_infra['type'] = 'infra3';
322
	            $aso_code_infra['code'] = 1;
323
	            $aso_code_infra['rang'] = 340;
324
	        	break;
325
	        case 'f.':
326
			case 'fa':
327
			case 'fa.':
328
			case 'forma':
329
	            $aso_code_infra['type'] = 'infra3';
330
	            $aso_code_infra['code'] = 3;
331
	            $aso_code_infra['rang'] = 420;
332
	        	break;
333
	        case 'subvar.' :
334
	            $aso_code_infra['type'] = 'infra3';
335
	            $aso_code_infra['code'] = 4;
336
	            $aso_code_infra['rang'] = 410;
337
	        	break;
338
	        case 'convar.' :
339
	            $aso_code_infra['type'] = 'infra3';
340
	            $aso_code_infra['code'] = 5;
341
	            $aso_code_infra['rang'] = 350;
342
	        	break;
343
	        case 'cv.':
344
	        case 'Cv.':
345
	            $aso_code_infra['type'] = 'infra3';
346
	            $aso_code_infra['code'] = 6;
347
	            $aso_code_infra['rang'] = 460;
348
	        	break;
349
	        case 'n-f.':
350
	        case 'n-fa':
351
	        case 'n-fa.':
352
	            $aso_code_infra['type'] = 'infra3';
353
	            $aso_code_infra['code'] = 7;
354
	            $aso_code_infra['rang'] = 430;
355
	        	break;
356
	        case 'subf.':
357
	        case 'subfa':
358
	        case 'subfa.':
359
	            $aso_code_infra['type'] = 'infra3';
360
	            $aso_code_infra['code'] = 8;
361
	            $aso_code_infra['rang'] = 440;
362
	        	break;
363
	        default:
364
				$aso_code_infra['erreur_mark'] = 'erreur';
365
				$aso_code_infra['erreur_notes'] =  $str_abreviation_type_infra;
366
				$aso_code_infra['rang'] = 2;
367
	    }
368
 
369
	    return $aso_code_infra;
370
	}
371
 
372
	public function attribuerCodeRang($str_abreviation_type_infra)
373
	{
374
		$aso_code_infra = $this->attribuerCodeInfra($str_abreviation_type_infra);
375
    	return $aso_code_infra['rang'];
376
	}
377
}
378
?>