16,6 → 16,59 |
private $donnees = array(); |
protected $taxonDao = null; |
|
// Codification de la présence d'un taxon |
private $presence_taxon = array ( |
'P' => 'Présent', |
'S' => 'Supposé présent (présence à confirmer)', |
'D' => 'Présence douteuse', |
'E' => 'Éteint', |
'C' => 'Cité par erreur comme présent', |
'A' => 'Absent', |
'' => 'Pas d\'information', |
'-' => 'Autre statut de présence', |
'E-W' => 'Disparu', |
'P-B' =>'Présence accidentelle (Taxon « visiteur »)', |
'E-F' => 'Trouvé en fouille', |
'-C' => 'Cryptogène'); |
// Codification du statut d'origine |
private $statut_origine= array( |
'N' => 'Natif', |
'S' => 'Supposé natif', |
'D' => 'Origine douteuse', |
'E' => 'Anciennement natif (éteint)', |
'C' => 'Cité par erreur comme natif', |
'A' => 'Non natif', |
'' => 'Pas d\'information', |
'X' => 'Inapplicable','-' => 'Autre statut d\'origine', |
'N-E' => 'Endémique', |
'N-S' => 'Sub-Endémique', |
'E-Z' => 'Endémique éteinte'); |
// Codification du statut d'introduction |
private $statut_introduction = array( |
'I' => 'Introduit', |
'S' => 'Supposé introduit', |
'D' => 'Introduction douteuse', |
'E' => 'Anciennement introduit (éteint)', |
'C' => 'Cité par erreur comme introduit', |
'A' => 'Non introduit', |
'' => 'Pas d\'information', |
'X' => 'Inapplicable', |
'-' => 'Autre notion d\'introduction', |
'I-J' => 'Introduit envahissant', |
'I-M' => 'Domestique / Introduit non établi' |
); |
// Codification du statut de culture |
private $statut_culture = array( |
'C' => 'Cultivé en extérieur', |
'I' => 'Cultivé en intérieur', |
'S' => 'Supposé cultivé', |
'D' => 'Culture douteuse', |
'E' => 'Anciennement cultivé (éteint)', |
'C' => 'Cité par erreur comme cultivé', |
'' => 'Pas d\'information', |
'X' => 'Inapplicable', |
'-' => 'Autre notion de culture' |
); |
//+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
// Méthodes |
/** |
26,7 → 79,7 |
} |
|
// +---------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
// FICHE COLLECTION |
// FICHE CONSULTATION TAXON |
public function afficherTaxon() { |
// Récupération du référentiel |
if (isset($_GET['ref'])) { |
48,22 → 101,139 |
$this->donnees['num_nom'] = $_GET['num_nom']; |
$this->donnees['num_nom_retenu'] = $_GET['num_nom_retenu']; |
$this->donnees['nom'] = $_GET['nom']; |
//$this->donnees['info'] = $this->taxonDao->getTaxon($this->referentiel, $this->donnees['num_nom']); |
$this->donnees['info'] = $this->taxonDao->getTaxon($this->referentiel, $this->donnees['num_nom']); |
|
// Chargement des données des onglets |
$this->chargerNomenclature(); |
//print_r($this->donnees); |
/*$this->chargerSynonymie(); |
$this->chargerClassification(); |
$this->chargerNotes(); |
$this->chargerSynonymie(); |
//$this->chargerClassification(); |
$this->chargerChorologie(); |
$this->chargerComplements();*/ |
//$this->chargerComplements(); |
|
$this->setSortie(self::RENDU_CORPS, $this->getVue('fiche_taxon', $this->donnees)); |
//$this->chargerPiedDePage(); |
} |
} |
|
private function chargerNomenclature() { |
$this->donnees['selectionne'] = $this->taxonDao->getNomenclature($this->referentiel, $this->donnees['num_nom']); |
if (strpos($this->donnees['nom'], ' x ') ) { |
if ($this->donnees['num_nom'] != $this->donnees['num_nom_retenu']) { |
$this->donnees['retenu'] = $this->taxonDao->getNomenclature($this->referentiel, $this->donnees['num_nom_retenu']); |
$this->donnees['parents'] = $this->taxonDao->getParentsHybride($this->referentiel, $this->donnees['num_nom_retenu']); |
} else { |
$this->donnees['parents'] = $this->taxonDao->getParentsHybride($this->referentiel, $this->donnees['num_nom']); |
} |
} else { |
if ($this->donnees['num_nom'] != $this->donnees['num_nom_retenu']) { |
$this->donnees['retenu'] = $this->taxonDao->getNomenclature($this->referentiel, $this->donnees['num_nom_retenu']); |
} |
} |
} |
|
// recherche les synonymes (à compléter) |
private function chargerSynonymie() { |
$rechercheDao = new RechercheDao(); |
// recherche des synonymes nomenclaturaux et taxonomiques |
$parametres = $this->parserChaineDeRecherche('nn:'.$this->donnees['num_nom'].' tax:1'); |
$parametres['ref']= $this->referentiel; |
$synonymes = $rechercheDao->chercher('ParTaxon', $parametres); |
foreach ($synonymes as $synonyme) { |
if ($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom'] && $synonyme['basionyme'] != null) { |
if (($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom']) && ($synonyme['basionyme'] == $this->donnees['num_nom'] || |
$this->donnees['info']['basionyme'] == $synonyme['num_nom'] || $this->donnees['info']['basionyme'] == $synonyme['basionyme'])) { |
$this->donnees['fiche_synonymie']['nomenclaturale'][] = $synonyme; |
} elseif ($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom'] && $synonyme['basionyme'] != null && |
$this->donnees['info']['basionyme'] != null) { |
$this->donnees['fiche_synonymie']['taxonomique'][] = $synonyme; |
} |
} elseif ($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom']) { |
///nom est synonyme mal applique de num_nom_retenu |
if ($synonyme['synonyme_mal_applique'] == 1) { |
$this->donnees['fiche_synonymie']['mal appliquée'][] = $synonyme; |
} else { |
$this->donnees['fiche_synonymie']['indéterminée (pas de basionyme)'][] = $synonyme; |
} |
} |
} |
// recherche synonyme proparte |
if ($this->donnees['info']['synonyme_proparte'] != ''){ |
$this->donnees['fiche_synonymie']['pro parte']['num_nom'] = $this->donnees['info']['synonyme_proparte']; |
} |
// recherche si taxon est un synonyme douteux |
if ($this->donnees['info']['synonyme_douteux'] == 1) { |
$this->donnees['fiche_synonymie']['douteux']['num_nom'] = $this->donnees['info']; |
} |
|
} |
|
private function chargerChorologie() { |
foreach ($this->donnees['info'] as $param => $valeur) { |
if ($param == 'presence') { |
$this->donnees['chorologie']['Présence']['France']['code'] = $valeur; |
$this->donnees['chorologie']['Présence']['France']['valeur'] = $this->presence_taxon[$valeur]; |
} elseif (preg_match('/presence_(.*)/', $param, $lieu)) { |
$this->donnees['chorologie']['Présence'][$lieu['1']]['code'] = $valeur; |
$this->donnees['chorologie']['Présence'][$lieu['1']]['valeur'] = $this->presence_taxon[$valeur]; |
} elseif ($param == 'statut_origine') { |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine']['France']['code'] = $valeur; |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine']['France']['valeur'] = $this->statut_origine[$valeur]; |
} elseif (preg_match('/statut_origine_(.*)/', $param, $lieu)) { |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu['1']]['code'] = $valeur; |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu['1']]['valeur'] = $this->statut_origine[$valeur]; |
} elseif ($param == 'statut_introduction') { |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction']['France']['code'] = $valeur; |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction']['France']['valeur'] = $this->statut_introduction[$valeur]; |
} elseif (preg_match('/statut_introduction_(.*)/', $param, $lieu)) { |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu['1']]['code'] = $valeur; |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu['1']]['valeur'] = $this->statut_introduction[$valeur]; |
} elseif ($param == 'statut_culture') { |
$this->donnees['chorologie']['Statut de culture']['France']['code'] = $valeur; |
$this->donnees['chorologie']['Statut de culture']['France']['valeur'] = $this->statut_culture[$valeur]; |
} elseif (preg_match('/statut_culture_(.*)/', $param, $lieu)) { |
$this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu['1']]['code'] = $valeur; |
$this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu['1']]['valeur'] = $this->statut_culture[$valeur]; |
} |
} |
foreach ($this->donnees['chorologie']['Présence'] as $lieu=>$valeur) { |
if (!isset($this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu])) { |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu]['code'] = ''; |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu]['valeur'] = $this->statut_origine['']; |
} |
if (!isset($this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu])) { |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu]['code'] = ''; |
$this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu]['valeur'] = $this->statut_introduction['']; |
} |
if (!isset($this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu])) { |
$this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu]['code'] = ''; |
$this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu]['valeur'] = $this->statut_culture['']; |
} |
} |
} |
|
private function parserChaineDeRecherche($chaine) { |
$mots = preg_split('/ /i', $chaine, -1, PREG_SPLIT_NO_EMPTY); |
$parametres = array('mots' => ''); |
$cle_precedente = null; |
foreach ($mots as $mot) { |
if (preg_match('/^(sg|gen|sp|ssp|au|an|nn|bib|nr|tax):(.*)$/', $mot, $match)) { |
$cle = $match[1]; |
$cle_precedente = $cle; |
$valeur = $match[2]; |
$parametres[$cle] = $valeur; |
} else if (!is_null($cle_precedente)) { |
$parametres[$cle_precedente] .= ' '.$mot; |
} else if (is_null($cle_precedente)) { |
if (empty($parametres['mots'])) { |
$parametres['mots'] = $mot; |
} else { |
$parametres['mots'] .= ' '.$mot; |
} |
} |
} |
return $parametres; |
} |
|
// retourne l'url de la fiche taxon pour les liens |
public static function getUrlFicheTaxon($params, $type) { |
$taxon = null; |
switch ($type) { |
87,21 → 257,5 |
return Recherche::getUrlFicheTaxon($taxon); |
} |
|
|
private function chargerNomenclature() { |
$this->donnees['selectionne'] = $this->taxonDao->getNomenclature($this->referentiel, $this->donnees['num_nom']); |
if (strpos($this->donnees['nom'], ' x ') ) { |
if ($this->donnees['num_nom'] != $this->donnees['num_nom_retenu']) { |
$this->donnees['retenu'] = $this->taxonDao->getNomenclature($this->referentiel, $this->donnees['num_nom_retenu']); |
$this->donnees['parents'] = $this->taxonDao->getParentsHybride($this->referentiel, $this->donnees['num_nom_retenu']); |
} else { |
$this->donnees['parents'] = $this->taxonDao->getParentsHybride($this->referentiel, $this->donnees['num_nom']); |
} |
} else { |
if ($this->donnees['num_nom'] != $this->donnees['num_nom_retenu']) { |
$this->donnees['retenu'] = $this->taxonDao->getNomenclature($this->referentiel, $this->donnees['num_nom_retenu']); |
} |
} |
} |
|
} |