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#!/bin/bash

DB='`tb_cel`.`cel_references`';

sed -e '1,/^-- DEBUT DE SCRIPT/d' -e "s;@dst;$DB;" "$0"

exit

-- DEBUT DE SCRIPT SQL substitué: ne pas retirer, ne pas modifier cette ligne

-- ci dessous ne doit exister que du SQL valide

-- TODO:

-- fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation

-- SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;

-- fix date: NULL pour les dates dans le futur

-- SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM cel_obs WHERE date_observation > NOW();

-- malheureusement ceci est impossible en SQL d'où l'utilisation du shell

-- SET @destdb = 'tb_cel';

-- SET @desttable = 'cel_references';

-- SET @dst = CONCAT('`',@destdb,'`','.`',@desttable,'`');

DROP TABLE IF EXISTS @dst;

CREATE TABLE IF NOT EXISTS @dst (

       `referentiel` CHAR(5) NOT NULL COMMENT 'eg: "bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ... No ENUM!',

       -- bdtfx

       `num_nom` INT(9) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'depuis bdtfx',

       `num_nom_retenu` VARCHAR(9) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',

       -- bdtfx + nvjfl_v2007 + nva_v2013_06

       `num_taxon` int(9) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx, nvjfl_v2007 et nva_v2013_06 (commun)',

       -- bdtfx

       `nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',

       `auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',

       -- cel_obs

       --       `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',

       --       `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,

       -- nvjfl_v2007 (`nom_vernaculaire` text NOT NULL)

       -- mais NULL à cause de nva

       `nom_commun` VARCHAR(60) NULL COMMENT 'nom_vernaculaire pour nvjfl_v2007 et nva_v2013_06',

PRIMARY KEY (`referentiel`, `num_nom`)

) ENGINE=MyISAM \

  DEFAULT CHARSET=utf8 \

  COMMENT 'table générée par eflore/projets/scripts/modules/cel/cel_references.sql à partir de bdtfx_v1_01, nvjfl_v2007 et bdtxa_v1_00';

/*

way 1: theory

INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \

       SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, MAX(n.num_statut)	FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN nvjfl_v2007 n	ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon AND n.code_langue = 'fra' )	GROUP BY b.num_nom \

       UNION \

       SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, NULL				FROM bdtxa_v1_00 b LEFT JOIN nva_v2013_06 n	ON (b.num_tax = n.num_taxon AND n.code_langue = 'fra' )			GROUP BY b.num_nom;

SELECT "isfan", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.nom_sci, b.auteur, NULL FROM isfan_v2013 b;

*/

/*

Détermination des nom vernaculaires meilleurs et uniques:

way 1:

-- SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut, n2.num_statut FROM nvjfl_v2007 n LEFT JOIN nvjfl_v2007 n2 ON (n.num_taxon = n2.num_taxon) WHERE n.num_taxon < 32 AND n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n2.num_statut) LIMIT 100;

-- 12311

-- # distinct=

way 2:

-- SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n INNER JOIN nvjfl_v2007 n2 ON (n.num_taxon = n2.num_taxon AND n.code_langue = n2.code_langue AND n.num_statut > n2.num_statut) WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon;

-- 2680

way 2":

-- SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n LEFT JOIN nvjfl_v2007 n2 ON (n.num_taxon = n2.num_taxon AND n.code_langue = n2.code_langue AND n.num_statut > n2.num_statut) WHERE n.code_langue = 'fra' AND n2.num_statut IS NOT NULL GROUP BY num_taxon;

-- 2680, Mais problème ensuite: SELECT n.* from cel_references NATURAL JOIN nvjfl_v2007 n WHERE `nom_commun` = '' AND n.code_langue = 'fra';

Note: 16146 nom communs français distincts, 12312 num_taxon fr, aucun num_statut NULL en français

*/

DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`;

CREATE TEMPORARY TABLE T_nvjfl_v2007 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \

       -- ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );

       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut as void, MAX(n.num_statut) as void2 FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );

-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long

CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \

       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nva_v2013_06 n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb */ AND n.num_taxon IS NOT NULL /* /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut

INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \

       SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire	FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \

       UNION \

       SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_tax, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM bdtxa_v1_00 b LEFT JOIN T_nva_v2013_06 n ON (b.num_tax = n.num_taxon);

DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`;