| 460 |
delphine |
1 |
<?php
|
|
|
2 |
// Encodage : UTF-8
|
|
|
3 |
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
|
|
|
4 |
/**
|
|
|
5 |
* Traitement des fichiers de la banque de données SOPHY pour insertion
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6 |
*
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|
7 |
* Description : classe permettant d'insérer les tableaux phytosociologiques de la banque de données SOPHY
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8 |
* Utilisation : php script.php insertion -a test
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|
9 |
*
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10 |
* @category PHP 5.3
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11 |
* @package phytosocio
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|
12 |
//Auteur original :
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|
|
13 |
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
|
|
|
14 |
* @copyright Copyright (c) 2009, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
|
|
|
15 |
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL-v3
|
|
|
16 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL-v2
|
|
|
17 |
* @version $Id$
|
|
|
18 |
*/
|
|
|
19 |
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
|
|
|
20 |
class Insertion extends EfloreScript {
|
|
|
21 |
|
|
|
22 |
protected $tableauTaxon;
|
|
|
23 |
protected $dao;
|
|
|
24 |
protected $observations;
|
|
|
25 |
// Paramêtres autorisées lors de l'appel au script en ligne de commande
|
|
|
26 |
protected $parametres_autorises = array(
|
|
|
27 |
'-n' => array(true, true, 'Nom du fichier ou du dossier à traiter'));
|
|
|
28 |
|
|
|
29 |
protected $param_bd_pour_stat = array(
|
|
|
30 |
'sophy_publication' => array(),
|
|
|
31 |
'sophy_tableau' => array('stab_id_publi' => 'nombrePubli'),
|
|
|
32 |
'sophy_releve' => array(
|
|
|
33 |
'sr_id_publi' => 'nombrePubli',
|
|
|
34 |
'sr_id_publi, sr_id_tableau' => 'nombreTableau',
|
|
|
35 |
'sr_id_station' => 'nombreStation'),
|
|
|
36 |
'sophy_observation' => array(
|
|
|
37 |
'so_id_publi' => 'nombrePubli',
|
|
|
38 |
'so_id_publi, so_id_tableau' => 'nombreTableau',
|
|
|
39 |
'so_id_publi, so_id_tableau, so_id_releve' => 'nombreReleve',
|
|
|
40 |
'so_id_taxon' => 'nombreTaxon'),
|
|
|
41 |
'sophy_station' => array(),
|
|
|
42 |
'sophy_taxon' => array()
|
|
|
43 |
);
|
|
|
44 |
|
|
|
45 |
// Composition classique d'un titre de tableau de stations ou phytosociologiques
|
|
|
46 |
protected $format_titre = array(
|
|
|
47 |
'numPubli' => array(0, 4),
|
|
|
48 |
'numTableau' => array(4, 3),
|
|
|
49 |
'nombreStations' => array(7, 3),
|
|
|
50 |
'titrePubli' => array(11, -1),
|
|
|
51 |
'typeTableau' => array(79, 1)
|
|
|
52 |
);
|
|
|
53 |
|
|
|
54 |
// Composition classique d'une station
|
|
|
55 |
protected $format_station = array(
|
|
|
56 |
'numSource' => array(0, 4),
|
|
|
57 |
'posteMeteo' => array(4, 5),
|
|
|
58 |
'nomStation' => array(10, 38),
|
|
|
59 |
'latitude' => array(49, 7),
|
|
|
60 |
'codePays' => array(56, 2),
|
|
|
61 |
'longitude' => array(59, 6),
|
|
|
62 |
'codeDept' => array(66, 2),
|
|
|
63 |
'altitude' => array(69, 4),
|
|
|
64 |
'codeCommune' => array(74, 3),
|
|
|
65 |
'precisionGeographique' => array(78, 1),
|
|
|
66 |
'systemeProjection' => array(79, 1),
|
|
|
67 |
'latitude2' => array(80, 8),
|
|
|
68 |
'longitude2' => array(88, 8)
|
|
|
69 |
);
|
|
|
70 |
|
|
|
71 |
// Composition classique d'une ligne de tableau phytosociologique
|
|
|
72 |
protected $format_tableau = array(
|
|
|
73 |
|
|
|
74 |
'numLigne' => array(0, 3),
|
|
|
75 |
'idTaxon' => array(3, 5),
|
|
|
76 |
'strate' => array(8, 1),
|
|
|
77 |
'codeFlore' => array(9, 1),
|
|
|
78 |
'abondance_rem' => array(10, 70)),
|
|
|
79 |
2 => array(
|
|
|
80 |
'numSource' => array(0, 5),
|
|
|
81 |
'posteMeteo' => array(5, 3),
|
|
|
82 |
'numLigne' => array(8, 2),
|
|
|
83 |
'codeFournier1' => array(10, 5),
|
|
|
84 |
'abondance1' => array(15, 1),
|
|
|
85 |
'strate1' => array(16, 1),
|
|
|
86 |
'codeFournier2' => array(17, 5),
|
|
|
87 |
'abondance2' => array(22, 1),
|
|
|
88 |
'strate2' => array(23, 1),
|
|
|
89 |
'codeFournier3' => array(24, 5),
|
|
|
90 |
'abondance3' => array(29, 1),
|
|
|
91 |
'strate3' => array(30, 1),
|
|
|
92 |
'codeFournier4' => array(31, 5),
|
|
|
93 |
'abondance4' => array(36, 1),
|
|
|
94 |
'strate4' => array(37, 1),
|
|
|
95 |
'codeFournier5' => array(38, 5),
|
|
|
96 |
'abondance5' => array(43, 1),
|
|
|
97 |
'strate5' => array(44, 1),
|
|
|
98 |
'codeFournier6' => array(45, 5),
|
|
|
99 |
'abondance6' => array(50, 1),
|
|
|
100 |
'strate6' => array(51, 1),
|
|
|
101 |
'codeFournier7' => array(52, 5),
|
|
|
102 |
'abondance7' => array(57, 1),
|
|
|
103 |
'strate7' => array(58, 1),
|
|
|
104 |
'codeFournier8' => array(59, 5),
|
|
|
105 |
'abondance8' => array(64, 1),
|
|
|
106 |
'strate8' => array(65, 1),
|
|
|
107 |
'codeFournier9' => array(66, 5),
|
|
|
108 |
'abondance9' => array(71, 1),
|
|
|
109 |
'strate9' => array(72, 1),
|
|
|
110 |
'codeFournier10' => array(73, 5),
|
|
|
111 |
'abondance10' => array(78, 1),
|
|
|
112 |
'strate10' => array(79, 1)),
|
|
|
113 |
6 => array(
|
|
|
114 |
'numSource' => array(0, 4),
|
|
|
115 |
'posteMeteo' => array(4, 4),
|
|
|
116 |
'numLigne' => array(8, 2),
|
|
|
117 |
'strate1' => array(10, 1),
|
|
|
118 |
'codeFournier1' => array(11, 4),
|
|
|
119 |
'abondance1' => array(16, 1),
|
|
|
120 |
'strate2' => array(17, 1),
|
|
|
121 |
'codeFournier2' => array(18, 4),
|
|
|
122 |
'abondance2' => array(23, 1),
|
|
|
123 |
'strate3' => array(24, 1),
|
|
|
124 |
'codeFournier3' => array(25, 4),
|
|
|
125 |
'abondance3' => array(30, 1),
|
|
|
126 |
'strate4' => array(31, 1),
|
|
|
127 |
'codeFournier4' => array(32, 4),
|
|
|
128 |
'abondance4' => array(37, 1),
|
|
|
129 |
'strate5' => array(38, 1),
|
|
|
130 |
'codeFournier5' => array(39, 4),
|
|
|
131 |
'abondance5' => array(44, 1),
|
|
|
132 |
'strate6' => array(45, 1),
|
|
|
133 |
'codeFournier6' => array(46, 4),
|
|
|
134 |
'abondance6' => array(51, 1),
|
|
|
135 |
'strate7' => array(52, 1),
|
|
|
136 |
'codeFournier7' => array(53, 4),
|
|
|
137 |
'abondance7' => array(58, 1),
|
|
|
138 |
'strate8' => array(59, 1),
|
|
|
139 |
'codeFournier8' => array(60, 4),
|
|
|
140 |
'abondance8' => array(65, 1),
|
|
|
141 |
'strate9' => array(66, 1),
|
|
|
142 |
'codeFournier9' => array(67, 4),
|
|
|
143 |
'abondance9' => array(72, 1),
|
|
|
144 |
'strate10' => array(73, 1),
|
|
|
145 |
'codeFournier10' => array(74, 4),
|
|
|
146 |
'abondance10' => array(79, 1)),
|
|
|
147 |
7 => array(
|
|
|
148 |
'numReleve' => array(2, 3),
|
|
|
149 |
'posteMeteo' => array(7, 3),
|
|
|
150 |
'codeFournier1' => array(10, 4),
|
|
|
151 |
'abondance1' => array(14, 1),
|
|
|
152 |
'strate1' => array(15, 1),
|
|
|
153 |
'codeFournier2' => array(16, 4),
|
|
|
154 |
'abondance2' => array(20, 1),
|
|
|
155 |
'strate2' => array(21, 1),
|
|
|
156 |
'codeFournier3' => array(22, 4),
|
|
|
157 |
'abondance3' => array(26, 1),
|
|
|
158 |
'strate3' => array(27, 1),
|
|
|
159 |
'codeFournier4' => array(28, 4),
|
|
|
160 |
'abondance4' => array(32, 1),
|
|
|
161 |
'strate4' => array(33, 1),
|
|
|
162 |
'codeFournier5' => array(34, 4),
|
|
|
163 |
'abondance5' => array(38, 1),
|
|
|
164 |
'strate5' => array(39, 1),
|
|
|
165 |
'codeFournier6' => array(40, 4),
|
|
|
166 |
'abondance6' => array(44, 1),
|
|
|
167 |
'strate6' => array(45, 1),
|
|
|
168 |
'codeFournier7' => array(46, 4),
|
|
|
169 |
'abondance7' => array(50, 1),
|
|
|
170 |
'strate7' => array(51, 1),
|
|
|
171 |
'codeFournier8' => array(52, 4),
|
|
|
172 |
'abondance8' => array(56, 1),
|
|
|
173 |
'strate8' => array(57, 1),
|
|
|
174 |
'codeFournier9' => array(58, 4),
|
|
|
175 |
'abondance9' => array(62, 1),
|
|
|
176 |
'strate9' => array(63, 1),
|
|
|
177 |
'codeFournier10' => array(64, 4),
|
|
|
178 |
'abondance10' => array(68, 1),
|
|
|
179 |
'strate10' => array(69, 1),
|
|
|
180 |
'numLigne' => array(71, 2),
|
|
|
181 |
'codeCarte' => array(73, 7))
|
|
|
182 |
);
|
|
|
183 |
|
|
|
184 |
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
|
|
|
185 |
public function executer() {
|
|
|
186 |
include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/Dao.php';
|
|
|
187 |
Config::charger(dirname(__FILE__).'/sophy.ini');
|
|
|
188 |
|
|
|
189 |
$this->dao = new Dao();
|
|
|
190 |
// Récupération de paramétres
|
|
|
191 |
// Lancement de l'action demandée
|
|
|
192 |
$cmd = $this->getParametre('a');
|
|
|
193 |
switch ($cmd) {
|
|
|
194 |
case 'testDossier' :
|
|
|
195 |
$this->executerTestDossier();
|
|
|
196 |
break;
|
|
|
197 |
case 'chargerStructureSql' :
|
|
|
198 |
$this->chargerStructureSql();
|
|
|
199 |
break;
|
|
|
200 |
case 'supprimerTous' :
|
|
|
201 |
$this->supprimerTous();
|
|
|
202 |
case 'biblio' :
|
|
|
203 |
$this->executerBiblio();
|
|
|
204 |
break;
|
|
|
205 |
case 'station' :
|
|
|
206 |
include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/gPoint.php';
|
|
|
207 |
$this->executerStation();
|
|
|
208 |
break;
|
|
|
209 |
case 'stationCodeInsee' :
|
|
|
210 |
$this->executerStationCodeInsee();
|
|
|
211 |
break;
|
|
|
212 |
case 'tableau' :
|
|
|
213 |
include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/TaxonDao.php';
|
|
|
214 |
$this->tableauTaxon = new TaxonDao();
|
|
|
215 |
$this->executerTableau();
|
|
|
216 |
break;
|
|
|
217 |
case 'stats' :
|
|
|
218 |
$this->executerStats();
|
|
|
219 |
break;
|
|
|
220 |
case 'tapir' :
|
|
|
221 |
$info = $this->dao->creerTapir();
|
|
|
222 |
$this->traiterErreur($info);
|
|
|
223 |
break;
|
|
|
224 |
default :
|
|
|
225 |
$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
|
|
|
226 |
}
|
|
|
227 |
}
|
|
|
228 |
protected function chargerStructureSql() {
|
|
|
229 |
$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSql'));
|
|
|
230 |
$this->executerScripSql($contenuSql);
|
|
|
231 |
}
|
|
|
232 |
|
|
|
233 |
protected function executerScripSql($sql) {
|
|
|
234 |
$requetes = Outils::extraireRequetes($sql);
|
|
|
235 |
foreach ($requetes as $requete) {
|
|
|
236 |
$this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
237 |
}
|
|
|
238 |
}
|
|
|
239 |
|
|
|
240 |
private function supprimerTous() {
|
|
|
241 |
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS sophy_abondance, `sophy_bdnff`, `sophy_bryophyte`, `sophy_ciff`, ".
|
|
|
242 |
"`sophy_ciff_fournier`, `sophy_codefr94`, `sophy_flora_europea`, `sophy_fournier`, `sophy_fournier_bdnff`,".
|
|
|
243 |
" `sophy_observation`, `sophy_precision_geo`, `sophy_publication`, `sophy_releve`, `sophy_station`, `sophy_strate`,".
|
|
|
244 |
" `sophy_syntri`, `sophy_syntri_fournier`, `sophy_tableau`, `sophy_taxon`";
|
|
|
245 |
$this->getBdd()->requeter($requete);
|
|
|
246 |
}
|
|
|
247 |
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
|
|
|
248 |
// vérifie qu'il n'y est pas de fichier en double dans le dossier
|
|
|
249 |
// à faire avant d'insérer un nouveau dossier
|
|
|
250 |
private function executerTestDossier() {
|
|
|
251 |
$nomDossier = Config::get('dossierDonneesSophy').$this->getParametre('n');
|
|
|
252 |
if (file_exists($nomDossier) === true) {
|
|
|
253 |
if (is_dir($nomDossier)) {
|
|
|
254 |
if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) {
|
|
|
255 |
while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) {
|
|
|
256 |
if ( !is_dir($nomFichier) ) {
|
|
|
257 |
if (preg_match('/^[ST]{1,2}(\d{2}1)(\d{2}0)\.*/', $nomFichier, $match)) {
|
|
|
258 |
// fichier normal type 001 à 010
|
|
|
259 |
} elseif (preg_match('/^([ST]{1,2})(\d{3})(\d{3})\.*/', $nomFichier, $match)) {
|
|
|
260 |
if (($match[1]=='ST' || $match[1]=='T') && ($match[3] - $match[2] == 1)) {
|
|
|
261 |
// fichier normal type 1000 à 1010
|
|
|
262 |
} else {
|
|
|
263 |
$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier risque d'être en double.");
|
|
|
264 |
}
|
|
|
265 |
}
|
|
|
266 |
}
|
|
|
267 |
}
|
|
|
268 |
closedir($dossierOuvert);
|
|
|
269 |
} else {
|
|
|
270 |
$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert.");
|
|
|
271 |
}
|
|
|
272 |
} else {
|
|
|
273 |
$this->traiterErreur("$nomDossier n'est pas un dossier.");
|
|
|
274 |
}
|
|
|
275 |
} else {
|
|
|
276 |
$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable.");
|
|
|
277 |
}
|
|
|
278 |
}
|
|
|
279 |
|
|
|
280 |
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
|
|
|
281 |
// Traitement du fichier biblio format csv
|
|
|
282 |
// /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertion -a biblio -n ./../donnees/sophy/BIBLIO.csv
|
|
|
283 |
private function executerBiblio() {
|
|
|
284 |
// Parcours le fichier .csv et enregistre chaque ligne dans un tableau.
|
|
|
285 |
$nomFichier = Config::get('dossierDonneesSophy').'BIBLIO.csv';
|
|
|
286 |
if ($nomFichier && file_exists($nomFichier) ){
|
|
|
287 |
$extensionFichier = strtolower(strrchr($nomFichier, '.'));
|
|
|
288 |
if ($extensionFichier === ".csv"){
|
|
|
289 |
$file = new SplFileObject($nomFichier);
|
|
|
290 |
$file->setFlags(SplFileObject::SKIP_EMPTY);
|
|
|
291 |
$i = 0;
|
|
|
292 |
echo "Traitement de la biblio : ";
|
|
|
293 |
while (!$file->eof()){
|
|
|
294 |
$ligne_csv = $file->fgetcsv();
|
|
|
295 |
if (preg_match('/^\d+$/', $ligne_csv[0])){
|
|
|
296 |
// récupére les colonnes du csv pour les transformer en table publication
|
|
|
297 |
$biblio = $this->transformerBiblio($ligne_csv);
|
|
|
298 |
// integre les publications à la bdd
|
|
|
299 |
$info = $this->dao->integrerBiblio($biblio);
|
|
|
300 |
$this->traiterInfo($info);
|
|
|
301 |
}
|
|
|
302 |
echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++;
|
|
|
303 |
}
|
|
|
304 |
echo "\n";
|
|
|
305 |
} else {
|
|
|
306 |
$this->traiterErreur("Le fichier de références bibliographiques : $nomFichier n'est pas au format csv.");
|
|
|
307 |
}
|
|
|
308 |
} else {
|
|
|
309 |
$this->traiterErreur("Le fichier de références bibliographiques : $nomFichier n'existe pas.");
|
|
|
310 |
}
|
|
|
311 |
}
|
|
|
312 |
|
|
|
313 |
private function transformerBiblio($ligne_csv){
|
|
|
314 |
$biblio['id_publi'] = $ligne_csv[0];
|
|
|
315 |
$biblio['auteur'] = $ligne_csv[2].' '.$ligne_csv[3];
|
|
|
316 |
$biblio['date'] = $ligne_csv[4];
|
|
|
317 |
$biblio['titre'] = rtrim($ligne_csv[5].' '.$ligne_csv[6].' '.$ligne_csv[7].' '.$ligne_csv[8].' '.$ligne_csv[9]);
|
|
|
318 |
$biblio['revue'] = rtrim($ligne_csv[10].' '.$ligne_csv[11]);
|
|
|
319 |
$biblio['volume'] = $ligne_csv[12];
|
|
|
320 |
$biblio['tome'] = $ligne_csv[13];
|
|
|
321 |
$biblio['fascicule'] = $ligne_csv[14];
|
|
|
322 |
$biblio['page_debut'] = $ligne_csv[15];
|
|
|
323 |
$biblio['page_fin'] = $ligne_csv[16];
|
|
|
324 |
return $biblio;
|
|
|
325 |
}
|
|
|
326 |
|
|
|
327 |
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
|
|
|
328 |
// Traitement des fichiers stations
|
|
|
329 |
// /opt/lampp/bin/php cli.php insertion -a station -n ./../doc/donnees/ST/
|
|
|
330 |
private function executerStation() {
|
|
|
331 |
// transforme les fichiers passés en un tableau
|
|
|
332 |
//de la forme [nom du fichier][index des tableaux][numéro de ligne]
|
|
|
333 |
$tableaux = $this->ouvrirDossier(Config::get('dossierDonneesSophy').'ST/');
|
|
|
334 |
foreach ($tableaux as $fichier) {
|
|
|
335 |
foreach ($fichier as $tableau) {
|
|
|
336 |
if ($tableau[0] != "") {
|
|
|
337 |
// découpe la première ligne du tableau et insére les données dans la table tableau
|
|
|
338 |
$titre = $this->analyserTitreStation($tableau['0']);
|
|
|
339 |
for ($numReleve = 1; $numReleve < sizeof($tableau); $numReleve++) {
|
|
|
340 |
// découpe les autres lignes, insére les données dans la table station et retourne l'id de la station
|
|
|
341 |
if (trim($tableau[$numReleve]) == '') {
|
|
|
342 |
$id_station = 0;
|
|
|
343 |
} else {
|
|
|
344 |
$id_station = $this->analyserStation($tableau[$numReleve]);
|
|
|
345 |
}
|
|
|
346 |
// insére les données tableau et station dans la table relevé
|
|
|
347 |
$info = $this->dao->integrerReleve($titre, $numReleve, $id_station);
|
|
|
348 |
if ($info != '') {
|
|
|
349 |
$this->traiterErreur($info);
|
|
|
350 |
}
|
|
|
351 |
}
|
|
|
352 |
}
|
|
|
353 |
}
|
|
|
354 |
}
|
|
|
355 |
}
|
|
|
356 |
|
|
|
357 |
private function analyserTitreStation($titre) {
|
|
|
358 |
$titreDecoupe = $this->decouperLigne($titre, $this->format_titre);
|
|
|
359 |
$info = $this->dao->integrerTableau($titreDecoupe);
|
|
|
360 |
if ($info != '') {
|
|
|
361 |
$this->traiterErreur($info);
|
|
|
362 |
}
|
|
|
363 |
return $titreDecoupe;
|
|
|
364 |
}
|
|
|
365 |
|
|
|
366 |
private function analyserStation($ligne) {
|
|
|
367 |
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($ligne, $this->format_station);
|
|
|
368 |
$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = null;
|
|
|
369 |
$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = null;
|
|
|
370 |
// vérifie que les zéro du code sont présents
|
|
|
371 |
$ligneDecoupe = $this->analyserCodeDeptComm($ligneDecoupe);
|
|
|
372 |
// transforme les grades paris en degrés décimaux wms
|
|
|
373 |
$ligneDecoupe = $this->analyserCoordGrdParis($ligneDecoupe, $ligne);
|
|
|
374 |
// transforme les degrés sexagécimaux en degrés décimaux
|
|
|
375 |
$ligneDecoupe = $this->analyserCoordDmsWms($ligneDecoupe);
|
|
|
376 |
// transforme les degrés décimaux en UTM
|
|
|
377 |
$ligneDecoupe = $this->transformerCoordWmsUtm($ligneDecoupe);
|
|
|
378 |
$ligneDecoupe['nomStation'] = utf8_encode($ligneDecoupe['nomStation']);
|
|
|
379 |
$retour_requete = $this->dao->integrerStation($ligneDecoupe);
|
|
|
380 |
if ($retour_requete['info'] != '') {
|
|
|
381 |
$this->traiterErreur($retour_requete['info']);
|
|
|
382 |
}
|
|
|
383 |
return $retour_requete['id_station'];
|
|
|
384 |
}
|
|
|
385 |
private function executerStationCodeInsee() {
|
|
|
386 |
$this->dao->creerColonneCodeInseeCalculee();
|
|
|
387 |
$liste_coordonnees = $this->dao->rechercherCoordonneesWgs();
|
|
|
388 |
foreach ($liste_coordonnees as $coordonnees) {
|
|
|
389 |
$code_insee = $this->chercherCodeCommune($coordonnees['latitude'], $coordonnees['longitude']);
|
|
|
390 |
if ($code_insee != "") {
|
|
|
391 |
$this->dao->ajouterCodeInseeCalculee($coordonnees['latitude'], $coordonnees['longitude'], $code_insee);
|
|
|
392 |
}
|
|
|
393 |
}
|
|
|
394 |
}
|
|
|
395 |
|
|
|
396 |
private function chercherCodeCommune($latitude, $longitude) {
|
|
|
397 |
$code_insee = '';
|
|
|
398 |
if ($this->testerCoordonneesWgsFrance($latitude, $longitude)) {
|
|
|
399 |
$url_service = "www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/osm/nom-commune".
|
|
|
400 |
"?lat={$latitude}&lon={$longitude}";
|
|
|
401 |
$url_service = str_replace(',', '.', $url_service);
|
|
|
402 |
$ch = curl_init($url_service);
|
|
|
403 |
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
|
|
|
404 |
$reponse = curl_exec($ch);
|
|
|
405 |
$reponse = json_decode($reponse);
|
|
|
406 |
if (isset($reponse->codeINSEE)) {
|
|
|
407 |
$code_insee = $reponse->codeINSEE;
|
|
|
408 |
}
|
|
|
409 |
curl_close($ch);
|
|
|
410 |
}
|
|
|
411 |
return $code_insee;
|
|
|
412 |
}
|
|
|
413 |
|
|
|
414 |
private function testerCoordonneesWgsFrance($latitude, $longitude) {
|
|
|
415 |
$coord_france = false;
|
|
|
416 |
if ($latitude != '' && $longitude != '') {
|
|
|
417 |
if ($latitude < 51.071667 && $latitude > 41.316667) {
|
|
|
418 |
if ($longitude < 9.513333 && $longitude > -5.140278) {
|
|
|
419 |
$coord_france = true;
|
|
|
420 |
}
|
|
|
421 |
}
|
|
|
422 |
}
|
|
|
423 |
return $coord_france;
|
|
|
424 |
}
|
|
|
425 |
private function analyserCodeDeptComm($ligneDecoupe) {
|
|
|
426 |
if (preg_match('/^\d{2}$/', $ligneDecoupe['codeDept'])) {
|
|
|
427 |
} elseif (preg_match('/^\s{0,1}\d{1,2}\s{0,1}$/',$ligneDecoupe['codeDept'])) {
|
|
|
428 |
$ligneDecoupe['codeDept'] = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeDept']);
|
|
|
429 |
} else {
|
|
|
430 |
$ligneDecoupe['codeDept'] = null;
|
|
|
431 |
}
|
|
|
432 |
if (preg_match('/^\d{3}$/', $ligneDecoupe['codeCommune'])) {
|
|
|
433 |
} elseif (preg_match('/^\s{0,2}\d{1,2,3}\s{0,2}$/', $ligneDecoupe['codeCommune'])) {
|
|
|
434 |
$ligneDecoupe['codeCommune'] = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeCommune']);
|
|
|
435 |
} elseif ($ligneDecoupe['codeDept'] == null) {
|
|
|
436 |
$ligneDecoupe['codeCommune'] = null;
|
|
|
437 |
} else {
|
|
|
438 |
$ligneDecoupe['codeCommune'] = '000';
|
|
|
439 |
}
|
|
|
440 |
return $ligneDecoupe;
|
|
|
441 |
}
|
|
|
442 |
private function analyserCoordGrdParis($ligneDecoupe, $ligne) {
|
|
|
443 |
if (preg_match('/[\s0]0\.000/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {
|
|
|
444 |
$ligneDecoupe['latitude'] = null;
|
|
|
445 |
$ligneDecoupe['longitude'] = null;
|
|
|
446 |
} elseif (preg_match('/\d{1,2}\.\d{2,3}/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {// format souhaité
|
|
|
447 |
$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['latitude']*0.9, 7);
|
|
|
448 |
$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['longitude']*0.9+2.3372291, 7);
|
|
|
449 |
} elseif (preg_match('/(\d{2})[\d\s,](\d{3})/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {//erreur de saisie
|
|
|
450 |
$ligneDecoupe['latitude'] = $match[1].'.'.$match[2];
|
|
|
451 |
$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['latitude']*0.9, 7);
|
|
|
452 |
$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['longitude']*0.9 + 2.3372291, 7);
|
|
|
453 |
} elseif (preg_match('/^[a-zA-Z\s]*[a-zA-Z][a-zA-Z\s]*$/', $ligneDecoupe['latitude'])) {// lat absente + nom long
|
|
|
454 |
$ligneDecoupe['nomStation'] = rtrim(substr($ligne, 10, 48));
|
|
|
455 |
$ligneDecoupe['latitude'] = null;
|
|
|
456 |
$ligneDecoupe['longitude'] = null;
|
|
|
457 |
} elseif (preg_match('/.[AO].123/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {
|
|
|
458 |
$ligneDecoupe['latitude'] = null;
|
|
|
459 |
$ligneDecoupe['longitude'] = null;
|
|
|
460 |
} elseif ($ligneDecoupe['latitude'] != null) {
|
|
|
461 |
$ligneDecoupe['latitude'] = null;
|
|
|
462 |
$ligneDecoupe['longitude'] = null;
|
|
|
463 |
}
|
|
|
464 |
return $ligneDecoupe;
|
|
|
465 |
}
|
|
|
466 |
private function analyserCoordDmsWms($ligneDecoupe) {
|
|
|
467 |
if (preg_match('/(\d{1,2})\.(\d{2})\.(\d{2})/', $ligneDecoupe['latitude2'], $match)) {
|
|
|
468 |
$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($match[1]+($match[2]/60)+($match[3]/3600), 7);
|
|
|
469 |
}
|
|
|
470 |
if (preg_match('/(-{0,1})(\d{1,2})\.(\d{2})\.(\d{2})/', $ligneDecoupe['longitude2'], $match)) {
|
|
|
471 |
$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($match[2]+($match[3]/60)+($match[4]/3600), 7);
|
|
|
472 |
if ($match[1] == '-') {
|
|
|
473 |
$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = -$ligneDecoupe['longitude_wgs'];
|
|
|
474 |
}
|
|
|
475 |
}
|
|
|
476 |
return $ligneDecoupe;
|
|
|
477 |
}
|
|
|
478 |
private function transformerCoordWmsUtm($ligneDecoupe) {
|
|
|
479 |
$ligneDecoupe['utmNorthing'] = null;
|
|
|
480 |
$ligneDecoupe['utmEasting'] = null;
|
|
|
481 |
$ligneDecoupe['utmZone'] = null;
|
|
|
482 |
if ($ligneDecoupe['longitude_wgs'] != null && $ligneDecoupe['latitude_wgs'] != null) {
|
|
|
483 |
$convertisseur = new gPoint();
|
|
|
484 |
$convertisseur->setLongLat($ligneDecoupe['longitude_wgs'], $ligneDecoupe['latitude_wgs']);
|
|
|
485 |
$convertisseur->convertLLtoTM();
|
|
|
486 |
$ligneDecoupe['utmNorthing'] = round($convertisseur->N(), 2);
|
|
|
487 |
$ligneDecoupe['utmEasting'] = round($convertisseur->E(), 2);
|
|
|
488 |
$ligneDecoupe['utmZone'] = $convertisseur->Z();
|
|
|
489 |
|
|
|
490 |
}
|
|
|
491 |
return $ligneDecoupe;
|
|
|
492 |
}
|
|
|
493 |
|
|
|
494 |
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
|
|
|
495 |
// Traitement des fichiers tableaux
|
|
|
496 |
// /opt/lampp/bin/php cli.php insertion -a tableau -n ./../doc/donnees/T/
|
|
|
497 |
private function executerTableau() {
|
|
|
498 |
$tableaux = $this->ouvrirDossier(Config::get('dossierDonneesSophy').'T/');
|
|
|
499 |
$observations = array();
|
|
|
500 |
foreach ($tableaux as $fichier) {
|
|
|
501 |
foreach ($fichier as $tableau) {
|
|
|
502 |
if ($tableau[0] != "") {
|
|
|
503 |
$this->observations = array();
|
|
|
504 |
$titre = $this->decouperLigne($tableau[0], $this->format_titre);
|
|
|
505 |
$this->analyserTableau($tableau, $titre);
|
|
|
506 |
/*$info = $this->dao->integrerObservation($this->observations, $titre);
|
|
|
507 |
if ($info != '') {
|
|
|
508 |
$this->traiterErreur($info);
|
|
|
509 |
}*/
|
|
|
510 |
}
|
|
|
511 |
}
|
|
|
512 |
} $this->tableauTaxon->integrerTaxons();
|
|
|
513 |
}
|
|
|
514 |
|
|
|
515 |
private function analyserTableau($tableau, $titre) {
|
|
|
516 |
if ($titre['typeTableau'] == ' ') {
|
|
|
517 |
$titre['typeTableau'] = 0;
|
|
|
518 |
}
|
|
|
519 |
switch ($titre['typeTableau']) {
|
|
|
520 |
case 0 :
|
|
|
521 |
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
|
|
|
522 |
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['0']);
|
|
|
523 |
if (trim($ligneDecoupe['idTaxon']) == '' && trim($ligneDecoupe['abondance_rem']) == '' &&
|
|
|
524 |
preg_match('/^\s+\*N\s*\*\s*$/', $ligneDecoupe['indetermine'])) {
|
|
|
525 |
for ($nombreReleve = 1; $nombreReleve <= $titre['nombreStations']; $nombreReleve ++) {
|
|
|
526 |
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
|
|
|
527 |
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
|
|
|
528 |
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_releve'] = $nombreReleve;
|
|
|
529 |
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_num_ligne'] = $ligneDecoupe['numLigne'];
|
|
|
530 |
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_taxon'] = 0;
|
|
|
531 |
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_strate'] = 0;
|
|
|
532 |
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_ce_abondance'] = '?';
|
|
|
533 |
}
|
|
|
534 |
} else {
|
|
|
535 |
$this->creerObservType0($titre, $ligneDecoupe, $numeroLigne);
|
|
|
536 |
}
|
|
|
537 |
}
|
|
|
538 |
for ($nombreReleve = 1; $nombreReleve <= $titre['nombreStations']; $nombreReleve ++) {
|
|
|
539 |
$j = false;
|
|
|
540 |
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
|
|
|
541 |
if (isset($this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve])) {
|
|
|
542 |
$j = true;
|
|
|
543 |
}
|
|
|
544 |
}
|
|
|
545 |
if ($j == false) {
|
|
|
546 |
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
|
|
|
547 |
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
|
|
|
548 |
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_releve'] = $nombreReleve;
|
|
|
549 |
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_num_ligne'] = 0;
|
|
|
550 |
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_taxon'] = 0;
|
|
|
551 |
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_strate'] = 0;
|
|
|
552 |
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_ce_abondance'] = '?';
|
|
|
553 |
}
|
|
|
554 |
}
|
|
|
555 |
break;
|
|
|
556 |
case 2 :
|
|
|
557 |
$numSource = 0; $numReleve = 0;
|
|
|
558 |
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
|
|
|
559 |
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['2']);
|
|
|
560 |
if ($ligneDecoupe['numSource'] != $numSource) {
|
|
|
561 |
// $numSource correspond au numero à la station par l'auteur,
|
|
|
562 |
// $numReleve correspond à l'id de la station
|
|
|
563 |
$numSource = $ligneDecoupe['numSource'];
|
|
|
564 |
$numReleve ++;
|
|
|
565 |
}
|
|
|
566 |
if (strlen(trim($tableau[$numeroLigne])) < 10) {
|
|
|
567 |
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
|
|
|
568 |
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
|
|
|
569 |
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_releve'] = $numReleve;
|
|
|
570 |
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_num_ligne'] = 0;
|
|
|
571 |
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_taxon'] = 0;
|
|
|
572 |
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_strate'] = 0;
|
|
|
573 |
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_ce_abondance'] = '?';
|
|
|
574 |
} else {
|
|
|
575 |
$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);
|
|
|
576 |
}
|
|
|
577 |
}
|
|
|
578 |
break;
|
|
|
579 |
case 6 :
|
|
|
580 |
$numSource = 0; $numReleve = 0;
|
|
|
581 |
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
|
|
|
582 |
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['6']);
|
|
|
583 |
$num = (preg_match('/[\dA-Z]+\s+[\dA-Z]+/', $ligneDecoupe['numSource'].$ligneDecoupe['posteMeteo']))
|
|
|
584 |
? ltrim($ligneDecoupe['numSource'])
|
|
|
585 |
: $ligneDecoupe['numSource'].$ligneDecoupe['posteMeteo'];
|
|
|
586 |
if ($num !== $numSource) {
|
|
|
587 |
$numSource = $num;
|
|
|
588 |
$numReleve ++;
|
|
|
589 |
}
|
|
|
590 |
$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);
|
|
|
591 |
}
|
|
|
592 |
break;
|
|
|
593 |
case 7 :
|
|
|
594 |
$numSource = 0; $numReleve = 0;
|
|
|
595 |
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
|
|
|
596 |
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['7']);
|
|
|
597 |
if (trim($ligneDecoupe['numReleve']) !== $numSource) {
|
|
|
598 |
$numSource = trim($ligneDecoupe['numReleve']);
|
|
|
599 |
$numReleve ++;
|
|
|
600 |
}
|
|
|
601 |
$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);
|
|
|
602 |
}
|
|
|
603 |
break;
|
|
|
604 |
default :
|
|
|
605 |
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
|
|
|
606 |
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['0']);
|
|
|
607 |
$this->creerObservType0($titre, $ligneDecoupe);
|
|
|
608 |
}
|
|
|
609 |
break;
|
|
|
610 |
}
|
|
|
611 |
return $ligneDecoupe;
|
|
|
612 |
}
|
|
|
613 |
// crée des observations au format de la table à partir d'un tableau de type standard (0)
|
|
|
614 |
private function creerObservType0($titre, $ligneDecoupe, $numeroLigne) {
|
|
|
615 |
$observation = null;
|
|
|
616 |
// Retourne l'id du taxon dans la bd sophy
|
|
|
617 |
$idTaxon = $this->identifierTaxon($titre['nombreStations'], $ligneDecoupe, $numeroLigne);
|
|
|
618 |
// découpe le champs abondance_rem ou indetermine selon le nombre de relevés
|
|
|
619 |
$remAbondance = substr(
|
|
|
620 |
($ligneDecoupe['abondance_rem'] != null) ? $ligneDecoupe['abondance_rem'] : $ligneDecoupe['indetermine'],
|
|
|
621 |
0, $titre['nombreStations']);
|
|
|
622 |
// si aucun relevé ne contient d'abondance pour un taxon, ajout d'une abondance ? pour ce taxon
|
|
|
623 |
if (trim($remAbondance) == '') {
|
|
|
624 |
$remAbondance = '?';
|
|
|
625 |
}
|
|
|
626 |
for ($numReleve = 1; $numReleve <= $titre['nombreStations']; $numReleve++) {
|
|
|
627 |
if ($remAbondance === '?' && $numeroLigne === 1) {
|
|
|
628 |
$abondance = '?';
|
|
|
629 |
} else {
|
|
|
630 |
$abondance = substr($remAbondance, ($numReleve-1), 1);
|
|
|
631 |
}
|
|
|
632 |
if ($abondance != '' && $abondance != ' ') {
|
|
|
633 |
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
|
|
|
634 |
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
|
|
|
635 |
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_releve'] = $numReleve;
|
|
|
636 |
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_num_ligne'] = $numeroLigne;
|
|
|
637 |
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_taxon'] = $idTaxon;
|
|
|
638 |
if ($ligneDecoupe['strate'] != null) {
|
|
|
639 |
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_strate'] = $ligneDecoupe['strate'];
|
|
|
640 |
} else {
|
|
|
641 |
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_strate'] = 0;
|
|
|
642 |
}
|
|
|
643 |
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_ce_abondance'] = $abondance;
|
|
|
644 |
}
|
|
|
645 |
}
|
|
|
646 |
}
|
|
|
647 |
// crée des observations au format de la table à partir d'un tableau de type 2, 6 ou 7 (10 plantes en lignes)
|
|
|
648 |
private function creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne) {
|
|
|
649 |
$observation = null;
|
|
|
650 |
for ($i = 1; $i < 11; $i++) {
|
|
|
651 |
// si le numéro de taxon et l'abondance ne sont pas nulls
|
|
|
652 |
if ((($ligneDecoupe['abondance'.$i] == '' || $ligneDecoupe['abondance'.$i] == '0') &&
|
|
|
653 |
(trim($ligneDecoupe['codeFournier'.$i]) == '' || $ligneDecoupe['codeFournier'.$i] == '0'))) {
|
|
|
654 |
} else {
|
|
|
655 |
$positionTaxon = $ligneDecoupe['numLigne']*10 + $i - 10;
|
|
|
656 |
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
|
|
|
657 |
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
|
|
|
658 |
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_releve'] = $numReleve;
|
|
|
659 |
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_num_ligne'] = $positionTaxon;
|
|
|
660 |
$idTaxon = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeFournier'.$i]);
|
|
|
661 |
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_taxon'] =
|
|
|
662 |
$this->identifierTaxon2($idTaxon, $titre['typeTableau']);
|
|
|
663 |
if ($ligneDecoupe['strate'.$i] != null) {
|
|
|
664 |
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_strate'] = $ligneDecoupe['strate'.$i];
|
|
|
665 |
} else {
|
|
|
666 |
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_strate'] = 0;
|
|
|
667 |
}
|
|
|
668 |
if ($ligneDecoupe['abondance'.$i] == '' || $ligneDecoupe['abondance'.$i] == '0') {
|
|
|
669 |
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_ce_abondance'] = '?';
|
|
|
670 |
} else {
|
|
|
671 |
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_ce_abondance'] = $ligneDecoupe['abondance'.$i];
|
|
|
672 |
}
|
|
|
673 |
}
|
|
|
674 |
}
|
|
|
675 |
}
|
|
|
676 |
|
|
|
677 |
private function identifierTaxon2($idTaxon, $typeTableau) {
|
|
|
678 |
$id = 0;
|
|
|
679 |
if ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 75000) {
|
|
|
680 |
$id = $this->tableauTaxon->getId(75000, 'algues');
|
|
|
681 |
} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 85000) {
|
|
|
682 |
$id = $this->tableauTaxon->getId(85000, 'characees');
|
|
|
683 |
} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 90000) {
|
|
|
684 |
$id = $this->tableauTaxon->getId(90000, 'bryo');
|
|
|
685 |
} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 95000) {
|
|
|
686 |
$id = $this->tableauTaxon->getId(95000, 'lichen');
|
|
|
687 |
} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon >= 90000) {
|
|
|
688 |
$idTaxon -= 90000;
|
|
|
689 |
$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'bryo');
|
|
|
690 |
} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon >= 20000) {
|
|
|
691 |
$idTaxon -= 20000;
|
|
|
692 |
$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'floeur');
|
|
|
693 |
} else {
|
|
|
694 |
if ($typeTableau == 2 && ($idTaxon != '00000' && $idTaxon != '')) {
|
|
|
695 |
$idTaxon = (substr($idTaxon, 0, 2) - 1)*600 +
|
|
|
696 |
(substr($idTaxon, 2, 2) - 11)*10 + (substr($idTaxon, 4, 1) + 1);
|
|
|
697 |
} elseif ($idTaxon != '00000' && $idTaxon != '') {
|
|
|
698 |
$idTaxon = ltrim($idTaxon, "0");
|
|
|
699 |
} else {
|
|
|
700 |
$idTaxon = 0;
|
|
|
701 |
}
|
|
|
702 |
$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'fournier');
|
|
|
703 |
}
|
|
|
704 |
return $id;
|
|
|
705 |
}
|
|
|
706 |
|
|
|
707 |
// fonctions nécessaires pour les tableaux de type standard (0)
|
|
|
708 |
private function identifierTaxon($nombreReleves, $ligneDecoupe, $numeroLigne) {
|
|
|
709 |
// decoupe le champs remarque
|
|
|
710 |
if ($ligneDecoupe['abondance_rem'] != null) {
|
|
|
711 |
$rem = trim(substr($ligneDecoupe['abondance_rem'], (int) ltrim($nombreReleves), strlen($ligneDecoupe['abondance_rem'])));
|
|
|
712 |
} else {
|
|
|
713 |
$rem = substr($ligneDecoupe['indetermine'], (int) ltrim($nombreReleves), strlen($ligneDecoupe['indetermine']));
|
|
|
714 |
}
|
|
|
715 |
$remAnalyse = $this->analyserRemarque($rem, $numeroLigne);
|
|
|
716 |
$id = 0;
|
|
|
717 |
if ($ligneDecoupe['idTaxon'] != null) {
|
|
|
718 |
$idTaxon = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['idTaxon']);
|
|
|
719 |
switch ($idTaxon) { // probleme code dans les 80000 attentes reponses brisse
|
|
|
720 |
case 0 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, 00000); break;
|
|
|
721 |
case 00000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon); break;
|
|
|
722 |
case 20000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'floeur'); break;
|
|
|
723 |
case 75000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'algues'); break;
|
|
|
724 |
case 85000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'characees'); break;
|
|
|
725 |
case 90000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'bryo'); break;
|
|
|
726 |
case 95000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'lichen'); break;
|
|
|
727 |
default :
|
|
|
728 |
if ($idTaxon < 1100) {
|
|
|
729 |
$id = $this->recupererId($remAnalyse, 0);
|
|
|
730 |
}elseif ($idTaxon < 20000) {
|
|
|
731 |
// transformer code fournier en numéro fournier
|
|
|
732 |
$numeroFournier = (substr($idTaxon, 0, 2) - 1)*600 + (substr($idTaxon, 2, 2) - 11)*10 +
|
|
|
733 |
(substr($idTaxon, 4, 1) + 1);
|
|
|
734 |
$id = $this->recupererId($remAnalyse, $numeroFournier, 'fournier'); break;
|
|
|
735 |
} elseif ($idTaxon < 90000) {
|
|
|
736 |
$idTaxon -= 20000;
|
|
|
737 |
$id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'floeur'); break;
|
|
|
738 |
} else {
|
|
|
739 |
$idTaxon -= 90000;
|
|
|
740 |
$id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'bryo'); break;
|
|
|
741 |
}
|
|
|
742 |
break;
|
|
|
743 |
}
|
|
|
744 |
} else {
|
|
|
745 |
$id = $this->recupererId($remAnalyse, 0);
|
|
|
746 |
}
|
|
|
747 |
return $id;
|
|
|
748 |
}
|
|
|
749 |
|
|
|
750 |
private function recupererId($remAnalyse, $idTaxon, $flore = 'ind') {
|
|
|
751 |
if ($remAnalyse['presence'] == true) {
|
|
|
752 |
$id = $this->tableauTaxon->getId($remAnalyse['num'], $remAnalyse['flore'], $remAnalyse['nom'],
|
|
|
753 |
$flore, $idTaxon, $remAnalyse['remarques']);
|
|
|
754 |
} else {
|
|
|
755 |
$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, $flore);
|
|
|
756 |
}
|
|
|
757 |
return $id;
|
|
|
758 |
}
|
|
|
759 |
|
|
|
760 |
private function analyserRemarque($rem, $numeroLigne) {
|
|
|
761 |
$taxon['presence'] = false;
|
|
|
762 |
if ($rem != '') {
|
|
|
763 |
$taxon['flore'] = 'ind';
|
|
|
764 |
$taxon['num'] = 0;
|
|
|
765 |
$taxon['nom'] = null;
|
|
|
766 |
$taxon['remarques'] = null;
|
|
|
767 |
$remAsterique = preg_split('/\*/', $rem);
|
|
|
768 |
// recuperer le numero et/ou le nom qui sont en remarque
|
|
|
769 |
foreach ($remAsterique as $morceauRem) {
|
|
|
770 |
if ($morceauRem == 'N000000') {
|
|
|
771 |
} elseif (preg_match('/^[A-Z]{1,2}\s{5,6}$/', $morceauRem)) {
|
|
|
772 |
} elseif (preg_match('/^[\s0]*$/', $morceauRem)) {
|
|
|
773 |
} elseif (preg_match('/^([A-Z]{1,2})([0\s]{5,6})$/', $morceauRem)) {
|
|
|
774 |
} elseif (preg_match('/^[\d\s]{5}\d$/', $morceauRem)) {
|
|
|
775 |
$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $morceauRem), '0');
|
|
|
776 |
$taxon['flore'] = 'syntri';
|
|
|
777 |
$taxon['presence'] = true;
|
|
|
778 |
} elseif (preg_match('/^\s*(\d[\d\s]+\d)\s*$/', $morceauRem, $match)) {
|
|
|
779 |
$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $match[1]), '0');
|
|
|
780 |
$taxon['flore'] = 'syntri';
|
|
|
781 |
$taxon['presence'] = true;
|
|
|
782 |
} elseif (preg_match('/^\s*[A-Za-z][a-z\s\.()]+$/', $morceauRem)) {
|
|
|
783 |
$taxon['nom'] = $morceauRem;
|
|
|
784 |
$taxon['presence'] = true;
|
|
|
785 |
} elseif (preg_match('/^\s*("\s*[\s"]*)([A-Za-z][A-Za-z\s\.()]+)$/', $morceauRem, $match)) {
|
|
|
786 |
foreach ($this->observations[$numeroLigne-1] as $obsPrec) {
|
|
|
787 |
$idPrec = $obsPrec['sc_id_taxon'];
|
|
|
788 |
}
|
|
|
789 |
$nombreQuote = substr_count($match[1], '"');
|
|
|
790 |
$nomPrec = preg_split('/\s/', $this->tableauTaxon->getNom($idPrec)); $nom = '';
|
|
|
791 |
if (preg_match('/^(x|var|ssp)/', $match[2])) {
|
|
|
792 |
} elseif ($nombreQuote == 2 || $nombreQuote == 4) {
|
|
|
793 |
$nombreQuote = $nombreQuote/2;
|
|
|
794 |
}
|
|
|
795 |
for ($i = 0; $i < $nombreQuote; $i++) {
|
|
|
796 |
if ($i < count($nomPrec)) {
|
|
|
797 |
$nom .= $nomPrec[$i]." ";
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798 |
}
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799 |
}
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800 |
$taxon['nom'] = $nom.$match[2];
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801 |
$taxon['remarques'] = $morceauRem;
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802 |
$taxon['presence'] = true;
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803 |
} elseif (preg_match('/^([A-Z]{1,2})([\d\s]{4,5}\d)$/', $morceauRem, $match) ||
|
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804 |
preg_match('/^(\s{1,2})([\d\s]{4,5}\d)$/', $morceauRem, $match)) {
|
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805 |
switch (trim($match[1])) {
|
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|
806 |
case 'S' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;
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807 |
case 'CI' : $taxon['flore'] = 'ciff'; break;
|
|
|
808 |
case 'C' : $taxon['flore'] = 'codefr94'; break;
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|
|
809 |
case 'BD' : $taxon['flore'] = 'bdnff'; break;
|
|
|
810 |
case 'N' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;
|
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|
811 |
case '' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;
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812 |
default : $taxon['flore'] = 'ind'; break;
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813 |
}
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814 |
$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $match[2]), '0');
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815 |
$taxon['presence'] = true;
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816 |
} else {
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817 |
$morceauRem = trim($morceauRem);
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|
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818 |
if ($morceauRem != '' && $morceauRem != null) {
|
|
|
819 |
$taxon['remarques'] = $morceauRem;
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820 |
$taxon['presence'] = true;
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|
821 |
}
|
|
|
822 |
}
|
|
|
823 |
}
|
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|
824 |
}
|
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|
825 |
return $taxon;
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|
826 |
}
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827 |
|
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828 |
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
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829 |
// Fonction Statistiques
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830 |
private function executerStats() {
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831 |
$nombreTotalLignesTable = $this->dao->getNombreLigne($this->param_bd_pour_stat);
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832 |
print_r($nombreTotalLignesTable);
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833 |
}
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834 |
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835 |
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
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836 |
// Fonction générale
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837 |
private function ouvrirDossier($nomDossier) {
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838 |
$tableaux = null;
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839 |
if (file_exists($nomDossier) === true) {
|
|
|
840 |
if (is_dir($nomDossier)) {
|
|
|
841 |
if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) {
|
|
|
842 |
while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) {
|
|
|
843 |
if ( !is_dir($nomFichier) ) {
|
|
|
844 |
$nomFichier = $nomDossier.$nomFichier;
|
|
|
845 |
$tableaux[$nomFichier] = $this->ouvrirFichier($nomFichier);
|
|
|
846 |
}
|
|
|
847 |
}
|
|
|
848 |
closedir($dossierOuvert);
|
|
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849 |
} else {
|
|
|
850 |
$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert.");
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|
|
851 |
}
|
|
|
852 |
} else {
|
|
|
853 |
$tableaux[$nomDossier] = $this->ouvrirFichier($nomDossier);
|
|
|
854 |
}
|
|
|
855 |
} else {
|
|
|
856 |
$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable.");
|
|
|
857 |
}
|
|
|
858 |
return $tableaux;
|
|
|
859 |
}
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|
860 |
|
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861 |
// Prend en entree un fichier et retourne un tableau de Tableau phytosocio ou stations
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862 |
private function ouvrirFichier($nomFichier) {
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|
863 |
$tableauxDecoupes = null;
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864 |
$clefTableau = 0;
|
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|
865 |
$clefLigne = 0;
|
|
|
866 |
if (file_exists($nomFichier) === true) {
|
|
|
867 |
if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
|
|
|
868 |
while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
|
|
|
869 |
if (preg_match('/^.*9{10}.*$/', $ligne)) {
|
|
|
870 |
$clefTableau ++ ;
|
|
|
871 |
$clefLigne = 0;
|
|
|
872 |
} else {
|
|
|
873 |
$tableauxDecoupes[$clefTableau][$clefLigne] = rtrim($ligne, " \t");
|
|
|
874 |
$clefLigne ++;
|
|
|
875 |
}
|
|
|
876 |
}
|
|
|
877 |
fclose($fichierOuvert);
|
|
|
878 |
} else {
|
|
|
879 |
$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'a pas pu être ouvert.");
|
|
|
880 |
}
|
|
|
881 |
} else {
|
|
|
882 |
$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier est introuvable.");
|
|
|
883 |
}
|
|
|
884 |
return $tableauxDecoupes;
|
|
|
885 |
}
|
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|
886 |
|
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887 |
// utilise les tableaux format_titre ou format_station pour découper les lignes
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888 |
private function decouperLigne($ligne, $format) {
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889 |
$ligne = rtrim($ligne);
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890 |
$taille = strlen($ligne);
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891 |
foreach ($format as $param => $position) {
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892 |
// si la taille de la ligne est inférieure à la taille du champs que l'on veut récupérer
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893 |
if ($taille < ($position[0]+$position[1])) {
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894 |
// on met à null sauf dans certains formats
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895 |
$ligneDecoupe[$param] = null;
|
|
|
896 |
if (isset($format['numLigne'])) {
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897 |
$ligneDecoupe['indetermine'] = rtrim(substr($ligne, $position[0], $taille));
|
|
|
898 |
}
|
|
|
899 |
} else {
|
|
|
900 |
$ligneDecoupe[$param] = trim(substr($ligne, $position[0], $position[1]));
|
|
|
901 |
}
|
|
|
902 |
}
|
|
|
903 |
return $ligneDecoupe;
|
|
|
904 |
}
|
|
|
905 |
}
|
|
|
906 |
?>
|