| 1425 |
aurelien |
1 |
<?php
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|
|
2 |
/**
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|
|
3 |
* PHP Version 5
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4 |
*
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5 |
* @category PHP
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6 |
* @package jrest
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|
7 |
* @author David Delon <david@tela-botania.org>
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8 |
* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
|
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|
9 |
* @copyright 2010 Tela-Botanica
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|
10 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
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11 |
* @version SVN: <svn_id>
|
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|
12 |
* @link /doc/jrest/
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13 |
*/
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14 |
|
|
|
15 |
/**
|
|
|
16 |
*
|
|
|
17 |
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
|
|
|
18 |
* ne soit dépendant de la version d'eflore
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|
|
19 |
*/
|
|
|
20 |
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
|
|
|
21 |
|
| 1427 |
aurelien |
22 |
private $url_service_nom = null;
|
|
|
23 |
private $url_service_taxon = null;
|
|
|
24 |
private $url_service_chorologie = null;
|
|
|
25 |
|
| 1487 |
aurelien |
26 |
private $masque_recherche = null;
|
| 1527 |
aurelien |
27 |
private $code_referentiel = 'bdtfx';
|
| 1784 |
raphael |
28 |
|
|
|
29 |
// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()
|
|
|
30 |
// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591
|
|
|
31 |
public $is_notation_spe = FALSE;
|
|
|
32 |
|
| 1527 |
aurelien |
33 |
public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
|
|
|
34 |
parent::__construct($config);
|
|
|
35 |
$this->code_referentiel = $code_referentiel;
|
|
|
36 |
$this->formaterUrlsServices($config);
|
|
|
37 |
}
|
| 1487 |
aurelien |
38 |
|
| 1527 |
aurelien |
39 |
private function formaterUrlsServices($config) {
|
|
|
40 |
$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
|
|
|
41 |
$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
|
| 1427 |
aurelien |
42 |
$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
|
| 1425 |
aurelien |
43 |
}
|
|
|
44 |
|
|
|
45 |
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
|
|
|
46 |
|
|
|
47 |
$liste_genre_espece = array();
|
| 1487 |
aurelien |
48 |
$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
|
|
|
49 |
$masque = urlencode($this->masque_recherche);
|
| 1427 |
aurelien |
50 |
$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
| 1425 |
aurelien |
51 |
if($requete != '') {
|
|
|
52 |
$requete = json_decode($requete);
|
|
|
53 |
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
|
|
|
54 |
foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
|
| 1427 |
aurelien |
55 |
$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
|
| 1425 |
aurelien |
56 |
$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
|
|
|
57 |
}
|
|
|
58 |
}
|
| 1427 |
aurelien |
59 |
usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
|
| 1425 |
aurelien |
60 |
}
|
|
|
61 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
62 |
}
|
|
|
63 |
|
| 1427 |
aurelien |
64 |
function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
|
|
|
65 |
if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
|
|
|
66 |
return -1;
|
|
|
67 |
} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
|
|
|
68 |
return 1;
|
|
|
69 |
} else {
|
| 1487 |
aurelien |
70 |
return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
|
| 1427 |
aurelien |
71 |
}
|
| 1425 |
aurelien |
72 |
}
|
|
|
73 |
|
|
|
74 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
|
|
|
75 |
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
|
|
|
76 |
$retour_infos_complementaires = array();
|
| 1780 |
raphael |
77 |
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
|
|
|
78 |
$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
|
| 1425 |
aurelien |
79 |
}
|
|
|
80 |
|
|
|
81 |
return $retour_infos_complementaires;
|
|
|
82 |
}
|
|
|
83 |
|
|
|
84 |
public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
|
| 1487 |
aurelien |
85 |
$nom_saisi = trim($nom_saisi);
|
| 1486 |
aurelien |
86 |
// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
|
|
|
87 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, true);
|
|
|
88 |
if(empty($liste_genre_espece)) {
|
|
|
89 |
// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
|
|
|
90 |
$nom_saisi_sans_auteur = $this->supprimerAuteur($nom_saisi);
|
| 1787 |
raphael |
91 |
if($nom_saisi_sans_auteur) { // ne pas faire la requête sur un mot vide
|
|
|
92 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, true);
|
|
|
93 |
}
|
| 1486 |
aurelien |
94 |
if(empty($liste_genre_espece)) {
|
|
|
95 |
// Dernière tentative : essai de recherche étendue
|
|
|
96 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, false);
|
|
|
97 |
}
|
|
|
98 |
}
|
|
|
99 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
100 |
}
|
|
|
101 |
|
|
|
102 |
private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $stricte = true) {
|
| 1787 |
raphael |
103 |
$res = @json_decode(file_get_contents(sprintf('%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
|
|
|
104 |
$this->url_service_nom,
|
|
|
105 |
urlencode($nom_saisi),
|
|
|
106 |
($stricte ? 'stricte' : 'etendue'),
|
|
|
107 |
implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")))));
|
| 1780 |
raphael |
108 |
if(!$res) return NULL;
|
|
|
109 |
$resultat = (array)$res->resultat;
|
|
|
110 |
return array_pop($resultat);
|
| 1486 |
aurelien |
111 |
}
|
|
|
112 |
|
|
|
113 |
private function supprimerAuteur($nom_saisi) {
|
|
|
114 |
// Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
|
|
|
115 |
// mais ça marche dans la plupart des cas
|
|
|
116 |
// à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur
|
|
|
117 |
// TODO: gérer les hybrides
|
| 1425 |
aurelien |
118 |
$nameparser = new NameParser();
|
| 1486 |
aurelien |
119 |
if($this->estUnHybride($nom_saisi) || $this->estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
|
|
|
120 |
$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
|
|
|
121 |
$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
|
|
|
122 |
$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
|
|
|
123 |
} else {
|
|
|
124 |
$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
|
|
|
125 |
$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
|
|
|
126 |
}
|
|
|
127 |
|
|
|
128 |
$nom_saisi_sans_auteur = trim($nom_saisi_sans_auteur);
|
|
|
129 |
return $nom_saisi_sans_auteur;
|
|
|
130 |
}
|
|
|
131 |
|
|
|
132 |
private function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
|
|
|
133 |
return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
|
|
|
134 |
}
|
|
|
135 |
|
|
|
136 |
private function estUnHybride($nom_saisi) {
|
|
|
137 |
return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
|
|
|
138 |
}
|
|
|
139 |
|
| 1425 |
aurelien |
140 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
|
| 1780 |
raphael |
141 |
return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
|
| 1425 |
aurelien |
142 |
}
|
| 1780 |
raphael |
143 |
|
|
|
144 |
static function supprimerBiblio($nom) {
|
| 1425 |
aurelien |
145 |
return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
|
|
|
146 |
}
|
|
|
147 |
|
|
|
148 |
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
149 |
$nt = null;
|
| 1427 |
aurelien |
150 |
$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
|
| 1425 |
aurelien |
151 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
152 |
if($resultat != '') {
|
|
|
153 |
$infos = json_decode($resultat);
|
|
|
154 |
$nt = $infos->num_taxonomique;
|
|
|
155 |
}
|
|
|
156 |
|
|
|
157 |
return $nt;
|
|
|
158 |
}
|
|
|
159 |
|
|
|
160 |
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
|
|
|
161 |
$presence_taxon = false;
|
| 1427 |
aurelien |
162 |
$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
|
| 1425 |
aurelien |
163 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
164 |
if($resultat != '') {
|
|
|
165 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
|
|
166 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
|
|
167 |
$presence_taxon = true;
|
|
|
168 |
}
|
|
|
169 |
}
|
|
|
170 |
return $presence_taxon;
|
|
|
171 |
}
|
|
|
172 |
|
| 1780 |
raphael |
173 |
/* texte libre, nom scientifique,
|
| 1784 |
raphael |
174 |
ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999)
|
|
|
175 |
ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)
|
| 1780 |
raphael |
176 |
TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
|
| 1425 |
aurelien |
177 |
function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
|
| 1784 |
raphael |
178 |
preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);
|
|
|
179 |
if($elements) {
|
|
|
180 |
$this->is_notation_spe = TRUE;
|
|
|
181 |
list(, $ref, $type, $num) = $elements;
|
| 1796 |
raphael |
182 |
|
|
|
183 |
if($ref != $this->code_referentiel) {
|
|
|
184 |
// TODO: ignorer la colonne référentiel, et utiliser le référentiel donné
|
|
|
185 |
// mais il faut alors avertir le service (d'import/modif) d'utiliser le référentiel
|
|
|
186 |
// passé au nom d'espèce
|
|
|
187 |
}
|
| 1784 |
raphael |
188 |
// Numero nomenclatural
|
|
|
189 |
if ($type == 'nn') {
|
|
|
190 |
$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num);
|
|
|
191 |
}
|
|
|
192 |
// Numero taxonomique
|
|
|
193 |
else {
|
|
|
194 |
//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
|
|
|
195 |
$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));
|
|
|
196 |
}
|
| 1796 |
raphael |
197 |
if($obj) $obj->ref = $ref;
|
| 1784 |
raphael |
198 |
return $obj;
|
|
|
199 |
}
|
| 1746 |
raphael |
200 |
|
| 1780 |
raphael |
201 |
// Nom scientifique
|
|
|
202 |
return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
|
| 1425 |
aurelien |
203 |
}
|
| 1591 |
aurelien |
204 |
|
|
|
205 |
public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
206 |
$retour = array();
|
| 1780 |
raphael |
207 |
$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
|
| 1591 |
aurelien |
208 |
if($resultat != '') {
|
|
|
209 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
|
|
210 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
|
|
211 |
$retour = $resultat->resultat;
|
|
|
212 |
}
|
|
|
213 |
}
|
|
|
214 |
return $retour;
|
|
|
215 |
}
|
| 1425 |
aurelien |
216 |
}
|
|
|
217 |
?>
|