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Compare Revisions

Ignore whitespace Rev 538 → Rev 540

/trunk/jrest/services/InventoryExport.php
135,6 → 135,8
$workbook = new Spreadsheet_Excel_Writer();
 
 
$workbook->send('liste.xls');
 
// Creating a worksheet
$worksheet = $workbook->addWorksheet('Liste');
 
201,8 → 203,6
$i++;
}
 
// sending HTTP headers
$workbook->send('liste.xls');
$workbook->close();
 
exit();
/trunk/jrest/services/ImageRDF.php
122,7 → 122,7
// Envoi du xml au navigateur
header("Content-Type: text/xml");
echo utf8_encode(html_entity_decode(str_replace(' & ', ' & ', $xml)));
echo utf8_encode(str_replace(' & ', ' & ', $xml));
 
}
129,4 → 129,4
 
 
}
?>
?>
/trunk/jrest/services/NameParser.php
New file
0,0 → 1,373
<?php
 
/**
* Taxamatch-Webservice PHP v1.0.0
* @author Michael Giddens
* @link http://www.silverbiology.com
*/
 
/* Adapation par David Delon Decembre 2010 : gestion sous espece
*/
 
 
/**
* Class NameParser
* Used to convert a string to a standarized format.
*/
class NameParser {
 
/**
* Whether to debug or nor
* @var bool|integer
*/
public $debug_flag;
 
 
 
/**
* Constructor
*/
public function __construct( ) {
}
 
/**
* Sets value to the method property
* @param mixed $name class property name
* @param mixed $value class property value
*/
public function set($name,$value) {
$this->$name = $value;
}
 
 
/**
* Reduce Spaces
* This will reduce the string to only allow once space between characters
* @param string $str : string to reduce space
* @return string : string with only once space between characters
*/
private function reduce_spaces( $str ) {
$str = preg_replace("/ {2,}/", ' ', $str );
$str = trim( $str );
return( $str );
}
 
 
/**
* Function: parse_auth
* Purpose: Produce a parsed version of authority of a taxon name
* @author Tony Rees (Tony.Rees@csiro.au)
* Date created: March 2008
* Inputs: authority string as str
* Remarks:
* (1) Performs authority expension of known abbreviated authornames using
* table "auth_abbrev_test1" (must be available and populated with relevant content)
* (2) Recognises "and", "et", "&" as equivalents (special case for "et al.") - all parsed to ampersand
* (3) Recognises (e.g.) "Smith 1980" and "Smith, 1980" as equivalents - comma is removed in these cases
* (4) Recognises (e.g.) "F. J. R. Taylor, 1980" and "F.J.R. Taylor, 1980" as equivalents -
* extra space after full stops is ignored in these cases
* (5) Returns uppercase string, diacritical marks intact
*
* @param string $str : authority string
* @param integer $upcase : convert to uppercase if $upcase = 1
* @return string : parsed author string
*/
public function parse_auth( $str, $upcase=1 ) {
 
$this->debug['parse_auth'][] = "1";
$temp = $str = trim($str);
if ( ($str == NULL) || ($str == '') ) {
$this->debug['parse_auth'][] = "1a";
return '';
}
 
if ( ( $temp == null ) || ( $temp == '') ) {
$this->debug['parse_auth'][] = "2a";
return('');
} else {
 
$this->debug['parse_auth'][] = "2b";
// add space after full stops, except at end (NB, will also add spece before some close brackets)
$temp = rtrim( str_replace('.', '. ', $temp) );
$this->debug['parse_auth'][] = "4 (temp:$temp)";
//normalise "et", "and" to ampersand (et al. is a special case)
// if ( $temp like '% et al%' ) {
if ( ereg(' et al', $temp) ) {
$temp = str_replace(' et al','zzzzz', $temp);
$this->debug['parse_auth'][] = "4a (temp:$temp)";
}
// $temp = str_replace(temp,' et ',' '||'&'||' ');
// $temp = replace(temp,' and ',' '||'&'||' ');
$temp = str_replace(' et ',' & ', $temp );
$temp = str_replace(' and ',' & ', $temp );
// if ( $temp like '%zzzzz%' ) {
// if ( ereg('zzzzz', $temp) ) {
$temp = str_replace('zzzzz',' et al', $temp);
// }
 
$this->debug['parse_auth'][] = "5 (temp:$temp)";
//remove commas before dates (only)
// like '%, 17%'
if ( ereg(', 17', $temp) ) {
$temp = str_replace(', 17',' 17', $temp);
$this->debug['parse_auth'][] = "5a (temp:$temp)";
}
// like '%, 18%'
if ( ereg(', 18', $temp) ) {
$temp = str_replace(', 18',' 18', $temp);
$this->debug['parse_auth'][] = "5b (temp:$temp)";
}
// like '%, 19%'
if ( ereg(', 19', $temp) ) {
$temp = str_replace(', 19',' 19', $temp);
$this->debug['parse_auth'][] = "5c (temp:$temp)";
}
// like '%, 20%'
if ( ereg(', 20', $temp) ) {
$temp = str_replace(', 20',' 20', $temp);
$this->debug['parse_auth'][] = "5d (temp:$temp)";
}
// reduce multiple internal spaces to single space
$temp = $this->reduce_spaces( $temp );
// like '% -%'
$temp = str_replace(' -', '-', $temp);
 
$this->debug['parse_auth'][] = "6 (temp:$temp)";
foreach( explode(' ', $temp) as $this_word ) {
$this->debug['parse_auth'][] = "7 (this_word:$this_word)";
// like '(%'
if ( ereg('^\(', $this_word) ) {
$elapsed_chars .= '(';
$this_word = substr( $this_word, 1 );
$this->debug['parse_auth'][] = "7a (this_word:$this_word) (elapsed_chars:$elapsed_chars)";
}
 
// Add back the word to the final translation
$elapsed_chars .= $this_word . ' ';
$this->debug['parse_auth'][] = "7c (this_word:$this_word) (elapsed_chars:$elapsed_chars)";
}
$elapsed_chars = $this->reduce_spaces( str_replace(' )', ')', $elapsed_chars) );
return trim( $elapsed_chars ) ;
}
 
}
/**
* Function: parse
* Purpose: Produces parsed version of an input string (scientific name components)
* @author Tony Rees (Tony.Rees@csiro.au)
* Date created: June 2007-November 2008
* Inputs: input string as str (this version presumes genus, genus+species, or
* genus+species+authority)
* Outputs: parsed version of input string, for match purposes
* Remarks:
* (1) Removes known text elements e.g.
* 'aff.', 'cf.', 'subsp.', subgenera if enclosed in brackets, etc. as desired
* (2) Removes accented and non A-Z characters other than full stops
* (in scientific name portions)
* (3) Returns uppercase scientific name (genus + species only)
* plus unaltered (presumed) authority
* examples;
* Anabaena cf. flos-aquae Ralfs ex Born. et Flah. => ANABAENA FLOSAQUAE Ralfs
* ex Born. et Flah.
* Abisara lemÈe-pauli => ABISARA LEMEEPAULI
* Fuc/us Vesiculos2us => FUCUS VESICULOSUS
* Buffo ignicolor LacÈpËde, 1788 => BUFFO IGNICOLOR LacÈpËde, 1788
* Barbatia (Mesocibota) bistrigata (Dunker, 1866) => BARBATIA BISTRIGATA (Dunker, 1866)
* (4) Thus version does not handle genus+author, or genus+species+infraspecies
* (second" good" term is presumed to be species epithet, anything after is
* considered to be start of the authority), however could be adapted further as required
* and actually it was done in this version for Tela Botanica
* (5) There is a separate function "parse_auth" for normalizing authorities when required
* (e.g. for authority comparisons)
*
* @param string $str : input string ( genus, genus+species, or genus+species+authority )
* @return string : parsed string
*/
public function parse( $str = NULL ) {
unset($this->debug['parse']);
 
 
$temp = '';
$first_str_part = NULL;
$second_str_part = NULL;
$temp_genus = '';
$temp_species = '';
$temp_genus_species = '';
$temp_authority = '';
$temp_infra = '';
$this->debug['parse'][] = "1";
 
if ( ($str == NULL) || ( trim($str) == '') ) {
$this->debug[] = "N1a<br>";
return '';
} else {
// trim any leading, trailing spaces or line feeds
$temp = trim( $str );
$this->debug['parse'][] = "1b";
}
 
if ( $temp == NULL || $temp == '') {
$this->debug['parse'][] = "2a";
return '';
} else {
$this->debug['parse'][] = "2b";
 
// replace any HTML ampersands
$set = array('%', '&', 'amp;%', 'AMP;%');
$temp = str_replace( $set, '&', $temp );
 
$this->debug['parse'][] = "2b1 (temp:$temp)";
 
// remove any content in angle brackets (e.g. html tags - <i>, </i>, etc.)
$html_pattern = "(\<(/?[^\>]+)\>)";
//? This should not just handle html tags but all <*>
$temp = preg_replace( $html_pattern, '', $temp);
$this->debug['parse'][] = "2b2 (temp:$temp)";
 
// if second term (only) is in round brackets, presume it is a subgenus or a comment and remove it
// examples: Barbatia (Mesocibota) bistrigata (Dunker, 1866) => Barbatia bistrigata (Dunker, 1866)
// Barbatia (?) bistrigata (Dunker, 1866) => Barbatia bistrigata (Dunker, 1866)
// (obviously this will not suit genus + author alone, where first part of authorname is in brackets,
// however this is very rare?? and in any case we are not supporting genus+authority in this version)
//if ( $temp like '% (%)%'
$temp = preg_replace( "/ \(\w*\W*\)/", '', $temp, 1 );
//? Not sure if this will catch if
$this->debug['parse'][] = "2b3 (temp:$temp)";
 
// if second term (only) is in square brackets, presume it is a comment and remove it
// example: Aphis [?] ficus Theobald, [1918] => Aphis ficus Theobald, [1918]
//if ( $temp like '% [%]%'
$temp = preg_replace( "/ \[\w*\W*\]/", '', $temp, 1 );
//? Not sure if this will catch if
$this->debug['parse'][] = "2b4 (temp:$temp)";
 
// drop indicators of questionable id's - presume all are lowercase for now (could extend as needed)
$temp = preg_replace( "/ cf /", " ", $temp );
$temp = preg_replace( "/ cf\. /", " ", $temp );
$temp = preg_replace( "/ near /", " ", $temp );
$temp = preg_replace( "/ aff\. /", " ", $temp );
$temp = preg_replace( "/ sp\. /", " ", $temp );
$temp = preg_replace( "/ spp\. /", " ", $temp );
$temp = preg_replace( "/ spp /", " ", $temp );
 
$this->debug['parse'][] = "2b5 (temp:$temp)";
 
// eliminate or close up any stray spaces introduced by the above
$temp = $this->reduce_spaces( $temp );
 
$this->debug['parse'][] = "2b6 (temp:$temp)";
 
// now presume first element is genus, second (if present) is species, remainder
// (if present) is authority
// look for genus name
$ar = explode( " ", $temp, 2);
if ( count( $ar ) ) {
$temp_genus = $ar[0];
$temp = @$ar[1];
} else {
$temp_genus = $temp;
$temp = '';
}
$this->debug['parse'][] = "2b7 (temp_genus:$temp_genus) (temp:$temp)";
 
// look for species epithet and authority
$ar = explode( " ", $temp, 2);
if ( count( $ar ) ) {
$temp_species = $ar[0];
$temp_authority = @$ar[1];
} else {
$temp_species = $temp;
$temp_authority = '';
}
// look for subspecies
 
$infras =array('subsp.','var.');
 
$temp_authority = preg_replace( "/subsp /", "subsp.", $temp_authority);
$temp_authority = preg_replace( "/var /", "var.", $temp_authority);
 
foreach ($infras as $infra) {
$pos = strpos($temp_authority, $infra);
if ($pos === false) {
continue;
}
else {
$temp_infra=substr($temp_authority,$pos+strlen($infra));
$temp_authority=substr($temp_authority,0,$pos);
$temp_infra=trim($temp_infra);
$temp_infra_type=$infra;
// look for infra epithet and authority
$ar = explode(" ", $temp_infra, 2);
if ( count( $ar ) ) {
$temp_infra = $ar[0];
$temp_infra_authority = @$ar[1];
}
break; // on s'arrete au premier trouve
}
}
 
$this->debug['parse'][] = "2b8 (temp_genus:$temp_genus) (temp_species:$temp_species) (temp_authority:$temp_authority) (temp_infra:$temp_infra) (temp_infra_authority:$temp_infra_authority) (temp:$temp)";
 
 
// replace selected ligatures here (Genus names can contain Æ, OE ligature)
$temp_genus = str_replace( 'Æ', 'AE', $temp_genus);
$temp_species = str_replace( 'Æ', 'AE', $temp_species);
$temp_infra = str_replace( 'Æ', 'AE', $temp_infra );
 
$this->debug['parse'][] = "2b9 (temp_genus:$temp_genus) (temp_species:$temp_species) (temp_authority:$temp_authority) (temp_infra:$temp_infra) (temp_infra_authority:$temp_infra_authority) (temp:$temp)";
 
$temp_genus= trim($temp_genus);
$temp_species= trim($temp_species);
$temp_infra= trim($temp_infra );
 
// reduce any new multiple internal spaces to single space, if present
$temp_genus= $this->reduce_spaces( $temp_genus );
$temp_species= $this->reduce_spaces( $temp_species );
$temp_infra= $this->reduce_spaces( $temp_infra );
 
$this->debug['parse'][] = "2b10 (temp_genus:$temp_genus) (temp_species:$temp_species) (temp_authority:$temp_authority) (temp_infra:$temp_infra) (temp_infra_authority:$temp_infra_authority) (temp:$temp)";
 
if (isset($temp_authority) && ($temp_authority!='') ) {
$temp_authority=$this->parse_auth($temp_authority);
}
 
if (isset($temp_infra_authority) && ($temp_infra_authority!='') ) {
$temp_infra_authority=$this->parse_auth($temp_infra_authority);
}
 
 
$this->debug['parse'][] = "2b11 (temp_genus:$temp_genus) (temp_species:$temp_species) (temp_authority:$temp_authority) (temp_infra:$temp_infra) (temp_infra_authority:$temp_infra_authority) (temp:$temp)";
 
return array("genus"=>$temp_genus, "species"=>$temp_species, "authority"=>$temp_authority, "infra"=>$temp_infra, "infra_authority"=>$temp_infra_authority, "infra_type"=>$temp_infra_type);
}
} // End NameParser
 
} // End Class
 
?>
/trunk/jrest/services/TestNameParser.php
New file
0,0 → 1,123
<?php
require_once('NameParser.php');
$parse = new NameParser();
 
$str=array();
$str[]='Paris quadrifolia L.';
$str[]='Phyteuma spicatum L.';
$str[]='Pinus sylvestris L.';
$str[]='Polygonatum multiflorum (L.) All.';
$str[]='Polygonatum multiflorum (L.) All.';
$str[]='Potentilla sterilis (L.) Garcke';
$str[]='Potentilla sterilis (L.) Garcke';
$str[]='Primula elatior (L.) Hill';
$str[]='Primula elatior (L.) Hill';
$str[]='Ranunculus ficaria L.';
$str[]='Ranunculus ficaria L.';
$str[]='Ranunculus ficaria L.';
$str[]='Ranunculus ficaria L.';
$str[]='Salvia pratensis L.';
$str[]='Sanguisorba officinalis L.';
$str[]='Sanicula europaea L.';
$str[]='Scrophularia nodosa L.';
$str[]='Securigera varia (L.) P. Lassen';
$str[]='Silene latifolia Poiret';
$str[]='Sonchus asper (L.) Hill';
$str[]='Stachys recta L.';
$str[]='Stachys sylvatica L.';
$str[]='Stellaria holostea L.';
$str[]='Symphytum officinale L.';
$str[]='Symphytum officinale L.';
$str[]='Teucrium scorodonia L.';
$str[]='Tilia platyphyllos Scop.';
$str[]='Tussilago farfara L.';
$str[]='Urtica dioica L.';
$str[]='Urtica dioica L.';
$str[]='Urtica dioica L.';
$str[]='Vaccinium myrtillus L.';
$str[]='Valeriana officinalis subsp. repens (Host) O. Bolòs and Vigo';
$str[]='Valeriana officinalis subsp. repens (Host) O. Bolòs & Vigo';
$str[]='Viburnum lantana L.';
$str[]='Viburnum opulus L.';
$str[]='Viola reichenbachiana Jordan ex Boreau';
$str[]='Viscum album L.';
$str[]='Aegopodium podagraria L.';
$str[]='Ajuga reptans L.';
$str[]='Alisma plantago-aquatica L.';
$str[]='Alliaria petiolata (M. Bieb.) Cavara & Grande';
$str[]='Alnus glutinosa (L.) Gaertn.';
$str[]='Bidens frondosa L.';
$str[]='Bidens tripartita L.';
$str[]='Callitriche palustris L.';
$str[]='Campanula trachelium L.';
$str[]='Carex brizoides L.';
$str[]='Carex vesicaria L.';
$str[]='Circaea lutetiana L.';
$str[]='Dryopteris filix-mas (L.) Schott';
$str[]='Elatine hexandra (Lapierre) DC.';
$str[]='Fragaria vesca L.';
$str[]='Glechoma hederacea L.';
$str[]='Glyceria fluitans (L.) R. Br.';
$str[]='Gnaphalium uliginosum L.';
$str[]='Iris pseudacorus L.';
$str[]='Lathyrus pratensis L.';
$str[]='Lemna minor L.';
$str[]='Leucanthemum vulgare Lam.';
$str[]='Lotus pedunculatus Cav.';
$str[]='Lycopus europaeus L.';
$str[]='Lysimachia nemorum L.';
$str[]='Lythrum portula (L.) D.A. Webb';
$str[]='Lythrum salicaria L.';
$str[]='Milium effusum L.';
$str[]='Oxalis acetosella L.';
$str[]='Phalaris arundinacea L.';
$str[]='Phyteuma spicatum L.';
$str[]='Potamogeton natans L.';
$str[]='Primula elatior (L.) Hill';
$str[]='Ranunculus flammula L.';
$str[]='Ranunculus sceleratus L.';
$str[]='Sagittaria sagittifolia L.';
$str[]='Scrophularia nodosa L.';
$str[]='Silene dioica (L.) Clairv.';
$str[]='Sparganium emersum Rehmann';
$str[]='Sparganium erectum L.';
$str[]='Valeriana officinalis L. subsp. tenuifolia Schübler & Martens';
$str[]='Veronica montana L.';
$str[]='Vinca minor L.';
$str[]='Acer campestre L.';
$str[]='Acer campestre L.';
$str[]='Achillea millefolium L.';
$str[]='Achillea millefolium L.';
$str[]='Achillea ptarmica L.';
$str[]='Achillea ptarmica L.';
$str[]='Achillea ptarmica L.';
 
foreach ($str as $st) {
$data = $parse->parse($st);
print 'nom : ';
print $st;
print ', genus : ';
print $data['genus'];
print ', species : ';
print $data['species'];
print ', authority : ';
print $data['authority'];
if (isset ($data['infra']) && $data['infra']!='') {
print ', infra : ';
print $data['infra'];
}
if (isset ($data['infra_authority']) && $data['infra_authority']!='') {
print ', infra authority : ';
print $data['infra_authority'];
}
if (isset ($data['infra_type']) && $data['infra_type']!='') {
print ', infra type : ';
print $data['infra_type'];
}
print "</br>";
}
 
?>
/trunk/jrest/services/InventoryImportExcel.php
5,6 → 5,7
 
 
// TODO : traiter image multilignes
// TODO : doublons
 
/*
 
33,31 → 34,32
define('DATEOBS','date'); // date au format jj/mm/aaaa
define('ESPECE','espece'); // texte libre, nom latin, ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)
define('IMAGE','image'); // nom des fichiers images préalablement uploadés sur le CEL séparés par des "/"
define('DEPARTEMENT','departement'); // Texte libre
 
 
// Resultat de l'analyse d'une ligne
define('LIGNE_VIDE',1); //
define('LIGNE_NORMALE',2); //
define('LIGNE_IMAGE_SEULEMENT',3); //
 
include_once('Decoupage.class.php'); // TODO : Autoload
include_once('DecoupageNomLatin.class.php');
// Parser de Nom
include('NameParser.php');
 
// Element constituant une observation
 
Class InventoryImportExcel extends DBAccessor {
 
// Element constituant une observation
 
var $format_observation=array(COMMUNE ,LIEUDIT ,STATION ,MILIEU ,LATITUDE ,LONGITUDE ,NOTES ,DATEOBS ,ESPECE ,IMAGE );
var $format_observation=array(COMMUNE ,LIEUDIT ,STATION , DEPARTEMENT, MILIEU ,LATITUDE ,LONGITUDE ,NOTES ,DATEOBS ,ESPECE ,IMAGE );
 
 
// Fichier configuration
var $config;
 
// Encapsulation classe lecture fichier excel
 
var $extendExcelReader;
 
// Dernier numero d'ordre utilise
var $dernier_ordre=1;
 
/**
Constructeur
**/
68,6 → 70,10
 
$this->extendExcelReader = new ExcelReader();
$this->extendExcelReader->initExcelReader();
 
/* Recherche dernier numero d'ordre utilise : pas de mise a jour concurente a priori */
 
 
}
 
/**
78,17 → 84,15
 
$pairs['utilisateur']=$_POST['identifiant'];
session_start();
$this->controleUtilisateur($pairs['utilisateur']);
 
session_start();
$this->controleUtilisateur($pairs['utilisateur']);
 
foreach($_FILES as $file) { // C'est le plus simple
$infos_fichier = $file ;
}
 
foreach($_FILES as $file) { // C'est le plus simple
 
$infos_fichier = $file ;
}
 
 
// Chargement tableau en memoire
 
$data = new Spreadsheet_Excel_Reader($infos_fichier['tmp_name'], false); // false : pour menager la memoire.
101,58 → 105,81
print "Tableau vide";
exit;
}
for($row=1;$row<=$rowcount;$row++)
for($col=1;$col<=$colcount;$col++)
$arr[$col][$row] = $data->val($row,$col,0);
 
// Chargement tableau
for($row=1;$row<=$rowcount;$row++)
for($col=1;$col<=$colcount;$col++)
$arr[$col][$row] = $data->val($row,$col,0); // Attention, inversion voulue
 
 
// 1 : Traitement colonnes
// 1 : Traitement intitules
 
$line = array();
 
/* Les colonnes ne sont pas forcemment dans l'ordre : on les extrait pour traitement futur */
 
for($col=1;$col<=$colcount;$col++) {
$colonne=strtolower($arr[$col][1]);
switch ($colonne) { // On ne garde que les colonnes que l'on souhaite traiter
case COMMUNE:
case LIEUDIT:
case STATION:
case MILIEU:
case LATITUDE:
case LONGITUDE:
case NOTES:
case DATEOBS:
case ESPECE:
case IMAGE:
$selection=array_values($arr[$col]);
array_shift($selection); // On ne garde pas la premiere ligne, qui contient les intitules
$line[$colonne]=$selection;
break;
for($col=1;$col<=$colcount;$col++) {
$colonne=strtolower($arr[$col][1]);
$colonne=trim($colonne);
$colonne=cp1252_to_utf8($colonne);
$colonne=remove_accent($colonne);
switch ($colonne) { // On ne garde que les colonnes que l'on souhaite traiter
case COMMUNE:
case LIEUDIT:
case STATION:
case MILIEU:
case DEPARTEMENT:
case LATITUDE:
case LONGITUDE:
case NOTES:
case DATEOBS:
case ESPECE:
case IMAGE:
$selection=array_values($arr[$col]);
array_shift($selection); // On ne garde pas la premiere ligne, qui contient les intitules
$line[$colonne]=$selection;
break;
 
}
}
}
}
 
/*
print_r($line[COMMUNE]);
print_r($line[LIEUDIT]);
print_r($line[STATION]);
print_r($line[MILIEU]);
print_r($line[LATITUDE]);
print_r($line[LONGITUDE]);
print_r($line[NOTES]);
print_r($line[DATEOBS]);
print_r($line[ESPECE]);
print_r($line[IMAGE]);
*/
 
// print_r($line[COMMUNE]);
// print_r($line[LIEUDIT]);
// print_r($line[STATION]);
// print_r($line[MILIEU]);
// print_r($line[DEPARTEMENT]);
// print_r($line[LATITUDE]);
// print_r($line[LONGITUDE]);
// print_r($line[NOTES]);
// print_r($line[DATEOBS]);
// print_r($line[ESPECE]);
// print_r($line[IMAGE]);
 
// 1 : Traitement lignes
 
$cpt_obs=0;
 
 
/* Recherche dernier numero d'ordre utilise : pas de mise a jour concurente a priori */
 
 
$DB=$this->connectDB($this->config,'database_cel');
$query="SELECT MAX(ordre) AS ordre FROM cel_inventory WHERE identifiant='".$DB->escapeSimple($pairs['utilisateur'])."' ";
 
$res =& $DB->query($query);
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
 
while ($row =& $res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC)) {
$this->dernier_ordre=$row['ordre']; // 1 par defaut
}
 
for ($i=0;$i<=$rowcount-1;$i++) {
// On saute les lignes vides du debut et les lignes contenant des information sur image uniquement
// On saute les eventuelles lignes vides du debut et les lignes contenant des information sur image uniquement
while ((in_array($retour_analyse=$this->analyserLigne($line,$i),array(LIGNE_IMAGE_SEULEMENT, LIGNE_VIDE))) && ($i<=$rowcount)) {
if ($retour_analyse==LIGNE_IMAGE_SEULEMENT) {
// print "image non rattachee a une observation";
163,7 → 190,7
$i++;
}
while (($this->analyserLigne($line,$i)==LIGNE_NORMALE) && ($i<=$rowcount)) {
$ordre=$this->traiterLigne($line,$i,$pairs['utilisateur']);
$ordre=$this->traiterLigne($line,$i,$pairs['utilisateur'],$DB);
if ($ordre>0) {
$cpt_obs++; // Compteur d'observations crees
}
182,7 → 209,8
}
print $cpt_obs;
//print $cpt_obs ." nouvelle(s) observation(s) !";
print $cpt_obs ;
 
}
 
215,7 → 243,7
 
}
 
function traiterLigne($line,$i,$utilisateur) { // Controle donnee et insertion
function traiterLigne($line,$i,$utilisateur,$DB) { // Controle donnee et insertion
$info_image=array();
foreach ($this->format_observation as $colonne) {
if (isset ($line[$colonne][$i]) && $line[$colonne][$i]!='') {
232,6 → 260,9
case MILIEU:
$info_milieu=$this->traiterMilieu($line[MILIEU][$i]);
break;
case DEPARTEMENT:
$info_commune['code']=$this->traiterDepartement($line[DEPARTEMENT][$i]);
break;
case LATITUDE:
$info_latitude=$this->traiterLatitude($line[LATITUDE][$i]);
break;
246,16 → 277,14
break;
case ESPECE:
$info_espece=$this->traiterEspece($line[ESPECE][$i]);
if (isset($info_espece['en_id_nom']) && $info_espece['en_id_nom']!='') {
$complement=$this->rechercherInformationsComplementaires($info_espece['en_id_nom']);
$info_espece['nom_ret']=$complement['Nom_Retenu'];
$info_espece['num_nom_ret']=$complement['Num_Nom_Retenu'];
$info_espece['num_taxon']=$complement['Num_Taxon'];
$info_espece['famille']=$complement['Famille'];
}
 
 
break;
if (isset($info_espece['en_id_nom']) && $info_espece['en_id_nom']!='') {
$complement=$this->rechercherInformationsComplementaires($info_espece['en_id_nom']);
$info_espece['nom_ret']=$complement['Nom_Retenu'];
$info_espece['num_nom_ret']=$complement['Num_Nom_Retenu'];
$info_espece['num_taxon']=$complement['Num_Taxon'];
$info_espece['famille']=$complement['Famille'];
}
break;
case IMAGE:
$info_image=$this->traiterImage($line[IMAGE][$i],$utilisateur); // Image separee par des / + utilisateur
break;
276,6 → 305,9
case MILIEU:
$info_milieu="000null";
break;
case DEPARTEMENT:
$info_commune['code']="000null";
break;
case LATITUDE:
$info_latitude="000null";
break;
288,45 → 320,30
}
}
 
// Dernier numero d'ordre utilise :
$this->dernier_ordre++;
 
$DB=$this->connectDB($this->config,'database_cel'); // TODO / a garder en memoire pour eviter appels mutliples
$query="SELECT MAX(ordre) AS ordre FROM cel_inventory WHERE identifiant='".$DB->escapeSimple($utilisateur)."' ";
 
$res =& $DB->query($query);
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
$ordre=1;
 
while ($row =& $res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC)) {
$ordre=$row['ordre']+1;
}
 
list($jour,$mois,$annee)=split("/",$info_dateobs);
$info_dateobs=$annee."-".$mois."-".$jour." 0:0:0";
 
 
$query = "INSERT INTO cel_inventory (identifiant,ordre,nom_sel,num_nom_sel,nom_ret,num_nom_ret,num_taxon,famille,location,id_location,date_observation,lieudit,station, milieu, commentaire, date_creation,date_modification,coord_x,coord_y) " .
" VALUES('".$DB->escapeSimple($utilisateur)."','".
$DB->escapeSimple($ordre)."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['nom_sel'])."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['en_id_nom'])."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['nom_ret'])."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['num_nom_ret'])."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['num_taxon'])."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['famille'])."','".
$DB->escapeSimple($info_commune['name'])."','".
$DB->escapeSimple($info_commune['code'])."','".
$DB->escapeSimple($info_dateobs)."','".
$DB->escapeSimple($info_lieudit)."','".
$DB->escapeSimple($info_station)."','".
$DB->escapeSimple($info_milieu)."','".
$DB->escapeSimple($info_notes)."',".
"now() , now(),'".
$DB->escapeSimple($info_latitude)."','".
$DB->escapeSimple($info_longitude)."')";
// print $query;
$query = "INSERT INTO cel_inventory (identifiant,ordre,nom_sel,num_nom_sel,nom_ret,num_nom_ret,num_taxon,famille,location,id_location,date_observation,lieudit,station, milieu, commentaire, date_creation,date_modification,coord_x,coord_y) " .
" VALUES('".$DB->escapeSimple($utilisateur)."','".
$DB->escapeSimple($this->dernier_ordre)."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['nom_sel'])."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['en_id_nom'])."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['nom_ret'])."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['num_nom_ret'])."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['num_taxon'])."','".
$DB->escapeSimple($info_espece['famille'])."','".
$DB->escapeSimple($info_commune['name'])."','".
$DB->escapeSimple($info_commune['code'])."','".
$DB->escapeSimple($info_dateobs)."','".
$DB->escapeSimple($info_lieudit)."','".
$DB->escapeSimple($info_station)."','".
$DB->escapeSimple($info_milieu)."','".
$DB->escapeSimple($info_notes)."',".
"now() , now(),'".
$DB->escapeSimple($info_latitude)."','".
$DB->escapeSimple($info_longitude)."')";
// print "\n";
 
 
355,7 → 372,7
 
 
 
return $ordre;
return $this->dernier_ordre;
 
 
}
368,16 → 385,15
function traiterCommune($identifiant_commune) { // Recherche correspondance sur nom, si pas unique, correspondance dep. sinon code insee
 
 
$identifiant_commune=trim($identifiant_commune);
 
$identifiant_commune=ltrim($identifiant_commune);
 
$identifiant_commune=utf8_encode($identifiant_commune); // FIXME : devrait deja etre en utf8 a ce niveau
 
preg_match('/(.*)\((.*)\)/',$identifiant_commune,$elements);
preg_match('/(.*) \(([0-9][0-9]*)\)/',$identifiant_commune,$elements);
 
$DB=$this->connectDB($this->config,'database_cel'); // FIXME regarder si opportun ici
 
if ($elements[1]) { // departement present
if ($elements[1]) { // commune + departement : montpellier (34)
$nom_commune=$elements[1];
$code_commune=$elements[2];
 
384,19 → 400,20
$query="SELECT DISTINCT name, code FROM locations WHERE name = '".$DB->escapeSimple($nom_commune)."' AND code ='".$DB->escapeSimple($code_commune)."'";
}
else {
preg_match('/([0-9][0-9])|(2A[0-9][0-9]*)|(2B[0-9][0-9]*)/',$identifiant_commune,$elements);
if ($elements[1]) { // code insee commune
$code_insee_commune=$elements[1];
$query="SELECT DISTINCT name, code FROM locations WHERE insee_code ='".$DB->escapeSimple($code_insee_commune)."'";
}
else {
preg_match('/(.*)/',$identifiant_commune,$elements);
if ($elements[1]) { // commune
$nom_commune=$elements[1];
$query="SELECT DISTINCT name, code FROM locations WHERE name = '".$DB->escapeSimple($nom_commune)."'";
}
}
else { // Code insee seul
preg_match('/([0-9][0-9]*)|(2A[0-9][0-9]*)|(2B[0-9][0-9]*)/',$identifiant_commune,$elements);
if ($elements[1]) { // code insee commune
$code_insee_commune=$elements[1];
$query="SELECT DISTINCT name, code FROM locations WHERE insee_code ='".$DB->escapeSimple($code_insee_commune)."'";
}
else { // Commune seule (le departement sera recupere dans la colonne departement si elle est presente, on prend le risque ici de retourner une mauvaise
// Commune
preg_match('/(.*)/',$identifiant_commune,$elements);
if ($elements[1]) { // commune
$nom_commune=$elements[1];
$query="SELECT DISTINCT name, code FROM locations WHERE name = '".$DB->escapeSimple($nom_commune)."'";
}
}
}
 
417,184 → 434,212
 
//echo "traitement lieudit";
 
return utf8_encode(ltrim($lieudit));
return utf8_encode(trim($lieudit));
}
 
function traiterStation($station) { // texte libre
// echo "traitement station";
return utf8_encode(ltrim($station));
return utf8_encode(trim($station));
}
 
function traiterMilieu($milieu) { // texte libre
// echo "traitement milieu";
return utf8_encode(ltrim($milieu));
return utf8_encode(trim($milieu));
}
 
function traiterDepartement($departement) { // texte libre
// echo "traitement milieu";
return utf8_encode(trim($departement));
}
 
function traiterLatitude($latitude) { // verifier formal decimal + limite france ? TODO
// echo "traitement latitude";
return ltrim($latitude);
return trim($latitude);
}
 
function traiterLongitude($longitude) { // verifier format decimal + limite france ? TODO
// echo "traitement longitude";
return ltrim($longitude);
return trim($longitude);
}
 
function traiterNotes($notes) { // texte libre
// echo "traitement notes";
return utf8_encode(ltrim($notes));
return utf8_encode(trim($notes));
}
 
function traiterDateObs($dateobs) { // verifier jj/mm/aaaa sinon date vide TODO
// echo "traitement dateobs";
return ltrim($dateobs);
return trim($dateobs);
}
 
function traiterEspece($identifiant_espece) { // texte libre, nom scientifique , ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)
function traiterEspece($identifiant_espece) { // texte libre, nom scientifique , ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999) ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
 
// echo "traitement espece";
$identifiant_espece=ltrim($identifiant_espece);
$identifiant_espece=trim($identifiant_espece);
$identifiant_espece=utf8_encode($identifiant_espece); // FIXME : devrait deja etre en utf8 a ce niveau
 
preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece,$elements);
 
preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece,$elements);
if ($elements[1]) { // Numero nomenclatural
 
 
// Recherche du nom associe
$DB=$this->connectDB($this->config); // FIXME : gerer cache de connection
$query = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
" auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" .
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom a, " .
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
" WHERE a.esn_id_nom= '".$elements[1]. "'".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
" AND en_id_nom = a.esn_id_nom" .
" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
$res =& $DB->query($query);
// Recherche du nom associe
$DB=$this->connectDB($this->config); // FIXME : gerer cache de connection
$query = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
" auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" .
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom a, " .
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
" WHERE a.esn_id_nom= '".$elements[1]. "'".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
" AND en_id_nom = a.esn_id_nom" .
" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
 
$res =& $DB->query($query);
 
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
 
$row =& $res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC);
return array("nom_sel"=>$this->formaterNom($row),"en_id_nom"=>$elements[1]);
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
 
$row =& $res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC);
return array("nom_sel"=>$this->formaterNom($row),"en_id_nom"=>$elements[1]);
 
}
 
else { // Nom scientifique
 
 
$decoupageNomLatin=new DecoupageNomLatin();
$nom_latin_decoupe=$decoupageNomLatin->decouper($identifiant_espece);
else { // Numero taxonomique ou nom scientifique
preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece,$elements);
/*
if ($elements[1]) { // Numero taxonomique
$DB=$this->connectDB($this->config);
 
[nom_genre] => Acer
[nom_sp] => monspessulanum
[auteur_sp] =>
[nom_complement] =>
[type_infrasp] =>
[nom_infrasp] =>
[num_nomenc] =>
[num_taxo] =>
[rang_taxonomique] => 250
[nom_courant] => monspessulanum
[nom_superieur] => Acer
[agg] =>
[nom_complet] => Acer monspessulanum
$query = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
" auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" .
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," .
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
" , eflore_selection_nom ".
" WHERE esn_id_taxon = '".$elements[1]. "'".
" AND esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
" AND esn_ce_statut=3 ".
" AND en_id_nom = esn_id_nom" .
" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
 
/*
$res =& $DB->query($query);
 
[nom_genre] => Acer
[nom_sp] => monspessulanum
[auteur_sp] =>
[nom_complement] =>
[type_infrasp] => subsp.
[nom_infrasp] => monspessulanum
[num_nomenc] =>
[num_taxo] =>
[rang_taxonomique] => 280
[nom_courant] => monspessulanum
[nom_superieur] => monspessulanum
[agg] =>
[nom_complet] => Acer monspessulanum subsp. monspessulanum
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
 
*/
$row =& $res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC);
return array("nom_sel"=>$this->formaterNom($row),"en_id_nom"=>$row['en_id_nom']);
 
 
$DB=$this->connectDB($this->config); // FIXME regarder si opportun ici
}
 
$query="SELECT DISTINCT en_id_nom" .
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang " .
" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = '".$DB->escapeSimple($nom_latin_decoupe['nom_genre'])."' " .
" AND en_ce_rang = '".$DB->escapeSimple($nom_latin_decoupe['rang_taxonomique'])."' " ;
if (isset($nom_latin_decoupe['nom_infrasp']) && $nom_latin_decoupe['nom_infrasp']!="") {
$query.=" AND en_epithete_infra_specifique = '".$DB->escapeSimple($nom_latin_decoupe['nom_infrasp'])."' " ;
}
$query.=" AND en_epithete_espece = '".$DB->escapeSimple($nom_latin_decoupe['nom_sp'])."' AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
" LIMIT 1";
else { // Nom scientifique
$nameparser=new NameParser();
$nom_latin_decoupe=$nameparser->parse($identifiant_espece);
 
//print_r($nom_latin_decoupe);
$DB=$this->connectDB($this->config); // FIXME regarder si opportun ici
 
}
// requete sous espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
if (isset($nom_latin_decoupe['infra']) && $nom_latin_decoupe['infra']!="") {
$query="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = '".$DB->escapeSimple($nom_latin_decoupe['genus'])."' " .
" AND enrg_abreviation_rang = '".$DB->escapeSimple($nom_latin_decoupe['infra_type'])."' " .
" AND en_epithete_infra_specifique = '".$DB->escapeSimple($nom_latin_decoupe['infra'])."' " .
" AND esn_id_nom= en_id_nom ".
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
" AND en_epithete_espece = '".$DB->escapeSimple($nom_latin_decoupe['species'])."' AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
" ORDER BY esn_ce_statut ".
" LIMIT 1";
}
else { // espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
$query="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = '".$DB->escapeSimple($nom_latin_decoupe['genus'])."' " .
" AND enrg_abreviation_rang = 'sp.' " .
" AND esn_id_nom= en_id_nom ".
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
" AND en_epithete_espece = '".$DB->escapeSimple($nom_latin_decoupe['species'])."' AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
" ORDER BY esn_ce_statut ".
" LIMIT 1";
}
$res =& $DB->query($query);
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
 
$res =& $DB->query($query);
$id_nom=$res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC);
 
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
// Recherche du nom associe
$DB=$this->connectDB($this->config); // FIXME : gerer cache de connection
$query = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
" auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" .
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom a, " .
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
" WHERE a.esn_id_nom= '".$id_nom['en_id_nom']. "'".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
" AND en_id_nom = a.esn_id_nom" .
" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
$res =& $DB->query($query);
 
$id_nom=$res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC);
 
// Recherche du nom associe
$DB=$this->connectDB($this->config); // FIXME : gerer cache de connection
$query = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
" auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" .
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom a, " .
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
" WHERE a.esn_id_nom= '".$id_nom['en_id_nom']. "'".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
" AND en_id_nom = a.esn_id_nom" .
" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
$res =& $DB->query($query);
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
 
if ($res->numRows() > 0 ) {
$row =& $res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC);
return array("nom_sel"=>$this->formaterNom($row),"en_id_nom"=>$id_nom['en_id_nom']);
}
else {
return array("nom_sel"=>$identifiant_espece);
}
 
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
 
$row =& $res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC);
return array("nom_sel"=>$this->formaterNom($row),"en_id_nom"=>$id_nom['en_id_nom']);
 
 
 
}
}
 
}
626,72 → 671,69
 
}
 
function rechercherInformationsComplementaires($numNom) { // Num taxon, Num retenu ...
 
// utilitaire : FIXME mutualiser avec autres scripts
 
function rechercherInformationsComplementaires($numNom) {
 
$DB=$this->connectDB($this->config);
 
$query = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
" auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, b.esn_id_taxon, b.esn_id_nom" .
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," .
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
" ,eflore_selection_nom a, eflore_selection_nom b".
" WHERE a.esn_id_nom= ".$numNom.
" AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
" AND a.esn_id_taxon=b.esn_id_taxon ".
" AND b.esn_ce_statut=3 ".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=b.esn_id_version_projet_taxon" .
" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
" AND en_id_nom = b.esn_id_nom" .
" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
" auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, b.esn_id_taxon, b.esn_id_nom" .
" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," .
" eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
" , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
" ,eflore_selection_nom a, eflore_selection_nom b".
" WHERE a.esn_id_nom= ".$numNom.
" AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
" AND a.esn_id_taxon=b.esn_id_taxon ".
" AND b.esn_ce_statut=3 ".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=b.esn_id_version_projet_taxon" .
" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
" AND en_id_nom = b.esn_id_nom" .
" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
" AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
 
 
$res =& $DB->query($query);
$res =& $DB->query($query);
 
 
 
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
 
// Nom retenu, Num Nomen nom retenu, Num Taxon,
// Famille
// Nom retenu, Num Nomenclatural nom retenu, Num Taxon,
 
$value=array('Nom_Retenu'=>"",'Num_Nom_Retenu'=>"0",'Num_Taxon'=>"0",'Famille'=>"");
 
while ($row =& $res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC)) {
$fam=$this->rechercherFamille($row['esn_id_taxon'],$DB);
while (($fam['en_ce_rang']!='fin') && ($fam['en_ce_rang'] !=120)) {
$fam=$this->rechercherFamille($row['esn_id_taxon'],$DB);
 
// Recherche Famille
while (($fam['en_ce_rang']!='fin') && ($fam['en_ce_rang'] !=120)) {
$fam=$this->rechercherFamille($fam['etr_id_taxon_2'],$DB);
}
if ($fam['en_ce_rang']==120) {
}
if ($fam['en_ce_rang']==120) {
$famille=$fam['en_nom_supra_generique'];
}
else {
}
else {
$famille="Famille inconnue";
}
 
$value=array('Nom_Retenu'=>$this->formaterNom($row),'Num_Nom_Retenu'=>$row['esn_id_nom'],'Num_Taxon'=>$row['esn_id_taxon'],'Famille'=>$famille);
}
$value=array('Nom_Retenu'=>$this->formaterNom($row),'Num_Nom_Retenu'=>$row['esn_id_nom'],'Num_Taxon'=>$row['esn_id_taxon'],'Famille'=>$famille);
 
return $value;
 
}
 
return $value;
 
 
 
}
 
function formaterNom($rawnom) {
727,9 → 769,9
 
function rechercherFamille($taxon,&$DB) {
 
$row=array();
$row=array();
 
$query="SELECT DISTINCT en_ce_rang, etr_id_taxon_2, en_id_nom, en_nom_supra_generique ".
$query="SELECT DISTINCT en_ce_rang, etr_id_taxon_2, en_id_nom, en_nom_supra_generique ".
" FROM eflore_taxon_relation, eflore_selection_nom, eflore_nom ".
" WHERE etr_id_taxon_1 = ".$taxon.
" AND etr_id_version_projet_taxon_1 = 25 ".
740,14 → 782,14
" AND esn_id_version_projet_taxon = etr_id_version_projet_taxon_1 ".
" AND en_id_nom = esn_id_nom ".
" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
$res =& $DB->query($query);
$res =& $DB->query($query);
 
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
if (DB::isError($res)) {
die($res->getMessage());
}
 
if ($row =& $res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC)) {
return $row;
if ($row =& $res->fetchrow(DB_FETCHMODE_ASSOC)) {
return $row;
}
else {
$row['en_ce_rang']='fin';
758,34 → 800,35
 
 
function retournerAuteur($rawnom) {
$auteurs = '';
$auteur_basio = '';
$auteur_modif = '';
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']!='-' ) {
$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex'];
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
$auteur_basio .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_basio'];
}
} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio'];
}
 
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']!='-') {
$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex'];
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {
$auteur_modif .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_modif'];
}
} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {
$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif'];
}
$auteurs = '';
$auteur_basio = '';
$auteur_modif = '';
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']!='-' ) {
$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex'];
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
$auteur_basio .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_basio'];
}
} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio'];
}
 
if (!empty($auteur_modif)) {
$auteurs = ' ('.$auteur_basio.') '.$auteur_modif;
} elseif (!empty($auteur_basio)) {
$auteurs = ' '.$auteur_basio;
}
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']!='-') {
$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex'];
if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {
$auteur_modif .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_modif'];
}
} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {
$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif'];
}
 
return $auteurs ;
if (!empty($auteur_modif)) {
$auteurs = ' ('.$auteur_basio.') '.$auteur_modif;
} elseif (!empty($auteur_basio)) {
$auteurs = ' '.$auteur_basio;
}
 
return $auteurs ;
}
 
 
794,7 → 837,73
}
 
 
function remove_accent($str)
{
$a = array('À', 'Á', 'Â', 'Ã', 'Ä', 'Å', 'Æ', 'Ç', 'È', 'É', 'Ê', 'Ë', 'Ì', 'Í', 'Î',
'Ï', 'Ð', 'Ñ', 'Ò', 'Ó', 'Ô', 'Õ', 'Ö', 'Ø', 'Ù', 'Ú', 'Û', 'Ü', 'Ý', 'ß',
'à', 'á', 'â', 'ã', 'ä', 'å', 'æ', 'ç', 'è', 'é', 'ê', 'ë', 'ì', 'í', 'î',
'ï', 'ñ', 'ò', 'ó', 'ô', 'õ', 'ö', 'ø', 'ù', 'ú', 'û', 'ü', 'ý', 'ÿ', 'Ā',
'ā', 'Ă', 'ă', 'Ą', 'ą', 'Ć', 'ć', 'Ĉ', 'ĉ', 'Ċ', 'ċ', 'Č', 'č', 'Ď', 'ď',
'Đ', 'đ', 'Ē', 'ē', 'Ĕ', 'ĕ', 'Ė', 'ė', 'Ę', 'ę', 'Ě', 'ě', 'Ĝ', 'ĝ', 'Ğ',
'ğ', 'Ġ', 'ġ', 'Ģ', 'ģ', 'Ĥ', 'ĥ', 'Ħ', 'ħ', 'Ĩ', 'ĩ', 'Ī', 'ī', 'Ĭ', 'ĭ',
'Į', 'į', 'İ', 'ı', 'IJ', 'ij', 'Ĵ', 'ĵ', 'Ķ', 'ķ', 'Ĺ', 'ĺ', 'Ļ', 'ļ', 'Ľ',
'ľ', 'Ŀ', 'ŀ', 'Ł', 'ł', 'Ń', 'ń', 'Ņ', 'ņ', 'Ň', 'ň', 'ʼn', 'Ō', 'ō', 'Ŏ',
'ŏ', 'Ő', 'ő', 'Œ', 'œ', 'Ŕ', 'ŕ', 'Ŗ', 'ŗ', 'Ř', 'ř', 'Ś', 'ś', 'Ŝ', 'ŝ',
'Ş', 'ş', 'Š', 'š', 'Ţ', 'ţ', 'Ť', 'ť', 'Ŧ', 'ŧ', 'Ũ', 'ũ', 'Ū', 'ū', 'Ŭ',
'ŭ', 'Ů', 'ů', 'Ű', 'ű', 'Ų', 'ų', 'Ŵ', 'ŵ', 'Ŷ', 'ŷ', 'Ÿ', 'Ź', 'ź', 'Ż',
'ż', 'Ž', 'ž', 'ſ', 'ƒ', 'Ơ', 'ơ', 'Ư', 'ư', 'Ǎ', 'ǎ', 'Ǐ', 'ǐ', 'Ǒ', 'ǒ',
'Ǔ', 'ǔ', 'Ǖ', 'ǖ', 'Ǘ', 'ǘ', 'Ǚ', 'ǚ', 'Ǜ', 'ǜ', 'Ǻ', 'ǻ', 'Ǽ', 'ǽ', 'Ǿ', 'ǿ');
$b = array('A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'AE', 'C', 'E', 'E', 'E', 'E', 'I', 'I', 'I',
'I', 'D', 'N', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'U', 'U', 'U', 'U', 'Y', 's',
'a', 'a', 'a', 'a', 'a', 'a', 'ae', 'c', 'e', 'e', 'e', 'e', 'i', 'i', 'i',
'i', 'n', 'o', 'o', 'o', 'o', 'o', 'o', 'u', 'u', 'u', 'u', 'y', 'y', 'A', 'a',
'A', 'a', 'A', 'a', 'C', 'c', 'C', 'c', 'C', 'c', 'C', 'c', 'D', 'd', 'D', 'd',
'E', 'e', 'E', 'e', 'E', 'e', 'E', 'e', 'E', 'e', 'G', 'g', 'G', 'g', 'G', 'g',
'G', 'g', 'H', 'h', 'H', 'h', 'I', 'i', 'I', 'i', 'I', 'i', 'I', 'i', 'I', 'i',
'IJ', 'ij', 'J', 'j', 'K', 'k', 'L', 'l', 'L', 'l', 'L', 'l', 'L', 'l', 'l', 'l',
'N', 'n', 'N', 'n', 'N', 'n', 'n', 'O', 'o', 'O', 'o', 'O', 'o', 'OE', 'oe', 'R',
'r', 'R', 'r', 'R', 'r', 'S', 's', 'S', 's', 'S', 's', 'S', 's', 'T', 't', 'T', 't',
'T', 't', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'W', 'w', 'Y',
'y', 'Y', 'Z', 'z', 'Z', 'z', 'Z', 'z', 's', 'f', 'O', 'o', 'U', 'u', 'A', 'a', 'I',
'i', 'O', 'o', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'A', 'a', 'AE', 'ae', 'O', 'o');
return str_replace($a, $b, $str);
}
 
 
function cp1252_to_utf8($str) {
$cp1252_map = array ("\xc2\x80" => "\xe2\x82\xac",
"\xc2\x82" => "\xe2\x80\x9a",
"\xc2\x83" => "\xc6\x92",
"\xc2\x84" => "\xe2\x80\x9e",
"\xc2\x85" => "\xe2\x80\xa6",
"\xc2\x86" => "\xe2\x80\xa0",
"\xc2\x87" => "\xe2\x80\xa1",
"\xc2\x88" => "\xcb\x86",
"\xc2\x89" => "\xe2\x80\xb0",
"\xc2\x8a" => "\xc5\xa0",
"\xc2\x8b" => "\xe2\x80\xb9",
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"\xc2\x98" => "\xcb\x9c",
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"\xc2\x9a" => "\xc5\xa1",
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"\xc2\x9c" => "\xc5\x93",
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"\xc2\x9f" => "\xc5\xb8"
);
return strtr ( utf8_encode ( $str ), $cp1252_map );
}
 
/* +--Fin du code ---------------------------------------------------------------------------------------+
* $Log$
*