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755 raphael 1
/*
756 raphael 2
  Mise à jour de réferentiels NULL ou vides pour les observations dotées d'un nom_sel_nn
755 raphael 3
  75427 observations trouvées au 2013/07/19
4
 
5
  Les observations problématiques sont les suivantes:
6
  SELECT id_observation, nom_referentiel, nom_sel, nom_sel_nn, nom_ret, nom_ret_nn, nt, famille
816 raphael 7
  FROM `BASEEDIT`.`cel_obs`
780 raphael 8
  WHERE nom_referentiel IS NULL AND nom_sel != '' AND nom_sel IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL;
756 raphael 9
 
10
  Or maj-cleanup-201307.sql reset les valeurs des observations ayant un nom_sel NULL ou '', de plus la préférence de sélection est
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  donné au nom_sel (incluant les synonymes) plutôt que nom_ret_nn.
12
 
13
  La requête est donc:
14
  SELECT id_observation, nom_referentiel, nom_sel, nom_sel_nn, nom_ret, nom_ret_nn, nt, famille
816 raphael 15
  FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` WHERE nom_referentiel IS NULL AND nom_sel_nn IS NOT NULL;
756 raphael 16
  => 76486
755 raphael 17
*/
18
 
756 raphael 19
 
20
DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS T_bis;
21
DROP PROCEDURE IF EXISTS majreferentiel;
22
 
23
CREATE TEMPORARY TABLE IF NOT EXISTS T_bis ( INDEX(`nom`(30))) AS \
816 raphael 24
           SELECT "bdtfx" AS valid_ref, CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur) AS nom, b.num_nom, b.num_taxonomique, b.famille FROM `BASESOURCE`.`bdtfx_v1_01` b UNION ALL \
25
           SELECT "bdtxa" AS valid_ref, CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur) AS nom, a.num_nom, a.num_tax, a.famille FROM `BASESOURCE`.`bdtxa_v1_00` a;
756 raphael 26
 
27
/* Donc nous JOINons:
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-- INNER JOIN sur bdtfx: 69719
816 raphael 29
SELECT id_observation, nom_referentiel, nom_sel, nom_sel_nn, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c INNER JOIN `BASESOURCE`.`bdtfx_v1_01` b ON (b.num_nom = c.nom_sel_nn) WHERE nom_referentiel IS NULL AND nom_sel_nn IS NOT NULL;
756 raphael 30
-- INNER JOIN sur bdtxa: 79471 dont 9752 en dup (bdtxa + bdtfx), eg: 1005047
816 raphael 31
SELECT id_observation, nom_referentiel, nom_sel, nom_sel_nn, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c INNER JOIN T_bis b ON (b.num_nom = c.nom_sel_nn) WHERE nom_referentiel AND nom_sel_nn IS NOT NULL;
756 raphael 32
*/
33
 
34
/* d'où GROUP BY id_observation HAVING count(id_observation) = 1 */
755 raphael 35
/*
756 raphael 36
SELECT id_observation, nom_referentiel, nom_sel, nom_sel_nn, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille
816 raphael 37
FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c
756 raphael 38
INNER JOIN T_bis b
39
ON (b.num_nom = c.nom_sel_nn)
780 raphael 40
WHERE nom_referentiel IS NULL AND nom_sel_nn IS NOT NULL GROUP BY id_observation HAVING count(id_observation) = 1;
756 raphael 41
-- 59967, tous bdtfx...
42
*/
755 raphael 43
 
44
 
756 raphael 45
delimiter |
755 raphael 46
 
756 raphael 47
CREATE PROCEDURE majreferentiel()
48
BEGIN
49
DECLARE done INT DEFAULT 0;
50
DECLARE subst INT DEFAULT 0;
51
DECLARE _id_observation bigint(20) DEFAULT 0;
52
DECLARE _valid_ref varchar(20) DEFAULT NULL;
816 raphael 53
DECLARE cur1 CURSOR FOR SELECT id_observation, valid_ref FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c INNER JOIN T_bis b ON (b.num_nom = c.nom_sel_nn)
780 raphael 54
                        WHERE nom_referentiel IS NULL AND nom_sel_nn IS NOT NULL group by id_observation HAVING count(id_observation) = 1;
756 raphael 55
-- DECLARE CONTINUE HANDLER FOR NOT FOUND SET done = TRUE;
56
DECLARE CONTINUE HANDLER FOR SQLSTATE '02000' SET done = 1;
57
 
58
OPEN cur1;
59
REPEAT
60
        FETCH cur1 INTO _id_observation, _valid_ref;
816 raphael 61
        UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c SET nom_referentiel = _valid_ref WHERE id_observation = _id_observation;
756 raphael 62
        SET subst = subst + 1;
63
UNTIL done END REPEAT;
64
select subst AS 'nombre de mises à jour de référentiel effectuées';
65
CLOSE cur1;
66
END
67
|
68
 
69
delimiter ;