1425 |
aurelien |
1 |
<?php
|
|
|
2 |
/**
|
|
|
3 |
* PHP Version 5
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4 |
*
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5 |
* @category PHP
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6 |
* @package jrest
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|
7 |
* @author David Delon <david@tela-botania.org>
|
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|
8 |
* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
|
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|
9 |
* @copyright 2010 Tela-Botanica
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|
|
10 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
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11 |
* @version SVN: <svn_id>
|
|
|
12 |
* @link /doc/jrest/
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13 |
*/
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|
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14 |
|
|
|
15 |
/**
|
|
|
16 |
*
|
|
|
17 |
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
|
|
|
18 |
* ne soit dépendant de la version d'eflore
|
|
|
19 |
*/
|
|
|
20 |
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
|
|
|
21 |
|
1427 |
aurelien |
22 |
private $url_service_nom = null;
|
|
|
23 |
private $url_service_taxon = null;
|
|
|
24 |
private $url_service_chorologie = null;
|
|
|
25 |
|
1487 |
aurelien |
26 |
private $masque_recherche = null;
|
1527 |
aurelien |
27 |
private $code_referentiel = 'bdtfx';
|
|
|
28 |
|
|
|
29 |
public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
|
|
|
30 |
parent::__construct($config);
|
|
|
31 |
$this->code_referentiel = $code_referentiel;
|
|
|
32 |
$this->formaterUrlsServices($config);
|
|
|
33 |
}
|
1487 |
aurelien |
34 |
|
1527 |
aurelien |
35 |
private function formaterUrlsServices($config) {
|
|
|
36 |
$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
|
|
|
37 |
$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
|
1427 |
aurelien |
38 |
$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
|
1425 |
aurelien |
39 |
}
|
|
|
40 |
|
|
|
41 |
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
|
|
|
42 |
|
|
|
43 |
$liste_genre_espece = array();
|
1487 |
aurelien |
44 |
$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
|
|
|
45 |
$masque = urlencode($this->masque_recherche);
|
1427 |
aurelien |
46 |
$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
1425 |
aurelien |
47 |
if($requete != '') {
|
|
|
48 |
$requete = json_decode($requete);
|
|
|
49 |
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
|
|
|
50 |
foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
|
1427 |
aurelien |
51 |
$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
|
1425 |
aurelien |
52 |
$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
|
|
|
53 |
}
|
|
|
54 |
}
|
1427 |
aurelien |
55 |
usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
|
1425 |
aurelien |
56 |
}
|
|
|
57 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
58 |
}
|
|
|
59 |
|
1427 |
aurelien |
60 |
function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
|
|
|
61 |
if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
|
|
|
62 |
return -1;
|
|
|
63 |
} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
|
|
|
64 |
return 1;
|
|
|
65 |
} else {
|
1487 |
aurelien |
66 |
return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
|
1427 |
aurelien |
67 |
}
|
1425 |
aurelien |
68 |
}
|
|
|
69 |
|
|
|
70 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
|
|
|
71 |
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
|
|
|
72 |
$retour_infos_complementaires = array();
|
1780 |
raphael |
73 |
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
|
|
|
74 |
$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
|
1425 |
aurelien |
75 |
}
|
|
|
76 |
|
|
|
77 |
return $retour_infos_complementaires;
|
|
|
78 |
}
|
|
|
79 |
|
|
|
80 |
public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
|
1487 |
aurelien |
81 |
$nom_saisi = trim($nom_saisi);
|
1486 |
aurelien |
82 |
// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
|
|
|
83 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, true);
|
|
|
84 |
if(empty($liste_genre_espece)) {
|
|
|
85 |
// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
|
|
|
86 |
$nom_saisi_sans_auteur = $this->supprimerAuteur($nom_saisi);
|
|
|
87 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, true);
|
|
|
88 |
if(empty($liste_genre_espece)) {
|
|
|
89 |
// Dernière tentative : essai de recherche étendue
|
|
|
90 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, false);
|
|
|
91 |
}
|
|
|
92 |
}
|
|
|
93 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
94 |
}
|
|
|
95 |
|
|
|
96 |
private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $stricte = true) {
|
|
|
97 |
$url_recherche = $this->getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte);
|
1780 |
raphael |
98 |
$res = @json_decode(file_get_contents($url_recherche));
|
|
|
99 |
if(!$res) return NULL;
|
|
|
100 |
$resultat = (array)$res->resultat;
|
|
|
101 |
return array_pop($resultat);
|
1486 |
aurelien |
102 |
}
|
|
|
103 |
|
|
|
104 |
private function getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte = true) {
|
|
|
105 |
$type_recherche = $stricte ? 'stricte' : 'etendue';
|
|
|
106 |
return $url_recherche_etendue = $this->url_service_nom.'?masque='.urlencode($nom_saisi).'&recherche='.$type_recherche.'&ns.format=txt&retour.champs=nom_sci,auteur,nom_retenu.id&navigation.limite=1';
|
|
|
107 |
}
|
|
|
108 |
|
|
|
109 |
private function supprimerAuteur($nom_saisi) {
|
|
|
110 |
// Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
|
|
|
111 |
// mais ça marche dans la plupart des cas
|
|
|
112 |
// à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur
|
|
|
113 |
// TODO: gérer les hybrides
|
1425 |
aurelien |
114 |
$nameparser = new NameParser();
|
1486 |
aurelien |
115 |
if($this->estUnHybride($nom_saisi) || $this->estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
|
|
|
116 |
$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
|
|
|
117 |
$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
|
|
|
118 |
$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
|
|
|
119 |
} else {
|
|
|
120 |
$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
|
|
|
121 |
$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
|
|
|
122 |
}
|
|
|
123 |
|
|
|
124 |
$nom_saisi_sans_auteur = trim($nom_saisi_sans_auteur);
|
|
|
125 |
return $nom_saisi_sans_auteur;
|
|
|
126 |
}
|
|
|
127 |
|
|
|
128 |
private function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
|
|
|
129 |
return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
|
|
|
130 |
}
|
|
|
131 |
|
|
|
132 |
private function estUnHybride($nom_saisi) {
|
|
|
133 |
return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
|
|
|
134 |
}
|
|
|
135 |
|
1425 |
aurelien |
136 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
|
1780 |
raphael |
137 |
return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
|
1425 |
aurelien |
138 |
}
|
1780 |
raphael |
139 |
|
|
|
140 |
static function supprimerBiblio($nom) {
|
1425 |
aurelien |
141 |
return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
|
|
|
142 |
}
|
|
|
143 |
|
|
|
144 |
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
145 |
$nt = null;
|
1427 |
aurelien |
146 |
$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
|
1425 |
aurelien |
147 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
148 |
if($resultat != '') {
|
|
|
149 |
$infos = json_decode($resultat);
|
|
|
150 |
$nt = $infos->num_taxonomique;
|
|
|
151 |
}
|
|
|
152 |
|
|
|
153 |
return $nt;
|
|
|
154 |
}
|
|
|
155 |
|
|
|
156 |
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
|
|
|
157 |
$presence_taxon = false;
|
1427 |
aurelien |
158 |
$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
|
1425 |
aurelien |
159 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
160 |
if($resultat != '') {
|
|
|
161 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
|
|
162 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
|
|
163 |
$presence_taxon = true;
|
|
|
164 |
}
|
|
|
165 |
}
|
|
|
166 |
return $presence_taxon;
|
|
|
167 |
}
|
|
|
168 |
|
|
|
169 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {
|
1426 |
aurelien |
170 |
//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
|
1780 |
raphael |
171 |
return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$numTax));
|
|
|
172 |
}
|
1426 |
aurelien |
173 |
|
1780 |
raphael |
174 |
/* texte libre, nom scientifique,
|
|
|
175 |
ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)
|
|
|
176 |
ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
|
|
|
177 |
TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
|
1425 |
aurelien |
178 |
function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
|
1780 |
raphael |
179 |
preg_match('/BDNFFnn(\d+)/',$identifiant_espece, $elements);
|
|
|
180 |
// Numero nomenclatural
|
|
|
181 |
if (isset($elements[1]))
|
|
|
182 |
return $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($elements[1]);
|
1746 |
raphael |
183 |
|
1780 |
raphael |
184 |
// Numero taxonomique ou nom scientifique
|
|
|
185 |
preg_match('/BDNFFnt(\d+)/', $identifiant_espece, $elements);
|
|
|
186 |
// Numero taxonomique
|
|
|
187 |
if (isset($elements[1]))
|
|
|
188 |
return $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
|
|
|
189 |
|
|
|
190 |
// Nom scientifique
|
|
|
191 |
return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
|
1425 |
aurelien |
192 |
}
|
1591 |
aurelien |
193 |
|
|
|
194 |
public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
195 |
$retour = array();
|
1780 |
raphael |
196 |
$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
|
1591 |
aurelien |
197 |
if($resultat != '') {
|
|
|
198 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
|
|
199 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
|
|
200 |
$retour = $resultat->resultat;
|
|
|
201 |
}
|
|
|
202 |
}
|
|
|
203 |
return $retour;
|
|
|
204 |
}
|
1425 |
aurelien |
205 |
}
|
|
|
206 |
?>
|