| New file |
|---|
| 0,0 → 1,369 |
|---|
| <?php |
| // declare(encoding='UTF-8'); |
| /** |
| * Classe de découpage des noms latins. |
| * |
| * @internal Mininum PHP version : 5.2 |
| * @category CEL |
| * @package Services |
| * @subpackage Bibliothèques |
| * @version 0.1 |
| * @author Mathias CHOUET <mathias@tela-botanica.org> |
| * @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org> |
| * @author Aurelien PERONNET <aurelien@tela-botanica.org> |
| * @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt> |
| * @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt> |
| * @copyright 1999-2014 Tela Botanica <accueil@tela-botanica.org> |
| */ |
| class DecoupageNomLatin extends Decoupage { |
| |
| private $expression_principale = array(); |
| private $expression_complement = array(); |
| |
| public function __construct() { |
| parent::__construct(); |
| |
| // Genre et nom supragénérique |
| $this->expression_principale[1] = "/^((?:$this->hyb |)$this->Gen)(?:( $this->Inf)|)$/u"; |
| // Sp |
| $this->expression_principale[2] = "/^((?:$this->hyb |)$this->Gen) ((?:($this->hyb) |$this->Dou|)(?:$this->Epi|$this->Dou))(?:((?:,| $this->Ran) $this->Inf)| agg\.|)$/u"; |
| // Rang infragénérique et supraspécifique |
| $this->expression_principale[3] = '/^('.$this->Gen.') ('.$this->Ran.') ('.$this->Gen.'|.'.$this->Epi.')(?:(, '.$this->Inf.')|)$/u'; |
| // Hybride interspécifique |
| $this->expression_principale[4] = "/^((?:$this->Gen) $this->Epi (?:($this->Ran) $this->Epi )?x $this->Epi(?: ($this->Ran) $this->Epi)?)$/u"; |
| // Aggrégat |
| $this->expression_principale[5] = "/^($this->Gen) ($this->Epi) (agg\.)(?:( $this->Inf)|)$/u";// |
| |
| // Epithète infra-spécifique |
| $this->expression_complement[1] = "/^ ($this->Ran) ((?:($this->hyb) |$this->Dou|)(?:$this->Epi|$this->Dou))(?:((?:,| $this->Ran) $this->Inf)|)$/Uu"; |
| // Cultivar |
| $this->expression_complement[5] = "/^ ($this->Ran_ht) ((?:(?:$this->Epi_cv) ?)+)$/u"; |
| |
| } |
| |
| public function decouper($nom_latin) { |
| $aso_nom_decompo = array('nom_genre' => '', 'nom_sp' => '', 'auteur_sp' => '', 'nom_complement' => '', |
| 'type_infrasp' => '', 'nom_infrasp' => '', |
| 'num_nomenc' => '', 'num_taxo' => '', 'rang_taxonomique' => '', |
| 'nom_courant' => '', 'nom_superieur' => '', 'agg' => ''); |
| $aso_nom_decompo['nom_complet'] = $nom_latin; |
| while ($nom_latin != '') { |
| $morceau = array(); |
| if (preg_match($this->expression_principale[4], $nom_latin, $morceau)) {// Formule d'hybridation |
| // Nous tentons de déterminer le rang de l'hybride |
| if (isset($morceau[2]) && isset($morceau[3]) && $morceau[2] == $morceau[3]) { |
| $aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->attribuerCodeRang('n-'.$morceau[2]); |
| } else { |
| $aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 260;// Hybride instersp. |
| } |
| $aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = 'x'; |
| $aso_nom_decompo['formule_hybridation'] = $morceau[0]; |
| $nom_latin = ''; |
| } else if (preg_match($this->expression_principale[5], $nom_latin, $morceau)) {// agg. |
| $aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 240;// agg. |
| $aso_nom_decompo['nom_genre'] = $morceau[1]; |
| $aso_nom_decompo['nom_sp'] = $morceau[2]; |
| $aso_nom_decompo['agg'] = $morceau[3]; |
| $nom_latin = $morceau[4]; |
| $aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $morceau[1]; |
| $aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[2]; |
| } else if (preg_match($this->expression_principale[2], $nom_latin, $morceau)) {// Nom d'sp. |
| // Nous regardons si nous avons à faire à un hybride |
| if (preg_match('/^'.$this->hyb.'$/', $morceau[3])) { |
| $aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 260;// hybride intersp. |
| $aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = strtolower($morceau[3]); |
| } else if (preg_match('/^'.$this->Epi_nn_hy.'$/', $morceau[2])) { |
| $aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 260;// hybride intersp. |
| $aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = 'x'; |
| } else { |
| $aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 250;// sp. |
| } |
| // Nous atribuons le genre |
| $aso_nom_decompo['nom_genre'] = $morceau[1]; |
| // Nous regardons si nous avons à faire à une phrase non nommé (ex : sp.1, spp., nsp.) |
| if (preg_match('/^'.$this->Epi_nn.'$/', $morceau[2])) { |
| $aso_nom_decompo['phrase_nom_non_nomme'] = $morceau[2];// hybride intersp. |
| $aso_nom_decompo['nom_sp'] = ''; |
| } else { |
| $aso_nom_decompo['nom_sp'] = $morceau[2]; |
| } |
| $nom_latin = $morceau[4]; |
| $aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $morceau[1]; |
| $aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[2]; |
| } else if (preg_match($this->expression_principale[3], $nom_latin, $morceau)) {// Nom infragénérique et supraspécifique |
| $aso_nom_decompo['nom_genre'] = $morceau[1]; |
| $aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->attribuerCodeRang($morceau[2]); |
| // Nous regardons si nous avons à faire à un groupe |
| if (preg_match('/^'.$this->Ran_ig_gr.'$/', $morceau[2])) { |
| $aso_nom_decompo['nom_sp'] = $morceau[3]; |
| } else { |
| $aso_nom_decompo['nom_infra_genre'] = $morceau[3]; |
| } |
| $nom_latin = $morceau[4]; |
| $aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $morceau[1]; |
| $aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[3]; |
| } else if (preg_match($this->expression_principale[1], $nom_latin, $morceau)) {// Nom de genre et supragénérique |
| $aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->verifierTerminaisonLatine($nom_latin); |
| $aso_nom_decompo['nom_suprasp'] = $morceau[1]; |
| $nom_latin = $morceau[2]; |
| $aso_nom_decompo['nom_superieur'] = null; |
| $aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[1]; |
| } else if (preg_match($this->expression_complement[5], $nom_latin, $morceau)) {// Cultivar |
| $aso_nom_decompo['rang_cultivar'] = $this->attribuerCodeRang($morceau[1]); |
| // Nous vérifions si nous avons à faire à un cultivar d'hybride |
| if ($aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] == 'x' && $aso_nom_decompo['rang_cultivar'] == 460) { |
| $aso_nom_decompo['rang_cultivar'] = 470; |
| } |
| $aso_nom_decompo['cultivar'] = $morceau[2]; |
| $nom_latin = ''; |
| } else if (preg_match($this->expression_complement[1], $nom_latin, $morceau)) {// Nom infrasp. |
| if (preg_match('/^'.$this->hyb.'$/', $morceau[3])) { |
| $aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = strtolower($morceau[3]); |
| } |
| $aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->attribuerCodeRang($morceau[1]); |
| $aso_nom_decompo['type_infrasp'] = $morceau[1]; |
| $aso_nom_decompo['nom_infrasp'] = $morceau[2]; |
| $nom_latin = $morceau[4]; |
| $aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $aso_nom_decompo['nom_courant']; |
| $aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[2]; |
| } else {// Erreurs |
| $aso_nom_decompo['erreur_mark'] = 'erreur'; |
| $aso_nom_decompo['erreur_notes'] = $nom_latin; |
| $nom_latin = ''; |
| } |
| } |
| return $aso_nom_decompo; |
| } |
| |
| public function verifierTerminaisonLatine($nom_latin) { |
| if (preg_match('/^Plantae$/', $nom_latin)) {// Règne |
| return 10; |
| } else if (preg_match('/phyta$/', $nom_latin)) {// Embranchement ou Division |
| return 30; |
| } else if (preg_match('/phytina$/', $nom_latin)) {// Sous-Embranchement ou Sous-Division |
| return 40; |
| } if (preg_match('/opsida$/', $nom_latin)) {// Classe |
| return 70; |
| } else if (preg_match('/idae$/', $nom_latin)) {// Sous-Classe |
| return 80; |
| } else if (preg_match('/ales$/', $nom_latin)) {// Ordre |
| return 100; |
| } else if (preg_match('/ineae$/', $nom_latin)) {// Sous-Ordre |
| return 110; |
| } else if (preg_match('/aceae$/', $nom_latin)) {// Famille |
| return 120; |
| } else if (preg_match('/oideae$/', $nom_latin)) {// Sous-Famille |
| return 130; |
| } else if (preg_match('/eae$/', $nom_latin)) {// Tribu |
| return 140; |
| } else if (preg_match('/inae$/', $nom_latin)) {// Sous-Tribu |
| return 150; |
| } else if (preg_match('/^[A-Z]/', $nom_latin)) {// Genre |
| return 160; |
| } else { |
| return 1; |
| } |
| } |
| |
| static function fournirTableauAbreviationRang($type = 'tout') { |
| $rang_supra_sp = array('subgen.', 'subg.', 'sect.');// l'abréviation du rang est suivi par un nom supra spécifique commençant par une majuscule |
| $rang_supra_gr = array('gr.');// l'abréviation du rang est suivi par un nom ne commençant pas par une majuscule |
| $rang_supra_agg = array('agg.');// le nom latin est terminé par l'abréviation du rang |
| $rang_infra_sp = array('subsp.', 'n-subsp.', '[subsp.]', '[n-subsp.]', |
| 'var.', 'nvar.', '[var.]', |
| 'prol.', 'proles', 'n-proles.', |
| 'f.', 'fa', 'fa.', 'forma', |
| 'subvar.', 'convar.', |
| 'cv.', 'Cv.', |
| 'n-f.', 'n-fa', 'n-fa.', |
| 'subf.', 'subfa', 'subfa.'); |
| if ($type == 'supra') { |
| return $rang_supra_sp; |
| } else if ($type == 'supra-gr') { |
| return $rang_supra_gr; |
| } else if ($type == 'supra-agg') { |
| return $rang_supra_agg; |
| } else if ($type == 'infra') { |
| return $rang_infra_sp; |
| } else if ($type == 'tout') { |
| return array_merge($rang_supra_sp, $rang_supra_gr, $rang_supra_agg, $rang_infra_sp); |
| } |
| } |
| |
| static function actualiserCodeRang($code_rang) { |
| $aso_rang = array('1' => '10', // Règne |
| '3' => '20', // Sous-Règne |
| '5' => '30', // Phylum |
| '7' => '40', // Sub-Phylum |
| '9' => '50', // division |
| '15' => '60', // sous-division |
| '20' => '70', // classe |
| '25' => '80', // sous-classe |
| '30' => '100', // ordre |
| '35' => '110', // sous-ordre |
| '40' => '120', // famille |
| '45' => '130', // sous-famille |
| '50' => '140', // tribu |
| '55' => '150', // sous-tribu |
| '60' => '160', // genre |
| '62' => '170', // genre hybride (nouveau compatibilité flore Réunion) |
| '65' => '180', // sous-genre |
| '65' => '190', // section |
| '75' => '200', // sous-section |
| '80' => '210', // série |
| '85' => '220', // sous-série |
| '90' => '230', // groupe |
| '95' => '240', // aggrégat |
| '100' => '250', // espèce |
| '102' => '260', // espèce hybride intragénérique |
| '104' => '260', // espèce hybride intergénérique |
| '110' => '280', // sous-espèce |
| '112' => '300', // sous-espèce hybride : hybride entre deux sous-espèces d'une espèce non hybride ; exemple : Polypodium vulgare L. nsubsp. mantoniae (Rothm.) Schidlay (Polypodium vulgare L. subsp. vulgare x Polypodium vulgare L. subsp. prionodes (Aschers.) Rothm.). |
| '113' => '310', // sous-espèce hybride : sous-espèce d'espèce hybride sans spécification du rang parental (subspecies) (voir ICBN, art. H.12.1). |
| '114' => '300', // sous-espèce hybride : sous-espèce hybride d'espèce hybride (nothosubspecies) (voir ICBN, art. H.12.1) ; exemple : Mentha x piperita L. nsubsp. piperita (Mentha aquatica L. x Mentha spicata L. subsp. glabrata (Lej. et Court.) Lebeau). |
| '115' => '300', // sous-espèce hybride |
| '120' => '1', // infra2 |
| '122' => '330', // prole, race : peu employé souvent issu de nom ancien (antérieur au code). |
| '124' => '340', // prole, race hybride : peu employé souvent issu de nom ancien (antérieur au code). |
| '132' => '350', // convarietas : si on le conscidère comme un rang intermédiaire entre la sous-espèce et la variété. Voir aussi n°200. |
| '130' => '1', // infra3 : niveau infra-spécifique de troisième niveau, sans plus de précision. |
| '140' => '360', // variété |
| '142' => '380', // variété : hybride entre deux variétés d'une espèce non hybride. |
| '143' => '390', // variété : variété d'espèce hybride sans spécification du rang parental (varietas) (voir ICBN, art. H.12.1); exemple : Populus x canadensis Moench var. marilandica (Poir.) Rehder. |
| '144' => '380', // variété : variété hybride d'espèce hybride (nothovarietas) ; exemple : Salix x sepulcralis Simonk. nvar. chrysocoma (Dode) Meikle. |
| '145' => '380', // variété hybride |
| '150' => '410', // sous-variété |
| '160' => '420', // forme |
| '162' => '430', // forme : hybride entre deux formes d'une espèce non hybride. |
| '163' => '430', // forme : forme d'espèce hybride sans spécification du rang parental (forma) (voir ICBN, art. H.12.1); exemple : Mentha x piperita L. f. hirsuta Sole. |
| '164' => '430', // forme : forme hybride d'espèce hybride (nothoforma). |
| '170' => '440', // sous-forme |
| '200' => '450', // groupe de cultivar |
| '210' => '460', // cultivar |
| '220' => '470', // cultivar d'hybride |
| '0' => '480' // clade |
| ); |
| return $aso_rang[$code_rang]; |
| } |
| |
| public function attribuerCodeInfra($str_abreviation_type_infra) { |
| $aso_code_infra = array('type' => '', 'code' => 0, 'rang' => 2 ); |
| switch ($str_abreviation_type_infra) { |
| case 'subgen.' : |
| case 'subg.' : |
| $aso_code_infra['rang'] = 180; |
| break; |
| case 'sect.' : |
| $aso_code_infra['rang'] = 190; |
| break; |
| case 'gr.' : |
| $aso_code_infra['rang'] = 230; |
| break; |
| case 'subsp.' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra1'; |
| $aso_code_infra['code'] = 1; |
| $aso_code_infra['rang'] = 280; |
| break; |
| case 'n-subsp.' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra1'; |
| $aso_code_infra['code'] = 2; |
| $aso_code_infra['rang'] = 300; |
| break; |
| case '[subsp.]' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra1'; |
| $aso_code_infra['code'] = 3; |
| $aso_code_infra['rang'] = 290; |
| break; |
| case '[n-subsp.]' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra1'; |
| $aso_code_infra['code'] = 4; |
| $aso_code_infra['rang'] = 310; |
| break; |
| case 'var.' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra2'; |
| $aso_code_infra['code'] = 1; |
| $aso_code_infra['rang'] = 360; |
| break; |
| case '[var.]' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra2'; |
| $aso_code_infra['code'] = 2; |
| $aso_code_infra['rang'] = 370; |
| break; |
| case 'n-var.' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra2'; |
| $aso_code_infra['code'] = 3; |
| $aso_code_infra['rang'] = 380; |
| break; |
| case 'nvar.' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra2'; |
| $aso_code_infra['code'] = 3; |
| $aso_code_infra['rang'] = 384; |
| break; |
| case '[n-var.]' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra2'; |
| $aso_code_infra['code'] = 5; |
| $aso_code_infra['rang'] = 390; |
| break; |
| case 'prol.' : |
| case 'proles' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra3'; |
| $aso_code_infra['code'] = 2; |
| $aso_code_infra['rang'] = 330; |
| break; |
| case 'n-proles' : |
| case 'n-proles.' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra3'; |
| $aso_code_infra['code'] = 1; |
| $aso_code_infra['rang'] = 340; |
| break; |
| case 'f.': |
| case 'fa': |
| case 'fa.': |
| case 'forma': |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra3'; |
| $aso_code_infra['code'] = 3; |
| $aso_code_infra['rang'] = 420; |
| break; |
| case 'subvar.' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra3'; |
| $aso_code_infra['code'] = 4; |
| $aso_code_infra['rang'] = 410; |
| break; |
| case 'convar.' : |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra3'; |
| $aso_code_infra['code'] = 5; |
| $aso_code_infra['rang'] = 350; |
| break; |
| case 'cv.': |
| case 'Cv.': |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra3'; |
| $aso_code_infra['code'] = 6; |
| $aso_code_infra['rang'] = 460; |
| break; |
| case 'n-f.': |
| case 'n-fa': |
| case 'n-fa.': |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra3'; |
| $aso_code_infra['code'] = 7; |
| $aso_code_infra['rang'] = 430; |
| break; |
| case 'subf.': |
| case 'subfa': |
| case 'subfa.': |
| $aso_code_infra['type'] = 'infra3'; |
| $aso_code_infra['code'] = 8; |
| $aso_code_infra['rang'] = 440; |
| break; |
| default: |
| $aso_code_infra['erreur_mark'] = 'erreur'; |
| $aso_code_infra['erreur_notes'] = $str_abreviation_type_infra; |
| $aso_code_infra['rang'] = 2; |
| } |
| return $aso_code_infra; |
| } |
| |
| public function attribuerCodeRang($str_abreviation_type_infra) { |
| $aso_code_infra = $this->attribuerCodeInfra($str_abreviation_type_infra); |
| return $aso_code_infra['rang']; |
| } |
| } |