| 11 |
jpm |
1 |
<?php
|
|
|
2 |
|
|
|
3 |
// commande : /opt/lampp/bin/php cli.php description_sp -a tester -n /home/jennifer/Tela-botanica_projets/Coste/descriptions/html
|
|
|
4 |
|
|
|
5 |
class DescriptionSp extends Script {
|
|
|
6 |
|
|
|
7 |
protected $donnees = array();
|
|
|
8 |
protected $nb_espece = 0;
|
|
|
9 |
protected $donnees_espece = array();
|
|
|
10 |
protected $fichier;
|
|
|
11 |
protected $table_espece = array();
|
|
|
12 |
|
|
|
13 |
protected $parametres_autorises = array(
|
|
|
14 |
'-n' => array(true, null, 'nom du dossier à analyser'));
|
|
|
15 |
|
|
|
16 |
public function executer() {
|
|
|
17 |
$this->bdd = new Bdd();
|
|
|
18 |
|
|
|
19 |
// Lancement de l'action demandée
|
|
|
20 |
$cmd = $this->getParametre('a');
|
|
|
21 |
switch ($cmd) {
|
|
|
22 |
case 'integrer' :
|
| 426 |
jpm |
23 |
$this->supprimerPagesExistantes();
|
|
|
24 |
$this->reinitialiserAutoIncrement('coste_pages');
|
|
|
25 |
$this->reinitialiserAutoIncrement('coste_triples');
|
|
|
26 |
|
| 11 |
jpm |
27 |
$this->ouvrirDossier();
|
|
|
28 |
$this->chargerIndexGpFG();
|
|
|
29 |
$this->integrerSynonyme();
|
|
|
30 |
ksort($this->table_espece);
|
|
|
31 |
$this->recupererDonneesBdnff();
|
|
|
32 |
$this->genererNumNom();
|
|
|
33 |
$this->insererNumNomDansTriples();
|
|
|
34 |
$this->creerTableCoste();
|
|
|
35 |
$this->insererTableProjetCoste();
|
|
|
36 |
break;
|
|
|
37 |
default :
|
|
|
38 |
$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
|
|
|
39 |
}
|
|
|
40 |
}
|
|
|
41 |
|
|
|
42 |
//---------------------------------FONCTION DE RECUPERATION DES DONNEES SUR LES ESPECES---------------------------------
|
|
|
43 |
|
|
|
44 |
private function ouvrirDossier() {
|
|
|
45 |
$nomDossier = $this->getParametre('n');
|
|
|
46 |
$tableaux = null;
|
|
|
47 |
if (file_exists($nomDossier) === true) {
|
|
|
48 |
if (is_dir($nomDossier)) {
|
|
|
49 |
if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) {
|
|
|
50 |
while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) {
|
|
|
51 |
if ( !is_dir($nomFichier) && preg_match('/e[0-9]{4}\.htm/', $nomFichier)) {
|
|
|
52 |
$nomFichier = $nomDossier.'/'.$nomFichier;
|
|
|
53 |
$this->traiterFichier($nomFichier);
|
|
|
54 |
}
|
|
|
55 |
}
|
|
|
56 |
closedir($dossierOuvert);
|
|
|
57 |
} else {
|
|
|
58 |
$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert.");
|
|
|
59 |
}
|
|
|
60 |
} else {
|
|
|
61 |
$tableaux[$nomDossier] = $this->ouvrirFichier($nomDossier);
|
|
|
62 |
}
|
|
|
63 |
} else {
|
|
|
64 |
$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable.");
|
|
|
65 |
}
|
|
|
66 |
$this->traiterInfo('Nombre d\'espèce : '.$this->nb_espece);
|
|
|
67 |
//$this->creerFichier('donneesEspeces.tsv', $this->donnees_espece, '/home/jennifer/Tela-botanica_projets/Coste/descriptions/');
|
|
|
68 |
return $tableaux;
|
|
|
69 |
}
|
|
|
70 |
|
|
|
71 |
private function supprimerPagesExistantes() {
|
|
|
72 |
//suppression des tuples déjà existants
|
|
|
73 |
$requete = 'DELETE FROM coste_pages WHERE id > 35';
|
|
|
74 |
$this->bdd->requeter($requete);
|
|
|
75 |
$requete = 'DELETE FROM coste_triples WHERE id > 1';
|
|
|
76 |
$this->bdd->requeter($requete);
|
|
|
77 |
$requete = 'DELETE FROM coste_correspondance_bdnff ';
|
|
|
78 |
$this->bdd->requeter($requete);
|
|
|
79 |
$this->traiterInfo('Table coste_pages, coste_triple et coste_correspondance_bdnff ont été vidés :)');
|
|
|
80 |
}
|
|
|
81 |
|
|
|
82 |
|
|
|
83 |
private function reinitialiserAutoIncrement($table) {
|
| 292 |
jpm |
84 |
$requete_max_id = 'SELECT max(id) FROM '.$table;
|
| 11 |
jpm |
85 |
$id_max = $this->bdd->recuperer($requete_max_id);
|
|
|
86 |
$id_max = $id_max['max(id)'];
|
|
|
87 |
$id_max = $id_max+1;
|
|
|
88 |
$requete_pages = 'ALTER TABLE '.$table.' AUTO_INCREMENT = '.$id_max;
|
|
|
89 |
$this->bdd->requeter($requete_pages);
|
|
|
90 |
}
|
|
|
91 |
|
|
|
92 |
|
|
|
93 |
private function traiterFichier($nomFichier) {
|
|
|
94 |
$donnees = $this->ouvrirFichier($nomFichier);
|
|
|
95 |
if ($donnees['ouvert'] == "oui") {
|
|
|
96 |
$donneesTag = $this->creerNomPage($donnees['tag']);
|
|
|
97 |
//on insère le triple titre dans coste_triples
|
|
|
98 |
$this->donnees_espece[] = $donneesTag;
|
|
|
99 |
$requetePage = 'INSERT INTO coste_pages (tag, time, body, latest) VALUES ("'
|
|
|
100 |
.$donneesTag['nomPage'].'", NOW(), "'.$donnees['texte'].'", "Y");';
|
|
|
101 |
$requeteTriple = 'INSERT INTO coste_triples(resource, property, value) VALUES '
|
|
|
102 |
.'("'.$donneesTag['nomPage'].'", "titre", "'.$donneesTag['titre'].'"),';
|
|
|
103 |
//on insère les correspondances avec bdnff
|
|
|
104 |
$donneesCorr = $this->creerCorrespondance($donnees['correspondance']);
|
|
|
105 |
$requeteCorr = 'INSERT INTO coste_correspondance_bdnff VALUES ("'
|
|
|
106 |
.$donneesTag['id'].'", "'.$donneesCorr['num_nom'].'", "'
|
|
|
107 |
.$donneesCorr['num_tax'].'", "'.$donneesCorr['famille'].'", "'.$donneesCorr['nom_sci'].'");';
|
|
|
108 |
$requete = $requetePage." ".rtrim($requeteTriple, ',')."; ".$requeteCorr;
|
|
|
109 |
$this->bdd->requeter($requete);
|
|
|
110 |
|
|
|
111 |
$this->nb_espece++;
|
|
|
112 |
$this->afficherAvancement("insertion espece");
|
|
|
113 |
}
|
|
|
114 |
}
|
|
|
115 |
|
|
|
116 |
private function ouvrirFichier($nomFichier) {
|
|
|
117 |
$this->fichier = $nomFichier;
|
|
|
118 |
$donnees = null;
|
|
|
119 |
if (file_exists($nomFichier) === true && preg_match('/e[0-9]{4}.htm$/', $nomFichier)) {
|
|
|
120 |
if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
|
|
|
121 |
$donnees['ouvert'] = "oui";
|
|
|
122 |
$i = 1;
|
|
|
123 |
while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
|
|
|
124 |
if ($i == 24) {
|
|
|
125 |
$donnees['tag'] = $this->traiterHtml($ligne);
|
|
|
126 |
} elseif ($i == 45) {
|
|
|
127 |
$donnees['texte'] = $this->traiterHtml($ligne, $au = true);
|
|
|
128 |
$this->donnees['texte'] = $this->traiterHtml($ligne);
|
|
|
129 |
} elseif ($i == 46 || $i == 47) {
|
|
|
130 |
$donnees['texte'] .= $this->traiterHtml($ligne);
|
|
|
131 |
} elseif ($i == 63 || preg_match('/Bdnff /ui', $ligne)) {
|
|
|
132 |
$donnees['correspondance'] = $this->traiterHtml($ligne);
|
|
|
133 |
}
|
|
|
134 |
$i++;
|
|
|
135 |
}
|
|
|
136 |
fclose($fichierOuvert);
|
|
|
137 |
} else {
|
|
|
138 |
$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'a pas pu être ouvert.");
|
|
|
139 |
}
|
|
|
140 |
} else {
|
|
|
141 |
$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier est introuvable.");
|
|
|
142 |
}
|
|
|
143 |
return $donnees;
|
|
|
144 |
}
|
|
|
145 |
|
|
|
146 |
|
|
|
147 |
private function traiterHtml($donnees, $au = null) {
|
|
|
148 |
$donnees_traitees = strip_tags($donnees,'<B>,<I>');
|
|
|
149 |
$donnees_traitees = html_entity_decode($donnees_traitees, ENT_NOQUOTES, 'UTF-8');
|
|
|
150 |
$donnees_traitees = str_replace('<B>', '**', $donnees_traitees);
|
|
|
151 |
$donnees_traitees = str_replace('</B>', '**', $donnees_traitees);
|
|
|
152 |
$donnees_traitees = str_replace('<I>', '//', $donnees_traitees);
|
|
|
153 |
$donnees_traitees = str_replace('</I>', '//', $donnees_traitees);
|
|
|
154 |
$donnees_traitees = trim($donnees_traitees);
|
|
|
155 |
if ($au) {
|
|
|
156 |
$donnees_traitees = str_replace('­', '', $donnees_traitees);
|
|
|
157 |
}
|
|
|
158 |
return $donnees_traitees;
|
|
|
159 |
}
|
|
|
160 |
|
|
|
161 |
|
|
|
162 |
private function creerNomPage($tag) {
|
|
|
163 |
$partiesTag = explode(' - ', $tag);
|
|
|
164 |
preg_match('/(C.*)/', $tag, $titre);
|
|
|
165 |
$donnees['titre'] = $titre[0];
|
|
|
166 |
|
|
|
167 |
list($num, $donnees['id']) = explode(' ', trim($partiesTag[0]));
|
|
|
168 |
list($num, $donnees['num_nom_coste'] ) = explode(' ', trim($partiesTag[0]));
|
|
|
169 |
$donnees['nom_sci'] = trim($partiesTag[1]);
|
|
|
170 |
$partiesNomSci = explode(' ', $donnees['nom_sci']);
|
|
|
171 |
|
|
|
172 |
list($numFamille, $donnees['famille']) = explode(', ', trim($partiesTag[2]));
|
|
|
173 |
list($num, $tomePage) = explode(',', trim($partiesTag[3]));
|
|
|
174 |
|
|
|
175 |
if (preg_match('/T(\d*)\.p(\d*)/', $tomePage, $match)){
|
|
|
176 |
$donnees['tome'] = $match[1];
|
|
|
177 |
$donnees['page'] = sprintf("%04d",$match[2]);
|
|
|
178 |
}
|
|
|
179 |
$donnees['nomPage'] = 'DscCoste1937T'.$donnees['tome'].'P'.$donnees['page'].implode(array_map('ucfirst',$partiesNomSci));
|
|
|
180 |
if ($donnees['nomPage'] == 'DscCoste1937TP') echo 'MERDE!!!!!!!!!!!! à la page '.$this->fichier;
|
|
|
181 |
$partieNumTaxSupFamille = explode(',', $partiesTag[2]);
|
|
|
182 |
$partieNumTaxSupGenre = explode(',', $partiesTag[3]);
|
|
|
183 |
$donnees['num_tax_sup_genre'] = trim($partieNumTaxSupGenre[0]);
|
|
|
184 |
//on recupère les auteurs, synonymes et nom_vernaculaires
|
|
|
185 |
$this->recupererInfosComplementaires($donnees);
|
|
|
186 |
return $donnees;
|
|
|
187 |
}
|
|
|
188 |
|
|
|
189 |
|
|
|
190 |
private function recupererInfosComplementaires(&$donnees) {
|
|
|
191 |
$this->donnees['texte'] = str_replace('', '', $this->donnees['texte']); //on enlève un petit tiret présent entre la plupart des mots (non visible ici)
|
|
|
192 |
preg_match('/^ {0,1}[*]{2}([^*]+)[*]{2} ([^–(\/]+\.?)?\s*(?:[(]([^)]+)[)])?[ –.]*(?:[\/]{2}([^\/]+)\s*–\s*[\/]{2})?/', $this->donnees['texte'], $match2);
|
|
|
193 |
|
|
|
194 |
$annee = '';
|
|
|
195 |
if ($match2 == array()) echo "donnees du fichier : $this->fichier";
|
|
|
196 |
if (isset($match2[1]) && strrpos($match2[1], ' subsp. ') !== false) {
|
|
|
197 |
$donnees['nom_sci'] = preg_replace(array('/ All./', '/ L./','/^\s*[0-9]{4}[ –.]*/'), '', $match2[1]);
|
|
|
198 |
}
|
|
|
199 |
$auteur = (isset($match2[2])) ? $match2[2] : '';
|
|
|
200 |
$synonyme = (isset($match2[3])) ? $match2[3] : '';
|
|
|
201 |
$nom_verna = (isset($match2[4])) ? $match2[4] : '';
|
|
|
202 |
if (preg_match('/^\s*[1-9]{4}\s*$/', $synonyme)) {
|
|
|
203 |
$annee = $synonyme;
|
|
|
204 |
$synonyme = '';
|
|
|
205 |
} elseif (preg_match('/.*?([0-9]{4})/', $auteur, $annee_match) && !preg_match('/ in /', $annee_match[1])) {
|
|
|
206 |
$annee = $annee_match[1];
|
|
|
207 |
$auteur = preg_replace('/ [0-9]{4}/', '', $auteur);
|
|
|
208 |
}
|
|
|
209 |
$donnees['annee'] = $annee;
|
|
|
210 |
$donnees['auteur'] = $auteur;
|
|
|
211 |
$donnees['synonyme'] = $synonyme;
|
|
|
212 |
$donnees['nom_vernaculaire'] = $nom_verna;
|
|
|
213 |
$this->insererDansTableEspece($donnees);
|
|
|
214 |
}
|
|
|
215 |
|
|
|
216 |
|
|
|
217 |
private function insererDansTableEspece($donnees) {
|
|
|
218 |
$this->table_espece[$donnees['num_nom_coste']] = array(
|
|
|
219 |
'tag' => $donnees['nomPage'],
|
|
|
220 |
'num_nom_retenu_coste' => $donnees['num_nom_coste'],
|
|
|
221 |
'num_nom_coste' => $donnees['num_nom_coste'],
|
|
|
222 |
'num_tax_sup_genre' => $donnees['num_tax_sup_genre'],
|
|
|
223 |
'rang' => 290,
|
|
|
224 |
'nom_sci' => $donnees['nom_sci'],
|
|
|
225 |
'auteur' => $donnees['auteur'],
|
|
|
226 |
'nom_vernaculaire' => $donnees['nom_vernaculaire'],
|
|
|
227 |
'nom_coste' => $donnees['nom_sci'],
|
|
|
228 |
'tome' => $donnees['tome'],
|
|
|
229 |
'annee' => $donnees['annee'],
|
|
|
230 |
'synonyme' => $donnees['synonyme']);
|
|
|
231 |
}
|
|
|
232 |
|
|
|
233 |
|
|
|
234 |
private function creerCorrespondance($correspondance) {
|
|
|
235 |
$parties = explode('-', $correspondance);
|
|
|
236 |
if (isset($parties[1])) {
|
|
|
237 |
list($num, $donnees['num_nom']) = explode(' ', trim($parties[0]));
|
|
|
238 |
$donnees['nom_sci'] = trim($parties[1]);
|
|
|
239 |
$donnees['famille'] = trim($parties[2]);
|
|
|
240 |
list($num, $num_tax) = explode('=', trim($parties[3]));
|
|
|
241 |
$donnees['num_tax'] = ($num_tax == "") ? 'NULL' : $num_tax;
|
|
|
242 |
} else {
|
|
|
243 |
$donnees['num_nom'] = 'NULL';
|
|
|
244 |
$donnees['nom_sci'] = 'NULL';
|
|
|
245 |
$donnees['famille'] = 'NULL';
|
|
|
246 |
$donnees['num_tax'] = 'NULL';
|
|
|
247 |
}
|
|
|
248 |
return $donnees;
|
|
|
249 |
}
|
|
|
250 |
|
|
|
251 |
//---------------------------------------FONCTION DE CREATION DE LA TABLE COSTE------------------------------------------
|
|
|
252 |
|
|
|
253 |
private function chargerIndexGpFG() {
|
|
|
254 |
$requete = 'SELECT * FROM coste_index_general ';
|
|
|
255 |
$resultat = $this->bdd->recupererTous($requete);
|
|
|
256 |
foreach ($resultat as $nom) {
|
|
|
257 |
$nom_coste = ($nom['nom_coste'] == '') ? $this->transliterer($nom['nom_sci']) : $this->transliterer($nom['nom_coste']);
|
|
|
258 |
$nom_sci = $this->transliterer($nom['nom_sci']);
|
|
|
259 |
$tome = $nom['tome'];
|
|
|
260 |
$page = $nom['page'];
|
|
|
261 |
$num_tax_sup_coste = $nom['num_tax_sup_coste'];
|
|
|
262 |
$num_nom_coste = $nom['num_nom_coste'];
|
|
|
263 |
$rang = $nom['rang'];
|
|
|
264 |
$this->indexGpFG[$num_nom_coste] = array('nom_sci' => $nom_sci,
|
|
|
265 |
'rang' => $rang,
|
|
|
266 |
'nom_coste' => $nom_coste,
|
|
|
267 |
'num_nom_coste' => $num_nom_coste,
|
|
|
268 |
'num_tax_sup_coste' => $num_tax_sup_coste,
|
|
|
269 |
'tome' => $tome,
|
|
|
270 |
'page' => $page);
|
|
|
271 |
}
|
|
|
272 |
}
|
|
|
273 |
|
|
|
274 |
|
|
|
275 |
private function transliterer($txt) {
|
|
|
276 |
$txt = ucwords(strtolower(Chaine::supprimerAccents($txt)));
|
|
|
277 |
return trim($txt);
|
|
|
278 |
}
|
|
|
279 |
|
|
|
280 |
|
|
|
281 |
private function integrerSynonyme() {
|
|
|
282 |
foreach ($this->table_espece as $num_nom_coste => $donnees) {
|
|
|
283 |
$et = false; //cas où on a "syno et syno L."
|
|
|
284 |
$auteur = '';
|
|
|
285 |
$genre_syn = '';
|
|
|
286 |
if ($donnees['synonyme'] != '') {
|
|
|
287 |
$donnees['synonyme'] = preg_replace(array('/^t\s{1}/','/^et\s{1}/', '/^avec /', '/, etc\.$/', '/\//', '//'), '', $donnees['synonyme']);
|
|
|
288 |
if (strrpos($donnees['synonyme'], ';') === false
|
|
|
289 |
&& preg_match('/^[A-Z][^ ]+ [^ ]+(?: ([^,;]+))?\s*[.]?(et|,)[ ]?[A-Z]{1}[^ on,]+ [^., ]+[ ]+(?:.*)?$/', $donnees['synonyme'], $ponctu)) {
|
|
|
290 |
if ($ponctu[2] == 'et') {
|
|
|
291 |
$synonymes = array_reverse(explode($ponctu[2], $donnees['synonyme']));
|
|
|
292 |
$et = true;
|
|
|
293 |
} else {
|
|
|
294 |
$synonymes = explode($ponctu[2], $donnees['synonyme']);
|
|
|
295 |
}
|
|
|
296 |
} else {
|
|
|
297 |
$synonymes = explode(';', $donnees['synonyme']);
|
|
|
298 |
}
|
|
|
299 |
$num_syn = 0; //on numerote les synonyme avec comme num_nom_coste : num_nom_coste du retenu + ".1", ".2" , ...
|
|
|
300 |
foreach ($synonymes as $nom_syn) {
|
|
|
301 |
$annee = '';
|
|
|
302 |
$notes = $this->recupererLesNotesDesSynonymes($nom_syn);
|
|
|
303 |
$this->recupererAnneeSynonyme($nom_syn, $annee);
|
|
|
304 |
if (preg_match('/^\s*([^ ]*) ([^ ]*)( (?:VAR\.|v\.) [^ ]+)?(?: (.*))?$/', $nom_syn, $match)) {
|
|
|
305 |
$num_syn++;
|
|
|
306 |
$nom_sci = $this->recupererNomSciComplet($match, $donnees, $num_syn, $genre_syn);
|
|
|
307 |
$auteur_syn = $this->recupererAuteurSyn($match, $auteur, $et);
|
|
|
308 |
$this->ajouterSynonymeALaTableEspece($donnees, $nom_sci, $auteur_syn, $annee, $notes, $num_syn);
|
|
|
309 |
} else {
|
|
|
310 |
$this->traiterErreur('Synonyme '.$nom_syn.' non reconnu par l\'expression régulière ');
|
|
|
311 |
}
|
|
|
312 |
}
|
|
|
313 |
}
|
|
|
314 |
}
|
|
|
315 |
}
|
|
|
316 |
|
|
|
317 |
|
|
|
318 |
private function recupererNomSciComplet(&$match, &$donnees, &$num_syn, &$genre_syn) {
|
|
|
319 |
//on récupère le nom complet du genre dans les cas ou le genre est noté : A.
|
|
|
320 |
//Attention à l'ex suivant : D. THUILLIERI G. G. ; AIRA SETACEA Huds.; A. DISCOLOR Thuil.; A. ULIGINOSA Weihe
|
|
|
321 |
if ($num_syn == 1 && preg_match('/^\s*[A-Z]{1}[.]\s*$/', $match[1])) {
|
|
|
322 |
preg_match('/\s*([^ ]+) .+$/', $donnees['nom_sci'], $nom_genre);
|
|
|
323 |
$match[1] = $nom_genre[1];
|
|
|
324 |
$genre_syn = $nom_genre[1];
|
|
|
325 |
} elseif (!preg_match('/^\s*[A-Z]{1}[.]\s*$/', $match[1])) {
|
|
|
326 |
$genre_syn = $match[1];
|
|
|
327 |
} elseif ($num_syn != 1 && preg_match('/^\s*[A-Z]{1}[.]\s*$/', $match[1])) {
|
|
|
328 |
$match[1] = $genre_syn;
|
|
|
329 |
}
|
|
|
330 |
if (isset($match[3])) {
|
|
|
331 |
$nom_sci = ucfirst(strtolower($match[1].' '.$match[2].str_replace('v. ', 'var. ', $match[3])));
|
|
|
332 |
} else {
|
|
|
333 |
$nom_sci = ucfirst(strtolower($match[1].' '.$match[2]));
|
|
|
334 |
}
|
|
|
335 |
return $nom_sci;
|
|
|
336 |
}
|
|
|
337 |
|
|
|
338 |
|
|
|
339 |
private function recupererAnneeSynonyme(&$nom_syn, &$annee) {
|
|
|
340 |
if (preg_match('/ ([0-9]{4})\s*/', $nom_syn, $annee_match)) {
|
|
|
341 |
$annee = $annee_match[1];
|
|
|
342 |
}
|
|
|
343 |
}
|
|
|
344 |
|
|
|
345 |
|
|
|
346 |
private function recupererAuteurSyn(&$match, &$auteur, &$et) {
|
|
|
347 |
//on recupere l'auteur ds une variable ds le cas ou : R. machin et R. truc auteur.
|
|
|
348 |
if (isset($match[4]) && $match[4] != '' && $et) {
|
|
|
349 |
$auteur = $match[4];
|
|
|
350 |
}
|
|
|
351 |
$auteur_syn = $auteur;
|
|
|
352 |
if (isset($match[3]) && !$et) {
|
|
|
353 |
$auteur_syn = preg_replace('/ [0-9]{4}/', '', $match[4]);
|
|
|
354 |
} elseif ($auteur != '' && $et) {
|
|
|
355 |
$auteur_syn = preg_replace('/ [0-9]{4}/', '', $auteur);
|
|
|
356 |
}
|
|
|
357 |
return $auteur_syn;
|
|
|
358 |
}
|
|
|
359 |
|
|
|
360 |
public function recupererLesNotesDesSynonymes(&$nom_syn) {
|
|
|
361 |
// on recupère les notes
|
|
|
362 |
if (preg_match('/^(ompr.|incl.) (.*)/i', $nom_syn, $note_abbr)) {
|
|
|
363 |
$notes = ($note_abbr[1] == 'ompr.') ? 'compr.' : 'incl.';
|
|
|
364 |
$nom_syn = $note_abbr[2];
|
|
|
365 |
} else {
|
|
|
366 |
$notes = '';
|
|
|
367 |
}
|
|
|
368 |
return $notes;
|
|
|
369 |
}
|
|
|
370 |
|
|
|
371 |
public function ajouterSynonymeALaTableEspece($donnees, $nom_sci, $auteur_syn, $annee, $notes, $num_syn) {
|
|
|
372 |
$num_nom_coste_syn = $donnees['num_nom_coste'].'.'.$num_syn;
|
|
|
373 |
$this->table_espece[$num_nom_coste_syn] = array(
|
|
|
374 |
'num_nom_coste' => $donnees['num_nom_coste'].'.'.$num_syn,
|
|
|
375 |
'num_nom_retenu_coste' => $donnees['num_nom_coste'],
|
|
|
376 |
'num_tax_sup_genre' => $donnees['num_tax_sup_genre'],
|
|
|
377 |
'rang' => 290,
|
|
|
378 |
'nom_sci' => $nom_sci,
|
|
|
379 |
'auteur' => $auteur_syn,
|
|
|
380 |
'nom_vernaculaire' => '',
|
|
|
381 |
'nom_coste' => $nom_sci,
|
|
|
382 |
'tome' => $donnees['tome'],
|
|
|
383 |
'annee' => $annee,
|
|
|
384 |
'flore_bdnff_num' => '',
|
|
|
385 |
'flore_bdnff_nom_sci' => '',
|
|
|
386 |
'notes' => $notes);
|
|
|
387 |
}
|
|
|
388 |
|
|
|
389 |
private function recupererDonneesBdnff() {
|
|
|
390 |
$req = "SELECT * FROM coste_correspondance_bdnff";
|
|
|
391 |
$res = $this->bdd->recupererTous($req);
|
|
|
392 |
$total = 0;
|
|
|
393 |
if ($res) {
|
|
|
394 |
foreach ($res as $espece_bdnff) {
|
|
|
395 |
$num_nom_coste = $espece_bdnff['id'];
|
|
|
396 |
if (isset($this->table_espece[$num_nom_coste])) {
|
|
|
397 |
$this->table_espece[$num_nom_coste]['flore_bdnff_num'] = $espece_bdnff['num_nom'];
|
|
|
398 |
$this->table_espece[$num_nom_coste]['flore_bdnff_num_tax'] = $espece_bdnff['num_tax'];
|
|
|
399 |
$this->table_espece[$num_nom_coste]['flore_bdnff_nom_sci'] = $espece_bdnff['nom_sci'];
|
|
|
400 |
$total++;
|
|
|
401 |
} else {
|
|
|
402 |
$e = "Le num_nom_coste $num_nom_coste de la table de correspondance bdnff n'exsite pas dans la table donneesEspece ";
|
|
|
403 |
$this->traiterErreur($e);
|
|
|
404 |
}
|
|
|
405 |
}
|
|
|
406 |
} else {
|
|
|
407 |
$this->traiterErreur('recupererDonneesBdnff() : mauvaise requete');
|
|
|
408 |
}
|
|
|
409 |
if ($total != 0) {
|
|
|
410 |
$this->traiterInfo('Donnees de la bdnff recuperées pour les especes. Total bdnff = '.$total.'\n');
|
|
|
411 |
}
|
|
|
412 |
}
|
|
|
413 |
|
|
|
414 |
|
|
|
415 |
private function genererNumNom() {
|
|
|
416 |
$this->table_num_nom = array();
|
|
|
417 |
$num_nom = 1;
|
|
|
418 |
foreach($this->indexGpFG as $donneesCle) {
|
|
|
419 |
$this->table_num_nom[$num_nom] = $donneesCle['num_nom_coste'];
|
|
|
420 |
$this->indexGpFG[$donneesCle['num_nom_coste']]['num_nom'] = $num_nom;
|
|
|
421 |
$num_nom++;
|
|
|
422 |
if (preg_match('/^G[0-9]+/',$donneesCle['num_nom_coste'])) {
|
|
|
423 |
foreach ($this->table_espece as $donneesEspece) {
|
|
|
424 |
if ($donneesEspece['num_tax_sup_genre'] == $donneesCle['num_nom_coste']) {
|
|
|
425 |
$this->table_num_nom[$num_nom] = $donneesEspece['num_nom_coste'];
|
|
|
426 |
$this->table_espece[$donneesEspece['num_nom_coste']]['num_nom'] = $num_nom;
|
|
|
427 |
$num_nom++;
|
|
|
428 |
}
|
|
|
429 |
}
|
|
|
430 |
}
|
|
|
431 |
}
|
|
|
432 |
if ($this->table_num_nom != array()) $this->traiterInfo('Num_nom generer. Total num_nom = '.count($this->table_num_nom));
|
|
|
433 |
else $this->traiterErreur( 'erreur dans la génération des num_nom\n');
|
|
|
434 |
}
|
|
|
435 |
|
|
|
436 |
|
|
|
437 |
private function insererNumNomDansTriples() {
|
|
|
438 |
$table_triples = array();
|
|
|
439 |
foreach ($this->table_espece as $num_nom_coste => $donnees) {
|
|
|
440 |
if (isset($donnees['synonyme'])) {
|
|
|
441 |
$table_triples[] = array('resource' => $donnees['tag'], 'property' => 'num_nom', 'value' => $donnees['num_nom']);
|
|
|
442 |
}
|
|
|
443 |
}
|
|
|
444 |
$this->suppressionTriplesExistants();
|
|
|
445 |
$this->reinitialiserAutoIncrement('coste_triples');
|
|
|
446 |
//insertion des triples num_nom en une seule requete
|
|
|
447 |
foreach ($table_triples as $triple) {
|
|
|
448 |
$resource = $this->bdd->proteger($triple['resource']);
|
|
|
449 |
$property = $this->bdd->proteger($triple['property']);
|
|
|
450 |
$value = $this->bdd->proteger($triple['value']);
|
|
|
451 |
$requete = "INSERT INTO coste_triples (resource, property, value) VALUES ($resource,$property ,$value)";
|
|
|
452 |
$res = $this->bdd->requeter($requete);
|
|
|
453 |
if ($res) {
|
|
|
454 |
$this->afficherAvancement('Insertion des triples existants');
|
|
|
455 |
} else {
|
|
|
456 |
$this->afficherAvancement('Erreur de insertion des triples existants');
|
|
|
457 |
}
|
|
|
458 |
}
|
|
|
459 |
}
|
|
|
460 |
|
|
|
461 |
private function suppressionTriplesExistants() {
|
|
|
462 |
$requete = 'DELETE FROM coste_triples '.
|
|
|
463 |
'WHERE property = "num_nom"'.
|
|
|
464 |
'AND resource IN ("'.implode(array_keys($this->table_espece), '","').'")';
|
|
|
465 |
$res = $this->bdd->requeter($requete);
|
|
|
466 |
if ($res == '') {
|
|
|
467 |
$this->traiterErreur('Suppression des triples existants : aucun existant');
|
|
|
468 |
} elseif ($res) {
|
|
|
469 |
$this->traiterInfo('Suppression des triples existants');
|
|
|
470 |
} else {
|
|
|
471 |
$this->traiterErreur('Erreur de suppression des triples existants');
|
|
|
472 |
}
|
|
|
473 |
}
|
|
|
474 |
|
|
|
475 |
private function creerTableCoste() {
|
|
|
476 |
$this->insererGpFG();
|
|
|
477 |
$this->insererEspeces();
|
|
|
478 |
ksort($this->table_projet);
|
|
|
479 |
}
|
|
|
480 |
|
|
|
481 |
private function insererGpFG() {
|
|
|
482 |
$total = 0;
|
|
|
483 |
foreach ($this->indexGpFG as $donneesGpFG) {
|
|
|
484 |
$num_nom = $donneesGpFG['num_nom'];
|
|
|
485 |
$num_nom_retenu = $donneesGpFG['num_nom'];
|
|
|
486 |
$num_tax_sup = array_search($donneesGpFG['num_tax_sup_coste'], $this->table_num_nom);
|
|
|
487 |
$annee = '';
|
|
|
488 |
$nom_sci = $donneesGpFG['nom_sci'];
|
|
|
489 |
$rang = $donneesGpFG['rang'];
|
|
|
490 |
$nom_coste = $donneesGpFG['nom_coste'];
|
|
|
491 |
$num_nom_coste = $donneesGpFG['num_nom_coste'];
|
|
|
492 |
$tome = $donneesGpFG['tome'];
|
|
|
493 |
$page = $donneesGpFG['page'];
|
|
|
494 |
$genre = '';
|
|
|
495 |
$nom_supra_generique = '';
|
|
|
496 |
if ($rang != '220') {
|
|
|
497 |
$nom_supra_generique = $nom_sci;
|
|
|
498 |
} else {
|
|
|
499 |
$genre = $nom_sci;
|
|
|
500 |
}
|
|
|
501 |
|
|
|
502 |
$this->table_projet[$num_nom] = array(
|
|
|
503 |
'num_nom_retenu' => $num_nom_retenu,
|
|
|
504 |
'num_tax_sup' => $num_tax_sup,
|
|
|
505 |
'rang' => $rang,
|
|
|
506 |
'nom_sci' => $nom_sci,
|
|
|
507 |
'nom_supra_generique' => $nom_supra_generique,
|
|
|
508 |
'genre' => $genre,
|
|
|
509 |
'epithete_infra_generique' => '',
|
|
|
510 |
'epithete_sp' => '',
|
|
|
511 |
'type_epithete' => '',
|
|
|
512 |
'epithete_infra_sp' => '',
|
|
|
513 |
'cultivar_groupe' => '',
|
|
|
514 |
'cultivar' => '',
|
|
|
515 |
'nom_commercial' => '',
|
|
|
516 |
'auteur' => '',
|
|
|
517 |
'annee' => '',
|
|
|
518 |
'biblio_origine' => '',
|
|
|
519 |
'notes' => '',
|
|
|
520 |
'nom_adenddum' => '',
|
|
|
521 |
'basionyme' => '',
|
|
|
522 |
'nom_francais' => '',
|
|
|
523 |
'nom_coste' => $nom_coste,
|
|
|
524 |
'num_nom_coste' => $num_nom_coste,
|
|
|
525 |
'tome' => $tome,
|
|
|
526 |
'page' => $page,
|
|
|
527 |
'flore_bdnff_num' => '',
|
|
|
528 |
'flore_bdnff_nom_sci' => '',
|
|
|
529 |
'nom_sci_html' => ''
|
|
|
530 |
);
|
|
|
531 |
$total++;
|
|
|
532 |
}
|
|
|
533 |
$this->traiterInfo('Donnees ajoutées à la table pour les groupes, familles et genres. Total donnees = '.$total.'\n');
|
|
|
534 |
}
|
|
|
535 |
|
|
|
536 |
|
|
|
537 |
private function insererEspeces() {
|
|
|
538 |
$total = 0;
|
|
|
539 |
foreach ($this->table_espece as $donnees) {
|
|
|
540 |
$num_nom = $donnees['num_nom'];
|
|
|
541 |
if (isset($donnees['num_nom_retenu_coste'])) {
|
|
|
542 |
$num_nom_retenu = array_search($donnees['num_nom_retenu_coste'], $this->table_num_nom); //on recupere le num_nom à partir du num_nom_coste
|
|
|
543 |
} else {
|
|
|
544 |
$num_nom_retenu = $donnees['num_nom'];
|
|
|
545 |
}
|
|
|
546 |
$num_tax_sup = array_search($donnees['num_tax_sup_genre'], $this->table_num_nom); //on recupere le num_nom à partir du num_nom_coste
|
|
|
547 |
$nom_sci = $donnees['nom_sci'];
|
|
|
548 |
$rang = $donnees['rang'];
|
|
|
549 |
$nom_coste = $donnees['nom_coste'];
|
|
|
550 |
$num_nom_coste = (preg_match('/^([0-9]+)(?:\.[0-9]{1})?$/', $donnees['num_nom_coste'], $match)) ? $match[1] : $donnees['num_nom_coste'];
|
|
|
551 |
$tome = $donnees['tome'];
|
|
|
552 |
$auteur = $donnees['auteur'];
|
|
|
553 |
$annee = $donnees['annee'];
|
|
|
554 |
//$synonyme = $donnees['synonyme'];
|
|
|
555 |
$nom_verna = $donnees['nom_vernaculaire'];
|
|
|
556 |
$flore_bdnff_num = $donnees['flore_bdnff_num'];
|
|
|
557 |
$flore_bdnff_nom_sci = $donnees['flore_bdnff_nom_sci'];
|
|
|
558 |
$notes = (isset($donnees['notes'])) ? $donnees['notes'] : '';
|
|
|
559 |
$genre = '';
|
|
|
560 |
$epithete_sp = '';
|
|
|
561 |
$type_epithete = '';
|
|
|
562 |
$epithete_infra_sp = '';
|
|
|
563 |
$biblio_origine = '';
|
|
|
564 |
if ($num_nom_coste == '1988') $auteur = 'Coste';
|
|
|
565 |
$this->traiterTypeEpithete($type_epithete, $nom_sci, $genre, $epithete_sp, $epithete_infra_sp);
|
|
|
566 |
$this->traiterRefBiblio($auteur, $biblio_origine, $num_nom_coste);
|
|
|
567 |
|
|
|
568 |
$this->table_projet[$num_nom] = array(
|
|
|
569 |
'num_nom_retenu' => $num_nom_retenu,
|
|
|
570 |
'num_tax_sup' => $num_tax_sup,
|
|
|
571 |
'rang' => $rang,
|
|
|
572 |
'nom_sci' => $nom_sci,
|
|
|
573 |
'nom_supra_generique' => '',
|
|
|
574 |
'genre' => $genre,
|
|
|
575 |
'epithete_infra_generique' => '',
|
|
|
576 |
'epithete_sp' => $epithete_sp,
|
|
|
577 |
'type_epithete' => $type_epithete,
|
|
|
578 |
'epithete_infra_sp' => $epithete_infra_sp,
|
|
|
579 |
'cultivar_groupe' => '',
|
|
|
580 |
'cultivar' => '',
|
|
|
581 |
'nom_commercial' => '',
|
|
|
582 |
'auteur' => $auteur,
|
|
|
583 |
'annee' => $annee,
|
|
|
584 |
'biblio_origine' => $biblio_origine,
|
|
|
585 |
'notes' => $notes,
|
|
|
586 |
'nom_adenddum' => '',
|
|
|
587 |
'basionyme' => '',
|
|
|
588 |
'nom_francais' => $nom_verna,
|
|
|
589 |
'nom_coste' => $nom_coste,
|
|
|
590 |
'num_nom_coste' => $num_nom_coste,
|
|
|
591 |
'tome' => $tome,
|
|
|
592 |
'page' => null,
|
|
|
593 |
'flore_bdnff_num' => $flore_bdnff_num,
|
|
|
594 |
'flore_bdnff_nom_sci' => $flore_bdnff_nom_sci,
|
|
|
595 |
'nom_sci_html' => ''
|
|
|
596 |
);
|
|
|
597 |
$total++;
|
|
|
598 |
}
|
|
|
599 |
$this->traiterInfo('Donnees ajoutées à la table pour les especes. Total donnees = '.$total.'\n');
|
|
|
600 |
}
|
|
|
601 |
|
|
|
602 |
|
|
|
603 |
private function traiterRefBiblio(&$auteur, &$biblio_origine, $num_nom_coste) {
|
|
|
604 |
if (preg_match('/^(.+)\s*(in .+)$/i', $auteur, $match)) {
|
|
|
605 |
if (isset($match[2]) && !empty($match[2]) && isset($match[1]) && !empty($match[1])) {
|
|
|
606 |
$auteur = rtrim($match[1], ' ,');
|
|
|
607 |
$biblio_origine = $match[2];
|
|
|
608 |
}
|
|
|
609 |
} elseif (preg_match('/^[^,]+\s*,\s*(.+)$/', $auteur, $match2)) {
|
|
|
610 |
if (!preg_match('/^\s*non /i', $match2[1]) && !preg_match('/\s*et /i', $match2[1])) {
|
|
|
611 |
if (isset($match2) && !empty($match2)) {
|
|
|
612 |
//affichage pour vérfier qu"aucun n'a été oublié
|
|
|
613 |
//echo $num_nom_coste;
|
|
|
614 |
//print_r($match2);
|
|
|
615 |
}
|
|
|
616 |
}
|
|
|
617 |
} elseif (preg_match('/^(.+) (Sp[.].*)$/', $auteur, $match3)) {
|
|
|
618 |
if (isset($match3) && !empty($match3)) {
|
|
|
619 |
$auteur = rtrim($match3[1], ', ');
|
|
|
620 |
$biblio_origine = $match3[2];
|
|
|
621 |
}
|
|
|
622 |
}
|
|
|
623 |
}
|
|
|
624 |
|
|
|
625 |
|
|
|
626 |
private function traiterTypeEpithete(&$type_epithete, &$nom_sci, &$genre, &$epithete_sp, &$epithete_infra_sp) {
|
|
|
627 |
if (preg_match('/^([^ ]+) ([^ ]+)(?: ([^ ]+\.) ([^ ]+))?$/', $nom_sci, $match)) {
|
|
|
628 |
$genre = $match[1];
|
|
|
629 |
$epithete_sp = $match[2];
|
|
|
630 |
if (isset($match[3])) {
|
|
|
631 |
$type_epithete = $match[3];
|
|
|
632 |
//$this->traiterErreur('Nom : '.$nom_sci);
|
|
|
633 |
}
|
|
|
634 |
if (isset($match[4])) $epithete_infra_sp = $match[4];
|
|
|
635 |
} else {
|
|
|
636 |
$this->traiterErreur('Erreur pr récupérer la nomenclature pr le nom_sci : '.$nom_sci);
|
|
|
637 |
}
|
|
|
638 |
}
|
|
|
639 |
|
|
|
640 |
|
|
|
641 |
private function insererTableProjetCoste() {
|
|
|
642 |
$this->supprimerTableExistante();
|
|
|
643 |
$this->creerTableCosteSQL();
|
|
|
644 |
$total = 0;
|
|
|
645 |
foreach ($this->table_projet as $num_nom => $donnees) {
|
|
|
646 |
|
|
|
647 |
foreach ($donnees as $key => $donn) {
|
|
|
648 |
if (!in_array($key, array('rang', 'annee', 'tome', 'page'))) {
|
|
|
649 |
if ($donn == 'NULL') $donn = '';
|
|
|
650 |
$donnees_2[$key] = $this->bdd->proteger($donn);
|
|
|
651 |
} else {
|
|
|
652 |
if ($donn == '') $donn = 'null';
|
|
|
653 |
$donnees_2[$key] = $donn;
|
|
|
654 |
}
|
|
|
655 |
}
|
| 292 |
jpm |
656 |
$req = 'INSERT INTO coste_v0_2 VALUES ('.$num_nom.', '.implode(', ', $donnees_2).')';
|
| 11 |
jpm |
657 |
$res = $this->bdd->requeter($req);
|
|
|
658 |
|
|
|
659 |
if ($res) {
|
|
|
660 |
$this->afficherAvancement('Insertion des noms dans Coste');
|
|
|
661 |
} else {
|
|
|
662 |
$this->afficherAvancement('Erreur d\'insertion des noms dans coste');
|
|
|
663 |
}
|
|
|
664 |
}
|
|
|
665 |
}
|
|
|
666 |
|
|
|
667 |
private function supprimerTableExistante() {
|
|
|
668 |
$req = 'DROP TABLE coste_v0_2';
|
|
|
669 |
$res = $this->bdd->requeter($req);
|
|
|
670 |
if ($res) {
|
|
|
671 |
$this->traiterInfo('La table coste a été supprimer');
|
|
|
672 |
}
|
|
|
673 |
}
|
|
|
674 |
|
|
|
675 |
private function creerTableCosteSQL() {
|
|
|
676 |
$requete = 'CREATE TABLE IF NOT EXISTS coste_v0_2 (
|
|
|
677 |
num_nom int(9) NOT NULL DEFAULT 0,
|
|
|
678 |
num_nom_retenu varchar(9) DEFAULT NULL,
|
|
|
679 |
num_tax_sup varchar(9) DEFAULT NULL,
|
|
|
680 |
rang int(3),
|
|
|
681 |
nom_sci varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
682 |
nom_supra_generique varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
683 |
genre varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
684 |
epithete_infra_generique varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
685 |
epithete_sp varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
686 |
type_epithete varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
687 |
epithete_infra_sp varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
688 |
cultivar_groupe varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
689 |
cultivar varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
690 |
nom_commercial varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
691 |
auteur varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
692 |
annee int(4) DEFAULT NULL,
|
|
|
693 |
biblio_origine varchar(500) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "",
|
|
|
694 |
notes varchar(500) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "",
|
|
|
695 |
nom_addendum varchar(500) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "",
|
|
|
696 |
basionyme varchar(9) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "",
|
|
|
697 |
nom_francais text CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
698 |
nom_coste varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
699 |
num_nom_coste varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
|
|
|
700 |
tome int(1) DEFAULT NULL,
|
|
|
701 |
page int(4) DEFAULT NULL,
|
|
|
702 |
flore_bdnff_num varchar(9) DEFAULT NULL,
|
|
|
703 |
flore_bdnff_nom_sci varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
|
|
|
704 |
nom_sci_html varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
|
|
|
705 |
PRIMARY KEY (num_nom)
|
|
|
706 |
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8';
|
|
|
707 |
$res = $this->bdd->requeter($requete);
|
|
|
708 |
if ($res) {
|
|
|
709 |
$this->traiterInfo('La table coste a été crée');
|
|
|
710 |
} else {
|
|
|
711 |
$this->traiterErreur('Probleme : la table coste n\'a pas été créée');
|
|
|
712 |
}
|
|
|
713 |
}
|
|
|
714 |
|
|
|
715 |
|
|
|
716 |
private function creerFichier($fichier, $tab, $chemin = null) {
|
|
|
717 |
if (!$chemin) {
|
|
|
718 |
$chemin = Config::get('chemin_test');
|
|
|
719 |
}
|
|
|
720 |
$intitule = '';
|
|
|
721 |
$nom_fichier = fopen($chemin.$fichier, 'w+');
|
|
|
722 |
foreach ($tab as $key => $val) {
|
|
|
723 |
foreach ($val as $k => $v) {
|
|
|
724 |
$intitule .= $k."\t";
|
|
|
725 |
}
|
|
|
726 |
fwrite($nom_fichier, trim($intitule)."\n");
|
|
|
727 |
break;
|
|
|
728 |
}
|
|
|
729 |
foreach ($tab as $key => $val) {
|
|
|
730 |
fwrite($nom_fichier, implode("\t", $val)."\n");
|
|
|
731 |
}
|
|
|
732 |
fclose($nom_fichier);
|
|
|
733 |
}
|
|
|
734 |
|
|
|
735 |
|
|
|
736 |
}
|
|
|
737 |
?>
|