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Rev Author Line No. Line
1425 aurelien 1
<?php
2
/**
1926 raphael 3
 * PHP Version 5
4
 *
5
 * @category  PHP
6
 * @package	  jrest
7
 * @author	  David Delon <david@tela-botania.org>
8
 * @author	  Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
9
 * @copyright 2010 Tela-Botanica
10
 * @license	  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
11
 * @version	  SVN: <svn_id>
12
 * @link	  /doc/jrest/
13
 */
1425 aurelien 14
 
15
/**
16
 *
17
 * La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
18
 * ne soit dépendant de la version d'eflore
19
 */
20
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
1926 raphael 21
 
22
	const DEBUG = FALSE;
23
 
1427 aurelien 24
	private $url_service_nom = null;
25
	private $url_service_taxon = null;
26
	private $url_service_chorologie = null;
27
 
1487 aurelien 28
	private $masque_recherche = null;
1527 aurelien 29
	private $code_referentiel = 'bdtfx';
1784 raphael 30
 
31
	// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()
32
	// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591
33
	public $is_notation_spe = FALSE;
34
 
1928 raphael 35
    // un cache utilisé pour les requêtes effectuées sur /service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque=
36
    // qui sont lourdes, et parfois identiques (cf cas de l'import XLS)
37
    static $cache = array();
38
 
1527 aurelien 39
	public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
40
		parent::__construct($config);
1927 raphael 41
        $this->setReferentiel($code_referentiel);
42
    }
43
 
44
    public function setReferentiel($code_referentiel = 'bdtfx') {
1527 aurelien 45
		$this->code_referentiel = $code_referentiel;
1927 raphael 46
		$this->formaterUrlsServices($this->config);
1527 aurelien 47
	}
1487 aurelien 48
 
1527 aurelien 49
	private function formaterUrlsServices($config) {
50
		$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
51
		$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
1427 aurelien 52
		$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
1852 raphael 53
		$this->config = $config;
1425 aurelien 54
	}
55
 
56
	public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
57
 
58
		$liste_genre_espece = array();
1487 aurelien 59
		$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
60
		$masque = urlencode($this->masque_recherche);
1926 raphael 61
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
1427 aurelien 62
		$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
1425 aurelien 63
		if($requete != '') {
64
			$requete = json_decode($requete);
65
			if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
66
				foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
1427 aurelien 67
					$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
1425 aurelien 68
					$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
69
				}
70
			}
1427 aurelien 71
			usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
1425 aurelien 72
		}
73
		return $liste_genre_espece;
74
	}
75
 
1427 aurelien 76
	function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
77
		if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
78
			return -1;
79
		} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
80
			return 1;
81
		} else {
1487 aurelien 82
			return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
1427 aurelien 83
		}
1425 aurelien 84
	}
85
 
86
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
87
		$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
88
		$retour_infos_complementaires = array();
1780 raphael 89
		if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
1926 raphael 90
			$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
91
		}
1425 aurelien 92
 
93
		return $retour_infos_complementaires;
94
	}
95
 
96
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
1487 aurelien 97
		$nom_saisi = trim($nom_saisi);
1486 aurelien 98
		// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
1862 raphael 99
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'stricte');
100
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
101
 
102
		// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
103
		if( ($nom_saisi_sans_auteur = self::supprimerAuteur($nom_saisi)) ) { // ne pas faire la requête sur un mot vide
104
			$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, 'stricte');
1486 aurelien 105
		}
1862 raphael 106
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
107
 
108
		// avant-dernière tentative : essai de recherche étendue
109
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'etendue');
110
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
111
 
112
		// dernière tentative: concaténation (nom_sci,auteur) (= nom-retenu généré utilisé comme nom_sci)
113
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'concat');
114
 
1486 aurelien 115
		return $liste_genre_espece;
116
	}
117
 
1862 raphael 118
	private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') {
1928 raphael 119
        $url = sprintf(
120
            '%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
121
            $this->url_service_nom,
122
            urlencode($nom_saisi),
123
            $mode,
124
            implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")));
125
 
126
		if(! array_key_exists($url, self::$cache)) {
127
            if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $url);
128
            $res = @json_decode(file_get_contents($url));
129
            self::$cache[$url] = $res;
130
        } else {
131
            $res = self::$cache[$url];
132
        }
1780 raphael 133
		if(!$res) return NULL;
134
		$resultat = (array)$res->resultat;
135
		return array_pop($resultat);
1486 aurelien 136
	}
137
 
1833 raphael 138
	static function supprimerAuteur($nom_saisi) {
1486 aurelien 139
		// TODO: gérer les hybrides
1833 raphael 140
		if(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
1486 aurelien 141
			$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
1930 raphael 142
			$derniere_position_hybride = array_keys($nom_decoupe, 'x');
143
			$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, end($derniere_position_hybride) + 2));
1486 aurelien 144
		} else {
1833 raphael 145
			/* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
146
			   mais ça marche dans la plupart des cas
147
			   à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur */
148
			$nameparser = new NameParser();
1486 aurelien 149
			$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
150
			$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
151
		}
152
 
1833 raphael 153
		return trim($nom_saisi_sans_auteur);
1486 aurelien 154
	}
155
 
1833 raphael 156
	static function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
1486 aurelien 157
		return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
158
	}
159
 
1833 raphael 160
	static function estUnHybride($nom_saisi) {
1486 aurelien 161
		return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
162
	}
163
 
1852 raphael 164
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) {
165
		if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) {
1926 raphael 166
			if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " .$this->config['eflore']['api_host'] . '/');
1852 raphael 167
			return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' .
1926 raphael 168
			$ref . '/' .
169
			'noms' . '/' .
170
			$num_nom .
171
			'?retour.champs=' . implode(',', array('nom_sci,auteur',
172
			'id',
173
			'nom_retenu_complet',
174
			'nom_retenu.id',
175
			'num_taxonomique',
176
			'famille'))));
1852 raphael 177
		}
178
		// XXX: compat
1926 raphael 179
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille');
1780 raphael 180
		return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
1425 aurelien 181
	}
1780 raphael 182
 
183
	static function supprimerBiblio($nom) {
1805 raphael 184
		return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom));
1425 aurelien 185
	}
186
 
187
	public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
188
		$nt = null;
1427 aurelien 189
		$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
1926 raphael 190
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
1425 aurelien 191
		$resultat = @file_get_contents($url);
192
		if($resultat != '') {
193
			$infos = json_decode($resultat);
194
			$nt = $infos->num_taxonomique;
195
		}
196
 
197
		return $nt;
198
	}
199
 
200
	public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
201
		$presence_taxon = false;
1427 aurelien 202
		$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
1926 raphael 203
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
1425 aurelien 204
		$resultat = @file_get_contents($url);
205
		if($resultat != '') {
206
			$resultat = json_decode($resultat);
207
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
208
				$presence_taxon = true;
209
			}
210
		}
211
		return $presence_taxon;
212
	}
213
 
1780 raphael 214
	/* texte libre, nom scientifique,
1784 raphael 215
	   ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999)
216
	   ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)
1780 raphael 217
	   TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
1425 aurelien 218
	function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
1784 raphael 219
		preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);
220
		if($elements) {
221
			$this->is_notation_spe = TRUE;
222
			list(, $ref, $type, $num) = $elements;
1796 raphael 223
 
224
			if($ref != $this->code_referentiel) {
225
				// TODO: ignorer la colonne référentiel, et utiliser le référentiel donné
226
				// mais il faut alors avertir le service (d'import/modif) d'utiliser le référentiel
227
				// passé au nom d'espèce
1852 raphael 228
				// Seul le effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom() le supporte, car c'est encore
229
				// un peu complexe à implémenter proprement pour cause d'attributs de classes.
1796 raphael 230
			}
1784 raphael 231
			// Numero nomenclatural
232
			if ($type == 'nn') {
1852 raphael 233
				$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num, $ref);
1784 raphael 234
			}
235
			// Numero taxonomique
236
			else {
237
				//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
1926 raphael 238
				if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_taxon."/nt:".$num);
1784 raphael 239
				$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));
240
			}
1796 raphael 241
			if($obj) $obj->ref = $ref;
1784 raphael 242
			return $obj;
243
		}
1746 raphael 244
 
1780 raphael 245
		// Nom scientifique
246
		return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
1425 aurelien 247
	}
1591 aurelien 248
 
249
	public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
250
		$retour = array();
1926 raphael 251
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
1780 raphael 252
		$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
1591 aurelien 253
		if($resultat != '') {
254
			$resultat = json_decode($resultat);
255
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
256
				$retour = $resultat->resultat;
257
			}
258
		}
259
		return $retour;
260
	}
1425 aurelien 261
}