| 11 |
jpm |
1 |
<?php
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2 |
/**
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|
3 |
* declare(encoding='UTF-8');
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4 |
* Exemple de lancement du script : :
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5 |
* /opt/lampp/bin/php cli.php bdtfx -a nomSciHtml -t bdtfx_v1_01
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6 |
* Classe permettant de créer le nom scientifique au format HTML.
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7 |
* @category php 5.2
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8 |
* @package bdtfx
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9 |
* @author Jennifer DHÉ <jennifer@tela-botanica.org>
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10 |
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
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11 |
* @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
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12 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
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|
13 |
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
|
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14 |
* @version $Id$
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|
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15 |
*/
|
|
|
16 |
class Bdtfx extends Script {
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|
|
17 |
protected $bdd = null;
|
|
|
18 |
protected $table = null;
|
|
|
19 |
protected $num = null;
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|
|
20 |
protected $compo_nom = array();
|
|
|
21 |
protected $abbr = array (
|
|
|
22 |
'infra-gen.' => 'Infra-Genre',
|
|
|
23 |
'sect.' => 'Section',
|
|
|
24 |
'subsect.' => 'Sous-Section',
|
|
|
25 |
'ser.' => 'Série',
|
|
|
26 |
'subser.' => 'Sous-Série',
|
|
|
27 |
'gr.' => 'Groupe',
|
|
|
28 |
'agg.' => 'Agrégat',
|
|
|
29 |
'sp.' => 'Espèce',
|
|
|
30 |
'subsp.' => 'Sous-Espèce',
|
|
|
31 |
'infra-sp.' => 'Infra-Espèce',
|
|
|
32 |
'var.' => 'Variété',
|
|
|
33 |
'subvar.' => 'Sous-Variété',
|
|
|
34 |
'fa' => 'Forme',
|
|
|
35 |
'subf.' => 'Sous-Forme',
|
|
|
36 |
'f. sp.' => 'Forma species',
|
|
|
37 |
'proles' => 'Race prole'
|
|
|
38 |
);
|
|
|
39 |
private $nomSciTpl = '<span class=sci>%s</span>';
|
|
|
40 |
private $nomSupraGenTpl = '<span class="supra_gen">%s</span>';
|
|
|
41 |
private $genTpl = '<span class="gen">%s</span>';
|
|
|
42 |
private $infraGenTpl = '<span class="infra-gen">%s</span>';
|
|
|
43 |
private $spFHTpl = '<span class="gen">%s</span> <span class="sp">%s</span>';
|
|
|
44 |
private $typeEpitheteTpl = '<abbr class="type_epithete" title="%s">%s</abbr>';
|
|
|
45 |
private $infraSpFHTpl = '<span class="gen">%s</span> <span class="sp">%s</span> <abbr class="type-epithete" title="%s">%s</abbr> <span class="infra-sp">%s</span>';
|
|
|
46 |
private $formuleHybTpl = '<span class="formule-hyb">%s</span>';
|
|
|
47 |
protected $table_requete;
|
|
|
48 |
protected $limite_req_tuples = 10000;
|
|
|
49 |
protected $depart_req_tuples = 0;
|
|
|
50 |
|
|
|
51 |
protected $parametres_autorises = array(
|
|
|
52 |
'-t' => array(true, true, 'Nom de la table qui doit être traitée'));
|
|
|
53 |
|
|
|
54 |
public function executer() {
|
|
|
55 |
// Lancement de l'action demandée
|
|
|
56 |
$cmd = $this->getParametre('a');
|
|
|
57 |
switch ($cmd) {
|
|
|
58 |
case 'nomSciHtml' :
|
|
|
59 |
$this->genererNomSciHtml();
|
|
|
60 |
break;
|
|
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61 |
default :
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|
|
62 |
$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
|
|
|
63 |
}
|
|
|
64 |
}
|
|
|
65 |
|
|
|
66 |
private function genererNomSciHtml() {
|
|
|
67 |
$this->initialiser();
|
|
|
68 |
|
|
|
69 |
$nbtot = $this->recupererNbTotalTuples();
|
|
|
70 |
while ($this->depart_req_tuples < $nbtot) {
|
|
|
71 |
$resultat = $this->recupererTuples();
|
|
|
72 |
$nb_tot_res = count($resultat);
|
|
|
73 |
$compteur = 1;
|
|
|
74 |
foreach ($resultat as $tuples => $infos) { //pour chaque tuple
|
|
|
75 |
$this->initialiserVariables($infos);
|
|
|
76 |
|
|
|
77 |
$nomSciHtml = '';
|
|
|
78 |
$nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseNomSupraGen();
|
|
|
79 |
$nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['genre'], 'gen');
|
|
|
80 |
$nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseInfraGen();
|
|
|
81 |
$nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['epithete_sp'], 'sp');
|
|
|
82 |
$nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseTypeInfraSp();
|
|
|
83 |
$nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['epithete_infra_sp'], 'infra-sp');
|
|
|
84 |
$nomSciHtml .= $this->ajouterCultivarGpComm();
|
|
|
85 |
|
|
|
86 |
if ($nomSciHtml != '') {
|
|
|
87 |
$this->table_requete[$this->num] = sprintf($this->nomSciTpl, trim($nomSciHtml));
|
|
|
88 |
}
|
|
|
89 |
if (count($this->table_requete) == 1000) {
|
|
|
90 |
$this->lancerRequeteModification();
|
|
|
91 |
array_splice($this->table_requete, 0);
|
|
|
92 |
} elseif ($compteur == $nb_tot_res) {
|
|
|
93 |
$this->lancerRequeteModification();
|
|
|
94 |
}
|
|
|
95 |
$compteur++;
|
|
|
96 |
$this->afficherAvancement('Génération des noms scientifique au format HTML en cours');
|
|
|
97 |
}
|
|
|
98 |
}
|
|
|
99 |
echo "\n";
|
|
|
100 |
}
|
|
|
101 |
|
|
|
102 |
private function initialiser() {
|
|
|
103 |
$this->bdd = new Bdd();
|
|
|
104 |
$this->table = $this->getParametre('t');
|
|
|
105 |
$this->preparerTable();
|
|
|
106 |
}
|
|
|
107 |
|
|
|
108 |
private function preparerTable() {
|
|
|
109 |
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_sci_html' ";
|
|
|
110 |
$resultat = $this->bdd->recuperer($requete);
|
|
|
111 |
if ($resultat === false) {
|
|
|
112 |
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
|
|
|
113 |
'ADD nom_sci_html VARCHAR( 500 ) '.
|
|
|
114 |
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
|
|
|
115 |
$this->bdd->requeter($requete);
|
|
|
116 |
}
|
|
|
117 |
}
|
|
|
118 |
|
|
|
119 |
private function recupererNbTotalTuples(){
|
|
|
120 |
$req = "SELECT count(*) AS nb FROM {$this->table} ";
|
|
|
121 |
$res = $this->bdd->recuperer($req);
|
|
|
122 |
return $res['nb'];
|
|
|
123 |
}
|
|
|
124 |
|
|
|
125 |
private function recupererTuples() {
|
|
|
126 |
$requete = 'SELECT num_nom, rang, nom_supra_generique, genre, epithete_infra_generique, '.
|
|
|
127 |
' epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp,cultivar_groupe, '.
|
|
|
128 |
' nom_commercial, cultivar '.
|
|
|
129 |
"FROM {$this->table} ".
|
|
|
130 |
"LIMIT {$this->depart_req_tuples},{$this->limite_req_tuples} ";
|
|
|
131 |
|
|
|
132 |
$resultat = $this->bdd->recupererTous($requete);
|
|
|
133 |
$this->depart_req_tuples += 10000;
|
|
|
134 |
return $resultat;
|
|
|
135 |
}
|
|
|
136 |
|
|
|
137 |
private function initialiserVariables($infos) {
|
|
|
138 |
$this->num = $infos['num_nom'];
|
|
|
139 |
$this->compo_nom = $infos;
|
|
|
140 |
}
|
|
|
141 |
|
|
|
142 |
private function ajouterBaliseNomSupraGen() {
|
|
|
143 |
$html = '';
|
|
|
144 |
if ($this->compo_nom['nom_supra_generique'] != '') {
|
|
|
145 |
$html = sprintf($this->nomSupraGenTpl, $this->compo_nom['nom_supra_generique']);
|
|
|
146 |
}
|
|
|
147 |
return $html;
|
|
|
148 |
}
|
|
|
149 |
|
|
|
150 |
private function ajouterTypeEpithete($type) {
|
|
|
151 |
if (!array_key_exists($type, $this->abbr)) {
|
|
|
152 |
$this->abbr[$type] = $type;
|
|
|
153 |
}
|
|
|
154 |
}
|
|
|
155 |
|
|
|
156 |
private function ajouterBaliseInfraGen() {
|
|
|
157 |
$html = '';
|
|
|
158 |
if ($this->verifierTypeInfraGen()) {
|
|
|
159 |
$html .= $this->ajouterBaliseTypeInfraGen();
|
|
|
160 |
} else {
|
|
|
161 |
if ($this->avoirInfo('epithete_infra_generique')) {
|
|
|
162 |
$html .= sprintf($this->infraGenTpl, $this->compo_nom['epithete_infra_generique']);
|
|
|
163 |
}
|
|
|
164 |
}
|
|
|
165 |
return $html;
|
|
|
166 |
}
|
|
|
167 |
|
|
|
168 |
private function verifierTypeInfraGen() {
|
|
|
169 |
$ok = false;
|
|
|
170 |
if ($this->compo_nom['type_epithete'] != '' && $this->compo_nom['epithete_infra_generique'] != '') {
|
|
|
171 |
$this->ajouterTypeEpithete($this->compo_nom['type_epithete']);
|
|
|
172 |
$ok = true;
|
|
|
173 |
}
|
|
|
174 |
return $ok;
|
|
|
175 |
}
|
|
|
176 |
|
|
|
177 |
private function ajouterBaliseTypeInfraGen() {
|
|
|
178 |
$html = '';
|
|
|
179 |
$type = $this->compo_nom['type_epithete'];
|
|
|
180 |
|
|
|
181 |
if ($type == 'agg.') { // Ajout de l'infra gen avant le type s'il est égal à agg.
|
|
|
182 |
$html .= ' '.$this->ajouterBaliseInfraGen().
|
|
|
183 |
' '.sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type);
|
|
|
184 |
} else {
|
|
|
185 |
$html .= ' '.sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type).
|
|
|
186 |
' '.$this->ajouterBaliseInfraGen();
|
|
|
187 |
}
|
|
|
188 |
return $html;
|
|
|
189 |
}
|
|
|
190 |
|
|
|
191 |
private function ajouterBaliseTypeInfraSp() {
|
|
|
192 |
$html = '';
|
|
|
193 |
$type = $this->compo_nom['type_epithete'];
|
|
|
194 |
$infraSp = $this->compo_nom['epithete_infra_sp'];
|
|
|
195 |
|
|
|
196 |
if ($infraSp != '') {
|
|
|
197 |
if ($type != '') {
|
|
|
198 |
$this->ajouterTypeEpithete($type);
|
|
|
199 |
$html = ' '.sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type);
|
|
|
200 |
} else {
|
|
|
201 |
$message = "Nom #%s contient un épithète infra-spécifique mais son type n'est pas renseigné.";
|
|
|
202 |
$this->traiterErreur($message, array($this->num));
|
|
|
203 |
}
|
|
|
204 |
}
|
|
|
205 |
return $html;
|
|
|
206 |
}
|
|
|
207 |
|
|
|
208 |
private function ajouterCultivarGpComm() {
|
|
|
209 |
$html = '';
|
|
|
210 |
if ($this->avoirInfo('cultivar_groupe')) {
|
|
|
211 |
$html .= ' '.$this->ajouterCultivarGroupe();
|
|
|
212 |
}
|
|
|
213 |
if ($this->avoirInfo('nom_commercial')) {
|
|
|
214 |
$html .= ' <span class="commercial">'.$this->compo_nom['nom_commercial'].'</span>';
|
|
|
215 |
}
|
|
|
216 |
if ($this->avoirInfo('cultivar')) {
|
|
|
217 |
$html .= ' <span class="cultivar">\''.$this->compo_nom['cultivar'].'\'</span>';
|
|
|
218 |
}
|
|
|
219 |
return $html;
|
|
|
220 |
}
|
|
|
221 |
|
|
|
222 |
private function avoirInfo($valeur) {
|
|
|
223 |
return (isset($this->compo_nom[$valeur]) && $this->compo_nom[$valeur] != '') ? true : false;
|
|
|
224 |
}
|
|
|
225 |
|
|
|
226 |
/**
|
|
|
227 |
* Permet d'ajouter les groupes de cultivar en fonction de la présence d'un cultivar et de la présence d'un grex
|
|
|
228 |
*
|
|
|
229 |
* L'ensemble des individus obtenu par une fécondation particulière s'appelle un le Grex (que pour les orchidées).
|
|
|
230 |
* Au sein du grex, certains individus peuvent se distinguer par des formes, des coloris ou autres qui font que
|
|
|
231 |
* l'obtenteur du grex va les sélectionner.
|
|
|
232 |
* les noms de groupes de cultivars sont suivis de l'abréviation « Gp » et placés entre parenthèses
|
|
|
233 |
* les noms de grex, s'ils sont utilisés devant une épithète de cultivar, ne se mettent pas entre parenthèses
|
|
|
234 |
* ex : Cymbidium Alexanderi gx 'Westonbirt' (cultivar_groupe = Alexanderi gx) ;
|
|
|
235 |
* les noms de groupe se mettent entre parenthèses s'ils sont devant une épithète de cultivar
|
|
|
236 |
* ex : Dracaena fragrans (Deremenis Gp) 'Christianne' (cultivar_groupe = Deremenis)
|
|
|
237 |
* Un grex peut contenir des groupes (rédaction d'un exemple de l'ICNCP)
|
|
|
238 |
* ex : × Rhyncosophrocattleya Marie Lemon Stick grex Francis Suzuki Group
|
|
|
239 |
* ou : × Rhyncosophrocattleya Marie Lemon Stick gx Francis Suzuki Gp
|
|
|
240 |
* @param unknown_type $val
|
|
|
241 |
*
|
|
|
242 |
*/
|
|
|
243 |
private function ajouterCultivarGroupe() {
|
|
|
244 |
$html = '';
|
|
|
245 |
if ($this->avoirInfo('cultivar_groupe')) { //si le champ cultivar_groupe n'est pas vide
|
|
|
246 |
if ($this->compo_nom['cultivar']) { //si il y a un cultivar, on ajoute des parenthèses au group (mais pas au grex)
|
|
|
247 |
if (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx ') !== false) { //si le grex est composé de groupe
|
|
|
248 |
$tab_gp = explode(' gx ', $this->compo_nom['cultivar_groupe']);
|
|
|
249 |
$html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0].
|
|
|
250 |
' <abbr title="grex">gx </abbr>('.$tab_gp[1].
|
|
|
251 |
' <abbr title="groupe">Gp</abbr>)</span>';
|
|
|
252 |
} elseif (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx') !== false) { //si il y a un grex et pas de groupe
|
|
|
253 |
$tab_gp = explode(' gx', $this->compo_nom['cultivar_groupe']);
|
|
|
254 |
$html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0].' <abbr title="grex">gx</abbr></span>';
|
|
|
255 |
} else { //si il n'y a pas de grex mais un groupe
|
|
|
256 |
$html = ' <span class="gp">'.$this->compo_nom['cultivar_groupe'].' <abbr title="groupe">Gp</abbr>)</span>';
|
|
|
257 |
}
|
|
|
258 |
} else { //s'il n'y a pas de cultivar
|
|
|
259 |
if (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx ') !== false) { //si le grex est composé de groupe
|
|
|
260 |
$tab_gp = explode(' gx ', $this->compo_nom['cultivar_groupe']);
|
|
|
261 |
$html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0].
|
|
|
262 |
' <abbr title="grex">gx</abbr>'.$tab_gp[1].
|
|
|
263 |
' <abbr title="groupe">Gp</abbr></span>';
|
|
|
264 |
} elseif (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx') !== false) { //si il y a un grex et pas de groupe
|
|
|
265 |
$tab_gp = explode(' gx', $this->compo_nom['cultivar_groupe']);
|
|
|
266 |
$html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0].' <abbr title="grex">gx</abbr></span>';
|
|
|
267 |
} else { //si il n'y a pas de grex mais un groupe
|
|
|
268 |
$html = ' <span class="gp">'.$this->compo_nom['cultivar_groupe'].' <abbr title="groupe">Gp</abbr></span>';
|
|
|
269 |
}
|
|
|
270 |
}
|
|
|
271 |
}
|
|
|
272 |
return $html;
|
|
|
273 |
}
|
|
|
274 |
|
|
|
275 |
/**
|
|
|
276 |
*
|
|
|
277 |
* Permet de repérer s'il s'agit d'un hybride (infra-sp, genre, sp) ou d'une chimère.
|
|
|
278 |
* @param unknown_type $val
|
|
|
279 |
* @param unknown_type $type
|
|
|
280 |
*/
|
|
|
281 |
private function verifierHybridite($epithete, $type) {
|
|
|
282 |
$html = '';
|
|
|
283 |
if ($epithete != '') {
|
|
|
284 |
if (substr($epithete, 0, 2) == 'x ') {
|
|
|
285 |
$html = ' <span class=hyb>x <span class="'.$type.'">'.str_replace('x ', '', $epithete).'</span></span>';
|
|
|
286 |
} elseif (substr($epithete, 0, 2) == '+ ') {
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287 |
$html = ' <span class=chimere>+ <span class="'.$type.'">'.str_replace('+ ', '', $epithete).'</span></span>';
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288 |
} else if (substr_count($epithete, ' x ') > 1) {// Cas d'une formule d'hybridité comprenant des parents hybrides
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289 |
$html = ' '.$this->insererBaliseFormuleHyb($epithete);
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290 |
} elseif (substr_count($epithete, ' x ') == 1) {// Cas d'une formule d'hybridité simple
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291 |
$html = ' '.$this->ajouterFomuleHybridite($epithete, $type);
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292 |
} else {
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293 |
$html = ' <span class="'.$type.'">'.$epithete.'</span>';
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294 |
}
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295 |
}
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296 |
return $html;
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297 |
}
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298 |
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299 |
private function ajouterFomuleHybridite($formule, $type) {
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300 |
$tab_x = explode(' x ', $formule);
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301 |
$formule_hyb = array();
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302 |
switch ($type) {
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303 |
case 'gen' :
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304 |
foreach ($tab_x as $hyb) {
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305 |
$formule_hyb[] = sprintf($this->genTpl, $hyb);
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306 |
}
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307 |
break;
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308 |
case 'sp' :
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309 |
foreach ($tab_x as $hyb) {
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310 |
if (substr_count($hyb, ' ') >= 1) {
|
|
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311 |
list($gen, $sp) = explode(' ', $hyb);
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|
312 |
$formule_hyb[] = sprintf($this->spFHTpl, $gen, $sp);
|
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313 |
} else {
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314 |
$avertissement = "Nom #%s : la valeur d'hybride '%s' ne contenait pas d'espace .";
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315 |
$this->traiterAvertissement($avertissement, array($this->num, $hyb));
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316 |
}
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317 |
}
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318 |
break;
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319 |
case 'infra-sp' :
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320 |
foreach ($tab_x as $hyb) {
|
|
|
321 |
list($gen, $sp, $typeEpithete, $infraSp) = explode (' ', $hyb);
|
|
|
322 |
$formule_hyb[] = sprintf($this->infraSpFHTpl, $gen, $sp, $this->abbr[$typeEpithete], $typeEpithete, $infraSp);
|
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323 |
}
|
|
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324 |
break;
|
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325 |
default : break;
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326 |
}
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327 |
return $this->insererBaliseFormuleHyb(implode(' x ', $formule_hyb));
|
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328 |
}
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329 |
|
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330 |
private function insererBaliseFormuleHyb($formule) {
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|
331 |
return sprintf($this->formuleHybTpl, $formule);
|
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|
332 |
}
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333 |
|
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334 |
private function lancerRequeteModification() {
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335 |
foreach ($this->table_requete as $id => $html) {
|
|
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336 |
$html = $this->bdd->proteger($html);
|
|
|
337 |
$requete = "UPDATE {$this->table} ".
|
|
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338 |
"SET nom_sci_html = $html ".
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339 |
"WHERE num_nom = $id ";
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|
|
340 |
$res = $this->bdd->requeter($requete);
|
|
|
341 |
if ($res === false) {
|
|
|
342 |
$this->traiterErreur("erreur d'insertion pour le tuple %s", array($id));
|
|
|
343 |
}
|
|
|
344 |
}
|
|
|
345 |
}
|
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|
346 |
}
|
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|
347 |
?>
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