Subversion Repositories eFlore/Projets.eflore-projets

#!/bin/bash

# cf l'historique SVN pour plus de commentaires

# lancer:

# bash cel_references.sh |mysql --show-warnings tb_eflore

DB='`tb_cel`.`cel_references`';

sed -e '1,/^-- DEBUT DE SCRIPT/d' -e "s;@dst;$DB;g" "$0"

exit

-- DEBUT DE SCRIPT SQL substitué: ne pas retirer, ne pas modifier cette ligne

-- ci dessous ne doit exister que du SQL valide

/*

TODO:

* fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation

SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;

* ajout INDEX nom_referentiel(5) sur cel_obs

* ajout INDEX catminat_code sur baseflor_v2012_12_31

* ajout INDEX num_taxon sur nva_v2013_06

* fix date: set NULL pour les dates dans le futur

SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM cel_obs WHERE date_observation > NOW();

* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtfx where num_taxonomique = '')

* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtxa where num_tax = '' || num_tax IS NULL)

CREATE INDEX i_nom_referentiel ON tb_cel.cel_obs (`nom_referentiel(5)`);

CREATE INDEX i_catminat_code ON baseflor_v2012_12_31 (`catminat_code`);

CREATE INDEX i_num_taxon ON nva_v2013_06 (`num_taxon`);

*/

-- malheureusement ceci est impossible en SQL d'où l'utilisation du shell-script

-- SET @destdb = 'tb_cel';

-- SET @desttable = 'cel_references';

-- SET @dst = CONCAT('`',@destdb,'`','.`',@desttable,'`');

DROP TABLE IF EXISTS @dst;

CREATE TABLE IF NOT EXISTS @dst (

       `referentiel` CHAR(5) NOT NULL COMMENT 'eg: "bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ... No ENUM!',

       -- bdtfx

       `num_nom` INT(9) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'depuis bdtfx',

       `num_nom_retenu` VARCHAR(9) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',

       -- bdtfx + nvjfl_v2007 + nva_v2013_06

       `num_taxon` int(9) NOT NULL COMMENT "depuis bdtfx, nvjfl_v2007 et nva_v2013_06 (commun), les noms non-associés ne sont pas intégrés pour l\'instant",

       -- bdtfx

       `nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',

       `auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',

       -- cel_obs

       --       `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',

       --       `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,

       -- nvjfl_v2007 (`nom_vernaculaire` text NOT NULL)

       -- mais NULL à cause de nva

       `nom_commun` VARCHAR(60) NULL COMMENT 'nom_vernaculaire pour nvjfl_v2007 et nva_v2013_06',

       -- baseflor_v2012_12_31

       `catminat_code` varchar(18) DEFAULT 'inconnu' COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',

       `ve_lumiere` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',

       `ve_temperature` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',

       `ve_continentalite` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',

       `ve_humidite_atmos` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',

       `ve_humidite_edaph` int(2) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',

       `ve_reaction_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',

       `ve_nutriments_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',

       `ve_salinite` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',

       `ve_texture_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',

       `ve_mat_org_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',

       -- baseveg_v2013_01_09

       `syntaxon` varchar(255) NULL COMMENT 'depuis baseveg_v2013_01_09',

PRIMARY KEY (`referentiel`, `num_nom`),

INDEX (`referentiel`(5)),

INDEX (`num_nom`),

INDEX (`num_taxon`)

) ENGINE=MyISAM \

  DEFAULT CHARSET=utf8 \

  COMMENT 'table générée par eflore/projets/scripts/modules/cel/cel_references.sql à partir de bdtfx_v1_02, nvjfl_v2007 et bdtxa_v1_00';

-- tables temporaires

DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;

CREATE TEMPORARY TABLE T_nvjfl_v2007 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \

       -- ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );

       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut as void, MAX(n.num_statut) as void2 FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );

-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long

CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \

       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nva_v2013_06 n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb */ AND n.num_taxon IS NOT NULL /* /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut

-- JOIN ON num_taxon_originel car INDEX

-- cf: eflore/projets/donnees/baseflor/2012-12-31/baseflor.sql

CREATE TEMPORARY TABLE T_basevegflor ( INDEX(`num_nomen`), INDEX(`num_taxon`) ) AS \

SELECT f.num_nomen, f.num_taxon, f.catminat_code, f.ve_lumiere, f.ve_temperature, f.ve_continentalite, f.ve_humidite_atmos, f.ve_humidite_edaph, f.ve_reaction_sol, f.ve_nutriments_sol, f.ve_salinite, f.ve_texture_sol, f.ve_mat_org_sol, \

v.syntaxon \

FROM baseflor_v2012_12_31 f LEFT JOIN baseveg_v2013_01_09 v ON (f.catminat_code = v.code_catminat AND v.niveau = 'ALL' AND v.syntaxon IS NOT NULL) WHERE f.BDNT = "BDTFX" \

GROUP BY f.num_nomen, f.num_taxon; -- group by car plusieurs couple (f.num_nomen, f.num_taxon) peuvent exister dans baseveg_v2013_01_09 or num_nom est PRIMARY dans cel_references

-- INSERTIONS

INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`, \

      `catminat_code`, `ve_lumiere`, `ve_temperature`, `ve_continentalite`, `ve_humidite_atmos`, `ve_humidite_edaph`, \

      `ve_reaction_sol`, `ve_nutriments_sol`, `ve_salinite`, `ve_texture_sol`, `ve_mat_org_sol`, `syntaxon`) \

       SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, \

     bf.catminat_code, bf.ve_lumiere, bf.ve_temperature, bf.ve_continentalite, bf.ve_humidite_atmos, bf.ve_humidite_edaph, \

     bf.ve_reaction_sol, bf.ve_nutriments_sol, bf.ve_salinite, bf.ve_texture_sol, bf.ve_mat_org_sol, bf.syntaxon

  FROM bdtfx_v1_02 b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \

  LEFT JOIN T_basevegflor bf ON (b.num_taxonomique = bf.num_taxon AND b.num_nom = bf.num_nomen) WHERE b.num_taxonomique != '';

INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \

       SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_tax, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM bdtxa_v1_00 b LEFT JOIN T_nva_v2013_06 n ON (b.num_tax = n.num_taxon) \

       WHERE b.num_tax IS NULL AND b.num_tax != '';

DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;