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Rev Author Line No. Line
370 mathilde 1 
<?php
2 
/** Exemple lancement:
3 
 * /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php baseflor -a chargerTous
4 
*/
5 
class Baseflor extends EfloreScript {
433 jpm 6 
 
370 mathilde 7 
	private $table = null;
433 jpm 8 
	private $fichierDonnees = '';
9 
	private $log = '';
10 
	private $nb_erreurs;
370 mathilde 11 
	private $erreurs_ligne;
12 
	private $ligne_num;
13 
	private $colonne_valeur;
14 
	private $colonne_num;
433 jpm 15 
	private $type_bio = array();
16 
	private $ss_type_bio = array();
17 
	private $signes_seuls = array();// basés sur valeurs trouvées (--> pas de légende !)
18 
	private $signes_nn_seuls = array();// basés sur valeurs trouvées (--> pas de légende !)
19 
	private $intervalles = array();
20 
	private $motifs = array();
370 mathilde 21 
 
22 
	public function executer() {
23 
		try {
24 
			$this->initialiserProjet('baseflor');
25 
			$cmd = $this->getParametre('a');
433 jpm 26 
			switch ($cmd) {
27 
				case 'chargerStructureSql' :
28 
					$this->chargerStructureSql();
370 mathilde 29 
					break;
433 jpm 30 
				case 'chargerMetadonnees':
31 
					$this->chargerMetadonnees();
370 mathilde 32 
					break;
433 jpm 33 
				case 'chargerOntologies' :
34 
					$this->chargerOntologies();
35 
					break;
36 
				case 'verifierDonnees' :
37 
					$this->verifFichier();
38 
					break;
39 
				case 'chargerDonnees' :
40 
					$this->chargerDonnees();
41 
					break;
370 mathilde 42 
				case 'genererChamps' :
433 jpm 43 
					 $this->genererChamps();
370 mathilde 44 
					 break;
433 jpm 45 
				case 'chargerTous':
46 
					$this->chargerStructureSql();
416 mathilde 47 
					$this->chargerMetadonnees();
433 jpm 48 
					$this->chargerOntologies();
49 
					$this->chargerDonnees();
50 
					$this->genererChamps();
416 mathilde 51 
					break;
439 mathilde 52 
				case 'insererDonneesRangSup' :
53 
					$this->insererDonneesBaseflorRangSupEcolo();
54 
					break;
433 jpm 55 
				case 'supprimerTous' :
56 
					$this->supprimerTous();
57 
					break;
439 mathilde 58 
				case 'voirRangSup' :
59 
					$this->voirRangSup();
60 
					break;
61 
				case 'voirRangSupEcologie' :
62 
					$this->voirRangSupEcologie();
63 
					break;
370 mathilde 64 
				default :
65 
					throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
66 
			}
67 
		} catch (Exception $e) {
68 
			$this->traiterErreur($e->getMessage());
69 
		}
433 jpm 70 
	}
370 mathilde 71 
 
439 mathilde 72 
	//-- traitement de la table baseflorRangSupInsertion --//
73 
 
74 
	private function  getClasseBaseflorRangSupInsertion() {
75 
		$conteneur = new Conteneur();
76 
		require_once dirname(__FILE__)."/BaseflorRangSupInsertion.php";
77 
		$rangSupInsert = new BaseflorRangSupInsertion($conteneur);///?
78 
		return $rangSupInsert;
79 
	}
80 
 
81 
 
82 
	private function insererDonneesBaseflorRangSupEcolo(){
83 
		$rangSupInsert = $this->getClasseBaseflorRangSupInsertion();
84 
		$rangSupInsert->insererDonnees();
85 
	}
86 
 
87 
	private function voirRangSup(){
88 
		$rangSupInsert = $this->getClasseBaseflorRangSupInsertion();
89 
		$rangSupInsert->testAscendantsDeBaseflor();
90 
	}
91 
 
92 
	private function voirRangSupEcologie(){
93 
		$rangSupInsert = $this->getClasseBaseflorRangSupInsertion();
94 
		$rangSupInsert->testEcologieAscendantsDeBaseflor();
95 
	}
96 
 
97 
 
98 
	//-- traitement de la table generer champs --//
433 jpm 99 
	private function genererChamps(){
100 
		$this->initialiserGenerationChamps();
101 
		$this->ajouterChamps();
102 
		$this->analyserChampsExistant();
103 
	}
370 mathilde 104 
 
433 jpm 105 
	private function initialiserGenerationChamps() {
106 
		$this->table = Config::get('tables.donnees');
107 
	}
370 mathilde 108 
 
433 jpm 109 
	private function ajouterChamps() {
110 
		$this->preparerTablePrChpsBDNT();
111 
		$this->preparerTablePrChpsNumTaxon();
112 
		$this->preparerTablePrChpsNumNomen();
113 
	}
114 
 
115 
	private function preparerTablePrChpsBDNT() {
116 
		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'BDNT' ";
117 
		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
118 
		if ($resultat === false) {
119 
			$requete = 	"ALTER TABLE {$this->table} ".
120 
					'ADD BDNT VARCHAR( 6 ) '.
121 
					'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci '.
122 
					'NOT NULL AFTER catminat_code ';
123 
			$this->getBdd()->requeter($requete);
124 
		}
125 
	}
126 
 
127 
	private function preparerTablePrChpsNumTaxon() {
128 
		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'num_taxon' ";
129 
		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
130 
		if ($resultat === false) {
131 
			$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
132 
					'ADD num_taxon INT( 10 ) NOT NULL '.
133 
					'AFTER catminat_code';
134 
			$this->getBdd()->requeter($requete);
135 
		}
136 
	}
137 
 
138 
	private function preparerTablePrChpsNumNomen() {
139 
		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'num_nomen' ";
140 
		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
141 
		if ($resultat === false) {
142 
			$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
143 
					'ADD num_nomen INT( 10 ) NOT NULL '.
144 
					'AFTER catminat_code';
145 
			$this->getBdd()->requeter($requete);
146 
		}
147 
	}
370 mathilde 148 
 
433 jpm 149 
	private function analyserChampsExistant() {
150 
		$resultats = $this->recupererTuplesNumsOriginels();
151 
		foreach ($resultats as $chps) {
152 
			$cle = $chps['cle'];
153 
			$nno = $chps['num_nomen_originel'];
154 
			$nto = $chps['num_taxon_originel'];
370 mathilde 155 
 
433 jpm 156 
			$valeurs = array();
157 
			$valeurs["BDNT"] = $this->genererChpsBDNT($nno, $nto);
158 
			$valeurs["num_taxon"] = $this->genererChpsNumTaxon($nto);
159 
			$valeurs["num_nomen"] = $this->genererChpsNumNomen($nno);
370 mathilde 160 
 
433 jpm 161 
			$this->remplirChamps($cle, $valeurs);
370 mathilde 162 
 
433 jpm 163 
			$this->afficherAvancement("Insertion des valeurs dans la base en cours");
164 
		}
165 
		echo "\n";
166 
	}
167 
 
168 
	private function recupererTuplesNumsOriginels(){
169 
		$requete = "SELECT cle, num_taxon_originel, num_nomen_originel FROM {$this->table} ";
170 
		$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
171 
		return $resultat;
172 
	}
173 
 
174 
	private function genererChpsBDNT($nno, $nto) {
175 
		$bdnt = '';
176 
		if (preg_match("/^([AB])[0-9]+$/", $nno, $retour) || preg_match("/^([AB])[0-9]+$/", $nto, $retour)){
177 
			if ($retour[1]=='A') {
178 
				$bdnt = "BDAFX";
179 
			} else {
180 
				$bdnt = "BDBFX";
181 
			}
182 
		} elseif (($nno == 'nc') && ($nto == 'nc')) {
183 
			$bdnt = "nc";
184 
		} else {
185 
			$bdnt = "BDTFX";
186 
		}
187 
		return $bdnt;
188 
	}
189 
 
190 
	private function genererChpsNumTaxon($nto){
191 
		$num_taxon = '';
192 
		if (preg_match("/^[AB]([0-9]+)$/", $nto, $retour)) {
193 
			$num_taxon = intval($retour[1]);
194 
		} elseif($nto == 'nc') {
195 
			$num_taxon = 0;
196 
		} else {
197 
			$num_taxon = intval($nto);
198 
		}
199 
		return $num_taxon;
200 
	}
201 
 
202 
	private function genererChpsNumNomen($nno) {
203 
		$num_nomen = '';
204 
		if (preg_match("/^[AB]([0-9]+)$/", $nno, $retour)) {
205 
			$num_nomen = intval($retour[1]);
206 
		} elseif ($nno == 'nc') {
207 
			$num_nomen = 0;
208 
		} else {
209 
			$num_nomen = intval($nno);
210 
		}
211 
		return $num_nomen;
212 
	}
213 
 
214 
	 private function remplirChamps($cle, $valeurs) {
215 
		foreach ($valeurs as $nomChamp => $valeurChamp) {
216 
			$valeurChamp = $this->getBdd()->proteger($valeurChamp);
217 
			$requete = "UPDATE {$this->table} SET $nomChamp = $valeurChamp WHERE cle = $cle ";
218 
			$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
219 
			if ($resultat === false) {
220 
				throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple clé = $cle");
221 
			}
222 
		}
223 
	}
224 
 
225 
	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
226 
	// chargements, suppression, exécution
227 
 
228 
	protected function chargerMetadonnees() {
229 
		$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.metadonnees'));
230 
		$this->executerScripSql($contenuSql);
231 
	}
232 
 
233 
	private function chargerOntologies() {
234 
		$chemin = Config::get('chemins.ontologies');
235 
		$table = Config::get('tables.ontologies');
236 
		$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
237 
			"REPLACE INTO TABLE $table ".
238 
			'CHARACTER SET utf8 '.
239 
			'FIELDS '.
240 
			"	TERMINATED BY '\t' ".
241 
			"	ENCLOSED BY '' ".
242 
			"	ESCAPED BY '\\\' "
243 
			;
244 
		$this->getBdd()->requeter($requete);
245 
	}
246 
 
247 
	protected function chargerStructureSql() {
248 
		$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSql'));
249 
		$this->executerScripSql($contenuSql);
250 
	}
251 
 
252 
	protected function executerScripSql($sql) {
253 
		$requetes = Outils::extraireRequetes($sql);
254 
		foreach ($requetes as $requete) {
255 
			$this->getBdd()->requeter($requete);
256 
		}
257 
	}
258 
 
259 
	private function chargerDonnees() {
260 
		$this->verifFichier();
261 
		if ($this->nb_erreurs > 0) {
262 
			$e = "Je ne peux pas charger les données car le fichier comporte des erreurs.".
263 
					"Voir le fichier baseflor_verif.txt\n";
264 
			throw new Exception($e);
265 
		}
266 
 
267 
		$table = Config::get('tables.donnees');
268 
		$requete = "LOAD DATA INFILE '".Config::get('chemins.donnees')."' ".
269 
			"REPLACE INTO TABLE $table ".
270 
			'CHARACTER SET utf8 '.
271 
			'FIELDS '.
272 
			"	TERMINATED BY '\t' ".
273 
			"	ENCLOSED BY '' ".
274 
			"	ESCAPED BY '\\\'";
275 
		$this->getBdd()->requeter($requete);
276 
	}
277 
 
278 
	private function supprimerTous() {
279 
		$requete = "DROP TABLE IF EXISTS baseflor_meta, baseflor_ontologies, baseflor_v2012_03_19";
280 
		$this->getBdd()->requeter($requete);
281 
	}
282 
 
283 
	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
284 
	// vérifications de données
285 
 
286 
	//verifie la cohérence des valeurs des colonnes
287 
	private function verifFichier(){
288 
		$this->initialiserParametresVerif();
289 
 
290 
		$lignes = file($this->fichierDonnees, FILE_IGNORE_NEW_LINES);
291 
		if ($lignes != false) {
292 
			$this->ajouterAuLog("!!! REGARDEZ LES COLONNES DANS NUMERO_COLONNES_IMPORTANT.TXT.");
293 
			foreach ($lignes as $this->ligne_num => $ligne) {
294 
				$this->verifierErreursLigne($ligne);
295 
				$this->afficherAvancement("Vérification des lignes");
296 
			}
297 
			echo "\n";
298 
		} else {
299 
			$this->traiterErreur("Le fichier {$this->fichierDonnees} ne peut pas être ouvert.");
300 
		}
301 
 
302 
		if ($this->nb_erreurs == 0) {
303 
			$this->ajouterAuLog("Il n'y a pas d'erreurs.");
304 
		}
305 
		$this->traiterInfo($this->nb_erreurs." erreurs");
306 
 
307 
		$this->ecrireFichierLog();
308 
	}
309 
 
310 
	//vérifie par colonnes les erreurs d'une ligne
311 
	private function verifierErreursLigne($ligne){
312 
		$this->erreurs_ligne = array();
313 
		$colonnes = explode("\t", $ligne);
314 
		if (isset($colonnes)) {
315 
			foreach ($colonnes as $this->colonne_num => $this->colonne_valeur) {
316 
				if (( $this->colonne_num > 0 && $this->colonne_num < 15 )
317 
						|| $this->colonne_num == 16
318 
						|| ($this->colonne_num > 18 && $this->colonne_num < 23)
319 
						|| $this->colonne_num > 39) {
320 
					$this->verifierColonne();
321 
				} elseif ($this->colonne_num == 15) {
322 
					$this->verifierTypeBio();
323 
				} elseif ($this->colonne_num >= 23 && $this->colonne_num <= 32) {
324 
					$this->verifierIntervalles($this->colonne_valeur);
325 
				} elseif ($this->colonne_num >= 33 && $this->colonne_num < 41) {
326 
					$this->verifierValeursIndic();
327 
				}
328 
			}
329 
		} else {
330 
			$message = "Ligne {$this->ligne_num} : pas de tabulation";
331 
			$this->ajouterAuLog($message);
332 
		}
333 
 
334 
		$this->controlerErreursLigne();
335 
	}
336 
 
337 
	private function verifierColonne(){
338 
		$motif = $this->motifs[$this->colonne_num];
339 
		if (preg_match($motif, $this->colonne_valeur) == 0 && $this->verifierSiVide() == false){
340 
			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
341 
		}
342 
	}
343 
 
344 
	private function verifierSiVide(){
345 
		$vide = ($this->colonne_valeur  == '') ? true : false;
346 
		return $vide;
347 
	}
348 
 
349 
	private function verifierTypeBio(){
350 
		if (preg_match("/(.+)\((.+)\)$/", $this->colonne_valeur, $retour) == 1) {
351 
			$this->verifierTypeEtSsType($retour[1]);
352 
			$this->verifierTypeEtSsType($retour[2]);
353 
		} else {
354 
			$this->verifierTypeEtSsType($this->colonne_valeur);
355 
		}
356 
	}
357 
 
358 
	private function verifierTypeEtSsType($chaine_a_verif){
359 
		if (preg_match("/^([a-zA-Zé]+)\-(.+)$|^([a-zA-Zé]+[^\-])$/", $chaine_a_verif, $retour) == 1) {
360 
			$type = (isset($retour[3])) ? $retour[3] : $retour[1];
361 
			$this->verifierType($type);
362 
 
363 
			$sousType = $retour[2];
364 
			$this->verifierSousType($sousType);
365 
		}
366 
	}
367 
 
368 
	private function verifierType($type) {
369 
		if (in_array($type, $this->type_bio) == false) {
370 
			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
371 
		}
372 
	}
373 
 
374 
	private function verifierSousType($sousType) {
375 
		if ($sousType != ''){
376 
			$ss_type = explode('-', $sousType);
377 
			foreach ($ss_type as $sst) {
378 
				if (in_array($sst, $this->ss_type_bio) == false) {
379 
					$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
380 
				}
381 
			}
382 
		}
383 
	}
384 
 
385 
	private function verifierIntervalles($valeur){
386 
		if ($valeur != '') {
387 
			list($min, $max) = explode('-', $this->intervalles[$this->colonne_num]);
388 
			if ($valeur < $min || $valeur > $max){
389 
				$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
390 
			}
391 
		}
392 
	}
393 
 
394 
	private function verifierValeursIndic(){
395 
		if (preg_match("/^([^0-9])*([0-9]+)([^0-9])*$/", $this->colonne_valeur, $retour) == 1){
396 
			$this->verifierIntervalles($retour[2]);
397 
			if (isset($retour[3]) && in_array($retour[3], $this->signes_nn_seuls) == false){
398 
				$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
399 
			}
400 
			if ($retour[1] != '-' && $retour[1] != ''){
401 
				$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
402 
			}
403 
		} elseif (in_array( $this->colonne_valeur, $this->signes_seuls) == false && $this->verifierSiVide() == false) {
404 
			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
405 
		}
406 
	}
407 
 
408 
	private function controlerErreursLigne() {
409 
		$nbreErreursLigne = count($this->erreurs_ligne);
410 
		$this->nb_erreurs += $nbreErreursLigne;
411 
		if ($nbreErreursLigne != 0) {
412 
			$this->ajouterAuLog("Erreurs sur la ligne {$this->ligne_num}");
413 
			$ligneLog = '';
414 
			foreach ($this->erreurs_ligne as $cle => $v){
415 
				$ligneLog .= "colonne $cle : $v - ";
416 
			}
417 
			$this->ajouterAuLog($ligneLog);
418 
		}
419 
	}
420 
 
421 
	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
422 
	// Chargement Paramètres
423 
 
424 
	private function initialiserParametresVerif() {
425 
		$this->nb_erreurs = 0;
426 
		$this->fichierDonnees = Config::get('chemins.donnees');
427 
		$this->type_bio = $this->getParametreTableau('Parametres.typesBio');
428 
		$this->ss_type_bio = $this->getParametreTableau('Parametres.sousTypesBio');
429 
		$this->signes_seuls = $this->getParametreTableau('Parametres.signesSeuls');
430 
		$this->signes_nn_seuls = $this->getParametreTableau('Parametres.signesNonSeuls');
431 
		$this->intervalles = $this->inverserTableau($this->getParametreTableau('Parametres.intervalles'));
432 
		$this->motifs = $this->inverserTableau($this->getParametreTableau('Parametres.motifs'));
439 mathilde 433 
 
433 jpm 434 
	}
435 
 
436 
	private function getParametreTableau($cle) {
437 
		$tableau = array();
438 
		$parametre = Config::get($cle);
439 
		if (empty($parametre) === false) {
440 
			$tableauPartiel = explode(',', $parametre);
441 
			$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
442 
			foreach ($tableauPartiel as $champ) {
443 
				if (strpos($champ, '=') !== false && strlen($champ) >= 3) {
444 
					list($cle, $val) = explode('=', $champ);
445 
					$tableau[trim($cle)] = trim($val);
446 
				} else {
447 
					$tableau[] = trim($champ);
448 
				}
449 
			}
450 
		}
451 
		return $tableau;
452 
	}
453 
 
454 
	private function inverserTableau($tableau) {
455 
		$inverse = array();
456 
		foreach ($tableau as $cle => $valeurs) {
457 
			$valeurs = explode(';', $valeurs);
458 
			foreach ($valeurs as $valeur) {
459 
				$inverse[$valeur] = $cle;
460 
			}
461 
		}
462 
		return $inverse;
463 
	}
464 
 
465 
	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
466 
	// Gestion du Log
467 
 
468 
	private function ajouterAuLog($txt) {
469 
		$this->log .= "$txt\n";
470 
	}
471 
 
472 
	private function ecrireFichierLog() {
473 
		$fichierLog = dirname(__FILE__).'/log/verification.log';
474 
		file_put_contents($fichierLog, $this->log);
475 
	}
370 mathilde 476 
}
477 
?>