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alex |
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<?php
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3 |
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4 |
/**
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5 |
* Classe qui va effectuer toutes les operations liees aux referentiels ou rechercher
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* des informations sur les taxons dans les tables des referentiels dans la base de donnees
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*
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* Operations a utiliser :
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* - recupererListeReferentielsDisponibles (statique) : recherche dans les fichiers de configuration
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* la liste des referentiels disponibles et les renvoie dans un tableau
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*
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* - chargerTaxon : recherche dans la table possedant le meme nom que le nom du referentiel en attribut
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* les informations generales sur un taxon (numero nomenclatural retenu, numero taxonomique,
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* nom scientifique, rang) a partir de son numero taxonomique
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15 |
* On stockera dans un attribut un tableau associatif contenant ces informations + le nom du referentiel,
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* ou la valeur nulle si aucun taxon n'a ete trouve
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*
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18 |
* - recupererSousTaxons : a partir du numero nomenclatural d'un taxon, la fonction va recuperer
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19 |
* tous les taxons de rang inferieur de maniere recursive jusqu'en ne plus en trouver de nouveaux
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20 |
* la recherche s'effectuera seulement au niveau des rangs famille, genre, espece et sous-espece
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21 |
* pour limiter le nombre d'informations qui sera a la fin renvoye
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*
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23 |
* - obtenirNumeroNomenclatural : recherche le numero nomenclatural d'un taxon a partir de son nom scientifique
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*
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25 |
* @package framework-0.3
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26 |
* @author Alexandre GALIBERT <alexandre.galibert@tela-botanica.org>
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27 |
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
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28 |
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
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29 |
* @version $Id$
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30 |
* @copyright 2013 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
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31 |
*
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32 |
*/
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34 |
define("RANG_FAMILLE", 180);
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38 |
class Referentiel {
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40 |
private $nomComplet;
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41 |
private $nomCourt;
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42 |
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43 |
private $taxon;
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44 |
private $bdd = null;
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45 |
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46 |
private $nomsChampsBdtfx = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_taxonomique', 'ns' => 'nom_sci');
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47 |
private $nomsChampsBdtxa = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_tax', 'ns' => 'nom_sci');
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48 |
private $champs;
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49 |
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51 |
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52 |
public function __construct($nomReferentiel, $taxon = null) {
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53 |
$this->nomComplet = $nomReferentiel;
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54 |
$this->nomCourt = current(explode('_', $nomReferentiel));
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55 |
$proprieteChamps = 'nomsChamps' . ucfirst($this->nomCourt);
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56 |
foreach ($this->$proprieteChamps as $nomCourt => $nomChamp) {
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57 |
$this->champs[$nomCourt] = $nomChamp;
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58 |
}
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59 |
$this->taxon = $taxon;
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60 |
}
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61 |
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62 |
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63 |
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64 |
public function renvoyerNomCompletReferentiel() {
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65 |
return $this->nomComplet;
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66 |
}
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67 |
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68 |
public function renvoyerTaxon() {
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69 |
return $this->taxon;
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70 |
}
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71 |
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72 |
public function chargerTaxon($numTaxon) {
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73 |
$taxon = null;
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74 |
// verifier que le numero de taxon soit bien une chaine de caracteres composee uniquement
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75 |
// que de nombres entiers avant de construire la requete SQL a executer
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76 |
if (preg_match('/^\d+$/', $numTaxon) == 1) {
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77 |
$requete =
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78 |
"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".
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79 |
$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ".
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80 |
$this->champs['nt']."={$numTaxon} AND num_nom=".$this->champs['nn']." ".
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81 |
"ORDER BY rang, If(num_nom=".$this->champs['nn'].", 0, 1) LIMIT 0, 1";
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82 |
$taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete);
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83 |
if ($taxon == false) {
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84 |
$taxon = null;
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85 |
} else {
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86 |
$taxon['referentiel'] = $this->nomComplet;
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87 |
}
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88 |
}
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89 |
$this->taxon = $taxon;
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90 |
}
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91 |
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92 |
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93 |
public function recupererSousTaxons($listeNn = null) {
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94 |
$sousTaxons = array();
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95 |
if (!is_null($this->taxon) && $this->taxon['rang'] >= RANG_FAMILLE) {
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96 |
if (is_null($listeNn)) {
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97 |
$listeNn = $this->taxon['nn'];
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98 |
}
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99 |
$requete =
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100 |
"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".
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101 |
$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ".
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102 |
"num_tax_sup IN ({$listeNn}) AND num_nom=".$this->champs['nn'];
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103 |
$resultats = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
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104 |
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105 |
$nouvelleListeNn = '';
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106 |
foreach ($resultats as $sousTaxon) {
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107 |
$sousTaxons[] = $sousTaxon;
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108 |
$nouvelleListeNn .= (strlen($nouvelleListeNn) == 0 ? '' : ',') . $sousTaxon['nn'];
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109 |
}
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110 |
// recherche de sous taxons au niveau inferieur (parcours recursif de la methode)
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111 |
if (count($resultats) > 0) {
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112 |
$sousTaxons = array_merge($sousTaxons, $this->recupererSousTaxons($nouvelleListeNn));
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113 |
}
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114 |
}
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115 |
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116 |
return $sousTaxons;
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117 |
}
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118 |
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119 |
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120 |
private function getBdd() {
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121 |
if (is_null($this->bdd)) {
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122 |
$this->bdd = new Bdd();
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123 |
}
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124 |
$nomBdd = Config::get('bdd_eflore');
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125 |
if (is_null($nomBdd)) {
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126 |
$nomBdd = Config::get('bdd_nom');
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127 |
}
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128 |
$this->bdd->requeter("USE ".$nomBdd);
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129 |
return $this->bdd;
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130 |
}
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131 |
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132 |
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133 |
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134 |
public static function recupererListeReferentielsDisponibles() {
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135 |
$tableau = array();
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136 |
$tableauPartiel = explode(',', Config::get('referentiels_dispo'));
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137 |
$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
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138 |
foreach ($tableauPartiel as $champ) {
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139 |
if (strpos($champ, '=') === false) {
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140 |
$tableau[] = $champ;
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141 |
} else {
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142 |
list($cle, $val) = explode('=', $champ);
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143 |
$clePropre = trim($cle);
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144 |
$valeurPropre = trim($val);
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145 |
$tableau[$clePropre] = $valeurPropre;
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146 |
}
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147 |
}
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148 |
return $tableau;
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149 |
}
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150 |
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151 |
public function obtenirNumeroNomenclatural($nomScientifique) {
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152 |
$aProteger = $this->getBdd()->proteger(trim($nomScientifique) . '%');
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153 |
$requete = "SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn FROM ".$this->nomComplet." ".
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154 |
"WHERE ".$this->champs['ns']." LIKE ".$aProteger;
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155 |
$taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete);
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156 |
if ($taxon == false) {
|
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157 |
$taxon = null;
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158 |
} else {
|
|
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159 |
$taxon['referentiel'] = $this->nomComplet;
|
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160 |
}
|
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161 |
return $taxon;
|
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|
162 |
}
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163 |
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164 |
}
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165 |
?>
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