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1425 aurelien 1
<?php
2
/**
3
* PHP Version 5
4
*
5
* @category  PHP
6
* @package   jrest
7
* @author    David Delon <david@tela-botania.org>
8
* @author    Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
9
* @copyright 2010 Tela-Botanica
10
* @license   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
11
* @version   SVN: <svn_id>
12
* @link      /doc/jrest/
13
*/
14
 
15
/**
16
 *
17
 * La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
18
 * ne soit dépendant de la version d'eflore
19
 */
20
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
21
 
22
	public function RechercheInfosTaxonBeta($config) {
23
		parent::__construct($config);
24
	}
25
 
26
	public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
27
 
28
		$liste_genre_espece = array();
29
		$masque = urlencode(trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *')));
30
		$requete = @file_get_contents('http://localhost/service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
31
 
32
		if($requete != '') {
33
			$requete = json_decode($requete);
34
			if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
35
				foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
36
					$retenu = $res->retenu == true ? '3' : '';
37
					$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
38
				}
39
			}
40
			usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParNom'));
41
		}
42
		return $liste_genre_espece;
43
	}
44
 
45
	function comparerParNom($a, $b) {
46
		return strnatcmp($a[0], $b[0]);
47
	}
48
 
49
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
50
 
51
		$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
52
		$retour_infos_complementaires = array();
53
		if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'] != '') {
54
           	$retour_infos_complementaires=array(($this->supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
55
	    }
56
 
57
		return $retour_infos_complementaires;
58
	}
59
 
60
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
61
 
62
		$nameparser = new NameParser();
63
		$nom_decoupe = $nameparser->parse($nom_saisi);
64
 
65
		$masque = ((isset($nom_decoupe['genus']) && $nom_decoupe['genus']!= '') &&
66
				  (isset($nom_decoupe['species']) && $nom_decoupe['species']!= ''))
67
				  ? $nom_decoupe['genus'].' '.$nom_decoupe['species'] : $nom_saisi;
68
 
69
		$liste_genre_espece = array();
1426 aurelien 70
		$url = 'http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque='.urlencode($nom_decoupe['genus'].' '.$nom_decoupe['species']).'&recherche=etendue&ns.format=txt&retour.champs=nom_retenu,nom_retenu.*,num_taxonomique,auteur&navigation.limite=1';
71
 
1425 aurelien 72
		$resultat = @file_get_contents($url);
73
		if($resultat != '') {
74
			$resultat = json_decode($resultat);
75
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat)) {
76
				foreach ($resultat->resultat as $id => $res) {
77
					$nom_complet = $res->{'nom_sci'}.' '.$res->auteur;
78
					$liste_genre_espece[] = array($res->{'nom_retenu.id'},$nom_complet);
79
				}
80
			}
81
		}
82
		return $liste_genre_espece;
83
	}
84
 
85
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($num_nom) {
86
		$infos_formatees = array();
87
		$infos = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom);
88
		if(is_object($infos)) {
89
			$infos_formatees = $this->formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos);
90
		}
91
		return $infos_formatees;
92
	}
93
 
94
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
95
		$infos = array();
96
		//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
97
		$url = "http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms/".$num_nom;
98
		$resultat = @file_get_contents($url);
99
		if($resultat != '') {
100
			$infos = json_decode($resultat);
101
		}
102
		return $infos;
103
	}
104
 
105
	private function formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos) {
106
		$infos = (array)$infos;
107
		return $infos_formatees = array(
108
			'Nom_Retenu' => $this->supprimerBiblio($infos['nom_retenu_complet']),
109
			'Num_Nom_Retenu' => $infos['nom_retenu.id'],
110
			'Num_Taxon' => $infos['num_taxonomique'],
111
			'Famille' => $infos['famille']
112
		);
113
	}
114
 
115
	private function supprimerBiblio($nom) {
116
		return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
117
	}
118
 
119
	public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
120
 
121
		$nt = null;
122
		$url = "http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
123
		$resultat = @file_get_contents($url);
124
		if($resultat != '') {
125
			$infos = json_decode($resultat);
126
			$nt = $infos->num_taxonomique;
127
		}
128
 
129
		return $nt;
130
	}
131
 
132
	public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
133
		$presence_taxon = false;
134
		$url = 'http://localhost/service:eflore:0.1/chorodep/observations/?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
135
		$resultat = @file_get_contents($url);
136
		if($resultat != '') {
137
			$resultat = json_decode($resultat);
138
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
139
				$presence_taxon = true;
140
			}
141
		}
142
		return $presence_taxon;
143
	}
144
 
145
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {
146
 
1426 aurelien 147
		$infos = array();
148
		//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
149
		$url = "http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/taxons/nt:".$numTax;
150
		$resultat = @file_get_contents($url);
151
		if($resultat != '') {
152
			$infos = json_decode($resultat);
153
		}
154
 
155
		return $infos;
1425 aurelien 156
	}
157
 
158
	private function decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece) {
159
		$nameparser=new NameParser();
160
		$nom_latin_decoupe=$nameparser->parse($identifiant_espece);
161
		// requete sous espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
162
		if (isset($nom_latin_decoupe['infra']) && $nom_latin_decoupe['infra']!="") {
163
			$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
164
            	" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
165
            	" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " .
166
                " AND enrg_abreviation_rang = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['infra_type'])." " .
167
                " AND en_epithete_infra_specifique = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['infra'])." " .
168
                " AND esn_id_nom= en_id_nom ".
169
                " AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
170
                " AND en_epithete_espece =  ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
171
                " ORDER BY esn_ce_statut ".
172
                " LIMIT 1";
173
		}
174
		else { // espece  (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
175
			$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
176
				" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
177
				" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " .
178
				" AND enrg_abreviation_rang = 'sp.' " .
179
				" AND esn_id_nom= en_id_nom ".
180
				" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
181
				" AND en_epithete_espece =  ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
182
				" ORDER BY esn_ce_statut ".
183
				" LIMIT 1";
184
 
185
		}
186
 
187
		$resultat = $this->executerRequete($requete);
188
 
189
		$retour = array();
190
		if (is_array($resultat) && count($resultat) > 0) {
191
			$retour = $resultat[0];
192
		}
193
 
194
		return $retour;
195
	}
196
 
197
	function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
198
		// texte libre, nom scientifique,
199
		// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)
200
		// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
201
		$identifiant_espece=trim($identifiant_espece);
202
		$identifiant_espece=utf8_encode($identifiant_espece);
1426 aurelien 203
 
1425 aurelien 204
		$retour = array();
205
 
206
		preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements);
207
		if (isset($elements[1])) {
208
			// Numero nomenclatural
209
			$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);
1426 aurelien 210
			$retour = array("nom_sel" => $infos_taxon['Nom_Retenu'], "en_id_nom" => $elements[1]);
1425 aurelien 211
		} else {
212
			//  Numero taxonomique ou nom scientifique
213
			preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements);
214
			if (isset($elements[1])) {
215
				// Numero taxonomique
1426 aurelien 216
				$infos_taxon = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
217
				if(isset($infos_taxon['nom_retenu.libelle']) && isset($infos_taxon['id'])) {
218
					$nom = $infos_taxon['nom_retenu.libelle'];
219
					$nom .= (isset($infos_taxon['auteur'])) ? ' '.$infos_taxon['auteur'] : '';
220
					$retour = array("nom_sel" => $nom,
221
									"en_id_nom" => $infos_taxon['id']);
222
				}
1425 aurelien 223
			} else {
224
				// Nom scientifique
1426 aurelien 225
				$id_nom = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
1425 aurelien 226
				// Recherche du nom associe
227
				$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);
1426 aurelien 228
				if(is_array($id_nom) && count($id_nom) > 0 && isset($id_nom[0][0])) {
229
					$nn = $id_nom[0][0];
230
					$infos_nom = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($nn);
1425 aurelien 231
					if (is_array($infos_nom) && !empty($infos_nom)) {
1426 aurelien 232
						$retour = array("nom_sel" => $infos_nom['nom_sci'].' '.$infos_nom['auteur'], "en_id_nom" => $infos_nom['id']);
1425 aurelien 233
					}
234
				}
235
			}
236
		}
237
 
238
		return $retour;
239
	}
240
}
241
?>