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/branches/v2.0-betulales/services/modules/Resultat.php
New file
0,0 → 1,143
<?php
/**
* Service fournissant des données sur les résultats d'un traitement.
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
*
* @category Php 5.2
* @package Referentiel
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @copyright 2010 Tela-Botanica
* @version $Id$
*/
class Resultat extends Ref {
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type GET.
*/
public function getElement($params_url = array()) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Nour recherchons le type de requête demandé
$p = $this->traiterParametresUrl(array('type'), $params_url, false);
extract($p);
if (!is_null($type)) {
$methode = 'getElement'.$type;
if (method_exists($this, $methode)) {
array_shift($params_url);
$info = $this->$methode($params_url);
} else {
$this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible.";
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
/** Méthode pour récupérer le nombre de résultat d'un traitement donné.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Resultat/Nombre/id_traitement
*
* @return mixed le nombre de résultat ou false en cas d'échec.
*/
public function getElementNombre($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('id'), $params_url);
extract($p);
$requete = 'SELECT COUNT(*) AS nbre '.
"FROM ref_resultat ".
"WHERE ce_traitement = $id ";
// Récupération des résultats
try {
$nbre = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
if ($nbre === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $nbre;
}
/** Méthode pour récupérer les infos d'un résultat.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Resultat/Info/id_resultat
*
* @return mixed les infos du résultat ou false en cas d'échec.
*/
public function getElementInfo($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('id'), $params_url);
extract($p);
$requete = 'SELECT * '.
"FROM ref_resultat ".
"WHERE id_resultat = $id ";
// Récupération des résultats
try {
$infos = $this->bdd->query($requete)->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($infos === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $infos;
}
/** Méthode pour récupérer des infos partielles (id, nom, resultat) des résultats d'un traitement.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Resultat/Traitement/id_traitement
*
* @return mixed le tableau de tableau d'infos ou false en cas d'échec.
*/
public function getElementTraitement($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('id'), $params_url);
extract($p);
$requete = 'SELECT * '.
"FROM ref_resultat ".
"WHERE ce_traitement = $id ";
// Récupération des résultats
try {
$infos = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($infos === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $infos;
}
/**
* Méthode appelée pour ajouter un traitement.
*
* @return mixed l'id du nouvel enregistrement ou false!
*/
public function createElement($params_post) {
$params_proteges = $this->traiterParametresPost(array('id_traitement', 'nom', 'description', 'resultat', 'message'), $params_post);
extract($params_proteges);
$meta_date_creation = $this->bdd->quote(date ("Y-m-d H:i:s"));
try {
$requete = "INSERT INTO ref_resultat ".
' (ce_traitement, nom, description, resultat, message, meta_date_creation) '.
" VALUES ($id_traitement, $nom, $description, $resultat, $message, $meta_date_creation) ";
$resultat = $this->bdd->exec($requete);
if ($resultat === false) {
$id = false;
$this->debug[] = "Résultat NON ajouté.";
} else {
$id = $this->bdd->lastInsertId();
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage(), $requete);
}
$this->envoyer($id);
}
}
?>
/branches/v2.0-betulales/services/modules/Referentiel.php
New file
0,0 → 1,384
<?php
/**
* Service fournissant des données de la table contenant le référentiel de travail.
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
*
* @category Php 5.2
* @package Referentiel
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @copyright 2010 Tela-Botanica
* @version $Id$
*/
class Referentiel extends Ref {
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type GET.
*/
public function getElement($params_url = array()) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Nour recherchons le type de requête demandé
$p = $this->traiterParametresUrl(array('type'), $params_url, false);
extract($p);
if (!is_null($type)) {
$methode = 'getElement'.$type;
if (method_exists($this, $methode)) {
array_shift($params_url);
$info = $this->$methode($params_url);
} else {
$this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible.";
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
/* Méthode pour récupérer les infos sur les référentiels disponibles
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /RefReferentiel/tout/code_du_referentiel
*/
public function getElementDispo($params_url) {
$requete = 'SHOW TABLES ';
$donnees = false;
// Récupération des résultats
try {
$tables = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, 0);
if ($tables !== false) {
foreach ($tables as $table) {
if (preg_match('/^([a-z]+)_meta$/', $table, $match)) {
$donnees[] = $match[1];
}
}
} else {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $donnees;
}
/* Méthode pour récupérer les noms d'un référentiel.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Referentiel/tout/code_du_referentiel?start=0&limit=1000
*/
public function getElementTout($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
extract($p);
$donnees = false;
if (!is_null($projet)) {
$requete = ($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '.
"FROM $projet ".
'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'num_nom ASC').' '.
"LIMIT $this->start, $this->limit ";
$this->debug[] = $requete;
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else {
$donnees_tmp = $donnees;
$donnees = array();
foreach ($donnees_tmp as &$nom) {
$donnees[$nom['num_nom']] = $nom;
unset($nom);
}
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
}
return $donnees;
}
/* Méthode pour récupérer le nombre de noms présents dans un référentiel.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /RefReferentiel/nombre/code_du_referentiel
*/
public function getElementNombre($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
extract($p);
$nbre = false;
if (!is_null($projet)) {
$requete = 'SELECT COUNT(*) AS nbre '.
"FROM $projet ";
// Récupération des résultats
try {
$nbre = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
if ($nbre === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
}
return $nbre;
}
/* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel
*/
public function getElementNom($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
extract($p);
$nom = false;
if (!is_null($projet)) {
$requete = "SELECT titre FROM {$projet}_meta WHERE id_meta = (SELECT MAX(id_meta) FROM {$projet}_meta);";
// Récupération des résultats
try {
$nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
if ($nom === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
}
return $nom;
}
/* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel
*/
public function getElementDateMiseAJour($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
extract($p);
$nom = false;
if (!is_null($projet)) {
$requete = 'SELECT UPDATE_TIME '.
'FROM information_schema.tables '.
'WHERE TABLE_SCHEMA = \'referentiels\' '.
'AND TABLE_NAME = \''.$projet.'\'';
// Récupération des résultats
try {
$nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
if ($nom === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
}
return $nom;
}
/* Méthode pour récupérer certains champs et noms pour l'export
* Appelée avec les paramètres d'url suivant :
* /Recherche/Export/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, version, champs, filtre
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementExport($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
$p = $this->traiterParametresUrl(array("ref","version","champs","filtre"), $param, false);
$ref = $p['ref'].'_v'.$p['version'];
$racine_tmp = $this->config['chemins']['chemin_tmp'];
$dossier = $racine_tmp.date('Y_m_d').'/';
if(!is_dir($dossier)){
mkdir($dossier);
chmod($dossier, 0777);
}
$fichier = $dossier.$ref."_".time().'.csv';
if (isset($p['champs'])) {
$champs = $this->formaterColonnes($p['champs'], $ref);
$requete = 'SELECT "'.implode('","', $champs['titre']).'" UNION (SELECT '.implode(', ',$champs['select']).
" INTO OUTFILE '".$fichier."' CHARACTER SET utf8 FIELDS TERMINATED BY '\t' OPTIONALLY ENCLOSED BY '' LINES TERMINATED BY '\n' ".
" FROM $ref a left join $ref b on b.num_nom=a.num_nom_retenu";
if (isset($p['filtre']) && $p['filtre'] != "*") {
$param_filtres = explode(",",$p["filtre"]);
$dernier_filtre = array_pop($param_filtres);
$filtres = array("nnr"=>"a.num_nom = a.num_nom_retenu", "pre" => "a.presence = 'P'");
if (!isset($filtres[$dernier_filtre])) { // si il s'agit du filtre famille
$filtres["fam"] = "a.famille = '".$dernier_filtre."'";
$dernier_filtre = "fam";
}
array_push($param_filtres, $dernier_filtre);
$requete .= " WHERE ".implode(" AND ",array_intersect_key($filtres, array_flip($param_filtres)));
}
$requete .= ")";
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";
} else {
$info = $donnees;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;
}
}
return $fichier;
}
private function formaterColonnes($colonnes, $ref) {
$colonnesOrdonnees = array("nn" => array("a.num_nom", "num_nom", "Numéro nomenclatural"),
"nr" => array("a.num_nom_retenu", "num_nom_retenu", "Numéro nomenclatural du nom retenu"),
"nt" => array("a.num_taxonomique", "num_taxonomique", "Numéro taxonomique"),
"cd" => array("a.cd_nom", "cd_nom", "Numéro INPN"),
"rg" => array("a.rang", "rang", "Code rang"),
"fam" => array("a.famille", "famille", "Famille (APG III)"),
"nsc" => array("concat(a.nom_sci,' ',a.auteur)", "nom_sci", "Nom avec auteur"),
"bibc" => array("concat(a.annee,' ',a.biblio_origine)", "annee", "Année et bibliographie"),
"nsrc" => array("concat(b.nom_sci,' ',b.auteur) as nom_sci_retenu_complet", "auteur", "Nom retenu avec auteur"),
"nf" => array("a.nom_francais", "nom_francais", "Nom français normalisé"),
"extax" => array("if (a.exclure_taxref = 1, 0, 1)", "exclure_taxref", "Présent dans Taxref"),
"lien" => array("concat('http://www.tela-botanica.org/bdtfx-nn-',a.num_nom)", "num_nom", "Permalien"),
"ntsup" => array("a.num_tax_sup", "num_tax_sup", "Numéro nomenclatural rang supérieur"),
"pre" => array("a.presence", "presence", "Répartition géographique"),
"ns" => array("a.nom_sci", "nom_sci", "Nom sans auteur"),
"aut" => array("a.auteur", "auteur", "Auteur"),
"ann" => array("a.annee", "annee", "Année publication"),
"bib" => array("a.biblio_origine", "biblio_origine", "Bibliographie"),
"ntype" => array("a.num_type", "num_type", "Numéro du type"),
"nbas" => array("a.num_basionyme", "num_basionyme", "Numéro du basionyme"),
"genre" => array("a.genre", "genre", "Genre"),
"esp" => array("a.epithete_sp", "epithete_sp", "Epithète espèce"),
"eing" => array("a.epithete_infra_generique", "epithete_infra_generique", "Epithète infragénérique"),
"te" => array("a.type_epithete", "type_epithete", "Type d'épithète infraspécifique"),
"einsp" => array("a.epithete_infra_sp", "epithete_infra_sp", "Epithète infraspécifique"),
"hybp01" => array("a.hybride_parent_01", "hybride_parent_01", "Hybride parent 1"),
"nomsupgen" => array("a.nom_supra_generique", "nom_supra_generique", "Nom supra générique"),
"hybp02" => array("a.hybride_parent_02", "hybride_parent_02", "Hybride parent 2"),
"stori" => array("a.statut_origine", "statut_origine", "Statut d'origine"),
"stint" => array("a.statut_introduction", "statut_introduction", "Statut d'introduction"),
"stcult" => array("a.statut_culture", "statut_culture", "Statut de culture"),
"notes" => array("a.notes", "notes", "Remarques"),
"nomadd" => array("a.nom_addendum", "nom_addendum", "Commentaires nomenclaturaux"),
"nsr" => array("b.nom_sci as nom_sci_retenu", "nom_sci", "Nom retenu sans auteur"),
"hom" => array("a.homonyme", "homonyme", "Homonymie"),
"synprop" => array("a.synonyme_proparte", "synonyme_proparte", "Synonyme proprate"),
"syndout" => array("a.synonyme_douteux", "synonyme_douteux", "Synonyme douteux"),
"synmapp" => array("a.synonyme_mal_applique", "synonyme_mal_applique", "Synonyme mal appliqué"),
"synorth" => array("a.synonyme_orthographique", "synonyme_orthographique", "Synonyme orthographique"),
"orthori" => array("a.orthographe_originelle", "orthographe_originelle", "Orthographe originelle"),
"hybp01n" => array("a.hybride_parent_01_notes", "hybride_parent_01_notes", "Hybride parent 1 notes"),
"hybp02n" => array("a.hybride_parent_02_notes", "hybride_parent_02_notes", "Hybride parent 2 notes"),
"cultgp" => array("a.cultivar_groupe", "cultivar_groupe", "Groupe de cultivar"),
"cult" => array("a.cultivar", "cultivar", "Nom cultivar"),
"nomcomm" => array("a.nom_commercial", "nom_commercial", "Nom commercial"),
"autres" => array("a.*", "*", "Autres"));
$colonnes = explode(",", $colonnes);
$requete = "SHOW COLUMNS FROM $ref";
$colonnesTable = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, "Field");
foreach ($colonnes as $colonne) {
if ($colonne == "autres") {
foreach ($colonnesOrdonnees as $colOrd) {
$test[] = $colOrd[1];
}
$colonneAutres = array_diff($colonnesTable, $test);
$champs['select'] = array_merge($champs['select'], array_map(array($this, 'ajouterIndexTable'), $colonneAutres));
$champs['titre'] = array_merge($champs['titre'], array_map(array($this, 'ajouterAutresTable'), $colonneAutres));
} else {
if (array_search($colonnesOrdonnees[$colonne][1], $colonnesTable) != false) {
$champs['select'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][0];
$champs['titre'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][2];
}
}
}
return $champs;
}
private function ajouterIndexTable($valeur) {
return 'a.'.$valeur;
}
private function ajouterAutresTable($valeur) {
return 'Autres : '.$valeur;
}
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type POST.
*/
public function updateElement($params_url, $params_post) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Nour recherchons le type de requête demandé
extract($this->traiterParametresUrl(array('action'), $params_url, true));
extract($this->traiterParametresPost(array('referentiel'), $params_post, true));
extract($this->traiterParametresPost(array('noms'), $params_post, false));
$referentiel =trim($referentiel, "'");
if (!is_null($referentiel)) {$action =trim($action, "'");
if (!is_null($action)) {
$methode = 'updateElement'.$action;
if (method_exists($this, $methode)) {
//array_shift($param);
$info = $this->$methode($referentiel, $noms);
} else {
$this->messages[] = "Le type de mise à jour demandé '$action' n'est pas disponible.";
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de mise à jour à faire.";
// TODO : coder une mise à jour générique dans une méthode updateElementDefaut($id, $params_post);
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser l'id du traitement comme premier paramêtre dans l'url.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
private function getElementTablePrChpFamille($referentiel) {
$infos = "";$referentiel = $referentiel[0];
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$referentiel} LIKE 'famille' ";
$resultat = $this->bdd->query($requete)->fetch();
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$referentiel} ".
'ADD famille VARCHAR(50) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT "" ';
$this->bdd->exec($requete);
}
$requeteInfos = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '.
"FROM {$referentiel} ".
"WHERE rang >= 180 ".
"ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC ";
$infos = $this->bdd->query($requeteInfos)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
return $infos;
}
private function updateElementChpFamille($referentiel, $noms) {
foreach ($noms as $id => $famille) {
$requete = "UPDATE {$referentiel} SET famille = '$famille' WHERE num_nom = $id ";
$resultat = $this->bdd->query($requete);
if ($resultat === false) {
$this->messages[] = "Erreur d'insertion pour le tuple $id";
}
}
}
}
?>
/branches/v2.0-betulales/services/modules/Meta.php
New file
0,0 → 1,139
<?php
/**
* Service fournissant des données de la table contenant les méta-données d'un référentiel de travail.
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
*
* @category Php 5.2
* @package Referentiel
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @copyright 2010 Tela-Botanica
* @version $Id$
*/
class Meta extends Ref {
 
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type GET.
*/
public function getElement($params_url = array()) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Nour recherchons le type de requête demandé
$p = $this->traiterParametresUrl(array('type'), $params_url, false);
extract($p);
if (!is_null($type)) {
$methode = 'getElement'.$type;
if (method_exists($this, $methode)) {
array_shift($params_url);
$info = $this->$methode($params_url);
} else {
$this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible.";
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
/** Méthode pour récupérer les dernières meta-données ajoutées
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Meta/Dernier/code_projet
*/
public function getElementDerniere($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
extract($p);
$donnees = false;
if (isset($projet)) {
$nom_table = strtolower($projet).'_meta';
$requete = ($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '.
"FROM `$nom_table` ".
'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'id_meta DESC').' '.
'LIMIT 0,1 ';
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else if (0 == count($donnees)) {
$donnees = null;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme premier paramêtre (ex. : bdnff). ";
}
return $donnees;
}
public function getElementExport($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
$champs = array("titre", "code", "version", "domaine_taxo", "domaine_geo", "domaine_nom", "classification", "coordinateur", "auteur", "contributeur", "date_production", "source", "contact", "editeur", "droit", "licence", "referencement");
$p = $this->traiterParametresUrl(array("ref","version"), $param, false);
$racine_tmp = $this->config['chemins']['chemin_tmp'];
$fichier = $racine_tmp.date('Y_m_d')."/meta_".$p['version']."_".time().'.csv';
$requete = "SELECT '".implode("', '", $champs)."' UNION ( SELECT ".implode(", ", $champs).
" INTO OUTFILE '".
$fichier."' CHARACTER SET utf8 FIELDS TERMINATED BY '\t' OPTIONALLY ENCLOSED BY '' LINES TERMINATED BY '\n' ".
" FROM ".$p['ref']."_meta WHERE version = '".str_replace("_", ".", $p['version'])."')";
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";
} else {
$info = $donnees;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;
}
return $fichier;
}
/**
* Méthode appelée pour ajouter des méta-données à un référentiel.
* Retour l'id du nouvel enregistrement ou false!
*/
public function createElement($params_post) {
$params_attendus = array('titre', 'code', 'domaine_taxo', 'domaine_geo', 'domaine_nom', 'classification',
'version', 'coordinateur', 'auteur', 'contributeur', 'date_production', 'date_validation', 'source',
'contact', 'editeur', 'droit', 'licence', 'referencement', 'stat_combinaison', 'stat_taxon', 'stat_modification',
'signature');
$params_proteges = $this->traiterParametresPost($params_attendus, $params_post);
$nom_table = strtolower($params_post['code']).'_meta';
$champs = array();
$valeurs = array();
foreach ($params_proteges as $champ => $valeur) {
$champs[] = $champ;
$valeurs[] = $valeur;
}
try {
$requete = "INSERT INTO `$nom_table` (".implode(', ', $champs).') VALUES ('.implode(', ', $valeurs).') ';
$resultat = $this->bdd->exec($requete);
if ($resultat === false) {
$id = false;
$this->debug[] = "Méta-données NON ajoutées.";
} else {
$id = $this->bdd->lastInsertId();
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage(), $requete);
}
$this->envoyer($id);
}
}
/branches/v2.0-betulales/services/modules/ArchiverReferentiel.php
New file
0,0 → 1,57
<?php
/**
* Service réalisant l'archivage d'une version de travail d'un référentiel.
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
*
* @category Php 5.2
* @package Referentiel
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @copyright 2010 Tela-Botanica
* @version $Id$
*/
class ArchiverReferentiel extends Ref {
/**
* Méthode appelée pour ajouter des méta-données à un référentiel.
* Retour l'id du nouvel enregistrement ou false!
*/
public function createElement($params_post) {
$params_attendus = array('code', 'version');
$params_proteges = $this->traiterParametresPost($params_attendus, $params_post);
$nom_table_origine = strtolower($params_post['code']);
$nom_table_copie = strtolower($params_post['code']).'_v'.str_replace('.', '_', $params_post['version']);
$retour = false;
try {
$requete = "SHOW CREATE TABLE `$nom_table_origine`";
$resultat = $this->bdd->query($requete)->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($resultat === false) {
$this->debug[] = "La récupération de la commande sql de création de la table d'archive a échoué.";
} else {
$requete = $resultat['Create Table'];
$requete = str_replace($nom_table_origine, $nom_table_copie, $requete);
$resultat = $this->bdd->exec($requete);
if ($resultat === false) {
$this->debug[] = "La création de la structure de la table d'archive a échoué.";
} else {
$requete = "INSERT INTO `$nom_table_copie` SELECT * FROM `$nom_table_origine`";
$resultat = $this->bdd->exec($requete);
if ($resultat === false) {
$this->debug[] = "La copie des données a échoué.";
} else {
$retour = true;
}
}
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage(), $requete);
}
$this->envoyer($retour);
}
}
/branches/v2.0-betulales/services/modules/FicheTaxon.php
New file
0,0 → 1,274
<?php
/**
* Service fournissant des données de la table contenant le référentiel de travail.
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
*
* @category Php 5.2
* @package Referentiel
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @copyright 2010 Tela-Botanica
* @version $Id$
*/
class FicheTaxon extends Ref {
private $resultat = '';
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type GET.
*/
public function getElement($params_url = array()) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Nour recherchons le type de requête demandé
$p = $this->traiterParametresUrl(array('type'), $params_url, false);
extract($p);
if (!is_null($type)) {
$methode = 'getElement'.$type;
if (method_exists($this, $methode)) {
array_shift($params_url);
$ref = $params_url[0];
$num_nom = $params_url[1];
$info = $this->$methode($ref, $num_nom);
} else {
$this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible.";
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
/* Méthode pour récupérer les infos sur le taxon sélectionné (appelée une fois au chargement de la page
* Appelée avec les paramètres d'url suivant : /Taxon/ref/num_nom */
public function getElementTaxon($ref, $num_nom) {
$requete = "SELECT * FROM {$ref} WHERE num_nom = {$num_nom};";
// Récupération des résultats
try {
$info = '';
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
 
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête n'a retourné aucun résultat.";
} else {
$info = $donnees;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer les infos sur un taxon (retourne seulement les champs affichés)
* Appelée avec les paramètres d'url suivant : /TaxonAffichage/ref/num_nom */
public function getElementTaxonAffichage($ref, $num_nom) {
$requete = "SELECT num_nom_retenu, num_nom, num_tax_sup, nom_sci, auteur, annee, biblio_origine, ".
" nom_addendum, nom_francais FROM {$ref} WHERE num_nom = {$num_nom};";
// Récupération des résultats
try {
$info = '';
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === array()) {
$this->messages[] = "La requête n'a retourné aucun résultat.";
} else {
$info = $donnees;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer les infos sur un taxon et so, basyonyme
* Appelée avec les paramètres d'url suivant : /Taxon/ref/num_nom */
public function getElementNomenclature($ref, $num_nom) {
$requete = "SELECT s.num_nom_retenu, s.num_nom, s.num_tax_sup, s.nom_sci, s.auteur, s.annee, ".
" s.biblio_origine, s.nom_addendum, s.nom_francais, b.num_nom AS bas_num, b.num_nom_retenu AS ".
" bas_num_retenu, b.nom_sci AS bas_nom, b.auteur AS bas_auteur, b.annee AS bas_annee, ".
" b.biblio_origine AS bas_bib, b.nom_addendum AS bas_nom_add ".
" FROM {$ref} s, {$ref} b WHERE ".(($ref == "bdtfx" || $ref == "bdtre") ? 's.num_basionyme' :
's.basionyme')." = b.num_nom AND s.num_nom = {$num_nom};";
// Récupération des résultats
try {
$info = '';
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === array()) {
$info = $this->getElementTaxonAffichage($ref, $num_nom);
} else {
$info = $donnees;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
 
/* Méthode pour récupérer les infos sur les parents d'un taxon hybride sélectionné
* Appelée avec les paramètres d'url suivant : /ParentsHybride/ref/num_nom */
public function getElementParentsHybride($ref, $num_nom) {
$requete = "";
$requete_parents = "SELECT hybride_parent_01, hybride_parent_02 FROM {$ref} WHERE num_nom = {$num_nom};";
$parents = $this->bdd->query($requete_parents)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($parents[0]['hybride_parent_01'] != '' && $parents[0]['hybride_parent_02'] != '') {
$requete = "SELECT p1.num_nom AS p1_num, p1.nom_sci AS p1_nom, p1.auteur AS p1_auteur, p1.annee AS p1_annee,
p1.biblio_origine AS p1_bib, p1.nom_addendum AS p1_nom_add, p1.num_nom AS p1_num_retenu,
p2.num_nom AS p2_num, p2.nom_sci AS p2_nom, p2.auteur AS p2_auteur, p2.annee AS p2_annee,
p2.biblio_origine AS p2_bib, p2.nom_addendum AS p2_nom_add, p2.num_nom AS p2_num_retenu ".
" FROM {$ref} p1, {$ref} p2, {$ref} h ".
" WHERE p1.num_nom = h.hybride_parent_01 AND p2.num_nom = h.hybride_parent_02 AND h.num_nom = {$num_nom};";
} elseif ($parents[0]['hybride_parent_01'] != '' && $parents[0]['hybride_parent_02'] == '') {
$requete = "SELECT p1.num_nom AS p1_num, p1.nom_sci AS p1_nom, p1.auteur AS p1_auteur, p1.annee AS p1_annee,
p1.biblio_origine AS p1_bib, p1.nom_addendum AS p1_nom_add, p1.num_nom AS p1_num_retenu ".
" FROM {$ref} p1, {$ref} p2, {$ref} h ".
" WHERE p1.num_nom = h.hybride_parent_01 AND h.num_nom = {$num_nom};";
} elseif ($parents[0]['hybride_parent_01'] == '' && $parents[0]['hybride_parent_02'] != '') {
$requete = "SELECT p2.num_nom AS p2_num, p2.nom_sci AS p2_nom, p2.auteur AS p2_auteur, p2.annee AS p2_annee,
p2.biblio_origine AS p2_bib, p2.nom_addendum AS p2_nom_add, p2.num_nom AS p2_num_retenu ".
" FROM {$ref} p1, {$ref} p2, {$ref} h ".
" WHERE p2.num_nom = h.hybride_parent_02 AND h.num_nom = {$num_nom};";
}
$donnees = array();
// Récupération des résultats
try {
$info = '';
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === array()) {
$this->messages[] = "La requête n'a retourné aucun résultat.";
} else {
$info = $donnees;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer les infos sur les taxons de rang supérieur(retourne seulement les champs affichés)
* Appelée avec les paramètres d'url suivant : /TaxonSuperieur/ref/num_nom */
public function getElementTaxonSuperieur($ref, $num_nom) {
$taxonSuperieur = $num_nom;
$info = '';
while ($taxonSuperieur != null) {
$requete = "SELECT num_nom, rang, num_tax_sup, nom_supra_generique, nom_sci, auteur, annee, "
." biblio_origine, presence, nom_addendum FROM {$ref} WHERE num_nom = {$taxonSuperieur};";
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === array() || isset($info[$donnees[0]['num_nom']])) {
$taxonSuperieur = null;
} else {
$taxonSuperieur = $donnees[0]['num_tax_sup'];
$info[$donnees[0]['num_nom']] = $donnees[0];
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
}
return $info;
}
public function getElementTaxonInferieur($ref, $num_nom, $niveau = 1) {
$requete = 'SELECT num_nom, rang, num_tax_sup, nom_supra_generique, nom_sci, auteur, annee, '.
' biblio_origine, presence, nom_addendum '.
"FROM {$ref} ".
'WHERE num_tax_sup = '.$num_nom.";";
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === array()) {
} elseif (isset($niveau) && $niveau >= 6) {
if ((isset($this->resultat['niveau']) && $niveau > $this->resultat['niveau']) || !isset($this->resultat['niveau'])) {
$this->resultat['niveau'] = $niveau;
}
foreach ($donnees as $donnee) {
$this->resultat['inf'][$donnee['num_nom']] = $donnee;
$this->resultat['inf'][$donnee['num_nom']]['niveau'] = $niveau;
$this->resultat['nb_par_rang'][$donnee['rang']] =
(isset($this->resultat['nb_par_rang'][$donnee['rang']])) ?
$this->resultat['nb_par_rang'][$donnee['rang']] + 1
: 1;
}
} elseif (count($donnees) >= 100 ||
(isset($this->resultat['inf']) && count($this->resultat['inf'])+count($donnees) >= 100)) {
if ((isset($this->resultat['niveau']) && $niveau > $this->resultat['niveau']) || !isset($this->resultat['niveau'])) {
$this->resultat['niveau'] = $niveau;
$this->resultat['nb_niveau'][$niveau] = count($donnees);
}
foreach ($donnees as $donnee) {
$this->resultat['inf'][$donnee['num_nom']] = $donnee;
$this->resultat['nb_par_rang'][$donnee['rang']] =
(isset($this->resultat['nb_par_rang'][$donnee['rang']])) ?
$this->resultat['nb_par_rang'][$donnee['rang']] + 1
: 1;
}
} else {
if ((isset($this->resultat['niveau']) && $niveau > $this->resultat['niveau']) || !isset($this->resultat['niveau'])) {
$this->resultat['niveau'] = $niveau;
}
$niveau ++;
foreach ($donnees as $donnee) {
$this->resultat['inf'][$donnee['num_nom']] = $donnee;
$this->resultat['inf'][$donnee['num_nom']]['niveau'] = $niveau - 1;
$this->getElementTaxonInferieur($ref, $donnee['num_nom'], $niveau);
$this->resultat['nb_par_rang'][$donnee['rang']] =
(isset($this->resultat['nb_par_rang'][$donnee['rang']])) ?
$this->resultat['nb_par_rang'][$donnee['rang']] + 1
: 1;
}
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $this->resultat;
}
public function getElementHomonyme($ref, $nom_sci) {
$requete = "SELECT num_nom_retenu, num_nom, nom_sci, auteur, annee, biblio_origine, homonyme, ".
" nom_addendum, nom_francais FROM {$ref} WHERE nom_sci = '{$this->bdd->proteger($nom_sci)}';";
// Récupération des résultats
try {
$info = '';
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === array()) {
$this->messages[] = "La requête n'a retourné aucun résultat.";
} else {
$info = $donnees;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
public function getElementBasionyme($ref, $basionyme) {
$requete = "SELECT num_nom_retenu, num_nom, nom_sci, auteur, annee, biblio_origine, homonyme, ".
" nom_addendum, nom_francais FROM {$ref} WHERE ".(($ref == "bdtfx" || $ref == "bdtre") ? 'num_basionyme' :
'basionyme')." = '{$basionyme}';";
// Récupération des résultats
try {
$info = '';
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === array()) {
$this->messages[] = "La requête n'a retourné aucun résultat.";
} else {
$info = $donnees;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
}
?>
/branches/v2.0-betulales/services/modules/Recherche.php
New file
0,0 → 1,644
<?php
/**
* Service fournissant des informations sur les référentiels répondant aux critères de recherche
* fournis en paramètre.
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
* @version $Id$
* @copyright 2010 Tela-Botanica
*/
 
class Recherche extends Ref {
 
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type GET.
* Elle sert d'aiguilleur pour appeller la méthode correspondant au type de recherche passé en paramêtre.
*/
public function getElement($param = array()) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Nous recherchons le type de requête demandé
$type = $param[0];
$methode = 'getElement'.$type;
if (method_exists($this, $methode)) {
array_shift($param);
$info = $this->$methode($param);
} else {
$this->messages[] = "Le type de recherche demandé '$type' n'est pas disponible.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
/* Méthode pour récupérer le nombre de taxons répondant à la requête
* Appelée avec les paramètres d'url suivant :
* /Recherche/Nombre/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementNombre($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
 
// Construction de la requête
// Il est important de compter le nombre de taxons pour l'affichage
$requete = (($this->distinct) ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' COUNT(num_nom) AS nbre FROM '.$referentiel.
$this->construireWhere($p, $referentiel).' ';
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";
} else {
$info = $donnees['nbre'];
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;
}
 
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer une liste de taxons
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Recherche/ParDefaut/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementParDefaut($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
// Construction de la requête
$requete = (($this->distinct) ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' num_nom, nom_sci, auteur, annee, '.
'biblio_origine, nom_addendum, num_nom_retenu, presence, exclure_taxref'.
' FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p, $referentiel).
'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'nom_sci ASC').' '.
"LIMIT $this->start, $this->limit ";
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";
} else {
$info = $donnees;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;
}
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer le nombre de taxons répondant à une requête sur la synonymie
* Appelée avec les paramètres d'url suivant :
* /Recherche/Nombre/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementNombreTaxon($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
 
// Construction de la requête
// Il est important de compter le nombre de taxons pour l'affichage
$requete = 'SELECT count(DISTINCT num_nom_retenu) as nbr FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p, $referentiel).';';
 
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else {
$info = $donnees['nbr'];
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
 
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer une liste de taxons
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Recherche/ParDefaut/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementParTaxon($param) {
// Initialisation des variables
$info = '';
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
$liste_nom = $this->getNomRetenu($param);
if ($liste_nom != '') {
// Construction de la requête
// si recherche des synonymes
$requete = (($this->distinct) ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' num_nom, nom_sci, auteur, annee, '.
'biblio_origine, nom_addendum, num_nom_retenu, '.(($referentiel == "bdtfx" || $referentiel == "bdtre") ? 'num_basionyme' :
'basionyme').', synonyme_mal_applique, presence, exclure_taxref '.
' FROM '.$referentiel.' WHERE num_nom_retenu IN ('.$liste_nom.') '.
'ORDER BY nom_sci ASC ';
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
$info = $donnees;
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
}
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer une liste de taxons
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Recherche/ParDefaut/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementNombreSynonymeParTaxon($param) {
// Initialisation des variables
$info = '';
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
$liste_nom = $this->getNomRetenu($param);
if ($liste_nom != '') {
// Construction de la requête
// si recherche des synonymes
$requete = (($this->distinct) ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' COUNT(num_nom) as nbr, num_nom_retenu '.
'FROM '.$referentiel.' WHERE num_nom_retenu IN ('.$liste_nom.') GROUP BY num_nom_retenu '.
'ORDER BY nom_sci ASC ';
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
foreach($donnees as $ligne) {
$info[$ligne['num_nom_retenu']] = $ligne['nbr'];
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
}
return $info;
}
/**
* Récupérer le nombre de taxons d'une classifiation (infra ou supra)
* Appelée avec les paramètres d'url suivant :
* /Recherche/NombreClassif/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementNombreClassif($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
$requete = '';
if (isset($p['classif'])) {
if (!isset($p['nn'])) {
$p['rg'] = 180;
}
if ($p['classif'] == 'infra') {
$requete = 'SELECT COUNT(num_nom) as nbr '.
'FROM '.$referentiel.' '.
'WHERE num_tax_sup IN '.
'(SELECT num_nom '.
'FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p, $referentiel).') ';
} else {
$requete = 'SELECT count(distinct num_tax_sup) as nbr '.
'FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p, $referentiel).' ';
}
} else {
// Construction de la requête
// Il est important de compter le nombre de taxons pour l'affichage
$requete = 'SELECT count(DISTINCT num_nom_retenu) as nbr FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p, $referentiel).';';
}
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else {
$info = $donnees['nbr'];
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
/**
* Récupérer le nombre de taxons d'une classifiation (infra ou supra)
* Appelée avec les paramètres d'url suivant :
* /Recherche/NombreClassif/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementNombreClassifParTaxon($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
$requete = '';
if (isset($p['classif'])) {
if (!isset($p['nn'])) {
$p['rg'] = 180;
}
if ($p['classif'] == 'infra') {
$requete = 'SELECT COUNT(num_nom) as nbr, num_tax_sup '.
'FROM '.$referentiel.' '.
'WHERE num_tax_sup IN '.
'(SELECT num_nom '.
'FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p, $referentiel).') GROUP BY num_tax_sup';
} else {
$requete = 'SELECT count(distinct num_tax_sup) as nbr, num_tax_sup '.
'FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p, $referentiel).' GROUP BY num_tax_sup';
}
} else {
// Construction de la requête
// Il est important de compter le nombre de taxons pour l'affichage
$requete = 'SELECT count(DISTINCT num_nom_retenu) as nbr, num_tax_sup FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p, $referentiel).' GROUP BY num_tax_sup;';
}
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else {
foreach($donnees as $ligne) {
$info[$ligne['num_tax_sup']] = $ligne['nbr'];
}
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
/**
* Récupérer la classification d'un taxon donné (ses enfants ou parents)
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Recherche/Hierarchie/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés (dont classif est le sens de la requête infra ou supra)
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementClassification($param) {
$resultats = array();
try {
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
$classif = $p['classif'];
//Si on ne recherche pas sur un numéro taxonomique, on veut ne trouver que les familles
if (!isset($p['nn'])) {
$p['rg'] = 180;
}
// Récupérer les informations du nom sélectionné
$requete = (($this->distinct) ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').
' num_nom, nom_sci, auteur, annee, biblio_origine, nom_addendum,'.
' num_nom_retenu, presence, exclure_taxref, num_tax_sup'.
' FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p, $referentiel).
' ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'nom_sci ASC');
 
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
 
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";
} else {
if ($classif == 'infra') {
$resultats = $this->trouverInfra($referentiel, $donnees);
} else {
$resultats = $this->trouverSupra($referentiel, $donnees);
}
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;
}
return $resultats;
}
/**
* Parcourir les données passées en paramètre pour trouver les taxons inférieurs
* @param $referentiel String le référentiel pour la requête
* @param $donnees Array un tableau de résultats contenant des lignes taxons
* @return un tableau de résultats contenant les taxons inférieurs
* */
public function trouverInfra($referentiel, $donnees) {
$resultats = array();
foreach ($donnees as $taxon) {
$donneesInfras = array();
$requete = 'SELECT DISTINCT '.
' num_nom, nom_sci, auteur, annee, biblio_origine, nom_addendum,'.
' num_nom_retenu, presence, exclure_taxref'.
' FROM '.$referentiel.
' WHERE num_tax_sup = '.$taxon['num_nom'].' '.
' ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'nom_sci ASC').' '.
"LIMIT $this->start, $this->limit ";
$donneesInfras = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donneesInfras !== false) {
$resultats = array_merge($resultats, $donneesInfras);
}
}
return $resultats;
}
/**
* Parcourir les données passées en paramètre pour trouver les taxons supérieurs
* @param $referentiel String le référentiel pour la requête
* @param $donnees Array un tableau de résultats contenant des lignes taxons
* @return un tableau de résultats contenant les taxons supérieurs
* */
public function trouverSupra($referentiel, $donnees) {
$resultats = array();
$numNomSup = array();
foreach ($donnees as $taxon) {
$numNomSup[] = $taxon['num_tax_sup'];
}
// Récupérer les taxons supérieurs :
$requete = 'SELECT DISTINCT '.
' num_nom, nom_sci, auteur, annee, biblio_origine, nom_addendum,'.
' num_nom_retenu, presence, exclure_taxref, num_tax_sup'.
' FROM '.$referentiel.
' WHERE num_nom IN ('.implode(',', $numNomSup).') '.
' ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'nom_sci ASC').' '.
"LIMIT $this->start, $this->limit ";
$donneesSupras = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donneesSupras !== false) {
$resultats = $donneesSupras;
}
return $resultats;
}
/* Méthode pour récupérer une liste de noms retenus
*/
public function getNomRetenu($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
// Construction de la requête
// si recherche des synonymes
$requete_nom_retenu = 'SELECT DISTINCT num_nom_retenu FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p, $referentiel)
." ORDER BY nom_sci ASC LIMIT $this->start, $this->limit ".';';
try {
$info = '';
$donnees_nom_retenu = $this->bdd->query($requete_nom_retenu)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
 
if ($donnees_nom_retenu === false) {
$this->messages[] = "La requête n'a retourné aucun résultat.";
} else {
$liste_nom = '';
foreach ($donnees_nom_retenu as $donnees_nom) {
if ($donnees_nom['num_nom_retenu'] != '') {
$liste_nom .= (!empty($liste_nom) ? ', ' : '').'"'.$donnees_nom['num_nom_retenu'].'"';
}
}
$info = $liste_nom;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
private function pretraiterParametresUrl($param) {
// Tableau des paramètres qui peuvent être passés dans l'url
$params_passes = array('ref' => 'str',
'mots' => 'str',
'sg' => 'str_exact',
'gen' => 'str_exact',
'sp' => 'str_exact',
'ssp' => 'str_exact',
'au' => 'str',
'an' => 'str',
'nn' => 'int',
'bib' => 'str',
'nr' => 'bool',
'tax' => 'bool',
'pre' => 'bool',
'taxref' => 'bool',
'classif' => '',
'rg' => 'int');
$p = $this->traiterParametresUrl(array_keys($params_passes), $param, false);
//$this->debug[] = $param;
foreach ($params_passes as $param_passe => $type) {
if (isset($p[$param_passe])) {
// Suppression des éventuels espaces en début et fin de chaine
$valeur = trim($p[$param_passe]);
// Type de paramètre chaine
if ($type == 'str') {
// Suppression des slash
$valeur = stripslashes($valeur);
// Utilisation d'une recherche de chaîne
if (preg_match('/^"(.*)"$/', $valeur, $match)) {
$valeur = '%'.$match[1].'%';
} elseif ($valeur == "#") {
}else{
// Recherche de mots non liés
$mots = explode(' ', $valeur);
$valeur = '%'.implode ('%', $mots).'%';
}
// Mise en place des quotes pour l'interrogation dans la bdd
$valeur = $this->bdd->quote($valeur);
}
// Type de paramètre chaine exacte
if ($type == 'str_exact') {
// Suppression des slash
$valeur = stripslashes($valeur);
// Utilisation d'une recherche de chaîne exacte
if (preg_match('/^"(.*)"$/', $valeur, $match)) {
$valeur = $match[1];
} else {
// Recherche de mots non liés
$mots = explode(' ', $valeur);
$valeur = implode (' ', $mots);
}
// Mise en place des quotes pour l'interrogation dans la bdd
$valeur = $this->bdd->quote($valeur);
}
// Type de paramètre booléen
if ($type == 'bool') {
if (preg_match('/^[0]$/', $valeur)) {
$valeur = false;
} else if (preg_match('/^[1]$/', $valeur)) {
$valeur = true;
} else {
$this->messages[] = "Le paramètre '$param_passe' attend une valeur de type 0 ou 1 et non '$valeur'.";
$valeur = null;
}
}
// Type de paramètre entier
if ($type == 'int') {
if (!preg_match('/^(?:[0-9]+,\s*)*[0-9]+$/', $valeur)) {
$this->messages[] = "Le paramètre '$param_passe' attend une ou plusieurs valeurs de type entiers ".
"séparés par des virgules et non '$valeur'.";
$valeur = null;
}
}
$p[$param_passe] = $valeur;
}
}
return $p;
}
private function construireWhere($p, $referentiel) {
// Initialisation de variables
$where = ' WHERE ';
// Construire where en fonction des paramêtres
if (isset($p['mots'])) {
if (stripos($p['mots'], "#") == 1) {
$where .= " 1 ";
} else {
$where .= 'AND ('.
" num_nom LIKE {$p['mots']} ".
" OR num_nom_retenu LIKE {$p['mots']} ".
" OR num_tax_sup LIKE {$p['mots']} ".
" OR rang LIKE {$p['mots']} ".
" OR nom_sci LIKE {$p['mots']} ".
" OR nom_supra_generique LIKE {$p['mots']} ".
" OR genre LIKE {$p['mots']} ".
" OR epithete_infra_generique LIKE {$p['mots']} ".
" OR epithete_sp LIKE {$p['mots']} ".
" OR type_epithete LIKE {$p['mots']} ".
" OR epithete_infra_sp LIKE {$p['mots']} ".
" OR cultivar_groupe LIKE {$p['mots']} ".
" OR cultivar LIKE {$p['mots']} ".
" OR nom_commercial LIKE {$p['mots']} ".
" OR auteur LIKE {$p['mots']} ".
" OR annee LIKE {$p['mots']} ".
" OR biblio_origine LIKE {$p['mots']} ".
" OR notes LIKE {$p['mots']} ".
" OR nom_addendum LIKE {$p['mots']} ".
" OR homonyme LIKE {$p['mots']} ".
" OR synonyme_proparte LIKE {$p['mots']} ".
" OR synonyme_douteux LIKE {$p['mots']} ".
" OR synonyme_mal_applique LIKE {$p['mots']} ".
" OR synonyme_orthographique LIKE {$p['mots']} ".
" OR hybride_parent_01 LIKE {$p['mots']} ".
" OR hybride_parent_01_notes LIKE {$p['mots']} ".
" OR hybride_parent_02 LIKE {$p['mots']} ".
" OR hybride_parent_02_notes LIKE {$p['mots']} ".
" OR nom_francais LIKE {$p['mots']} ".
" OR presence LIKE {$p['mots']} ".
" OR statut_origine LIKE {$p['mots']} ".
" OR statut_introduction LIKE {$p['mots']} ".
" OR statut_culture LIKE {$p['mots']} ";
$where .= ($referentiel == "bdtfx") ? " OR num_basionyme LIKE {$p['mots']}) " : " OR basionyme LIKE {$p['mots']}) ";
}
}
if (isset($p['sg'])) {
$where .= "AND nom_supra_generique LIKE {$p['sg']} ";
}
if (isset($p['gen'])) {
$where .= "AND genre LIKE ({$p['gen']}) ";
}
if (isset($p['sp'])) {
$where .= "AND epithete_sp LIKE {$p['sp']} ";
}
if (isset($p['ssp'])) {
$where .= "AND epithete_infra_sp LIKE {$p['ssp']} ";
}
if (isset($p['au'])) {
$where .= "AND auteur LIKE {$p['au']} ";
}
if (isset($p['an'])) {
$where .= "AND annee LIKE ({$p['an']}) ";
}
if (isset($p['nn'])) {
$where .= "AND num_nom IN ({$p['nn']}) ";
}
if (isset($p['bib'])) {
$where .= "AND biblio_origine LIKE ({$p['bib']}) ";
}
if (isset($p['nr']) && $p['nr'] == true) {
$where .= "AND num_nom_retenu = num_nom ";
}
if (isset($p['pre']) && $p['pre'] == true) {
$where .= "AND presence NOT IN ('A', '') ";
} elseif(isset($p['pre']) && $p['pre'] != true) {
$where .= "AND presence IN ('A', '') ";
}
if (isset($p['taxref'])) {
$where .= "AND exclure_taxref =";
$where .= ($p['taxref'] == true) ? " 0 " : " 1 ";
}
if (isset($p['rg'])) {
$where .= "AND rang = $p[rg] ";
}
$where = str_replace('WHERE AND', ' WHERE ', $where);
// Retour du Where associé
if (count($p) == 1) {
$where = "";
}
return $where;
}
}
?>
/branches/v2.0-betulales/services/modules/TableStructure.php
New file
0,0 → 1,88
<?php
/**
* Service fournissant des informations sur la structure d'une table des référentiels.
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
*
* @category Php 5.2
* @package Referentiel
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @copyright 2010 Tela-Botanica
* @version $Id$
*/
class TableStructure extends Ref {
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type GET.
*/
public function getElement($param = array()) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Nour recherchons le type de requête demandé
$p = $this->traiterParametresUrl(array('type', 'table'), $param, false);
$type = $p['type'];
$table = $p['table'];
if (!is_null($type)) {
if (!is_null($table)) {
$methode = 'getElement'.$type;
if (method_exists($this, $methode)) {
//array_shift($param);
$info = $this->$methode($table);
} else {
$this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible.";
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de la table comme premier paramêtre.";
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
/* Méthode pour récupérer des informations sur les colonnes d'une table.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /TableStructure/colonnes/nom_de_la_table
*/
public function getElementColonnes($table) {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM `$table` ";
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
$info['colonnes'] = $donnees;
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer un tableau d'analyse de la table.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /TableStructure/analyse/nom_de_la_table
*/
public function getElementAnalyse($table) {
$requete = "SELECT * FROM `$table` PROCEDURE ANALYSE ( )";
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
$info['analyses'] = $donnees;
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
}
?>
/branches/v2.0-betulales/services/modules/Ref.php
New file
0,0 → 1,195
<?php
/**
* Classe mère abstraite contenant les méthodes génériques des services des Référentiels.
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
*
* @category Php 5.2
* @package Referentiel
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @copyright 2010 Tela-Botanica
* @version $Id$
*/
abstract class Ref {
public $config;
protected $bdd;
protected $messages = array();
protected $debug = array();
protected $distinct = false;
protected $orderby = null;
protected $formatRetour = 'objet';
protected $start = 0;
protected $limit = 150;
public function __construct($config, $demarrer_session = true) {
// Tableau contenant la config de Jrest
$this->config = $config;
// Connection à la base de données
$this->bdd = $this->connecterPDO($this->config, 'database');
// Nettoyage du $_GET (sécurité)
if (isset($_GET)) {
$get_params = array('orderby', 'distinct', 'start', 'limit', 'formatRetour');
foreach ($get_params as $get) {
if (isset($_GET[$get])) {
$verifier = array('NULL', "\n", "\r", "\\", "'", '"', "\x00", "\x1a", ';');
$_GET[$get] = strip_tags(str_replace($verifier, '', $_GET[$get]));
if ($_GET[$get] != '') {
$this->$get = $_GET[$get];
} else {
$_GET[$get] = null;
}
}
}
}
}
 
/**
* Méthode appelée quand aucun paramètre n'est passé dans l'url et avec une requête de type GET.
*/
public function getRessource() {
$this->getElement(array());
}
protected function envoyer($donnees = null, $mime = 'text/html', $encodage = 'utf-8', $json = true) {
// Traitements des messages d'erreurs et données
if (count($this->messages) != 0) {
header('HTTP/1.1 424 Method failure');
$sortie = $this->messages;
// En plus de la réponse, nous passons les messages dans l'entete car la réponse ne peut pas être récupérée
// avec ce type d'erreur HTTP en php..
// FIXME : comment récupérer en php le contenu de la réponse portant le code HTTP 424 ou 500
$this->envoyerEnteteMessage();
} else {
$sortie = $donnees;
}
 
// Gestion de l'envoie du déboguage
$this->envoyerEnteteDebogage();
// Encodage au format et JSON et envoie sur la sortie standard
$contenu = $json ? json_encode($sortie) : $sortie;
$mime = $json ? 'application/json' : $mime;
$this->envoyerContenu($encodage, $mime, $contenu);
}
protected function envoyerEnteteMessage() {
if (!is_array($this->messages)) {
$this->messages[] = $this->messages;
}
if (count($this->messages) != 0) {
foreach ($this->messages as $cle => $val) {
if (is_array($val)) {
$this->messages[$cle] = print_r($val, true);
}
}
header('X-MessageJrest-Data: '.json_encode($this->messages));
}
}
protected function envoyerEnteteDebogage() {
if (!is_array($this->debug)) {
$this->debug[] = $this->debug;
}
if (count($this->debug) != 0) {
foreach ($this->debug as $cle => $val) {
if (is_array($val)) {
$this->debug[$cle] = print_r($val, true);
}
}
header('X-DebugJrest-Data: '.json_encode($this->debug));
}
}
protected function envoyerContenu($encodage, $mime, $contenu) {
header("Content-Type: $mime; charset=$encodage");
print $contenu;
}
private function connecterPDO($config, $base = 'database') {
$cfg = $config[$base];
$dsn = $cfg['phptype'].':dbname='.$cfg['database'].';host='.$cfg['hostspec'];
try {
$PDO = new PDO($dsn, $cfg['username'], $cfg['password']);
} catch (PDOException $e) {
echo 'La connexion à la base de donnée via PDO a échouée : ' . $e->getMessage();
}
// Passe en UTF-8 la connexion à la BDD
$PDO->exec("SET NAMES 'utf8'");
// Affiche les erreurs détectées par PDO (sinon mode silencieux => aucune erreur affiché)
$PDO->setAttribute(PDO::ATTR_ERRMODE, PDO::ERRMODE_EXCEPTION);
return $PDO;
}
protected function executerRequete($requete, $message_echec) {
try {
$infos = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($infos === false) {
$this->messages[] = $message_echec;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur_requete'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage(), $requete);
}
return $infos;
}
protected function getTxt($id) {
$sortie = '';
switch ($id) {
case 'sql_erreur' : $sortie = 'Requête echec. Fichier : "%s". Ligne : "%s". Message : %s'; break;
case 'sql_erreur_requete' : $sortie = "Requête echec.\nFichier : %s.\nLigne : %s.\nMessage : %s.\nRequête : %s"; break;
default : $sortie = $id;
}
return $sortie;
}
protected function traiterParametresUrl($params_attendu, $params, $pourBDD = true) {
$sortie = array();
foreach ($params_attendu as $num => $nom) {
if (isset($params[$num]) && $params[$num] != '*') {
if ($pourBDD) {
$params[$num] = $this->bdd->quote($params[$num]);
}
$sortie[$nom] = $params[$num];
}
}
return $sortie;
}
protected function traiterParametresPost($params_attendu, $params, $pourBDD = true) {
$sortie = array();
foreach ($params_attendu as $num => $nom) {
if (isset($params[$nom]) && $params[$nom] != '') {
if ($pourBDD) {
$params[$nom] = $this->bdd->quote($params[$nom]);
}
$sortie[$nom] = $params[$nom];
} else {
if ($pourBDD) {
$sortie[$nom] = 'NULL';
} else {
$sortie[$nom] = '';
}
}
}
return $sortie;
}
protected function traiterBddClauseIn($chaine) {
$sortie = '';
$chaine = trim($chaine, " '");
if ($chaine != '') {
$valeurs = explode(',', $chaine);
foreach ($valeurs as $id => $valeur) {
$valeurs[$id] = $this->bdd->quote($valeur);
}
$sortie = implode(',', $valeurs);
}
return $sortie;
}
}
?>
/branches/v2.0-betulales/services/modules/Traitement.php
New file
0,0 → 1,408
<?php
/**
* Service permettant d'enregistrer une demande de traitement ou de consulter les infos sur les traitements.
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
*
* @category Php 5.2
* @package Referentiel
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @copyright 2010 Tela-Botanica
* @version $Id$
*/
class Traitement extends Ref {
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type GET.
*/
public function getElement($params_url = array()) {
// Initialisation des variables
$info = null;
// Nour recherchons le type de requête demandé
$p = $this->traiterParametresUrl(array('type'), $params_url, false);
extract($p);
if (!is_null($type)) {
$methode = 'getElement'.$type;
if (method_exists($this, $methode)) {
array_shift($params_url);
$info = $this->$methode($params_url);
} else {
$this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible.";
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
/** Méthode pour récupérer les infos d'un traitement.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Traitement/Info/id_traitement
*
* @return mixed les infos du traitement ou false en cas d'échec.
*/
public function getElementInfo($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('id'), $params_url);
extract($p);
$infos = false;
if (!is_null($id)) {
$requete = 'SELECT * '.
"FROM ref_traitement ".
"WHERE id_traitement = $id ";
// Récupération des résultats
try {
$infos = $this->bdd->query($requete)->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($infos === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser l'identifinat du traitement comme premier paramêtre (ex. : 38).";
}
return $infos;
}
/**
* Retourne les infos sur la dernière demande de traitement pour un projet donné.
*/
public function getElementDerniereDemande($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet', 'script'), $params_url);
extract($p);
$donnees = false;
if (isset($projet) && isset($script)) {
$requete = ($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '.
'FROM ref_traitement '.
"WHERE ".(($projet == "'tout'") ? '' : 'referentiel_code = '.$projet.' AND ') .
" script = $script ".
' AND date_debut IS NULL '.
' AND date_fin IS NULL '.
'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'meta_date_creation DESC').' '.
'LIMIT 0,1 ';
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else if (0 == count($donnees)) {
$donnees = null;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme premier paramêtre (ex. : bdnff) ".
"et le code du script à lancer comme second paramêtre (ex. : tests ou versionnage).";
}
return $donnees;
}
/**
* Retourne les infos sur les traitements en attente.
*/
public function getElementEnAttente($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet', 'script'), $params_url);
extract($p);
$donnees = null;
if (isset($projet) && isset($script)) {
$requete = ($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '.
'FROM ref_traitement '.
"WHERE referentiel_code = $projet ".
" AND script = $script ".
' AND date_debut IS NULL '.
' AND date_fin IS NULL '.
'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'meta_date_creation DESC').' ';
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else if (0 == count($donnees)) {
$donnees = null;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme premier paramêtre (ex. : bdnff) ".
"et le code du script à lancer comme second paramêtre (ex. : tests ou versionnage).";
}
return $donnees;
}
/**
* Retourne les infos sur les traitements en cours.
*/
public function getElementEnCours($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet', 'script'), $params_url);
extract($p);
$donnees = null;
if (isset($projet) && isset($script)) {
$requete = ($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '.
'FROM ref_traitement '.
"WHERE referentiel_code = $projet ".
" AND script = $script ".
' AND date_debut IS NOT NULL '.
' AND date_fin IS NULL '.
'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'meta_date_creation DESC').' ';
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else if (0 == count($donnees)) {
$donnees = null;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme premier paramêtre (ex. : bdnff) ".
"et le code du script à lancer comme second paramêtre (ex. : tests ou versionnage).";
}
return $donnees;
}
/**
* Retourne les id des demandes de traitements obsolètes.
*/
public function getElementObsolete($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet', 'script'), $params_url);
extract($p);
$sortie = null;
if (isset($projet) && isset($script)) {
try {
$requete = 'SELECT MAX(date_debut) '.
'FROM ref_traitement '.
"WHERE referentiel_code = $projet ".
" AND script = $script ".
' AND date_debut IS NOT NULL '.
'GROUP BY referentiel_code ';
$date_max = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
if ($date_max === false) {
$this->messages[] = "La requête de récupération de la date de début max a échouée.";
} else {
$date_max = $this->bdd->quote($date_max);
$requete = 'SELECT id_traitement '.
'FROM ref_traitement '.
"WHERE referentiel_code = $projet ".
" AND script = $script ".
' AND date_debut IS NULL '.
' AND date_fin IS NULL '.
" AND meta_date_creation < $date_max ";
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
// Pos-traitement
 
if ($donnees != false) {
foreach ($donnees as $donnee) {
$sortie[] = $donnee['id_traitement'];
}
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme premier paramêtre (ex. : bdnff) ".
"et le code du script à lancer comme second paramêtre (ex. : tests ou versionnage).";
}
return $sortie;
}
/**
* Retourne les infos sur les traitements terminés.
*/
public function getElementTermines($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet', 'script'), $params_url);
extract($p);
$donnees = null;
if (isset($projet) && isset($script)) {
$requete = ($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '.
'FROM ref_traitement '.
"WHERE referentiel_code = $projet ".
" AND script = $script ".
' AND date_debut IS NOT NULL '.
' AND date_fin IS NOT NULL '.
'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'meta_date_creation DESC').' ';
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else if (0 == count($donnees)) {
$donnees = null;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme premier paramêtre (ex. : bdnff) ".
"et le code du script à lancer comme second paramêtre (ex. : tests ou versionnage).";
}
return $donnees;
}
/**
* Méthode appelée pour ajouter un traitement.
* Retour l'id du nouvel enregistrement ou false!
*/
public function createElement($params_post) {
$params_proteges = $this->traiterParametresPost(array('referentiel_code', 'script', 'script_parametres'), $params_post);
$meta_date_creation = date ('Y-m-d H:i:s');
$nom = $this->bdd->quote("Traitement {$params_post['referentiel_code']} - $meta_date_creation");
$meta_date_creation = $this->bdd->quote($meta_date_creation);
try {
$requete = "INSERT INTO ref_traitement ".
' (referentiel_code, script, script_parametres, nom, meta_date_creation) '.
" VALUES ({$params_proteges['referentiel_code']}, {$params_proteges['script']}, {$params_proteges['script_parametres']}, $nom, $meta_date_creation) ";
$resultat = $this->bdd->exec($requete);
if ($resultat === false) {
$id = false;
$this->debug[] = "Traitement NON ajouté.";
} else {
$id = $this->bdd->lastInsertId();
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage(), $requete);
}
$this->envoyer($id);
}
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type POST.
*/
public function updateElement($params_url, $params_post) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Nour recherchons le type de requête demandé
extract($this->traiterParametresUrl(array('id'), $params_url, true));
extract($this->traiterParametresPost(array('action'), $params_post, false));
 
if (!is_null($id)) {
if (!is_null($action)) {
$methode = 'updateElement'.$action;
if (method_exists($this, $methode)) {
//array_shift($param);
$info = $this->$methode($id, $params_post);
} else {
$this->messages[] = "Le type de mise à jour demandé '$action' n'est pas disponible.";
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de mise à jour à faire.";
// TODO : coder une mise à jour générique dans une méthode updateElementDefaut($id, $params_post);
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser l'id du traitement comme premier paramêtre dans l'url.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
/**
* Méthode pour indiquer le démarage d'un traitement.
*/
public function updateElementDebuter($id, $params_post) {
$ok = true;
try {
$requete = 'UPDATE ref_traitement '.
'SET date_debut = NOW() '.
"WHERE id_traitement = $id ";
$this->debug[] = "$requete";
$resultat = $this->bdd->exec($requete);
if ($resultat === false) {
$ok = false;
$this->messages[] = "Traitement NON modifié.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage(), $requete);
}
return $ok;
}
/**
* Méthode pour indiquer la fin d'un traitement.
*/
public function updateElementTerminer($id, $params_post) {
$ok = true;
try {
$requete = 'UPDATE ref_traitement '.
'SET date_fin = NOW(), duree = TIMEDIFF(NOW(), date_debut) '.
"WHERE id_traitement = $id ";
$this->debug[] = "$requete";
$resultat = $this->bdd->exec($requete);
if ($resultat === false) {
$ok = false;
$this->messages[] = "Traitement NON modifié.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage(), $requete);
}
return $ok;
}
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type DELETE.
*/
public function deleteElement($params_url) {
// Initialisation des variables
$ok = true;
// Extraction des paramètres de l'url
extract($this->traiterParametresUrl(array('ids'), $params_url, true));
 
if (!is_null($ids)) {
try {
$in_ids = $this->traiterBddClauseIn($ids);
$requete = 'DELETE FROM ref_traitement '.
"WHERE id_traitement IN ($in_ids) ";
$this->debug[] = "$requete";
$resultat = $this->bdd->exec($requete);
if ($resultat === false) {
$ok = false;
$this->messages[] = "Traitement(s) NON supprimé(s).";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage(), $requete);
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser un ou plusieurs id de traitement séparés par des virgules comme premier paramètre dans l'url.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($ok);
}
}
?>