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752 raphael 1 
/*
2 
À l'origine les observations nécessiteuses sont celles n'ayant pas de données génénées,
3 
Soit: nom_ret, nom_ret_nn, nt ou famille à NULL|0|''
4 
 
5 
Eg:
6 
	SELECT id_observation, nom_sel
7 
	FROM tb_cel.cel_obs
8 
	WHERE (
9 
		nom_ret IS NULL or nom_ret = ''
10 
		OR nom_ret_nn IS NULL or nom_ret_nn = 0
11 
		OR nt IS NULL or nt = 0
12 
		OR famille IS NULL or famille = ''
13 
	)
14 
 
15 
Sauf que:
16 
1) on exclue celles sans nom_sel (elles sont sans espoir):
17 
nom_sel IS NOT NULL AND nom_sel != ''
18 
2) on exclue celles qui on un nom_ret_nn à 0, car cela peut-être légal, cf maj-201307.sql à ce propos
19 
# donc pas de `nom_ret_nn = 0` dans la requête
20 
3) on exclue, dans un premier temps, celles dont le référentiel n'est pas défini
21 
AND (nom_referentiel IS NULL AND nom_referentiel = '')
22 
 
23 
D'où, les 3621 observations suivantes (2206 nom_sel distincts)
24 
 SELECT id_observation, nom_sel
25 
 FROM tb_cel.cel_obs
26 
 WHERE (
27 
        nom_sel IS NOT NULL AND nom_sel != ''
28 
        AND (
29 
            nom_ret IS NULL OR nom_ret = ''
30 
            OR nom_ret_nn IS NULL
31 
            OR nt IS NULL or nt = 0
32 
            OR famille IS NULL or famille = ''
33 
            )
34 
        AND (nom_referentiel IS NOT NULL AND nom_referentiel != '')
35 
       )
36 
 
37 
Dans un premier temps nous travaillons avec le bdtfx, c'est à dire que
38 
     AND (nom_referentiel IS NOT NULL AND nom_referentiel != '')
39 
devient
40 
        AND (nom_referentiel like 'bdtfx%')
41 
soit 3597/3621 observations:
42 
 
43 
Et effectuons une jointure sur bdtfx:
44 
SELECT id_observation, nom_sel, b.num_nom, b.famille
760 raphael 45 
   FROM tb_cel.cel_obs c INNER JOIN tb_eflore.bdtfx_v1_01 b ON (b.nom_sci = c.nom_sel)
752 raphael 46 
   WHERE (
47 
        nom_sel IS NOT NULL AND nom_sel != ''
48 
        AND (
49 
            nom_ret IS NULL OR nom_ret = ''
50 
            OR nom_ret_nn IS NULL
51 
            OR nt IS NULL OR nt = 0
52 
            OR c.famille IS NULL OR c.famille = ''
53 
            )
54 
        AND (nom_referentiel like 'bdtfx%')
55 
       )
56 
 
57 
* Or nous observons que la famille est parfois légitimement NULL ! Ce n'est pas pertinent de l'utiliser
58 
comme critère de caractérisation d'une observation buggée, contentons-nous donc de empty ('')
59 
 
60 
* Or nous observons que le numéro taxonomique est parfois légitimement 0 ! Ce n'est pas pertinent de l'utiliser
61 
comme critère de caractérisation d'une observation buggée, contentons-nous donc de NULL
62 
 
63 
 
64 
 
65 
Soit 84 lignes, cependant, un nom_sel peut correspondre à plusieurs num_nom_retenu dans bdtfx ! (et oui, les suffixes latins et d'auteur).
66 
Il s'agit donc de ne pas traiter ceux qui risquerait d'être mal-corrigé (sans les 100% de certitude).
67 
Ainsi un ` GROUP BY id_observation HAVING count(id_observation) = 1 ` sera du meilleur effet.
68 
 
69 
Nous obtenons donc ainsi les 69 observations à mettre à jour:
70 
SELECT id_observation, nom_sel, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille, b.num_nom, b.nom_sci, b.num_taxonomique, b.famille
760 raphael 71 
   FROM tb_cel.cel_obs c INNER JOIN tb_eflore.bdtfx_v1_01 b ON (b.nom_sci = c.nom_sel)
752 raphael 72 
   WHERE (
73 
        nom_sel IS NOT NULL AND nom_sel != ''
74 
        AND (
75 
            nom_ret IS NULL OR nom_ret = ''
76 
            OR nom_ret_nn IS NULL
77 
            OR nt IS NULL
78 
            OR c.famille = ''
79 
            )
80 
        AND (nom_referentiel like 'bdtfx%')
81 
       )
82 
   GROUP BY id_observation HAVING count(id_observation) = 1
83 
 
84 
 
85 
=== la mise à jour ===
86 
Comme nous voulons utiliser UPDATE, nous devons remplacer le JOIN par des conditions du WHERE, mais le GROUP BY bloque de
87 
toute manière, un SUB-SELECT (table temporaire) est donc nécessaire:
88 
 
89 
=== finale ===
90 
*/
91 
 
92 
CREATE TEMPORARY TABLE T_bis ( INDEX(`id_observation`)) AS
93 
SELECT id_observation, b.num_nom, CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_taxonomique, b.famille
760 raphael 94 
   FROM tb_cel.cel_obs c, tb_eflore.bdtfx_v1_01 b
752 raphael 95 
   WHERE (
96 
        b.nom_sci = c.nom_sel
97 
        AND nom_sel IS NOT NULL AND nom_sel != ''
98 
        AND (
99 
            nom_ret IS NULL OR nom_ret = ''
100 
            OR nom_ret_nn IS NULL
101 
            OR nt IS NULL OR nt = 0
102 
            OR c.famille = ''
103 
            )
104 
        AND (nom_referentiel like 'bdtfx%')
105 
       )
106 
   GROUP BY id_observation HAVING count(id_observation) = 1
107 
 
108 
UPDATE tb_cel.cel_obs c, T_bis t SET
109 
       c.nom_ret = t.nom_sci,
110 
       c.nom_ret_nn = t.num_nom,
111 
       c.nt = t.num_taxonomique,
112 
       c.famille = t.famille
113 
WHERE (c.id_observation = t.id_observation);
114 
DROP TEMPORARY TABLE T_bis;