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741 raphael 1
/*
2
TODO:
3
* fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation
819 raphael 4
SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;
5
* ajout INDEX nom_referentiel(5) sur `BASEEDIT`.`cel_obs`
741 raphael 6
* ajout INDEX catminat_code sur baseflor_v2012_12_31
7
* ajout INDEX num_taxon sur nva_v2013_06
8
* fix date: set NULL pour les dates dans le futur
819 raphael 9
SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` WHERE date_observation > NOW();
741 raphael 10
* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtfx where num_taxonomique = '')
11
* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtxa where num_tax = '' || num_tax IS NULL)
737 raphael 12
 
819 raphael 13
CREATE INDEX i_nom_referentiel ON `BASEEDIT`.`cel_obs` (`nom_referentiel`(5));
741 raphael 14
CREATE INDEX i_catminat_code ON baseflor_v2012_12_31 (`catminat_code`);
15
CREATE INDEX i_num_taxon ON nva_v2013_06 (`num_taxon`);
16
*/
737 raphael 17
 
741 raphael 18
-- malheureusement ceci est impossible en SQL d'où l'utilisation du shell-script
739 raphael 19
-- SET @destdb = 'tb_cel';
20
-- SET @desttable = 'cel_references';
816 raphael 21
-- -- SET BASEEDIT = `tb_cel`;
739 raphael 22
-- SET @dst = CONCAT('`',@destdb,'`','.`',@desttable,'`');
737 raphael 23
 
819 raphael 24
DROP TABLE IF EXISTS `BASEEDIT`.`cel_references`;
25
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `BASEEDIT`.`cel_references` (
739 raphael 26
       `referentiel` CHAR(5) NOT NULL COMMENT 'eg: "bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ... No ENUM!',
737 raphael 27
 
28
       -- bdtfx
739 raphael 29
       `num_nom` INT(9) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'depuis bdtfx',
30
       `num_nom_retenu` VARCHAR(9) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
737 raphael 31
 
739 raphael 32
       -- bdtfx + nvjfl_v2007 + nva_v2013_06
890 raphael 33
       `num_taxon` int(9) NOT NULL COMMENT "depuis bdtfx, nvjfl_v2007 et nva_v2013_06 (commun), les noms non-associés ne sont pas intégrés pour l'instant", -- 'relax emacs
738 raphael 34
 
35
       -- bdtfx
739 raphael 36
       `nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
37
       `auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
737 raphael 38
 
738 raphael 39
 
819 raphael 40
       -- `BASEEDIT`.`cel_obs`
737 raphael 41
       --       `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',
42
       --       `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,
43
 
44
       -- nvjfl_v2007 (`nom_vernaculaire` text NOT NULL)
738 raphael 45
       -- mais NULL à cause de nva
739 raphael 46
       `nom_commun` VARCHAR(60) NULL COMMENT 'nom_vernaculaire pour nvjfl_v2007 et nva_v2013_06',
737 raphael 47
 
741 raphael 48
       -- baseflor_v2012_12_31
49
       `catminat_code` varchar(18) DEFAULT 'inconnu' COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
50
       `ve_lumiere` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
51
       `ve_temperature` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
52
       `ve_continentalite` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
53
       `ve_humidite_atmos` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
54
       `ve_humidite_edaph` int(2) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
55
       `ve_reaction_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
56
       `ve_nutriments_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
57
       `ve_salinite` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
58
       `ve_texture_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
59
       `ve_mat_org_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
60
 
61
       -- baseveg_v2013_01_09
62
       `syntaxon` varchar(255) NULL COMMENT 'depuis baseveg_v2013_01_09',
63
PRIMARY KEY (`referentiel`, `num_nom`),
64
INDEX (`referentiel`(5)),
65
INDEX (`num_nom`),
66
INDEX (`num_taxon`)
739 raphael 67
) ENGINE=MyISAM \
68
  DEFAULT CHARSET=utf8 \
890 raphael 69
  COMMENT 'table générée par eflore/projets/scripts/modules/cel/cel_references.sql à partir de `TABLEBDTFX`, `TABLEBDTXA` et `TABLEISFAN`';
737 raphael 70
 
741 raphael 71
-- tables temporaires
72
DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;
739 raphael 73
 
890 raphael 74
-- pour nvjfl_v2007, le nom recommandé ou typique est celui pour lequel num_statut = 1 (mais plusieurs sont possibles, d'où le GROUP BY num_taxon)
737 raphael 75
CREATE TEMPORARY TABLE T_nvjfl_v2007 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
819 raphael 76
       -- ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM `BASESOURCE`.`nvjfl_v2007` n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );
890 raphael 77
       -- ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut as void, MAX(n.num_statut) as void2 FROM `BASESOURCE`.`nvjfl_v2007` n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );
78
       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM `BASESOURCE`.`nvjfl_v2007` n WHERE n.code_langue = 'fra' AND n.num_statut = 1 GROUP BY n.num_taxon );
737 raphael 79
 
738 raphael 80
-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long
737 raphael 81
CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
890 raphael 82
       -- ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM `BASESOURCE`.`nva_v2013_06` n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb */ AND n.num_taxon IS NOT NULL /* /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut
83
       -- pour nva_index, le nom recommandé ou typique est celui pour lequel num_statut = 0 (mais il n'y en a aucun à l'heure actuelle) (mais plusieurs sont possibles, d'où le GROUP BY num_nom)
84
       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM `BASESOURCE`.`nva_index_v2_03` n WHERE n.code_langue = 'fra' /* AND n.num_statut = 0 */ GROUP BY n.num_taxon);
737 raphael 85
 
86
 
741 raphael 87
-- JOIN ON num_taxon_originel car INDEX
88
-- cf: eflore/projets/donnees/baseflor/2012-12-31/baseflor.sql
89
CREATE TEMPORARY TABLE T_basevegflor ( INDEX(`num_nomen`), INDEX(`num_taxon`) ) AS \
90
SELECT f.num_nomen, f.num_taxon, f.catminat_code, f.ve_lumiere, f.ve_temperature, f.ve_continentalite, f.ve_humidite_atmos, f.ve_humidite_edaph, f.ve_reaction_sol, f.ve_nutriments_sol, f.ve_salinite, f.ve_texture_sol, f.ve_mat_org_sol, \
91
v.syntaxon \
819 raphael 92
FROM `BASESOURCE`.`baseflor_v2012_12_31` f LEFT JOIN `BASESOURCE`.`baseveg_v2013_01_09` v ON (f.catminat_code = v.code_catminat AND v.niveau = 'ALL' AND v.syntaxon IS NOT NULL) WHERE f.BDNT = "BDTFX" \
741 raphael 93
GROUP BY f.num_nomen, f.num_taxon; -- group by car plusieurs couple (f.num_nomen, f.num_taxon) peuvent exister dans baseveg_v2013_01_09 or num_nom est PRIMARY dans cel_references
94
 
95
 
96
-- INSERTIONS
760 raphael 97
-- pour le futur: attention au numéro taxonomique à 0 (WHERE b.num_taxonomique != '')
819 raphael 98
INSERT INTO `BASEEDIT`.`cel_references` (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`, \
741 raphael 99
      `catminat_code`, `ve_lumiere`, `ve_temperature`, `ve_continentalite`, `ve_humidite_atmos`, `ve_humidite_edaph`, \
100
      `ve_reaction_sol`, `ve_nutriments_sol`, `ve_salinite`, `ve_texture_sol`, `ve_mat_org_sol`, `syntaxon`) \
101
 
102
       SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, \
103
     bf.catminat_code, bf.ve_lumiere, bf.ve_temperature, bf.ve_continentalite, bf.ve_humidite_atmos, bf.ve_humidite_edaph, \
104
     bf.ve_reaction_sol, bf.ve_nutriments_sol, bf.ve_salinite, bf.ve_texture_sol, bf.ve_mat_org_sol, bf.syntaxon
828 raphael 105
  FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \
760 raphael 106
  LEFT JOIN T_basevegflor bf ON (b.num_taxonomique = bf.num_taxon AND b.num_nom = bf.num_nomen);
741 raphael 107
 
760 raphael 108
 
109
-- pour le futur: attention au numéro taxonomique à 0 (WHERE b.num_tax IS NOT NULL AND b.num_tax != '')
819 raphael 110
INSERT INTO `BASEEDIT`.`cel_references` (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \
828 raphael 111
       SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_tax, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` b LEFT JOIN T_nva_v2013_06 n ON (b.num_tax = n.num_taxon);
738 raphael 112
 
760 raphael 113
 
819 raphael 114
INSERT INTO `BASEEDIT`.`cel_references` (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`) \
890 raphael 115
       SELECT "isfan", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur FROM `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` b;
760 raphael 116
 
117
 
118
 
119
 
741 raphael 120
DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;
756 raphael 121
 
760 raphael 122
SELECT SUM(theorie.a) AS théorie, pratique.a AS total FROM \
828 raphael 123
	(SELECT COUNT(1) AS a FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` UNION ALL \
124
	 SELECT COUNT(1) AS a FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` UNION ALL \
890 raphael 125
	 SELECT COUNT(1) AS a FROM `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` \
760 raphael 126
	) AS theorie, \
127
	(SELECT COUNT(1) AS a FROM tb_cel.cel_references) AS pratique;
128
-- bdtfx+bdtxa+isfan: 141181 (2013/07/23)