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Rev Author Line No. Line
6 jpm 1
<?php
2
/**
3
 * Service fournissant des données de la table contenant le référentiel de travail.
4
 * Encodage en entrée : utf8
5
 * Encodage en sortie : utf8
6
 *
7
 * @category	Php 5.2
8
 * @package		Referentiel
9
 * @author		Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
10
 * @license		GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
11
 * @license		CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
12
 * @copyright	2010 Tela-Botanica
13
 * @version		$Id$
14
 */
22 jpm 15
class Referentiel extends Ref {
37 jpm 16
 
6 jpm 17
	/**
18
	 * Méthode principale appelée avec une requête de type GET.
19
	 */
37 jpm 20
	public function getElement($params_url = array()) {
6 jpm 21
		// Initialisation des variables
22
		$info = array();
23
 
24
		// Nour recherchons le type de requête demandé
37 jpm 25
		$p = $this->traiterParametresUrl(array('type'), $params_url, false);
26
		extract($p);
6 jpm 27
 
28
		if (!is_null($type)) {
37 jpm 29
			$methode = 'getElement'.$type;
30
			if (method_exists($this, $methode)) {
31
				array_shift($params_url);
32
				$info = $this->$methode($params_url);
6 jpm 33
			} else {
37 jpm 34
				$this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible.";
6 jpm 35
			}
36
		} else {
37
			$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête.";
38
		}
39
 
40
		// Envoie sur la sortie standard
41
		$this->envoyer($info);
42
	}
43
 
37 jpm 44
	/* Méthode pour récupérer les infos sur les référentiels disponibles
6 jpm 45
	* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
46
	* /RefReferentiel/tout/code_du_referentiel
47
	*/
37 jpm 48
	public function getElementDispo($params_url) {
49
		$requete =	'SHOW TABLES ';
50
		$donnees = false;
51
 
6 jpm 52
		// Récupération des résultats
53
		try {
37 jpm 54
			$tables = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, 0);
55
			if ($tables !== false) {
56
				foreach ($tables as $table) {
57
					if (preg_match('/^([a-z]+)_meta$/', $table, $match)) {
58
						$donnees[] = $match[1];
59
					}
60
				}
61
			} else {
6 jpm 62
				$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
63
			}
64
		} catch (PDOException $e) {
65
			$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
66
		}
67
		return $donnees;
68
	}
69
 
288 gduche 70
 
71
 
37 jpm 72
	/* Méthode pour récupérer les noms d'un référentiel.
73
	* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
51 jpm 74
	* /Referentiel/tout/code_du_referentiel?start=0&limit=1000
37 jpm 75
	*/
76
	public function getElementTout($params_url) {
77
		$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
78
		extract($p);
79
 
80
		$donnees = false;
81
		if (!is_null($projet)) {
82
			$requete =	($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '.
83
						"FROM $projet ".
38 jpm 84
						'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby  : 'num_nom ASC').' '.
85
						"LIMIT $this->start, $this->limit ";
86
			$this->debug[] = $requete;
37 jpm 87
			// Récupération des résultats
88
			try {
89
				$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
90
				if ($donnees === false) {
91
					$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
51 jpm 92
				} else {
93
					$donnees_tmp = $donnees;
94
					$donnees = array();
95
					foreach ($donnees_tmp as &$nom) {
96
						$donnees[$nom['num_nom']] = $nom;
97
						unset($nom);
98
					}
37 jpm 99
				}
100
			} catch (PDOException $e) {
101
				$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
102
			}
103
		} else {
104
			$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
105
		}
106
		return $donnees;
107
	}
108
 
6 jpm 109
	/* Méthode pour récupérer le nombre de noms présents dans un référentiel.
110
	* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
111
	* /RefReferentiel/nombre/code_du_referentiel
112
	*/
38 jpm 113
	public function getElementNombre($params_url) {
37 jpm 114
		$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
115
		extract($p);
116
 
117
		$nbre = false;
118
		if (!is_null($projet)) {
119
			$requete =	'SELECT COUNT(*) AS nbre '.
120
						"FROM $projet ";
121
			// Récupération des résultats
122
			try {
123
				$nbre = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
124
				if ($nbre === false) {
125
					$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
126
				}
127
			} catch (PDOException $e) {
128
				$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
6 jpm 129
			}
37 jpm 130
		} else {
131
			$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
6 jpm 132
		}
133
		return $nbre;
134
	}
170 delphine 135
 
136
	/* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel.
137
	* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
138
	* /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel
139
	*/
140
	public function getElementNom($params_url) {
141
		$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
142
		extract($p);
143
 
144
		$nom = false;
145
		if (!is_null($projet)) {
146
			$requete =	"SELECT titre FROM {$projet}_meta WHERE id_meta = (SELECT MAX(id_meta) FROM {$projet}_meta);";
147
			// Récupération des résultats
148
			try {
149
				$nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
150
				if ($nom === false) {
151
					$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
152
				}
153
			} catch (PDOException $e) {
154
				$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
155
			}
156
		} else {
157
			$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
158
		}
159
		return $nom;
160
	}
161
 
162
 
288 gduche 163
	/* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel.
164
	 * Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
165
	* /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel
166
	*/
167
	public function getElementDateMiseAJour($params_url) {
168
		$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
169
		extract($p);
170
 
171
		$nom = false;
172
		if (!is_null($projet)) {
173
			$requete =	'SELECT UPDATE_TIME '.
174
						'FROM   information_schema.tables '.
175
						'WHERE  TABLE_SCHEMA = \'referentiels\' '.
176
   						'AND TABLE_NAME = \''.$projet.'\'';
177
			// Récupération des résultats
178
			try {
179
				$nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
180
				if ($nom === false) {
181
					$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
182
				}
183
			} catch (PDOException $e) {
184
				$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
185
			}
186
		} else {
187
			$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
188
		}
189
		return $nom;
190
	}
191
 
322 delphine 192
 
193
	/* Méthode pour récupérer certains champs et noms pour l'export
194
	* Appelée avec les paramètres d'url suivant :
195
	* /Recherche/Export/_
196
	* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, version, champs, filtre
197
	* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
198
	*/
199
	public function getElementExport($param) {
200
		// Initialisation des variables
201
		$info = array();
350 delphine 202
		$p = $this->traiterParametresUrl(array("ref","version","champs","filtre", "encodage"), $param, false);
322 delphine 203
		$ref = $p['ref'].'_v'.$p['version'];
327 mathias 204
		$racine_tmp = $this->config['chemins']['chemin_tmp'];
326 mathias 205
		$dossier = $racine_tmp.date('Y_m_d').'/';
322 delphine 206
		if(!is_dir($dossier)){
207
			mkdir($dossier);
341 mathias 208
			chmod($dossier, 0777);
322 delphine 209
		}
333 delphine 210
		$fichier = $dossier.$ref."_".time().'.csv';
342 delphine 211
		if (isset($p['champs'])) {
212
			$champs = $this->formaterColonnes($p['champs'], $ref);
213
			$requete = 'SELECT "'.implode('","', $champs['titre']).'" UNION (SELECT '.implode(', ',$champs['select']).
353 delphine 214
				" INTO OUTFILE '".$fichier."' CHARACTER SET utf8 FIELDS TERMINATED BY '\t' OPTIONALLY ENCLOSED BY '' LINES TERMINATED BY '\n' ".
342 delphine 215
			" FROM $ref a left join $ref b on b.num_nom=a.num_nom_retenu";
216
 
350 delphine 217
 
342 delphine 218
			if (isset($p['filtre']) && $p['filtre'] != "*") {
219
				$param_filtres = explode(",",$p["filtre"]);
220
				$dernier_filtre = array_pop($param_filtres);
353 delphine 221
				$filtres = array("nnr"=>"a.num_nom = a.num_nom_retenu", "pre" => "a.presence = 'P'");
222
				if ($dernier_filtre != '' && $dernier_filtre != '*')  {
223
					if (!isset($filtres[$dernier_filtre])) {// si il s'agit du filtre famille
224
						$filtres["fam"] = "a.famille = '".$dernier_filtre."'";
225
						$dernier_filtre = "fam";
226
					}
227
					array_push($param_filtres, $dernier_filtre);
342 delphine 228
				}
353 delphine 229
 
342 delphine 230
				$requete .= " WHERE ".implode(" AND ",array_intersect_key($filtres, array_flip($param_filtres)));
322 delphine 231
			}
342 delphine 232
			$requete .= ")";
233
			// Récupération des résultats
234
			try {
235
				$donnees = $this->bdd->query($requete);
236
				if ($donnees === false) {
237
					$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";
238
				} else {
239
					$info = $donnees;
240
				}
241
			} catch (PDOException $e) {
242
				$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;
322 delphine 243
			}
244
		}
353 delphine 245
 
322 delphine 246
 
247
		return $fichier;
248
	}
249
 
353 delphine 250
 
333 delphine 251
	private function formaterColonnes($colonnes, $ref) {
252
		$colonnesOrdonnees = array("nn" => array("a.num_nom", "num_nom", "Numéro nomenclatural"),
253
								"nr" => array("a.num_nom_retenu", "num_nom_retenu", "Numéro nomenclatural du nom retenu"),
254
								"nt" => array("a.num_taxonomique", "num_taxonomique", "Numéro taxonomique"),
255
								"cd" => array("a.cd_nom", "cd_nom", "Numéro INPN"),
256
								"rg" => array("a.rang", "rang", "Code rang"),
257
								"fam" => array("a.famille", "famille", "Famille (APG III)"),
258
								"nsc" => array("concat(a.nom_sci,' ',a.auteur)", "nom_sci", "Nom avec auteur"),
259
								"bibc" => array("concat(a.annee,' ',a.biblio_origine)", "annee", "Année et bibliographie"),
260
								"nsrc" => array("concat(b.nom_sci,' ',b.auteur) as nom_sci_retenu_complet", "auteur", "Nom retenu avec auteur"),
261
								"nf" => array("a.nom_francais", "nom_francais", "Nom français normalisé"),
262
								"extax" => array("if (a.exclure_taxref = 1, 0, 1)", "exclure_taxref", "Présent dans Taxref"),
263
								"lien" => array("concat('http://www.tela-botanica.org/bdtfx-nn-',a.num_nom)", "num_nom", "Permalien"),
264
								"ntsup" => array("a.num_tax_sup", "num_tax_sup", "Numéro nomenclatural rang supérieur"),
265
								"pre" => array("a.presence", "presence", "Répartition géographique"),
266
								"ns" => array("a.nom_sci", "nom_sci", "Nom sans auteur"),
267
								"aut" => array("a.auteur", "auteur", "Auteur"),
268
								"ann" => array("a.annee", "annee", "Année publication"),
269
								"bib" => array("a.biblio_origine", "biblio_origine", "Bibliographie"),
270
								"ntype" => array("a.num_type", "num_type", "Numéro du type"),
271
								"nbas" => array("a.num_basionyme", "num_basionyme", "Numéro du basionyme"),
272
								"genre" => array("a.genre", "genre", "Genre"),
273
								"esp" => array("a.epithete_sp", "epithete_sp", "Epithète espèce"),
274
								"eing" => array("a.epithete_infra_generique", "epithete_infra_generique", "Epithète infragénérique"),
275
								"te" => array("a.type_epithete", "type_epithete", "Type d'épithète infraspécifique"),
276
								"einsp" => array("a.epithete_infra_sp", "epithete_infra_sp", "Epithète infraspécifique"),
277
								"hybp01" => array("a.hybride_parent_01", "hybride_parent_01", "Hybride parent 1"),
278
								"nomsupgen" => array("a.nom_supra_generique", "nom_supra_generique", "Nom supra générique"),
279
								"hybp02" => array("a.hybride_parent_02", "hybride_parent_02", "Hybride parent 2"),
280
								"stori" => array("a.statut_origine", "statut_origine", "Statut d'origine"),
281
								"stint" => array("a.statut_introduction", "statut_introduction", "Statut d'introduction"),
282
								"stcult" => array("a.statut_culture", "statut_culture", "Statut de culture"),
283
								"notes" => array("a.notes", "notes", "Remarques"),
284
								"nomadd" => array("a.nom_addendum", "nom_addendum", "Commentaires nomenclaturaux"),
285
								"nsr" => array("b.nom_sci as nom_sci_retenu", "nom_sci", "Nom retenu sans auteur"),
286
								"hom" => array("a.homonyme", "homonyme", "Homonymie"),
353 delphine 287
								"syn" => array("CASE a.num_nom_retenu WHEN a.num_nom THEN 'retenu'
288
																	WHEN '' THEN 'ambigu'
289
																	ELSE 'synonyme' END AS synonymie", "num_nom_retenu", "Statut du nom" ),
333 delphine 290
								"synprop" => array("a.synonyme_proparte", "synonyme_proparte", "Synonyme proprate"),
291
								"syndout" => array("a.synonyme_douteux", "synonyme_douteux", "Synonyme douteux"),
292
								"synmapp" => array("a.synonyme_mal_applique", "synonyme_mal_applique", "Synonyme mal appliqué"),
293
								"synorth" => array("a.synonyme_orthographique", "synonyme_orthographique", "Synonyme orthographique"),
294
								"orthori" => array("a.orthographe_originelle", "orthographe_originelle", "Orthographe originelle"),
295
								"hybp01n" => array("a.hybride_parent_01_notes", "hybride_parent_01_notes", "Hybride parent 1 notes"),
296
								"hybp02n" => array("a.hybride_parent_02_notes", "hybride_parent_02_notes", "Hybride parent 2 notes"),
297
								"cultgp" => array("a.cultivar_groupe", "cultivar_groupe", "Groupe de cultivar"),
298
								"cult" => array("a.cultivar", "cultivar", "Nom cultivar"),
299
								"nomcomm" => array("a.nom_commercial", "nom_commercial", "Nom commercial"),
300
								"autres" => array("a.*", "*", "Autres"));
301
		$colonnes = explode(",", $colonnes);
302
		$requete = "SHOW COLUMNS FROM $ref";
303
		$colonnesTable = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, "Field");
304
		foreach ($colonnes as $colonne) {
305
			if ($colonne == "autres") {
306
				foreach ($colonnesOrdonnees as $colOrd) {
307
					$test[] = $colOrd[1];
308
				}
309
				$colonneAutres = array_diff($colonnesTable, $test);
335 mathias 310
				$champs['select'] = array_merge($champs['select'], array_map(array($this, 'ajouterIndexTable'), $colonneAutres));
311
				$champs['titre'] = array_merge($champs['titre'], array_map(array($this, 'ajouterAutresTable'), $colonneAutres));
333 delphine 312
			} else {
349 mathias 313
				if (array_search($colonnesOrdonnees[$colonne][1], $colonnesTable) !== false) {
333 delphine 314
					$champs['select'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][0];
315
					$champs['titre'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][2];
316
				}
317
			}
318
		}
319
		return $champs;
320
	}
321
 
322
	private function ajouterIndexTable($valeur) {
323
		return 'a.'.$valeur;
324
	}
335 mathias 325
	private function ajouterAutresTable($valeur) {
326
		return 'Autres : '.$valeur;
327
	}
333 delphine 328
 
322 delphine 329
	/**
330
	* Méthode principale appelée avec une requête de type POST.
331
	*/
332
	public function updateElement($params_url, $params_post) {
333
		// Initialisation des variables
334
		$info = array();
335
		// Nour recherchons le type de requête demandé
336
		extract($this->traiterParametresUrl(array('action'), $params_url, true));
337
		extract($this->traiterParametresPost(array('referentiel'), $params_post, true));
338
		extract($this->traiterParametresPost(array('noms'), $params_post, false));
339
		$referentiel =trim($referentiel, "'");
340
 
341
		if (!is_null($referentiel)) {$action =trim($action, "'");
342
			if (!is_null($action)) {
343
				$methode = 'updateElement'.$action;
344
				if (method_exists($this, $methode)) {
345
					//array_shift($param);
346
					$info = $this->$methode($referentiel, $noms);
347
				} else {
348
					$this->messages[] = "Le type de mise à jour demandé '$action' n'est pas disponible.";
349
				}
350
			} else {
351
				$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de mise à jour à faire.";
352
				// TODO : coder une mise à jour générique dans une méthode updateElementDefaut($id, $params_post);
353
			}
354
		} else {
355
			$this->messages[] = "Veuillez préciser l'id du traitement comme premier paramêtre dans l'url.";
356
		}
357
 
358
		// Envoie sur la sortie standard
359
		$this->envoyer($info);
360
	}
361
 
362
	private function getElementTablePrChpFamille($referentiel) {
363
		$infos = "";$referentiel = $referentiel[0];
364
		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$referentiel} LIKE 'famille' ";
365
		$resultat = $this->bdd->query($requete)->fetch();
366
		if ($resultat === false) {
367
			$requete = 	"ALTER TABLE {$referentiel} ".
368
						'ADD famille VARCHAR(50) '.
369
						'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT "" ';
370
			$this->bdd->exec($requete);
371
		}
372
		$requeteInfos = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '.
373
								"FROM {$referentiel} ".
374
								"WHERE rang >= 180 ".
375
								"ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC ";
376
		$infos = $this->bdd->query($requeteInfos)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
377
		return $infos;
378
 
379
	}
380
 
381
 
382
	private function updateElementChpFamille($referentiel, $noms) {
383
		foreach ($noms as $id => $famille) {
384
			$requete = "UPDATE {$referentiel} SET famille = '$famille' WHERE num_nom = $id ";
385
			$resultat = $this->bdd->query($requete);
386
			if ($resultat === false) {
387
				$this->messages[] = "Erreur d'insertion pour le tuple $id";
388
			}
389
		}
390
	}
391
 
6 jpm 392
}
393
?>