New file |
0,0 → 1,410 |
<?php |
/** |
* PHP Version 5 |
* |
* @category PHP |
* @package jrest |
* @author David Delon <david@tela-botania.org> |
* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org> |
* @copyright 2010 Tela-Botanica |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL |
* @version SVN: <svn_id> |
* @link /doc/jrest/ |
*/ |
|
/** |
* |
* Classe de recherche d'informations sur un taxon donné |
* lors de l'évolution d'eflore, devrait être remplacée par |
* un appel aux nouveaux web services |
*/ |
class RechercheInfosTaxon extends Cel { |
|
public function RechercheInfosTaxon($config) { |
|
parent::__construct($config); |
// Connection à la base de données spécifique eflore |
$this->bdd = $this->connecterPDO($this->config, 'eflore'); |
} |
|
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) { |
|
$liste_genre_espece = array(); |
|
$requete_recherche = ''; |
// Genre et Espece |
if ($espece != null && $genre != null) { |
if (strlen($espece) > 0 ) { |
$espece = preg_replace('/\*+/','%',$espece); |
$requete_recherche = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,". |
" auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ". |
" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ". |
" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ". |
" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ". |
" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom, esn_ce_statut" . |
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, " . |
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ". |
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ". |
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ". |
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ". |
" , eflore_selection_nom". |
" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre LIKE ".Cel::db()->proteger($genre.'%'). |
" AND en_ce_rang > 160 " . |
" AND en_epithete_espece like ".Cel::db()->proteger($espece.'%')." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " . |
" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " . |
" AND esn_id_nom= en_id_nom ". |
" ORDER BY esn_ce_statut, en_ce_rang, en_epithete_espece, en_nom_genre LIMIT 50"; |
} |
} else { |
if ($genre != null) { |
$genre = preg_replace('/\*+/', '%', $genre); |
//TODO: comprendre pourquoi à l'origine il y avait : (strlen($genre) >= 1) /*&& ($genre != '%') |
// voir avec david |
if (strlen($genre) >= 1) { |
$requete_recherche = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_id_nom, 0 as esn_ce_statut FROM eflore_nom WHERE en_id_version_projet_nom = '25'" . |
"AND en_ce_rang = 160 " . |
"AND en_nom_genre LIKE ".Cel::db()->proteger($genre.'%')." ORDER BY esn_ce_statut, en_nom_genre LIMIT 50"; |
} |
} |
} |
|
if ($requete_recherche != '') { |
$resultat_recherche = Cel::db()->requeter($requete_recherche); |
|
if (is_array($resultat_recherche)) { |
foreach ($resultat_recherche as $ligne) { |
$liste_genre_espece[] = array($this->formaterNom($ligne), |
$ligne['en_id_nom'], |
$ligne['esn_ce_statut'] |
); |
} |
} |
} |
|
return $liste_genre_espece; |
} |
|
function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($numNom) { |
$resultat_infos_complementaires = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom); |
|
// Nom retenu, Num Nomen nom retenu, Num Taxon, Famille |
$value=array('Nom_Retenu'=>"",'Num_Nom_Retenu'=>"0",'Num_Taxon'=>"0",'Famille'=>""); |
if (is_array($resultat_infos_complementaires)) { |
foreach ($resultat_infos_complementaires as $row) { |
$fam = $this->rechercherFamille($row['esn_id_taxon']); |
while ($fam['en_ce_rang'] != 'fin' && $fam['en_ce_rang'] != 120) { |
$fam = $this->rechercherFamille($fam['etr_id_taxon_2']); |
} |
if ($fam['en_ce_rang'] == 120) { |
$famille = $fam['en_nom_supra_generique']; |
} else { |
$famille = "Famille inconnue"; |
} |
$value = array('Nom_Retenu'=>$this->formaterNom($row),'Num_Nom_Retenu'=>$row['esn_id_nom'],'Num_Taxon'=>$row['esn_id_taxon'],'Famille'=>$famille); |
} |
} |
return $value; |
} |
|
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) { |
$resultat = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom); |
|
$infos = array(); |
foreach ($resultat as $info) { |
$infos = array($this->formaterNom($info)); |
} |
return $infos; |
} |
|
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom) { |
$requete_infos_complementaires = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,". |
" auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ". |
" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ". |
" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ". |
" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ". |
" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, b.esn_id_taxon, b.esn_id_nom" . |
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, " . |
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex, ". |
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b, ". |
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex, ". |
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m, ". |
" eflore_selection_nom a, eflore_selection_nom b ". |
" WHERE a.esn_id_nom= ".Cel::db()->proteger($numNom). |
" AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ". |
" AND a.esn_id_taxon=b.esn_id_taxon ". |
" AND b.esn_ce_statut=3 ". |
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=b.esn_id_version_projet_taxon" . |
" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" . |
" AND en_id_nom = b.esn_id_nom" . |
" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom "; |
|
|
$resultat_infos_complementaires = Cel::db()->requeter($requete_infos_complementaires); |
return $resultat_infos_complementaires; |
} |
|
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) { |
|
$requete_infos_complementaires = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,". |
" auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ". |
" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ". |
" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ". |
" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ". |
" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" . |
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, " . |
"eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ". |
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ". |
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ". |
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ". |
" , eflore_selection_nom ". |
" WHERE esn_id_taxon = '".$numTax. "'". |
" AND esn_id_version_projet_taxon = 25 ". |
" AND esn_ce_statut=3 ". |
" AND en_id_nom = esn_id_nom" . |
" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" . |
" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ". |
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom "; |
|
$resultat_infos_complementaires = Cel::db()->requeter($requete_infos_complementaires); |
|
return $resultat_infos_complementaires; |
} |
|
public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) { |
|
$value = array(); |
|
if ($nom_saisi != null && $nom_saisi != "") { |
$requete_infos_comp_sur_nom = 'SELECT * FROM eflore_nom_intitule '. |
'WHERE eni_id_categorie_format = 3 AND '. |
'eni_id_version_projet_nom = 25 AND '. |
'(eni_id_valeur_format = 3 OR eni_id_valeur_format = 4) AND '. |
'eni_intitule_nom LIKE "'.$nom_saisi.'%" '. |
'ORDER BY LENGTH(eni_intitule_nom)'; |
|
$resultat_infos_comp_sur_nom = Cel::db()->requeter($requete_infos_comp_sur_nom); |
|
if (is_array($resultat_infos_comp_sur_nom)) { |
foreach ($resultat_infos_comp_sur_nom as $ligne) { |
$value[]=array($ligne['eni_id_nom'], $ligne['eni_intitule_nom']); |
} |
} |
} |
|
return $value; |
} |
|
public function rechercherFamille($taxon) { |
$row = array(); |
|
$requete_famille = "SELECT DISTINCT en_ce_rang, etr_id_taxon_2, en_id_nom, en_nom_supra_generique ". |
" FROM eflore_taxon_relation, ". |
" eflore_selection_nom, ". |
" eflore_nom ". |
" WHERE etr_id_taxon_1 = ".$taxon. |
" AND etr_id_version_projet_taxon_1 = 25 ". |
" AND etr_id_categorie_taxon = 3 ". |
" AND etr_id_valeur_taxon = 3 ". |
" AND esn_id_taxon = etr_id_taxon_2 ". |
" AND esn_ce_statut = 3 ". |
" AND esn_id_version_projet_taxon = etr_id_version_projet_taxon_1 ". |
" AND en_id_nom = esn_id_nom ". |
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom "; |
|
$resultat_recherche_famille = Cel::db()->requeter($requete_famille); |
|
if (!is_array($resultat_recherche_famille) || count($resultat_recherche_famille) == 0) { |
$resultat_recherche_famille = array('en_ce_rang' => 'fin'); |
} else { |
$resultat_recherche_famille = $resultat_recherche_famille[0]; |
} |
|
return $resultat_recherche_famille; |
} |
|
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) { |
$requete_num_tax = "SELECT DISTINCT b.esn_id_taxon FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," . |
" eflore_selection_nom a, eflore_selection_nom b". |
" WHERE a.esn_id_nom= ".Cel::db()->proteger($num_nom). |
" AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ". |
" AND a.esn_id_taxon=b.esn_id_taxon ". |
" AND b.esn_ce_statut=3 ". |
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=b.esn_id_version_projet_taxon" . |
" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" . |
" AND en_id_nom = b.esn_id_nom" . |
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom "; |
|
$res_num_nom = Cel::db()->requeter($requete_num_tax); |
|
$nt = null; |
if (is_array($res_num_nom) && count($res_num_nom) > 0) { |
$nt=$res_num_nom[0]['esn_id_taxon']; |
} |
|
return $nt; |
} |
|
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) { |
|
$requete_presence_taxon = "SELECT ecd_ce_taxon FROM eflore_zg, eflore_chorologie_donnee ". |
"WHERE ecd_ce_taxon = ".Cel::db()->proteger($num_taxon)." ". |
"AND ezg_code = ".Cel::db()->proteger($code_departement)." ". |
"AND ecd_ce_zone_geo = ezg_id_zone_geo ". |
"AND ezg_id_projet_zg = ecd_ce_version_projet_zg ". |
"AND ecd_ce_version_projet_taxon=25"; |
|
$resultat_presence_taxon = Cel::db()->requeter($requete_presence_taxon); |
|
$presence_taxon = (is_array($resultat_presence_taxon) && count($resultat_presence_taxon) > 0); |
|
return $presence_taxon; |
} |
|
private function decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece) { |
$nameparser=new NameParser(); |
$nom_latin_decoupe=$nameparser->parse($identifiant_espece); |
// requete sous espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut) |
if (isset($nom_latin_decoupe['infra']) && $nom_latin_decoupe['infra']!="") { |
$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" . |
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " . |
" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " . |
" AND enrg_abreviation_rang = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['infra_type'])." " . |
" AND en_epithete_infra_specifique = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['infra'])." " . |
" AND esn_id_nom= en_id_nom ". |
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " . |
" AND en_epithete_espece = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " . |
" ORDER BY esn_ce_statut ". |
" LIMIT 1"; |
} |
else { // espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut) |
$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" . |
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " . |
" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " . |
" AND enrg_abreviation_rang = 'sp.' " . |
" AND esn_id_nom= en_id_nom ". |
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " . |
" AND en_epithete_espece = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " . |
" ORDER BY esn_ce_statut ". |
" LIMIT 1"; |
|
} |
|
$resultat = Cel::db()->requeter($requete); |
|
$retour = array(); |
if (is_array($resultat) && count($resultat) > 0) { |
$retour = $resultat[0]; |
} |
|
return $retour; |
} |
|
private function formaterNom($rawnom) { |
// Constitution du nom: |
$nom = ''; |
|
if (isset($rawnom['en_nom_supra_generique']) && $rawnom['en_nom_supra_generique'] != '') { |
$nom .= $rawnom['en_nom_supra_generique']; |
} else if (isset($rawnom['en_epithete_infra_generique']) && $rawnom['en_epithete_infra_generique'] != '') { |
$nom .= $rawnom['en_epithete_infra_generique']; |
} else { |
if (isset($rawnom['en_nom_genre']) && $rawnom['en_nom_genre'] != '') { |
$nom .= $rawnom['en_nom_genre']; |
} |
if (isset($rawnom['en_epithete_espece']) && $rawnom['en_epithete_espece']!= '') { |
$nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_espece']; |
} |
if (isset($rawnom['en_epithete_infra_specifique']) && $rawnom['en_epithete_infra_specifique'] != '') { |
if (!empty($rawnom['enrg_abreviation_rang'])) { |
$nom .= ' '.$rawnom['enrg_abreviation_rang'].''; |
} |
$nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_infra_specifique']; |
} |
} |
|
return $nom.$this->retournerAuteur($rawnom) ; |
} |
|
private function retournerAuteur($rawnom) { |
$auteurs = ''; |
$auteur_basio = ''; |
$auteur_modif = ''; |
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']!='-' ) { |
$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']; |
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') { |
$auteur_basio .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_basio']; |
} |
} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') { |
$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio']; |
} |
|
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']!='-') { |
$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']; |
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') { |
$auteur_modif .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_modif']; |
} |
} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') { |
$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif']; |
} |
|
if (!empty($auteur_modif)) { |
$auteurs = ' ('.$auteur_basio.') '.$auteur_modif; |
} elseif (!empty($auteur_basio)) { |
$auteurs = ' '.$auteur_basio; |
} |
|
return $auteurs ; |
} |
|
function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) { |
// texte libre, nom scientifique, |
// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999) |
// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999) |
$identifiant_espece = trim($identifiant_espece); |
$identifiant_espece = utf8_encode($identifiant_espece); |
|
$retour = array(); |
|
preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements); |
if (isset($elements[1])) { |
// Numero nomenclatural |
$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]); |
$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $elements[1]); |
} else { |
// Numero taxonomique ou nom scientifique |
preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements); |
|
if (isset($elements[1])) { |
// Numero taxonomique |
$infos_taxon = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]); |
$infos_taxon = $infos_taxon[0]; |
$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $infos_taxon['en_id_nom']); |
} else { |
// Nom scientifique |
$id_nom = $this->decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece); |
// Recherche du nom associe |
$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece); |
if(is_array($id_nom) && isset($id_nom['en_id_nom'])) { |
$infos_nom = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($id_nom['en_id_nom']); |
if (is_array($infos_nom) && !empty($infos_nom)) { |
$infos_nom = $infos_nom[0]; |
$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_nom), "en_id_nom" => $id_nom['en_id_nom']); |
} |
} |
} |
} |
|
return $retour; |
} |
} |