267 |
delphine |
1 |
<?php
|
|
|
2 |
/**
|
380 |
mathias |
3 |
* Indexation dans Algolia des référentiels
|
|
|
4 |
*
|
|
|
5 |
* Description : formate les données des référentiels choisis et envoie tout ça
|
|
|
6 |
* dans Algolia
|
|
|
7 |
*
|
|
|
8 |
* Utilisation : php script.php algolia [-ref "ref1,ref2,..."]
|
|
|
9 |
* -ref (optionnel): liste de codes de référentiels séparés par des virgules;
|
|
|
10 |
* par défaut: "apd,bdtfx,bdtxa,isfan"
|
|
|
11 |
*
|
|
|
12 |
* Exemples:
|
|
|
13 |
* php script.php algolia
|
|
|
14 |
* php script.php algolia -ref "bdtfx,isfan"
|
|
|
15 |
*
|
|
|
16 |
* @note: ignorer le paramètre fasciste -a : on ne s'en sert pas
|
|
|
17 |
*
|
|
|
18 |
* @author Tela Botanica <equipe-dev@tela-botanica.org>
|
|
|
19 |
* @licence GPL v3 & CeCILL v2
|
|
|
20 |
*/
|
|
|
21 |
restore_error_handler();
|
|
|
22 |
restore_exception_handler();
|
|
|
23 |
ini_set("display_errors","1");
|
|
|
24 |
error_reporting(E_ALL);
|
|
|
25 |
|
|
|
26 |
// composer autoload
|
|
|
27 |
require dirname(__FILE__) . '/../../../vendor/autoload.php';
|
|
|
28 |
|
|
|
29 |
class Algolia extends ScriptCommande {
|
|
|
30 |
|
|
|
31 |
const SCRIPT_NOM = 'algolia';
|
|
|
32 |
|
|
|
33 |
public $parametres = array(
|
|
|
34 |
'-ref' => array(false, false, 'Celui qui lit ça est un con')
|
|
|
35 |
);
|
|
|
36 |
|
|
|
37 |
/** connexion PDO à la BDD "referentiels" */
|
|
|
38 |
protected $bdd;
|
|
|
39 |
|
|
|
40 |
/** client API Algolia */
|
|
|
41 |
protected $algolia;
|
|
|
42 |
protected $indexAlgolia;
|
267 |
delphine |
43 |
|
|
|
44 |
public function executer() {
|
380 |
mathias |
45 |
echo "Indexation des référentiels dans Algolia" . PHP_EOL;
|
|
|
46 |
|
|
|
47 |
// Bibliothèque Algolia PHP pour appeler l'API
|
|
|
48 |
Config::charger(dirname(__FILE__) . '/algolia.ini');
|
|
|
49 |
$this->algolia = new \AlgoliaSearch\Client(Config::get('algolia_application_id'), Config::get('algolia_api_key'));
|
|
|
50 |
$this->indexAlgolia = $this->algolia->initIndex(Config::get('algolia_index'));
|
|
|
51 |
|
382 |
mathias |
52 |
/*$settings = $this->indexAlgolia->getSettings();
|
|
|
53 |
var_dump(json_encode($settings));
|
|
|
54 |
exit;*/
|
|
|
55 |
|
385 |
mathias |
56 |
/*$idsexistants = $this->indexAlgolia->search("", array(
|
|
|
57 |
"attributesToRetrieve" => array(
|
|
|
58 |
"objectID"
|
|
|
59 |
)
|
|
|
60 |
));
|
|
|
61 |
var_dump(count($idsexistants));
|
|
|
62 |
var_dump($idsexistants);
|
|
|
63 |
exit;*/
|
|
|
64 |
|
382 |
mathias |
65 |
// Réglages de l'index @TODO tenir à jour
|
|
|
66 |
if ($this->confirmer("Charger les réglages par défaut (index_settings.json) dans la configuration de l'index Algolia ?")) {
|
|
|
67 |
// Chargement des réglages par défaut
|
|
|
68 |
$reglagesJson = file_get_contents(dirname(__FILE__) . '/index_settings.json');
|
|
|
69 |
$reglages = json_decode($reglagesJson, true);
|
|
|
70 |
$this->indexAlgolia->setSettings($reglages);
|
|
|
71 |
echo "Réglages chargés dans Algolia" . PHP_EOL;
|
|
|
72 |
}
|
|
|
73 |
|
380 |
mathias |
74 |
// Connexion à la base
|
|
|
75 |
$this->connecterPDO();
|
|
|
76 |
|
|
|
77 |
// Liste des référentiels à fusionner
|
|
|
78 |
$refsTexte = Config::get('algolia_referentiels');
|
|
|
79 |
$refs = explode(",", $refsTexte);
|
|
|
80 |
|
|
|
81 |
// Liste des référentiels à mettre à jour
|
|
|
82 |
$refsMajTexte = $this->getParam("ref");
|
|
|
83 |
if ($refsMajTexte === false) {
|
|
|
84 |
// si le paramètre est vide, on met tout à jour
|
|
|
85 |
$refsMaj = $refs;
|
269 |
delphine |
86 |
} else {
|
380 |
mathias |
87 |
$refsMaj = explode(",", $refsMajTexte);
|
267 |
delphine |
88 |
}
|
273 |
delphine |
89 |
|
380 |
mathias |
90 |
// Déniaisage 1
|
|
|
91 |
foreach ($refs as $k => $r) {
|
|
|
92 |
$fichierRequete = dirname(__FILE__) . "/algolia_" . $r . ".sql";
|
|
|
93 |
if (! file_exists($fichierRequete)) {
|
|
|
94 |
echo "- fichier [$fichierRequete] non trouvé, fusion de [$r] ignorée" . PHP_EOL;
|
|
|
95 |
unset($refs[$k]);
|
267 |
delphine |
96 |
}
|
|
|
97 |
}
|
380 |
mathias |
98 |
if (empty($refs)) {
|
|
|
99 |
echo "Aucun référentiel à fusionner" . PHP_EOL;
|
|
|
100 |
exit;
|
267 |
delphine |
101 |
}
|
380 |
mathias |
102 |
|
|
|
103 |
// Déniaisage 2
|
|
|
104 |
foreach ($refsMaj as $k => $r) {
|
|
|
105 |
if (! in_array($r, $refs)) {
|
|
|
106 |
echo "- le référentiel à mettre à jour [$r] n'est pas présent dans la liste à fusionner, il sera ignoré" . PHP_EOL;
|
|
|
107 |
unset($refsMaj[$k]);
|
267 |
delphine |
108 |
}
|
|
|
109 |
}
|
380 |
mathias |
110 |
if (empty($refsMaj)) {
|
|
|
111 |
echo "Aucun référentiel à mettre à jour" . PHP_EOL;
|
|
|
112 |
exit;
|
273 |
delphine |
113 |
}
|
380 |
mathias |
114 |
|
|
|
115 |
// Confirmation
|
382 |
mathias |
116 |
if (! $this->confirmer("Fusion des référentiels [" . implode(',', $refs) . "] et mise à jour de [" . implode(',', $refsMaj) . "]. Continuer ?")) {
|
|
|
117 |
exit;
|
|
|
118 |
}
|
380 |
mathias |
119 |
|
|
|
120 |
//var_dump($refs);
|
|
|
121 |
$donneesBrutes = array();
|
|
|
122 |
// Exécution des requêtes pour chaque référentiel
|
|
|
123 |
foreach ($refs as $ref) {
|
|
|
124 |
$fichierRequete = dirname(__FILE__) . "/algolia_" . $ref . ".sql";
|
|
|
125 |
// Exécution de la requête
|
|
|
126 |
$requete = file_get_contents($fichierRequete);
|
|
|
127 |
$resultat = $this->requete($requete);
|
|
|
128 |
$donneesBrutes[$ref] = $resultat->fetchAll();
|
|
|
129 |
|
|
|
130 |
// Info utilisation mémoire
|
|
|
131 |
$mem = memory_get_usage(true);
|
|
|
132 |
$memMio = round($mem / (1024 * 1024));
|
|
|
133 |
echo "Mémoire utilisée : $memMio Mio" . PHP_EOL;
|
|
|
134 |
}
|
|
|
135 |
|
|
|
136 |
// Fusion !
|
|
|
137 |
$index = $this->fusionnerReferentiels($donneesBrutes);
|
|
|
138 |
//$this->extrait($index, array('Acacia dealbata Link','Acacia Mill.','Fabaceae'));
|
|
|
139 |
|
|
|
140 |
// Mise en forme
|
|
|
141 |
$index = $this->mettreEnForme($index);
|
394 |
mathias |
142 |
//$this->extrait($index, 100);
|
380 |
mathias |
143 |
|
|
|
144 |
// Stats
|
|
|
145 |
$taille = count($index);
|
|
|
146 |
echo "Taille de l'index: [$taille] lignes !" . PHP_EOL;
|
|
|
147 |
//file_put_contents("couscous.json", json_encode($index));
|
|
|
148 |
|
|
|
149 |
// Calcul des différences ?
|
394 |
mathias |
150 |
// @TODO bonjour la galère
|
|
|
151 |
|
380 |
mathias |
152 |
// Insertion ?
|
394 |
mathias |
153 |
if (! $this->confirmer("Prêt à insérer dans l'index Algolia [" . Config::get('algolia_index') . "]. Continuer ?")) {
|
|
|
154 |
exit;
|
|
|
155 |
}
|
380 |
mathias |
156 |
$this->insererDansAlgolia($index);
|
|
|
157 |
|
|
|
158 |
// Info utilisation mémoire totale
|
|
|
159 |
$mem = memory_get_peak_usage(true);
|
|
|
160 |
$memMio = round($mem / (1024 * 1024));
|
|
|
161 |
echo "Mémoire maximale utilisée : $memMio Mio" . PHP_EOL;
|
273 |
delphine |
162 |
}
|
380 |
mathias |
163 |
|
|
|
164 |
/**
|
|
|
165 |
* Génère un index unique pour Algolia à partir des données de n référentiels
|
|
|
166 |
*/
|
|
|
167 |
protected function fusionnerReferentiels(&$donneesRefs) {
|
|
|
168 |
$index = array();
|
|
|
169 |
foreach ($donneesRefs as $ref => &$d) {
|
|
|
170 |
$nbTaxons = count($d);
|
|
|
171 |
echo "-- fusion du référentiel [$ref] : $nbTaxons taxons --" . PHP_EOL;
|
|
|
172 |
|
|
|
173 |
$fusions = 0;
|
394 |
mathias |
174 |
|
380 |
mathias |
175 |
foreach ($d as $taxon) {
|
394 |
mathias |
176 |
// debug
|
|
|
177 |
/*if ($taxon[$ref . '_num_nom'] == 141) {
|
|
|
178 |
echo "> Taxon 141 :" . PHP_EOL;
|
|
|
179 |
var_dump($taxon);
|
|
|
180 |
echo PHP_EOL;
|
|
|
181 |
}*/
|
380 |
mathias |
182 |
$nomSci = $taxon[$ref . '_nom_sci'];
|
|
|
183 |
//$nn = $taxon[$ref . '_num_nom'];
|
|
|
184 |
// Ajout du nom d'auteur pour éviter les collisions dans un même référentiel
|
|
|
185 |
if (! empty ($taxon[$ref . '_auteur'])) {
|
|
|
186 |
$nomSci .= ' ' . $taxon[$ref . '_auteur'];
|
273 |
delphine |
187 |
}
|
380 |
mathias |
188 |
|
|
|
189 |
// -- ÉLIMINATION DES NOMS SANS CORRESPONDANCE
|
|
|
190 |
if (empty($taxon[$ref . '_num_nom_retenu'])) {
|
|
|
191 |
//echo "XX élimination du nom sans correspondance : [$nomSci] (nn $nn)" . PHP_EOL;
|
|
|
192 |
continue;
|
|
|
193 |
}
|
|
|
194 |
|
|
|
195 |
if (! isset($index[$nomSci])) {
|
|
|
196 |
$index[$nomSci] = array(
|
|
|
197 |
'objectID' => $nomSci,
|
|
|
198 |
'referentiels' => array()
|
|
|
199 |
);
|
|
|
200 |
} else {
|
|
|
201 |
//echo "> fusion sur [$nomSci] (nn $nn)" . PHP_EOL;
|
|
|
202 |
$fusions++;
|
|
|
203 |
}
|
|
|
204 |
$index[$nomSci] = array_merge($index[$nomSci], $taxon);
|
|
|
205 |
$index[$nomSci]['referentiels'][] = $ref;
|
|
|
206 |
//break;
|
273 |
delphine |
207 |
}
|
380 |
mathias |
208 |
$taille = count($index);
|
|
|
209 |
echo "- taille de l'index après ajout de [$ref]: [$taille] lignes ($fusions fusions)" . PHP_EOL;
|
273 |
delphine |
210 |
}
|
380 |
mathias |
211 |
return $index;
|
273 |
delphine |
212 |
}
|
380 |
mathias |
213 |
|
|
|
214 |
/**
|
|
|
215 |
* Organise les données de chaque objet conformément à la structure de
|
|
|
216 |
* l'index Algolia
|
|
|
217 |
*
|
|
|
218 |
* Voir commentaires sur cette page :
|
|
|
219 |
* http://taiga.tela-botanica.net/project/mathias-site-web/task/75
|
|
|
220 |
*
|
|
|
221 |
* L'objectID est le MD5 de la "clef" (nom scientifique avec auteur)
|
|
|
222 |
*/
|
|
|
223 |
protected function mettreEnForme($index) {
|
|
|
224 |
$nouvelIndex = array();
|
|
|
225 |
foreach ($index as $nomSci => $taxon) {
|
|
|
226 |
$nouveauTaxon = array(
|
|
|
227 |
'objectID' => md5($nomSci),
|
|
|
228 |
'referentiels' => $taxon['referentiels']
|
|
|
229 |
);
|
|
|
230 |
foreach ($taxon['referentiels'] as $ref) {
|
|
|
231 |
// ingrédients
|
|
|
232 |
$nn = $taxon[$ref . '_num_nom'];
|
|
|
233 |
$ns = $taxon[$ref . '_nom_sci'];
|
|
|
234 |
$nts = $taxon[$ref . '_num_tax_sup'];
|
|
|
235 |
$rang = $taxon[$ref . '_rang'];
|
|
|
236 |
$auteur = $taxon[$ref . '_auteur'];
|
|
|
237 |
$annee = $taxon[$ref . '_annee'];
|
|
|
238 |
$biblio = $taxon[$ref . '_biblio'];
|
|
|
239 |
$nom_supra_generique = $taxon[$ref . '_nom_supra_generique'];
|
|
|
240 |
$genre = $taxon[$ref . '_genre'];
|
|
|
241 |
$epithete_sp = $taxon[$ref . '_epithete_sp'];
|
|
|
242 |
$type_epithete = $taxon[$ref . '_type_epithete'];
|
|
|
243 |
$epithete_infra_sp = $taxon[$ref . '_epithete_infra_sp'];
|
|
|
244 |
$cultivar = $taxon[$ref . '_cultivar'];
|
|
|
245 |
$cultivar_groupe = $taxon[$ref . '_cultivar_groupe'];
|
|
|
246 |
$nomCommun = (isset($taxon[$ref . '_nom_francais']) ? $taxon[$ref . '_nom_francais'] : '');
|
|
|
247 |
$url = $taxon[$ref . '_url'];
|
|
|
248 |
$synonymes = json_decode($taxon[$ref . '_synonymes'], true);
|
394 |
mathias |
249 |
// debug synonymes tronqués (group_concat limité en longueur)
|
|
|
250 |
/*if ($nn == 141) {
|
|
|
251 |
echo ">> Synonymes bruts: [" . $taxon[$ref . '_synonymes'] . "]" . PHP_EOL;
|
|
|
252 |
echo ">> Synonymes décodés: [" . print_r($synonymes, true) . "]" . PHP_EOL;
|
|
|
253 |
exit;
|
|
|
254 |
}*/
|
380 |
mathias |
255 |
$raccourcis = json_decode($taxon[$ref . '_shortcuts'], true);
|
382 |
mathias |
256 |
$raccourcis = ($raccourcis != null ? array_values(array_unique($raccourcis)) : null); // array_values réindexe pour obtenir une liste en JSON et non un objet
|
380 |
mathias |
257 |
// garniture
|
|
|
258 |
$donneesRef = array(
|
|
|
259 |
'nomenclatural_number' => intval($nn),
|
|
|
260 |
'scientific_name' => $ns,
|
|
|
261 |
'common_name' => $nomCommun,
|
|
|
262 |
'synonyms' => $synonymes,
|
385 |
mathias |
263 |
'permalink' => $url,
|
380 |
mathias |
264 |
'parent_taxon_number' => intval($nts),
|
|
|
265 |
'rank' => intval($rang),
|
|
|
266 |
'author' => $auteur,
|
|
|
267 |
'year' => intval($annee),
|
|
|
268 |
'biblio' => $biblio,
|
|
|
269 |
'supra_genus_name' => $nom_supra_generique,
|
|
|
270 |
'genus' => $genre,
|
|
|
271 |
'species_attribute' => $epithete_sp,
|
|
|
272 |
'attribute_type' => $type_epithete,
|
|
|
273 |
'infra_species_attribute' => $epithete_infra_sp,
|
|
|
274 |
'cultivar' => $cultivar,
|
|
|
275 |
'cultivar_groupe' => $cultivar_groupe
|
|
|
276 |
);
|
394 |
mathias |
277 |
// dans le cas de BDTFX, ajout de l'illustration de Coste et de
|
|
|
278 |
// la carte Chorodep pour illustrer les résultats de recherche
|
|
|
279 |
if ($ref == "bdtfx" && (Config::get("activer_image_coste") == "1")) {
|
|
|
280 |
$this->ajouterImagesCosteEtChorodep($nn, $donneesRef);
|
|
|
281 |
}
|
|
|
282 |
|
380 |
mathias |
283 |
$nouveauTaxon[$ref] = $donneesRef;
|
|
|
284 |
$nouveauTaxon['shortcuts'] = $raccourcis;
|
|
|
285 |
}
|
|
|
286 |
$nouvelIndex[] = $nouveauTaxon;
|
273 |
delphine |
287 |
}
|
380 |
mathias |
288 |
return $nouvelIndex;
|
273 |
delphine |
289 |
}
|
380 |
mathias |
290 |
|
383 |
mathias |
291 |
/**
|
394 |
mathias |
292 |
* Interroge le service eFlore pour récupérer l'illustration de Coste pour
|
|
|
293 |
* le nn en cours, et ajoute une URL pour obtenir la carte de répartition
|
|
|
294 |
* de Chorodep
|
|
|
295 |
*/
|
|
|
296 |
protected function ajouterImagesCosteEtChorodep($nn, &$donnees) {
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297 |
// carte de répartition - le service renvoie directement une image
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298 |
$donnees['thumbnails.chorodep'] = sprintf(Config::get('url_template_chorodep'), $nn);
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299 |
// Coste
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300 |
$urlServiceCoste = sprintf(Config::get('url_template_coste'), $nn);
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301 |
$retour = @file_get_contents($urlServiceCoste);
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302 |
if ($retour) {
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303 |
try {
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304 |
$infosCoste = json_decode($retour, true);
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305 |
if (! empty($infosCoste['resultats']) && is_array($infosCoste['resultats'])) {
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306 |
$res1 = array_shift($infosCoste['resultats']);
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307 |
if (is_array($res1) && ! empty($res1['binaire.href'])) {
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308 |
$donnees['thumbnails.coste'] = $res1['binaire.href'];
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309 |
}
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310 |
}
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311 |
} catch (Exception $ex) {
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312 |
// pas de bol
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313 |
}
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314 |
}
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315 |
// debug
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316 |
/*echo ">> nn : [$nn]" . PHP_EOL;
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317 |
echo ">> image Coste : [" . $donnees['thumbnails.coste'] . "]" . PHP_EOL;
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318 |
echo ">> carte Chorodep : [" . $donnees['thumbnails.chorodep'] . "]" . PHP_EOL;*/
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319 |
}
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320 |
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321 |
/**
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383 |
mathias |
322 |
* Appelle l'API Algolia pour indexer les données présentes dans $index, par
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323 |
* tranches.
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324 |
*/
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325 |
protected function insererDansAlgolia(&$index) {
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326 |
$tailleTranche = 5000;
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327 |
echo "++++ Insertion dans Algolia (" . count($index) . " objets) !! ++++" . PHP_EOL;
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328 |
// insertion par tranches pour éviter un timeout sur l'API Algolia
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329 |
while (count($index) > 0) {
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330 |
echo "++ insertion d'une tranche de $tailleTranche... (" . count($index) . " restant)" . PHP_EOL;
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331 |
$tranche = array_splice($index, 0, $tailleTranche);
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332 |
//var_dump($tranche);
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333 |
$this->indexAlgolia->addObjects($tranche);
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334 |
}
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273 |
delphine |
335 |
}
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380 |
mathias |
336 |
|
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337 |
// ---------------- utilitaires --------------------------------------------
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338 |
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339 |
protected function extrait($index, $clefsOuNombre) {
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340 |
// Debug
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341 |
echo PHP_EOL . "---- extrait des données --" . PHP_EOL;
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342 |
if (is_array($clefsOuNombre)) {
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343 |
foreach ($clefsOuNombre as $k) {
|
|
|
344 |
var_dump($index[$k]);
|
267 |
delphine |
345 |
}
|
380 |
mathias |
346 |
} else {
|
|
|
347 |
for ($i=0; $i < $clefsOuNombre; $i++) {
|
|
|
348 |
var_dump($index[$i]);
|
|
|
349 |
}
|
267 |
delphine |
350 |
}
|
|
|
351 |
}
|
380 |
mathias |
352 |
|
|
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353 |
protected function connecterPDO() {
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354 |
Config::charger(dirname(__FILE__) . '/../../configurations/bdd.ini');
|
267 |
delphine |
355 |
try {
|
269 |
delphine |
356 |
$dsn = Config::get('bdd_type').':dbname='.Config::get('bdd_nom').';host='.
|
|
|
357 |
Config::get('bdd_hote');
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|
|
358 |
$this->bdd = new PDO($dsn, Config::get('bdd_utilisateur'), Config::get('bdd_mot_de_passe'));
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380 |
mathias |
359 |
// Passe en UTF-8 la connexion à la BDD
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360 |
$this->bdd->exec("SET NAMES 'utf8'");
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|
361 |
// Affiche les erreurs détectées par PDO (sinon mode silencieux => aucune erreur affiché)
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362 |
$this->bdd->setAttribute(PDO::ATTR_ERRMODE, PDO::ERRMODE_EXCEPTION);
|
267 |
delphine |
363 |
} catch (PDOException $e) {
|
380 |
mathias |
364 |
//print_r($e);
|
|
|
365 |
echo 'La connexion à la base de données via PDO a échoué : ' . $e->getMessage() . PHP_EOL;
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|
366 |
exit;
|
267 |
delphine |
367 |
}
|
|
|
368 |
}
|
380 |
mathias |
369 |
|
|
|
370 |
protected function requete($requete) {
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267 |
delphine |
371 |
$infos = null;
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|
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372 |
try {
|
380 |
mathias |
373 |
$infos = $this->bdd->query($requete, PDO::FETCH_ASSOC);
|
|
|
374 |
/*if ($infos === false) {
|
267 |
delphine |
375 |
echo $requete;
|
380 |
mathias |
376 |
}*/
|
267 |
delphine |
377 |
} catch (PDOException $e) {
|
273 |
delphine |
378 |
echo sprintf($e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage(), $e->getCode(), $requete);
|
267 |
delphine |
379 |
}
|
|
|
380 |
return $infos;
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|
|
381 |
}
|
380 |
mathias |
382 |
|
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|
383 |
/**
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|
384 |
* Demande confirmation, et sort du script à moins qu'on tape ce qui est
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|
385 |
* indiqué (par défaut "o" pour "oui")
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386 |
*/
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387 |
protected function confirmer($question='Continuer ?', $codeAcceptation='o', $messageAnnulation='annulation') {
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388 |
echo $question . ' ("' . $codeAcceptation . '" pour confirmer, autre chose pour annuler)' . PHP_EOL;
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389 |
$handle = fopen ("php://stdin","r");
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390 |
$line = fgets($handle);
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|
391 |
if(strtolower(trim($line)) != strtolower($codeAcceptation)) {
|
|
|
392 |
echo $messageAnnulation . PHP_EOL;
|
382 |
mathias |
393 |
return false;
|
380 |
mathias |
394 |
}
|
|
|
395 |
fclose($handle);
|
382 |
mathias |
396 |
return true;
|
380 |
mathias |
397 |
}
|
267 |
delphine |
398 |
}
|
|
|
399 |
?>
|