1425 |
aurelien |
1 |
<?php
|
|
|
2 |
/**
|
|
|
3 |
* PHP Version 5
|
|
|
4 |
*
|
|
|
5 |
* @category PHP
|
|
|
6 |
* @package jrest
|
|
|
7 |
* @author David Delon <david@tela-botania.org>
|
|
|
8 |
* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
|
|
|
9 |
* @copyright 2010 Tela-Botanica
|
|
|
10 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
|
|
|
11 |
* @version SVN: <svn_id>
|
|
|
12 |
* @link /doc/jrest/
|
|
|
13 |
*/
|
|
|
14 |
|
|
|
15 |
/**
|
|
|
16 |
*
|
|
|
17 |
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
|
|
|
18 |
* ne soit dépendant de la version d'eflore
|
|
|
19 |
*/
|
|
|
20 |
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
|
|
|
21 |
|
1427 |
aurelien |
22 |
private $url_service_nom = null;
|
|
|
23 |
private $url_service_taxon = null;
|
|
|
24 |
private $url_service_chorologie = null;
|
|
|
25 |
|
1487 |
aurelien |
26 |
private $masque_recherche = null;
|
1527 |
aurelien |
27 |
private $code_referentiel = 'bdtfx';
|
1784 |
raphael |
28 |
|
|
|
29 |
// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()
|
|
|
30 |
// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591
|
|
|
31 |
public $is_notation_spe = FALSE;
|
|
|
32 |
|
1527 |
aurelien |
33 |
public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
|
|
|
34 |
parent::__construct($config);
|
|
|
35 |
$this->code_referentiel = $code_referentiel;
|
|
|
36 |
$this->formaterUrlsServices($config);
|
|
|
37 |
}
|
1487 |
aurelien |
38 |
|
1527 |
aurelien |
39 |
private function formaterUrlsServices($config) {
|
|
|
40 |
$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
|
|
|
41 |
$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
|
1427 |
aurelien |
42 |
$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
|
1852 |
raphael |
43 |
$this->config = $config;
|
1425 |
aurelien |
44 |
}
|
|
|
45 |
|
|
|
46 |
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
|
|
|
47 |
|
|
|
48 |
$liste_genre_espece = array();
|
1487 |
aurelien |
49 |
$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
|
|
|
50 |
$masque = urlencode($this->masque_recherche);
|
1427 |
aurelien |
51 |
$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
1425 |
aurelien |
52 |
if($requete != '') {
|
|
|
53 |
$requete = json_decode($requete);
|
|
|
54 |
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
|
|
|
55 |
foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
|
1427 |
aurelien |
56 |
$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
|
1425 |
aurelien |
57 |
$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
|
|
|
58 |
}
|
|
|
59 |
}
|
1427 |
aurelien |
60 |
usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
|
1425 |
aurelien |
61 |
}
|
|
|
62 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
63 |
}
|
|
|
64 |
|
1427 |
aurelien |
65 |
function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
|
|
|
66 |
if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
|
|
|
67 |
return -1;
|
|
|
68 |
} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
|
|
|
69 |
return 1;
|
|
|
70 |
} else {
|
1487 |
aurelien |
71 |
return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
|
1427 |
aurelien |
72 |
}
|
1425 |
aurelien |
73 |
}
|
|
|
74 |
|
|
|
75 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
|
|
|
76 |
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
|
|
|
77 |
$retour_infos_complementaires = array();
|
1780 |
raphael |
78 |
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
|
|
|
79 |
$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
|
1425 |
aurelien |
80 |
}
|
|
|
81 |
|
|
|
82 |
return $retour_infos_complementaires;
|
|
|
83 |
}
|
|
|
84 |
|
|
|
85 |
public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
|
1487 |
aurelien |
86 |
$nom_saisi = trim($nom_saisi);
|
1486 |
aurelien |
87 |
// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
|
1862 |
raphael |
88 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'stricte');
|
|
|
89 |
if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
|
|
|
90 |
|
|
|
91 |
// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
|
|
|
92 |
if( ($nom_saisi_sans_auteur = self::supprimerAuteur($nom_saisi)) ) { // ne pas faire la requête sur un mot vide
|
|
|
93 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, 'stricte');
|
1486 |
aurelien |
94 |
}
|
1862 |
raphael |
95 |
if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
|
|
|
96 |
|
|
|
97 |
// avant-dernière tentative : essai de recherche étendue
|
|
|
98 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'etendue');
|
|
|
99 |
if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
|
|
|
100 |
|
|
|
101 |
// dernière tentative: concaténation (nom_sci,auteur) (= nom-retenu généré utilisé comme nom_sci)
|
|
|
102 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'concat');
|
|
|
103 |
|
1486 |
aurelien |
104 |
return $liste_genre_espece;
|
|
|
105 |
}
|
|
|
106 |
|
1862 |
raphael |
107 |
private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') {
|
1787 |
raphael |
108 |
$res = @json_decode(file_get_contents(sprintf('%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
|
|
|
109 |
$this->url_service_nom,
|
|
|
110 |
urlencode($nom_saisi),
|
1862 |
raphael |
111 |
$mode,
|
1787 |
raphael |
112 |
implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")))));
|
1780 |
raphael |
113 |
if(!$res) return NULL;
|
|
|
114 |
$resultat = (array)$res->resultat;
|
|
|
115 |
return array_pop($resultat);
|
1486 |
aurelien |
116 |
}
|
|
|
117 |
|
1833 |
raphael |
118 |
static function supprimerAuteur($nom_saisi) {
|
1486 |
aurelien |
119 |
// TODO: gérer les hybrides
|
1833 |
raphael |
120 |
if(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
|
1486 |
aurelien |
121 |
$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
|
|
|
122 |
$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
|
|
|
123 |
$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
|
|
|
124 |
} else {
|
1833 |
raphael |
125 |
/* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
|
|
|
126 |
mais ça marche dans la plupart des cas
|
|
|
127 |
à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur */
|
|
|
128 |
$nameparser = new NameParser();
|
1486 |
aurelien |
129 |
$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
|
|
|
130 |
$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
|
|
|
131 |
}
|
|
|
132 |
|
1833 |
raphael |
133 |
return trim($nom_saisi_sans_auteur);
|
1486 |
aurelien |
134 |
}
|
|
|
135 |
|
1833 |
raphael |
136 |
static function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
|
1486 |
aurelien |
137 |
return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
|
|
|
138 |
}
|
|
|
139 |
|
1833 |
raphael |
140 |
static function estUnHybride($nom_saisi) {
|
1486 |
aurelien |
141 |
return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
|
|
|
142 |
}
|
|
|
143 |
|
1852 |
raphael |
144 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) {
|
|
|
145 |
if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) {
|
|
|
146 |
return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' .
|
|
|
147 |
$ref . '/' .
|
|
|
148 |
'noms' . '/' .
|
|
|
149 |
$num_nom .
|
|
|
150 |
'?retour.champs=' . implode(',', array('nom_sci,auteur',
|
|
|
151 |
'id',
|
|
|
152 |
'nom_retenu_complet',
|
|
|
153 |
'nom_retenu.id',
|
|
|
154 |
'num_taxonomique',
|
|
|
155 |
'famille'))));
|
|
|
156 |
}
|
|
|
157 |
// XXX: compat
|
1780 |
raphael |
158 |
return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
|
1425 |
aurelien |
159 |
}
|
1780 |
raphael |
160 |
|
|
|
161 |
static function supprimerBiblio($nom) {
|
1805 |
raphael |
162 |
return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom));
|
1425 |
aurelien |
163 |
}
|
|
|
164 |
|
|
|
165 |
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
166 |
$nt = null;
|
1427 |
aurelien |
167 |
$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
|
1425 |
aurelien |
168 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
169 |
if($resultat != '') {
|
|
|
170 |
$infos = json_decode($resultat);
|
|
|
171 |
$nt = $infos->num_taxonomique;
|
|
|
172 |
}
|
|
|
173 |
|
|
|
174 |
return $nt;
|
|
|
175 |
}
|
|
|
176 |
|
|
|
177 |
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
|
|
|
178 |
$presence_taxon = false;
|
1427 |
aurelien |
179 |
$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
|
1425 |
aurelien |
180 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
|
|
181 |
if($resultat != '') {
|
|
|
182 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
|
|
183 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
|
|
184 |
$presence_taxon = true;
|
|
|
185 |
}
|
|
|
186 |
}
|
|
|
187 |
return $presence_taxon;
|
|
|
188 |
}
|
|
|
189 |
|
1780 |
raphael |
190 |
/* texte libre, nom scientifique,
|
1784 |
raphael |
191 |
ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999)
|
|
|
192 |
ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)
|
1780 |
raphael |
193 |
TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
|
1425 |
aurelien |
194 |
function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
|
1784 |
raphael |
195 |
preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);
|
|
|
196 |
if($elements) {
|
|
|
197 |
$this->is_notation_spe = TRUE;
|
|
|
198 |
list(, $ref, $type, $num) = $elements;
|
1796 |
raphael |
199 |
|
|
|
200 |
if($ref != $this->code_referentiel) {
|
|
|
201 |
// TODO: ignorer la colonne référentiel, et utiliser le référentiel donné
|
|
|
202 |
// mais il faut alors avertir le service (d'import/modif) d'utiliser le référentiel
|
|
|
203 |
// passé au nom d'espèce
|
1852 |
raphael |
204 |
// Seul le effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom() le supporte, car c'est encore
|
|
|
205 |
// un peu complexe à implémenter proprement pour cause d'attributs de classes.
|
1796 |
raphael |
206 |
}
|
1784 |
raphael |
207 |
// Numero nomenclatural
|
|
|
208 |
if ($type == 'nn') {
|
1852 |
raphael |
209 |
$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num, $ref);
|
1784 |
raphael |
210 |
}
|
|
|
211 |
// Numero taxonomique
|
|
|
212 |
else {
|
|
|
213 |
//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
|
|
|
214 |
$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));
|
|
|
215 |
}
|
1796 |
raphael |
216 |
if($obj) $obj->ref = $ref;
|
1784 |
raphael |
217 |
return $obj;
|
|
|
218 |
}
|
1746 |
raphael |
219 |
|
1780 |
raphael |
220 |
// Nom scientifique
|
|
|
221 |
return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
|
1425 |
aurelien |
222 |
}
|
1591 |
aurelien |
223 |
|
|
|
224 |
public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
|
|
|
225 |
$retour = array();
|
1780 |
raphael |
226 |
$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
|
1591 |
aurelien |
227 |
if($resultat != '') {
|
|
|
228 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
|
|
229 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
|
|
230 |
$retour = $resultat->resultat;
|
|
|
231 |
}
|
|
|
232 |
}
|
|
|
233 |
return $retour;
|
|
|
234 |
}
|
1425 |
aurelien |
235 |
}
|
|
|
236 |
?>
|