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1425 aurelien 1
<?php
2
/**
3
* PHP Version 5
4
*
5
* @category  PHP
6
* @package   jrest
7
* @author    David Delon <david@tela-botania.org>
8
* @author    Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
9
* @copyright 2010 Tela-Botanica
10
* @license   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
11
* @version   SVN: <svn_id>
12
* @link      /doc/jrest/
13
*/
14
 
15
/**
16
 *
17
 * La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
18
 * ne soit dépendant de la version d'eflore
19
 */
20
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
21
 
1427 aurelien 22
	private $url_service_nom = null;
23
	private $url_service_taxon = null;
24
	private $url_service_chorologie = null;
25
 
1487 aurelien 26
	private $masque_recherche = null;
1527 aurelien 27
	private $code_referentiel = 'bdtfx';
28
 
29
	public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
30
		parent::__construct($config);
31
		$this->code_referentiel = $code_referentiel;
32
		$this->formaterUrlsServices($config);
33
	}
1487 aurelien 34
 
1527 aurelien 35
	private function formaterUrlsServices($config) {
36
		$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
37
		$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
1427 aurelien 38
		$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
1425 aurelien 39
	}
40
 
41
	public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
42
 
43
		$liste_genre_espece = array();
1487 aurelien 44
		$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
45
		$masque = urlencode($this->masque_recherche);
1427 aurelien 46
		$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
1425 aurelien 47
		if($requete != '') {
48
			$requete = json_decode($requete);
49
			if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
50
				foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
1427 aurelien 51
					$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
1425 aurelien 52
					$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
53
				}
54
			}
1427 aurelien 55
			usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
1425 aurelien 56
		}
57
		return $liste_genre_espece;
58
	}
59
 
1427 aurelien 60
	function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
61
		if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
62
			return -1;
63
		} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
64
			return 1;
65
		} else {
1487 aurelien 66
			return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
1427 aurelien 67
		}
1425 aurelien 68
	}
69
 
70
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
71
 
72
		$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
73
		$retour_infos_complementaires = array();
74
		if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'] != '') {
75
           	$retour_infos_complementaires=array(($this->supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
76
	    }
77
 
78
		return $retour_infos_complementaires;
79
	}
80
 
81
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
1487 aurelien 82
		$nom_saisi = trim($nom_saisi);
1486 aurelien 83
		// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
84
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, true);
85
		if(empty($liste_genre_espece)) {
86
			// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
87
			$nom_saisi_sans_auteur = $this->supprimerAuteur($nom_saisi);
88
			$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, true);
89
			if(empty($liste_genre_espece)) {
90
				// Dernière tentative : essai de recherche étendue
91
				$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, false);
92
			}
93
		}
94
		return $liste_genre_espece;
95
	}
96
 
97
	private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $stricte = true) {
98
		$url_recherche = $this->getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte);
99
		$resultat = @file_get_contents($url_recherche);
100
		$liste_genre_espece = array();
101
		if($resultat != '') {
102
			$liste_genre_espece = $this->parserResultatRechercheTaxon($resultat);
103
		}
104
		return $liste_genre_espece;
105
	}
106
 
107
	private function getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte = true) {
108
		$type_recherche = $stricte ? 'stricte' : 'etendue';
109
		return $url_recherche_etendue = $this->url_service_nom.'?masque='.urlencode($nom_saisi).'&recherche='.$type_recherche.'&ns.format=txt&retour.champs=nom_sci,auteur,nom_retenu.id&navigation.limite=1';
110
	}
111
 
112
	private function supprimerAuteur($nom_saisi) {
113
		// Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
114
		// mais ça marche dans la plupart des cas
115
		// à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur
116
		// TODO: gérer les hybrides
1425 aurelien 117
		$nameparser = new NameParser();
1486 aurelien 118
		if($this->estUnHybride($nom_saisi) || $this->estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
119
			$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
120
			$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
121
			$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
122
		} else {
123
			$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
124
			$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
125
		}
126
 
127
		$nom_saisi_sans_auteur = trim($nom_saisi_sans_auteur);
128
		return $nom_saisi_sans_auteur;
129
	}
130
 
131
	private function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
132
		return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
133
	}
134
 
135
	private function estUnHybride($nom_saisi) {
136
		return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
137
	}
138
 
139
	private function parserResultatRechercheTaxon($resultat) {
1425 aurelien 140
		$liste_genre_espece = array();
1486 aurelien 141
		$resultat = json_decode($resultat);
142
		if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat)) {
143
			foreach ($resultat->resultat as $id => $res) {
144
				$nom_complet = $res->{'nom_sci'}.' '.$res->auteur;
145
				$liste_genre_espece[] = array($id,$nom_complet);
1425 aurelien 146
			}
1486 aurelien 147
		}
1425 aurelien 148
		return $liste_genre_espece;
149
	}
150
 
151
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($num_nom) {
152
		$infos_formatees = array();
153
		$infos = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom);
154
		if(is_object($infos)) {
155
			$infos_formatees = $this->formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos);
156
		}
157
		return $infos_formatees;
158
	}
159
 
160
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
1541 aurelien 161
		$infos = array();
1432 aurelien 162
		$url = $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille';
1425 aurelien 163
		$resultat = @file_get_contents($url);
164
		if($resultat != '') {
165
			$infos = json_decode($resultat);
166
		}
167
		return $infos;
168
	}
169
 
170
	private function formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos) {
171
		$infos = (array)$infos;
172
		return $infos_formatees = array(
173
			'Nom_Retenu' => $this->supprimerBiblio($infos['nom_retenu_complet']),
174
			'Num_Nom_Retenu' => $infos['nom_retenu.id'],
175
			'Num_Taxon' => $infos['num_taxonomique'],
176
			'Famille' => $infos['famille']
177
		);
1541 aurelien 178
		return $infos_formatees;
1425 aurelien 179
	}
180
 
181
	private function supprimerBiblio($nom) {
182
		return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
183
	}
184
 
185
	public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
186
		$nt = null;
1427 aurelien 187
		$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
1425 aurelien 188
		$resultat = @file_get_contents($url);
189
		if($resultat != '') {
190
			$infos = json_decode($resultat);
191
			$nt = $infos->num_taxonomique;
192
		}
193
 
194
		return $nt;
195
	}
196
 
197
	public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
198
		$presence_taxon = false;
1427 aurelien 199
		$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
1425 aurelien 200
		$resultat = @file_get_contents($url);
201
		if($resultat != '') {
202
			$resultat = json_decode($resultat);
203
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
204
				$presence_taxon = true;
205
			}
206
		}
207
		return $presence_taxon;
208
	}
209
 
210
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {
211
 
1426 aurelien 212
		$infos = array();
213
		//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
1427 aurelien 214
		$url = $this->url_service_taxon."/nt:".$numTax;
1426 aurelien 215
		$resultat = @file_get_contents($url);
216
		if($resultat != '') {
217
			$infos = json_decode($resultat);
218
		}
219
 
220
		return $infos;
1425 aurelien 221
	}
222
 
223
	function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
224
		// texte libre, nom scientifique,
225
		// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)
226
		// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
1746 raphael 227
 
1425 aurelien 228
		$retour = array();
1527 aurelien 229
		//TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels
1425 aurelien 230
		preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements);
231
		if (isset($elements[1])) {
232
			// Numero nomenclatural
233
			$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);
1426 aurelien 234
			$retour = array("nom_sel" => $infos_taxon['Nom_Retenu'], "en_id_nom" => $elements[1]);
1425 aurelien 235
		} else {
236
			//  Numero taxonomique ou nom scientifique
237
			preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements);
238
			if (isset($elements[1])) {
239
				// Numero taxonomique
1426 aurelien 240
				$infos_taxon = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
241
				if(isset($infos_taxon['nom_retenu.libelle']) && isset($infos_taxon['id'])) {
242
					$nom = $infos_taxon['nom_retenu.libelle'];
243
					$nom .= (isset($infos_taxon['auteur'])) ? ' '.$infos_taxon['auteur'] : '';
244
					$retour = array("nom_sel" => $nom,
245
									"en_id_nom" => $infos_taxon['id']);
246
				}
1425 aurelien 247
			} else {
248
				// Nom scientifique
1426 aurelien 249
				$id_nom = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
1425 aurelien 250
				// Recherche du nom associe
251
				$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);
1432 aurelien 252
				if(is_array($id_nom) && count($id_nom) > 0 && isset($id_nom[0][0]) && isset($id_nom[0][1])) {
1426 aurelien 253
					$nn = $id_nom[0][0];
1432 aurelien 254
					$retour = array("nom_sel" => $id_nom[0][1], "en_id_nom" => $id_nom[0][0]);
1425 aurelien 255
				}
256
			}
257
		}
258
 
259
		return $retour;
260
	}
1591 aurelien 261
 
262
	private function getUrlRechercheSynonymes($num_nom) {
263
		return $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min';
264
	}
265
 
266
	public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
267
		$retour = array();
268
		$resultat = @file_get_contents($this->getUrlRechercheSynonymes($num_nom));
269
		if($resultat != '') {
270
			$resultat = json_decode($resultat);
271
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
272
				$retour = $resultat->resultat;
273
			}
274
		}
275
		return $retour;
276
	}
1425 aurelien 277
}
278
?>