| New file |
|---|
| 0,0 → 1,906 |
|---|
| <?php |
| // Encodage : UTF-8 |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| /** |
| * Traitement des fichiers de la banque de données SOPHY pour insertion |
| * |
| * Description : classe permettant d'insérer les tableaux phytosociologiques de la banque de données SOPHY |
| * Utilisation : php script.php insertion -a test |
| * |
| * @category PHP 5.3 |
| * @package phytosocio |
| //Auteur original : |
| * @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org> |
| * @copyright Copyright (c) 2009, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org) |
| * @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL-v3 |
| * @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL-v2 |
| * @version $Id$ |
| */ |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| class Insertion extends EfloreScript { |
| |
| protected $tableauTaxon; |
| protected $dao; |
| protected $observations; |
| // Paramêtres autorisées lors de l'appel au script en ligne de commande |
| protected $parametres_autorises = array( |
| '-n' => array(true, true, 'Nom du fichier ou du dossier à traiter')); |
| |
| protected $param_bd_pour_stat = array( |
| 'sophy_publication' => array(), |
| 'sophy_tableau' => array('stab_id_publi' => 'nombrePubli'), |
| 'sophy_releve' => array( |
| 'sr_id_publi' => 'nombrePubli', |
| 'sr_id_publi, sr_id_tableau' => 'nombreTableau', |
| 'sr_id_station' => 'nombreStation'), |
| 'sophy_observation' => array( |
| 'so_id_publi' => 'nombrePubli', |
| 'so_id_publi, so_id_tableau' => 'nombreTableau', |
| 'so_id_publi, so_id_tableau, so_id_releve' => 'nombreReleve', |
| 'so_id_taxon' => 'nombreTaxon'), |
| 'sophy_station' => array(), |
| 'sophy_taxon' => array() |
| ); |
| |
| // Composition classique d'un titre de tableau de stations ou phytosociologiques |
| protected $format_titre = array( |
| 'numPubli' => array(0, 4), |
| 'numTableau' => array(4, 3), |
| 'nombreStations' => array(7, 3), |
| 'titrePubli' => array(11, -1), |
| 'typeTableau' => array(79, 1) |
| ); |
| |
| // Composition classique d'une station |
| protected $format_station = array( |
| 'numSource' => array(0, 4), |
| 'posteMeteo' => array(4, 5), |
| 'nomStation' => array(10, 38), |
| 'latitude' => array(49, 7), |
| 'codePays' => array(56, 2), |
| 'longitude' => array(59, 6), |
| 'codeDept' => array(66, 2), |
| 'altitude' => array(69, 4), |
| 'codeCommune' => array(74, 3), |
| 'precisionGeographique' => array(78, 1), |
| 'systemeProjection' => array(79, 1), |
| 'latitude2' => array(80, 8), |
| 'longitude2' => array(88, 8) |
| ); |
| |
| // Composition classique d'une ligne de tableau phytosociologique |
| protected $format_tableau = array( |
| 0 => array( |
| 'numLigne' => array(0, 3), |
| 'idTaxon' => array(3, 5), |
| 'strate' => array(8, 1), |
| 'codeFlore' => array(9, 1), |
| 'abondance_rem' => array(10, 70)), |
| 2 => array( |
| 'numSource' => array(0, 5), |
| 'posteMeteo' => array(5, 3), |
| 'numLigne' => array(8, 2), |
| 'codeFournier1' => array(10, 5), |
| 'abondance1' => array(15, 1), |
| 'strate1' => array(16, 1), |
| 'codeFournier2' => array(17, 5), |
| 'abondance2' => array(22, 1), |
| 'strate2' => array(23, 1), |
| 'codeFournier3' => array(24, 5), |
| 'abondance3' => array(29, 1), |
| 'strate3' => array(30, 1), |
| 'codeFournier4' => array(31, 5), |
| 'abondance4' => array(36, 1), |
| 'strate4' => array(37, 1), |
| 'codeFournier5' => array(38, 5), |
| 'abondance5' => array(43, 1), |
| 'strate5' => array(44, 1), |
| 'codeFournier6' => array(45, 5), |
| 'abondance6' => array(50, 1), |
| 'strate6' => array(51, 1), |
| 'codeFournier7' => array(52, 5), |
| 'abondance7' => array(57, 1), |
| 'strate7' => array(58, 1), |
| 'codeFournier8' => array(59, 5), |
| 'abondance8' => array(64, 1), |
| 'strate8' => array(65, 1), |
| 'codeFournier9' => array(66, 5), |
| 'abondance9' => array(71, 1), |
| 'strate9' => array(72, 1), |
| 'codeFournier10' => array(73, 5), |
| 'abondance10' => array(78, 1), |
| 'strate10' => array(79, 1)), |
| 6 => array( |
| 'numSource' => array(0, 4), |
| 'posteMeteo' => array(4, 4), |
| 'numLigne' => array(8, 2), |
| 'strate1' => array(10, 1), |
| 'codeFournier1' => array(11, 4), |
| 'abondance1' => array(16, 1), |
| 'strate2' => array(17, 1), |
| 'codeFournier2' => array(18, 4), |
| 'abondance2' => array(23, 1), |
| 'strate3' => array(24, 1), |
| 'codeFournier3' => array(25, 4), |
| 'abondance3' => array(30, 1), |
| 'strate4' => array(31, 1), |
| 'codeFournier4' => array(32, 4), |
| 'abondance4' => array(37, 1), |
| 'strate5' => array(38, 1), |
| 'codeFournier5' => array(39, 4), |
| 'abondance5' => array(44, 1), |
| 'strate6' => array(45, 1), |
| 'codeFournier6' => array(46, 4), |
| 'abondance6' => array(51, 1), |
| 'strate7' => array(52, 1), |
| 'codeFournier7' => array(53, 4), |
| 'abondance7' => array(58, 1), |
| 'strate8' => array(59, 1), |
| 'codeFournier8' => array(60, 4), |
| 'abondance8' => array(65, 1), |
| 'strate9' => array(66, 1), |
| 'codeFournier9' => array(67, 4), |
| 'abondance9' => array(72, 1), |
| 'strate10' => array(73, 1), |
| 'codeFournier10' => array(74, 4), |
| 'abondance10' => array(79, 1)), |
| 7 => array( |
| 'numReleve' => array(2, 3), |
| 'posteMeteo' => array(7, 3), |
| 'codeFournier1' => array(10, 4), |
| 'abondance1' => array(14, 1), |
| 'strate1' => array(15, 1), |
| 'codeFournier2' => array(16, 4), |
| 'abondance2' => array(20, 1), |
| 'strate2' => array(21, 1), |
| 'codeFournier3' => array(22, 4), |
| 'abondance3' => array(26, 1), |
| 'strate3' => array(27, 1), |
| 'codeFournier4' => array(28, 4), |
| 'abondance4' => array(32, 1), |
| 'strate4' => array(33, 1), |
| 'codeFournier5' => array(34, 4), |
| 'abondance5' => array(38, 1), |
| 'strate5' => array(39, 1), |
| 'codeFournier6' => array(40, 4), |
| 'abondance6' => array(44, 1), |
| 'strate6' => array(45, 1), |
| 'codeFournier7' => array(46, 4), |
| 'abondance7' => array(50, 1), |
| 'strate7' => array(51, 1), |
| 'codeFournier8' => array(52, 4), |
| 'abondance8' => array(56, 1), |
| 'strate8' => array(57, 1), |
| 'codeFournier9' => array(58, 4), |
| 'abondance9' => array(62, 1), |
| 'strate9' => array(63, 1), |
| 'codeFournier10' => array(64, 4), |
| 'abondance10' => array(68, 1), |
| 'strate10' => array(69, 1), |
| 'numLigne' => array(71, 2), |
| 'codeCarte' => array(73, 7)) |
| ); |
| |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| public function executer() { |
| include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/Dao.php'; |
| Config::charger(dirname(__FILE__).'/sophy.ini'); |
| |
| $this->dao = new Dao(); |
| // Récupération de paramétres |
| // Lancement de l'action demandée |
| $cmd = $this->getParametre('a'); |
| switch ($cmd) { |
| case 'testDossier' : |
| $this->executerTestDossier(); |
| break; |
| case 'chargerStructureSql' : |
| $this->chargerStructureSql(); |
| break; |
| case 'supprimerTous' : |
| $this->supprimerTous(); |
| case 'biblio' : |
| $this->executerBiblio(); |
| break; |
| case 'station' : |
| include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/gPoint.php'; |
| $this->executerStation(); |
| break; |
| case 'stationCodeInsee' : |
| $this->executerStationCodeInsee(); |
| break; |
| case 'tableau' : |
| include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/TaxonDao.php'; |
| $this->tableauTaxon = new TaxonDao(); |
| $this->executerTableau(); |
| break; |
| case 'stats' : |
| $this->executerStats(); |
| break; |
| case 'tapir' : |
| $info = $this->dao->creerTapir(); |
| $this->traiterErreur($info); |
| break; |
| default : |
| $this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd)); |
| } |
| } |
| protected function chargerStructureSql() { |
| $contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSql')); |
| $this->executerScripSql($contenuSql); |
| } |
| |
| protected function executerScripSql($sql) { |
| $requetes = Outils::extraireRequetes($sql); |
| foreach ($requetes as $requete) { |
| $this->getBdd()->requeter($requete); |
| } |
| } |
| |
| private function supprimerTous() { |
| $requete = "DROP TABLE IF EXISTS sophy_abondance, `sophy_bdnff`, `sophy_bryophyte`, `sophy_ciff`, ". |
| "`sophy_ciff_fournier`, `sophy_codefr94`, `sophy_flora_europea`, `sophy_fournier`, `sophy_fournier_bdnff`,". |
| " `sophy_observation`, `sophy_precision_geo`, `sophy_publication`, `sophy_releve`, `sophy_station`, `sophy_strate`,". |
| " `sophy_syntri`, `sophy_syntri_fournier`, `sophy_tableau`, `sophy_taxon`"; |
| $this->getBdd()->requeter($requete); |
| } |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // vérifie qu'il n'y est pas de fichier en double dans le dossier |
| // à faire avant d'insérer un nouveau dossier |
| private function executerTestDossier() { |
| $nomDossier = Config::get('dossierDonneesSophy').$this->getParametre('n'); |
| if (file_exists($nomDossier) === true) { |
| if (is_dir($nomDossier)) { |
| if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) { |
| while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) { |
| if ( !is_dir($nomFichier) ) { |
| if (preg_match('/^[ST]{1,2}(\d{2}1)(\d{2}0)\.*/', $nomFichier, $match)) { |
| // fichier normal type 001 à 010 |
| } elseif (preg_match('/^([ST]{1,2})(\d{3})(\d{3})\.*/', $nomFichier, $match)) { |
| if (($match[1]=='ST' || $match[1]=='T') && ($match[3] - $match[2] == 1)) { |
| // fichier normal type 1000 à 1010 |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier risque d'être en double."); |
| } |
| } |
| } |
| } |
| closedir($dossierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert."); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("$nomDossier n'est pas un dossier."); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable."); |
| } |
| } |
| |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Traitement du fichier biblio format csv |
| // /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertion -a biblio -n ./../donnees/sophy/BIBLIO.csv |
| private function executerBiblio() { |
| // Parcours le fichier .csv et enregistre chaque ligne dans un tableau. |
| $nomFichier = Config::get('dossierDonneesSophy').'BIBLIO.csv'; |
| if ($nomFichier && file_exists($nomFichier) ){ |
| $extensionFichier = strtolower(strrchr($nomFichier, '.')); |
| if ($extensionFichier === ".csv"){ |
| $file = new SplFileObject($nomFichier); |
| $file->setFlags(SplFileObject::SKIP_EMPTY); |
| $i = 0; |
| echo "Traitement de la biblio : "; |
| while (!$file->eof()){ |
| $ligne_csv = $file->fgetcsv(); |
| if (preg_match('/^\d+$/', $ligne_csv[0])){ |
| // récupére les colonnes du csv pour les transformer en table publication |
| $biblio = $this->transformerBiblio($ligne_csv); |
| // integre les publications à la bdd |
| $info = $this->dao->integrerBiblio($biblio); |
| $this->traiterInfo($info); |
| } |
| echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++; |
| } |
| echo "\n"; |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier de références bibliographiques : $nomFichier n'est pas au format csv."); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier de références bibliographiques : $nomFichier n'existe pas."); |
| } |
| } |
| |
| private function transformerBiblio($ligne_csv){ |
| $biblio['id_publi'] = $ligne_csv[0]; |
| $biblio['auteur'] = $ligne_csv[2].' '.$ligne_csv[3]; |
| $biblio['date'] = $ligne_csv[4]; |
| $biblio['titre'] = rtrim($ligne_csv[5].' '.$ligne_csv[6].' '.$ligne_csv[7].' '.$ligne_csv[8].' '.$ligne_csv[9]); |
| $biblio['revue'] = rtrim($ligne_csv[10].' '.$ligne_csv[11]); |
| $biblio['volume'] = $ligne_csv[12]; |
| $biblio['tome'] = $ligne_csv[13]; |
| $biblio['fascicule'] = $ligne_csv[14]; |
| $biblio['page_debut'] = $ligne_csv[15]; |
| $biblio['page_fin'] = $ligne_csv[16]; |
| return $biblio; |
| } |
| |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Traitement des fichiers stations |
| // /opt/lampp/bin/php cli.php insertion -a station -n ./../doc/donnees/ST/ |
| private function executerStation() { |
| // transforme les fichiers passés en un tableau |
| //de la forme [nom du fichier][index des tableaux][numéro de ligne] |
| $tableaux = $this->ouvrirDossier(Config::get('dossierDonneesSophy').'ST/'); |
| foreach ($tableaux as $fichier) { |
| foreach ($fichier as $tableau) { |
| if ($tableau[0] != "") { |
| // découpe la première ligne du tableau et insére les données dans la table tableau |
| $titre = $this->analyserTitreStation($tableau['0']); |
| for ($numReleve = 1; $numReleve < sizeof($tableau); $numReleve++) { |
| // découpe les autres lignes, insére les données dans la table station et retourne l'id de la station |
| if (trim($tableau[$numReleve]) == '') { |
| $id_station = 0; |
| } else { |
| $id_station = $this->analyserStation($tableau[$numReleve]); |
| } |
| // insére les données tableau et station dans la table relevé |
| $info = $this->dao->integrerReleve($titre, $numReleve, $id_station); |
| if ($info != '') { |
| $this->traiterErreur($info); |
| } |
| } |
| } |
| } |
| } |
| } |
| |
| private function analyserTitreStation($titre) { |
| $titreDecoupe = $this->decouperLigne($titre, $this->format_titre); |
| $info = $this->dao->integrerTableau($titreDecoupe); |
| if ($info != '') { |
| $this->traiterErreur($info); |
| } |
| return $titreDecoupe; |
| } |
| |
| private function analyserStation($ligne) { |
| $ligneDecoupe = $this->decouperLigne($ligne, $this->format_station); |
| $ligneDecoupe['latitude_wgs'] = null; |
| $ligneDecoupe['longitude_wgs'] = null; |
| // vérifie que les zéro du code sont présents |
| $ligneDecoupe = $this->analyserCodeDeptComm($ligneDecoupe); |
| // transforme les grades paris en degrés décimaux wms |
| $ligneDecoupe = $this->analyserCoordGrdParis($ligneDecoupe, $ligne); |
| // transforme les degrés sexagécimaux en degrés décimaux |
| $ligneDecoupe = $this->analyserCoordDmsWms($ligneDecoupe); |
| // transforme les degrés décimaux en UTM |
| $ligneDecoupe = $this->transformerCoordWmsUtm($ligneDecoupe); |
| $ligneDecoupe['nomStation'] = utf8_encode($ligneDecoupe['nomStation']); |
| $retour_requete = $this->dao->integrerStation($ligneDecoupe); |
| if ($retour_requete['info'] != '') { |
| $this->traiterErreur($retour_requete['info']); |
| } |
| return $retour_requete['id_station']; |
| } |
| private function executerStationCodeInsee() { |
| $this->dao->creerColonneCodeInseeCalculee(); |
| $liste_coordonnees = $this->dao->rechercherCoordonneesWgs(); |
| foreach ($liste_coordonnees as $coordonnees) { |
| $code_insee = $this->chercherCodeCommune($coordonnees['latitude'], $coordonnees['longitude']); |
| if ($code_insee != "") { |
| $this->dao->ajouterCodeInseeCalculee($coordonnees['latitude'], $coordonnees['longitude'], $code_insee); |
| } |
| } |
| } |
| |
| private function chercherCodeCommune($latitude, $longitude) { |
| $code_insee = ''; |
| if ($this->testerCoordonneesWgsFrance($latitude, $longitude)) { |
| $url_service = "www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/osm/nom-commune". |
| "?lat={$latitude}&lon={$longitude}"; |
| $url_service = str_replace(',', '.', $url_service); |
| $ch = curl_init($url_service); |
| curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true); |
| $reponse = curl_exec($ch); |
| $reponse = json_decode($reponse); |
| if (isset($reponse->codeINSEE)) { |
| $code_insee = $reponse->codeINSEE; |
| } |
| curl_close($ch); |
| } |
| return $code_insee; |
| } |
| |
| private function testerCoordonneesWgsFrance($latitude, $longitude) { |
| $coord_france = false; |
| if ($latitude != '' && $longitude != '') { |
| if ($latitude < 51.071667 && $latitude > 41.316667) { |
| if ($longitude < 9.513333 && $longitude > -5.140278) { |
| $coord_france = true; |
| } |
| } |
| } |
| return $coord_france; |
| } |
| private function analyserCodeDeptComm($ligneDecoupe) { |
| if (preg_match('/^\d{2}$/', $ligneDecoupe['codeDept'])) { |
| } elseif (preg_match('/^\s{0,1}\d{1,2}\s{0,1}$/',$ligneDecoupe['codeDept'])) { |
| $ligneDecoupe['codeDept'] = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeDept']); |
| } else { |
| $ligneDecoupe['codeDept'] = null; |
| } |
| if (preg_match('/^\d{3}$/', $ligneDecoupe['codeCommune'])) { |
| } elseif (preg_match('/^\s{0,2}\d{1,2,3}\s{0,2}$/', $ligneDecoupe['codeCommune'])) { |
| $ligneDecoupe['codeCommune'] = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeCommune']); |
| } elseif ($ligneDecoupe['codeDept'] == null) { |
| $ligneDecoupe['codeCommune'] = null; |
| } else { |
| $ligneDecoupe['codeCommune'] = '000'; |
| } |
| return $ligneDecoupe; |
| } |
| private function analyserCoordGrdParis($ligneDecoupe, $ligne) { |
| if (preg_match('/[\s0]0\.000/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) { |
| $ligneDecoupe['latitude'] = null; |
| $ligneDecoupe['longitude'] = null; |
| } elseif (preg_match('/\d{1,2}\.\d{2,3}/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {// format souhaité |
| $ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['latitude']*0.9, 7); |
| $ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['longitude']*0.9+2.3372291, 7); |
| } elseif (preg_match('/(\d{2})[\d\s,](\d{3})/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {//erreur de saisie |
| $ligneDecoupe['latitude'] = $match[1].'.'.$match[2]; |
| $ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['latitude']*0.9, 7); |
| $ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['longitude']*0.9 + 2.3372291, 7); |
| } elseif (preg_match('/^[a-zA-Z\s]*[a-zA-Z][a-zA-Z\s]*$/', $ligneDecoupe['latitude'])) {// lat absente + nom long |
| $ligneDecoupe['nomStation'] = rtrim(substr($ligne, 10, 48)); |
| $ligneDecoupe['latitude'] = null; |
| $ligneDecoupe['longitude'] = null; |
| } elseif (preg_match('/.[AO].123/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) { |
| $ligneDecoupe['latitude'] = null; |
| $ligneDecoupe['longitude'] = null; |
| } elseif ($ligneDecoupe['latitude'] != null) { |
| $ligneDecoupe['latitude'] = null; |
| $ligneDecoupe['longitude'] = null; |
| } |
| return $ligneDecoupe; |
| } |
| private function analyserCoordDmsWms($ligneDecoupe) { |
| if (preg_match('/(\d{1,2})\.(\d{2})\.(\d{2})/', $ligneDecoupe['latitude2'], $match)) { |
| $ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($match[1]+($match[2]/60)+($match[3]/3600), 7); |
| } |
| if (preg_match('/(-{0,1})(\d{1,2})\.(\d{2})\.(\d{2})/', $ligneDecoupe['longitude2'], $match)) { |
| $ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($match[2]+($match[3]/60)+($match[4]/3600), 7); |
| if ($match[1] == '-') { |
| $ligneDecoupe['longitude_wgs'] = -$ligneDecoupe['longitude_wgs']; |
| } |
| } |
| return $ligneDecoupe; |
| } |
| private function transformerCoordWmsUtm($ligneDecoupe) { |
| $ligneDecoupe['utmNorthing'] = null; |
| $ligneDecoupe['utmEasting'] = null; |
| $ligneDecoupe['utmZone'] = null; |
| if ($ligneDecoupe['longitude_wgs'] != null && $ligneDecoupe['latitude_wgs'] != null) { |
| $convertisseur = new gPoint(); |
| $convertisseur->setLongLat($ligneDecoupe['longitude_wgs'], $ligneDecoupe['latitude_wgs']); |
| $convertisseur->convertLLtoTM(); |
| $ligneDecoupe['utmNorthing'] = round($convertisseur->N(), 2); |
| $ligneDecoupe['utmEasting'] = round($convertisseur->E(), 2); |
| $ligneDecoupe['utmZone'] = $convertisseur->Z(); |
| |
| } |
| return $ligneDecoupe; |
| } |
| |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Traitement des fichiers tableaux |
| // /opt/lampp/bin/php cli.php insertion -a tableau -n ./../doc/donnees/T/ |
| private function executerTableau() { |
| $tableaux = $this->ouvrirDossier(Config::get('dossierDonneesSophy').'T/'); |
| $observations = array(); |
| foreach ($tableaux as $fichier) { |
| foreach ($fichier as $tableau) { |
| if ($tableau[0] != "") { |
| $this->observations = array(); |
| $titre = $this->decouperLigne($tableau[0], $this->format_titre); |
| $this->analyserTableau($tableau, $titre); |
| /*$info = $this->dao->integrerObservation($this->observations, $titre); |
| if ($info != '') { |
| $this->traiterErreur($info); |
| }*/ |
| } |
| } |
| } $this->tableauTaxon->integrerTaxons(); |
| } |
| |
| private function analyserTableau($tableau, $titre) { |
| if ($titre['typeTableau'] == ' ') { |
| $titre['typeTableau'] = 0; |
| } |
| switch ($titre['typeTableau']) { |
| case 0 : |
| for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) { |
| $ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['0']); |
| if (trim($ligneDecoupe['idTaxon']) == '' && trim($ligneDecoupe['abondance_rem']) == '' && |
| preg_match('/^\s+\*N\s*\*\s*$/', $ligneDecoupe['indetermine'])) { |
| for ($nombreReleve = 1; $nombreReleve <= $titre['nombreStations']; $nombreReleve ++) { |
| $this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli']; |
| $this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau']; |
| $this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_releve'] = $nombreReleve; |
| $this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_num_ligne'] = $ligneDecoupe['numLigne']; |
| $this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_taxon'] = 0; |
| $this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_strate'] = 0; |
| $this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_ce_abondance'] = '?'; |
| } |
| } else { |
| $this->creerObservType0($titre, $ligneDecoupe, $numeroLigne); |
| } |
| } |
| for ($nombreReleve = 1; $nombreReleve <= $titre['nombreStations']; $nombreReleve ++) { |
| $j = false; |
| for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) { |
| if (isset($this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve])) { |
| $j = true; |
| } |
| } |
| if ($j == false) { |
| $this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli']; |
| $this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau']; |
| $this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_releve'] = $nombreReleve; |
| $this->observations[0][$nombreReleve]['sc_num_ligne'] = 0; |
| $this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_taxon'] = 0; |
| $this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_strate'] = 0; |
| $this->observations[0][$nombreReleve]['sc_ce_abondance'] = '?'; |
| } |
| } |
| break; |
| case 2 : |
| $numSource = 0; $numReleve = 0; |
| for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) { |
| $ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['2']); |
| if ($ligneDecoupe['numSource'] != $numSource) { |
| // $numSource correspond au numero à la station par l'auteur, |
| // $numReleve correspond à l'id de la station |
| $numSource = $ligneDecoupe['numSource']; |
| $numReleve ++; |
| } |
| if (strlen(trim($tableau[$numeroLigne])) < 10) { |
| $this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli']; |
| $this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau']; |
| $this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_releve'] = $numReleve; |
| $this->observations[$numeroLigne][1]['sc_num_ligne'] = 0; |
| $this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_taxon'] = 0; |
| $this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_strate'] = 0; |
| $this->observations[$numeroLigne][1]['sc_ce_abondance'] = '?'; |
| } else { |
| $this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne); |
| } |
| } |
| break; |
| case 6 : |
| $numSource = 0; $numReleve = 0; |
| for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) { |
| $ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['6']); |
| $num = (preg_match('/[\dA-Z]+\s+[\dA-Z]+/', $ligneDecoupe['numSource'].$ligneDecoupe['posteMeteo'])) |
| ? ltrim($ligneDecoupe['numSource']) |
| : $ligneDecoupe['numSource'].$ligneDecoupe['posteMeteo']; |
| if ($num !== $numSource) { |
| $numSource = $num; |
| $numReleve ++; |
| } |
| $this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne); |
| } |
| break; |
| case 7 : |
| $numSource = 0; $numReleve = 0; |
| for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) { |
| $ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['7']); |
| if (trim($ligneDecoupe['numReleve']) !== $numSource) { |
| $numSource = trim($ligneDecoupe['numReleve']); |
| $numReleve ++; |
| } |
| $this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne); |
| } |
| break; |
| default : |
| for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) { |
| $ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['0']); |
| $this->creerObservType0($titre, $ligneDecoupe); |
| } |
| break; |
| } |
| return $ligneDecoupe; |
| } |
| // crée des observations au format de la table à partir d'un tableau de type standard (0) |
| private function creerObservType0($titre, $ligneDecoupe, $numeroLigne) { |
| $observation = null; |
| // Retourne l'id du taxon dans la bd sophy |
| $idTaxon = $this->identifierTaxon($titre['nombreStations'], $ligneDecoupe, $numeroLigne); |
| // découpe le champs abondance_rem ou indetermine selon le nombre de relevés |
| $remAbondance = substr( |
| ($ligneDecoupe['abondance_rem'] != null) ? $ligneDecoupe['abondance_rem'] : $ligneDecoupe['indetermine'], |
| 0, $titre['nombreStations']); |
| // si aucun relevé ne contient d'abondance pour un taxon, ajout d'une abondance ? pour ce taxon |
| if (trim($remAbondance) == '') { |
| $remAbondance = '?'; |
| } |
| for ($numReleve = 1; $numReleve <= $titre['nombreStations']; $numReleve++) { |
| if ($remAbondance === '?' && $numeroLigne === 1) { |
| $abondance = '?'; |
| } else { |
| $abondance = substr($remAbondance, ($numReleve-1), 1); |
| } |
| if ($abondance != '' && $abondance != ' ') { |
| $this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli']; |
| $this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau']; |
| $this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_releve'] = $numReleve; |
| $this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_num_ligne'] = $numeroLigne; |
| $this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_taxon'] = $idTaxon; |
| if ($ligneDecoupe['strate'] != null) { |
| $this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_strate'] = $ligneDecoupe['strate']; |
| } else { |
| $this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_strate'] = 0; |
| } |
| $this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_ce_abondance'] = $abondance; |
| } |
| } |
| } |
| // crée des observations au format de la table à partir d'un tableau de type 2, 6 ou 7 (10 plantes en lignes) |
| private function creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne) { |
| $observation = null; |
| for ($i = 1; $i < 11; $i++) { |
| // si le numéro de taxon et l'abondance ne sont pas nulls |
| if ((($ligneDecoupe['abondance'.$i] == '' || $ligneDecoupe['abondance'.$i] == '0') && |
| (trim($ligneDecoupe['codeFournier'.$i]) == '' || $ligneDecoupe['codeFournier'.$i] == '0'))) { |
| } else { |
| $positionTaxon = $ligneDecoupe['numLigne']*10 + $i - 10; |
| $this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli']; |
| $this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau']; |
| $this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_releve'] = $numReleve; |
| $this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_num_ligne'] = $positionTaxon; |
| $idTaxon = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeFournier'.$i]); |
| $this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_taxon'] = |
| $this->identifierTaxon2($idTaxon, $titre['typeTableau']); |
| if ($ligneDecoupe['strate'.$i] != null) { |
| $this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_strate'] = $ligneDecoupe['strate'.$i]; |
| } else { |
| $this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_strate'] = 0; |
| } |
| if ($ligneDecoupe['abondance'.$i] == '' || $ligneDecoupe['abondance'.$i] == '0') { |
| $this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_ce_abondance'] = '?'; |
| } else { |
| $this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_ce_abondance'] = $ligneDecoupe['abondance'.$i]; |
| } |
| } |
| } |
| } |
| |
| private function identifierTaxon2($idTaxon, $typeTableau) { |
| $id = 0; |
| if ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 75000) { |
| $id = $this->tableauTaxon->getId(75000, 'algues'); |
| } elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 85000) { |
| $id = $this->tableauTaxon->getId(85000, 'characees'); |
| } elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 90000) { |
| $id = $this->tableauTaxon->getId(90000, 'bryo'); |
| } elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 95000) { |
| $id = $this->tableauTaxon->getId(95000, 'lichen'); |
| } elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon >= 90000) { |
| $idTaxon -= 90000; |
| $id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'bryo'); |
| } elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon >= 20000) { |
| $idTaxon -= 20000; |
| $id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'floeur'); |
| } else { |
| if ($typeTableau == 2 && ($idTaxon != '00000' && $idTaxon != '')) { |
| $idTaxon = (substr($idTaxon, 0, 2) - 1)*600 + |
| (substr($idTaxon, 2, 2) - 11)*10 + (substr($idTaxon, 4, 1) + 1); |
| } elseif ($idTaxon != '00000' && $idTaxon != '') { |
| $idTaxon = ltrim($idTaxon, "0"); |
| } else { |
| $idTaxon = 0; |
| } |
| $id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'fournier'); |
| } |
| return $id; |
| } |
| |
| // fonctions nécessaires pour les tableaux de type standard (0) |
| private function identifierTaxon($nombreReleves, $ligneDecoupe, $numeroLigne) { |
| // decoupe le champs remarque |
| if ($ligneDecoupe['abondance_rem'] != null) { |
| $rem = trim(substr($ligneDecoupe['abondance_rem'], (int) ltrim($nombreReleves), strlen($ligneDecoupe['abondance_rem']))); |
| } else { |
| $rem = substr($ligneDecoupe['indetermine'], (int) ltrim($nombreReleves), strlen($ligneDecoupe['indetermine'])); |
| } |
| $remAnalyse = $this->analyserRemarque($rem, $numeroLigne); |
| $id = 0; |
| if ($ligneDecoupe['idTaxon'] != null) { |
| $idTaxon = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['idTaxon']); |
| switch ($idTaxon) { // probleme code dans les 80000 attentes reponses brisse |
| case 0 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, 00000); break; |
| case 00000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon); break; |
| case 20000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'floeur'); break; |
| case 75000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'algues'); break; |
| case 85000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'characees'); break; |
| case 90000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'bryo'); break; |
| case 95000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'lichen'); break; |
| default : |
| if ($idTaxon < 1100) { |
| $id = $this->recupererId($remAnalyse, 0); |
| }elseif ($idTaxon < 20000) { |
| // transformer code fournier en numéro fournier |
| $numeroFournier = (substr($idTaxon, 0, 2) - 1)*600 + (substr($idTaxon, 2, 2) - 11)*10 + |
| (substr($idTaxon, 4, 1) + 1); |
| $id = $this->recupererId($remAnalyse, $numeroFournier, 'fournier'); break; |
| } elseif ($idTaxon < 90000) { |
| $idTaxon -= 20000; |
| $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'floeur'); break; |
| } else { |
| $idTaxon -= 90000; |
| $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'bryo'); break; |
| } |
| break; |
| } |
| } else { |
| $id = $this->recupererId($remAnalyse, 0); |
| } |
| return $id; |
| } |
| |
| private function recupererId($remAnalyse, $idTaxon, $flore = 'ind') { |
| if ($remAnalyse['presence'] == true) { |
| $id = $this->tableauTaxon->getId($remAnalyse['num'], $remAnalyse['flore'], $remAnalyse['nom'], |
| $flore, $idTaxon, $remAnalyse['remarques']); |
| } else { |
| $id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, $flore); |
| } |
| return $id; |
| } |
| |
| private function analyserRemarque($rem, $numeroLigne) { |
| $taxon['presence'] = false; |
| if ($rem != '') { |
| $taxon['flore'] = 'ind'; |
| $taxon['num'] = 0; |
| $taxon['nom'] = null; |
| $taxon['remarques'] = null; |
| $remAsterique = preg_split('/\*/', $rem); |
| // recuperer le numero et/ou le nom qui sont en remarque |
| foreach ($remAsterique as $morceauRem) { |
| if ($morceauRem == 'N000000') { |
| } elseif (preg_match('/^[A-Z]{1,2}\s{5,6}$/', $morceauRem)) { |
| } elseif (preg_match('/^[\s0]*$/', $morceauRem)) { |
| } elseif (preg_match('/^([A-Z]{1,2})([0\s]{5,6})$/', $morceauRem)) { |
| } elseif (preg_match('/^[\d\s]{5}\d$/', $morceauRem)) { |
| $taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $morceauRem), '0'); |
| $taxon['flore'] = 'syntri'; |
| $taxon['presence'] = true; |
| } elseif (preg_match('/^\s*(\d[\d\s]+\d)\s*$/', $morceauRem, $match)) { |
| $taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $match[1]), '0'); |
| $taxon['flore'] = 'syntri'; |
| $taxon['presence'] = true; |
| } elseif (preg_match('/^\s*[A-Za-z][a-z\s\.()]+$/', $morceauRem)) { |
| $taxon['nom'] = $morceauRem; |
| $taxon['presence'] = true; |
| } elseif (preg_match('/^\s*("\s*[\s"]*)([A-Za-z][A-Za-z\s\.()]+)$/', $morceauRem, $match)) { |
| foreach ($this->observations[$numeroLigne-1] as $obsPrec) { |
| $idPrec = $obsPrec['sc_id_taxon']; |
| } |
| $nombreQuote = substr_count($match[1], '"'); |
| $nomPrec = preg_split('/\s/', $this->tableauTaxon->getNom($idPrec)); $nom = ''; |
| if (preg_match('/^(x|var|ssp)/', $match[2])) { |
| } elseif ($nombreQuote == 2 || $nombreQuote == 4) { |
| $nombreQuote = $nombreQuote/2; |
| } |
| for ($i = 0; $i < $nombreQuote; $i++) { |
| if ($i < count($nomPrec)) { |
| $nom .= $nomPrec[$i]." "; |
| } |
| } |
| $taxon['nom'] = $nom.$match[2]; |
| $taxon['remarques'] = $morceauRem; |
| $taxon['presence'] = true; |
| } elseif (preg_match('/^([A-Z]{1,2})([\d\s]{4,5}\d)$/', $morceauRem, $match) || |
| preg_match('/^(\s{1,2})([\d\s]{4,5}\d)$/', $morceauRem, $match)) { |
| switch (trim($match[1])) { |
| case 'S' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break; |
| case 'CI' : $taxon['flore'] = 'ciff'; break; |
| case 'C' : $taxon['flore'] = 'codefr94'; break; |
| case 'BD' : $taxon['flore'] = 'bdnff'; break; |
| case 'N' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break; |
| case '' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break; |
| default : $taxon['flore'] = 'ind'; break; |
| } |
| $taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $match[2]), '0'); |
| $taxon['presence'] = true; |
| } else { |
| $morceauRem = trim($morceauRem); |
| if ($morceauRem != '' && $morceauRem != null) { |
| $taxon['remarques'] = $morceauRem; |
| $taxon['presence'] = true; |
| } |
| } |
| } |
| } |
| return $taxon; |
| } |
| |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Fonction Statistiques |
| private function executerStats() { |
| $nombreTotalLignesTable = $this->dao->getNombreLigne($this->param_bd_pour_stat); |
| print_r($nombreTotalLignesTable); |
| } |
| |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Fonction générale |
| private function ouvrirDossier($nomDossier) { |
| $tableaux = null; |
| if (file_exists($nomDossier) === true) { |
| if (is_dir($nomDossier)) { |
| if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) { |
| while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) { |
| if ( !is_dir($nomFichier) ) { |
| $nomFichier = $nomDossier.$nomFichier; |
| $tableaux[$nomFichier] = $this->ouvrirFichier($nomFichier); |
| } |
| } |
| closedir($dossierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert."); |
| } |
| } else { |
| $tableaux[$nomDossier] = $this->ouvrirFichier($nomDossier); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable."); |
| } |
| return $tableaux; |
| } |
| |
| // Prend en entree un fichier et retourne un tableau de Tableau phytosocio ou stations |
| private function ouvrirFichier($nomFichier) { |
| $tableauxDecoupes = null; |
| $clefTableau = 0; |
| $clefLigne = 0; |
| if (file_exists($nomFichier) === true) { |
| if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) { |
| while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) { |
| if (preg_match('/^.*9{10}.*$/', $ligne)) { |
| $clefTableau ++ ; |
| $clefLigne = 0; |
| } else { |
| $tableauxDecoupes[$clefTableau][$clefLigne] = rtrim($ligne, " \t"); |
| $clefLigne ++; |
| } |
| } |
| fclose($fichierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'a pas pu être ouvert."); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier est introuvable."); |
| } |
| return $tableauxDecoupes; |
| } |
| |
| // utilise les tableaux format_titre ou format_station pour découper les lignes |
| private function decouperLigne($ligne, $format) { |
| $ligne = rtrim($ligne); |
| $taille = strlen($ligne); |
| foreach ($format as $param => $position) { |
| // si la taille de la ligne est inférieure à la taille du champs que l'on veut récupérer |
| if ($taille < ($position[0]+$position[1])) { |
| // on met à null sauf dans certains formats |
| $ligneDecoupe[$param] = null; |
| if (isset($format['numLigne'])) { |
| $ligneDecoupe['indetermine'] = rtrim(substr($ligne, $position[0], $taille)); |
| } |
| } else { |
| $ligneDecoupe[$param] = trim(substr($ligne, $position[0], $position[1])); |
| } |
| } |
| return $ligneDecoupe; |
| } |
| } |
| ?> |