| 15,60 → 15,9 |
|---|
| |
| private $donnees = array(); |
| protected $taxonDao = null; |
| private $tableau_manuel = null; |
| private $num_taxon = array(0=>0,1=>0,2=>0); |
| |
| // Codification de la présence d'un taxon |
| private $presence_taxon = array ( |
| 'P' => 'Présent', |
| 'S' => 'Supposé présent (présence à confirmer)', |
| 'D' => 'Présence douteuse', |
| 'E' => 'Éteint', |
| 'C' => 'Cité par erreur comme présent', |
| 'A' => 'Absent', |
| '' => 'Pas d\'information', |
| '-' => 'Autre statut de présence', |
| 'E-W' => 'Disparu', |
| 'P-B' =>'Présence accidentelle (Taxon « visiteur »)', |
| 'E-F' => 'Trouvé en fouille', |
| '-C' => 'Cryptogène'); |
| // Codification du statut d'origine |
| private $statut_origine= array( |
| 'N' => 'Natif', |
| 'S' => 'Supposé natif', |
| 'D' => 'Origine douteuse', |
| 'E' => 'Anciennement natif (éteint)', |
| 'C' => 'Cité par erreur comme natif', |
| 'A' => 'Non natif', |
| '' => 'Pas d\'information', |
| 'X' => 'Inapplicable','-' => 'Autre statut d\'origine', |
| 'N-E' => 'Endémique', |
| 'N-S' => 'Sub-Endémique', |
| 'E-Z' => 'Endémique éteinte'); |
| // Codification du statut d'introduction |
| private $statut_introduction = array( |
| 'I' => 'Introduit', |
| 'S' => 'Supposé introduit', |
| 'D' => 'Introduction douteuse', |
| 'E' => 'Anciennement introduit (éteint)', |
| 'C' => 'Cité par erreur comme introduit', |
| 'A' => 'Non introduit', |
| '' => 'Pas d\'information', |
| 'X' => 'Inapplicable', |
| '-' => 'Autre notion d\'introduction', |
| 'I-J' => 'Introduit envahissant', |
| 'I-M' => 'Domestique / Introduit non établi' |
| ); |
| // Codification du statut de culture |
| private $statut_culture = array( |
| 'C' => 'Cultivé en extérieur', |
| 'I' => 'Cultivé en intérieur', |
| 'S' => 'Supposé cultivé', |
| 'D' => 'Culture douteuse', |
| 'E' => 'Anciennement cultivé (éteint)', |
| 'C' => 'Cité par erreur comme cultivé', |
| '' => 'Pas d\'information', |
| 'X' => 'Inapplicable', |
| '-' => 'Autre notion de culture' |
| ); |
| //+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Méthodes |
| /** |
| 106,9 → 55,9 |
|---|
| // Chargement des données des onglets |
| $this->chargerNomenclature(); |
| $this->chargerSynonymie(); |
| //$this->chargerClassification(); |
| $this->chargerClassification(); |
| $this->chargerChorologie(); |
| //$this->chargerComplements(); |
| $this->chargerComplements(); |
| |
| $this->setSortie(self::RENDU_CORPS, $this->getVue('fiche_taxon', $this->donnees)); |
| } |
| 117,7 → 66,7 |
|---|
| private function chargerNomenclature() { |
| $this->donnees['selectionne'] = $this->taxonDao->getNomenclature($this->referentiel, $this->donnees['num_nom']); |
| if (strpos($this->donnees['nom'], ' x ') ) { |
| if ($this->donnees['num_nom'] != $this->donnees['num_nom_retenu']) { |
| if ($this->donnees['num_nom'] != $this->donnees['num_nom_retenu'] && $this->donnees['num_nom_retenu'] != '') { |
| $this->donnees['retenu'] = $this->taxonDao->getNomenclature($this->referentiel, $this->donnees['num_nom_retenu']); |
| $this->donnees['parents'] = $this->taxonDao->getParentsHybride($this->referentiel, $this->donnees['num_nom_retenu']); |
| } else { |
| 124,7 → 73,7 |
|---|
| $this->donnees['parents'] = $this->taxonDao->getParentsHybride($this->referentiel, $this->donnees['num_nom']); |
| } |
| } else { |
| if ($this->donnees['num_nom'] != $this->donnees['num_nom_retenu']) { |
| if ($this->donnees['num_nom'] != $this->donnees['num_nom_retenu'] && $this->donnees['num_nom_retenu'] != '') { |
| $this->donnees['retenu'] = $this->taxonDao->getNomenclature($this->referentiel, $this->donnees['num_nom_retenu']); |
| } |
| } |
| 136,80 → 85,140 |
|---|
| // recherche des synonymes nomenclaturaux et taxonomiques |
| $parametres = $this->parserChaineDeRecherche('nn:'.$this->donnees['num_nom'].' tax:1'); |
| $parametres['ref']= $this->referentiel; |
| $synonymes = $rechercheDao->chercher('ParTaxon', $parametres); |
| foreach ($synonymes as $synonyme) { |
| if ($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom'] && $synonyme['basionyme'] != null) { |
| if (($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom']) && ($synonyme['basionyme'] == $this->donnees['num_nom'] || |
| $this->donnees['info']['basionyme'] == $synonyme['num_nom'] || $this->donnees['info']['basionyme'] == $synonyme['basionyme'])) { |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['nomenclaturale'][] = $synonyme; |
| } elseif ($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom'] && $synonyme['basionyme'] != null && |
| $this->donnees['info']['basionyme'] != null) { |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['taxonomique'][] = $synonyme; |
| } |
| } elseif ($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom']) { |
| ///nom est synonyme mal applique de num_nom_retenu |
| if ($synonyme['synonyme_mal_applique'] == 1) { |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['mal appliquée'][] = $synonyme; |
| } else { |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['indéterminée (pas de basionyme)'][] = $synonyme; |
| $synonymes = $rechercheDao->chercher('ParTaxon', $parametres); |
| if ($synonymes != '') { |
| foreach ($synonymes as $synonyme) { |
| if ($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom'] && $synonyme['basionyme'] != null) { |
| if (($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom']) && ($synonyme['basionyme'] == $this->donnees['num_nom'] || |
| $this->donnees['info']['basionyme'] == $synonyme['num_nom'] || $this->donnees['info']['basionyme'] == $synonyme['basionyme'])) { |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['nomenclaturale'][] = $synonyme; |
| } elseif ($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom'] && $synonyme['basionyme'] != null && |
| $this->donnees['info']['basionyme'] != null) { |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['taxonomique'][] = $synonyme; |
| } |
| } elseif ($this->donnees['num_nom'] != $synonyme['num_nom']) { |
| ///nom est synonyme mal applique de num_nom_retenu |
| if ($synonyme['synonyme_mal_applique'] == 1) { |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['mal appliquée'][] = $synonyme; |
| } else { |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['indéterminée (pas de basionyme)'][] = $synonyme; |
| } |
| } |
| } |
| } |
| // recherche synonyme proparte |
| if ($this->donnees['info']['synonyme_proparte'] != ''){ |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['pro parte']['num_nom'] = $this->donnees['info']['synonyme_proparte']; |
| } |
| // recherche si taxon est un synonyme douteux |
| if ($this->donnees['info']['synonyme_douteux'] == 1) { |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['douteux']['num_nom'] = $this->donnees['info']; |
| } |
| |
| // recherche synonyme proparte |
| if ($this->donnees['info']['synonyme_proparte'] != ''){ |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['pro parte']['num_nom'] = $this->donnees['info']['synonyme_proparte']; |
| /* à modifier qd base corrigée ajouter split ";" |
| * si 1 fusion de ce nom pour donner synonyme proparte |
| * sinon division |
| */ |
| } |
| // recherche si taxon est un synonyme douteux |
| if ($this->donnees['info']['synonyme_douteux'] == 1) { |
| $this->donnees['fiche_synonymie']['douteux']['num_nom'] = $this->donnees['info']; |
| } |
| /* si $this->donnees['info']['synonyme_mal_applique'] == 1 et $this->donnees['num_nom'] == $this->donnees['num_nom_retenu'] |
| * nom possede des synonymes mal appliquees |
| * sinon si $this->donnees['info']['synonyme_mal_applique'] == 1 et $this->donnees['num_nom'] != $this->donnees['num_nom_retenu'] |
| * nom est synonyme mal applique de num_nom_retenu |
| * si $this->donnees['info']['synonyme_orthographique'] == $this->donnees['num_nom'] |
| * nom possede des synonymes orthographiques |
| * sinon $this->donnees['info']['synonyme_orthographique'] != '' |
| * nom est synonyme mal applique de $this->donnees['info']['synonyme_orthographique'] |
| * si $this->donnees['info']['synonyme_proparte'] != '' |
| * |
| * si $this->donnees['info']['homonyme'] == 1 recherche sur nom |
| */ |
| } |
| } |
| |
| private function chargerChorologie() { |
| $this->chargerTableauManuel('presence'); |
| $this->chargerTableauManuel('statuts_origine'); |
| $this->chargerTableauManuel('statuts_introduction'); |
| $this->chargerTableauManuel('statuts_culture'); |
| foreach ($this->donnees['info'] as $param => $valeur) { |
| if ($param == 'presence') { |
| $this->donnees['chorologie']['Présence']['France']['code'] = $valeur; |
| $this->donnees['chorologie']['Présence']['France']['valeur'] = $this->presence_taxon[$valeur]; |
| $this->donnees['chorologie']['Présence']['France']['valeur'] = $this->tableau_manuel['presence'][$valeur]; |
| } elseif (preg_match('/presence_(.*)/', $param, $lieu)) { |
| $this->donnees['chorologie']['Présence'][$lieu['1']]['code'] = $valeur; |
| $this->donnees['chorologie']['Présence'][$lieu['1']]['valeur'] = $this->presence_taxon[$valeur]; |
| $this->donnees['chorologie']['Présence'][$lieu['1']]['valeur'] = $this->tableau_manuel['presence'][$valeur]; |
| } elseif ($param == 'statut_origine') { |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine']['France']['code'] = $valeur; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine']['France']['valeur'] = $this->statut_origine[$valeur]; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine']['France']['valeur'] = |
| $this->tableau_manuel['statuts_origine'][$valeur]; |
| } elseif (preg_match('/statut_origine_(.*)/', $param, $lieu)) { |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu['1']]['code'] = $valeur; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu['1']]['valeur'] = $this->statut_origine[$valeur]; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu['1']]['valeur'] = |
| $this->tableau_manuel['statuts_origine'][$valeur]; |
| } elseif ($param == 'statut_introduction') { |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction']['France']['code'] = $valeur; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction']['France']['valeur'] = $this->statut_introduction[$valeur]; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction']['France']['valeur'] = |
| $this->tableau_manuel['statuts_introduction'][$valeur]; |
| } elseif (preg_match('/statut_introduction_(.*)/', $param, $lieu)) { |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu['1']]['code'] = $valeur; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu['1']]['valeur'] = $this->statut_introduction[$valeur]; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu['1']]['valeur'] = |
| $this->tableau_manuel['statuts_introduction'][$valeur]; |
| } elseif ($param == 'statut_culture') { |
| $this->donnees['chorologie']['Statut de culture']['France']['code'] = $valeur; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut de culture']['France']['valeur'] = $this->statut_culture[$valeur]; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut de culture']['France']['valeur'] = |
| $this->tableau_manuel['statuts_culture'][$valeur]; |
| } elseif (preg_match('/statut_culture_(.*)/', $param, $lieu)) { |
| $this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu['1']]['code'] = $valeur; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu['1']]['valeur'] = $this->statut_culture[$valeur]; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu['1']]['valeur'] = |
| $this->tableau_manuel['statuts_culture'][$valeur]; |
| } |
| } |
| foreach ($this->donnees['chorologie']['Présence'] as $lieu=>$valeur) { |
| if (!isset($this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu])) { |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu]['code'] = ''; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu]['valeur'] = $this->statut_origine['']; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'origine'][$lieu]['valeur'] = |
| $this->tableau_manuel['statuts_origine']['']; |
| } |
| if (!isset($this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu])) { |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu]['code'] = ''; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu]['valeur'] = $this->statut_introduction['']; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut d\'introduction'][$lieu]['valeur'] = |
| $this->tableau_manuel['statuts_introduction']['']; |
| } |
| if (!isset($this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu])) { |
| $this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu]['code'] = ''; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu]['valeur'] = $this->statut_culture['']; |
| $this->donnees['chorologie']['Statut de culture'][$lieu]['valeur'] = |
| $this->tableau_manuel['statuts_culture']['']; |
| } |
| } |
| } |
| |
| private function chargerClassification() { |
| if ($this->donnees['info']['num_tax_sup'] != '' || isset($this->donnees['retenu']['num_tax_sup'])) { |
| if ($this->donnees['num_nom'] == $this->donnees['num_nom_retenu']) { |
| $this->donnees['classification']['supérieurs'] = array_reverse($this->taxonDao->getClassification |
| ('Superieur', $this->referentiel, $this->donnees['info']['num_tax_sup'])); |
| } else { |
| $this->donnees['classification']['supérieurs'] = array_reverse($this->taxonDao->getClassification |
| ('Superieur', $this->referentiel, $this->donnees['retenu']['num_tax_sup'])); |
| } |
| } |
| if ($this->donnees['num_nom_retenu'] != '') { |
| $class_inf = $this->taxonDao->getClassification |
| ('Inferieur', $this->referentiel, $this->donnees['num_nom_retenu']); |
| $this->donnees['classification']['inférieurs'] = $class_inf['inf']; |
| $this->donnees['niveau'] = $class_inf['niveau']; |
| } |
| } |
| |
| public function chargerComplements() { |
| $champs_manuel_technique = explode(',', $this->manuel['champs']); |
| $champs_base_donnees = key($this->donnees['info']); |
| $champs_supp_base = array_diff_key($this->donnees['info'], array_flip($champs_manuel_technique)); |
| foreach ($champs_supp_base as $champ=>$valeur) { |
| if (!(preg_match('/presence_(.*)/',$champ) || preg_match('/statut_origine_(.*)/', $champ) || |
| preg_match('/statut_introduction_(.*)/', $champ) || preg_match('/statut_culture_(.*)/', $champ))) { |
| $this->donnees['complement'][$champ] = $valeur; |
| } |
| } |
| } |
| |
| private function parserChaineDeRecherche($chaine) { |
| $mots = preg_split('/ /i', $chaine, -1, PREG_SPLIT_NO_EMPTY); |
| $parametres = array('mots' => ''); |
| 257,5 → 266,14 |
|---|
| return Recherche::getUrlFicheTaxon($taxon); |
| } |
| |
| // charger tableau de $this->manuel |
| private function chargerTableauManuel($titreTableau) { |
| $champs = explode(',', $this->manuel[$titreTableau]); |
| foreach ($champs as $champ) { |
| list($champ_nom, $type) = explode('=', trim($champ)); |
| $this->tableau_manuel[$titreTableau][$champ_nom] = $type; |
| } |
| } |
| |
| |
| } |