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2893 delphine 1 
<?php
2 
// declare(encoding='UTF-8');
3 
/**
4 
 * Classe de nettoyage de la base de données du CEL.
5 
 * Suppression des antislash
6 
 * Remplacement des chaines vides par des NULL
7 
 * Unifier les référentiels : pas de nom de version, majuscule...
8 
 * Unifier les certitudes
9 
 * Supprimer les INSEE-C: non rempli, les dates 0000-00
10 
 *
11 
 * Utilisation :
12 
 * - <code>/opt/lamp/bin/php cli.php nettoyage -a (voir méthode executer)</code>
13 
 *
14 
 * @category   CEL
15 
 * @package    Scripts
16 
 * @subpackage Nettoyage
17 
 * @author     Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
18 
 * @license    GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
19 
 * @license    CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
20 
 * @copyright  1999-2016 Tela Botanica <accueil@tela-botanica.org>
21 
 */
22 
class Nettoyage extends Script {
23 
 
24 
	protected $bdd;
2936 delphine 25 
	protected $colonnes;
2893 delphine 26 
 
27 
 
28 
	public function __construct($script_nom, $parametres_cli) {
29 
		parent::__construct($script_nom, $parametres_cli);
30 
		$this->bdd = new Bdd();
31 
	}
32 
 
33 
	public function executer() {
34 
		$cmd = $this->getParametre('a');
3259 delphine 35 
		$requete_colonnes = "SELECT column_name FROM information_schema.columns WHERE table_name = 'tb_nettoye_cel.cel_obs' AND table_schema='tb_cel';";
2936 delphine 36 
		$this->colonnes = $this->bdd->recupererTous($requete_colonnes);
2893 delphine 37 
		try {
38 
			switch ($cmd) {
39 
				case 'tout' :
2936 delphine 40 
					$this->supprimerRetourLigne();
2893 delphine 41 
					$this->supprimerAntislash();
2936 delphine 42 
					$this->supprimerGuillement();
3259 delphine 43 
					$this->unifierNull();
2893 delphine 44 
					$this->unifierNomReferentiel();
45 
					$this->unifierCertitude();
3259 delphine 46 
					$this->supprimerCertitudeAutre();
47 
					$this->unifierUtilisateur();
48 
					$this->verifierCodeInsee();
2893 delphine 49 
					$this->verifierGeodatum();
3259 delphine 50 
					$this->analyserMotsCles();
51 
					$this->supprimerInfosLiesObsInexistante();
2893 delphine 52 
					$this->unifierNull();
53 
					break;
54 
				case 'supprimerAntislash' :
55 
					$this->supprimerAntislash();
56 
					break;
57 
				case 'unifierNomReferentiel' :
58 
					$this->unifierNomReferentiel();
59 
					break;
60 
				case 'unifierCertitude' :
61 
					$this->unifierCertitude();
62 
					break;
3259 delphine 63 
				case 'supprimerCertitudeAutre' : // après unifier certitude si les autres valeurs sont bien à supprimer
64 
				    $this->supprimerCertitudeAutre();
65 
				    break;
66 
				case 'analyserMotsCles' : // après unifier certitude si les autres valeurs sont bien à supprimer
67 
				    $this->analyserMotsCles();
68 
				    break;
2893 delphine 69 
				case 'verifierGeodatum' :
70 
					$this->verifierGeodatum();
71 
					break;
3259 delphine 72 
				case 'verifierCodeInsee' :
73 
				    $this->verifierCodeInsee();
74 
				    break;
2893 delphine 75 
				case 'unifierNull' : // lancer en dernier pour bien réussir
76 
					$this->unifierNull();
77 
					break;
3259 delphine 78 
				case 'supprimerInfosLiesObsInexistante' :
79 
				    $this->supprimerInfosLiesObsInexistante();
80 
				    break;
81 
				case 'unifierUtilisateur' :
82 
				    $this->unifierUtilisateur();
83 
				    break;
2893 delphine 84 
				default :
85 
					$msg = "Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!\n".
86 
						"Commandes existantes : regenererMotsClesTexteObs, regenererMotsClesTexteImages"
87 
							. ", regenererMotsClesTexteObsTout, regenererMotsClesTexteImagesTout"
88 
							. ", viderMotsClesTexteImagesSansMotsCles, viderMotsClesTexteObsSansMotsCles"
89 
							. ", regenererChampsTailleImage, reparerLiaisonsOublieesObs, reparerLiaisonsOublieesImages"
90 
							. ", reparerLiaisonsObsParMotsClesTexte, reductionMotsClesImages, reductionMotsClesImagesUtil"
91 
							. ", reduireEtNormaliserMotsClesImagesUtil, reduireEtNormaliserMotsClesImages"
92 
							. ", reductionMotsClesObs, reductionMotsClesObsUtil, reduireEtNormaliserMotsClesObsUtil"
93 
							. ", reduireEtNormaliserMotsClesObs";
94 
					throw new Exception($msg);
95 
			}
96 
		} catch (Exception $e) {
97 
			$this->traiterErreur($e->getMessage());
98 
		}
99 
	}
100 
 
101 
 
2936 delphine 102 
	private function supprimerRetourLigne() {
103 
		foreach ($this->colonnes as $id=>$colonne) {
104 
			echo "Suppression des retour ligne dans la colonne ".$colonne['column_name']." ...";
3259 delphine 105 
			$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET ".$colonne['column_name']." = REPLACE(".$colonne['column_name'].', "\n", "")';
2936 delphine 106 
			$this->bdd->requeter($requete);
107 
			echo "effectuée \n";
108 
		}
109 
	}
2893 delphine 110 
 
111 
	private function supprimerAntislash() {
2936 delphine 112 
		foreach ($this->colonnes as $id=>$colonne) {
2893 delphine 113 
			echo "Suppression des antislash dans la colonne ".$colonne['column_name']." ...";
3259 delphine 114 
			$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET ".$colonne['column_name']." = REPLACE(".$colonne['column_name'].', "\", "")';
2893 delphine 115 
			$this->bdd->requeter($requete);
116 
			echo "effectuée \n";
117 
		}
118 
	}
119 
 
2936 delphine 120 
	private function supprimerGuillemet() {
121 
		foreach ($this->colonnes as $id=>$colonne) {
122 
			echo "Suppression des guillements dans la colonne ".$colonne['column_name']." ...";
3259 delphine 123 
			$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET ".$colonne['column_name']." = REPLACE(".$colonne['column_name'].',"\"", "")';
2936 delphine 124 
			$this->bdd->requeter($requete);
125 
			echo "effectuée \n";
126 
		}
127 
	}
128 
 
2893 delphine 129 
	private function unifierNull() {
3259 delphine 130 
		$requete_colonnes = "SELECT column_name FROM information_schema.columns WHERE table_name = 'tb_nettoye_cel.cel_obs' AND table_schema='tb_cel';";
2893 delphine 131 
		$colonnes = $this->bdd->recupererTous($requete_colonnes);
132 
		foreach ($colonnes as $colonne) {
133 
			echo "Suppression des vides dans la colonne ".$colonne['column_name']." ...";
2895 delphine 134 
			$dsl = array( 'transmission', 'altitude');
2894 delphine 135 
			if (isset($dsl[$colonne['column_name']])) {
3259 delphine 136 
				$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET ".$colonne['column_name']." = NULL WHERE ".$colonne['column_name']."= ''";
2894 delphine 137 
			} else {
3259 delphine 138 
				$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET ".$colonne['column_name']." = NULL WHERE ".$colonne['column_name']."= '' OR ".$colonne['column_name']." IN ('INSEE-C:', '0000-00-00 00:00:00', '0.00000')";
2894 delphine 139 
			}
2893 delphine 140 
			$this->bdd->requeter($requete);
141 
			echo "effectuée \n";
142 
		}
143 
	}
144 
 
145 
	private function unifierCertitude() {
146 
		echo "Uniformisation du champ certitude/identification";
3259 delphine 147 
		$certitude = array("A déterminer" => "à déterminer",
148 
		    "À déterminer, voir photo" => "à déterminer",
149 
		    "aDeterminer" => "à déterminer",
150 
		    "déterminer" => "à déterminer",
151 
		    "Inconnue" => "à déterminer",
152 
		    "Ceraine" => "certain",
153 
		    "certain" => "certain",
154 
		    "Certainaaua" => "certain",
155 
		    "Certaine" => "certain",
156 
		    "Certaine K- rhizines blanche" => "certain",
157 
		    "Certaine ( mais voir notes)" => "certain",
158 
		    "Certaine (à 99%)" => "certain",
159 
		    "Certaine Anett" => "certain",
160 
		    "Certaine Anette" => "certain",
161 
		    "Certaine Valériane officinale" => "certain",
162 
		    "Certaine, Faite et confirmée par JM BERAUD" => "certain",
163 
		    "Certaine, par Jean Lebail" => "certain",
164 
		    "Certaine, subsp. minus" => "certain",
165 
		    "Certainea" => "certain",
166 
		    "Certaineanno" => "certain",
167 
		    "Certainearia n" => "certain",
168 
		    "Certainee" => "certain",
169 
		    "Certainej" => "certain",
170 
		    "Certainel" => "certain",
171 
		    "CertaineNom de travai" => "certain",
172 
		    "CertaineNom de travail" => "certain",
173 
		    "Certainesites" => "certain",
174 
		    "Certainesous-bois de feuillus en versant sud à sud-ouest" => "certain",
175 
		    "Certaineu" => "certain",
176 
		    "sure" => "certain",
177 
		    "validée sur forum Naturalistes de l'ouest" => "certain",
178 
		    "à confirmer" => "douteux",
179 
		    "à approfondir" => "douteux",
180 
		    "à cofirmer" => "douteux",
181 
		    "À confiermer" => "douteux",
182 
		    "A confirlmer" => "douteux",
183 
		    "A confirmer" => "douteux",
184 
		    "à confirmer vs. pumilum" => "douteux",
185 
		    "à conirmer" => "douteux",
186 
		    "à vérifier" => "douteux",
187 
		    "douteuse" => "douteux",
188 
		    "Douteuse (canadensis ?)" => "douteux",
189 
		    "Douteuse ?" => "douteux",
190 
		    "Douteuse à confirmer" => "douteux",
191 
		    "Douteuse peut-être cordata" => "douteux",
192 
		    "Douteuse, fleurs rouges" => "douteux",
193 
		    "douteux" => "douteux",
194 
		    "espèce bisannuelle mais non bien déterminée" => "douteux",
195 
		    "Incertaine" => "douteux",
196 
		    "Pavot douteux" => "douteux",
197 
		    "Potentille ansérine, supposé" => "douteux",
198 
		    "presque certaine" => "douteux",
199 
		    "Quasi Certaine" => "douteux",
200 
		    "ssp déterminer" => "douteux",
201 
		    "subsp à vérifier" => "douteux",
202 
		    "subsp. microphyllum ?" => "douteux",
203 
		    "très douteuse" => "douteux",
204 
		    "Très probable" => "douteux");
2893 delphine 205 
		foreach ($certitude as $valeur=>$saisie) {
3259 delphine 206 
			$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET commentaire = concat(commentaire, ' ', certitude), certitude = '".$saisie."' WHERE certitude ='".$valeur."'";
2893 delphine 207 
			$this->bdd->requeter($requete);
208 
			echo "effectuée \n";
209 
		}
3259 delphine 210 
		$requete_verif = "SELECT certitude FROM tb_nettoye_cel.cel_obs WHERE certitude NOT IN ('douteux', 'certain', 'aDeterminer', '', NULL)";
2893 delphine 211 
		$verif = $this->bdd->recupererTous($requete_verif);
212 
		if ($verif != array()) print_r($verif);
213 
	}
214 
 
3259 delphine 215 
	private function supprimerCertitudeAutre() {
216 
	    echo "suppression des valeurs non compréhensible du champ certitude/identification";
217 
	    $requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs
218 
	        SET commentaire = case isnull(commentaire) when 1 THEN certitude ELSE concat(commentaire, ' ', certitude) END,
219 
	        certitude IS NULL WHERE `certitude` NOT IN ('douteux', 'certain', 'aDeterminer', '') and certitude is not NULL";
220 
	    $this->bdd->requeter($requete);
221 
	        echo "effectuée \n";
222 
	    $requete_verif = "SELECT certitude FROM tb_nettoye_cel.cel_obs WHERE certitude NOT IN ('douteux', 'certain', 'aDeterminer', '', NULL)";
223 
	    $verif = $this->bdd->recupererTous($requete_verif);
224 
	    if ($verif != array()) print_r($verif);
225 
	}
226 
 
227 
	private function unifierUtilisateur() {
228 
	     echo "suppression des images anonymes";
229 
	    $requete_anonyme = "DELETE FROM tb_nettoye_cel.`cel_images` WHERE (ce_utilisateur IS NULL OR LENGTH(ce_utilisateur) > 6
230 
	        OR ce_utilisateur = 0) and `courriel_utilisateur` is null";
231 
	    $this->bdd->requeter($requete_anonyme);
232 
	    echo "suppression des tags images anonymes";
233 
	    $requete_anonyme = "DELETE FROM tb_nettoye_cel.`cel_arbre_mots_cles_images` WHERE id_utilisateur in (select ce_utilisateur FROM tb_nettoye_cel.`cel_obs` WHERE (ce_utilisateur IS NULL OR LENGTH(ce_utilisateur) > 6
234 
	        OR ce_utilisateur = 0) and `courriel_utilisateur` is null)";
235 
	    $this->bdd->requeter($requete_anonyme);
236 
	    echo "suppression des tags obs anonymes";
237 
	    $requete_anonyme = "DELETE FROM tb_nettoye_cel.`cel_arbre_mots_cles_obs` WHERE id_utilisateur in (select ce_utilisateur FROM tb_nettoye_cel.`cel_obs` WHERE (ce_utilisateur IS NULL OR LENGTH(ce_utilisateur) > 6
238 
	        OR ce_utilisateur = 0) and `courriel_utilisateur` is null)";
239 
	    $this->bdd->requeter($requete_anonyme);
240 
	    echo "suppression des obs anonymes";
241 
	    $requete_anonyme = "DELETE FROM tb_nettoye_cel.`cel_obs` WHERE (ce_utilisateur IS NULL OR LENGTH(ce_utilisateur) > 6
242 
	        OR ce_utilisateur = 0) and `courriel_utilisateur` is null";
243 
	    $this->bdd->requeter($requete_anonyme);
244 
 
245 
	    echo "modification des observations ayant une adresse mail en identifiant";
246 
	    $requete_annu_mail = "UPDATE tb_nettoye_cel.`cel_obs` join tela_prod_v4.`annuaire_tela` ON `U_MAIL` = ce_utilisateur SET `ce_utilisateur` = `U_ID`, `prenom_utilisateur` = `U_NAME`, `nom_utilisateur` = `U_SURNAME` ,
247 
	        `courriel_utilisateur` =  `U_MAIL`  WHERE ce_utilisateur like '%@%'";
248 
	    $utilisateur_mail = $this->bdd->recupererTous($requete_annu_mail);
249 
 
250 
	    echo "modification des observations ayant une adresse mail mais pas d'identifiant";
251 
	    $requete_annu_mail = "UPDATE tb_nettoye_cel.`cel_obs` join tela_prod_v4.`annuaire_tela` ON `U_MAIL` = courriel_utilisateur SET `ce_utilisateur` = `U_ID`, `prenom_utilisateur` = `U_NAME`, `nom_utilisateur` = `U_SURNAME` ,
252 
	        `courriel_utilisateur` =  `U_MAIL`  WHERE (ce_utilisateur IS NULL OR LENGTH(ce_utilisateur) > 6
253 
	        OR ce_utilisateur = 0) and courriel_utilisateur like '%@%'";
254 
	    $utilisateur_mail = $this->bdd->recupererTous($requete_annu_mail);
255 
 
256 
	    echo "modification des observations ayant un identifiant";
257 
	    $requete_annu_mail = "UPDATE tb_nettoye_cel.`cel_obs` join tela_prod_v4.`annuaire_tela` ON U_ID = ce_utilisateur SET `prenom_utilisateur` = `U_NAME`, `nom_utilisateur` = `U_SURNAME` ,
258 
	        `courriel_utilisateur` =  `U_MAIL` WHERE (ce_utilisateur IS NOT NULL OR LENGTH(ce_utilisateur) > 6) and courriel_utilisateur not like '%@%'";
259 
	    $utilisateur_mail = $this->bdd->recupererTous($requete_annu_mail);
260 
 
261 
	    $requete_verif = "SELECT `ce_utilisateur`, `prenom_utilisateur`, `nom_utilisateur`, `courriel_utilisateur`  FROM tb_nettoye_cel.cel_obs
262 
	            WHERE ce_utilisateur IS NOT NULL OR LENGTH(ce_utilisateur) > 6";
263 
	    $verif = $this->bdd->recupererTous($requete_verif);
264 
	    if ($verif != array()) print_r($verif);
265 
	}
266 
 
2893 delphine 267 
	private function unifierNomReferentiel() {
268 
		echo "Uniformisation du nom de référentiel";
269 
		$referentiels = array("BDTFX", "BDTRE", "BDTXA", "APD", "LBF", "ISFAN");
270 
		foreach ($referentiels as $referentiel) {
3259 delphine 271 
			$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET nom_referentiel = '".$referentiel."' WHERE nom_referentiel like '".$referentiel."%'";
2893 delphine 272 
			$this->bdd->requeter($requete);
3259 delphine 273 
			$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET nom_referentiel = NULL WHERE nom_sel_nn = '' or nom_sel_nn = '0'";
2894 delphine 274 
			$this->bdd->requeter($requete);
3259 delphine 275 
			$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET nom_referentiel = 'APD' WHERE nom_referentiel like 'bdtao%'";
2895 delphine 276 
			$this->bdd->requeter($requete);
3259 delphine 277 
			$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET nom_referentiel = 'BDTFX' WHERE nom_referentiel like 'bdnff%'";
2895 delphine 278 
			$this->bdd->requeter($requete);
2893 delphine 279 
			echo "effectuée \n";
280 
		}
3259 delphine 281 
		$requete_verif = "SELECT nom_referentiel FROM tb_nettoye_cel.cel_obs WHERE nom_referentiel NOT IN ('".implode("', '", $referentiels)."', 'autre')";
2893 delphine 282 
		$verif = $this->bdd->recupererTous($requete_verif);
283 
		if ($verif != array()) print_r($verif);
284 
	}
285 
 
3259 delphine 286 
	private function supprimerInfosLiesObsInexistante() {
287 
	    echo "Supprimer infos liés à obs inexistante";
288 
	    $requete = "DELETE FROM tb_nettoye_cel.`cel_obs_etendues` WHERE `id_observation` not in (select `id_observation` from tb_nettoye_cel.cel_obs);";
289 
	    $this->bdd->requeter($requete);
290 
	    $requete = "DELETE FROM tb_nettoye_cel.`cel_mots_cles_obs_liaison` WHERE `id_element_lie` not in (select `id_observation` from tb_nettoye_cel.cel_obs);";
291 
	    $this->bdd->requeter($requete);
292 
	    $requete = "DELETE FROM tb_nettoye_cel.`cel_mots_cles_images_liaison` WHERE `id_element_lie` not in (select `id_observation` from tb_nettoye_cel.cel_obs);";
293 
	    $this->bdd->requeter($requete);
294 
	    echo "effectuée \n";
295 
	}
296 
 
2893 delphine 297 
	private function verifierGeodatum() {
298 
		echo "Uniformisation du geodatum";
3259 delphine 299 
		$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET geodatum = 'wgs84' WHERE (latitude IS NOT NULL or latitude != '0.00000') AND geodatum = ''";
2893 delphine 300 
		$this->bdd->requeter($requete);
3259 delphine 301 
		$requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET geodatum = NULL WHERE (latitude IS NULL or latitude == '0.00000')";
2895 delphine 302 
		$this->bdd->requeter($requete);
2893 delphine 303 
		echo "effectuée \n";
304 
	}
3259 delphine 305 
 
306 
	private function verifierCodeInsee() {
307 
	    echo "Vérification du code insee";
308 
	    $requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET locality_consistency = '0' WHERE
309 
	        ((ce_zone_geo != 'INSEE-C:' and ce_zone_geo like 'INSEE-C:%') and code_insee_calcule != '') and
310 
	        replace(`ce_zone_geo`, 'INSEE-C:', '') != `code_insee_calcule`";
311 
	    $this->bdd->requeter($requete);
312 
	    $requete = "UPDATE tb_nettoye_cel.cel_obs SET locality_consistency = '1' WHERE
313 
	        ((ce_zone_geo != 'INSEE-C:' and ce_zone_geo like 'INSEE-C:%') and code_insee_calcule != '') and
314 
	        replace(`ce_zone_geo`, 'INSEE-C:', '') = `code_insee_calcule`";$this->bdd->requeter($requete);
315 
	    echo "effectuée \n";
316 
	}
317 
 
318 
	private function analyserMotsCles(){
319 
 
320 
	}
2893 delphine 321 
}