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/*

 Objectif: prendre les observations dont nom_sel_nn est défini

 (et donc dans laquelles les informations générées sont correctes)

 et mettre à jour ces dernières à partir de la dernière version du référentiel

 (bdtfx, bdtxa et isfan).

 Pour éviter un maximum de faux-positifs, nous vérifions aussi que la famille

 est conservée (même dans certains cas celle-ci a légitimement changé) et que

 la première partie du nom_sel correspond toujours à la première partie du nouveau nom_sci

 qui serait attribué.

-- la requête --

-- SELECT id_observation, b.num_nom, CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_taxonomique, b.famille

SELECT id_observation, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille

   FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b

   WHERE (

        nom_sel_nn IS NOT NULL

        AND nom_referentiel like 'bdtfx%'

        AND nom_sel_nn = num_nom

       )

   ORDER BY id_observation asc;

 Cependant le nom_ret_nn n'est pas directement le num_num du taxon dont le nom est

 retenu. Pour cela, une jointure en bdtfx sur num_nom_retenu est nécessaire et c'est

 ce dernier taxon dont le num_nom est utilisé pour nom_ret_nn.

 Cependant il peut aussi être vide (si aucun nom_retenu "officiel" n'existe).

 Attention, les nom_sel_nn = 0 doivent avoir disparus de cel_obs *AU PRÉALABLE* car le test

 n'est pas effectué.

 cf: maj-cleanup-201307.sql

 Ici, contrairement à referonosaure_fromNomRet.sql, nous partons du nom_sel en admettant qu'il est

 toujours correct et c'est donc sur ce champ que s'effectue la jointure.

 Quelques exceptions notables existent cependant:

 - certaines observations issues de sauvages sont corrompues, leur nom_sel_nn n'est donc PAS fiable

 - il a été remarqué des observations pour lesquelles le nom_sel_nn était corrompu, impliquant une changement

   de nom de famille incohérent. Pour se prémunir de cela, la famille doit être identique ou presque.

 - enfin, la première partie du nom_sel doit matcher exactement la première partie du nom_sci

 Consulter referonosaure_fromNomRet.sql pour des informations complémentaires.

*/

/* test:

   SELECT c.nom_ret_nn, c.nom_ret, bLAST.num_nom, bLAST.nom_sci, bLAST.auteur, c.famille, bLAST.famille, c.nt, bLAST.num_taxonomique

   FROM  cel_obs c, tb_eflore.bdtfx_v1_01 b, tb_eflore.bdtfx_v1_01 bLAST

   WHERE (

         bLAST.num_nom = b.num_nom_retenu

         AND nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0 AND nom_referentiel = 'bdtfx'

         AND nom_ret_nn = bLAST.num_nom

         AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL)

         AND (c.famille != b.famille OR c.nom_ret != CONCAT(bLAST.nom_sci, ' ', bLAST.auteur) OR c.nt != b.num_taxonomique OR c.nom_ret_nn != bLAST.num_nom)

   );

*/

-- l'update BDTFX avec nom_sel_nn seul

UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b_nom_ret SET

       c.nom_ret = CONCAT(b_nom_ret.nom_sci, ' ', b_nom_ret.auteur),

       c.nom_ret_nn = b_nom_ret.num_nom,

       c.nt = b.num_taxonomique,

       c.famille = b.famille,

       c.date_modification = NOW() -- a supprimer pour estimer le nombre de changements réel

   WHERE (

        b_nom_ret.num_nom = b.num_nom_retenu

        AND nom_sel_nn IS NOT NULL

        AND nom_referentiel = 'bdtfx'

        AND nom_sel_nn = b.num_nom

        -- TODO: bug transferts multiples + mobile.js

        -- Note: SELECT IF(NULL NOT LIKE "%blah%", 1, 0) : 0

        AND (c.mots_cles_texte IS NULL OR c.mots_cles_texte NOT LIKE '%WidgetFlorileges Sauvages%')

        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL OR c.famille = 'Famille inconnue')

        AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(b.nom_sci, ' ', 1)

       );

-- 42315 avec indirection num_nom_retenu

SELECT ROW_COUNT() AS "BDTFX upd après correction sur nom_sel_nn";

-- l'update BDTXA avec nom_sel_nn seul

UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a_nom_ret SET

       c.nom_ret = CONCAT(a_nom_ret.nom_sci, ' ', a_nom_ret.auteur),

       c.nom_ret_nn = a_nom_ret.num_nom,

       c.nt = a.num_tax,

       c.famille = a.famille,

       c.date_modification = NOW()

   WHERE (

        a_nom_ret.num_nom = a.num_nom_retenu

        AND nom_sel_nn IS NOT NULL

        AND nom_referentiel = 'bdtxa'

        AND nom_sel_nn = a.num_nom

        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille) OR c.famille IS NULL)

        AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(a.nom_sci, ' ', 1)

       );

-- 49 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()

-- 48 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()

SELECT ROW_COUNT() AS "BDTXA upd après correction sur nom_sel_nn";

-- l'update ISFAN avec nom_sel_nn seul

UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i_nom_ret SET

       c.nom_ret = CONCAT(i_nom_ret.nom_sci, ' ', i_nom_ret.auteur),

       c.nom_ret_nn = IF(i_nom_ret.num_nom=0,NULL,i_nom_ret.num_nom),

       c.nt = i.num_taxonomique,

       c.famille = i.famille,

       c.date_modification = NOW()

   WHERE (

        i_nom_ret.num_nom = i.num_nom_retenu

        AND nom_sel_nn IS NOT NULL

        AND nom_referentiel = 'isfan'

        AND nom_sel_nn = i.num_nom

        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(i.famille) OR c.famille IS NULL)

       );

-- 0

SELECT ROW_COUNT() AS "ISFAN upd après correction sur nom_sel_nn";