| New file |
|---|
| 0,0 → 1,295 |
|---|
| <?php |
| // Encodage : UTF-8 |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| /** |
| * Traitement des fichiers de la banque de données SOPHY pour insertion |
| * |
| * Description : classe permettant d'insérer les flores nécessaires à l'étude des données issues de SOPHY. |
| * Avant d'utiliser cette classe nettoyer les fichiers pour ne garder que les lignes à insérer. |
| * Utilisation : php script.php insertionFlore -a test |
| * |
| * @category PHP 5.3 |
| * @package phytosocio |
| //Auteur original : |
| * @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org> |
| * @copyright Copyright (c) 2009, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org) |
| * @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL-v3 |
| * @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL-v2 |
| * @version $Id$ |
| */ |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| class Insertionflore extends Script { |
| |
| protected $dao; |
| protected $dossier; |
| protected $flore; |
| protected $parametres_autorises = array( |
| '-n' => array(true, true, 'Nom du fichier ou du dossier à traiter')); |
| |
| public function executer() { |
| include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/FloreDao.php'; |
| Config::charger(dirname(__FILE__).'/sophy.ini'); |
| $this->dossier = Config::get('dossierDonneesSophy').'FLORE/'; |
| $this->dao = new FloreDao(); |
| // Récupération de paramètres |
| // Lancement de l'action demandée |
| $cmd = $this->getParametre('a'); |
| switch ($cmd) { |
| case 'florenbi' : // fournier |
| $this->executerFlorenbi(); |
| break; |
| case 'bdnff' : // bdnff |
| $this->executerBdnff(); |
| break; |
| case 'listepla' : // fournier/bdnff |
| $this->executerListePla(); |
| break; |
| case 'floeur' : // flora europea |
| $this->executerFloeur(); |
| break; |
| case 'bryo' : // bryophyte |
| $this->executerBryo(); |
| break; |
| case 'syntri' : //syntri : numéro complémentaire |
| $this->executerSyntri(); |
| break; |
| case 'ciff' : // CIFF CIFF/BDNFF |
| $this->executerCiff(); |
| break; |
| case 'donneebb' : // Num_nom num_tax bdnff |
| $this->executerDonneebb(); |
| break; |
| case 'codefr' : // CODEFR94 |
| $this->executerCodefr(); |
| break; |
| default : |
| $this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd)); |
| } |
| } |
| |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Traitement du fichier flore florenbi qui contient tous codes, numéro et nom fournier |
| // /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertionflore -a florenbi -n ./../donnees/sophy/2010-12-02/FLORE/FLORENBI |
| private function executerFlorenbi() { |
| $nomFichier = $this->dossier.'FLORENBI'; |
| if (file_exists($nomFichier) === true) { |
| if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) { |
| $nom = ''; |
| while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) { |
| if (preg_match('/^\s{2}[\d\s]{4}\s([\d\s]{3}\d)\s{2}([\d\s]\d\.\d\d\.\d)\s[\d\s]{5}[A-Z\s]\s(\d)\s*(.+)$/', $ligne, $champs)) { |
| // si le rang taxonomique est inf à 4 (subsp et var) |
| if ($champs[3] < 4) { |
| $flore[$champs[1]] = $champs[4]; |
| $nom = trim($champs[4]); |
| } else { |
| $flore[$champs[1]] = $nom." ".$champs[4]; |
| } |
| } |
| } |
| $info = $this->dao->integrerFlore($flore, 'fournier'); |
| $this->traiterErreur($info); |
| } |
| fclose($fichierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier {$fichier} n'existe pas."); |
| } |
| } |
| |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Traitement du fichier flore florenbi qui contient tous codes, numéro et nom fournier |
| // /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertionflore -a florenbi -n ./../donnees/sophy/2010-12-02/FLORE/FLORENBI |
| private function executerBdnff() { |
| $nomFichier = $this->dossier.'bdnffv5.csv'; |
| if (file_exists($nomFichier) === true) { |
| $this->dao->chargerDonnees($nomFichier, 'sophy_bdnff'); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas."); |
| } |
| } |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Traitement du fichier flore listePla qui contient numéro de fournier, nom de fournier, numéro bdnff, nom bdnff |
| // /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a listepla -n ./../doc/jeux_test/FLORE/LISTEPLA.csv |
| private function executerListePla() { |
| // Parcours le fichier .csv et enregistre chaque ligne dans un tableau. |
| $nomFichier = $this->dossier.'LISTEPLA.csv'; |
| if ($nomFichier && file_exists($nomFichier) ){ |
| $extensionFichier = strtolower(strrchr($nomFichier, '.')); |
| if ($extensionFichier === ".csv"){ |
| $file = new SplFileObject($nomFichier); |
| $file->setFlags(SplFileObject::SKIP_EMPTY); |
| $i = 0; |
| echo "Traitement de LISTEPLA : "; |
| while (!$file->eof()){ |
| $flore = $this->transformerFournierBdnff($file->fgetcsv()); |
| echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++; |
| } |
| echo "\n"; |
| //$info = $this->dao->integrerFlore($this->flore['bdnff'], 'bdnff'); |
| $info .= $this->dao->integrerFlore($this->flore['correspondance'], 'fournier_bdnff'); |
| $this->traiterErreur($info); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'est pas au format csv."); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'existe pas."); |
| } |
| } |
| |
| private function transformerFournierBdnff($ligne_csv){ |
| //$this->flore['bdnff'][$ligne_csv[5]] = $ligne_csv[6]; |
| $this->flore['correspondance'][$ligne_csv[3]] = $ligne_csv[5]; |
| } |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Traitement du fichier flore floeur.bis qui contient numéro et nom de flora europea |
| // /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a floeur -n ./../doc/jeux_test/FLORE/FLOEUR.BIS |
| private function executerFloeur() { |
| $nomFichier = $this->dossier.'FLOEUR.BIS'; |
| if (file_exists($nomFichier) === true) { |
| if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) { |
| $i = 0; |
| while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) { |
| if (preg_match('/^\s[\d\s]{9}[\d\sA-Z]\s([\d\s]{4}\d)\s(.{71})[\s\d]{2}/', $ligne, $champs)) { |
| $this->flore[$champs[1]] = trim($champs[2]); |
| } |
| } |
| $info = $this->dao->integrerFlore($this->flore, 'flora_europea'); |
| $this->traiterErreur($info); |
| } |
| fclose($fichierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas."); |
| } |
| } |
| |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Traitement du fichier flore codebry qui contient numéro et nom des bryophytes |
| // /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a bryo -n ./../doc/jeux_test/FLORE/codebry.txt |
| private function executerBryo() { |
| $nomFichier = $this->dossier.'codebry.txt'; |
| if (file_exists($nomFichier) === true) { |
| if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) { |
| $i = 0; |
| while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) { |
| if (preg_match('/^\s([\d\s]{4})\s[\d\s][\d\s]{4}\s{2}\d\s*(.*)\s[\d\s]{4}/', $ligne, $champs)) { |
| if ($champs[1] != 0) { |
| $this->flore[$champs[1]] = trim($champs[2]); |
| } |
| } |
| } |
| $info = $this->dao->integrerFlore($this->flore, 'bryophyte'); |
| $this->traiterErreur($info); |
| } |
| fclose($fichierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas."); |
| } |
| } |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Traitement du fichier flore Syntri qui contient numéro de fournier, numéro syntri, nom syntri |
| // /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a syntri -n ./../doc/jeux_test/FLORE/SYNTRI.TXT |
| private function executerSyntri() { |
| $nomFichier = $this->dossier.'SYNTRI.TXT'; |
| if (file_exists($nomFichier) === true) { |
| if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) { |
| $i = 0; |
| while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) { |
| if (preg_match('/^(\d+)\s{2}\d\s([A-Z,\-\'\.()\s]+[A-Z,\-\'\.()])\s+([\d\s]+)$/', trim($ligne), $champs)) { |
| $syntri = preg_split('/\s+/', $champs[3]); |
| if (count($syntri) == 3) { |
| $num = $syntri[1]; |
| } elseif (count($syntri) == 1){ |
| $num = $syntri[0]; |
| } |
| if (isset($flore['correspondance'][$num])) { |
| $flore['syntri'][$num] = $flore['syntri'][$num].$champs[2]; |
| } else { |
| $flore['correspondance'][$num] = $champs[1]; |
| $flore['syntri'][$num] = $champs[2]; |
| } |
| $i++; |
| } |
| } |
| $info = $this->dao->integrerFlore($flore['syntri'], 'syntri'); |
| $info .= $this->dao->integrerFlore($flore['correspondance'], 'syntri_fournier'); |
| $this->traiterErreur($info); |
| } |
| fclose($fichierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas."); |
| } |
| } |
| |
| |
| // /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a ciff -n ./../doc/jeux_test/FLORE/ciff.txt |
| private function executerCiff() { |
| $nomFichier = $this->dossier.'ciff.txt'; |
| if (file_exists($nomFichier) === true) { |
| if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) { |
| $i = 0; |
| while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) { |
| if (preg_match('/^(\d*)\t([A-Za-z].*)\t(\d*)\t\d*/', $ligne, $champs)) { |
| $flore['ciff'][$champs[1]] = $champs[2]; |
| if ($champs[3] != '') { |
| $flore['correspondance'][$champs[1]] = $champs[3]; |
| } |
| } |
| } |
| $info = $this->dao->integrerFlore($flore['ciff'], 'ciff'); |
| $info .= $this->dao->integrerFlore($flore['correspondance'], 'ciff_bdnff'); |
| $this->traiterErreur($info); |
| } |
| fclose($fichierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas."); |
| } |
| } |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Traitement du fichier flore donneebb.tri qui contient le numero tax t numero nomenclatural de la bdnff |
| // num_tax||num_nom||num_nom_retenu||?||nom |
| // /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a donneebb -n ./../doc/jeux_test/FLORE/donneebb.tri |
| private function executerDonneebb() { |
| $nomFichier = $this->dossier.'donneebb.tri'; |
| if (file_exists($nomFichier) === true) { |
| if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) { |
| while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) { |
| if (preg_match('/^([\d\s]{4}\d)\|([\d\s]{5})\|([\d\s]{5})\|/', $ligne, $champs)) { |
| if (!isset($this->flore[$champs[1]])) { |
| $this->flore[$champs[2]]['num_tax'] = $champs[1]; |
| if (trim($champs[3]) != '') { |
| $this->flore[$champs[2]]['num_nom_retenu'] = $champs[3]; |
| } else { |
| $this->flore[$champs[2]]['num_nom_retenu'] = $champs[2]; |
| } |
| } |
| } |
| } |
| $info = $this->dao->ajouterColonnes($this->flore, 'sophy_bdnff'); |
| $this->traiterErreur($info); |
| } |
| fclose($fichierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas."); |
| } |
| } |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Traitement du fichier flore codefr94 qui contient numéro et nom codefr94 |
| // /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a ciff -n ./../doc/jeux_test/FLORE/CODEFR94 |
| private function executerCodefr() { |
| $nomFichier = $this->dossier.'CODEFR94'; |
| if (file_exists($nomFichier) === true) { |
| if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) { |
| $i = 0; |
| while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) { |
| if (preg_match('/^([\d\s]{5})[\d\s]{7}(.*)/', $ligne, $champs)) { |
| $flore[$champs[1]] = trim($champs[2]); |
| } |
| } |
| $info = $this->dao->integrerFlore($flore, 'codefr94'); |
| $this->traiterErreur($info); |
| } |
| fclose($fichierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas."); |
| } |
| } |
| } |