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Rev Author Line No. Line
752 raphael 1 
/*
2 
Objectif: prendre les observations dont nom_sel_nn est défini
3 
(et donc dans laquelles les informations générées sont correctes)
4 
et mettre à jour ces dernières à partir de la dernière version du référentiel
890 raphael 5 
(bdtfx, bdtxa et isfan).
6 
 
7 
Pour éviter un maximum de faux-positifs, nous vérifions aussi que la famille
8 
est conservée (même dans certains cas celle-ci a légitimement changé) et que
9 
la première partie du nom_sel correspond toujours à la première partie du nouveau nom_sci
10 
qui serait attribué.
752 raphael 11 
*/
12 
 
13 
--- la requête ---
14 
/*
15 
-- SELECT id_observation, b.num_nom, CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_taxonomique, b.famille
16 
SELECT id_observation, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille
828 raphael 17 
   FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b
752 raphael 18 
   WHERE (
890 raphael 19 
        nom_sel_nn IS NOT NULL
752 raphael 20 
        AND nom_referentiel like 'bdtfx%'
21 
        AND nom_sel_nn = num_nom
22 
       )
23 
   ORDER BY id_observation asc;
24 
*/
25 
 
26 
--- l'update ---
828 raphael 27 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b SET
752 raphael 28 
       c.nom_ret = CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur),
29 
       c.nom_ret_nn = b.num_nom,
30 
       c.nt = b.num_taxonomique,
31 
       c.famille = b.famille
32 
   WHERE (
890 raphael 33 
        nom_sel_nn IS NOT NULL
34 
        AND nom_referentiel = 'bdtfx'
752 raphael 35 
        AND nom_sel_nn = num_nom
760 raphael 36 
        AND LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille)
37 
        AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(b.nom_sci, ' ', 1)
752 raphael 38 
       );
760 raphael 39 
-- 31739 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
40 
-- 31524 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
754 raphael 41 
 
760 raphael 42 
 
828 raphael 43 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a SET
754 raphael 44 
       c.nom_ret = CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur),
45 
       c.nom_ret_nn = a.num_nom,
46 
       c.nt = a.num_tax,
47 
       c.famille = a.famille
48 
   WHERE (
890 raphael 49 
        nom_sel_nn IS NOT NULL
50 
        AND nom_referentiel = 'bdtxa'
754 raphael 51 
        AND nom_sel_nn = num_nom
760 raphael 52 
        AND LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille)
53 
        AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(a.nom_sci, ' ', 1)
754 raphael 54 
       );
760 raphael 55 
-- 49 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
56 
-- 47 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
57 
 
890 raphael 58 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i SET
59 
       c.nom_ret = CONCAT(i.nom_sci, ' ', i.auteur),
60 
       c.nom_ret_nn = i.num_nom,
61 
       c.nt = i.num_taxonomique,
62 
       c.famille = i.famille
760 raphael 63 
   WHERE (
890 raphael 64 
        nom_sel_nn IS NOT NULL
65 
        AND nom_referentiel = 'isfan'
760 raphael 66 
        AND nom_sel_nn = num_nom
67 
       );
68 
 
69 
 
70 
/*
71 
Pour observer les différences:
72 
wdiff -w '$(tput bold;tput setaf 1)' -x '$(tput sgr0)' -y '$(tput bold;tput setaf 2)' -z '$(tput sgr0)'  pre.log post.log | \
73 
      ansi2html.sh --palette=solarized | \
74 
      sed '/^[0-9]/{/span/!d}' > diff.html
75 
 
76 
# extract les familles ayant changé: sed '/^[0-9]/{/<\/span>$/!d}'
77 
# lowercase toutes les familles: awk '{ NF=tolower($NF); print }'
78 
 
79 
 
80 
# filtre sed: changements de famille "normaux"
81 
/aceraceae.*sapindaceae/d
82 
/scrophulariaceae.*plantaginaceae/d
83 
/globulariaceae.*plantaginaceae/d
84 
/Famille inconnue.*null/d
85 
 
86 
# changement "anormaux"
87 
/rosaceae.*caprifoliaceae/d
88 
/valerianaceae.*caprifoliaceae/d
89 
*/