| 1425 |
aurelien |
1 |
<?php
|
|
|
2 |
/**
|
|
|
3 |
* PHP Version 5
|
|
|
4 |
*
|
|
|
5 |
* @category PHP
|
|
|
6 |
* @package jrest
|
|
|
7 |
* @author David Delon <david@tela-botania.org>
|
|
|
8 |
* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
|
|
|
9 |
* @copyright 2010 Tela-Botanica
|
|
|
10 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
|
|
|
11 |
* @version SVN: <svn_id>
|
|
|
12 |
* @link /doc/jrest/
|
|
|
13 |
*/
|
|
|
14 |
|
|
|
15 |
/**
|
|
|
16 |
*
|
|
|
17 |
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
|
|
|
18 |
* ne soit dépendant de la version d'eflore
|
|
|
19 |
*/
|
|
|
20 |
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
|
|
|
21 |
|
| 1427 |
aurelien |
22 |
private $url_service_nom = null;
|
|
|
23 |
private $url_service_taxon = null;
|
|
|
24 |
private $url_service_chorologie = null;
|
|
|
25 |
|
| 1487 |
aurelien |
26 |
private $masque_recherche = null;
|
| 1527 |
aurelien |
27 |
private $code_referentiel = 'bdtfx';
|
|
|
28 |
|
|
|
29 |
public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
|
|
|
30 |
parent::__construct($config);
|
|
|
31 |
$this->code_referentiel = $code_referentiel;
|
|
|
32 |
$this->formaterUrlsServices($config);
|
|
|
33 |
}
|
| 1487 |
aurelien |
34 |
|
| 1527 |
aurelien |
35 |
private function formaterUrlsServices($config) {
|
|
|
36 |
$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
|
|
|
37 |
$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
|
| 1427 |
aurelien |
38 |
$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
|
| 1425 |
aurelien |
39 |
}
|
|
|
40 |
|
|
|
41 |
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
|
|
|
42 |
|
|
|
43 |
$liste_genre_espece = array();
|
| 1487 |
aurelien |
44 |
$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
|
|
|
45 |
$masque = urlencode($this->masque_recherche);
|
| 1427 |
aurelien |
46 |
$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
| 1425 |
aurelien |
47 |
if($requete != '') {
|
|
|
48 |
$requete = json_decode($requete);
|
|
|
49 |
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
|
|
|
50 |
foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
|
| 1427 |
aurelien |
51 |
$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
|
| 1425 |
aurelien |
52 |
$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
|
|
|
53 |
}
|
|
|
54 |
}
|
| 1427 |
aurelien |
55 |
usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
|
| 1425 |
aurelien |
56 |
}
|
|
|
57 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
58 |
}
|
|
|
59 |
|
| 1427 |
aurelien |
60 |
function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
|
|
|
61 |
if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
|
|
|
62 |
return -1;
|
|
|
63 |
} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
|
|
|
64 |
return 1;
|
|
|
65 |
} else {
|
| 1487 |
aurelien |
66 |
return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
|
| 1427 |
aurelien |
67 |
}
|
| 1425 |
aurelien |
68 |
}
|
|
|
69 |
|
|
|
70 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
|
|
|
71 |
|
|
|
72 |
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
|
|
|
73 |
$retour_infos_complementaires = array();
|
|
|
74 |
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'] != '') {
|
|
|
75 |
$retour_infos_complementaires=array(($this->supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
|
|
|
76 |
}
|
|
|
77 |
|
|
|
78 |
return $retour_infos_complementaires;
|
|
|
79 |
}
|
|
|
80 |
|
|
|
81 |
public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
|
| 1487 |
aurelien |
82 |
$nom_saisi = trim($nom_saisi);
|
| 1486 |
aurelien |
83 |
// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
|
|
|
84 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, true);
|
|
|
85 |
if(empty($liste_genre_espece)) {
|
|
|
86 |
// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
|
|
|
87 |
$nom_saisi_sans_auteur = $this->supprimerAuteur($nom_saisi);
|
|
|
88 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, true);
|
|
|
89 |
if(empty($liste_genre_espece)) {
|
|
|
90 |
// Dernière tentative : essai de recherche étendue
|
|
|
91 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, false);
|
|
|
92 |
}
|
|
|
93 |
}
|
|
|
94 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
95 |
}
|
|
|
96 |
|
|
|
97 |
private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $stricte = true) {
|
|
|
98 |
$url_recherche = $this->getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte);
|
|
|
99 |
$resultat = @file_get_contents($url_recherche);
|
|
|
100 |
$liste_genre_espece = array();
|
|
|
101 |
if($resultat != '') {
|
|
|
102 |
$liste_genre_espece = $this->parserResultatRechercheTaxon($resultat);
|
|
|
103 |
}
|
|
|
104 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
105 |
}
|
|
|
106 |
|
|
|
107 |
private function getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte = true) {
|
|
|
108 |
$type_recherche = $stricte ? 'stricte' : 'etendue';
|
|
|
109 |
return $url_recherche_etendue = $this->url_service_nom.'?masque='.urlencode($nom_saisi).'&recherche='.$type_recherche.'&ns.format=txt&retour.champs=nom_sci,auteur,nom_retenu.id&navigation.limite=1';
|
|
|
110 |
}
|
|
|
111 |
|
|
|
112 |
private function supprimerAuteur($nom_saisi) {
|
|
|
113 |
// Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
|
|
|
114 |
// mais ça marche dans la plupart des cas
|
|
|
115 |
// à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur
|
|
|
116 |
// TODO: gérer les hybrides
|
| 1425 |
aurelien |
117 |
$nameparser = new NameParser();
|
| 1486 |
aurelien |
118 |
if($this->estUnHybride($nom_saisi) || $this->estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
|
|
|
119 |
$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
|
|
|
120 |
$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
|
|
|
121 |
$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
|
|
|
122 |
} else {
|
|
|
123 |
$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
|
|
|
124 |
$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
|
|
|
125 |
}
|
|
|
126 |
|
|
|
127 |
$nom_saisi_sans_auteur = trim($nom_saisi_sans_auteur);
|
|
|
128 |
return $nom_saisi_sans_auteur;
|
|
|
129 |
}
|
|
|
130 |
|
|
|
131 |
private function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
|
|
|
132 |
return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
|
|
|
133 |
}
|
|
|
134 |
|
|
|
135 |
private function estUnHybride($nom_saisi) {
|
|
|
136 |
return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
|
|
|
137 |
}
|
|
|
138 |
|
|
|
139 |
private function parserResultatRechercheTaxon($resultat) {
|
| 1425 |
aurelien |
140 |
$liste_genre_espece = array();
|
| 1486 |
aurelien |
141 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
|
|
142 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat)) {
|
|
|
143 |
foreach ($resultat->resultat as $id => $res) {
|
|
|
144 |
$nom_complet = $res->{'nom_sci'}.' '.$res->auteur;
|
|
|
145 |
$liste_genre_espece[] = array($id,$nom_complet);
|
| 1425 |
aurelien |
146 |
}
|
| 1486 |
aurelien |
147 |
}
|
| 1425 |
aurelien |
148 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
149 |
}
|
|
|
150 |
|
|
|
151 |
public function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
152 |
$infos_formatees = array();
|
|
|
153 |
$infos = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom);
|
|
|
154 |
if(is_object($infos)) {
|
|
|
155 |
$infos_formatees = $this->formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos);
|
|
|
156 |
}
|
|
|
157 |
return $infos_formatees;
|
|
|
158 |
}
|
|
|
159 |
|
|
|
160 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
|
| 1541 |
aurelien |
161 |
$infos = array();
|
| 1432 |
aurelien |
162 |
$url = $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille';
|
| 1425 |
aurelien |
163 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
164 |
if($resultat != '') {
|
|
|
165 |
$infos = json_decode($resultat);
|
|
|
166 |
}
|
|
|
167 |
return $infos;
|
|
|
168 |
}
|
|
|
169 |
|
|
|
170 |
private function formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos) {
|
|
|
171 |
$infos = (array)$infos;
|
|
|
172 |
return $infos_formatees = array(
|
|
|
173 |
'Nom_Retenu' => $this->supprimerBiblio($infos['nom_retenu_complet']),
|
|
|
174 |
'Num_Nom_Retenu' => $infos['nom_retenu.id'],
|
|
|
175 |
'Num_Taxon' => $infos['num_taxonomique'],
|
|
|
176 |
'Famille' => $infos['famille']
|
|
|
177 |
);
|
| 1541 |
aurelien |
178 |
return $infos_formatees;
|
| 1425 |
aurelien |
179 |
}
|
|
|
180 |
|
|
|
181 |
private function supprimerBiblio($nom) {
|
|
|
182 |
return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
|
|
|
183 |
}
|
|
|
184 |
|
|
|
185 |
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
186 |
$nt = null;
|
| 1427 |
aurelien |
187 |
$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
|
| 1425 |
aurelien |
188 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
189 |
if($resultat != '') {
|
|
|
190 |
$infos = json_decode($resultat);
|
|
|
191 |
$nt = $infos->num_taxonomique;
|
|
|
192 |
}
|
|
|
193 |
|
|
|
194 |
return $nt;
|
|
|
195 |
}
|
|
|
196 |
|
|
|
197 |
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
|
|
|
198 |
$presence_taxon = false;
|
| 1427 |
aurelien |
199 |
$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
|
| 1425 |
aurelien |
200 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
201 |
if($resultat != '') {
|
|
|
202 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
|
|
203 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
|
|
204 |
$presence_taxon = true;
|
|
|
205 |
}
|
|
|
206 |
}
|
|
|
207 |
return $presence_taxon;
|
|
|
208 |
}
|
|
|
209 |
|
|
|
210 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {
|
|
|
211 |
|
| 1426 |
aurelien |
212 |
$infos = array();
|
|
|
213 |
//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
|
| 1427 |
aurelien |
214 |
$url = $this->url_service_taxon."/nt:".$numTax;
|
| 1426 |
aurelien |
215 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
216 |
if($resultat != '') {
|
|
|
217 |
$infos = json_decode($resultat);
|
|
|
218 |
}
|
|
|
219 |
|
|
|
220 |
return $infos;
|
| 1425 |
aurelien |
221 |
}
|
|
|
222 |
|
|
|
223 |
function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
|
|
|
224 |
// texte libre, nom scientifique,
|
|
|
225 |
// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)
|
|
|
226 |
// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
|
| 1746 |
raphael |
227 |
|
| 1425 |
aurelien |
228 |
$retour = array();
|
| 1527 |
aurelien |
229 |
//TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels
|
| 1772 |
raphael |
230 |
preg_match('/BDNFFnn(\d+)/',$identifiant_espece, $elements);
|
| 1425 |
aurelien |
231 |
if (isset($elements[1])) {
|
|
|
232 |
// Numero nomenclatural
|
|
|
233 |
$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);
|
| 1426 |
aurelien |
234 |
$retour = array("nom_sel" => $infos_taxon['Nom_Retenu'], "en_id_nom" => $elements[1]);
|
| 1425 |
aurelien |
235 |
} else {
|
|
|
236 |
// Numero taxonomique ou nom scientifique
|
| 1772 |
raphael |
237 |
preg_match('/BDNFFnt(\d+)/', $identifiant_espece, $elements);
|
| 1425 |
aurelien |
238 |
if (isset($elements[1])) {
|
|
|
239 |
// Numero taxonomique
|
| 1426 |
aurelien |
240 |
$infos_taxon = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
|
|
|
241 |
if(isset($infos_taxon['nom_retenu.libelle']) && isset($infos_taxon['id'])) {
|
|
|
242 |
$nom = $infos_taxon['nom_retenu.libelle'];
|
|
|
243 |
$nom .= (isset($infos_taxon['auteur'])) ? ' '.$infos_taxon['auteur'] : '';
|
|
|
244 |
$retour = array("nom_sel" => $nom,
|
|
|
245 |
"en_id_nom" => $infos_taxon['id']);
|
|
|
246 |
}
|
| 1425 |
aurelien |
247 |
} else {
|
|
|
248 |
// Nom scientifique
|
| 1426 |
aurelien |
249 |
$id_nom = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
|
| 1425 |
aurelien |
250 |
// Recherche du nom associe
|
|
|
251 |
$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);
|
| 1432 |
aurelien |
252 |
if(is_array($id_nom) && count($id_nom) > 0 && isset($id_nom[0][0]) && isset($id_nom[0][1])) {
|
| 1426 |
aurelien |
253 |
$nn = $id_nom[0][0];
|
| 1432 |
aurelien |
254 |
$retour = array("nom_sel" => $id_nom[0][1], "en_id_nom" => $id_nom[0][0]);
|
| 1425 |
aurelien |
255 |
}
|
|
|
256 |
}
|
|
|
257 |
}
|
|
|
258 |
|
|
|
259 |
return $retour;
|
|
|
260 |
}
|
| 1591 |
aurelien |
261 |
|
|
|
262 |
private function getUrlRechercheSynonymes($num_nom) {
|
|
|
263 |
return $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min';
|
|
|
264 |
}
|
|
|
265 |
|
|
|
266 |
public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
267 |
$retour = array();
|
|
|
268 |
$resultat = @file_get_contents($this->getUrlRechercheSynonymes($num_nom));
|
|
|
269 |
if($resultat != '') {
|
|
|
270 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
|
|
271 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
|
|
272 |
$retour = $resultat->resultat;
|
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