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/branches/v2.1-emondoir/TODO
3,5 → 3,5
plutôt que gestion en PHP
CelValidationObservation.php: pose la question de la validation des
données par rapport à l'indépendance vis-à-vis des référentiels
nomenclaturaux et taxonomiques (tables bdtfx/bdtxa/isfan/bdtao...)
nomenclaturaux et taxonomiques (tables bdtfx/bdtxa/isfan/apd...)
 
/branches/v2.1-emondoir/widget/modules/saisie/configurations/defaut.ini
4,4 → 4,4
bdtfx.version = 1.01
bdtxa.version = 1.00
isfan.version = 1.00
bdtao.version = 1.00
apd.version = 3.4.0
/branches/v2.1-emondoir/widget/modules/saisie/squelettes/defaut/defaut.tpl.html
373,7 → 373,7
<option value="bdtfx" selected="selected" title="Trachéophytes de France métropolitaine">Métropole (BDTFX)</option>
<option value="bdtxa" title="Trachéophytes des Antilles">Antilles françaises (BDTXA)</option>
<option value="isfan" title="Afrique du Nord">Afrique du Nord (ISFAN)</option>
<option value="bdtao" title="Afrique de l'Ouest et du Centre">Afrique de l'Ouest et du Centre (BDTAO)</option>
<option value="apd" title="Afrique de l'Ouest et du Centre">Afrique de l'Ouest et du Centre (APD)</option>
</select>
</span>
</div>
/branches/v2.1-emondoir/widget/modules/saisie/squelettes/defaut/js/defaut.js
132,7 → 132,7
// @TODO tester le filtrage par bounding box : https://developers.google.com/maps/documentation/geocoding/#Viewports
switch(NOM_SCI_PROJET) {
case 'isfan':
case 'bdtao':
case 'apd':
region = '';
suffixeTerme = '';
}
224,7 → 224,7
} else if(NOM_SCI_PROJET == 'isfan') {
var latLng = new google.maps.LatLng(29.28358, 10.21884);// Afrique du Nord
var zoomDefaut = 4;
} else if(NOM_SCI_PROJET == 'bdtao') {
} else if(NOM_SCI_PROJET == 'apd') {
var latLng = new google.maps.LatLng(8.75624, 1.80176);// Afrique de l'Ouest et du Centre
var zoomDefaut = 4;
} else {
701,7 → 701,7
'num_nom_ret' : $("#taxon").data("numNomRet"),
'num_taxon' : $("#taxon").data("nt"),
'famille' : $("#taxon").data("famille"),
'referentiel' : ($("#taxon").data("numNomSel") == undefined ? '' : NOM_SCI_REFERENTIEL),
'referentiel' : ($("#taxon").data("numNomSel") == undefined ? '' : NOM_SCI_PROJET),
'latitude' : $("#latitude").val(),
'longitude' : $("#longitude").val(),
/branches/v2.1-emondoir/widget/modules/saisie
Property changes:
Modified: svn:mergeinfo
Merged /trunk/widget/modules/saisie:r2155,2157-2159,2161
/branches/v2.1-emondoir/widget
Property changes:
Modified: svn:mergeinfo
Merged /trunk/widget:r2155,2157-2159,2161
/branches/v2.1-emondoir/jrest/lib/Cel.php
38,7 → 38,7
protected $start;
protected $limit;
 
static $referentiels_valides = array('bdtfx', 'bdtxa', 'isfan', 'bdtao');
static $referentiels_valides = array('bdtfx', 'bdtxa', 'isfan', 'apd');
static $default_referentiel = 'bdtfx';
static $fallback_referentiel = 'autre';
 
/branches/v2.1-emondoir/jrest/jrest.ini.php.defaut
37,7 → 37,6
; URL des services web du CEL sous forme de template à utiliser avec sprintf
baseURLServicesAnnuaireTpl = "http://www.tela-botanica.org/service:annuaire:%s"
 
; Default
[eflore]
phptype = mysqli
username =
54,7 → 53,14
url_service_nom_attribution = "http://localhost/service:eflore:0.1/{referentiel}/noms-vernaculaires/attributions?masque.nt={valeur}&masque.lg={langue}"
 
 
; Images
[referentiels]
; Nom des tables des référentiels avec leur version actuellement utilisé pour récupérer les infos des noms
; ATTENTION : Bien préciser le nom de la base devant le nom de la table !
bdtfx = "tb_eflore.bdtfx_v2_00"
bdtxa = "tb_eflore.bdtxa_v1_01"
isfan = "tb_eflore.isfan_v2013"
apd = "tb_eflore.apd_v3_4_0"
 
[cel]
chemin_images = /opt/lampp/htdocs/Documents/images_serveur
chemin_export = /opt/lampp/htdocs/Documents/export_images
86,7 → 92,6
 
commande_script_images = "/usr/local/php/5.5/bin/php /home/apitela/www/scripts/cel/cli.php generationimages -a genererMinaturesPourId -id %s &";
 
; Stockage
[database_cel]
phptype = mysqli
username =
107,14 → 112,12
ann_pwd = U_PASSWD
pass_crypt_funct = md5
 
; LOGS
[log]
cheminlog = "/home/Logs/"
timezone = "Europe/Paris"
taillemax = 100000
 
; ADMIN
[jrest_admin]
admin = aurelien@tela-botanica.org,david.delon@clapas.net,jpm@tela-botanica.org,marie@tela-botanica.org
ip_autorisees = "localhost,www.tela-botanica.org, api.tela-botanica.org"
ip_autorisees = "127.0.0.1,193.54.123.216,193.54.123.169"
;*/?>
/branches/v2.1-emondoir/jrest/services/CelValidationObservation.php
97,7 → 97,7
const bdtfx = 'bdtfx_v2_00';
const bdtxa = 'bdtxa_v1_01';
const isfan = 'isfan_v2013';
const bdtao = 'bdtao_v1_00';
const apd = 'apd_v1_00';
 
// get from num_nom(_sel)
static function NN($db, $id, $ref) {
131,12 → 131,12
" FROM %s.%s o".
" LEFT JOIN %s.%s ret ON o.num_nom_retenu != 0 AND o.num_nom_retenu = ret.num_nom".
" WHERE o.num_nom = %d -- %s:%d", self::db, self::isfan, self::db, self::isfan, intval($id), __FILE__, __LINE__))->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
case "bdtao":
case "apd":
return $db->query(sprintf("SELECT o.num_nom_retenu AS nom_ret_nn, o.num_taxonomique AS nt, CONCAT(o.nom_sci, ' ', o.auteur) AS nom_sel".
" , o.famille, CONCAT(ret.nom_sci, ' ', ret.auteur) AS nom_ret".
" FROM %s.%s o".
" LEFT JOIN %s.%s ret ON o.num_nom_retenu != 0 AND o.num_nom_retenu = ret.num_nom".
" WHERE o.num_nom = %d -- %s:%d", self::db, self::bdtao, self::db, self::bdtao, intval($id), __FILE__, __LINE__))->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
" WHERE o.num_nom = %d -- %s:%d", self::db, self::apd, self::db, self::apd, intval($id), __FILE__, __LINE__))->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
}
return FALSE;
}
/branches/v2.1-emondoir/jrest/services/CelObs.php
15,16 → 15,25
* @copyright © 2013, Jean-Pascal MILCENT
*/
class CelObs extends Cel {
 
private $rechercheObs = null;
private $chpsEtendus = null;
private $donnees = null;
 
public function __construct($config) {
parent::__construct($config);
$this->rechercheObs = new RechercheObservation($config);
$this->chpsEtendus = new GestionChampsEtendus($config, 'obs');
 
$this->chargerNomsTablesReferentiels();
}
 
private function chargerNomsTablesReferentiels() {
// Créé des attributs avec le code du référentiel : bdtfx, bdtxa, apd, isfan
foreach ( $this->config['referentiels'] as $referentiel => $table) {
$this->$referentiel = $table;
}
}
 
function getElement($ressources){
$retour = false;
$idObs = $ressources[0];
96,4 → 105,179
}
return $retour;
}
 
/**
* Méthode appelée avec une requête de type POST et un identifiant d'observation.
* Modifie une observation en fonction des informations envoyées en POST.
* Utilisé par:
* - service:del:0.1/determinations/ : ValiderDetermination.php::modifierObservationParDetermination()
* - service:del:0.1/observations/#idObs [POST] : pour dépublier une observation
*
* @param $uid array $uid[0] (int) : identifiant observation
* @param pairs array tableau contenant les champs à modifier sous la forme : nom_du_champ=nouvelle_valeur
*/
public function updateElement($ressources, $donnees) {
$this->donnees = $donnees;
if ($this->controlerAccessibiliteWs()) {
if ($this->controleAppelIpAutorisee()) {
$idObs = isset($ressources[0]) ? $ressources[0] : '';
$this->verifierIdentifiantObs($idObs);
 
if (count($this->donnees) == 1) {
$donneesObligatoires = array('transmission');
if ($this->verifierDonneesObligatoires($donneesObligatoires)) {
$this->depublierObs($idObs);
}
} else if (count($this->donnees) == 4) {
$donneesObligatoires = array('id_observation', 'nom_sel_nn', 'nom_referentiel', 'id_utilisateur');
if ($this->verifierDonneesObligatoires($donneesObligatoires)) {
$this->accepterPropositionDEL($idObs);
}
} else {
$msg = "La modification complète d'une observation n'est pas implémentée.";
$this->envoyerMessageErreur(501, $msg);
}
 
$this->envoyer('ok');
}
}
}
 
private function verifierIdentifiantObs($chaine) {
$ok = preg_match('/^[0-9]+$/', $chaine);
if ($ok == false) {
$msg = "Indiquer un seul identifiant numérique d'observation.";
$this->envoyerMessageErreur(412, $msg);
}
return $ok;
}
 
private function verifierDonneesObligatoires($champsObligatoires) {
foreach ($champsObligatoires as $param) {
if (! isset($this->donnees[$param])) {
$msg = sprintf("Paramètre %s manquant (parmi %s)", $param, implode(', ', $champsObligatoires));
$this->envoyerMessageErreur(412, $msg);
}
}
return true;
}
 
private function depublierObs($idObs) {
$gestionnaireObs = new GestionObservation($this->config);
$depublication = $gestionnaireObs->modifierTransmissionObservation($idObs, false);
if ($depublication === false) {
$msg = "Un problème est survenu (voir log). Les observations n'ont pas pu être dépubliées.";
$this->envoyerMessageErreur(304, $msg);
}
}
 
/**
* Modifie une observation aveec les infos d'une proposition :
* Nous complétons les données de la proposition acceptée ici car:
* 1) la table tb_del.del_commentaire ne contient pas toutes les informations nécessaires
* 2) la table tb_del.del_commentaire ne *devrait* pas contenir beaucoup plus que nom_sel et nom_sel_nn
* 3) la génération de ces données ici, au moment de l'UPDATE, est le meilleur garant de leur fiabilité
*/
private function accepterPropositionDEL($idObs) {
$gestion_observation = new GestionObservation($this->config);
$donnees = array_map('trim', $this->donnees);
$idUtilisateur = $donnees['id_utilisateur'];
$donneesAModifier = array(
'certitude' => 'Certaine',
'nom_referentiel' => $donnees['nom_referentiel'],
);
// TODO : la récupération des infos du nom est aussi effectué par la suite voir ce qu'il faut garder
$infosNoms = $this->getNomInfos($donnees['nom_sel_nn'], $donnees['nom_referentiel']);
if ($infosNoms) {
$donneesAModifier = array_merge($donneesAModifier, $infosNoms);
}
 
$modification = $gestion_observation->modifierObservationPublique($idObs, $donneesAModifier);
 
if ($modification) {
// supression des éventuelles liaison de l'obs avec le mot clé contenu dans obsKeywordDelete
$gestionMotsClesObs = new GestionMotsClesChemin($this->config, 'obs');
$supp_liaison_mot_cle = $gestionMotsClesObs->supprimerLiaisonPourMotCleEtIdElementLie('aDeterminer', $idObs, $idUtilisateur);
} else {
$msg = "Impossible de modifier l'observation associée à cet identifiant. Erreur mysql : " . mysql_error();
$this->envoyerMessageErreur(500, $msg);// Internal Server Error
}
}
 
// TODO : cette méthode et celles qui en dépendent sont peut être inutiles au vue de la méthode traiterEspece() de GestionObservation
private function getNomInfos($id_nom, $code_referentiel) {
$retour = false;
if ($id_nom && $code_referentiel) {
switch ($code_referentiel) {
case 'bdtfx' :
$retour = $this->getInfosBdtfx($id_nom);
break;
case 'bdtxa' :
$retour = $this->getInfosBdtxa($id_nom);
break;
case 'isfan' :
$retour = $this->getInfosIsfan($id_nom);
break;
case 'apd' :
$retour = $this->getInfosApd($id_nom);
break;
}
}
return $retour;
}
 
private function getInfosBdtfx($id_nom) {
$idNomP = CEL::db()->proteger($id_nom);
$requete = "SELECT o.num_nom_retenu AS nom_ret_nn, o.num_taxonomique AS nt, o.famille, ".
" CONCAT(o.nom_sci, ' ', o.auteur) AS nom_sel, ".
" CONCAT(ret.nom_sci, ' ', ret.auteur) AS nom_ret ".
"FROM {$this->bdtfx} AS o ".
" LEFT JOIN {$this->bdtfx} AS ret ON (o.num_nom_retenu != 0 AND o.num_nom_retenu = ret.num_nom) ".
"WHERE o.num_nom = $idNomP ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$resultat = Cel::db()->requeterLigne($requete);
return $resultat;
}
 
private function getInfosBdtxa($id_nom) {
$idNomP = CEL::db()->proteger($id_nom);
// Champ "num_tax" au lieu de "num_taxonomique"
$requete = "SELECT o.num_nom_retenu AS nom_ret_nn, o.num_tax AS nt, o.famille, ".
" CONCAT(o.nom_sci, ' ', o.auteur) AS nom_sel, ".
" CONCAT(ret.nom_sci, ' ', ret.auteur) AS nom_ret ".
"FROM {$this->bdtxa} AS o ".
" LEFT JOIN {$this->bdtxa} AS ret ON (o.num_nom_retenu != 0 AND o.num_nom_retenu = ret.num_nom) ".
"WHERE o.num_nom = $idNomP ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$resultat = Cel::db()->requeterLigne($requete);
return $resultat;
}
 
private function getInfosIsfan($id_nom) {
$idNomP = CEL::db()->proteger($id_nom);
// Champ "num_tax" au lieu de "num_taxonomique"
$requete = "SELECT o.num_nom_retenu AS nom_ret_nn, o.num_taxonomique AS nt, o.famille, ".
" CONCAT(o.nom_sci, ' ', o.auteur) AS nom_sel, ".
" CONCAT(ret.nom_sci, ' ', ret.auteur) AS nom_ret ".
"FROM {$this->isfan} AS o ".
" LEFT JOIN {$this->isfan} AS ret ON (o.num_nom_retenu != 0 AND o.num_nom_retenu = ret.num_nom) ".
"WHERE o.num_nom = $idNomP ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$resultat = Cel::db()->requeterLigne($requete);
return $resultat;
}
 
private function getInfosApd($id_nom) {
$idNomP = CEL::db()->proteger($id_nom);
// Champ "num_tax" au lieu de "num_taxonomique"
$requete = "SELECT o.num_nom_retenu AS nom_ret_nn, o.num_taxonomique AS nt, o.famille, ".
" CONCAT(o.nom_sci, ' ', o.auteur) AS nom_sel, ".
" CONCAT(ret.nom_sci, ' ', ret.auteur) AS nom_ret ".
"FROM {$this->apd} AS o ".
" LEFT JOIN {$this->apd} AS ret ON (o.num_nom_retenu != 0 AND o.num_nom_retenu = ret.num_nom) ".
"WHERE o.num_nom = $idNomP ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$resultat = Cel::db()->requeterLigne($requete);
return $resultat;
}
}
/branches/v2.1-emondoir/jrest/services/ImportXLS.php
710,7 → 710,7
//if(strpos($referentiel, 'bdnff') !== FALSE) return 'bdnff'; //:4.02';
if(strpos($referentiel, 'bdnff') !== FALSE) return 'bdtfx';
if(strpos($referentiel, 'isfan') !== FALSE) return 'isfan'; //:v1.00';
if(strpos($referentiel, 'bdtao') !== FALSE) return 'bdtao'; //:v1.00';
if(strpos($referentiel, 'apd') !== FALSE) return 'apd'; //:v1.00';
if(strpos($referentiel, 'autre') !== FALSE) return 'autre';
 
if($referentiel && isset($ligne[C_NOM_SEL]) && $ligne[C_NOM_SEL]) {
/branches/v2.1-emondoir/src/org/tela_botanica/client/modeles/dao/ObservationAsynchroneDAO.java
70,7 → 70,7
+"&abondance="+URL.encodeComponent(""+obs.getAbondance())
+"&certitude="+URL.encodeComponent(""+obs.getCertitude())
+"&phenologie="+URL.encodeComponent(""+obs.getPhenologie())
+"&nom_referentiel="+URL.encodeComponent(""+obs.getReferentielTaxo())
+"&nom_referentiel="+URL.encodeComponent(""+obs.getCodeCourtReferentielTaxo())
+"&obs_etendue="+URL.encodeComponent(""+Util.convertirChampsEtendusEnChaineRequete(obs.getChampsEtendus()));
try {
125,7 → 125,7
+"&abondance="+URL.encodeComponent(""+obs.getAbondance())
+"&certitude="+URL.encodeComponent(""+obs.getCertitude())
+"&phenologie="+URL.encodeComponent(""+obs.getPhenologie())
+"&nom_referentiel="+URL.encodeComponent(""+obs.getReferentielTaxo())
+"&nom_referentiel="+URL.encodeComponent(""+obs.getCodeCourtReferentielTaxo())
+"&obs_etendue="+URL.encodeComponent(""+Util.convertirChampsEtendusEnChaineRequete(obs.getChampsEtendus()));
try {
/branches/v2.1-emondoir/src/org/tela_botanica/client/modeles/objets/Observation.java
319,8 → 319,13
 
public String getCodeCourtReferentielTaxo() {
String codeRef = "";
if(!getReferentielTaxo().equals("") && getReferentielTaxo().length() >= 5) {
codeRef = referentielTaxo.substring(0, 5);
if(!getReferentielTaxo().equals("") && getReferentielTaxo().length() >= 3) {
int positionDeuxPoints = referentielTaxo.indexOf(':');
if (positionDeuxPoints == -1) {
codeRef = referentielTaxo;
} else {
codeRef = referentielTaxo.substring(0, positionDeuxPoints);
}
}
return codeRef;
}
/branches/v2.1-emondoir/war/config.defaut.js
10,7 → 10,7
utiliseRedirectionImage:"1",
referentielGeo:"WGS84",
cleGoogleMaps:"ABQIAAAADBUAHF9l14gI02QVAbUYJBRqPsByHDhzHLE0yoC9hASLZaFmoRT4_9Zkiscf-BaH_gEy7DVHX5BxwQ",
referentielsDispos:"bdtfx:v2.00,Métropole (BDTFX);bdtxa:v1.01,Antilles Françaises (BDTXA);isfan:v1.00,Afrique du Nord (ISFAN);bdtao:v1.00,Afrique de l'Ouest et du Centre (BDTAO);autre,Autre/Inconnu",
referentielsDispos:"bdtfx:v2.00,Métropole (BDTFX);bdtxa:v1.01,Antilles Françaises (BDTXA);isfan:v1.00,Afrique du Nord (ISFAN);apd:v3.4.0,Afrique de l'Ouest et du Centre (APD);autre,Autre/Inconnu",
refTaxVersion:"1",
lienEfloreBaseUrl:"www.tela-botanica.org/eflore",
licence:"",
/branches/v2.1-emondoir/.
Property changes:
Modified: svn:mergeinfo
Merged /trunk:r2155,2157-2159,2161