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/*

Objectif: prendre les observations dont nom_sel_nn est défini

(et donc dans laquelles les informations générées sont correctes)

et mettre à jour ces dernières à partir de la dernière version du référentiel

(bdtfx, bdtxa et isfan).

Pour éviter un maximum de faux-positifs, nous vérifions aussi que la famille

est conservée (même dans certains cas celle-ci a légitimement changé) et que

la première partie du nom_sel correspond toujours à la première partie du nouveau nom_sci

qui serait attribué.

*/

--- la requête ---

/*

-- SELECT id_observation, b.num_nom, CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_taxonomique, b.famille

SELECT id_observation, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille

   FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b

   WHERE (

        nom_sel_nn IS NOT NULL

        AND nom_referentiel like 'bdtfx%'

        AND nom_sel_nn = num_nom

       )

   ORDER BY id_observation asc;

*/

--- l'update ---

UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b SET

       c.nom_ret = CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur),

       c.nom_ret_nn = b.num_nom,

       c.nt = b.num_taxonomique,

       c.famille = b.famille

   WHERE (

        nom_sel_nn IS NOT NULL

        AND nom_referentiel = 'bdtfx'

        AND nom_sel_nn = num_nom

        AND LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille)

        AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(b.nom_sci, ' ', 1)

       );

-- 31739 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()

-- 31524 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()

UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a SET

       c.nom_ret = CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur),

       c.nom_ret_nn = a.num_nom,

       c.nt = a.num_tax,

       c.famille = a.famille

   WHERE (

        nom_sel_nn IS NOT NULL

        AND nom_referentiel = 'bdtxa'

        AND nom_sel_nn = num_nom

        AND LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille)

        AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(a.nom_sci, ' ', 1)

       );

-- 49 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()

-- 47 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()

UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i SET

       c.nom_ret = CONCAT(i.nom_sci, ' ', i.auteur),

       c.nom_ret_nn = i.num_nom,

       c.nt = i.num_taxonomique,

       c.famille = i.famille

   WHERE (

        nom_sel_nn IS NOT NULL

        AND nom_referentiel = 'isfan'

        AND nom_sel_nn = num_nom

       );

/*

Pour observer les différences:

wdiff -w '$(tput bold;tput setaf 1)' -x '$(tput sgr0)' -y '$(tput bold;tput setaf 2)' -z '$(tput sgr0)'  pre.log post.log | \

      ansi2html.sh --palette=solarized | \

      sed '/^[0-9]/{/span/!d}' > diff.html

# extract les familles ayant changé: sed '/^[0-9]/{/<\/span>$/!d}'

# lowercase toutes les familles: awk '{ NF=tolower($NF); print }'

# filtre sed: changements de famille "normaux"

/aceraceae.*sapindaceae/d

/scrophulariaceae.*plantaginaceae/d

/globulariaceae.*plantaginaceae/d

/Famille inconnue.*null/d

# changement "anormaux"

/rosaceae.*caprifoliaceae/d

/valerianaceae.*caprifoliaceae/d

*/