| New file |
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| 0,0 → 1,384 |
|---|
| <?php |
| /** |
| * Service fournissant des données de la table contenant le référentiel de travail. |
| * Encodage en entrée : utf8 |
| * Encodage en sortie : utf8 |
| * |
| * @category Php 5.2 |
| * @package Referentiel |
| * @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org> |
| * @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt> |
| * @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt> |
| * @copyright 2010 Tela-Botanica |
| * @version $Id$ |
| */ |
| class Referentiel extends Ref { |
| |
| /** |
| * Méthode principale appelée avec une requête de type GET. |
| */ |
| public function getElement($params_url = array()) { |
| // Initialisation des variables |
| $info = array(); |
| |
| // Nour recherchons le type de requête demandé |
| $p = $this->traiterParametresUrl(array('type'), $params_url, false); |
| extract($p); |
| |
| if (!is_null($type)) { |
| $methode = 'getElement'.$type; |
| if (method_exists($this, $methode)) { |
| array_shift($params_url); |
| $info = $this->$methode($params_url); |
| } else { |
| $this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible."; |
| } |
| } else { |
| $this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête."; |
| } |
| |
| // Envoie sur la sortie standard |
| $this->envoyer($info); |
| } |
| |
| /* Méthode pour récupérer les infos sur les référentiels disponibles |
| * Appelée avec les paramêtres d'url suivant : |
| * /RefReferentiel/tout/code_du_referentiel |
| */ |
| public function getElementDispo($params_url) { |
| $requete = 'SHOW TABLES '; |
| $donnees = false; |
| |
| // Récupération des résultats |
| try { |
| $tables = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, 0); |
| if ($tables !== false) { |
| foreach ($tables as $table) { |
| if (preg_match('/^([a-z]+)_meta$/', $table, $match)) { |
| $donnees[] = $match[1]; |
| } |
| } |
| } else { |
| $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat."; |
| } |
| } catch (PDOException $e) { |
| $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()); |
| } |
| return $donnees; |
| } |
| |
| |
| |
| /* Méthode pour récupérer les noms d'un référentiel. |
| * Appelée avec les paramêtres d'url suivant : |
| * /Referentiel/tout/code_du_referentiel?start=0&limit=1000 |
| */ |
| public function getElementTout($params_url) { |
| $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false); |
| extract($p); |
| |
| $donnees = false; |
| if (!is_null($projet)) { |
| $requete = ($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '. |
| "FROM $projet ". |
| 'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'num_nom ASC').' '. |
| "LIMIT $this->start, $this->limit "; |
| $this->debug[] = $requete; |
| // Récupération des résultats |
| try { |
| $donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC); |
| if ($donnees === false) { |
| $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat."; |
| } else { |
| $donnees_tmp = $donnees; |
| $donnees = array(); |
| foreach ($donnees_tmp as &$nom) { |
| $donnees[$nom['num_nom']] = $nom; |
| unset($nom); |
| } |
| } |
| } catch (PDOException $e) { |
| $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()); |
| } |
| } else { |
| $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff)."; |
| } |
| return $donnees; |
| } |
| |
| /* Méthode pour récupérer le nombre de noms présents dans un référentiel. |
| * Appelée avec les paramêtres d'url suivant : |
| * /RefReferentiel/nombre/code_du_referentiel |
| */ |
| public function getElementNombre($params_url) { |
| $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false); |
| extract($p); |
| |
| $nbre = false; |
| if (!is_null($projet)) { |
| $requete = 'SELECT COUNT(*) AS nbre '. |
| "FROM $projet "; |
| // Récupération des résultats |
| try { |
| $nbre = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn(); |
| if ($nbre === false) { |
| $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat."; |
| } |
| } catch (PDOException $e) { |
| $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()); |
| } |
| } else { |
| $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff)."; |
| } |
| return $nbre; |
| } |
| |
| /* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel. |
| * Appelée avec les paramêtres d'url suivant : |
| * /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel |
| */ |
| public function getElementNom($params_url) { |
| $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false); |
| extract($p); |
| |
| $nom = false; |
| if (!is_null($projet)) { |
| $requete = "SELECT titre FROM {$projet}_meta WHERE id_meta = (SELECT MAX(id_meta) FROM {$projet}_meta);"; |
| // Récupération des résultats |
| try { |
| $nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn(); |
| if ($nom === false) { |
| $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat."; |
| } |
| } catch (PDOException $e) { |
| $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()); |
| } |
| } else { |
| $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff)."; |
| } |
| return $nom; |
| } |
| |
| |
| /* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel. |
| * Appelée avec les paramêtres d'url suivant : |
| * /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel |
| */ |
| public function getElementDateMiseAJour($params_url) { |
| $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false); |
| extract($p); |
| |
| $nom = false; |
| if (!is_null($projet)) { |
| $requete = 'SELECT UPDATE_TIME '. |
| 'FROM information_schema.tables '. |
| 'WHERE TABLE_SCHEMA = \'referentiels\' '. |
| 'AND TABLE_NAME = \''.$projet.'\''; |
| // Récupération des résultats |
| try { |
| $nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn(); |
| if ($nom === false) { |
| $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat."; |
| } |
| } catch (PDOException $e) { |
| $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()); |
| } |
| } else { |
| $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff)."; |
| } |
| return $nom; |
| } |
| |
| |
| /* Méthode pour récupérer certains champs et noms pour l'export |
| * Appelée avec les paramètres d'url suivant : |
| * /Recherche/Export/_ |
| * ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, version, champs, filtre |
| * Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur * |
| */ |
| public function getElementExport($param) { |
| // Initialisation des variables |
| $info = array(); |
| $p = $this->traiterParametresUrl(array("ref","version","champs","filtre"), $param, false); |
| $ref = $p['ref'].'_v'.$p['version']; |
| $racine_tmp = $this->config['chemins']['chemin_tmp']; |
| $dossier = $racine_tmp.date('Y_m_d').'/'; |
| if(!is_dir($dossier)){ |
| mkdir($dossier); |
| chmod($dossier, 0777); |
| } |
| $fichier = $dossier.$ref."_".time().'.csv'; |
| if (isset($p['champs'])) { |
| $champs = $this->formaterColonnes($p['champs'], $ref); |
| $requete = 'SELECT "'.implode('","', $champs['titre']).'" UNION (SELECT '.implode(', ',$champs['select']). |
| " INTO OUTFILE '".$fichier."' CHARACTER SET utf8 FIELDS TERMINATED BY '\t' OPTIONALLY ENCLOSED BY '' LINES TERMINATED BY '\n' ". |
| " FROM $ref a left join $ref b on b.num_nom=a.num_nom_retenu"; |
| |
| if (isset($p['filtre']) && $p['filtre'] != "*") { |
| $param_filtres = explode(",",$p["filtre"]); |
| $dernier_filtre = array_pop($param_filtres); |
| $filtres = array("nnr"=>"a.num_nom = a.num_nom_retenu", "pre" => "a.presence = 'P'"); |
| if (!isset($filtres[$dernier_filtre])) { // si il s'agit du filtre famille |
| $filtres["fam"] = "a.famille = '".$dernier_filtre."'"; |
| $dernier_filtre = "fam"; |
| } |
| array_push($param_filtres, $dernier_filtre); |
| $requete .= " WHERE ".implode(" AND ",array_intersect_key($filtres, array_flip($param_filtres))); |
| } |
| $requete .= ")"; |
| // Récupération des résultats |
| try { |
| $donnees = $this->bdd->query($requete); |
| if ($donnees === false) { |
| $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete"; |
| } else { |
| $info = $donnees; |
| } |
| } catch (PDOException $e) { |
| $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete; |
| } |
| } |
| |
| return $fichier; |
| } |
| |
| private function formaterColonnes($colonnes, $ref) { |
| $colonnesOrdonnees = array("nn" => array("a.num_nom", "num_nom", "Numéro nomenclatural"), |
| "nr" => array("a.num_nom_retenu", "num_nom_retenu", "Numéro nomenclatural du nom retenu"), |
| "nt" => array("a.num_taxonomique", "num_taxonomique", "Numéro taxonomique"), |
| "cd" => array("a.cd_nom", "cd_nom", "Numéro INPN"), |
| "rg" => array("a.rang", "rang", "Code rang"), |
| "fam" => array("a.famille", "famille", "Famille (APG III)"), |
| "nsc" => array("concat(a.nom_sci,' ',a.auteur)", "nom_sci", "Nom avec auteur"), |
| "bibc" => array("concat(a.annee,' ',a.biblio_origine)", "annee", "Année et bibliographie"), |
| "nsrc" => array("concat(b.nom_sci,' ',b.auteur) as nom_sci_retenu_complet", "auteur", "Nom retenu avec auteur"), |
| "nf" => array("a.nom_francais", "nom_francais", "Nom français normalisé"), |
| "extax" => array("if (a.exclure_taxref = 1, 0, 1)", "exclure_taxref", "Présent dans Taxref"), |
| "lien" => array("concat('http://www.tela-botanica.org/bdtfx-nn-',a.num_nom)", "num_nom", "Permalien"), |
| "ntsup" => array("a.num_tax_sup", "num_tax_sup", "Numéro nomenclatural rang supérieur"), |
| "pre" => array("a.presence", "presence", "Répartition géographique"), |
| "ns" => array("a.nom_sci", "nom_sci", "Nom sans auteur"), |
| "aut" => array("a.auteur", "auteur", "Auteur"), |
| "ann" => array("a.annee", "annee", "Année publication"), |
| "bib" => array("a.biblio_origine", "biblio_origine", "Bibliographie"), |
| "ntype" => array("a.num_type", "num_type", "Numéro du type"), |
| "nbas" => array("a.num_basionyme", "num_basionyme", "Numéro du basionyme"), |
| "genre" => array("a.genre", "genre", "Genre"), |
| "esp" => array("a.epithete_sp", "epithete_sp", "Epithète espèce"), |
| "eing" => array("a.epithete_infra_generique", "epithete_infra_generique", "Epithète infragénérique"), |
| "te" => array("a.type_epithete", "type_epithete", "Type d'épithète infraspécifique"), |
| "einsp" => array("a.epithete_infra_sp", "epithete_infra_sp", "Epithète infraspécifique"), |
| "hybp01" => array("a.hybride_parent_01", "hybride_parent_01", "Hybride parent 1"), |
| "nomsupgen" => array("a.nom_supra_generique", "nom_supra_generique", "Nom supra générique"), |
| "hybp02" => array("a.hybride_parent_02", "hybride_parent_02", "Hybride parent 2"), |
| "stori" => array("a.statut_origine", "statut_origine", "Statut d'origine"), |
| "stint" => array("a.statut_introduction", "statut_introduction", "Statut d'introduction"), |
| "stcult" => array("a.statut_culture", "statut_culture", "Statut de culture"), |
| "notes" => array("a.notes", "notes", "Remarques"), |
| "nomadd" => array("a.nom_addendum", "nom_addendum", "Commentaires nomenclaturaux"), |
| "nsr" => array("b.nom_sci as nom_sci_retenu", "nom_sci", "Nom retenu sans auteur"), |
| "hom" => array("a.homonyme", "homonyme", "Homonymie"), |
| "synprop" => array("a.synonyme_proparte", "synonyme_proparte", "Synonyme proprate"), |
| "syndout" => array("a.synonyme_douteux", "synonyme_douteux", "Synonyme douteux"), |
| "synmapp" => array("a.synonyme_mal_applique", "synonyme_mal_applique", "Synonyme mal appliqué"), |
| "synorth" => array("a.synonyme_orthographique", "synonyme_orthographique", "Synonyme orthographique"), |
| "orthori" => array("a.orthographe_originelle", "orthographe_originelle", "Orthographe originelle"), |
| "hybp01n" => array("a.hybride_parent_01_notes", "hybride_parent_01_notes", "Hybride parent 1 notes"), |
| "hybp02n" => array("a.hybride_parent_02_notes", "hybride_parent_02_notes", "Hybride parent 2 notes"), |
| "cultgp" => array("a.cultivar_groupe", "cultivar_groupe", "Groupe de cultivar"), |
| "cult" => array("a.cultivar", "cultivar", "Nom cultivar"), |
| "nomcomm" => array("a.nom_commercial", "nom_commercial", "Nom commercial"), |
| "autres" => array("a.*", "*", "Autres")); |
| $colonnes = explode(",", $colonnes); |
| $requete = "SHOW COLUMNS FROM $ref"; |
| $colonnesTable = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, "Field"); |
| foreach ($colonnes as $colonne) { |
| if ($colonne == "autres") { |
| foreach ($colonnesOrdonnees as $colOrd) { |
| $test[] = $colOrd[1]; |
| } |
| $colonneAutres = array_diff($colonnesTable, $test); |
| $champs['select'] = array_merge($champs['select'], array_map(array($this, 'ajouterIndexTable'), $colonneAutres)); |
| $champs['titre'] = array_merge($champs['titre'], array_map(array($this, 'ajouterAutresTable'), $colonneAutres)); |
| } else { |
| if (array_search($colonnesOrdonnees[$colonne][1], $colonnesTable) != false) { |
| $champs['select'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][0]; |
| $champs['titre'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][2]; |
| } |
| } |
| } |
| return $champs; |
| } |
| |
| private function ajouterIndexTable($valeur) { |
| return 'a.'.$valeur; |
| } |
| private function ajouterAutresTable($valeur) { |
| return 'Autres : '.$valeur; |
| } |
| |
| /** |
| * Méthode principale appelée avec une requête de type POST. |
| */ |
| public function updateElement($params_url, $params_post) { |
| // Initialisation des variables |
| $info = array(); |
| // Nour recherchons le type de requête demandé |
| extract($this->traiterParametresUrl(array('action'), $params_url, true)); |
| extract($this->traiterParametresPost(array('referentiel'), $params_post, true)); |
| extract($this->traiterParametresPost(array('noms'), $params_post, false)); |
| $referentiel =trim($referentiel, "'"); |
| |
| if (!is_null($referentiel)) {$action =trim($action, "'"); |
| if (!is_null($action)) { |
| $methode = 'updateElement'.$action; |
| if (method_exists($this, $methode)) { |
| //array_shift($param); |
| $info = $this->$methode($referentiel, $noms); |
| } else { |
| $this->messages[] = "Le type de mise à jour demandé '$action' n'est pas disponible."; |
| } |
| } else { |
| $this->messages[] = "Veuillez préciser le type de mise à jour à faire."; |
| // TODO : coder une mise à jour générique dans une méthode updateElementDefaut($id, $params_post); |
| } |
| } else { |
| $this->messages[] = "Veuillez préciser l'id du traitement comme premier paramêtre dans l'url."; |
| } |
| |
| // Envoie sur la sortie standard |
| $this->envoyer($info); |
| } |
| |
| private function getElementTablePrChpFamille($referentiel) { |
| $infos = "";$referentiel = $referentiel[0]; |
| $requete = "SHOW COLUMNS FROM {$referentiel} LIKE 'famille' "; |
| $resultat = $this->bdd->query($requete)->fetch(); |
| if ($resultat === false) { |
| $requete = "ALTER TABLE {$referentiel} ". |
| 'ADD famille VARCHAR(50) '. |
| 'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT "" '; |
| $this->bdd->exec($requete); |
| } |
| $requeteInfos = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '. |
| "FROM {$referentiel} ". |
| "WHERE rang >= 180 ". |
| "ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC "; |
| $infos = $this->bdd->query($requeteInfos)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC); |
| return $infos; |
| |
| } |
| |
| |
| private function updateElementChpFamille($referentiel, $noms) { |
| foreach ($noms as $id => $famille) { |
| $requete = "UPDATE {$referentiel} SET famille = '$famille' WHERE num_nom = $id "; |
| $resultat = $this->bdd->query($requete); |
| if ($resultat === false) { |
| $this->messages[] = "Erreur d'insertion pour le tuple $id"; |
| } |
| } |
| } |
| |
| } |
| ?> |