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752 raphael 1
/*
2
À l'origine les observations nécessiteuses sont celles n'ayant pas de données génénées,
3
Soit: nom_ret, nom_ret_nn, nt ou famille à NULL|0|''
4
 
5
Eg:
6
	SELECT id_observation, nom_sel
7
	FROM tb_cel.cel_obs
8
	WHERE (
9
		nom_ret IS NULL or nom_ret = ''
10
		OR nom_ret_nn IS NULL or nom_ret_nn = 0
11
		OR nt IS NULL or nt = 0
12
		OR famille IS NULL or famille = ''
13
	)
14
 
15
Sauf que:
16
1) on exclue celles sans nom_sel (elles sont sans espoir):
17
nom_sel IS NOT NULL AND nom_sel != ''
18
2) on exclue celles qui on un nom_ret_nn à 0, car cela peut-être légal, cf maj-201307.sql à ce propos
19
# donc pas de `nom_ret_nn = 0` dans la requête
20
3) on exclue, dans un premier temps, celles dont le référentiel n'est pas défini
21
AND (nom_referentiel IS NULL AND nom_referentiel = '')
22
 
23
D'où, les 3621 observations suivantes (2206 nom_sel distincts)
24
 SELECT id_observation, nom_sel
25
 FROM tb_cel.cel_obs
26
 WHERE (
27
        nom_sel IS NOT NULL AND nom_sel != ''
28
        AND (
29
            nom_ret IS NULL OR nom_ret = ''
30
            OR nom_ret_nn IS NULL
31
            OR nt IS NULL or nt = 0
32
            OR famille IS NULL or famille = ''
33
            )
34
        AND (nom_referentiel IS NOT NULL AND nom_referentiel != '')
35
       )
36
 
37
Dans un premier temps nous travaillons avec le bdtfx, c'est à dire que
38
     AND (nom_referentiel IS NOT NULL AND nom_referentiel != '')
39
devient
40
        AND (nom_referentiel like 'bdtfx%')
41
soit 3597/3621 observations:
42
 
43
Et effectuons une jointure sur bdtfx:
44
SELECT id_observation, nom_sel, b.num_nom, b.famille
760 raphael 45
   FROM tb_cel.cel_obs c INNER JOIN tb_eflore.bdtfx_v1_01 b ON (b.nom_sci = c.nom_sel)
752 raphael 46
   WHERE (
47
        nom_sel IS NOT NULL AND nom_sel != ''
48
        AND (
49
            nom_ret IS NULL OR nom_ret = ''
50
            OR nom_ret_nn IS NULL
51
            OR nt IS NULL OR nt = 0
52
            OR c.famille IS NULL OR c.famille = ''
53
            )
54
        AND (nom_referentiel like 'bdtfx%')
55
       )
56
 
57
* Or nous observons que la famille est parfois légitimement NULL ! Ce n'est pas pertinent de l'utiliser
58
comme critère de caractérisation d'une observation buggée, contentons-nous donc de empty ('')
59
 
60
* Or nous observons que le numéro taxonomique est parfois légitimement 0 ! Ce n'est pas pertinent de l'utiliser
61
comme critère de caractérisation d'une observation buggée, contentons-nous donc de NULL
62
 
63
 
64
 
65
Soit 84 lignes, cependant, un nom_sel peut correspondre à plusieurs num_nom_retenu dans bdtfx ! (et oui, les suffixes latins et d'auteur).
66
Il s'agit donc de ne pas traiter ceux qui risquerait d'être mal-corrigé (sans les 100% de certitude).
67
Ainsi un ` GROUP BY id_observation HAVING count(id_observation) = 1 ` sera du meilleur effet.
68
 
69
Nous obtenons donc ainsi les 69 observations à mettre à jour:
70
SELECT id_observation, nom_sel, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille, b.num_nom, b.nom_sci, b.num_taxonomique, b.famille
760 raphael 71
   FROM tb_cel.cel_obs c INNER JOIN tb_eflore.bdtfx_v1_01 b ON (b.nom_sci = c.nom_sel)
752 raphael 72
   WHERE (
73
        nom_sel IS NOT NULL AND nom_sel != ''
74
        AND (
75
            nom_ret IS NULL OR nom_ret = ''
76
            OR nom_ret_nn IS NULL
77
            OR nt IS NULL
78
            OR c.famille = ''
79
            )
80
        AND (nom_referentiel like 'bdtfx%')
81
       )
82
   GROUP BY id_observation HAVING count(id_observation) = 1
83
 
84
 
85
=== la mise à jour ===
86
Comme nous voulons utiliser UPDATE, nous devons remplacer le JOIN par des conditions du WHERE, mais le GROUP BY bloque de
87
toute manière, un SUB-SELECT (table temporaire) est donc nécessaire:
88
 
89
=== finale ===
90
*/
91
 
92
CREATE TEMPORARY TABLE T_bis ( INDEX(`id_observation`)) AS
93
SELECT id_observation, b.num_nom, CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_taxonomique, b.famille
760 raphael 94
   FROM tb_cel.cel_obs c, tb_eflore.bdtfx_v1_01 b
752 raphael 95
   WHERE (
96
        b.nom_sci = c.nom_sel
97
        AND nom_sel IS NOT NULL AND nom_sel != ''
98
        AND (
99
            nom_ret IS NULL OR nom_ret = ''
100
            OR nom_ret_nn IS NULL
101
            OR nt IS NULL OR nt = 0
102
            OR c.famille = ''
103
            )
104
        AND (nom_referentiel like 'bdtfx%')
105
       )
106
   GROUP BY id_observation HAVING count(id_observation) = 1
107
 
108
UPDATE tb_cel.cel_obs c, T_bis t SET
109
       c.nom_ret = t.nom_sci,
110
       c.nom_ret_nn = t.num_nom,
111
       c.nt = t.num_taxonomique,
112
       c.famille = t.famille
113
WHERE (c.id_observation = t.id_observation);
114
DROP TEMPORARY TABLE T_bis;