| 1425 |
aurelien |
1 |
<?php
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2 |
/**
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3 |
* PHP Version 5
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4 |
*
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5 |
* @category PHP
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6 |
* @package jrest
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7 |
* @author David Delon <david@tela-botania.org>
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8 |
* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
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9 |
* @copyright 2010 Tela-Botanica
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10 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
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11 |
* @version SVN: <svn_id>
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12 |
* @link /doc/jrest/
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13 |
*/
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14 |
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15 |
/**
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16 |
*
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17 |
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
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18 |
* ne soit dépendant de la version d'eflore
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19 |
*/
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20 |
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
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21 |
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22 |
public function RechercheInfosTaxonBeta($config) {
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23 |
parent::__construct($config);
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|
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24 |
}
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25 |
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26 |
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
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|
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27 |
|
|
|
28 |
$liste_genre_espece = array();
|
|
|
29 |
$masque = urlencode(trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *')));
|
|
|
30 |
$requete = @file_get_contents('http://localhost/service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
|
|
31 |
|
|
|
32 |
if($requete != '') {
|
|
|
33 |
$requete = json_decode($requete);
|
|
|
34 |
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
|
|
|
35 |
foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
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|
|
36 |
$retenu = $res->retenu == true ? '3' : '';
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|
|
37 |
$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
|
|
|
38 |
}
|
|
|
39 |
}
|
|
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40 |
usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParNom'));
|
|
|
41 |
}
|
|
|
42 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
43 |
}
|
|
|
44 |
|
|
|
45 |
function comparerParNom($a, $b) {
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|
|
46 |
return strnatcmp($a[0], $b[0]);
|
|
|
47 |
}
|
|
|
48 |
|
|
|
49 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
|
|
|
50 |
|
|
|
51 |
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
|
|
|
52 |
$retour_infos_complementaires = array();
|
|
|
53 |
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'] != '') {
|
|
|
54 |
$retour_infos_complementaires=array(($this->supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
|
|
|
55 |
}
|
|
|
56 |
|
|
|
57 |
return $retour_infos_complementaires;
|
|
|
58 |
}
|
|
|
59 |
|
|
|
60 |
public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
|
|
|
61 |
|
|
|
62 |
$nameparser = new NameParser();
|
|
|
63 |
$nom_decoupe = $nameparser->parse($nom_saisi);
|
|
|
64 |
|
|
|
65 |
$masque = ((isset($nom_decoupe['genus']) && $nom_decoupe['genus']!= '') &&
|
|
|
66 |
(isset($nom_decoupe['species']) && $nom_decoupe['species']!= ''))
|
|
|
67 |
? $nom_decoupe['genus'].' '.$nom_decoupe['species'] : $nom_saisi;
|
|
|
68 |
|
|
|
69 |
$liste_genre_espece = array();
|
|
|
70 |
$url = 'http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque='.urlencode($nom_decoupe['genus'].' '.$nom_decoupe['species']).'&recherche=etendue&ns.format=txt&retour.champs=nom_retenu,nom_retenu.*,num_taxonomique,auteur&navigation.limite=3000';
|
|
|
71 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
72 |
if($resultat != '') {
|
|
|
73 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
|
|
74 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat)) {
|
|
|
75 |
foreach ($resultat->resultat as $id => $res) {
|
|
|
76 |
$nom_complet = $res->{'nom_sci'}.' '.$res->auteur;
|
|
|
77 |
$liste_genre_espece[] = array($res->{'nom_retenu.id'},$nom_complet);
|
|
|
78 |
}
|
|
|
79 |
}
|
|
|
80 |
}
|
|
|
81 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
82 |
}
|
|
|
83 |
|
|
|
84 |
public function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
85 |
$infos_formatees = array();
|
|
|
86 |
$infos = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom);
|
|
|
87 |
if(is_object($infos)) {
|
|
|
88 |
$infos_formatees = $this->formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos);
|
|
|
89 |
}
|
|
|
90 |
return $infos_formatees;
|
|
|
91 |
}
|
|
|
92 |
|
|
|
93 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
94 |
$infos = array();
|
|
|
95 |
//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
|
|
|
96 |
$url = "http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms/".$num_nom;
|
|
|
97 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
98 |
if($resultat != '') {
|
|
|
99 |
$infos = json_decode($resultat);
|
|
|
100 |
}
|
|
|
101 |
return $infos;
|
|
|
102 |
}
|
|
|
103 |
|
|
|
104 |
private function formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos) {
|
|
|
105 |
$infos = (array)$infos;
|
|
|
106 |
return $infos_formatees = array(
|
|
|
107 |
'Nom_Retenu' => $this->supprimerBiblio($infos['nom_retenu_complet']),
|
|
|
108 |
'Num_Nom_Retenu' => $infos['nom_retenu.id'],
|
|
|
109 |
'Num_Taxon' => $infos['num_taxonomique'],
|
|
|
110 |
'Famille' => $infos['famille']
|
|
|
111 |
);
|
|
|
112 |
}
|
|
|
113 |
|
|
|
114 |
private function supprimerBiblio($nom) {
|
|
|
115 |
return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
|
|
|
116 |
}
|
|
|
117 |
|
|
|
118 |
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
119 |
|
|
|
120 |
$nt = null;
|
|
|
121 |
$url = "http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
|
|
|
122 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
123 |
if($resultat != '') {
|
|
|
124 |
$infos = json_decode($resultat);
|
|
|
125 |
$nt = $infos->num_taxonomique;
|
|
|
126 |
}
|
|
|
127 |
|
|
|
128 |
return $nt;
|
|
|
129 |
}
|
|
|
130 |
|
|
|
131 |
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
|
|
|
132 |
$presence_taxon = false;
|
|
|
133 |
$url = 'http://localhost/service:eflore:0.1/chorodep/observations/?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
|
|
|
134 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
135 |
if($resultat != '') {
|
|
|
136 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
|
|
137 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
|
|
138 |
$presence_taxon = true;
|
|
|
139 |
}
|
|
|
140 |
}
|
|
|
141 |
return $presence_taxon;
|
|
|
142 |
}
|
|
|
143 |
|
|
|
144 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {
|
|
|
145 |
|
|
|
146 |
$requete_infos_complementaires = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
|
|
|
147 |
" auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
|
|
|
148 |
" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
|
|
|
149 |
" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
|
|
|
150 |
" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
|
|
|
151 |
" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" .
|
|
|
152 |
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," .
|
|
|
153 |
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
|
|
|
154 |
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
|
|
|
155 |
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
|
|
|
156 |
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
|
|
|
157 |
" , eflore_selection_nom ".
|
|
|
158 |
" WHERE esn_id_taxon = '".$numTax. "'".
|
|
|
159 |
" AND esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
|
|
|
160 |
" AND esn_ce_statut=3 ".
|
|
|
161 |
" AND en_id_nom = esn_id_nom" .
|
|
|
162 |
" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
|
|
|
163 |
" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
|
|
|
164 |
" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
|
|
|
165 |
" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
|
|
|
166 |
" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
|
|
|
167 |
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
|
|
|
168 |
|
|
|
169 |
$resultat_infos_complementaires = $this->executerRequete($requete_infos_complementaires);
|
|
|
170 |
|
|
|
171 |
return $resultat_infos_complementaires;
|
|
|
172 |
}
|
|
|
173 |
|
|
|
174 |
public function rechercherFamille($taxon) {
|
|
|
175 |
|
|
|
176 |
$row = array();
|
|
|
177 |
|
|
|
178 |
$requete_famille = "SELECT DISTINCT en_ce_rang, etr_id_taxon_2, en_id_nom, en_nom_supra_generique ".
|
|
|
179 |
" FROM eflore_taxon_relation, ".
|
|
|
180 |
" eflore_selection_nom, ".
|
|
|
181 |
" eflore_nom ".
|
|
|
182 |
" WHERE etr_id_taxon_1 = ".$taxon.
|
|
|
183 |
" AND etr_id_version_projet_taxon_1 = 25 ".
|
|
|
184 |
" AND etr_id_categorie_taxon = 3 ".
|
|
|
185 |
" AND etr_id_valeur_taxon = 3 ".
|
|
|
186 |
" AND esn_id_taxon = etr_id_taxon_2 ".
|
|
|
187 |
" AND esn_ce_statut = 3 ".
|
|
|
188 |
" AND esn_id_version_projet_taxon = etr_id_version_projet_taxon_1 ".
|
|
|
189 |
" AND en_id_nom = esn_id_nom ".
|
|
|
190 |
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
|
|
|
191 |
|
|
|
192 |
$resultat_recherche_famille = $this->executerRequete($requete_famille);
|
|
|
193 |
|
|
|
194 |
if (!is_array($resultat_recherche_famille) || count($resultat_recherche_famille) == 0) {
|
|
|
195 |
$resultat_recherche_famille = array('en_ce_rang' => 'fin');
|
|
|
196 |
} else {
|
|
|
197 |
$resultat_recherche_famille = $resultat_recherche_famille[0];
|
|
|
198 |
}
|
|
|
199 |
|
|
|
200 |
return $resultat_recherche_famille;
|
|
|
201 |
}
|
|
|
202 |
|
|
|
203 |
private function decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece) {
|
|
|
204 |
$nameparser=new NameParser();
|
|
|
205 |
$nom_latin_decoupe=$nameparser->parse($identifiant_espece);
|
|
|
206 |
// requete sous espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
|
|
|
207 |
if (isset($nom_latin_decoupe['infra']) && $nom_latin_decoupe['infra']!="") {
|
|
|
208 |
$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
|
|
|
209 |
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
|
|
|
210 |
" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " .
|
|
|
211 |
" AND enrg_abreviation_rang = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['infra_type'])." " .
|
|
|
212 |
" AND en_epithete_infra_specifique = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['infra'])." " .
|
|
|
213 |
" AND esn_id_nom= en_id_nom ".
|
|
|
214 |
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
|
|
|
215 |
" AND en_epithete_espece = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
|
|
|
216 |
" ORDER BY esn_ce_statut ".
|
|
|
217 |
" LIMIT 1";
|
|
|
218 |
}
|
|
|
219 |
else { // espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
|
|
|
220 |
$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
|
|
|
221 |
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
|
|
|
222 |
" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " .
|
|
|
223 |
" AND enrg_abreviation_rang = 'sp.' " .
|
|
|
224 |
" AND esn_id_nom= en_id_nom ".
|
|
|
225 |
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
|
|
|
226 |
" AND en_epithete_espece = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
|
|
|
227 |
" ORDER BY esn_ce_statut ".
|
|
|
228 |
" LIMIT 1";
|
|
|
229 |
|
|
|
230 |
}
|
|
|
231 |
|
|
|
232 |
$resultat = $this->executerRequete($requete);
|
|
|
233 |
|
|
|
234 |
$retour = array();
|
|
|
235 |
if (is_array($resultat) && count($resultat) > 0) {
|
|
|
236 |
$retour = $resultat[0];
|
|
|
237 |
}
|
|
|
238 |
|
|
|
239 |
return $retour;
|
|
|
240 |
}
|
|
|
241 |
|
|
|
242 |
private function formaterNom($rawnom) {
|
|
|
243 |
|
|
|
244 |
// Constitution du nom:
|
|
|
245 |
$nom = '';
|
|
|
246 |
|
|
|
247 |
if (isset($rawnom['en_nom_supra_generique']) && $rawnom['en_nom_supra_generique'] != '') {
|
|
|
248 |
$nom .= $rawnom['en_nom_supra_generique'];
|
|
|
249 |
} else if (isset($rawnom['en_epithete_infra_generique']) && $rawnom['en_epithete_infra_generique'] != '') {
|
|
|
250 |
$nom .= $rawnom['en_epithete_infra_generique'];
|
|
|
251 |
} else {
|
|
|
252 |
if (isset($rawnom['en_nom_genre']) && $rawnom['en_nom_genre'] != '') {
|
|
|
253 |
$nom .= $rawnom['en_nom_genre'];
|
|
|
254 |
}
|
|
|
255 |
if (isset($rawnom['en_epithete_espece']) && $rawnom['en_epithete_espece']!= '') {
|
|
|
256 |
$nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_espece'];
|
|
|
257 |
}
|
|
|
258 |
if (isset($rawnom['en_epithete_infra_specifique']) && $rawnom['en_epithete_infra_specifique'] != '') {
|
|
|
259 |
if (!empty($rawnom['enrg_abreviation_rang'])) {
|
|
|
260 |
$nom .= ' '.$rawnom['enrg_abreviation_rang'].'';
|
|
|
261 |
}
|
|
|
262 |
$nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_infra_specifique'];
|
|
|
263 |
}
|
|
|
264 |
}
|
|
|
265 |
|
|
|
266 |
return $nom.$this->retournerAuteur($rawnom) ;
|
|
|
267 |
}
|
|
|
268 |
|
|
|
269 |
private function retournerAuteur($rawnom) {
|
|
|
270 |
$auteurs = '';
|
|
|
271 |
$auteur_basio = '';
|
|
|
272 |
$auteur_modif = '';
|
|
|
273 |
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']!='-' ) {
|
|
|
274 |
$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex'];
|
|
|
275 |
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
|
|
|
276 |
$auteur_basio .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_basio'];
|
|
|
277 |
}
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|
|
278 |
} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
|
|
|
279 |
$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio'];
|
|
|
280 |
}
|
|
|
281 |
|
|
|
282 |
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']!='-') {
|
|
|
283 |
$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex'];
|
|
|
284 |
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {
|
|
|
285 |
$auteur_modif .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_modif'];
|
|
|
286 |
}
|
|
|
287 |
} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {
|
|
|
288 |
$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif'];
|
|
|
289 |
}
|
|
|
290 |
|
|
|
291 |
if (!empty($auteur_modif)) {
|
|
|
292 |
$auteurs = ' ('.$auteur_basio.') '.$auteur_modif;
|
|
|
293 |
} elseif (!empty($auteur_basio)) {
|
|
|
294 |
$auteurs = ' '.$auteur_basio;
|
|
|
295 |
}
|
|
|
296 |
|
|
|
297 |
return $auteurs ;
|
|
|
298 |
}
|
|
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299 |
|
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|
300 |
function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
|
|
|
301 |
// texte libre, nom scientifique,
|
|
|
302 |
// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)
|
|
|
303 |
// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
|
|
|
304 |
$identifiant_espece=trim($identifiant_espece);
|
|
|
305 |
$identifiant_espece=utf8_encode($identifiant_espece);
|
|
|
306 |
|
|
|
307 |
$retour = array();
|
|
|
308 |
|
|
|
309 |
preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements);
|
|
|
310 |
if (isset($elements[1])) {
|
|
|
311 |
// Numero nomenclatural
|
|
|
312 |
$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);
|
|
|
313 |
$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $elements[1]);
|
|
|
314 |
} else {
|
|
|
315 |
// Numero taxonomique ou nom scientifique
|
|
|
316 |
preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements);
|
|
|
317 |
|
|
|
318 |
if (isset($elements[1])) {
|
|
|
319 |
// Numero taxonomique
|
|
|
320 |
$infos_taxon = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
|
|
|
321 |
$infos_taxon = $infos_taxon[0];
|
|
|
322 |
$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $infos_taxon['en_id_nom']);
|
|
|
323 |
} else {
|
|
|
324 |
// Nom scientifique
|
|
|
325 |
$id_nom = $this->decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece);
|
|
|
326 |
// Recherche du nom associe
|
|
|
327 |
$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);
|
|
|
328 |
if(is_array($id_nom) && isset($id_nom['en_id_nom'])) {
|
|
|
329 |
$infos_nom = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($id_nom['en_id_nom']);
|
|
|
330 |
if (is_array($infos_nom) && !empty($infos_nom)) {
|
|
|
331 |
$infos_nom = $infos_nom[0];
|
|
|
332 |
$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_nom), "en_id_nom" => $id_nom['en_id_nom']);
|
|
|
333 |
}
|
|
|
334 |
}
|
|
|
335 |
}
|
|
|
336 |
}
|
|
|
337 |
|
|
|
338 |
return $retour;
|
|
|
339 |
}
|
|
|
340 |
}
|
|
|
341 |
?>
|